조심 2009광2041 (2010.04.08)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2002년부터 OOO의 2차 발전설비인 증기터빈과 배열회수보일러(이하 “쟁점설비”라 한다)를 설치하기 위한 증기터빈 및 보일러 조립장비 수입분 332억 1,200만원과 국내 제작분 186억 100만원(합계 518억 1,300만원으로, 이하 “쟁점투자금액”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」제25조의2 에서 규정한 에너지절약시설투자에 대한 세액공제 대상이라 하여 2005사업연도 2,209,715,997원, 2006사업연도 1,417,239,439원, 합계 3,626,955,486원(이하 “쟁점투자세액공제액”이라 한다)에 대하여 투자세액공제를 적용하여 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 과세표준 신고를 하였다. 나. 2008년 10월 OOO국세청장은 쟁점투자세액공제액에 대하여 국세청장의 과세기준자문을 받아 쟁점설비가 「조세특례제한법」제25조의2 에서 규정하고 있는 에너지절약시설투자에 대한 세액공제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 처분청에 과세자료 통보하였고, 이에 처분청은 쟁점투자세액공제액에 대하여 세액공제를 부인하여 2008.10.24. 청구 법인에게 2005사업연도 법인세 2,836,170,480원 및 2006사업연도 법인세 1,662,988,750원을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.1.21. 이의신청을 거쳐 2009.3.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점설비는 「조세특례제한법 시행규칙」13조의2 별표 8의5(이하 “별표 8의5”라 한다) 에너지 절약시설 중 1. 에너지이용합리화시설, 나. 에너지이용시설, (1) 산업, 건설부문 에너지절약설비, (가) 폐기에너지회수설비, 2) 연소폐열, 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기, 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비에 해당하며, 쟁점설비 중 가스터빈에서 배출되는 배열은 폐열에 해당한다. OOO의 발전과정을 보면, 우선 OOO를 연소시켜 발생한 열에너지가 가스터빈을 거쳐 기계적 에너지로 변환되고, 이 기계적 에너지는 발전기를 통하여 전기에너지로 변환되어 1차적으로 전기가 생산되며, 이러한 발전시스템을 OOO이라 하고 이러한 발전과정에서 투입된 열에너지의 손실이 필연적으로 발생하며 청구 법 인의 설비에 있어서도 1차 발전 열효율은 32.91% 정도이고, 1차 발 전에서 손실되는 열에너지의 일부를 회수하여 2차적으로 발전할 수 있는 설비를 갖추게 되면 열효율의 향상을 기대할 수 있는 바, 청구법인의 복합화력발전소에서는 1차 발전과정에서 가스터빈을 구동한 후 버려지는 열을 배열회수보일러를 통하여 회수하고 여기에서 발생하는 증기를 이용, 증기터빈을 구동함으로써 2차 발전하여 열효율을 51.98%까지 향상시킬 수 있는 데, 이 별도 설비를 통해 2차 발전까지 하는 시스템을 'combined cycle'이라 한다. OOO에 있어 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 1차 발전과정과 배열회수보일러, 증기터빈과 같은 별도 설비를 이용하는 2차 발전 과정이 설비 및 기능면에 있어서 완전히 분리가능하며, 또한 1차 발전시 및 2차 발전시의 발전량이 엄격히 구분되며, 이러한 발전 과정상의 구분을 토대로 1차 발전과정에서 버려지는 열, 즉 폐열을 이용하는 2차 발전과정과는 별도로 분리가 가능하므로 그 독립성이 인정되어야 하고 1차 발전과정에서 손실되는 열에너지를 재활용하여 추가 전기에너지의 생산을 가능하게 하는 별도의 ‘에너지절약시설’로 인정되어야 하며, 폐열의 온도범위에 대하여는 학술적으로 명확하지 않아 구체적으로 어떤 온도 상태로 배출되어야 폐열인지에 대하여 명문의 규정은 없는 상황이며, 이러한 상황에서 가스터빈에서 배출된 열이 배열회수보일러, 증기터빈, 복수 및 급수설비가 없었다면 결국 버려졌을 열이므로 이 역시 폐열로 보는 것이 논리적으로 타당하다. 처분청은 발전설비에 대하여는 에너지이용시설로 보기 어렵고, 산업 및 건물부문에만 해당된다는 의견이나, 발전업의 특성상 1차 에 너지 및 열에너지의 이용과 전기에너지의 발생 및 공급이라는 양 측면을 동시에 가지고 있으므로 별표 8의5 ‘가. 에너지 발생 및 공급 시설’ 및 ‘나. 