서면-2016-법인-3420 (2016.07.20)

1. 사실관계

 ○질의법인은 건설업을 영위하는 법인으로서 ○○ 공동혁신도시 개발사업을 추진하면서 사채를 발행하여 자금을 조달하였고, 2008년도에 차입금 지급이자 7,746백만원이 발생함

 ○ 2008년 사업연도에 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 사업용 재고자산인 토지에 해당된 지급이자를 당기비용 처리하여야 하나, 건설자금에 충당한 차입금의 이자로 생각하고 자본화 하였음

 ○ 매년 공사진행률에 따라 자본화된 이자비용을 손금불산입 처리하고 있음

2. 질의내용

○ 해당 사업연도의 제척기간 만료시 해당 사업연도의 지급이자를 손금처리 할 수 있는지 여부

3. 관련법령

  ○ 법인세법 제28조【지급이자의 손금불산입】

  ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. <개정 2010.12.30, 2011.12.31>

   1. 채권자가 불분명한 사채의 이자

   2. 「소득세법」 제16조제1항제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제8호에 따른 채권ㆍ증권의 이자ㆍ할인액 또는 차익 중 그 지급받은 자가 불분명한 채권ㆍ증권의 이자ㆍ할인액 또는 차익으로서 대통령령으로 정하는 것

   3. 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자

   4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

   가. 제27조제1호에 해당하는 자산

   나. 제52조제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금(假支給金) 등으로서 대통령령으로 정하는 것

  ② 건설자금에 충당한 차입금의 이자에서 제1항제3호에 따른 이자를 뺀 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하지 아니할 수 있다. <신설 2010.12.30>

  ③ 삭제 <2004.12.31>

  ④ 삭제 <2004.12.31>

  ⑤ 제1항 각 호에 따른 지급이자의 손금불산입에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에는 대통령령으로 정하는 순위에 따라 적용한다.

  ⑥ 제1항에 따른 차입금 및 지급이자의 범위와 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2010.12.30>

 ○ 법인세법 시행령 제52조【건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위】

  ① 법 제28조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"란 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다. 이하 이 조에서 "특정차입금"이라 한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금(이하 이 조에서 "지급이자등"이라 한다)을 말한다. <개정 2010.12.30>

  ○법인세법 시행령 제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

   ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다. <개정 2010.12.30, 2012.2.2, 2013.2.15>

    1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

    2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

   ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

    1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

    2. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

   ③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. <신설 2012.2.2>

 ○법인세법 제66조 【결정 및 경정】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

   1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

 ○ 국세기본법 제26조의 2 【국세부과의 제척기간】

  ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

   1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

    1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

    가. 「소득세법」 제81조제3항제4호

    나. 「법인세법」 제76조제9항제4호

    다. 「부가가치세법」 제60조제2항제2호·제3항 및 제4항

    2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

    3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

    4. 상속세·증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

    가. 납세자가 부정행위로 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우

    나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우

    다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

    4의2. 부담부증여에 따라 증여세와 함께 「소득세법」 제88조제1항 후단에 따른 소득세가 과세되는 경우 그 소득세는 제4호에 따라 증여세에 대하여 정한 기간

    5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 「소득세법」 제45조제3항, 「법인세법」 제13조제1호, 제76조의13제1항제1호 또는 제91조제1항제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간

 ○ 국세기본법 기본통칙 26의 2-0…1【국세부과 제척기간의 의의】

   국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권 소멸시효와는 달리 진행 기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의 2 제1항 내지 제3항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)ㆍ(법 제26조의 2 제2항의 당해 판결ㆍ결정 또는 상호합의를 이행하기 위한 경정결정 기타 필요한 처분은 제외한다)도 할 수 없다.

4. 관련사례

○ 법규과-1295, 2007.3.20.

  법인이 장기건설용역을 제공하고 「법인세법 시행령」 제69조 제2항의 규정에 의하여 작업진행률을 기준으로 계산한 수익을 해당 사업연도의 익금으로 계상하였으나, 세무조정 오류로 인하여 익금을 과소 신고(△유보)한 경우, 당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것임

○ 법규법인-790 (2005.10.25)

  법인이 기업회계기준에 의하여 계상한 전기오류수정손익은「법인세법」제40조의 규정에 의한 당해 손익의 귀속사업연도 별로 익금 또는 손금에 산입하는 것이며

  「국세기본법」제26조의 2 규정에 의하여 부과제척기간이 만료된 경우 납세지 관할 세무서장은 만료된 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정할 수 없는 것임.

○ 법규법인2012-218 (2012.07.19)

 [ 제 목 ]

부과제척기간이 경과한 이월결손금에 대해 정상적인 결손금으로 수정 후 공제 여부

 [ 요 지 ]

 ｢국세기본법｣ 제26조의2에 따른 부과제척기간의 경과로 경정하지 못하여 해당 사업연도의 결손금이 당초 신고내용대로 확정된 경우 해당 이월결손금에 대해서는 수정할 수 없음

 [ 회 신 ]

내국법인이 손금에 대한 귀속시기를 잘못 적용하여 인식함에 따라 해당 사업연도의 결손금이 과다하게 계상되었으나 ｢국세기본법｣ 제26조의2에 따른 부과제척기간의 경과로 경정하지 못하여 해당 사업연도의 결손금이 당초 신고내용대로 확정된 경우

 해당 내국법인은 부과제척기간이 경과되어 당초 신고내용대로 확정된 결손금을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산함에 있어서 ｢법인세법｣ 제13조에 따라 공제하는 것입니다.

