조심 2018서4156 (2019.01.28)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 지분 소유를 통해 금융업을 영위하거나 이와 밀접한 관련이 있는 회사의 지배 및 경영관리 등을 주요 사업목적으로 하는 금융지주회사로, 청구법인이 OOO 지분을 보유한 OOOOOO 등을 연결자법인으로 하여 연결납세방식에 따른 법인세를 신고.납부하고 있다.

나. 청구법인의 연결자법인인 구 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 구 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2002년 12월 합병하였고, OOO(현 명칭은 OOOOOO)과 OOO은 2015년 9월 합병하였는바, 「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 OOO의 설립에 관한 법률」(이하 “자산관리공사법”이라 한다)에 따라 설립된 부실채권정리기금에 1997.11.24. OOO OOO원 및 OOO OOO원(이하 “쟁점출연금”이라 한다) 합계 OOO원의 출연금(이하 “이 건 출연금”이라 한다)을 각 납입하였다.

다. 이후 청구법인은 위 부실채권정리기금의 운영기간이 종료됨에 따라 2013년에 잔여재산 가액 확정 및 배분완료 되었으므로 이 건 출연금(쟁점출연금 포함)을 2013사업연도의 손금으로 인정하여야 한다고 주장하면서 2015.1.27. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 국세청 과세기준 자문결과에 따라 2018.6.26. 이 건 출연금 중 OOO이 납입한 OOO원만 2013사업연도의 손금으로 인정하여 환급하고, 쟁점출연금OOO에 대하여는 2000사업연도 법인세 신고시 손금으로 기 반영하였다는 이유로 손금불인정하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

OOO을 포함한 금융기관들이 자산관리공사법에 따라 설립된 부실채권정리기금에 1997.11.24. 납입한 이 건 출연금이 자산에 해당하고, 국세청의 유권해석(법인46012-733, 1998.3.25.)에 따라 해당 자산의 세무상 손금의 귀속시기가 동 기금의 운용기간이 종료되고 잔여재산의 분배가 완료된 시점(2013년)이라는 점에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 이견이 없다. 다만, 처분청은 OOO이 2000사업연도 중 쟁점출연금을 회계상 감액손실처리한 후 이를 손금불산입하는 세무조정을 누락(처분청은 그 이후 세무조사로 ‘임의평가감’에 대하여 경정결의를 할 수 있었음에도 별도 조치를 취하지 않았음)하였다는 이유로 쟁점출연금을 2013사업연도의 소득금액계산시 손금에 산입한다면 이중손금이 되므로 합목적성과 과세형평상 수용할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 처분청의 경정거부처분은 취소되어야 한다.

(1) 국세부과제척기간이 만료된 사업연도의 세무조정 오류가 「법인세법」상 원칙적인 손금 귀속시기에 해당하는 부과제척기간 내 사업연도의 세무조정에 영향을 줄 수 없다.

(가) 이 건과 유사한 사실관계를 바탕으로 한 국세청의 유권해석(OOO, 2008.5.8.)에 의하면, “금융기관이「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 OOO의 설립에 관한 법률」(1997.8.22. 법률 제5371호로 제정된 것) 제39조의 규정에 따라 부실채권정리기금에 출연금을 출연한 이후 당해 기금에서 손실이 발생하여 출연금 손상차손(세무상 임의평가감에 해당)으로 회계처리하였으나, 이를 손금불산입으로 세무조정하지 아니하고 법인세 과세표준 신고를 한 경우로서 이에 대한 부과제척기간이 만료된 후, 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도에 기금의 순자산가액 회복으로 당해 출연금 손상차손을 환입처리(세무상 임의평가증에 해당)한 경우, 당해 손상차손 환입액은

「법인세법」제18조

제1호의 규정에 의하여 (임의평가증에 따른 이익에 해당하여) 익금에 산입하지 아니하는 것”으로 해석한바,

이는 부실채권정리기금 감액손실에 대한 손금불산입 세무조정을 누락하였음에도, 부과제척기간이 만료됨에 따라 이에 대해서는 별도의 처리를 할 수 없으며, 부과제척기간 내 사업연도의 과세소득에 대해서는 세법에 따라 적절히 계상하여야 한다는 것으로, 결국 국세부과제척기간이 만료된 사업연도의 세무조정 오류가 해당 항목의「법인세법」상 원칙적인 손금귀속시기에 해당하는 부과제척기간 내 사업연도의 세무조정에 영향을 주지 않는다는 것을 의미한다.

