조심2009중1573 (2010.05.24)

1. OO세무서장이 2008.12.18. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 2,048,036,850원의 부과처분과 2008.12.10. 청구법인에게 법인세 2005사업연도분 137,492,080원(환급금 122,688,540원, 환급가산금 14,803,540원), 2007사업연도분 1,185,379,340원(환급금 1,147,894,180원, 환급가산금 37,485,160원)을 환급한 결정은, 가. 청구법인이 2005사업연도분 법인세로 신고·납부한 세액(122,688,540원)은 2006사업연도분 법인세 신고납부기한(2007.3.31.)에 2006사업연도분 법인세를 납부한 것으로 보아 상계하고, 2007사업연도분 법인세로 신고·납부한 세액(1,147,894,180원)은 그 납부한 날에 2006사업연도분 법인세를 납부한 것으로 보아 상계한 후, 2006사업연도분 법인세 미납세액 및 미납부일수를 산출하여 납부불성실가산세를 적용하고, 나. 이에 대응하여 2005사업연도분 법인세로 납부한 세액(122,688,540원) 및 2007사업연도분 법인세로 납부한 세액 (1,147,894,180원)에 대한 환급결정은 취소하는 것으로 세액을 경정한다.(다만, 2005사업연도분 법인세로 납부한 세액 122,688,540원에 대하여는 그 납부일의 다음날부터 2006사업연도분 법인세로 상계하기 전까지의 기간에 대한 환급가산금을 지급한다) 2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2005사업연도부터 2007사업연도까지 OOOOOOOO(이하 OOOOOO이라 한다)를 시공회사로 선정하여 OOOO OOO OOOO OOOO O, OOO OOOOOOOO OOOOO 신축분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 시행하였다. 나. 청구법인은 쟁점사업을 시행하면서 OOOO과 체결한 아파트신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 계약내용에 따라 공사대금을 지급하고 교부받은 세금계산서상의 금액과 기타 공사비용을 지급하고 교부받은 세금계산서상의 금액을 합한 금액을 당해 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액으로 보아 청구법인의 작업진행률을 계산하고 그 작업진행률을 기초로 당해 사업연도의 분양수익과 분양원가를 산정하여 법인세를 신고하였다. 다. OOOO국세청장은 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 청구법인이 OOOO로부터 교부받은 세금계산서상의 금액을 기초로 작업진행률을 계산한 것은 잘못이라고 보고, 시공회사인 OOOO의 쟁점공사진행률을 기초로 청구법인의 작업진행률을 재계산하여 분양수익과 분양원가를 산정한 후, 청구법인의 2005사업연도 소득금액은 1,098,544천원 감액, 2006사업연도 소득금액은 5,691,019천원 증액, 2007사업연도 소득금액은 4,557,778천원 감액하여 2008.12.18. 청구법인에게 법인세 725,165,430원(2005사업연도분 137,492,080원 환급, 2006사업연도분 2,048,036,850원 부과, 2007사업연도분 1,185,379,340원 환급)을 경정·고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 아파트신축분양사업을 시행하는 청구법인의 작업진행률을 산정함에 있어 청구법인이 공사도급계약에 따라 OOOO로부터 교부받은 세금계산서상의 금액이 아니라 OOOO의 공사진행률을 기초로 청구법인의 작업진행률을 재산정하는 것은 부당하다. 청구법인은 아파트신축공사를 OOOO에게 도급을 주어 시행하고 있기 때문에 청구법인의 매사업연도말 공사원가는 대부분 OOOO로부터 도급계약내용에 따라 공사대금의 지급의무가 발생하여 지급하고 교부받은 세금계산서상의 금액과 기타 미미한 공사대금, 토지취득원가를 포함한 금액이다. 따라서 청구법인이 시행하는 아파트신축분양사업의 작업진행률은 앞의 세금계산서상의 금액과 기타 미미한 공사비용의 합계액(당해 사업연도 총공사비누적액)이 총공사예정비(도급가액과 토지원가, 기타 부대비용의 합계액)에서 차지하는 비율이 되어야 한다. 그런데 처분청은 시공회사인 OOOO의 아파트신축공사 공사진행률을 청구법인의 아파트신축분양사업의 작업진행률로 보아 공사원가와 공사수익을 인식하였다. OOOO의 공사진행률을 기초로 청구법인의 작업진행률을 산정하게 되면 현실적으로 OOOO이 결산시점까지 청구법인에게 공사진행률을 통지하지 아니하면 청구법인은 정확한 공사원가와 공사수익을 산출할 수 없어 결산이 불가능하게 되고, 청구법인은 OOOO의 공사진행률을 검증할 수 없으므로 OOOO이 공사진행률을 왜곡하여 통지하는 경우 청구법인의 결산내용은 OOOO의 의도에 따라 달라지게 되며, OOOO이 청구법인에게 청구하지도 아니한 공사대금을 청구법인의 미확정채무로 인식하여 공사원가에 포함하는 모순이 발생하게 된다. 