국심 2005서2639 (2006.09.01)

OOO세무서장이 2005.4.21. 청구법인에게 한 법인세 1999사업연도 OOO, 2000사업연도 OOO, 2001사업연도 OOO 합계 OOO과 2000년 1기 부가가치세 OOO의 부과처분은 청구법인이 1998사업연도에 신축공사 및 예약매출을 시작하여 2001사업연도에 완공한 OOO아파트의 연도별 예약매출 손익을 법인세법시행령 제69조 제2항의 규정에 의하여 재계산함에 있어, 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 각사업연도(1998～2001년)의 익금과 손금을 재계산한 다음, 부과제척기간이 경과한 1998사업연도는 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정을 하지 아니하나, 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도(1999～2001년)는 위와 같이 재계산한 익금과 손금을 그 사업연도의 익금과 손금으로 보는 방법으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1964.11.23. 개업하여 ‘건설업’을 영위하고 있는 중소기업 법인으로 1994년에 매입한 OOO외 대지 27,022㎡에 1998.6.13.부터 OOO아파트(이하 “쟁점아파트”라 한다) 신축공사를 시작하여 아파트 428가구와 상가 1동을 2001.2.21. 준공하고, 일부 미분양상태에서 입주를 시작하였다.

나. 처분청은 2004.5.18.～2004.6.11.기간 중 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인이 쟁점아파트의 예약매출과 관련하여 연도별 분양수입금액 및 분양원가를 계산하면서 작업진행률에 의하여 손익을 인식하여야 함에도 분양면적에 비례하여 손익을 인식함에 따라 1999사업연도에 공사수익 OOO이 과소계상되고, 2000사업연도에 같은 금액이 과다계상되었으며, 1999사업연도에 공사원가 OOO이 과소계상되고, 2000사업연도에 공사원가 OOO이 과다계상되었으며, 이 밖에도 분양대행수수료 OOO이 가공으로 계상된 것으로 보는 등 청구법인의 공사수입금액 및 공사원가를 재계산하여 2005.4.21. 청구법인에게 법인세 1999사업연도 OOO, 2000사업연도 OOO, 2001사업연도 OOO 합계 OOO과 2000년 1기 부가가치세 OOO을 결정 및 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점아파트의 예약매출과 관련하여 작업진행률에 의하여 1998～2001사업연도 분양수입금액 및 분양원가를 재계산하면서 1998년도는 국세부과제척기간이 경과하여 경정결정을 하지 못하게 되자, 부과제척기간 이내인 1999사업연도 이후분만 경정결정을 하였는데, 1999사업연도 분양원가 계산시 실질적으로 사내에 남아 있는 1998사업연도 기말재공품인 미완성공사를 반영하지 아니한 채 공사원가를 계산하는 바람에 동 재공품에 해당하는 OOO이 공사원가에서 누락되었는 바, 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없는 경우에 처분청은 이를 근거로 다른 사업연도의 과세표준과 세액을 경정할 수 없고, 부과제척기간이 경과한 사업연도에 잘못 계상한 재고자산이 그 이후의 사업연도의 손익에 미치는 영향이 중대한 경우 사실과 다른 금액을 기준으로 세금을 부과하는 것은 불합리하므로 1999사업연도 이후의 손익은 위 1998사업연도 기말재공품을 반영하여 다시 계산하여야 한다.

(2) 처분청이 가공거래로 본 금액 중 분양대행수수료 OOO(부가가치세 제외금액이며, 이하 “쟁점수수료”라 한다)은 분양대행계약서, 사업자등록증, 부동산중개업허가증, 세금계산서, 영수증, 입금표, 자기앞수표 사본 등에 의하여 확인되는 바와 같이 정상거래임이 명백하므로 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점아파트의 예약매출과 관련하여 1998사업연도는 부과제척기간이 경과하여 과세표준 및 세액을 경정할 수 없으므로 처분청은 1999사업연도 이후분 과세표준 및 세액만 경정하였는 바, 청구법인이 1998사업연도 분양원가를 계산하면서 당해연도 공사비 지출액을 전액 완성공사로 계상하여 기말재공품으로 계상된 미완성공사와 미분양토지가 없었으므로 1999사업연도에는 기초재공품인 미완성공사와 미분양토지가 없었던 것으로 보아 1999사업연도 이후의 분양수입금액과 분양원가를 재계산한 당초 처분은 정당하다

