조심 2009서2689 (2010.09.30)

OOO세무서장이 2009.3.16. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 7,329,239,980원의 부과처분은 납부불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 ‘전력 개발 및 판매’를 주로 하는 법인으로, 2003사업연도에 OOO를, 2004사업연도에 OOO를 각각 준공하고, 발전소 설비인 배열회수보일러 및 증기터빈을「조세특례제한법」제25조의2 및 같은 법 시행규칙 [별표] 8의5에서 규정한 에너지절약시설로 보지 아니하고 투자금액인 775억9천4백만원 상당에 대한 세액공제 신청을 하지 아니하였다가,「국세기본법」제45조의2의 경정청구기간 내인 2007.3.30. OOO 1단계 완공분의 배열회수보일러 및 증기터빈이 에너지절약시설에 해당함을 이유로 세액공제 상당액인 5,635,276,020원의 법인세 환급을 구하는 경정청구(이하 “제1차 경정청구”라 한다)를 제기하였으며, 2007.12.7. OOO 2단계 완공분의 배열회수보일러와 증기터빈 및 OOO의 과급기.공기냉각기(이하 배열회수보일러 및 증기터빈 등을 “쟁점설비”라 한다)가 에너지절약시설에 해당함을 이유로 세액공제 상당액인 4,336,258,868원의 법인세 환급을 구하는 경정청구(이하 “제2차 경정청구”라 한다)를 제기하였다.

나. 처분청은 2007.8.28. 쟁점설비를 에너지절약시설로 보아 제1차 경정청구세액인 법인세 5,252,077,250원(에너지절약시설투자에 대한 세액공제액 5,635,276,020원, 환급가산금 743,856,430원, 농어촌특별세 △1,127,055,200원)을 환급하였다가, 감사원이 2008년 국세청에 대한 감사에서 “쟁점설비는「조세특례제한법 시행규칙」제13조의2 [별표] 8의5에서 규정한 “1. 에너지이용합리화시설 중 가. 에너지 발생 및 공급시설에 해당되지만, ‘가. 에너지 발생 및 공급시설’에서 열거한 보일러, 요(窯).로(爐) 및 집단에너지시설의 범주에 포함되지 아니한다”는 이유로 관련 세액을 추징할 것을 통보하자, 2009.3.16. 당초 환급을 취소하고 법인세 7,329,239,980원(에너지절약시설투자에 대한 세액공제액 5,635,276,020원 및 환급가산금 743,856,430원과 납부불성실가산세 950,107,530원의 합계)을 추징하였으며, 2009.4.16. 제2차 경정청구에 대하여도 법인세를 환급할 수 없다고 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점설비는「조세특례제한법 시행규칙」[별표] 8의5에서 규정한 에너지 절약시설 중 “1. 에너지이용합리화시설 나. 에너지이용시설-(1)산업.건설부문에너지절약설비-(가)폐기에너지회수설비-2)연소폐열, 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기, 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비”에 해당하고, 쟁점설비 중 가스터빈에서 배출되는 배열은 폐열에 해당한다.

청구법인의 LNG복합화력발전소의 발전과정을 보면, 다음과 같다. 우선 LNG를 연소시켜 발생한 열에너지가 가스터빈을 거쳐 기계적 에너지로 변환되고, 이 기계적 에너지는 발전기를 통하여 전기에너지로 변환되어 1차적으로 전기가 생산된다. 그 후 LNG 연소에 따라 발생하는 열을 이용하여 2차 전력을 생산한다. 이와 같이 복합발전의 특성상 1차 에너지 및 열에너지의 이용과 전기에너지의 발생 및 공급이라는 양 측면을 동시에 가지고 있다. 따라서 에너지의 발생 및 공급뿐만 아니라 이용이라는 특성을 가진 발전설비는 [별표] 8의5의 “가. 에너지발생 및 공급시설 및 나. 에너지이용시설”에 해당한다.

또한, LNG복합화력발전소는 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 1차 발전과정과 배열회수보일러, 증기터빈과 같은 별도 설비를 이용하는 2차 발전과정이 설비 및 기능면에 있어서 완전히 분리가능하며, 1차 발전시의 발전량과 2차 발전시의 발전량이 엄격히 구분되며, 이러한 발전 과정상의 구분을 토대로 1차 발전과정에서 버려지는 열, 즉 폐열을 이용하는 2차 발전과정과는 별도로 분리.가능하므로 그 독립성이 인정되어야 하고 1차 발전과정에서 손실되는 열에너지를 재활용하여 추가 전기에너지의 생산을 가능하게 하므로 별도의 에너지절약시설에 해당한다.