○ 법인세과-430 (2012.06.29)

 [ 제 목 ]

국세부과 제척기간 만료로 손금불산입하지 아니한 대손충당금 한도초과액의 추인여부

 [ 요 지 ]

내국법인이 해당 사업연도 대손충당금 한도초과액에 대하여 ｢국세기본법｣ 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간 만료로 손금불산입하지 아니한 경우에는 다음 사업연도에 이를 손금추인할 수 없는 것임

 [ 회 신 ]

내국법인이 해당 사업연도 대손충당금 한도초과액에 대하여 ｢국세기본법｣ 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간 만료로 손금불산입하지 아니한 경우에는 다음 사업연도에 이를 손금추인할 수 없는 것입니다.(법규과-405, 2012.4.20.)

○ 징세과-96, 2012.01.20

 [ 요 지 ]

「국세기본법」2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것)에 따라 수정신고는 국세부과 제척기간 내에 가능함

 [ 회 신 ]

귀 질의의 경우 개정된 「국세기본법」2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것) 제45조 제1항을 참고하시기 바랍니다.

○ 법규과-1295 (2007.03.20)

 [ 제 목 ]

 세무조정 오류 금액의 부과제척기간 만료 시 처리

 [ 요 지 ]

 예약매출과 관련하여 기업회계에 따라 진행률에 의해 공사손익을 계상하였으나, 세무상 진행률 계산방법의 착오로 과다 익금산입으로 보아 익금불산입한 경우, 부과제척기간 만료로 익금불산입(△유보) 금액을 익금산입 대상으로 경정하지 못한 경우 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 그 이후 과세소득을 계산함

 [ 회 신 ]

법인이 장기건설용역을 제공하고 「법인세법 시행령」 제69조 제2항의 규정에 의하여 작업진행률을 기준으로 계산한 수익을 해당 사업연도의 익금으로 계상하였으나, 세무조정 오류로 인하여 익금을 과소 신고(△유보)한 경우,

 당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것임

○ 소득46011-185, 1999.10.14

 사업자가 각 과세기간에 필요경비로 계상한 감가상각비로서 소득세법시행령 제62조제1항에서 규정하고 있는 상각범위액을 초과하는 금액(상각부인액)은 그 후의 과세기간에 있어서 필요경비로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(시인부족액)의 범위내에서 필요경비로 추인한다. 그러나, 국세부과의 제척기간이 만료된 과세기간에 대하여는 국세기본법 제26조의2의 규정에 의하여 상각부인을 할 수 없으므로 상각부인액이 발생할 수 없다.

○ 조심2011중402 (2012.06.08)

【제목】부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금도 감액 조정이 가능함

【요지】국세부과제척기간이 경과한 사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다고 하더라도 청구법인이 수령한 국고보조금을 익금에 산입하여 재계산하면 결손금이 발생하지 아니하게 되어 이후의 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제할 수 있는 이월결손금은 없다고 보는 것이 합리적임

< 심리 및 판단 >

각 사업연도의 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 하여 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 확정된 과세처분과는 별개인 이후의 사업연도에 대한 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나「법인세법」에 따라 이월결손금에 변동이 발생한다는 주장을 다시 제기할 수 있는 것(대법원 2001두2652, 2002.11.26., 참조)인바, 국세부과제척기간이 경과한 2000․2001․2004사업연도의 과세표준 및 세액이 확정되었다 하더라도 청구법인이 수령한 국고보조금을 익금에 산입하여 재계산하면 결손금이 발생하지 아니하게 되어 2005～2009사업연도 법인세 과세표준 계산시 공제할 수 있는 이월결손금은 없다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 청구주장을 받아들일 수는 없다고 판단된다.

○ 국심2005서2639, 2006.08.31

【제목】부과제척기간이 경과한 사업연도의 재고자산의 오류가 있는 경우

 【요지】재고.자산(재공품)의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이다 (국세청 예규 서삼46019-10357, 2002.3.5.참조)

 < 심리 및 판단 >

   예약매출에 따른 각사업연도별 손익을 작업진행률에 따라 계산함에 있어 일부사업연도가 부과제척기간이 경과하여 경정할 수 없는 경우, 그 사업연도에 당해 법인이 잘못 계상한 재고자산의 오류가 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치는지 여부

   이와 같은 과정에서 특정사업연도에 잘못 계상한 손익이나 재고자산의 오류가 다음 사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 경우(fundamental error)에는 이를 합리적으로 수정하여 그 사업연도는 물론 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치지 아니하도록 하는 것이 원칙이라 하겠다〔기업회계기준(2001.3.30. 기업회계기준서 제1호가 시행되기 전까지 적용되던 것) 제79조 및 기업회계기준서(2001.3.30. 시행된 것) 제1호 제A15항 참조〕.

   또한, 국세의 부과제척기간이 경과한 경우 그 과세연도에 대하여는 부과권이 소멸되어 과세당국은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없으므로 그 소득금액도 조정할 수 없는 것이나, 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지가 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리·의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라 할 것이므로(국심1999서2174, 2000.7.11. 참조), 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 손익을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 보여진다.

   따라서, 이 건 각사업연도별(1998∼2001년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 각사업연도별(1998∼2001년) 예약매출 손익을 법인세법시행령 제69조 제2항의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(1998년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(1999∼2001년)는 법인세법이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해연도의 손익으로 보는 것이 국세기본법에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다.

귀 질의의 경우 아래회신사례를 참고하시기 바랍니다.
○ 법규과-1295, 2007.3.20.
법인이 장기건설용역을 제공하고 「법인세법 시행령」 제69조 제2항의 규정에 의하여 작업진행률을 기준으로 계산한 수익을 해당 사업연도의 익금으로 계상하였으나, 세무조정 오류로 인하여 익금을 과소 신고(△유보)한 경우,
당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것임