따라서, 권리의무확정주의 관점에서 볼 때, 청구법인이 시행하는 아파트신축분양사업의 작업진행률은 총공사예정비에 당해 사업연도말까지 실제로 지급(미지급금 포함)한 비용 즉, 지급의무가 확정되어 지급하거나 지급하여야 할 비용이 차지하는 비율로 산정하는 것이 타당하다. 한편, OOOO의 공사진행률과 OOOO이 청구법인에게 발행한 세금계산서상의 금액에 의한 작업진행률간에 차이가 크게 발생하였다면 이는 청구법인의 책임이 아니라 실제 작업진행정도와 상이하게 세금계산서를 발행한 OOOO에게 귀책사유가 있는 것이다. (2) 처분청과 같이 작업진행률을 산정하여 세무조정하는 경우에도 2005사업연도의 감액된 소득금액 1,098,544천원은 2006사업연도 소득금액을 2005사업연도에 귀속시켜 신고함으로써 과세표준과 세액을 앞당겨 신고·납부한 것이고, 이는 청구법인이 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 경우가 아니므로 2006사업연도 법인세 부과시 과소신고가산세 및 미납부가산세는 가산하지 아니하여야 한다. 국세청 예규에 의하면, 손익의 귀속사업연도 적용 착오로 법인세 과세표준과 세액을 앞당겨 신고함에 따라 그 다음 사업연도의 과세표준과 세액이 과소하게 신고된 경우, 2000.12.21.이전까지는 그 과소신고소득금액에 대하여는 과소신고가산세 및 미납부가산세 과세대상이 아닌 것(법인46220-859, 1996.3.18, 법인46012-3921, 1998.12.1, 법인46012-1512, 1999.4.22.)으로 해석하여 오다가, 2000.12.21. 이후부터는 과세대상으로 변경(법인46012-2423, 2000.12.21.)하였는바, 이는 재정경제부가 납세자의 피해를 최소화하기 위하여 국세환급가산금 기산일을 종전의 “경정일로부터 30일이 경과한 날의 익일(재정경제부 조세46000-297, 1998.12.15.)”에서 “그 납부일의 다음날(재정경제부 조세46019-246, 2000.10.19.)”로 변경하고 앞당겨 신고납부한 세액에 대하여 납부한 다음날부터 환급가산금을 지급한다는 사유로 예규를 변경하였기 때문인 것으로 보인다. 그러나, 국세환급가산금의 기산일 변경은 미납부세액에는 영향을 미치나, 과소신고세액(신고불성실가산세 10～30%)에는 영향을 미치지 못하고, 설사 미납부세액에 영향을 미친다 하더라도 국세환급금에 대하여 납세자에게 환급되는 국세환급가산금의 금리는 3.65% 내지 5%의 수준에 불과하나, 예규의 변경으로 인하여 납세자가 부담하는 납부불성실가산세는 10.95%(2003.1.1. 이전은 18.25%)로 납세자가 최소 20.95%에서 최대 48.25%까지 추가로 부담하게 되어 오히려 납세자에게 불이익을 초래하게 되었다. 「국세기본법」제18조 제1항에 의하면 세법의 해석, 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있으므로, 납세자가 세금조절목적으로 앞당겨 신고한 것이 아닌 이상 선납한 세금에 대하여 그 다음 사업연도에 미납부가산세 및 과소신고가산세를 적용하는 것은 부당하다. (3) 작업진행률의 차이로 인하여 발생한 2006사업연도분 과소신고소득금액 5,691,019천원은 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 것이 아니므로 부당과소신고금액이 아니라 일반과소신고금액으로 보아야 한다. 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 「법인세법 시행령」제118조 제4항 제4호에「손익의 귀속사업연도를 법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액」, 동항 제6호에「기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액」에 대하여는 부당과소신고금액으로 보도록 규정하고 있으나, 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 「국세기본법 시행령」제27조의2 제2항은 「익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 경우」만을 부당과소신고수입금액으로 열거하고 있고 단순히 손익의 귀속사업연도 차이로 인하여 과소신고된 소득금액은 부당과소신고수입금액으로 열거하고 있지 아니하다. 