조심 2017구0277 (2019.02.20)

1. OOO세무서장이 2016.9.8. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은,

가. 청구법인의 OOO에 대한 유전개발사업권을 청구법인의 자회사인 OOO에 이전할 당시 이 건 유전개발사업권과 지역적 특성이 유사한 거래사례 등을 토대로 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고,

나. 청구법인이 2010사업연도부터 2015사업연도까지 해외 자회사인 OOO 및OOO에 대여한 자금의 이자 상당액 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 손금에 산입하여 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하며,

다. 청구법인의 OOO에서 2010사업연도부터 2014사업연도까지 발생한 결손금 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원)을 손금에 산입하여 각 사업연도 과세표준 및 세액을 경정하고,

라. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

2. OOO세무서장이 2016.9.8. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 천연가스의 개발ㆍ제조ㆍ공급과 그 부산물의 정제ㆍ판매 등을 목적으로 1983.1.20. 「한국가스공사법」에 의해 설립된 법인으로, 「한국가스공사법」, 「도시가스사업법」 및 청구법인 정관 등에 따라 도시가스 제조.공급, 천연가스 인수기지 및 공급망의 건설.운영 등의 사업을 영위하고 있다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.12.10.부터 2016.5.12.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하여 다음 (1)～(7)과 같은 조사결과를 처분청에 통보하였다.

(1) 청구법인이 이라크 유전개발사업 국제입찰에 참여하여 OOO에 대한 유전개발사업권을 낙찰받았으나, 별도의 대가 수령없이 해당 사업권을 청구법인이 100% 지분을 가진 자회사인 OOO(이하 “OOO”라 한다), OOO(이하 “OOO”라 한다), OOO(이하 “OOO”라 한다), OOO(이하 “OOO”라 하고, 위 OOO를 합하여 “OOO”라 한다)로 무상이전한 것을 경제적 가치가 있는 권리의 무상이전으로 보아

「법인세법」 제52조

및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산 부인 규정을 적용하고, 청구법인이 해당 유전개발사업권에 대해 현금흐름할인법(Discounted Cash Flow Model)으로 산정한 가격[이하 “순실현가치(NPV)”라 한다]을 정당한 대가로 보아 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원)을 익금산입하여야 한다.

(2) 청구법인이 LNG 국내도입과 관련되지 않아 비규제사업으로 분류한 해외사업(이하 “쟁점비규제사업”이라 한다)을 위해 설립한 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 대여한 자금 및 OOO의 지분을 취득하기 위해 OOO.에 대여한 자금을

「법인세법」 제28조

및 같은 법 시행령 제53조에서 규정하는 지급이자 손금불산입 대상 업무무관 가지급금으로 보아 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 손금불산입하여야 한다.

(3) 청구법인이 OOO에서 해외자원개발 사업을 할 목적으로 마샬제도에 청구법인이 100% 출자하여 설립한 OOO(이하 “OOO”라 한다)에게 OOO로부터 대출받은 석유개발사업자금(이하 “성공불 융자금”이라 한다)과 외화사채 발행으로 조달한 자금(이하 “쟁점자체조달자금”이라 한다)으로 대여하고 자체조달자금에 대하여 이자수익을 계상하지 아니한 것에 대하여 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다) 제4조의 정상가격에 의한 과세조정을 적용하여 융자금 적수에 OOO에서 고시하는 에너지특별융자금 상환이자율에 1%를 가산한 이자율을 곱하여 산출한 이자상당액을 정상가격으로 보아 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 익금산입하여야 한다.

(4) 청구법인이 2010사업연도부터 2014사업연도 법인세 신고시 손금계상한 청구법인의 OOO 결손금 OOO원(2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원으로, 이하 “쟁점결손금”이라 한다)을 손금산입하는 규정이 국내법에 존재하지 아니하므로 쟁점결손금을 손금불산입하여야 한다.

(5) 청구법인이 2011사업연도부터 2015사업연도까지 OOO 등 10개 해외현지법인(이하 “해외현지법인”이라 한다)에 대한 지급의무 이행보증(이하 “쟁점이행보증”이라 한다)을 하고도 관련 수수료를 수취하지 아니한 사안에 대하여, 부당행위계산부인 규정 적용(실질적 관리장소를 국내로 보아 내국법인으로 확정된 OOO) 또는

국조법 제4조

에 따라 산정한 정상요율 적용 대상으로 보아 OOO원(2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 2013사업연도 OOO원, 2014사업연도 OOO원, 2015사업연도 OOO원)을 익금산입하여야 한다.

(6) 청구법인의 기업부설연구소 전담부서등에 근무하는 연구원 중 수익사업인 LNG 저장탱크 및 터미널 설계 등 스폰서쉽 과제용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)에 참여한 연구원의 인건비를 연구·인력개발비 세액공제대상으로 하여 각 사업연도 법인세를 신고한 것에 대하여 겸업금지 원칙을 위반한 전담부서등에 근무하는 연구원의 인건비가 적격비용 요건을 결하였으므로 쟁점용역에 참여한 전담부서등에 근무하는 연구원에 대한 인건비 공제를 배제하여야 한다.

(7) 청구법인이 수입한 LNG 일부 물량에 대해 국내표준열량기준을 만족시키기 위해 상대적으로 고열량인 LPG(이하 “열조용 LPG”라 한다)를 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 매입하여 저열량 LNG에 소량 첨가하는 과정에서, OOO 및 OOO로 부터 열조용 LPG를 공급받기 3개월 전에 구매약정물량을 통보하여 실제 열조용 LPG를 구매하는 시점에 당초 구매약정물량과 실제 구매물량의 차이가 발생하는 경우 해당 물량차이에 대해 열조용 LPG 구매시점과 정산시점의 단가차이 및 환율차이를 열조용 LPG 구매대금에 가감(이하 “쟁점보정액”이라 한다)하고 세금계산서를 수취한 것에 대하여, 쟁점보정액은 재화의 공급과 관련 없이 지급된 것으로서 청구법인의 약정불이행에 따른 보상금 성격의 금원일 뿐이므로 이를 지급하고 수취한 세금계산서에 대한 매입세액을 불공제하여야 한다.

다. 이에 따라 처분청은 위 세무조사 기간 중(2015.12.10.～ 2016.5.12.)인 2016.3.29. 청구법인에게 부과제척기간이 임박한 2010사업연도 법인세의 과세표준을 증액시키는 경정(이월결손금으로 인하여 고지세액 없음)을 하였고, 이후 2016.9.8. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원(2011～2014사업연도 법인세는 이월결손금으로 인하여 고지세액이 없음) 및 농어촌특별세 OOO원 및 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2012년 제1기분 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2012년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 각 경정.고지하면서 익금산입액을 기타사외유출 또는 기타로 소득처분하고 소득금액변동통지(이전소득금액 통지)를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.10. 이의신청(2010사업연도 법인세 과세표준 증액경정에 불복)을 거쳐 2016.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이라크 유전개발사업권 무상이전 관련

(가) 청구법인이 OOO에게 유전개발사업권을 무상으로 이전한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 해당하지 않는다.