아울러, 폐열이라 함은 일정 활동의 결과로서 부수적으로 발생하여 배출되어 버려지는 열을 의미하므로 가스터빈에서 사용하여 연료를 연소하여 전력을 생산함에 따라 발생한 열은 1차 전력생산에 부수하여 발생하는 열로서 배열회수보일러, 증기터빈, 복수 및 급수설비가 없었다면 결국 폐기되었을 것이므로 폐열로 보는 것이 논리적으로 타당하며, 폐열의 온도범위에 대하여는 학술적으로 명확하지 아니하여 구체적으로 어떤 온도 상태로 배출되어야 폐열인지에 대하여 명문의 규정은 없는 상황이다.

한편, 처분청은 LNG복합화력발전설비를 에너지이용시설로 보기 어렵고, 산업 및 건물부문에만 해당된다는 의견이나, 발전업의 특성상 1차 에너지 및 열에너지의 이용과 전기에너지의 발생 및 공급이라는 양 측면을 동시에 가지고 있으므로 쟁점설비를 세액공제 대상으로 봄이 타당하다.

(2) OOO, 2003.1.13.)에서는 복합화력발전 설비 중 폐기에너지회수설비에 대하여는 세액공제를 적용하는 것으로 판단하였으며, 특히 예규에서는 배열회수보일러 및 증기터빈시설을 세액공제 대상에 포함시켰는데도, 세법에 대한 해석권한이 없는 지식경제부에 검토를 의뢰하여 기존의 유권해석보다 우선 적용하여 과세하는 것은 위법하며, 설령 기존의 해석을 변경한 경우로 본다 하더라도 그 이후 발생된 사안에 대하여 적용함이 타당한데도 소급적용하는 것은「국세기본법」제18조 제3항의 소급과세금지원칙을 위배한 위법한 처분이다.

위와 같이, 과세당국은 전기를 생산.발전하는 과정에서 발생되는 폐열을 이용하여 추가적인 전기를 생산하는 경우 폐기에너지회수설비와 관련 투자 중 연소폐열을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비를「조세특례제한법」제25조의2의 에너지절약시설로 보아 세액공제 대상임을 일관되게 판단하였다(OOO, 2007.6.7. 참조). 이에 청구법인은 과세당국의 유권해석을 합리적인 것으로 신뢰하고 그에 따라 세액공제 대상임을 이유로 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 것이므로 청구법인에게는 귀책사유가 없고, 기존의 유권해석에 반하는 위법한 처분 때문에 청구법인의 이익을 침해받았다. 따라서 이 건 법인세 추징처분은「국세기본법」제15조의 신의성실원칙을 위반한 위법한 처분이다.

(3) 처분청은 제1차 경정청구에 대한 환급세액을 추징하면서 환급일의 다음 날(2007.8.29)부터 고지일(2009.3.11.)까지를 미납기간으로 하여 납부불성실가산세를 부과하였다. 그런데, 세법에서 규정한 납부불성실가산세는 납세자가 세법에 따라 국세를 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에 부과하는 행정상 제재로서 공기업인 청구법인은 2003사업연도 법인세 납세의무를 성실히 이행하여 법인세를 미납하거나 미달하게 납부한 사실이 없다. 따라서 납부의무를 해태한 사실이 없는 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 위법.부당하다.

나. 처분청 의견

(1)「조세특례제한법」제25조의2 및 같은 법 시행규칙 [별표] 8의5에서는 에너지절약시설에 대하여 “가. 에너지 발생 및 공급시설, 나. 에너지이용시설”로 구분하고, 그 ‘가’에서는 보일러, 요.로, 집단에너지시설로, 그 ‘나’에서는 산업.건물부문 에너지절약 설비, 전력수요관리 설비, 고효율인증기자재로 세분하고 있으며, 에너지절약 설비인 폐기에너지회수설비는 산업 및 건물에 해당한다고 명시하고 있다. 그러므로 발전시설은 위 가의 에너지 발생 및 공급시설로 보는 것이 타당하다. 또한, 배열회수보일러가 위 ‘가’의 에너지발생 및 공급시설 중 보일러에 해당된다 하더라도 동 단서에 기존시설을 개체하는 경우에 한하는 것으로 규정하고 있다. 따라서 신규설비인 쟁점설비는 세액공제 대상이 아니다.

또한, 복합화력발전소 설비는 1차 발전 및 1차 발전 후 발생하는 열을 이용하여 2차 발전을 하도록 설계되어 열 이용을 극대화하기 위한 일관시설이므로 이를 구분하는 것 자체가 무의미하고, 가스터빈과 증기터빈을 독자적으로 설치할 수 없는 것이며, 청구법인의 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 열은 폐열이 아니라 반드시 활용되어야 하는 열원이므로 에너지절약시설에 해당되지 아니한다.