따라서, 세법 전체의 흐름으로 보아 손익의 귀속사업연도를 법과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액은 부당과소신고금액에 해당한다는 「법인세법 시행령」제118조 제4항 제4호 및 국세청 예규(서이46012-1533, 2003.8.23.)는 고의로 기간손익을 조정하기 위하여 작업진행률 계산시 공사원가 외 금액을 포함시키거나 기타 익금을 누락하거나 손금을 허위로 계상함으로써 기간손익계산에 왜곡을 가져온 경우에 한하여 적용하는 것으로 해석하여야 한다. 청구법인의 경우와 같이 2005사업연도에 과다신고하고, 2006사업연도에 과소신고한 금액은 「시행회사의 지급의무가 발생된 공사비용을 기초로 산정한 작업진행률과 시공회사의 공사진행률을 기초로 산정한 작업진행률의 차이로 인하여 발생한 과소신고금액」이지 익금으로 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상한 것은 아니므로 이를 부당과소신고금액으로 보는 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인의 신고내용처럼 OOOO로부터 수취한 세금계산서상의 금액을 기초로 작업진행률을 산출하게 되면 2006사업연도 누적 작업진행률이 50.98%에 불과하여 쟁점공사 감리인이 확인한 실행공정률 85.92%에 훨씬 미달하게 되는바, 이는 「법인세법 시행령」제69조 제1항에서 규정하고 있는 “목적물의 건설 등을 완료한 정도”에 부합하지 아니하는 것이다. 청구법인은, 처분청이 OOOO이 시공회사로서 투입한 공사원가를 기준으로 작업진행률을 재산정하여 과세하였다고 주장하고 있으나, 처분청은 외주공사 공정률(OOOO의 공사진행률)을 청구법인의 작업진행률로 바로 적용한 것이 아니라 기타 경비도 고려하여 청구법인의 작업진행률을 별도로 합리적으로 재산정한 것이므로 청구주장은 과세처분 내용을 잘못 파악하고 있는 것이다. 또한 주택사업주체인 청구법인은 감리자로부터 시공 및 공정에 관한 보고를 받을 수 있고 이 보고에 의하여 OOOO의 공사진행률을 알 수 있으므로 공사진행률을 알 수 없다는 청구주장은 설득력이 없다. (2) 법인이 손익 귀속사업연도를 잘못 적용하여 법인세 과세표준 및 세액을 앞당겨 신고·납부함에 따라 그 다음 사업연도의 과세표준 및 세액이 과소하게 신고·납부된 경우에도 이후 사업연도에 대한 법인세 경정시 「법인세법」 제76조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 과소신고 및 미납부가산세를 징수하는 것이 정당하다. 손익의 귀속사업연도 적용착오로 앞당겨 신고·납부함에 따라 그 다음 사업연도에 과소신고된 경우, 종전에는 과소신고 및 미납부가산세를 부과하지 아니하다가 2000.12.21.자로 가산세를 부과하는 것으로 국세청 예규(법인46012-2423, 2000.12.21.)가 변경되었고, 청구법인의 경우 2005사업연도분 법인세 신고시(2006년3월) 2006사업연도분 소득 일부(앞당겨 신고한 소득금액이 진행률 4.12%에 해당하는 소득금액에 불과하여 많은 금액을 앞당겨 신고한 것도 아님)를 2005사업연도분으로 앞당겨 신고한 것으로서 당시에는 가산세를 부과한다는 국세청 예규가 일반화되어 있던 시기이고, 재정경제부 법인46012-203(2001.11.24.)에서도 “손익의 귀속사업연도 적용착오로 법인세 과세표준과 세액을 앞당겨 신고·납부함에 따른 그 다음 사업연도분에 대한 과소신고 및 미납부가산세는 2000.12.21. 이후 법인세 법정신고납부기한이 종료되는 분부터 적용함”이라고 되어 있으므로 가산세 부과는 정당하다. (3) 「국세기본법」 제47조의3 에 규정된 과소신고가산세는 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용되므로 2006사업연도 과세분인 이 건의 경우 적용될 수 없는바, 부당과소를 해석함에 있어 2007.2.28. 대통령령 제19893호로 개정된 「국세기본법 시행령」 제27조의2 제2항의 부당과소 규정을 유추하여 적용하여야 한다는 청구주장은 타당하지 않다. 이 건의 경우 2006년 시행 「법인세법 시행령」 제118조 제4항 제4호에서 규정한 “손익의 귀속사업연도를 법 또는 「조세특례제한법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액”에 해당되어 부당과소신고가산세를 부과함이 정당하다. 또한 쟁점공사 감리자가 확인한 2006년말 실행공정률(85.92%)과 청구법인이 신고한 2006년말 작업진행률(50.98%)의 현격한 차이가 남에도 청구법인이 이에 대한 검토 및 조정없이 낮은 작업진행률로 법인세를 신고한 것은 이를 부당하지 아니하다고 할 수는 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 아파트신축분양사업 시행회사인 청구법인의 작업진행률 산정시 외주가공비를 청구법인이 시공회사로부터 교부받은 세금계산서상의 금액을 기준으로 하는지, 아니면 시공회사와 체결한 도급공사금액에 시공회사의 공사진행률을 적용하여 산정한 금액을 기준으로 하는지 여부 (2) 작업진행률의 인식 차이로 인하여 소득금액을 앞당겨 신고함에 따라 그 다음 사업연도는 과소신고된 경우 과소신고 및 미납부가산세 징수 여부 (3) 작업진행률의 인식 차이로 인한 과소신고가 부당과소신고에 해당하는지 여부 나. 