OOO 사업의 경우, 4개의 컨소시엄이 입찰에 참여한 결과 각 컨소시엄이 제시한 가격이 발주처의 최대 보상단가인 미화 2달러를 모두 초과하여 유찰되었는바, 청구법인이 포함된 컨소시엄은 유찰 후 이라크 정부와의 재협상을 통해 최초 제시한 배럴당 미화 OOO보다 미화 OOO에 계약을 체결하였으며, 미화 OOO는 OOO 정부가 제시한 최대 보상단가였다.

OOO 사업의 경우, 단독으로 입찰하였으며 이라크 정부와의 협상을 통해 최초 제시한 배럴당 미화 OOO보다 미화 OOO에 계약을 체결하였는데 미화 OOO 역시 이라크 정부의 최대 보상단가였다.

OOO 사업의 경우, 두 개 컨소시엄이 경쟁입찰을 하였고, 청구법인 콘소시엄은 생산보상비로 배럴당 OOO에 계약을 체결하였으며, 이는 이라크 정부가 책정한 최대 생산보상비보다도 낮은 금액이었다.

OOO 사업의 경우, 1차 입찰시 입찰사가 없어 유찰되기까지 하였다.

이와 같이 입찰사가 없거나 다른 경쟁업체들의 입찰가격보다 훨씬 낮아 유찰된 거래를 발주처의 최대 보상단가로 계약을 체결한 것을 두고 계약체결시 초과수익력(영업권)이 OOO원이나 존재한다고 보는 것은 거래관행이나 사회통념에도 맞지 않는다.

특히, 이라크는 내전 상황에 있고, OOO 지역은 OOO가 장악하기도 하는 등 전쟁 위험이 상당한 지역으로, 이러한 특수상황을 고려할 경우, 단지 계약이 체결되었다는 것만으로 천문학적인 초과수익력이 발생한다는 처분청 의견은 도저히 납득하기 어렵다.

OOO 사업 지분을 보유하고 있던 OOO도 2015년 9월경 아무런 특수관계가 없는 참여사에게 OOO 사업지분을 무상으로 이전하고 사업에서 철수를 결정하였다.

OOO는 OOO 사업의 지분 29.69%를 보유하다 지분을 매각하고자 하였으나 매수인을 찾을 수 없어 매각하지 못하였으며, 이에 따라 OOO는 2015년 9월경 특수관계 없는 참여사에게 보유 지분 전체를 무상으로 이전하고 사업에서 철수하였다.

따라서, 단지 계약이 체결되었다는 것만으로 초과수익력이 발생하였다는 처분청 의견대로라면, 이와 같이 OOO가 OOO 사업 지분을 아무런 특수관계도 없는 참여사에게 무상으로 이전한 것을 설명할 방법이 없다. 특히, 청구법인이 OOO에게 유전개발사업과 관련된 권리를 양도한 시기는 입찰에서 단순히 낙찰만 받은 단계로서, 상당한 투자가 이루어진 후인 OOO의 OOO 사업지분 이전 시기보다 더더욱 사업 가치를 인정하기 어려운 단계였다.

또한 OOO 사업의 경우, OOO 사태로 인하여 작업이 중단되었는바 이러한 사실을 보더라도 계약체결 단계에서 초과수익력이 존재한다는 처분청 의견은 받아들이기 어렵다.

즉, 이라크에서 4개 사업이 추진되었으나 OOO 2개 사업은 사업에 착수도 하지 못한 상황인 바, 그럼에도 불구하고 처분청은 OOO 사업에 대해서 약 OOO원의 초과수익력이 발생한 것으로 보고 과세하였는데 이와 같이 착수하지도 못한 사업에 대해 과세한다는 것은 납득하기 어렵다.

한편, 대법원은 권리가 확정되었다고 보기 위해서는 “그 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 확정되었다고 할 수 없다”다고 판시(대법원 2011.9.29. 선고 2009두11157 판결)하였다.

그런데 유전개발사업의 경우, 투자비용은 막대하나 사업의 성공여부는 매우 불투명한 특성을 갖고 있다. 따라서, 계약체결 시점에서는 단지 추정치만 예상될 뿐 그 권리가 상당한 정도로 확정되어 이익의 실현가능성이 현실화된 것으로 볼 수 없다.

결국, 이라크 사업이 계약과 동시에 초과수익력이 존재하며, 이러한 초과수익력이 확정적이라는 처분청 의견은 현실과도 동떨어진 것으로 납득하기 어렵다.

(나) 100% 자회사에 현물출자하면서 영업권 대가를 받지 않더라도 이를 부당행위로 볼 수 없다.

기획재정부나 국세청은 일관되게 당해 법인이 단독으로 현물출자하면서 초과수익력의 대가를 받지 않더라도 부당행위가 아니라고 하였다(재법인 46012-186, 2002.11.18.).

이 건의 경우도 가사 초과수익력이 인정된다고 하더라도, 청구법인이 100% 자회사를 설립하면서 초과수익력의 대가를 받지 않은 것이므로 위 유권해석의 취지에 비추어 볼 때 부당행위로 볼 수 없다.

처분청 의견대로라면, 자회사를 설립하여 사업을 영위하는 기업의 경우 자회사를 설립할 때마다 초과수익력을 계상하여 부당행위계산부인 내지 정상가격조정을 하여야 한다는 것인데, 이는 사회통념에 어긋날 뿐만 아니라, 자회사 소재지 국가에서 이를 영업권으로 인정해 주지도 않을 것이어서 부당하다.

한편, 국세청 예규(서면법규과-879, 2013.8.1.)에 따르면, 외국 손자회사를 통해 권리를 취득하는 경우에도 해외자원 개발투자에 대한 과세특례 적용이 가능하다고 판단하고 있다.

즉, 국세청도 해외자원 개발투자가 자회사, 손자회사를 통해 이루어지는 것이 일반적이므로 자회사, 손자회사를 통해 해외자원 개발투자가 이루어지는 경우에도 과세특례를 적용하고 있는 것이다.

또한 처분청 의견에 따를 경우, 경제적 동일성이 인정되는 100% 자회사를 설립하면서 영업권을 평가하여 계상하게 되며, 이 경우 세법에서 인정하지 아니하는 자가창설 영업권을 계상하는 문제가 발생하는바, 이러한 사실을 보더라도 처분청 의견은 타당하지 않다.

(다) 현금흐름할인법(DCF법)으로 평가한 순실현가치(NPV)를 시가로 볼 수 없다.

처분청은 OOO를 내국법인으로 간주하여 부당행위계산부인 규정을 적용하면서, 청구법인이 순실현가치(NPV)를 투자의사 결정시 경제성 판단의 근거로 고려하였다는 점, OOO에게 매매협상 가격의 근거로 제시하였다는 점을 들어 순실현가치(NPV)를 산정하는 방법으로 OOO의 초과수익력을 계산하였다.

그런데,

「법인세법」제52조

의 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 ‘시가’란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이므로(대법원 2007.5.17. 선고 2006두8648 판결), 청구법인이 투자의사 결정시 경제성 판단 근거로 고려하였다는 점, 매매협상 가격의 근거로 제시하였다는 점만으로는 순실현가치(NPV)를 시가로 볼 수 없다.