(2) 청구법인이 제시한 OOO 2007.6.7.)에서의 연소폐열은「조세특례제한법 시행규칙」[별표] 8의5 “1. 에너지이용합리화 시설-나. 에너지이용 시설” 중 (1) 산업.건설부문 에너지절약 설비에 해당하는 것으로 에너지 발생 및 공급 시설인 쟁점설비와는 성격이 다르며, 동 예규는 특정 납세자에 대한 질의.회신문으로 세액공제 대상인지 여부는 실질내용에 따라 판단할 사항임을 고려할 때, 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙을 위배한 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 납부불성실가산세는 납부하지 아니한 세액에 대하여 부과하는 행정상 제재로서 납부하지 아니한 세액 그 자체를 대상으로 한다. 이 건은 청구법인의 경정청구로 인하여 2003사업연도 법인세를 환급하였다가 환급대상이 아닌 것으로 밝혀졌으므로 환급일의 다음 날부터 고지일까지를 미납기간으로 하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당하는지 여부

② 이 건 법인세 추징처분이 소급과세금지원칙과 신의성실원칙을 위반한 것으로 볼 것인지 여부

③ 처분청이 쟁점설비를 에너지절약시설로 보아 세액공제 상당액을 환급하였다가, 감사원의 감사결과에 따라 해당 세액을 추징하는 경우, 납부불성실가산세 부과대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제25조의2 【에너지절약시설투자에 대한 세액공제】① 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2005년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제22조의2 【에너지절약시설의 범위】① 법 제25조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 에너지절약시설”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 시설을 말한다.

1.「에너지이용 합리화법」에 의한 에너지절약형시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다) 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설

② 법 제25조의2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제13조의2【에너지절약시설의 범위】영 제22조의2 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 시설”이라 함은 [별표] 8의5의 에너지절약시설을 말한다.

(4) 국세기본법 제15조【신의.성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(괄호생략)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호 생략)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

(5) 법인세법 제64조【납 부】① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. (이하 각호 생략)

제76조【가산세】① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다. (단서 생략)

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. (단서생략)

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(괄호 생략)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

＜산식＞ 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) OOO가 2007.5. 30. 쟁점설비와 같은 시설이 에너지절약시설에 해당하는지를 질의한 데 대하여 국세청장은 폐기에너지회수설비와 관련한 투자 중 연소폐열 등을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비는 에너지절약시설에 해당한다고 회신(OOO, 2007.6.7.)한 바 있다.

(나) OOO세무서장이 2007.9.3. 쟁점시설과 같은 시설이 에너지절약시설에 해당하는지를 질의한 데 대하여 산업자원부장관은 2007.9. 12. 배열회수보일러를 에너지절약시설로 보기 어렵다고 하면서 가스터빈을 통과한 500℃의 배열은 연소폐열이 아닌 반드시 활용되어야 하는 열원이라고 회신(OOO, 2007.9.12.)한 바 있다.

(다)「조세특례제한법」제25조의2 및 같은 법 시행규칙 13조의2 [별표] 8의5에서는 세액공제 대상인 에너지절약시설에 대하여 “1. 에너지이용합리화시설, 2. 신.재생에너지 보급시설, 3. 기타 시설로, 에너지이용합리화시설은 가. 에너지 발생 및 공급시설, 나. 에너지이용시설로, ‘에너지 발생 및 공급시설’은 (1) 보일러, (2) 요.로, (3) 지역 냉.난방산업, 산업단지 집단에너지사업 및 자가열병합발전사업에 필요한 에너지의 생산.수송.분배를 위한 에너지공급시설로 각각 구분하고 있으며, 보일러, 요.로에 대해서는 신규 투자가 아니라 기존시설을 개체하는 것에 한한다”고 규정하고 있다.

또한, ‘에너지이용시설’은 (1) 산업.건물부문 에너지절약설비, (2) 전력수요관리설비, (3) 고효율인증기자재로, 산업.건물부문의 에너지절약설비는 (가) 폐기에너지회수설비, (나) 보일러.요.로의 부속장치로, ‘폐기에너지회수설비’로는 1) 연소폐열.공정폐열 및 폐가스를 이용하여 연료 및 원재료를 예열하는 설비, 2) 연소폐열.공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기.온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비, 3) 기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비로 각각 구분하여 규정하고 있으며, ‘기타 시설’은 에너지 절감효과가 10퍼센트 이상인 에너지절약시설 중「에너지이용합리화법」에 의한 에너지관리공단의 이사장이 시범보급할 필요성이 있다고 인정하는 것으로 규정하고 있다.

