조심 2021부5194 (2022.02.03)

1. OOO서장이 2021.5.27. 청구법인에게 한 법인세 2011사업연도분 OOO원, 2012사업연도분 OOO원, 2013사업연도분 OOO원, 2014사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분에 대한 청구는 이를 각하하고,

2. OOO서장이 2021.5.27. 청구법인에게 한 법인세 2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.7.24. 설립되어 OOO에서 주거용 건물 개발 및 공급업을 영위하고 있다.

나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.2.15.∼2019.5.2. 기간 동안 청구법인의 주식변동조사 결과 청구법인의 사주이자 주주였던 피상속인 aaa(2012.11.2. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다) 등이 청구법인의 주식을 현 청구법인 대표이사 bbb(피상속인의 배우자) 등 8인에게 명의신탁한 사실 등을 확인하고 처분청에 통보하자, 처분청은 2019.5.20.∼2019.7.11. bbb 등에게

「상속세 및 증여세법」제45조의2

명의신탁재산 증여 의제 규정 등에 따른 증여세 OOO원 및 피상속인의 사망으로 인한 상속세 OOO원 등을 경정·고지하였다.

다. bbb 등은 2019.8.2. 심판청구OOO를 제기하였으나 2020.11.6. 기각되자, 2021.2.2. OOO로 소송을 제기하였는데, 조사청이 소송진행 중 청구법인이 2011.2.7. 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)을 합병하는 과정에서

「법인세법 시행령」제80조

제1항 제2호 가목 단서(이하 “쟁점규정”이라 한다)를 적용하지 아니한 오류로 인하여 2011사업연도에 918백만원 상당의 소득금액을 과다하게 계상한 사실 등을 확인함에 따라, 처분청은 청구법인의 2011사업연도 소득금액을 OOO원에서 OOO원으로 조정하고, 청구법인 1주당 가액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하여, 2020년 6월 직권으로 관련 상속세 OOO원을 bbb 등에게 환급하였다.

라. 청구법인은 2021.3.31. 위 상속세 사건에서 조사청의 조사 결과와 같이 AAA으로부터 자산(순자산시가 OOO원)을 승계하는 대가로 AAA 주주들에게 OOO원을 지급함으로써 합병매수차손 OOO원이 발생한 것으로 보아 당초 잘못된 세무조정 내역을 수정하여, 아래 ＜표1＞과 같이 2011∼2016사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.5.27. 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 이를 거부하였다.

＜표1＞ 청구법인 경정청구 내역

마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 청구법인은 AAA을 합병하는 과정에서 발생한 중대·명백한 하자 있는 세무조정을 기초로 2011∼2016사업연도 법인세 신고를 하였는바, 합병 관련 법인세 신고 부분은 중대·명백한 하자 있는 세무조정에 기초한 당연무효인 신고에 해당하므로, 2011∼ 2016사업연도 법인세 모두 환급되어야 한다.

(가) 청구법인이 2011년 AAA을 합병하는 과정에서 잘못 처리 한 회계처리 및 세무조정 내역(이하 “쟁점세무조정”이라 한다)을 설명하면 다음과 같다.

1) 「법인세법」에 따른 정상적인 회계처리 및 세무조정 내용

청구법인은 2011.2.7. AAA을 합병하는 과정에서, 쟁점규정에 따라 포합(抱合)주식이 있는 경우에는 자산을 승계하는 대가로 포합주식도 함께 지급한 것으로 보아, (청구법인이 지급한 양도가액이 승계한 피합병법인의 순자산가액보다 높은 경우에 해당) 청구법인은 아래와 같이 지급한 전체 대가(포합주식 가액 포함)에서 인수한 순자산가액을 뺀 차액을 ‘합병매수차손’으로 계상하여 5년에 걸쳐 손금으로 산입하여야 했다(

「법인세법」제44조의2

제3항).

＜합병 당시 정상적인 회계처리 내역＞

＜합병 당시 정상적인 세무조정 내역＞

2) 청구법인의 잘못된 쟁점세무조정 내용

그러나, 청구법인은 쟁점규정을 간과하여 AAA의 순자산을 승계한 대가로 포합주식을 지급하지 아니한 것으로 보아 아래와 같이 회계처리 및 세무조정을 하였다.

＜잘못된 회계처리 내역＞

청구법인은 2011사업연도 당시 아래 ＜표2＞와 같이 투자주식소각손실 OOO원을 손금불산입하고, 염가매수차익 OOO원OOO을 익금불산입하였으며, 2012∼2016사업연도에 매년 염가매수차익 잔액을 분할 익금산입하는 등 잘못된 세무조정(결과적으로 매해 OOO원을 과다하게 익금으로 산입하였으나, 경정청구세액은 이월결손금 등으로 인하여 매해 차이가 발생)을 하게 된 것이다.