관련법령 등 (1) 쟁점 (1) 관련 (가) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (나) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도 (이하 이 조에서 “ 작업진행률 ”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다 . 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. ③ 제2항의 규정은 건설 등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. (다) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설 등을 완료한 정도”라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 비율(건설외의 경우에는 이를 준용하여 계산한 비율을 말한다)을 말한다. 이 경우 총공사예정비는 영 제79조 제2호에 해당하는 건설업회계처리준칙을 적용하여 계약당시 추정한 공사원가에 당해 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가를 말한다. 당해 사업연도말까지 발생한 총 공사비누적액 작업진행률 = ────────────────────── 총공사예정비 ② 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 1. 익금 계약금액 × 작업진행률 － 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액 2. 손금 당해 사업연도에 발생된 총비용 ③ 영 제69조 제2항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액을 확인할 수 없는 경우를 말한다. (라) 주택법 제24조 【주택의 감리 등】① 사업계획승인권자는 제16조 제1항에 따른 주택건설사업계획을 승인하였을 때와 시장(특별자치도의 경우에는 특별자치도지사를 말한다. 이하 같다)ㆍ군수ㆍ구청장이 제42조 제2항 제2호에 따른 리모델링의 허가를 하였을 때에는 「건축사법」 또는 「건설기술관리법」에 따른 감리자격이 있는 자를 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 주택건설공사를 감리할 자로 지정하여야 한다. 다만, 사업주체가 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ지방공사 또는 대통령령으로 정하는 자인 경우와 「건축법」 제25조 에 따라 공사감리를 하는 도시형 생활주택의 경우에는 그러하지 아니하다. ② 제1항에 따라 감리할 자로 지정받은 자(이하 “감리자”라 한다)는 자기에게 소속된 자를 대통령령으로 정하는 바에 따라 감리원으로 배치하고, 다음 각 호의 업무를 수행하여야 한다. 1. 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인 2. 시공자가 사용하는 건축자재가 관계 법령에 따른 기준에 맞는 건축자재인지 여부의 확인 3. 주택건설공사에 대하여 「건설기술관리법」 제24조 에 따른 품질시험을 하였는지 여부의 확인 4. 시공자가 사용하는 마감자재 및 제품이 제38조제3항에 따라 사업주체가 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출한 마감자재 목록표 및 영상물 등과 동일한지 여부의 확인 5. 그 밖에 주택건설공사의 시공감리에 관한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항 ③ 감리자는 제2항 각 호에 따른 업무의 수행 상황을 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 사업계획승인권자 및 사업주체에게 보고 하여야 한다. ④ 감리자는 제2항 각 호의 업무를 수행하면서 위반 사항을 발견하였을 때에는 지체 없이 시공자 및 사업주체에게 위반 사항을 시정할 것을 통지하고, 7일 이내에 사업계획승인권자에게 그 내용을 보고하여야 한다. (마) 주택법 시행령 제27조 【감리자의 업무】①법 제24조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사항”이라 함은 다음 각 호의 업무를 말한다. 1. 