에너지이용시설’ 모두를 고려하여 세액공제를 적용하여야 할 것이다. (2) 국세청 예규OOO에 의하면, 복합화력발전 설비 중 폐기에너지회수설비에 대해서는 세액공제를 인정한 것으로 판단하였고, 특히 예규에 세액공제 대상으로 포함시킨 증기터빈, 배열회수보일러를 구체적으로 명시하고 있음에도 세법에 대한 해석의 권한이 없는 지식경제부에 검토를 의뢰하고 그 회신의견을 기존 국세청의 유권해석에 우선 적용하여 과세한 것은 기존 해석사례를 스스로 부인한 것으로서 기존 유권해석을 변경한 것으로 보아야 할 것이고, 변경된 동 유권해석은 그 이후 발생된 사안에 대하여 적용하여야 할 것임에도 이 건을 소급하여 적용하는 것은 「국세기본법」 제18조 제3항에 의한 소급과세의 원칙에 위배된 위법한 처분에 해당된다. 또한, 과세당국은 위의 유권해석과 같이 전기생산의 산업활동을 하는 법인이 전기를 생산하는 발정활동 과정에서 발생되는 폐열을 이용하여 추가적인 전기를 생산함에 있어서 폐기에너지회수설비와 관련 투자 중 연소폐열을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비는 「조세특례제한법」제25조의2 에 의한 에너지절약시설투자 세액공제 대상이라고 일관되게 판단한 바OOO 있고, 청구법인은 위와 같은 과세당국의 유권해석에 대하여 합리적이고 정당한 신뢰를 하였고 이에 따라 세액공제를 함에 있어 귀책사유가 없었음에도 처분청은 기존 유권해석에 반하는 처분을 함으로써 청구법인의 이익을 침해하였으므로 이 건 처분은 「국세기본법」 제15조 에 정한 ‘신의성실의 원칙’에도 반하는 처분이므로 취소하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「조세특례제한법」 제25조의2 에 해당하는 에너지절약시설은 별표 8의5에서 (가) 에너지발생 및 공급시설과 (나) 에너지이용시설로 크게 구분하고, (가)에는 보일러, 요·로, 집단에너지시설로, (나)는 산업 및 건물부문 에너지절약설비, 전력수요관리설비, 고효율 인증기자재로 세분화하고 있는 바, (나)의 폐기에너지회수설비는 산업 및 건물에 해당한다고 명시되어 있으므로, 발전시설은 (가)의 에너지 발생 및 공급시설로 보는 것이 타당하고, 배열회수보일러가 (가)의 에너지발생 및 공급시설 중 보일러에 해당된다 하더라도 동 단서에 기존시설을 개체하는 경우에 한하는 것으로 규정하고 있어 신규설비는 세액공제 대상이 아니다. 또한, 복합화력발전 시설은 1차 발전 및 1차 발전 후 발생하는 열을 이용하여 2차 발전을 하도록 설계하여 열의 이용을 극대화하기 위한 일관시설로서 이를 구분하는 것 자체가 무의미하고 가스터빈과 증기터빈을 독자적으로 설치할 수 없는 것이며, 청구법인의 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 열은 폐열이 아니라 반드시 활용되어야 하는 열원이므로 에너지절약시설 투자세액공제 대상에 해당하지 아니한다. (2) 청구법인이 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되었다고 주장하면서 제시한 국세청 OOO, 2007.6.7.에서의 연소폐열은 별표 8의5의 1. 에너지이용합리화 시설의 나. 에너지이용시설 중 (1) 산업·건설부문 에너지 절약설비에 해당되는 것으로 에너지 발생 및 공급시설인 쟁점설비와는 성격이 다른 것이고, 동 예규는 특정한 납세자에 대한 질의회신문으로 세액공제 대상에 해당되는지는 실질내용에 따라 판단할 사항으로 회신하고 있는 점 등에 비추어 보더라도 위와 같은 청구법인의 주장은 이유없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 청구법인이 건설한 OOO의 2차 발전설비인 배열회수보일러 및 증기터빈이 「조세특례제한법」 제25조의2 에 정한 에너지절약시설투자에 대한 세액공제 대상에 해당되는지 여부 ② 이 건 처분이 소급과세의 원칙과 신의성실의 원칙에 위배된 처분에 해당하는지 여부 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제25조의2 【에너지절약시설투자에 대한 세액공제】① 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2005년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. ② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제22조의2 【에너지절약시설의 범위】① 법 제25조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 에너지절약시설”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다. 1.