(2) 쟁점수수료와 관련하여 청구법인은 부동산 중개업소인 OOO와 「OOO단지내 상가 및 점포」 분양대행계약을 맺고 3차에 걸쳐 대금을 분할지급하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 OOO와 체결한 분양계약서에는 ‘수수료 지급시 분양성과에 따라 정산한다’고 기재되어 있는 반면, 그에 따른 내부정산서가 존재하지 아니하여 청구법인이 OOO에 지급하여야 할 총수수료가 얼마인지 여부를 확인하기 어렵고, 거래대금 또한 모두 현금으로 지급하였다는 것으로 실제 지급여부를 확인하기 어려우므로 이를 정상거래가 아니라고 본 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 예약매출에 따른 각사업연도별 손익을 작업진행률에 따라 계산함에 있어 일부사업연도가 부과제척기간이 경과하여 경정할 수 없는 경우, 그 사업연도에 당해 법인이 잘못 계상한 재고자산의 오류가 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치는지 여부

② 쟁점수수료를 청구법인의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연간

(2) 법인세법(2001.12.31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제40조 【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(3) 법인세법시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설.제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. (단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점아파트의 예약매출에 따른 연도별 분양수입금액을 계산하면서, 총분양예정가액에 매출부가가치세를 포함하지 아니하여야 함에도 이를 포함하였고, 총분양예정가액에 공사진행률과 분양계약률을 곱하여야 함에도 공사진행률과 분양면적비율을 곱함으로써 기업회계 결산서상 분양수입금액을 법인세법이 규정하는 분양수입금액과 다르게 계상하였다가, 세무조정을 통하여 연도별 분양수입금액을 아래 ＜표1＞과 같이 조정하여 신고하였는데,

1998년도 분양수입금액을 계산하면서 〔총분양예정원가×분양계약률×공사진행률-전기말누적분양수입〕의 산식에 의하여 당기까지 분양계약한 금액(총분양예정원가×분양계약률) 중 완성공사분(공사진행률을 곱한 금액)을 계산하고 여기에서 전기말 누적분양수입금액을 차감한 금액을 당기의 수입으로 계상하여야 하나, 청구법인은 당기에 분양계약한 금액을 전액 당기수입으로 계상하여 결과적으로 기말재공품으로 계상하여야 할 분양공사계약분 중 미완성공사분 22억원을 당기수입으로 반영하였고,

또한, 1998사업연도 분양원가를 계산하면서, 〔누적공사비용발생비용×분양계약률-전기말누적원가〕의 산식에 의하여 당기까지 발생한 비용중 분양계약분(분양계약률을 곱한 금액)을 계산하고 여기에서 전기말누적원가를 차감한 금액을 당기의 비용으로 계상하여야 하나, 청구법인은 당기에 발생한 비용 전액을 당기비용으로 계상하여 결과적으로 기말재공품으로 계상하여야 할 당기발생비용 중 미분양분에 대한 비용

OOO

(나) 처분청은 청구법인이 제출한 자료를 기초로 쟁점아파트의 예약매출과 관련된 손익을 재계산하면서, 1998사업연도분은 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없게 되자 경정하지 아니하고, 1999사업연도 이후분 손익만 아래 ＜표2＞ 및 ＜표3＞과 같이 재계산하였다.

즉, 처분청은 청구법인의 각사업연도 분양수입금액을 재계산하면서 1998사업연도는 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없게 되자, 청구법인이 1998사업연도에 기말재공품(미완성공사)으로 계상하여야 하나 당기수입으로 잘못 계상한 ‘분양계약분 중 미완성공사분 수입금액’ OOO을 1999사업연도 기초재공품(미완성공사)이 없는 것으로 보는 방법으로 1999사업연도의 수입금액에서 차감하였고,

＜표2＞ 처분청의 분양수입금액 재계산내역

OOO

청구법인의 각사업연도 분양원가를 재계산하면서, 1998사업연도는 부과제척기간이 경과하여 과세할 수 없게 되자, 청구법인이 1998사업년도에 기말재공품(미분양공사)으로 계상하여야 하나 공사원가로 잘못 계상하여 결과적으로 과다계상된 ‘공사비 발생분 중 미분양분에 대한 공사원가’ OOO을 1999사업연도 기초재공품(미분양공사)을 인정하지 않는 방법으로 1999사업연도 공사원가에서 차감하였다.

＜표3＞ 처분청의 분양원가 재계산내역

OOO

(다) 살피건대, 법인세법 제40조 및 같은법 시행령 제69조의 규정에 의하면, 건설등의 계약기간이 1년 이상인 장기분양공사에 대한 공사손익은 작업진행률 등을 감안하여 손익의 귀속사업연도를 달리하도록 규정하고 있는 바, 장기분양공사에 대한 공사손익을 인식함에 있어 분양계약이 일부만 이루어진 경우 분양계약 체결분은 예약매출에 해당되어 작업진행률에 따라 손익의 귀속사업연도가 결정되는 것이며, 이 경우 분양계약은 이루어졌으나 아직 공사가 완성되지 아니한 부분은 당기매출에 해당되지 아니하므로 재공품(미완성공사)으로 관리하여야 하고, 공사비는 지출되었으나 아직 분양계약이 이루어지지 아니한 부분도 당기원가에 해당되지 아니하므로 재공품(미분양공사)로 관리하여야 한다.