＜표2＞ 청구법인의 잘못된 세무조정 내역 요약

결과적으로 청구법인은 2011사업연도에 쟁점규정에 반하는 쟁점세무조정 및 합병 관련 부분에 대한 법인세 신고를 함으로써 청구법인의 수입금액이 증가하게 되었다. 처분청도 쟁점세무조정으로 인하여 청구법인 주식이 과대평가된 사실을 인정하여, 청구법인 대표이사에게 상속세를 환급하였다.

(나) 위와 같이 청구법인이 쟁점규정을 간과하고 한 쟁점세무조정은 중대·명백한 하자에 해당하여 무효이므로, 이를 기초로 한 합병 관련 부분 법인세 신고 또한 무효에 해당한다.

1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백하여야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이다(OOO 전원합의체 판결 참조).

2) 요컨대 사실관계 또는 법령 해석에 관하여 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 법령이 잘못 적용된 경우에는 당연무효에 해당한다고 할 것인바, 청구법인은 쟁점세무조정을 하면서 쟁점규정을 적용하여 세무조정을 하여야 함에도 불구하고 이를 간과하여 쟁점세무조정을 하였으므로 당연무효에 해당하는 하자라고 할 것이다.

3) 따라서 쟁점세무조정에 기초한 청구법인의 합병 관련 법인세 신고 부분은 무효이므로, 경정청구 기간 제한과 관계없이 청구법인의 2011∼2016사업연도 법인세는 모두 환급되어야 한다.

(2) (예비적 청구) 청구법인의 경정청구에 5년의 경정청구 기간이 적용된다고 하더라도, 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 경정청구 기간 내에 청구한 것이므로 이 부분은 받아들여져야 한다.

설령 청구법인이 법인세를 과다신고하게 된 원인이 2011사업연도 합병 당시 잘못된 쟁점세무조정 때문이라 하더라도, 경정청구 대상은 ‘경청청구의 원인이 된 행위’가 아닌 ‘각 사업연도 법인세’이므로 2015∼2016사업연도 법인세가 환급대상인 이상 그 원인과 관계없이 법인세는 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구법인 주장과 같이 청구법인의 합병 관련 부분 법인세 신고가 당연무효에 해당한다면 적법한 법인세 신고가 없으므로 경정청구 대상에 해당한다고 볼 수 없고, 청구법인의 법인세 신고가 당연무효가 아니라면 경정청구 기간 5년을 도과하여 경정청구를 한 것이므로 어느모로 보나 각하되어야 한다.

(2) (예비적 청구) 청구법인은 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 경정청구 기간 5년 내에 경정청구가 이루어졌다고 주장하나, 청구법인이 법인세를 과다하게 신고·납부하게 된 원인은 2011사업연도 AAA 합병과정에서 세무조정을 잘못한 결과이고, 2011사업연도는 경정청구 기간을 이미 도과하였으므로, 이 부분 청구 역시 경정청구 기간이 도과하여 각하대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 합병 관련 법인세 신고 부분은 당연무효이므로 경정청구 기간 5년과 관계없이 2011∼2016사업연도 합병 관련 법인세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인의 합병 관련 법인세 신고가 당연무효가 아니라 하더라도, 경정청구 기간 5년 이내에 경정청구가 이루어진 2015∼2016사업연도 법인세는 환급되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다.

(2) 법인세법(2011.12.31. 법률 제111128호로 개정되기 전의 것)

제44조(합병 시 피합병법인에 대한 과세) ① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44조의3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제44조의2(비적격 합병 시 합병법인에 대한 과세) ① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조 제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다.

③ 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우에 피합병법인에 지급한 양도가액이 합병등기일 현재의 순자산시가를 초과하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그 차액을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다.

(3) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것)

제80조(합병에 따른 양도손익의 계산) ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 법 제44조 제2항의 요건을 갖추거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 경우 : 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액

2. 제1호 외의 경우 : 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액

가. 합병법인이 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등에 지급한 합병법인의 주식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다)이 있는 경우에는 그 피합병법인의 주식등에 대하여 합병법인의 주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병법인의 주식등을 교부한 것으로 보아 합병법인의 주식등의 가액을 계산한다.

나. 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세 및 그 법인세(감면세액을 포함한다)에 부과되는 국세와

「지방세법」 제85조

제4호에 따른 법인세분의 합계액

② 법 제44조 제1항 제2호에 따른 피합병법인의 순자산장부가액을 계산할 때 「국세기본법」에 따라 환급되는 법인세액이 있는 경우에는 이에 상당하는 금액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액에 더한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은 청구법인 대표이사 bbb 등이 제기한 OOO 상속세등부과처분취소 사건 소송 진행 중, 청구법인이 2011.2.7. AAA을 합병하는 과정에서 발생한 쟁점세무조정 오류로 인하여 2011사업연도에 OOO원 상당의 소득금액을 과다하게 계상한 사실을 확인함에 따라, 처분청은 청구법인의 2011사업연도 소득금액을 OOO원에서 OOO원으로 조정하고, 청구법인 1주당 가액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하여, 직권으로 관련 상속세 OOO원 등을 bbb 등에게 환급하였다.