설계도서가 당해 지형 등에 적합한지 여부의 확인 2. 설계변경에 관한 적정성의 확인 3. 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등의 검토·확인 4. 방수·방음·단열시공의 적정성 확보, 재해의 예방, 시공상의 안전관리 그 밖에 건축공사의 질적 향상을 위하여 국토해양부장관이 정하여 고시하는 사항에 대한 검토·확인 (바) 기업회계기준서 제12호 건설형 공사계약 7. 이 기준서의 목적 상 건설형 공사계약에는 다음과 같은 유형의 계약 등을 포함 한다. (다) 청약을 받아 분양하는 아파트 등 예약매출에 의한 건설공사계약 25. 문단27 또는 28의 조건을 충족하여 공사결과를 신뢰성 있게 추정할 수 있을 때에는 진행기준을 적용하여 공사수익을 인식 한다. 당기공사수익은 공사계약금액에 대차대조표일 현재의 공사진행률을 적용 하여 인식한 누적공사수익에서 전기말까지 계상한 누적공사수익을 차감하여 산출한다. 26. 당기공사원가는 당기에 실제로 발생한 총공사비용 에 공사손실충당부채전입액(추정공사손실)을 가산하고 공사손실충당부채환입액을 차감하며 다른 공사와 관련된 타계정대체액을 가감하여 산출한다. 34. 공사진행률을 실제공사비 발생액을 토지의 취득원가와 자본화대상 금융비용 등을 제외한 총공사예정원가로 나눈 비율로 계산함을 원칙으로 한다. 다만 공사수익의 실현이 작업시간이나 작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등과 보다 밀접한 비례관계에 있고, 전체공사에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 35. 공사진행률를 발생원가 기준으로 결정할 경우에는 실제로 수행된 작업에 대한 공사원가만 발생원가에 포함 한다. 따라서 공사원가에는 포함되나 공사진행에 따라 직접 발생한 지출은 아니므로, 공사진행률 계산의 기준이 되는 발생원가에서 제외되는 공사원가의 예는 다음과 같다. (가) 공사현장에 투입되었으나 아직 공사수행을 위해 이용 또는 설치되지 않은 재료 또는 부품의 원가. 다만 당해 공사를 위해 특별히 제작되거나 조립된 경우에는 발생원가에 포함한다. (나) 아직 수행되지 않은 하도급 공사에 대하여 하도급자에게 선급한 금액 (다) 토지의 취득원가 (라) 자본화대상 금융비용 (마) 재개발 등의 이주대여비 관련 순이자비용 (바) 공사손실충당부채전입액 (2) 쟁점 (2), (3) 관련 (가) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다. 2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액 (이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다) 이 50억원을 초과하는 경우 에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30 에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다. 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10 ( 부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20 )에 상당하는 금액. 다만，산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세 (제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 「조세특례제한법」에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다) 를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 때 또는 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때(당해 법인에게 귀책사유가 없는 경우에는 그러하지 아니하다)에는 다음 각 목의 산식에 의하여 계산한 금액의 합계액 가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액 )×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 ×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 (나) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제118조【과소신고금액의 계산 등】① 법 제76조 제1항 제2호(가목 단서를 제외한다)의 규정을 적용함에 있어서 법인이 결손신고를 한 경우에는 과소신고금액은 그 결손이 없는 것으로 보아 계산한다. 