이와 같은 과정에서 특정사업연도에 잘못 계상한 손익이나 재고자산의 오류가 다음 사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 경우(fundamental error)에는 이를 합리적으로 수정하여 그 사업연도는 물론 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치지 아니하도록 하는 것이 원칙이라 하겠다〔기업회계기준(2001.3.30. 기업회계기준서 제1호가 시행되기 전까지 적용되던 것) 제79조 및 기업회계기준서(2001.3.30 시행된 것) 제1호 제A15항 참조〕.

또한, 국세의 부과제척기간이 경과한 경우 그 과세연도에 대하여는 부과권이 소멸되어 과세당국은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없으므로 그 소득금액도 조정할 수 없는 것이나, 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지가 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리.의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라 할 것이므로OOO, 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 손익을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 보여진다.

(라) 이 건의 경우, 청구법인은 부과제척기간이 경과한 1998사업연도에 공사진행률을 고려하지 아니하고 당기 분양계약분 전액을 당기수입으로 계상하여 기말재공품으로 계상하여야 할 미완성공사분을 당기수입으로 계상하는 바람에 결과적으로 당기수입이 세법에 의한 당기수입보다 과다계상되었고, 분양계약률을 고려하지 아니하고 당기 공사비 지급분 전액을 당기원가로 계상하여 기말재공품으로 계상하여야 할 미분양공사분을 당기원가로 계상하는 바람에 결과적으로 매출원가가 세법에 의한 매출원가보다 과다계상되었으나, 이와 같은 오류가 없었더라면 1999사업연도에는 1998사업연도에 과소계상한 기말재공품(미완성공사) 만큼의 수입이 더 발생하였을 것이고, 1998사업연도에 과소계상한 기말재공품(미분양공사) 만큼의 매출원가가 더 발생하였을 것인 바, 청구법인이 1998사업연도 및 1999사업연도 분양수입 및 분양원가 계산시 발생시킨 오류는 2개 사업연도에 걸친 재고자산(재공품)의 오류임을 알 수 있다.

따라서, 이 건 각사업연도별(1998～2001년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 각사업연도별(1998～2001년) 예약매출 손익을 법인세법시행령 제69조 제2항의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(1998년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(1999～2001년)는 법인세법이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해연도의 손익으로 보는 것이 국세기본법에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다.

즉, 재고자산(재공품)의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이다OOO.

각사업연도의 손익을 위와 같이 재계산한 결과, 청구법인이 계상한 각사업연도 손익의 합계액이 기업회계상 실제로 발생한 손익의 합계액과 차이가 난다 하더라도 이는 부과제척기간이 경과한 1998사업연도에 청구법인이 잘못 계상한 손익의 영향 때문이므로, 이 건 처분청이 1998사업연도가 부과제척기간이 경과되어 과세표준을 수정할 수 없음을 이유로 청구법인이 1998사업연도에 잘못 계상하여 1998사업연도와 1999사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 재고자산(기말재공품)의 오류가 부과제척기간이 경과하지 아니한 1999사업연도에 그대로 승계된 것으로 보아 1999사업연도 이후의 손익을 재계산한 것은 잘못이라고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점수수료OOO가 실제로 지급되었음을 입증하기 위하여 청구법인이 OOO외 2필지 소재 ‘OOO단지내 상가 및 점포’의 분양과 관련하여 OOO 소재 부동산중개업소인 「OOO」와 1999.12.7. 체결하였다는 분양대행계약서와 사업자등록증, 부동산중개업허가증, 세금계산서, 영수증, 입금표, 자기앞수표 사본 등을 제시하고 있는 바,

동 분양대행계약서상 분양대행수수료는 분양계약 체결금액의 4%로 하기로 하였고(제6조), 그 수수료 지급방법은 분양성과에 따라 정산하기로 하였으나(제7조), 청구법인과 OOO간의 정산서가 존재하지 아니하여 청구법인이 OOO에 지급하여야 할 총수수료가 얼마인지 여부는 확인하기 어려운 점이 있다.

(나) 또한, 청구법인은 쟁점수수료 28,336천원을 아래 ＜표1＞과 같이 지급하였다고 주장하고 있으나,

＜표1＞ 청구인의 쟁점수수료 지급 주장내역

OOO

대부분의 거래대금을 현금으로 지급하여 실제 지급여부를 확인하기 어렵고, 2000.2.1. 자기앞수표로 지급하였다는 금액 OOO도 그 수표 이면의 고객란에 이 건 분양계약체결당시 연대보증인으로 서명하였던 현의환의 서명만 되어 있어 그 수표의 수령인이 OOO인지 여부를 확인하기 어려운 점이 있다.

따라서, 쟁점수수료를 청구법인의 손금으로 인정하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 쟁점①에 대하여 국세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.