조심 2019서3372 (2020.04.23)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 은행업을 영위하는 사업자로서「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률」(이하 “자산관리공사법”이라 한다)에 따라 설립된 부실채권정리기금에 1997.11.24. OOO의 출연금(이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 납입하였다.

나. 이후 청구법인은 금융감독원 권고에 따라 2000사업연도에 쟁점출연금 전액을 감액하면서 기타 영업비용(감액손실)으로 회계처리하였고, 이에 대해 별도의 세무조정 없이 2000사업연도 법인세를 신고(손금반영)하였으며, 2007사업연도 중 부실채권정리기금의 순자산가액 회복으로 쟁점출연금의 감액손실 사유가 해소됨에 따라 쟁점출연금을 2007사업연도 자산에 계상하면서 기타 영업수익(감액손실 환입)으로 회계처리하였고, 이후 부실채권정리기금으로부터 2008～2012년 기간 동안 쟁점출연금에 대한 분배금을 지급받았다(일부는 배당금수익으로 일부는 쟁점출연금의 반환으로 보아 회계처리하였는데, 세무상으로는 위 기간 동안 쟁점출연금을 손금으로 계상한 내역은 없음).

다. 또한, 부실채권정리기금의 운용기간이 2012.11.22. 종료됨에 따라 청구법인은 2013.2.22. OOO와 ‘잔여재산 반환을 위한 약정’을 체결하여 OOO, OOO, OOO, OOO 지분OOO을 각 분배받는 한편, 확정된 잔여재산 중 OOO을 계류 중인 소송을 위한 소송유보금 및 청산비용 등을 위해 에스크로 계좌에 예치하였고, 위 분배받은 주식 가액 합계액과 에스크로 계좌 예치금 합계액 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 자산으로 계상하는 한편, 쟁점출연금 회계상 잔여액을 2013사업연도에 전액 감액하였다(세무상으로는 쟁점출연금을 손금에 계상하지 아니함).

라. 이후 청구법인은 2019.3.25. 2013년에 쟁점출연금에 대한 잔여재산 가액 확정 및 배분이 완료되었으므로 세무상 정당한 손금귀속시기인 2013사업연도에 손금으로 인정되어야 한다는 취지 등으로 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 쟁점출연금은 2000사업연도에 기 손금에 산입되었으므로 그 이후에 손금에 계상할 수 없다고 보아 2019.5.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 한편, 2013년 중 부실채권정리기금으로부터 분배받은 금액의 익금귀속시기를 2013사업연도로 보아 2019.5.24. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「법인세법」상 과세표준을 계산할 때에는 해당 사업연도에 해당하는 올바른 과세표준 및 그에 따른 세액을 계산하여야 하는 것이고, 특히 부과제척기간이 경과된 사업연도의 세무처리가 그 이후의 해당 사업연도의 세무처리에 영향을 미치는 것은 아니므로 쟁점출연금의 정당한 손익귀속시기인 2013사업연도의 손금으로 계상하여야 한다.

(가) 부과제척기간의 의미와 관련하여 대법원OOO에서는 “법률관계를 신속히 확정함으로써 납세의무자로 하여금 법적 안정성과 예측가능성을 보장하기 위하여 국세부과에 대한 제척기간을 두고 있기는 하나, 이는 국세부과의 제척기간이 도과됨으로써 이미 발생한 국세를 납부할 의무가 소멸한다는 의미에 불과한 것이지, 법률관계의 오류 자체가 시정되었음을 의미하는 것은 아니다. 그러므로 납세의무자가 한 신고내용에 오류가 있었고, 그러한 오류에 기초하여 계속해서 잘못된 납세가 이루어지고 있는 경우 최초 오류에 대하여는 제척기간이 도과되어 이를 바로잡을 수 없게 되었다 하더라도 제척기간이 도과되지 않은 부분에 대하여는 그 오류를 바로잡을 필요가 있다”라고 판시하였는데, 이는 국세부과제척기간이 경과된 사업연도(2000)에 대한 종전의 세무처리와는 관계 없이 이후 부과제척기간 이내의 사업연도(2013)의 과세표준은 그 자체로 세법의 규정에 따라 올바르게 계산된 것으로 산출하여야 한다는 의미이다.

(나) 다수의 조세심판원 선결정례 및 국세청 유권해석에 의하면 부과제척기간이 만료된 사업연도의 세무조정 오류가 해당 항목의「법인세법」상 정당한 손금귀속시기에 해당하는 부과제척기간 내 사업연도의 세무조정에 영향을 주지 않는다는 사실을 명확히 확인하고 있다.