다만, 동호 가목 본문의 규정은 그 결손금을 포함하여 계산한 과소신고금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억원을 초과하는 경우에 이를 적용한다. ② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다. ④ 법 제76조 제1항 제2호 가목에서 “ 대통령령이 정하는 부당과소신고금액” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다. 1. 법 제52조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 2. 법 제26조(동조 제4호를 제외한다)ㆍ법 제27조 및 법 제28조 제1항 제1호ㆍ제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 3. 법 또는 「조세특례제한법」에 의한 준비금ㆍ충당금의 손금산입, 비과세 또는 소득공제의 적용대상이 되지 아니하는 법인이 이를 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만, 손금산입한도액을 초과하는 금액을 제외한다. 4. 손익의 귀속사업연도를 법 또는 「조세특례제한법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액. 다만，기업회계기준에 의하여 정당하게 계상한 것으로서 세무조정에 의하여 익금에 산입한 금액을 제외한다. 5. 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 장부에 계상하지 아니하거나 과소계상함에 따라 익금에 산입한 금액 6. 기타 익금을 고의로 누락하거나 손금을 허위로 계상하여 익금에 산입한 금액 ⑤ 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부당과소신고가산세 대상금액과 그외의 과소신고가산세 대상금액(이하 이 항에서 “일반 과소신고가산세 대상금액”이라 한다)의 구분계산은 다음 각호의 산식에 의한다. 1. 부당과소신고 가산세대상금액 부당과소신고가산세 대상 익금가산액 ＝ 총과소신고금액 × ───────────────── 총익금가산액 2. 일반과소신고 가산세대상금액 일반과소신고가산세 대상 익금가산액 ＝ 총과소신고금액 × ───────────────── 총익금가산액 (다) 국세기본법 제52조 (2000.12.29 법률 제6303호로 개정되기 전의 것)【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2.～5. ( 생 략 ) 6. 소득세법(양도소득세를 제외한다)·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생된 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 (2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 것) 1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2. ～ 5.(생 략) 6. 소득세법·법인세법·부가가치세법·특별소비세법·주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생된 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 (라) 국세기본법(2000.12.29. 법률 제6303호) 부칙 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다. (단서 생략) 제4조【국세환급가산금 기산일에 관한 적용례】제52조 제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다. (마) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 신설된 것) 제47조의3 【과소신고가산세】① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반과소신고가산세액”이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. ② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 1. 부당한 방법으로 과소신고 한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40 에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액” 이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미달한 때에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 “부당과소신고수입금액”이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. 