(라) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 복합화력발전소 설비는 발전업 특성상 1차 에너지 및 열에너지의 이용과 전기에너지의 발생 및 공급이라는 양 측면을 갖고 있으므로 쟁점설비는「조세특례제한법」제25조의2 및 [별표] 8의5의 ‘가. 에너지 발생 및 공급 시설’ 및 ‘나. 에너지이용 시설’ 모두에 해당한다고 주장하나, 관련 법령에는 에너지 발생 및 공급시설에 대하여는 보일러, 요.로, 집단에너지시설로 한정하고 있을 뿐, 복합화력발전소 설비에 대해서는 구체적인 규정이 없는 상태이고, 설령 쟁점설비 중 배열회수보일러를 위에서 열거한 보일러에 해당한다고 하더라도 청구법인과 같이 신규 시설투자는 해당하지 아니하며, 복합화력발전소 설비인 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 약 500℃의 배열은 폐열이 아닌 2차 발전을 위해 활용되는 열원인 점 등을 감안하면, 쟁점설비는「조세특례제한법」제25조의2 및 같은 법 시행규칙 13조의2 [별표] 8의5에서 규정한 에너지절약시설투자에 대한 세액공제 대상이 아닌 것으로 판단된다(OOO, 2010.4.8. 외 같은 뜻).

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 처분청이 쟁점설비와 같은 발전설비를 세액공제 대상으로 답변한 국세청의 유권해석(OOO, 2007.6.7.)이 있음에도 세법에 대한 해석권한이 없는 지식경제부의 질의회신문을 우선 적용하여 법인세를 추징하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(나) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(OOO, 2006.11.15. 외 다수 같은 뜻).

(다) 그런데, 청구법인이 제시한 국세청의 질의.회신문은 발전회사가 LNG를 연소시켜 전력을 생산한 후 발생한 열에너지가 버려지는 것인지 여부가 다툼인 사안에 대하여 세법상 폐열에 대한 명확한 개념정의가 없음은 물론, 폐열의 온도범위에 대한 규정이 없음을 이유로 열에너지를 버려지는 에너지로 판단하고 나서 동 버려지는 에너지를 사용하여 2차 전기를 생산한다면 에너지절약시설투자에 대한 세액공제 대상에 해당된다고 회신한 것이므로 특정 납세자에게 한 예규가 일반 납세자의 신뢰대상인 공적인 견해표명이라고 보기 어렵다. 따라서 위 예규를 근거로 이 건 법인세 추징처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙을 위반한 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가)「법인세법」제76조 제1항 제3호에는 법인이 제63조(중간예납) 또는 제64조(납부)의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우 미납기간의 경과일수 및 금융기관의 연체이자율을 곱하여 납부불성실가산세를 징수한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청이 심리자료로 제출한 ‘2003사업연도 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서’를 보면, 청구법인이 2004.3.31. 쟁점설비를 에너지절약시설로 보지 아니하고 법인세 711억6천3백만원 상당을 신고.납부한 후, 경정청구기간 내인 2007.3.30. 쟁점설비를 에너지절약시설로 보아 세액공제 해당액인 5,635,276,020원의 법인세 환급을 구하는 경정청구를 제기하자, 처분청이 2007.8.28. 이를 적법한 경정청구로 받아들여 해당 세액을 환급하였다가, 2009.3.16. 감사원 감사결과를 적법한 것으로 보아 에너지절약시설에 해당되지 아니함을 이유로 환급세액 5,635,276,020원은 물론, 환급일의 다음 날(2007.8.29.)부터 고지일(2009.3.11.)까지를 미납기간으로 하여 납부불성실가산세 950,107,537원을 가산하여 법인세를 추징한 것으로 나타난다.

(다) 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(OOO, 2003.9.5. 외 다수 같은 뜻).

(라) 위 사실관계에서 보았듯이, 청구법인이「법인세법」제64조(납부)에 의하여 2003사업연도 법인세에 대한 신고.납부의무를 이행하고 나서 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당함을 이유로 투자금액에 대한 법인세 경정청구를 제기하자, 처분청이 이를 적법한 경정청구로 받아들여 법인세를 환급하였다가, 감사원의 감사결과에 따라 환급세액을 추징하는 사정이라면, 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유가 없고, 따라서 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다(OOO, 2005.6.21. 같은 뜻임).

(마) 그렇다면, 처분청이 쟁점설비를 에너지절약시설로 보지 아니하고 법인세를 추징한 것은 정당하나, 미납행위에 대한 귀책사유가 없는 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이므로 이를 배제하여 법인세를 경정함이 타당하다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.