오히려, 청구법인이 제3자와 유사한 사업권 거래시 어떠한 평가법에 따라 사업권 가치를 평가하였는지 여부가 객관적인 교환가치인 ‘시가’로서 유의미한 자료가 될 것인데, 청구법인은 다수 사례에서 사업수행 이전에 제3자와 사이에 사업권을 양도.양수할 때 원가접근법으로 가치를 평가한 바 있다.

OOO

처분청 의견과 같이 청구법인이 자회사에게 유전개발사업과 관련된 권리.의무를 이전할 때 순실현가치(NPV)를 계산하여 그 대가를 수취해야 한다면, 자회사는 실제로 단 한번도 실현된 적이 없는 미래 20년간의 추정 현금흐름을 기반으로 대가를 지급하여야 한다는 결론에 이르게 된다.

이에 따르면, OOO는 청구법인이 협상을 한 대가로 OOO원을 지급하여야 한다. 유전의 수익발생 여부가 불분명한 상황에서(실제 OOO 사업의 경우 착수도 하지 못한 상황이다) 단지 계약체결 단계에서의 권리.의무를 이전하는 대가로 향후 20년의 현금흐름을 예측하여 OOO 원의 대가를 지급하여야 한다면 어느 누구도 자회사를 통해 해외자원개발 사업을 진행할 수 없을 것이다.

또한, 이라크 정부는 사업 참여사의 기술적, 재무적 능력을 고려하여 지분의 양수도 여부를 승인할 수 있는 권한을 가지고 있다. 자회사가 미래 20년의 현금흐름을 반영한 순실현가치(NPV)를 지급하고 지분을 이전받아야 한다면 자회사는 사업 초기부터 적자인 채로 사업을 시작하여야 하는바, 이라크 정부는 이와 같은 지분 양수도를 승인하지 않을 것이다.

(라) 이라크 정부와 계약을 체결한 상대방은 청구법인의 OOO임이 명백하다.

OOO 사업의 경우, 이라크 정부와 계약을 체결한 상대방은 청구법인의 OOO이다. OOO 사업은 2009년 10월 이사회 의결을 통하여 자회사를 설립하여 계약당사자로 참여할 계획이 있었다. 청구법인은 공공기관으로서 자회사를 임의로 설립할 수 없는 제약사항이 있으므로 청구법인이 입찰 등의 사업개시 전 주주로서 사업의 타당성 검토를 수행하고, OOO가 사업을 수행하는 방식을 택했던 것이다. 또한, 최초 입찰시 청구법인 및 청구법인의 OOO가 계약을 체결할 수 있다는 조항이 있었다. 이러한 점을 통해 이라크 정부 역시 청구법인의 OOO와 계약을 체결할 수 있다는 점을 알고 있었다는 사실과 따라서 이 건이 상관행상 비정상적인 거래로 취급될 수 없다는 사실을 확인할 수 있다.

또한, OOO 사업뿐만 아니라 OOO 사업의 경우에도 본사업 계약을 OOO가 체결하였다.

다만 OOO 사업의 경우, 이라크 정부에서 자회사는 사전심사 통과업체가 아니라는 이유로 자회사 명의의 서명을 불허하여 청구법인이 이라크 정부와 본 계약을 체결한 뒤 자회사에게 유전개발사업과 관련된 권리.의무를 이전한 것이다.

해외자원개발사업은 사업의 불확실성에 따른 모회사와의 위험 단절 및 현지 법률상의 제약 등으로 인하여 자원소재지국 등에 자회사 등 현지법인을 설립하여 사업을 수행하는 것이 일반적이다. 특히, 이라크는 내전 상황에 있고, OOO 지역은 OOO가 장악하기도 하는 등 전쟁 위험이 상당한 지역이므로 자회사를 설립하여 사업을 진행한 것이다.

따라서, 청구법인이 OOO에 부당하게 이익을 무상 분여한 것으로 보아 과세한 처분은 위법하다.

(2) 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 대한 대여금 관련

(가) 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 대한 자금대여는 청구법인의 해외자원탐사 사업수행을 위한 직.간접적 투자에 해당하는바 이는 청구법인의 업무와 밀접한 관련이 있다.

현행 세법 및 유권해석에 따르면, 해외자원개발사업을 영위하는 내국법인이 국외특수관계자에게 지급한 대여금의 업무관련성은 그 자금이 해외자원개발사업을 위하여 사용되고 있는지 여부를 기준으로 판단할 뿐, 개발된 자원이 국내로 도입되거나 국내의 매출과 연관되어야만 업무관련성이 있는 것으로 해석하지 않는다.

따라서 설립 근거법 및 정관에서 해외자원개발사업을 고유한 사업목적으로 하는 청구법인이 해외자원개발을 위하여 자금을 대여한 경우에는 그 자금이 해외자원개발에 사용되면 청구법인의 업무관련 대여금에 해당하는 것이다.

청구법인의 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사 설립은 주목적이 해외자원탐사 및 개발사업을 영위하기 위한 것으로, 이는 청구법인의 해외자원개발투자를 위한 것인바 「한국가스공사법」 및 청구법인의 정관상 목적사업과 일치한다.

청구법인은 자원보유국의 현지의 법령과 정책에 따라 해외 자회사를 설립하고 이를 통해 해외자원개발사업을 영위한 것이며, 자금대여시 그 자금은 자원개발을 위한 지분확보와 관련해서 사용하도록 사용목적을 한정하고, 그 자금의 사용내역을 청구법인에 제출하도록 하여 관리해 오고 있는바, 이는 단순한 대여금이 아니라 해외 자회사를 통해 해외자원의 지분을 획득하기 위한 청구법인의 자원탐사 및 개발사업에의 투자방법에 해당한다.

또한 이러한 자금대여를 통해 청구법인은 100% 해외 자회사를 통해 해외광구의 지분을 획득하여 향후 주요 자원이 될 수 있는 자원들을 선점할 수 있고, 해외 에너지시장 진출을 통해 사업이 확장될 수 있으며, 우수한 자원을 선점하여 향후 에너지 자원시장에서 선두적 지위를 갖게 되는 이익을 향유하는바, 이는 청구법인이 해외자원개발사업에 직접, 간접적으로 투자하는 것으로서 청구법인의 사업과 밀접한 관련이 있다.

「한국가스공사법」 제11조

제1항 제3호 및 제4호는 천연가스의 개발 및 수출입, 액화석유가스의 개발 및 수출입을 청구법인의 사업목적으로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 청구법인은 국외에서 제1항 각 호의 사업을 수행할 수 있다고 규정하여 해외자원개발사업을 청구법인의 사업목적의 하나로 명시하고 있고, 정관에도 해외자원개발업이 사업목적으로 규정되어 있는바, 해외자원개발사업은 청구법인의 고유목적사업에 해당한다.