2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당과소신고과세표준을 차감한 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 (바) 국세기본법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19893호로 신설된 것) 제27조【무신고가산세】② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 방법”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장 2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 이 조에서 “허위증빙 등”이라 한다)의 작성 3. 허위증빙등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다) 4. 장부와 기록의 파기 5. 재산을 은닉하거나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐 6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위 제27조의2【과소신고가산세】① 법 제47조의3을 적용하는 경우 과소신고한 과세표준은 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준과 납세자가 신고한 과세표준과의 차액을 한도로 한다. 이 경우 소득세 또는 법인세의 과세표준을 결손으로 신고하거나 부가가치세의 과세표준을 환급받을 세액이 있는 것으로 신고한 때에는 과소신고한 과세표준은 결손이나 환급받을 세액이 없는 것으로 보아 계산한다. ② 법 제47조의3 제2항 제1호 단서를 적용하는 경우 부당과소신고수입금액은 제27조 제2항 각 호의 부당한 방법으로 과소신고한 수입금액을 합산하여 계산한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 OOOO을 시공회사로 선정하여 아파트신축분양사업을 시행하면서 청구법인의 주요 당기 분양원가인 외주가공비(공사대금)를 당해 사업연도에 OOOO에 공사대금을 지급하고 교부받은 세금계산서상의 금액으로 하였으나, 처분청은 청구법인의 외주가공비 산정이 잘못되었다고 보고 OOOO의 공사진행률(감리인이 확인한 실행공정률)을 적용하여 청구법인의 외주가공비를 산정하고 이를 기초로 청구법인의 작업진행률을 재계산하였다. <표 1> 청구법인과 처분청의 작업진행률 등 비교 (단위 : %)

(나) 청구법인 대표이사 OOO는 2008년 8월경 OOOO국세청 조사공무원에게 “2005～2007 사업연도에 대한 분양수입금액을 인식함에 있어 사업연도별 분양원가 계산시 공사감리에 의한 공사진행률에 의하지 아니하고 OOOO에 지급한 금액으로 계산하여 아래 <표 2>에 기재된 내용과 같이 사업연도별 수입금액을 과다(소) 계상한 사실이 있음을 확인한다”는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타나고, OOOO국세청장은 OOOO의 쟁점공사 작업진행률을 기초로 아래 <표 2>와 같이 청구법인의 수입금액을 재계산한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. <표 2> OOOO국세청의 수입금액 적출내역 (OO O OO) (다) 살피건대, 「법인세법 시행령」 제69조 는 계약기간이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 청약을 받아 분양하는 아파트 등 예약매출에 의한 건설공사계약에도 적용되는 기업회계기준서 제12호(건설형 공사계약)는 공사결과를 신뢰성 있게 추정할 수 있는 때에는 진행기준을 적용하여 공사수익을 인식한다고 규정하고 있으며, 「주택법」 제24조 및 「주택법 시행령」 제27조 에 의하면 감리자는 시공자가 설계도서에 맞게 시공하는지 여부의 확인, 시공계획·예정공정표 및 시공도면 등의 검토·확인 등 감리업무의 수행 상황을 사업주체에게 보고하도록 규정하고 있으므로, 아파트신축분양사업의 시행회사인 청구법인의 수익과 비용을 산출함에 있어서도 아파트신축분양사업을 완료한 정도, 즉 작업진행률을 기준으로 하여야 할 것(OO OOOOOOOOO, 2006.8.31. 합동회의, 같은 뜻)이고, 그 작업진행률은 아파트신축공사를 완료한 정도가 가장 잘 나타내고 있다고 보이므로 청구법인이 감리자로부터 보고받을 수 있는 시공회사인 OOOO의 공사진행률을 기초로 청구법인의 작업진행률을 산정하는 것이 신뢰성이 있고 합리적이라고 할 것이다. 