1) (조세심판원 선결정례) 재고자산의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것으로 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 과세표준과 세액을 변경하는 경정을 하여야 한다는 취지로 결정(조심 2005서2639, 2006.8.31.)하였고,

감리용역은 계약기간이 1년 이상이므로 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 익금과 손금에 산입하며, 부과제척기간이 지난 사업연도분은 그대로 두고, 부과제척기간이 지나지 않은 사업연도는 재계산된 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 타당하다는 취지로 결정(조심 2008서951, 2009.12.30.)한바 있다.

2) (국세청 유권해석) 국세청은 당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것(서면-2016-법인-3420, 2016.7.20., 법규과-1295, 2007.3.20.)이라고 회신한바 있다.

(다) 이 건「법인세법」에 따라 정당하게 과세표준과 세액을 계산하기 위해서 쟁점출연금은 2013사업연도에 손금으로 계상하여야 한다.

1)

「법인세법」제19조

에서 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 하는 것으로 규정하고 있고, 제40조에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는데,

2) 이와 관련하여 국세청의 과거 유권해석(법인46012-733, 1998.3.25.) 및 최근 과세기준자문 내용(기준-2018-6, 2018.5.24.)은 부실채권정리기금의 출연금이 자산에 해당하고 부실채권정리기금의 운용기간이 종료되고 잔여재산분배가 완료된 시점의 손금에 산입해야 한다는 취지이고, 쟁점출연금에 대한 잔여재산분배가 완료된 시점이 2013사업연도라는 점에 대해서는 처분청도 이견이 없다.

3) 따라서,「법인세법」상 청구법인의 정당한 과세표준 및 세액을 계산하기 위해서는 쟁점출연금이 2013사업연도 손금에 계상되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인 주장대로라면 쟁점출연금을 2000사업연도 및 2013사업연도에 이중으로 손금에 산입하는 결과를 초래하게 되어 과세형평에 어긋나고 신의칙에도 위반되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 2000사업연도에 쟁점출연금(매도가능증권 감액손실)을 손익계산서상 비용으로 인식하였으나, 당시 손금불산입 세무조정을 누락함으로써 결과적으로 쟁점출연금을 2000사업연도의 손금에 계상하였는데도 2013사업연도에 이를 재차 손금에 산입하게 되면 이중으로 손금에 산입하게 된다.

(나) 청구법인은 2000사업연도에 세무조정 오류(감액손실 손금불산입 미반영)로 쟁점출연금이 세무상 손금산입되어 같은 금액만큼 과세소득이 줄어드는 등 제반이익을 향유하였음에도 부과제척기간 경과로 인하여 원천적으로 당초 세무조정 오류를 시정하지 못하면서 다시 쟁점출연금의 정당한 세무상 손익귀속시기인 2013사업연도에 손금에 산입되어야 한다고 주장하는 것은 신의칙에 반하여 부당하다.

(2) 조세심판원은 2019.1.28. 이 건과 동일한 쟁점의 선행사건에서 위와 같은 청구주장의 부당성을 사유로 기각결정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세무조정 오류로 2000사업연도에 손금산입 한 쟁점출연금을 정당한 손금귀속시기인 2013사업연도에 손금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제16조【배당금 또는 분배금의 의제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

4. 해산한 법인의 주주 등(법인으로 보는 단체의 구성원을 포함한다)이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제13조【배당 또는 분배의제의 시기】법 제16조 제1항의 규정에 의한 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 날로 한다.

2. 법 제16조 제1항 제4호의 경우에는 당해 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날

(3) 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사에 관한 법률(1997.8.22. 법률 제5371호로 제정된 것)

제38조【부실채권정리기금의 설치】금융기관이 보유하고 있는 부실채권등의 효율적인 정리를 위하여 공사에 부실채권정리기금(이하 "기금"이라 한다)을 둔다.

제39조【기금의 조성】① 기금은 다음 각호의 재원으로 조성한다.

1. 금융기관의 출연금

2. 공사로부터의 전입금

3. 부실채권정리기금채권의 발행으로 조성한 자금

4. 한국은행으로부터의 차입금

5. 제4호외의 자로부터의 차입금

6. 기금운용수익 및 그 밖의 수입금

② 금융기관은 제1항 제1호의 규정에 의한 출손금을 기금에 출연하여야 한다.

③ 제1항 제4호의 규정에 의하여 기금이 한국은행으로부터 자금을 차입하는 경우에 기금은

「한국은행법」제85조

의 규정에 의한 정부대행기관으로 지정된 것으로 본다.

④ 제2항의 규정에 의한 금융기관의 출연금은 금융기관의 부실채권보유비율등을 감안하여 금융기관별로 정하되, 출연금의 산정방법과 출연시기 및 방법등 출연금의 출연에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

＜부칙, 1997.8.22. 법률 제5371호＞

제1조【시행일】이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

제2조【기금의 운용기간 등】③ 제1항의 규정에 의한 기금의 운용기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 제39조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다.