(나) 이러한 해석은 다른 사례에서도 일관되게 확인할 수 있는바, 관련 유권해석OOO에 의하면 “당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득 계산은 당초의 세무조정 오류에도 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것”으로 해석하고 있다.

(다) 또한, 조세심판원의 결정례(조심 2008서951, 2009.12.30. 및 국심 2005서2639, 2006.8.31.)에 의하면, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분의 오류가 존재함에도 불구하고 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도는 「법인세법」이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이「국세기본법」에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 결정하였으며,

(라) 최근 대법원(대법원 2016.10.7. 선고 2016두42074 판결)에서도 부과제척기간의 의미와 관련하여 “법률관계를 신속히 확정함으로써 납세의무자로 하여금 법적안정성과 예측가능성을 보장하기 위하여 국세부과에 대한 제척기간을 두고 있기는 하나, 이는 국세부과의 제척기간이 도과됨으로써 이미 발생한 국세를 납부할 의무가 소멸한다는 의미에 불과한 것이지, 법률관계의 오류 자체가 시정되었음을 의미하는 것은 아니다. 그러므로 납세의무자가 한 신고내용에 오류가 있었고, 그러한 오류에 기초하여 계속해서 잘못된 납세가 이루어지고 있는 경우 최초 오류에 대하여는 제척기간이 도과되어 이를 바로잡을 수 없게 되었다 하더라도 제척기간이 도과되지 않은 부분에 대하여는 그 오류를 바로잡을 필요가 있다”라고 판시하여 위 유권해석 및 심판결정례 등과 동일하게 해석하고 있다.

(마) 따라서 「국세기본법」상 부과제척기간의 취지, 대법원의 판례, 조세심판원의 결정례 및 국세청의 유권해석 등을 감안하여 볼 때, OOO이 쟁점출연금과 관련하여 2000사업연도에 회계상 감액손실로 인식한 것에 대해 세무조정(손금불산입)을 누락하여 각 사업연도 소득금액을 과소신고하였다 하더라도 쟁점출연금이 자산인 점에 다툼이 없고, 세무상 손금의 귀속시기가 기금의 운용기간이 종료되고 잔여재산이 분배가 완료된 시점(2013년)인 것이 명백한 이상, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도에는 「법인세법」이 규정하는 바에 따라 적정한 과세소득을 신고하여야 하므로 쟁점출연금 납입금액은 부실채권정리기금의 잔여재산 가액이 확정된 2013사업연도의 손금으로 보아야 한다.

(2) 설령, 쟁점출연금이 이중으로 손금산입되었다 하더라도 OOO의 과거 세무조정 누락은 조세회피의도가 없는 단순한 세무조정 오류에 해당하고, 실제 납부세액에도 변함이 없다는 점에서 합목적성과 과세형평에 어긋나지 않는다.

(가) 처분청은 이 건 경정청구가 인용되는 경우 쟁점출연금이 감액손실 인식시점(2000사업연도)과 부실채권정리기금의 잔여재산 가액 확정시점(2013사업연도)에 이중으로 손금산입되는 결과가 초래된다고 주장하나, OOO은 과거 거액의 결손 발생으로 인해 쟁점출연금이 이중으로 손금산입되는 결과와 관계없이 실제 전체 납부세액에는 변함이 없고, 결손이 계속 발생하고 향후 동 결손금의 사용가능 여부도 불확실한 상황에서 단순한 세무조정 누락을 조세회피의도가 있다고 보기 어렵다.

(나)

「국세기본법」제18조

제1항에서 세법을 해석.적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있고, 처분청이 주장하는 과세형평과 합목적성에 비추어 보아 이 건 경정청구에 대한 거부처분은 세법을 해석.적용하는 과정에서 오류를 범하여 쟁점출연금을 손금산입이 되지 못하게 하여 납세자의 재산권을 부당히 침해하는 결과를 초래한다.

(다) 또한, 처분청이 인용한 사례OOO는 모두 납세자가 실제 신고한 소득과 세법에 의하여 정당하게 신고하여야 할 소득의 총액은 동일하지만 귀속시기 차이가 발생한 경우에는 부과제척기간의 경과에도 불구하고 납세자가 실제 신고한 내용을 인정한 것으로서, 이런 결정의 핵심 판단근거는 이중과세 및 납세자 재산권의 부당침해 금지에 있는 것이지, 단순히 부과제척기간 내외에 걸쳐 귀속시기 오류가 발생한 경우 납세자의 신고내용을 인정하여야 한다는 취지가 아닌 것으로 보인다.