(2) 청구법인은 조사청의 조사결과에 따라 쟁점세무조정 오류로 인하여 청구법인이 2011∼2016사업연도 법인세를 과다하게 신고·납부하게 된 사실을 확인하고, 2021.3.31. 위 ＜표1＞과 같이 2011∼2016사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.5.27. 아래와 같이 부과제척기간이 도과하였다는 이유로 이를 거부하였다.

＜처분청의 경정청구 처리 결과 통지서 내용 중 발췌＞

(3) 청구법인이 2021.3.31. 처분청에 경정청구를 제기할 당시, 2011∼2014사업연도 법인세 부분은 경정청구 기간 및 부과제척기간 5년이 법정신고기한 다음날인 2017.4.1.∼2020.4.1. 이미 도과한 것으로 확인된다.

(4) 부과제척기간(경정청구 기간)의 문제가 없다면 청구법인이 경정청구한 위 ＜표1＞ 기재 세액이 환급될 세액이라는 점에 대해서는 양측 다툼이 없다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살펴본다.

청구법인은 AAA을 합병하는 과정에서 청구법인이 한 쟁점세무조정은 중대·명백한 하자 있는 세무조정에 해당하므로, 이에 따라 이루어진 합병 관련 부분 법인세 신고 역시 중대·명백한 하자 있는 무효인 신고에 해당한다 할 것이어서, 경정청구 기간 5년의 제한 없이 쟁점세무조정 오류로 인하여 과다 납부한 법인세는 모두 환급되어야 한다고 주장한다.

그러나, 납세의무자의 신고행위에 존재하는 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적인 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 할 것이고, 다만 신고행위의 대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없음에도 불구하고 한 신고행위는 그 하자가 중대하고 명백하다고 하겠으나 신고한 법률관계나 사실관계가 과세대상이 되는 것으로 오인할만한 객관적인 사실이 있는 때에 이것이 과세대상이 되는지 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 이를 오인한 하자가 중대하다고 하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없다(OOO 판결, 같은 뜻임).

이러한 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 청구법인은 2011년 당시 쟁점세무조정에 기초한 법인세 신고를 하고도 부과제척기간이 한참 경과한 2021년에야 쟁점세무조정에 오류가 있다는 사실을 알게 된 점, 처분청 또한 청구법인의 쟁점세무조정에 오류가 있었는지 여부 등은 이와 관련된 사실관계 등을 정확히 조사하여야 비로소 확인할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 청구법인의 2011∼2016사업연도 합병 관련 법인세 신고를 외관상 명백한 하자가 있는 당연 무효인 신고에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 청구법인이 한 경정청구에도

「국세기본법」제45조

제1항 본문에 따른 5년의 경정청구 기간이 적용된다 할 것인데, 청구법인의 2011∼2014사업연도 법인세 경정청구는 경정청구일인 2021.3.31. 당시 이미 경정청구 기간 5년을 도과한 부적법한 경정청구에 해당하므로, 이에 대한 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다(OOO 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살펴본다.

처분청은 청구법인이 한 2015∼2016사업연도 합병 관련 법인세 경정청구는 경정청구 기간 5년 이내에 이루어지기는 하였으나, 청구법인이 2015∼2016사업연도에 법인세를 과다하게 신고·납부하게 된 것은 2011년도에 쟁점세무조정을 잘못한 것이 원인이고, 2011사업연도는 부과제척기간이 도과하여 과세표준 및 세액을 경정할 수 없으므로, 이에 터잡은 2015∼2016사업연도 합병 관련 법인세에 대한 경정청구 역시 불가능하다고 보아야 한다는 의견이다.

그러나, 원칙적으로 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이나(OOO 판결, 같은 뜻임), 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 부과제척기간 만료로 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다 하더라도, 납세의무자가 그 확정된 사업연도 법인세와는 별개인 그 뒤의 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액이 잘못되었다고 다투는 경우에는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다는 등의 주장을 다시 할 수 있다 할 것(OOO, 같은 뜻임)이다.

이 건에서 청구법인은 2011사업연도 합병 관련 쟁점세무조정을 잘못한 결과 2011∼2016사업연도 소득금액을 과다하게 계상하였고, 이에 따라 관련 법인세 또한 과다하게 신고·납부하였다는 이유로 경정청구를 제기한 것이므로, 청구법인이 부과제척기간 만료로 확정된 2011∼2014사업연도 법인세를 다툴 수 없게 되었다 하더라도, 이와 별개인 부과제척기간(경정청구기간)이 만료되지 아니한 2015∼2016사업연도 법인세가 잘못되었다고 다투는 경우에는 2011사업연도 쟁점세무조정 오류로 인하여 과세표준 결정이 잘못되었다는 주장을 다시 할 수 있으므로(OOO 합동회의, 같은 뜻임), 청구법인의 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구는 적법한 경정청구에 해당한다고 할 것이다.

또한, 처분청도 부과제척기간이 만료되지 않았다는 전제 하에서는 청구법인이 경정청구를 통하여 환급을 구하는 법인세액 자체는 정당한 것으로 인정하고 있으므로, 처분청이 청구법인에게 한 2015∼2016사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.