청구법인은 고유목적사업인 해외자원개발사업을 수행하기 위하여 현지법에 따라 해외 자회사를 설립하고, 그 자회사에 자금을 대여하는 방법으로 해외자원개발사업을 영위하는 것으로, 이는 ① 해외의 에너지자원을 개발함으로써 해외자원개발사업을 수행하기 위한 것인바 청구법인의 사업목적에 부합하므로 청구법인의 업무와 관련된 비용에 해당하며, ② 해외 자회사는 청구법인으로부터 대여받은 대여금을 합작투자 등을 통하여 천연가스 탐사 및 개발사업에 실제로 이용하므로 이는 청구법인의 해외자원탐사사업에의 참여를 위한 방편으로 이뤄진 것인바 청구법인의 사업활동과 밀접한 관련이 있다.

관련 조세심판 결정례에서도 동일한 취지로 판시한 바 있는데, 조세심판원은 해외석유자원의 탐사, 개발 및 생산을 목적으로 유전개발사업을 주요사업으로 수행하고 있는 법인이 해외 자회사에 대여금을 대여한 것은 해외 자회사를 통하여 해외에 위치하고 있는 광구의 지분을 취득함으로써 해외자원개발에 대한 투자를 하기 위한 방편으로 이뤄진 것인바 이는 내국법인의 업무와 관련된 비용에 해당한다고 결정하였다(조심 2014서1303, 2016.3.16.). 청구법인 역시 해외자원개발 및 탐사사업을 영위하기 위하여 해외 자회사에 자금을 대여하고, 이를 통해 광구지분을 취득하고 있는바, 이는 청구법인의 영업과 관련된 것이다.

또한 청구법인이 자금을 대여한 해외 자회사들은 별도의 사업을 수행하는 회사가 아니라 해외자원개발투자를 위하여 설립된 법인으로, 해외자원의 지분 취득 등 해외자원개발 및 탐사 등의 업무를 수행하고 있으므로 이는 청구법인의 사업과 관련 없는 다른 사업을 영위하는 법인에게 업무와 관련 없이 계열회사라는 이유만으로 자금을 대여하는 경우와는 전혀 달라 업무무관 가지급금을 규제하는 「법인세법」 입법취지에 비추어 보더라도 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다.

(나) 개발된 해외자원을 국내로 도입하는지 여부와 무관하게 해외자원을 개발하는 것은 모두 해외자원개발사업에 해당하는바, 조사청이 업무무관 가지급금으로 본 금액은 청구법인이 해외자원개발사업 투자 방편으로 지출한 것이므로 업무와 관련된 지출이다.

「한국가스공사법」상 청구법인의 사업목적에는 해외자원개발이 포함되어 있으며, 「해외자원개발사업법」상 해외자원개발사업은 ‘해외자원을 개발하는 사업’이라고만 규정하여 반드시 도입을 전제조건으로 하지 않는 바, 국내도입여부와 무관하게 해외자원을 개발하는 사업이라면 모두 「해외자원개발사업법」상 해외자원개발에 해당한다.

구체적으로 살펴보면,

「해외자원개발사업법」 제2조

는 해외자원개발이란 “해외자원을 제3조의 방법에 따라 개발(개발을 위한 조사 및 개발에 딸린 사업을 포함한다)하는 것을 말한다”고 규정하고, 같은 법 제3조는 그 개발방법 중 하나로서 대한민국 국민이 단독으로 또는 외국인과 합작으로 해외자원을 개발하는 방법(해외 현지법인을 통하여 개발하는 경우를 포함한다)을 규정하며, 국내로의 ‘수입’에 관하여는 제3조 제3호를 두어 별도로 규정하고 있는바, 해외자원을 해외현지법인을 통하여 개발하는 것은 해외자원개발사업에 해당한다.

이는 「해외자원개발사업법」의 개정연혁을 통해서도 알 수 있다. 「해외자원개발사업법」은 2005년 개정되기 이전까지는 해외자원 개발방법을 ‘해외자원을 개발하여 개발된 자원의 전부 또는 일부를 수입하는 경우’로 규정하여 개발된 자원의 수입을 그 요건으로 하고 있었다. 그러나 2005.3.31. 개정을 통하여 해외자원 개발방법에 관한 규정에서 ‘개발된 자원의 전부 또는 일부를 수입하는 경우’ 부분을 삭제하고, ‘해외자원을 개발하는 방법’으로 개정하여 국내로 수입하지 않는 형태의 해외자원개발사업도 허용하도록 하였는바, 국내도입 여부와 무관하게 해외자원의 개발업무를 수행한다면 이는 모두 해외자원개발사업에 해당한다.

따라서 해외자원개발사업을 영위하는 청구법인과 같은 내국법인이 해외 자회사를 설립하여 해외자원 개발업무를 수행하면 이는 업무와 관련된 것에 해당하는 것이고, 반드시 개발된 자원을 도입하는 경우에만 해외자원개발사업자의 업무와 관련이 있는 것이라고 해석하는 것은 「해외자원개발사업법」 명문의 규정에 반하는 해석으로서 위법하다.

또한 처분청은 해외자원개발로부터 받은 수익이 회계상 영업외수익으로 계상되었음을 이유로 업무관련성을 부인하고자 하는 것으로 보이나, 기업회계기준은 업무관련성을 판단하는 기준이 될 수 없으며, 청구법인은 규제사업이든 비규제사업이든 해외자원개발로부터 받는 수익은 모두 영업외수익으로 처리하고 있는바, 영업외수익으로 처리되었다고 하여 이를 업무무관비용으로 볼 수는 없다.

(다) 처분청 의견과 달리 감사원은 LNG 국내도입을 목적으로 하지 않는 해외자원개발사업이 청구법인의 목적사업에 부합하지 않는다고 언급한 적이 없다.

감사원은 기업들의 형식적인 자주개발률 달성 관리 사례들을 지적한 것이지 처분청 의견처럼 자주개발률 달성을 목적으로 하였다고 하여 모두 목적사업 미영위로 해석된다는 언급은 보고서 어디에도 없으며, 해외 자원 국내 도입과 자주개발률 달성이 항상 양(+)의 상관관계를 가진다고만 보기도 어렵다는 점에서 처분청의 의견은 더욱 합리성이 없다.

또한, 처분청은 답변서에 “감사원은 LNG의 국내도입을 목적으로 하지 않는 해외자원개발사업은 청구법인의 목적사업에 부합하지 않는다며 통보 처분을 한 점”이라고 기술하고 있는데, 감사원 처분요구서를 보면 “2005년 3월 신설된

「해외자원개발사업법」 제17조

의 규정에 따르면 국내외 자원수급의 약화로 인하여 자원수급에 중대한 차질이 생기거나 생길 우려가 있는 경우에는 해외자원개발 사업자에 대하여 개발한 해외자원을 국내에 반입할 수 있도록 규정되어 있다.”라고 기술하고 있다.

따라서 이 부분은 2005년 「해외자원사업법」상 개정 당시 새로이 해외자원 국내 반입을 추가 허용한 것으로서, 국내 도입 없는 해외자원개발사업이 당해 법상 해외자원개발사업에 해당하지 않는 것으로 새로이 제한한 것이 아니다.

