대통령령이 정하는 중소기업을 영위하는 거주자가 당해 중소기업의 사업소득금액을 계산함에 있어서 제45조제2항에 규정하는 당해 과세기간의 이월결손금이 발생한 경우에는 직전 과세기간의 당해 중소기업의 사업소득에 부과된 소득세액(大統領令이 정하는 所得稅額을 말한다)을 한도로 하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 "缺損金遡及控除稅額"이라 한다)을 환급신청할 수 있다. 이 경우 소급공제한 이월결손금에 대하여는 제45조제2항의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

결손금소급공제세액의 환급을 받고자 하는 자는 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 환급을 신청하여야 한다.

납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의하여 소득세의 환급신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다. <개정 2006.12.30>

제1항부터 제3항까지의 규정은 당해 거주자가 제70조 또는 제74조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 과세기간과 그 직전 과세기간의 소득에 대한 소득세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한한다. <개정 2007.12.31>

납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 소득세를 환급한 후 결손금이 발생한 과세기간에 대한 소득세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 이월결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 이월결손금에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 이월결손금이 발생한 과세기간의 소득세로서 징수한다.

결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산과 신청절차 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.