「에너지이용 합리화법」에 의한 에너지절약형시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다) 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설 ② 법 제25조의2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제13조의2 【에너지절약시설의 범위】 영 제22조의2 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 시설”이라 함은 별표 8의5의 에너지절약시설을 말한다. OOO (4) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ③ 세법의 해석 또 는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새 로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 증빙자료로 제출한 국세청의 질의회신문OOO가 제기한 질의에 대하여 국세청장은 에너지절약시설인 폐기에너지 회수설비와 관련한 투자 중 연소폐열 등을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비는 에너지절약시설 투자세액 공제대상에 해당하는 것으로 회신한 것으로 나타난다. 청구법인이 전기발전업을 영위하는 다른 기업의 쟁점설비와 같은 설비에 대하여 에너지절약시설투자 세액공제를 받은 것으로 주장하며 제출한 에너지절약시설투자 세액공제현황을 보면, 아래 <표1>과 같다. OOO (나) 처분청이 과세근거로 제시한 산업자원부장관의 질의회신문 OOO 주식회사의 쟁점 설비와 같은 설비에 대해 에너지절약시설인지 여부를 질의한 데 대하여 2007.9.12. OOO를 에너지절약시설로 보기는 곤란하고, 가스터빈을 통과한 500℃의 배열은 연소폐열이 아닌 반드시 활용되어야 하는 열원으로 판단(복합화력발전소의 경우 굴뚝으로 방출되는 약 140℃정도의 열과 복수열을 통상적인 폐열로 간주함)하여야 하며, 실제 복합화력발전은 이 러한 시스템으로 설계된다는 등의 내용으로 회신한 것으로 되어 있다. (다) OOO을 보면, 아래와 같다. 1) 에너지이용시설(산업 및 건물)에 발전업을 제외한다는 근거를 찾기 어렵다는 주장에 대하여, 신청인이 건설한 복합발전소는 발전업 임이 분명하여 (가)에너지 발생 및 공급시설에 해당함에도 (나) 에너지 이용시설에 포함된다는 주장은 납득하기 곤란하고, 2) 가스터빈을 통과한 열이 폐열에 해당하고 복합화력발전이 이러한 폐열을 재활용하여 추가로 발전하는 시스템이라는 주장에 대하여, OOO를 폭발 압력만으로 이용 또는 보일러에 연료용으로 투입하여 발전을 하고 외부로 발출되는 경우에는 폐열로 볼 수 있으나, 복합화력발전은 폭발압력으로 1차 발전, 폭발시 발생한 열을 증기로 전환하여 2차 발전토록 설계하여 에너지이용 효율을 극대화한 것으로서 1차 발전이후 기 발생한 열원은 폐열이 아니라 2차 발전을 위한 주열원으로 보는 것이 논리적으로 타당하며, 3) 산업자원 용어해설집 및 산업자원부 에너지수급통계에서 정의한 ‘가스터빈에서 배출되는 폐열을 이용하여’에 대하여, 인용한 자료는 ‘폐열’이라는 용어를 학술적으로 정의한 것이 아니라 복합화력의 발전시스템을 알기 쉽게 설명한 것으로 보아야 하고, 4) 에너지관리공단이 동 설비가 금융 및 세제상 지원이 가능할 것으로 판단된다고 답변하였다는 주장에 대하여, 에너지관리공단이 OOO 주식회사에 회신한 내용(2000.12.12)에 따르면, 질의한 증기터빈에 대하여 에너지절약자금 융자지원대상이 된다는 답변으로 세제감면에 대한 언급은 없으며, 다만, 회신내용 후단에 복합화력발전의 배기열, 회수시설은 에너지절감효과가 우수하여 「조세특례제한법 시행규칙」 별표3의4. 기타 기술(에너지절감 효과가 10%이상인 것으로서 에너지관리공단 이사장이 인정하는 것)에도 해당하는 것으로 동 공단 이사장의 에너지시설투자 확인이 가능하다고 회신하여 당시에는 투자세액 공제대상으로 볼 수 있었으나, 이후 관련 규정의 개정(2001.3.28.)으로 별표 8의5의 3. 기타 에너지 절약시설은 “에너지이용합리화법에 의한 에너지관리공단 이사장이 시범 보급할 필요성이 있다고 인정하는 것”으로 조세감면대상 범위가 변경되었는 바, 이는 쟁점설비가 국내에 시범보급이 아니라 당연한 시스템으로 이미 상용화단계에 있어 세제감면을 통한 확대보급 유도는 필요성이 떨어졌기 때문으로 분석되며, 5) 복합발전은 가스터빈과 증기터빈을 독자적으로 설치할 수 없 고 반드시 일관시설로 설치하여야 에너지이용효율을 향상시킬 수 있어 설계단계에서 이미 2차 발전시스템을 반영하는 것이므로 에너지효율을 극대화하기 위해 일관시설로 설계된 복합발전의 2차측을 1차측에서 물리적으로 분할하여서도 아니되고 서류상으로 분할하여야 할 성격이 아니라고 판단된다는 등으로 답변한 것으로 되어 있다. (라) 2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 「조세특례제한법」제25조의2 및 같은법 시행규칙 13조의2 별표 8의5의 규정은 에너지절약시설투자 세액공제 대상인 에너지절약시설로 1. 에너지이용합리화시설, 2. 신·재생에너지 보급시설, 3. 