한편, 감사원 처분요구서의 마지막 “조치할 사항”을 보면 해외자원개발사업의 당초 목적이 제대로 달성될 수 있는 방안을 강구하라고 통보를 하였을 뿐, 처분청 의견처럼 청구법인의 해외자원개발사업이 청구법인의 목적사업에 부합하지 않는다고 통보 혹은 기술한 적이 없다.

사업의 관련성 여부는 목적사업의 영위 여부에 달려 있는 것이지 목적사업을 영위하였음에도 당초 목적을 달성하지 못한 경우까지 목적사업을 영위하지 않는 것으로 간주하는 것은 매우 불합리하다.

만약 영위사업의 목적을 사후적으로 달성하지 못하였다는 사실만으로 업무 관련성이 없는 것이라면 당초 계획한 사업 목적을 달성하지 못한 모든 사업에 대한 대여금, 비용은 모두 세법상 업무무관 가지급금, 업무무관비용으로 간주되어야 할 것인데 이는 세법 논리에도 부합하지 않고 비현실적이다.

청구법인의 해외 자회사 설립은 주목적이 해외자원탐사 및 개발사업을 영위하기 위한 것으로, 이는 청구법인의 해외자원개발투자를 위한 것인바 「한국가스공사법」 및 청구법인의 정관상 목적사업과 일치하므로 사후적인 사업목적을 실제 달성하였는지 여부와 무관하게 목적사업 활동을 온전히 영위하였다면 업무관련성이 있는 활동으로 인정되어야 할 것이다.

(라) 쟁점비규제사업 관련 대여는 배당·이자수익을 얻기 위한 단순 투자활동이 아닌 해외자원시장 확대 및 에너지 자원선점을 위한 것으로, 이는 청구법인의 업무와 관련된 지출이다.

처분청은 쟁점비규제사업이 국내 LNG 도입이 고려되지 않아 가스의 안정적인 공급에 기여했다고 보기 어려우며 해외자원시장 확대 및 에너지 자원 선점을 통한 수익 증대에 기여하지 못해 업무와 무관한 지출이라는 의견이나, 이는 해외자원개발사업의 이해부족에서 기인한 것으로 사실과 다르다.

무엇보다 자원개발사업은 탐사단계에서 개발·생산단계까지 약 10년 이상이 소요되고 장기간에 걸쳐 투자비를 회수하는 장기 사업이며, 20～30% 내외의 낮은 탐사 성공율과 시장가격, 환율 및 지정학적 요인 등 다양한 위험에 노출된 고위험 사업이다.

특히 자원개발사업 중 탐사단계는 천연가스가 생산되지 않는 단계로 국내 LNG 도입여부를 판단할 단계가 아니며 수익도 발생하지 않는 것이고, 탐사단계를 거쳐 개발·생산단계에 진입할 경우 향후 국내 LNG 도입과 연계할 수 있으며 해외자원시장 확대 및 에너지자원 선점을 통한 수익증대에도 기여할 수 있다.

실제 OOO 사업의 경우 2007년 지분매입이 이루어진 이래로 2008～2014년까지 탄성파 탐사로 대규모 매장량을 확인하고, 2017년 LNG 사업화 단계에 진입하였으며 향후 국내로의 LNG 도입 또는 현지 매각 등을 통해 가스의 안정적 공급 및 해외자원시장개발 확대 등에도 영향을 미치게 될 것이다.

이처럼 해외자원개발사업을 제대로 이해한다면 쟁점대여금은 향후 국내 LNG 도입을 통해 가스의 안정적 공급에 기여함과 동시에 해외자원시장 확대 및 에너지 자원 선점을 위한 업무관련 지출이라는 것을 알 수 있다.

또한 처분청은 탐사사업을 위한 대여금이 개발자원의 판매·해외인수기지 운영을 통해 실현되는 수익을 바탕으로 한 배당수익·이자수익을 수취하기 위해 시행된 투자활동이라는 의견이나, 해외자원개발사업은 탐사, 개발, 생산 및 마케팅 단계로 구분됨에도 불구하고, 처분청은 단계상 생산이나 수익을 위해 시일이 요구되는 탐사사업을 미래에 대한 고려없이 개발단계와 동일시하는 오류를 범하고 있다.

적어도 해외자원개발사업을 통해 국내 LNG 도입 또는 수익 발생을 위해서는 사업이 개발·생산단계에 이르러야 하는 것으로서, 단지 탐사사업은 개발·생산단계의 이전단계로서 도입여부와 수익발생이 되지 않는바, 결국 업무무관여부는 국내 도입 여부나 수익실현 여부로 판단할 것이 아니라 「한국가스공사법」의 목적사업을 기준으로 판단하여야 한다.

(3) OOO에 대한 성공불 조건의 쟁점자체조달자금 융자금의 이자수익 미계상 관련

(가) 기획재정부 예규(국제조세제도과-348, 2015.7.31.)는 기본적으로 본 건과 본질이 동일한 사안이므로, 이 건에도 그대로 적용될 수 있다.

위 예규에 따르면 질의법인인 OOO는

「한국석유공사법」 제4조

에 따라 정부가 출자하여 설립된 법인으로 「에너지 및 자원사업

특별회계법 시행령」 제6조

에 따라 석유개발 사업이 상업적 생산에 이르지 못하고 사업을 종료하는 경우 융자원리금의 전부 또는 일부를 면제하는 성공불 조건으로 해외 자회사에 정부 자금 및 자체 자금을 융자하였고, 관련 법령 및 융자계약서에서 이러한 성공불 융자의 거치기간은 상업적 생산이 개시되어 사업수익금을 최초로 받는 날의 직전일까지로 하고 거치기간중의 이자는 거치기간 만료시 발생하도록 규정되어 있었다. 그리고 OOO가 해외 자회사에 융자한 자금의 재원이 무엇이었는지에 관해서는 전혀 판단된 바가 없다.

이 건의 경우에도 청구법인은 OOO에게 사업자금을 대여하면서, 원금과 이자상환에 관하여서는 수익발생시점에 이자를 우선상환 후 원금을 상환하는 조건으로 규정하였고, 특히 해당 광구의 상업적 생산으로 현금 유입이 있을 경우에만 상환하도록 규정하여 성공불 조건임을 명시하였다.

(나) 처분청은 쟁점자체조달자금의 경우에는 청구법인이 이자 상환의무가 있다는 점을 문제삼고 있으나, 위 예규에 따르면 해당 자금의 조달방법은 성공불 조건 대여자금의 이자상환의무에 아무런 영향을 미치지 않는다.

쟁점자체조달자금의 경우에도 결국은 성공불 융자금과 마찬가지로 탐사사업의 성공여부에 따라서 이자의 발생여부가 좌우되는 금원이므로 이자수익을 인식할 필요가 없다는 점은 마찬가지이다.

처분청은 쟁점자체조달자금의 경우에는 원가가산법에 따라 청구법인이 자금을 조달하는데 들인 비용만큼의 이자를 수취하여야 정상가격이라는 의견이나, 이는 성공불 융자의 기본 특성을 간과한 것이며, 쟁점자체조달자금의 경우에도 결국은 성공불 융자금과 마찬가지의 성격을 지니는 금원이므로 이자를 수취하지 않는 것이 정상가격에 해당한다.