(라) 위 처분청이 인용한 사례는 모두 귀속시기 오류로 인해 세금을 미리 낸 사안에 대해 과세관청이 단순히 부과제척기간이 경과되었다는 사유만으로 동일한 소득에 대하여 이중으로 과세처분한 것으로, 이는 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 결과로서 과세의 합목적성과 형평상 당초 신고내용을 인정하는 것이 타당하다는 취지의 해석으로, 이 건과는 직접 관련이 없고, 오히려 청구법인의 주장을 지지하는 사례로 볼 수도 있다.

(마) 청구법인은 쟁점출연금에 대한 세무조정 오류로 2000사업연도의 손금으로 반영되었음에도(당시 거액의 결손으로 인해) 세액감소 효과를 얻지 못하였고, 2013사업연도의 손금으로도 반영하지 못하게 되면 결국 쟁점출연금의 취득가액은 아무런 세액 감소 효과를 얻지 못하게 되는바, 오히려 납세자의 재산권이 부당하게 침해되는 결과에 이르게 되고, 처분청이 인용한 사례에 비추어 보더라도 쟁점출연금은 2013사업연도의 손금으로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 당초(2000사업연도) 손금불산입으로 세무조정 누락한 쟁점출연금(매도가능증권 감액손실, OOO원)을 2013사업연도에 추가로 손금산입하게 되면 쟁점출연금이 이중으로 손금에 산입되는 결과가 초래되므로 과세형평에 어긋나게 된다.

(2) 청구법인은 2000사업연도에 쟁점출연금(매도가능증권 감액손실)을 손익계산서상 비용으로 인식하였으나, 당시 손금불산입으로 세무조정을 누락함으로써 결과적으로 쟁점출연금을 2000사업연도의 손금으로 처리하였다.

(3) 따라서 출연기금인 부실채권정리기금의 청산에 따른 잔여재산 가액 확정 및 분배 완료시점인 2013사업연도에 쟁점출연금을 추가로 손금산입하게 되면 쟁점출연금을 이중으로 손금산입하게 되므로 조세의 합목적성과 과세형평상 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

＜표1＞ 쟁점출연금 관련 회계 및 세무처리 내역(요약)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점출연금을 2013사업연도의 손금으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제16조(배당금 또는 분배금의 의제) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

4. 해산한 법인의 주주등(법인으로 보는 단체의 구성원을 포함한다)이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제13조(배당 또는 분배의제의 시기) 법 제16조 제1항의 규정에 의한 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 날로 한다.

2. 법 제16조 제1항 제4호의 경우에는 당해 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날

(3) 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 OOO에 관한 법률(1997.8.22. 법률 제5371호로 제정된 것)

제38조(부실채권정리기금의 설치) 금융기관이 보유하고 있는 부실채권등의 효율적인 정리를 위하여 공사에 부실채권정리기금(이하 "기금"이라 한다)을 둔다.

제39조(기금의 조성) ① 기금은 다음 각호의 재원으로 조성한다.

1. 금융기관의 출연금

2. 공사로부터의 전입금

3. 부실채권정리기금채권의 발행으로 조성한 자금

4. 한국은행으로부터의 차입금

5. 제4호외의 자로부터의 차입금

6. 기금운용수익 및 그 밖의 수입금

② 금융기관은 제1항 제1호의 규정에 의한 출손금을 기금에 출연하여야 한다.

③ 제1항 제4호의 규정에 의하여 기금이 한국은행으로부터 자금을 차입하는 경우에 기금은

「한국은행법」제85조

의 규정에 의한 정부대행기관으로 지정된 것으로 본다.

④ 제2항의 규정에 의한 금융기관의 출연금은 금융기관의 부실채권보유비율등을 감안하여 금융기관별로 정하되, 출연금의 산정방법과 출연시기 및 방법등 출연금의 출연에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

＜부칙＞

제1조 (시행일) 이 법은 공포후 3월이 경과한 날부터 시행한다.

제2조 (기금의 운용기간등) ③ 제1항의 규정에 의한 기금의 운용기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 제39조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 출연비율등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다.

(4) 금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 OOO에 관한 법률 시행령(1997.11.19. 대통령령 제15511호로 제정된 것)

제22조(출연금의 산정방법 등) ① 법 제39조 제4항의 규정에 의한 금융기관별 출연금은 금융기관별로 당해 금융기관의 납입자본금의 100분의 30의 범위 안에서 부실채권 보유비율 등을 기준으로 하여 산정한다. 이 경우 제9조 제1항 단서의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정에 의한 출연금은 이를 현금으로 납입하여야 한다.

③ 출연금의 구체적인 산정기준 및 납입시기는 위원회가 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 자산관리공사법에 따라 설립된 ‘부실채권정리기금’에 1997.11.24. 총 OOO원의 출연금을 납입하였다.