기타 시설로 구분하고 있고, 에너지이용합리화시설에는 가. 에너지 발생 및 공급시설, 나. 에너지이용시설로 구분하고 있으며, 이 중 에너지 발생 및 공급시설은 (1) 보일러, (2) 요·로, (3) 지역 냉·난방산업, 산업단지 집단에너지사업 및 자가열병합발전사업에 필요한 에너지의 생산·수송·분배를 위한 에너지공급시설로 한정하되, 이 경우에도 세액공제 대상은 기존시설을 개체하는 것에 한하는 것으로 규정하고 있고, 에너지이용시설로는 (1) 산업·건물부문 에너지 절약설비, (2) 전력수요관리설비, (3) 고효율인증기자재를 규정하고 있으며 산업·건물부문 에너지 절약설비로 (가) 폐기에너지회수설비, (나) 보일러·요·로의 부속장치로 규정하고 있고, 이 중 폐기에너지회수설비로는 1) 연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 연료 및 원재료를 예열하는 설비, 2) 연소폐열·공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기·온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비, 3) 기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비로 규정하고 있으며, 3. 기타 시설로는 에너지 절감 효과가 10퍼센트 이상인 에너지절약시설 중 에너지이용합리화법에 의한 에너지관리공단의 이사장이 시범보급할 필요성이 있다고 인정하는 것으로 각각 규정하고 있다. (마) 위의 사실관계 및 법률관계 등을 종합하여 보면, 청구법인은 복합화력발전설비는 발전업 특성상 1차 에너지 및 열에너지의 이용과 전기에너지의 발생 및 공급이라는 양 측면을 동시에 가지고 있으므로 쟁점설비는 「조세특례제한법」제25조의2 및 별표 8의5의 ‘가. 에너지 발생 및 공급시설’ 및 ‘나. 에너지이용시설’ 모두에 해당되는 것으로 주장하고 있으나, 에너지공급자인 청구법인이 설치한 쟁점설비는 별표 8의5 가항의 에너지 발생 및 공급시설에 해당하나, 동 가항에 열거된 세액공제대상 자산에 복합화력발전설비는 해당되지 아니한 것으로 보여지고, 설령 쟁점설비 중 배열회수보일러를 위의 규정에서 열거하고 있는 보일러에 해당되는 것으로 볼 경우에도 시설의 개체가 아닌 신규 시설투자는 세액공제 대상에 해당되지 아니하며, 복합화력발전설비의 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 약 500℃의 배열은 폐열이 아닌 2차 발전을 위해 활용되어야 하는 열원이고, 실제 복합화력은 이러한 시스템으로 설계된 점 등을 감안하여 쟁점설비와 같은 설비에 대하여 에너지절약시설투자 세액공제대상이 아니라는 지식경제부장관의 회신내용 등에 비추어 볼 때, 쟁점설비는 「조세특례제한법」제25조의2 및 같은 법 시행규칙 13조의2 별표 8의5에서 규정하고 있는 에너지절약시설 투자세액 공제대상에 해당하지 아니한 것으로 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 처분청이 쟁점설비와 같은 발전설비를 세액공제 대상으로 답변한 국세청의 유권해석OOO이 있음에도 세법에 대한 해석권한이 없는 지식경제부의 질의회신문을 우선 적용하여 이 건 과세한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (나) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것인 바OOO 위 질의회신OOO를 연소시켜 전력을 생산한 후 발생한 열에너지가 버려지는 에너지인지의 여부가 쟁점으로 폐열에 대한 세법상 명확한 개념정의가 없고, 폐열의 온도범위에 대한 규정이 없으므로 국세청에서는 발전회사가 질의한 열에너지에 대하여 버려 지는 에너지로 판단한 후, 동 버려지는 에너지를 사용하여 2차 전기를 생산한다면 에너지 절약시설 투자세액 공제대상에 해당된다고 회신한 것으로 나타나는 바, 이는 특정인의 질의에 대하여 특정 조건을 충족하는 경우로 판단되는 경우에 대한 회신으로 일반적으로 적용될 수 있는 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명이라고 보기 어려우므로 이를 근거로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된 처분이거나 소급과세금지의 원칙에 위배된 처분으로 보기는 어렵다. (3) 따라서 처분청이 쟁점설비가 「조세특례제한법」제25조의2 및 별표 8의5의 가. 에너지 발생 및 공급시설에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점투자세액공제액에 대하여 세액공제를 부인하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세 기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결 정한다.