(4) 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사에 관한 법률 시행령(1997.11.19. 대통령령 제15511호로 제정된 것)

제22조【출연금의 산정방법 등】① 법 제39조 제4항의 규정에 의한 금융기관별 출연금은 금융기관별로 당해 금융기관의 납입자본금의 100분의 30의 범위 안에서 부실채권 보유비율 등을 기준으로 하여 산정한다. 이 경우 제9조 제1항 단서의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정에 의한 출연금은 이를 현금으로 납입하여야 한다.

③ 출연금의 구체적인 산정기준 및 납입시기는 위원회가 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인이 쟁점출연금을 부실채권정리기금에 출연하여 잔여재산 분배를 받고, 회계 및 세무처리를 한 경위는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO법에 따라 설립된 ‘부실채권정리기금’에 1997.11.24. OOO의 출연금을 납입하였다.

(나) 청구법인은 2000사업연도 중 당시 OOO이 은행권에 출연금의 감액을 권고함에 따라 쟁점출연금 전액을 다음과 같이 회계처리 및 세무조정하였다.

＜표1＞ 출연금 평가손실 발생에 따른 회계처리 및 세무조정

(단위 : 원)

(다) 이후 2007사업연도 중 부실채권정리기금의 순자산가액 회복으로 쟁점출연금의 감액손실 사유가 해소됨에 따라 청구법인은 이 건 출연금을 다음과 같이 회계처리 및 세무조정 하였다.

＜표2＞ 순자산가액 회복에 따른 회계처리 및 세무조정

(단위 : 원)

OOO

(라) 한편, OOO법 부칙 제2조는 기금의 운용기간이 종료된 후 그 잔여재산을 출연 금융기관에게 반환할 것을 규정하고 있었으나, 2007년 12월 위 조항 개정으로 기금의 운용기간 종료일(2012.11.22.) 전에도 그 잔여재산을 반환할 수 있는 근거가 마련됨에 따라 부실채권정리기금은 청구법인에게 2008년 12월 추정 잔여재산 중 일부를 최초로 반환하고, 이후 2013년까지 수차례에 걸쳐 잔여재산을 반환하였으며, 청구법인은 해당 분배금 수령액을 각 사업연도 소득금액(익금)에 포함하여 법인세 신고를 하였다.

(마) 부실채권정리기금의 운용기간이 2012.11.22. 종료됨에 따라 청구법인은 2013.2.22. OOO와 ‘잔여재산 반환을 위한 약정’을 체결하여 OOO, OOO, OOO, OOO 지분OOO을 각 분배받은 한편, 확정된 잔여재산 중 OOO은 계류 중인 소송을 위한 소송유보금 및 청산비용 등의 정산을 위해 에스크로 계좌에 예치하였는데, 위 분배받은 주식 가액 합계액과 에스크로 계좌 예치금 합계액인 쟁점금액을 자산으로 계상하는 한편, 쟁점출연금의 반환으로 보아 쟁점출연금과 상계처리하였다.

(바) 청구법인은 2019.3.25. 쟁점출연금 납입액 OOO에 대하여 부실채권정리기금의 잔여재산 가액확정 및 배분완료 시점인 2013사업연도에 손금으로 인정하고 청구법인이 나머지 분배받은 주식 합계액과 에스크로 계좌 예치금의 합계인 쟁점금액을 2013사업연도 익금에 산입하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.5.24. 쟁점금액을 익금산입하여 2013사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하는 한편, 2019.5.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 세무조정 오류로 쟁점출연금을 2000사업연도에 손금에 계상하였으나, 부실채권정리기금 청산에 따라 잔여재산 가액 확정 및 분배가 완료된 2013사업연도에 손금에 계상되어야 한다고 주장하나,

쟁점출연금의「법인세법」상 정당한 손금귀속시기가 2013사업연도인지 여부가 불분명한 것으로 보이는 점, 청구법인이 당초(2000사업연도) 세무조정 오류로 인해 당해 사업연도 결손금에 반영되어 이후 사업연도에 이월결손금 공제가 가능하였고, 당해 결손금은 향후 채무면제이익 등과도 상계할 수 있는 점 등으로 보아 부과제척기간 만료 이전에 손금으로 기 반영된 쟁점출연금을 부과제척기간 경과 후에 다시 해당 금액을 손금으로 인정하는 것은 이중손금에 해당하여 불합리한 측면이 있는 점, 청구법인이 세무조정 오류로 위와 같은 세무상의 제반이익을 향유하였음에도 부과제척기간 경과로 인하여 원천적으로 당초 세무조정 오류를 시정하지 못하면서 다시 쟁점출연금의 손익귀속시기에 따른 세무상 이익(손금)을 주장하는 것은 신의칙에 반한다고 볼 수도 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.