만약 자체조달자금이 전혀없이 정부지원금으로만 성공불 융자제도를 운영하게 될 경우, 성공불 융자제도의 혜택을 받는 사업자들이 “성공불 융자를 받으면 자기 자금없이 사업 추진이 가능하여 실패해도 손해가 발생하지 않는다”는 도덕적 해이에 빠지게 된다. 이와 같은 도덕적 해이를 방지하기 위하여, 해외자원개발사업자금 융자기준에서 탐사 사업비의 최대 80%까지를 성공불 융자 자금으로 지원할 수 있도록 규정하고 있음에도 불구하고 실제로는 이보다 낮은 비율로 지원하고 있다(해외자원개발협회, 성공불융자 10문 10답 중 6문 참조).

예컨대 이 건에서 문제가 되고 있는 대여기간은 2010년부터 2015년까지인데, 2010년부터 2014년까지 석유개발사업의 경우에는 실제로 탐사 사업비 대비 성공불 융자지원율이 50%를 초과한 적이 없었다(해외자원개발협회, 성공불융자 10문 10답 중 6문 참조).

이와 같은 지표는 어떠한 성공불 융자금을 막론하고라도 자체조달자금이 최소한 50% 이상의 비율을 차지한다는 의미를 지니는바, 결국 해외자원개발사업에 있어서 일정한 자체조달자금의 비율은 성공불 융자금 제도에 필수불가결하다는 귀결에 이른다.

따라서 쟁점자체조달자금의 경우에도 결국 성공불 융자금과 마찬가지로 탐사사업의 성공여부에 따라서 이자의 발생여부가 좌우되는바, 이에 대하여 청구법인이 OOO에 대하여 이자를 수취하지 않는 것이 정상가격에 해당한다.

(다) 처분청은 OOO와 OOO가 일부 사업목적이 다르게 규정되어 있다는 사유 등을 근거로 양자의 차이점을 부각시키려고 하나, OOO와 OOO는 각각 「한국석유공사법」, 「한국가스공사법」에 따라 설립되어 산업통상자원부장관의 지도.감독을 받고 양 회사 모두 해외자원개발협회의 회장사로서 그 공통점이 매우 많다.

특히 OOO와 OOO는 양사간 기능이 중복된 측면이 있어서, 산업통상자원부가 2016년 5월경에는 해외자원개발추진체계 개편 방안 연구(안) 용역보고서를 발표하면서 양사를 완전히 통합하거나 기능이 중복된 부분을 통폐합하는 방안을 검토하기도 하였다.

이와 같은 청구법인과 OOO의 유사점으로 미루어 볼 때, OOO가 해외 자회사에 성공불 융자로 대여해 준 금원에 대해서는 이자를 수취하지 않은 것을 정상가격으로 보면서(기획재정부 국제조세제도과-348, 2015.7.31.), 이 건에서는 청구법인이 OOO에 성공불 융자로 대여해 준 쟁점자체조달자금에 대하여 이자를 수취하지 않은 것을 정상가격으로 보지 않고 과세하는 것은 심히 부당하다.

(4) 청구법인의 OOO 결손금(쟁점결손금) 손금산입 관련

(가)「남북사이의 소득에 대한 이중과세 방지 합의서」(2000.12.16. 대한민국 통일부장관, 조선민주주의인민공화국 내각책임참사 합의로, 이하 “남북이중과세방지합의서”라 한다)의 소득면제 규정은 손실이 있는 경우에 대해서는 규정하고 있지 아니한바, 손실이 발생한 경우에는 우리나라 「법인세법」 규정이 적용되어야 한다.

남북이중과세방지합의서 제22조 제1항은 이중과세 방지방법에 관하여 “일방은 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대하여 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우 일방에서는 그 소득에 대한 세금을 면제한다”고 규정하고 있다. 이는 일방국에서 세금을 부담하는 소득에 대하여 타국에서 다시 과세하지 않도록 하기 위한 취지로 그 적용대상을 ‘소득이 발생하여 세금을 납부하여야 할 경우’로 명시하고 있는바, 결손금(손실)이 발생한 경우에는 납부할 세금자체가 없어 위 조항의 규율대상이 될 수 없다.

남북이중과세방지합의서에서 세액공제방식이 아닌 소득면제방식을 채택한 취지는 대북 진출기업의 세부담 경감을 도모하고, 북한 투자에 대한 조세지원을 보장하기 위하여, 상대방 국가에서 과세하면 타국가에서는 그 소득에 대해 세금을 면제하도록 하는 것이다.

이러한 취지에 따라 대법원은 OOO에 설립된 법인의 결손금이 북한세법 규정상 결손금 공제조항이 없어 손금으로 산입되지 못하므로, 국내 「법인세법」상 손금으로 인정해주지 않는 경우 어느 국가에서도 공제받지 못하는 불합리함이 있는바 국내 「법인세법」이 적용되어야 한다고 판시하고 있다(대법원 2012.10.11. 선고 2012두12532 판결).

특히 현재 북한은 OOO을 폐쇄하고 군사통제구역으로 지정하였는바, OOO의 재개가능성이 희박하여 언제 북한에서 이월결손금 공제혜택을 받을 수 있을지 여부를 알 수 없는 상황이다.

따라서 쟁점결손금에 대하여 국내 「법인세법」상 이월결손금 공제를 인정해주지 않는다면 청구법인은 북한에서 이월공제기한이 경과되어 결손금을 공제받지 못함에도 국내에서도 결손으로 인정받지 못하는 심히 부당한 이중의 불이익을 입게 된다.

(나) 특히 이 건과 동일한 내용이 쟁점이 된 OOO 사건에서 대법원은 OOO에서 발생한 결손금의 손금산입을 부정할 수 있는 아무런 법률적 근거를 발견할 수 없으므로 국내 법인세 신고시 본점의 소득금액과 통산되어야 한다고 판단(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47628 판결)하였다.

따라서, 처분청이 청구법인의 2010사업연도부터 2014사업연도 법인세 신고시 손금계상한 쟁점결손금을 손금산입하는 규정이 국내법에 존재하지 아니한다 하여 손금불산입한 처분은 부당하다.

(5) 해외현지법인에 대한 쟁점이행보증 수수료 미수취 관련

(가) 쟁점이행보증은 이전가격 과세제도를 적용할 수 있는 비정상적인 거래에 해당하지 않는다.

쟁점이행보증이 형식적으로

국조법 제2조

제1항 제1호 소정의 국제거래에 해당한다고 하더라도 실제로 이전가격 과세제도에 의한 과세가 정당화되기 위해서는 그 보증 경위, 목적, 효익 등 제반 사정을 감안하여 청구법인이 자회사로부터 그에 대해 직접적인 대가를 수령하지 않은 것이 비정상적인 것임이 전제되어야 할 것이다.

만약 청구법인이 쟁점이행보증을 제공하지 않는다면 청구법인은 해외현지법인을 통한 해외자원개발사업에 참여할 수 없게 되고, 따라서 쟁점이행보증은 해외현지법인의 설립 및 존치의 필수적인 요건이 되며, 쟁점이행보증의 실질적인 목적은 명목상의 법인인 해외현지법인을 통하여 청구법인이 해당 사업에 참여하는 것이므로 쟁점이행보증에 따른 효익의 실질적인 당사자는 청구법인이다.