따라서 처분청이 시공회사인 OOOO의 공사진행률을 기초로 청구법인의 작업진행률을 산정하여 과세한 것은 타당하다고 판단된다. (2) 쟁점 (2), (3)에 대하여 본다. (가) 처분청이 시공회사의 공사진행률을 기준으로 하여 청구법인의 작업진행률을 재산정한 후 2005사업연도부터 2007사업연도까지의 법인세 과세표준 및 세액을 경정함에 따라 청구법인이 신고한 2005사업연도 및 2007사업연도 과세표준은 각각 1,098,544천원, 4,557,778천원을 과다신고한 것으로 되어 각각 122,688천원, 1,147,894천원의 환급세액(이하 “쟁점환급금”이라 한다)이 발생하였고, 반면 2006사업연도 과세표준은 5,691,019천원(이하 “쟁점과세표준”이라 한다)을 과소신고한 것으로 되어 결국 1,372,549천원(본세, 이하 “쟁점미납세액”이라 한다)의 미납세액이 발생하였다. (나) 처분청은 2005사업연도분 및 2007사업연도분 쟁점환급금에 대하여는 납부일의 다음날부터 환급가산금을 가산하여 청구법인에게 환급하고, 2006사업연도분 쟁점과세표준은 부당과소신고금액으로 보아 신고불성실가산세(부당과소신고금액이 50억원을 초과하므로 부당과소신고금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30)를 부과하였으며, 2006사업연도분 쟁점미납세액에 대하여는 미납일수 609일(2007.4.1.～2008.12.1.)을 적용하여 납부불성실가산세를 부과하였다. (다) 먼저 신고불성실가산세에 대하여 살펴보면, 청구법인은 2006사업연도분 과세표준을 2005사업연도분으로 앞당겨 신고한 것이고 세금조절목적으로 고의로 앞당겨 신고한 것도 아니므로 2006사업연도 법인세 계산시 과소신고 및 부당과소신고 과세표준으로 보아서는 아니되며, 2000.12.21.전의 과세관청 예규도 과소신고가산세를 면제(국세청 법인 46012-1512, 1999.4.2.)하는 것으로 해석하고 있었다는 주장을 하고 있으나, 앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점사업을 시행하면서 손익의 귀속사업연도를「법인세법」과 달리 적용함에 따라 2006사업연도에 쟁점과세표준을 과소신고한 것으로 나타나고, 「법인세법 시행령」제118조 제4항 제4호는 손익의 귀속사업연도를「법인세법」과 달리 적용함에 따라 익금에 산입한 금액은 이를 부당과소신고금액에 해당한다고 명시하고 있으므로 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (라) 다음으로 납부불성실가산세에 대하여 살펴보면, 「법인세법」제76조 제1항의 납부불성실가산세 산정방식이 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부하지 아니하고 경과된 일수(즉 당초 납부하였어야 할 날부터 자진납부하는 날의 전일 또는 자진납부하지 아니한 경우에는 고지일의 전일)를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있어 사실상 “자진납부하는 날”의 의미는 귀속사업연도에 불구하고 납부한 사실 그 자체로 보는 것이 합리적이라고 할 것이므로, 청구법인이 시행한 쟁점사업과 관련하여 2006사업연도분으로 납부하여야 할 법인세를 2005사업연도분과 2007사업연도분으로 귀속사업연도를 달리 하여 납부하였다고 하더라도 쟁점사업과 관련한 법인세를 납부한 사실 자체를 부인하여 2006사업연도분 쟁점미납세액 전체에 대하여 납부불성실가산세를 부과하고, 2005사업연도분과 2007사업연도분으로 납부한 법인세는 환급결정하는 것은 위 해석에 비추 어 타당하지 아니하다 할 것이다(OO OOOOOOOOO, 2006.4.18. 같은 뜻). 따라서, 청구법인이 2005사업연도분으로 이미 납부한 법인세(122,688,540원)는 2006사업연도분 법인세 신고납부기한(2007.3.31.)에 2006사업연도분 법인세를 납부한 것으로 보아 상계하고, 2007사업연도분 법인세로 납부한 세액(1,147,894,180원)은 그 납부한 날에 2006사업연도분 법인세를 납부한 것으로 보아 상계한 후, 2006사업연도분 법인세 미납세액 및 미납부일수를 산출하여 납부불성실가산세를 부과하는 것이 타당하다고 판단된다. 이에 대응하여 2005사업연도분 법인세로 앞당겨 납부한 세액(122,688,540원)은 납부일의 다음날부터 2006사업연도분 법인세로 상계하기 전까지의 기간 동안은 과오납된 금액이므로 그 기간 동안의 환급가산금은 지급하여야 하나 상계일 이후부터는 기납부세액으로 성격이 바뀌었으므로 환급금 결정(상계일 이후 환급가산금 포함)을 취소하여야 하고, 2007사업연도분 법인세로 납부한 세액(1,147,894,180원)도 기납부세액으로 본 이상 환급결정(환급가산금 포함)을 취소하여야 할 것이다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.