＜표2＞ 부실채권정리기금 출연내역

(나) 청구법인은 2000사업연도 중 이 건 출연금을 초과하는 손실OOO이 발생하였으며, 당시 금융감독원이 은행권에 출연금의 감액을 권고함에 따라 청구법인은 이 건 출연금을 다음과 같이 회계처리 및 세무조정 하였다.

＜표3＞ 출연금 평가손실 발생에 따른 회계처리 및 세무조정

(다) 이후 2007사업연도 중 부실채권정리기금의 순자산가액 회복으로 출연금의 감액손실 사유가 해소됨에 따라 청구법인은 이 건 출연금을 다음과 같이 회계처리 및 세무조정 하였다.

＜표4＞ 순자산가액 회복에 따른 회계처리 및 세무조정

(라) 한편, 자산관리공사법 부칙 제2조는 기금의 운용기간이 종료된 후 그 잔여재산을 출연 금융기관에게 반환할 것을 규정하고 있었으나, 2007년 12월 위 조항 개정으로 기금의 운용기간 종료일(2012.11.22.) 전에도 그 잔여재산을 반환할 수 있는 근거를 마련함으로써, 부실채권정리기금은 청구법인에게 2008년 12월 추정 잔여재산 중 일부를 최초로 반환하고, 이후 2013년까지 수차례에 걸쳐 잔여재산을 반환하였으며, 청구법인은 해당 분배금 수령액을 각 사업연도 소득금액(익금)에 포함하여 법인세 신고를 하였다.

＜표5＞ 잔여재산 반환내역(분배금 수령내역)

(마) 부실채권정리기금의 운용기간이 2012.11.22. 종료됨에 따라 청구법인은 2013.2.22. 한국자산관리공사와 ‘잔여재산 반환을 위한 약정’을 체결하고, 청구법인은 확정된 잔여재산 중 일부를 계류 중인 소송을 위한 소송유보금 및 청산비용 등의 정산을 위한 금원으로 OOO 계좌에 입금OOO하고 나머지 분배받은 주식과 수익증권에 대해 수익으로 인식하여 법인세를 각 신고.납부하였다.

(바) 청구법인은 이 건 출연금 납입액 OOO원에 대하여 부실채권정리기금의 잔여재산 가액확정 및 배분완료 시점인 2013사업연도에 손금으로 인정해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2018.6.26. 이 건 출연금 중 OOO이 납입한 출연금 OOO원에 대하여는 2013사업연도의 손금으로 인정하여 환급하고, OOO이 납입한 쟁점출연금에 대하여는 2013사업연도의 손금으로 불인정하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점출연금을 자산으로 계상한 후 손실 발생시점인 2000사업연도에 감액손실(비용)로 회계처리하였으나 법인세 신고시 이를 손금불산입으로 세무조정 누락한 경우 부과제척기간 만료 이후 출연기금 청산에 따른 잔여재산 가액확정 및 분배완료시점인 2013사업연도에 쟁점출연금을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나,

청구법인이 당초(2000사업연도) 세무조정 오류로 인해 당해 사업연도 결손금에 반영되어 이후 사업연도에 이월결손금 공제가 가능하였고, 당해 결손금은 향후 채무면제이익 등과도 상계할 수 있는 점 등으로 보아 부과제척기간 만료 이전에 손금으로 기 반영된 쟁점출연금을 부과제척기간 경과 후에 다시 해당 금액을 손금으로 인정하는 것은 이중손금에 해당하여 불합리한 측면이 있는 점, 청구법인이 세무조정 오류로 위와 같은 세무상의 제반이익을 향유하였음에도 부과제척기간 경과로 인하여 원천적으로 당초 세무조정 오류를 시정하지 못하면서 다시 쟁점출연금의 손익귀속시기에 따른 세무상 이익(손금)을 주장하는 것은 신의칙에 반한다고 볼 수도 있는 점, 청구법인이 원용한 심판결정례(국심 2005서2639, 2006.8.31., 조심 2008서951, 2009.12.30.)는 건설공사의 분양수입과 분양원가 계산상의 잘못으로 인한 손익이나 재고자산의 오류와 관련된 것으로, 세무조정 오류로 자산(유가증권)의 평가손실을 손금에 반영하였다가 부과제척기간 경과 후에 이를 다시 손금으로 인정할 수 있는지를 다투는 이 건에 그대로 적용하기 어려운 점 등에 비추어 쟁점출연금을 2013사업연도의 손금으로 인정하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.