따라서 청구법인이 자기의 사업상 이익을 위하여 쟁점이행보증을 제공하는 것이므로 해외현지법인으로부터 별도의 보증수수료를 수취하지 않는 것이 오히려 정상적이고, 이는 이전가격 과세제도에 의한 과세의 대상이 될 수 없다고 보는 것이 타당하다.

처분청은 청구법인과 해외현지법인이 독립된 법인격을 갖고 있는 점을 들어 보증수수료 미수취가 비정상이라는 의견이나, 청구법인이 해외현지법인을 통해서 해외자원개발사업에 참여하고 있는 이상, 독립된 법인격을 가지고 있다는 사유가 보증수수료를 수취해야 정상이라는 근거가 될 수는 없다.

(나) 국조법상 정상가격을 산출하는 방법을 적용하여도 쟁점이행보증은 과세대상에 해당하지 않는다.

국조법 시행령 제6조의2

제3항은 거주자와 국외특수관계인간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법을 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 하도록 규정하고 있고, 상기 규정 중 제1호의 경우 ‘보증인의 예상 위험’은 피보증인의 신용등급에 따른 예상 부도율과 부도 발생시 채권자가 피보증인으로부터 채권을 회수할 수 있는 비율을 기초로 하여 산출한 금액으로 하며, ‘비용’은 보증인이 보증으로 인하여 실제로 부담한 비용을 의미한다(

국조법 시행규칙 제2조의3

제1항).

그런데 쟁점이행보증의 경우 기본적으로는 해외자원개발사업과 관련하여 해외현지법인이 부담하여야 할 투자비와 운영비에 대한 지급보증의 성격을 지니고, 피보증채무에 해당하는 해외현지법인이 부담하여야 할 금원은 청구법인의 해외현지법인에 대한 자본투자 또는 대여를 통하여 조달되는 것이다.

해외자원개발사업에 참여함에 있어 해외현지법인이 부담하여야 할 투자비와 운영비 상당액 전액을 청구법인이 자본투자 또는 대여를 통하여 해외현지법인에게 제공하는 쟁점이행보증에서 청구법인에게 예상되는 새로운 위험은 전혀 없다. 따라서 실질적으로 쟁점이행보증으로 인하여 청구법인이 실제 부담하여야 할 비용도 없다.

이와 같이 제1호의 방법에 따르면 청구법인이 쟁점이행보증을 제공하는 것과 관련하여 해외현지법인으로부터 별도의 보증수수료를 수취하지 않는 것이 타당하다.

(다) 쟁점이행보증에서 피보증인의 기대편익을 기초로 정상가격을 산출할 수는 없다.

국조법 시행령 제6조의2

제3항 제2호는 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하도록 규정하고 있고, 제2호의 방법에 따른 정상가격은 지급보증이 없는 경우의 피보증인의 자금조달비용에서 지급보증이 있는 경우의 피보증인의 자금조달비용을 뺀 금액으로 한다(

국조법 시행규칙 제2조의3

제2항).

쟁점이행보증의 경우 해외현지법인이 부담하여야 할 투자비와 운영비 상당액 전액을 청구법인이 정상적인 자본투자 또는 대여를 통하여 해외현지법인에 제공한 이후 이행보증을 하는 것이므로, 피보증인의 기대편익을 기초로 볼 때 청구법인이 별도의 보증수수료를 받아야 한다고 보는 것은 그 전제 자체가 타당하지 않다.

특히 이 건의 경우 쟁점이행보증이 없다면 청구법인의 해외자원개발사업의 참여 자체가 불가능하며, 특수관계 없는 다른 회사나 금융기관이 쟁점이행보증과 같은 해외현지법인에 대한 무제한의 대금지급보증을 제공하는 것도 현실적으로 불가능하므로 제2호의 방법을 쟁점이행보증에 적용하는 것 자체가 타당하지 않다.

(라) 쟁점이행보증에

국조법 시행령 제6조의2

제3항 제3호의 규정을 적용할 수도 없다.

국조법 시행령 제6조의2

제3항 제3호의 방법에 따른 정상가격은 제1호 및 제2호의 방법에 따라 가격을 각각 산정한 경우로서 제2호의 방법에 따라 산정된 가격이 제1호의 방법에 따라 산정된 가격보다 큰 경우에 적용한다. 그리고 이는 제1호 및 제2호의 방법에 따라 산출한 가격의 범위에서 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익 및 지급보증 계약 조건 등을 감안하여 합리적으로 조정한 금액으로 한다(

국조법 시행규칙 제2조의3

제3항).

그러나 앞서 살펴본 바와 같이 제1호의 방법에 의할 경우 보증수수료가 OOO이 되는 것이 타당하며, 제2호의 방법을 적용하는 것은 타당하지 않은바, 따라서 제3호의 방법에 의하더라도 청구법인이 쟁점이행보증을 제공하는 것과 관련하여 해외현지법인으로부터 별도의 보증수수료를 수취하지 않는 것이 타당하다.

따라서 청구법인이 해외현지법인에게 쟁점이행보증을 제공하고 관련 수수료를 수취하지 아니한 사안에 대하여 부당행위계산부인 규정 적용 또는

국조법 제4조

에 따라 산정한 정상요율 적용 대상으로 보아 익금산입한 처분은 부당하다.

(6) 쟁점용역에 참여한 전담부서등에 근무하는 연구원의 인건비에 대한 연구개발비 공제 관련

(가) 연구전담요원이 쟁점용역에 일부 참여하였다고 하여 연구전담요원에서 배제되는 것은 아니다.

「조세특례제한법 시행령」 별표6 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제7조 제3항은 ‘연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발 서비스업에 종사하는 전담요원의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있다’고 규정하고 있는바, 만일 연구전담요원이 연구업무를 전담하지 않고 다른 업무를 겸직하는 경우에는 연구·인력개발비 세액공제대상에서 배제된다 할 것이나(조심 2014중3244, 2014.8.11.), 동 심판결정의 취지는 연구전담요원이 일시적으로 다른 업무를 하는 자까지 배제하고자 하는 것은 아니라고 할 것이다.

청구법인의 기업부설연구소에서 재직하는 연구전담요원들은 쟁점용역을 상시로 수행하지 않았다. 즉, 겸직하지 않았다. 이러한 연구전담요원에 대해서 연구·인력개발비 세액공제를 전적으로 배제하는 것은 부당하다.

처분청은

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

에서 적격한 연구요원을 ‘전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’라고 규정하고 있고, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조에서도 ‘연구전담요원 등은 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없다’라고 규정한 점을 고려할 때 전담부서등에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발 조세지원 규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이라는 의견이다.

그러나

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

제3항을 살펴보면 연구개발 조세지원 규정이 적용되는 대상은 ‘전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원’이라고 규정되어 있어, 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원의 경우 “전담”할 것을 요건으로 하지만, 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자의 경우 “전담”할 것을 요건으로 하고 있지 않다.

만약, 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원을 처분청의 의견과 같이 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 ‘연구전담요원’으로 해석할 경우, 조세법률주의(

「헌법」 제59조

)에 위반하여 위법하다.

한편,

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

제1항은 ‘전담부서등’을 ‘「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서’, ‘

「문화산업진흥 기본법」 제17조

3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서’를 의미한다고 규정하고 있다.

그런데 청구법인의 기업부설연구소는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제16조 제1항에 따라 인정을 받은 기업부설연구소에 해당하므로 ‘전담부서등’에 해당할 뿐, ‘전담요원’을 요건으로 하는 연구개발서비스에 해당하지 않는다.

따라서, 청구법인의 기업부설연구소에 근무하는 연구요원 인건비의 경우 연구개발에 전담하지 않더라도 연구개발 조세지원 규정이 적용되는 대상에 해당하므로, 전담부서등에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 연구개발 조세지원 규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이라는 처분청의 의견은 타당하지 않다.

(나) 쟁점용역에 참여한 전담부서등에 근무하는 연구원의 인건비 전액을 연구·인력개발비 세액공제 배제대상으로 보는 것은 부당하고 쟁점용역에 참여한 비율만큼만 배제되어야 한다.

연구전담요원은 쟁점용역에 항상 참여하는 것이 아니라 쟁점용역 발생시 상황에 따라 참여하고 있다. 즉, 연구전담요원이 쟁점용역을 상시로 수행한 것이 아니며 기본적으로 연구전담요원의 역할을 수행하고 쟁점용역 발생시 일시적으로 참여한 것이다.

국세청 질의회신의 경우에도 연구개발 전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 자체연구개발과 수탁연구개발의 수행기간, 시간 등을 합리적인 방법으로 안분 계산하여 자체연구개발을 위해 지출한 인건비의 경우 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 있다고 판단하였다.

따라서 쟁점용역에 참여한 연구전담요원의 총 근무시간 중 쟁점용역에 참여한 시간을 제외한 나머지 부분에 대해서는 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 합리적이라고 할 것이다.

(7) 쟁점보정액의 부가가치세 매입세액 공제 관련

(가) 쟁점보정액은 열조용 LPG의 공급가액에 포함되어야 한다.

구 「부가가치세법」(2011.12.31. 법률 제11129호로 일부 개정되기 이전의 것) 제13조 제1항 및 구 「부가가치세법 시행령」(2011.5.30. 대통령령 제22932호로 일부 개정되기 이전의 것) 제48조 제1항에 따르면, 재화의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 공급한 재화의 공급가액을 합한 금액으로서, 해당 공급가액은 공급받는 자로부터 받은 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인과 OOO 및 OOO간에 수수하는 쟁점보정액이 열조용 LPG의 공급과 분리되지 않는 이상 쟁점보정액은 열조용 LPG 공급가액에 포함되어야 한다.

청구법인은 도시가스사업자에게 국내표준 열량기준에 부합하는 LNG를 공급하기 위해서 OOO 및 OOO로부터 열조용 LPG를 구매해야 하나, 도입하는 LNG의 특성상 LNG가 추출되는 위치나 추출시기에 따라 그 열량이 상이하므로 열조용 LPG의 정확한 월별 수요예측을 할 수 없는 상황이기 때문에, 실제 공급시점의 3개월 전에 OOO 및 OOO에게 구매약정 물량을 통보하고 OOO 및 OOO는 실제 공급하기 이전에 통보받은 구매약정 물량을 미리 확보하고 있다.

이러한 여건 속에서 청구법인이 사전 구매약정 물량과 실제 구매물량간에 차이가 큰 경우 OOO 및 OOO에게는 LPG 재고관리의 불확실성이 발생할 수 있고 이로 인해 청구법인이 LPG를 안정적으로 공급받는 데에 차질이 발생할 수 있기 때문에, 청구법인은 OOO 및 OOO와의 공급계약상 물량차이 발생으로 인한 쟁점보정액을 거래대금에 반영하는 것으로 사전에 약정하여 청구법인이 실제 열조용 LPG를 구매하는 시점에 열조용 LPG 구매대금에 반영하여 수수하고 있는 것이다.

(나) 쟁점보정액은 손해배상이나 보상금이 아니다.

청구법인은 LPG를 안정적으로 공급받기 위하여 OOO 및 OOO와 협상을 통하여 구매하는 물량에 대한 가격산정방법을 달리 정한 것에 불과한 것이지 손해배상이나 보상의 성격이 아니다.

만일 이를 보상금 성격으로 본다고 한다면 청구법인이 구매약정 물량보다 미달하게 구매하여 OOO 및 OOO에게 손해를 끼친 경우에 한하여 청구법인이 일방적으로 대가를 지급하여야 하는 것이 일반적이겠으나 청구법인의 경우에는 구매계약상 구매약정 물량보다 미달하게 공급받는 경우뿐만 아니라 초과 구매하는 경우에도 쟁점보정액을 지불하는 경우가 발생할 수 있다.

쟁점보정액은 청구법인이 LPG를 안정적으로 공급받는 것을 담보하기 위한 가격 정산방법의 일환으로써 이는 LPG구매에 따른 대가에 해당하는 것이 자명하다.

청구법인과 OOO 및 OOO간에 수수하는 쟁점보정액은 열조용 LPG 공급계약에 필연적으로 포함되는 대가로서, 그 대가는 명목이나 지급방법에 불구하고 재화의 공급과 대가관계에 있기 때문에 「부가가치세법」상 과세대상에 포함된다.

따라서 이 건 거래를 재화의 공급없이 이루어지는 가공거래로 보아

「부가가치세법」 제60조

와

「국세기본법」 제47조의3

및 제47조의4의 가산세를 적용한 이 건 부과처분은 위법.부당하다.

(다) 처분청은 OOO이 2011년 제1기, 제2기 및 2012년 제2기 부가가치세 과세기간과 관련하여 청구법인에게 지급한 쟁점보정액을 약정불이행에 따른 보상금으로 보아 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하여 과세처분을 하였고, 청구법인이 2011년 제1기 과세기간과 관련하여 OOO 등에 지급한 쟁점보정액도 약정불이행에 따른 보상금으로 보아 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하고 과세처분을 한 사안에 대하여 조세심판원은 쟁점보정액은 ‘양 당사자가 거래의 위험을 최소화하기 위하여 정산한 가격조정분으로서 LPG의 공급과 대가관계에 있는 대금의 일부로 봄이 타당하다’고 판단하였다[조심 2016서3687.3688(병합), 2017.5.12., 조심 2016구3857, 2017.7.26.].

따라서 청구법인과 OOO 및 OOO 사이에 동일한 약정에 따라 지급한 쟁점보정액과 관련된 이 건도 LPG의 공급과 대가관계에 있는 대금의 일부로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO 유전개발사업권 무상이전 관련

(가) 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성을 무시한 경우에 해당되지 않는다는 청구주장에 대하여 본다.

OOO에 대한 유전개발사업권 무상이전 행위는 합리적인 경제인이었다면 선택하지 않았을 행위 계산으로서 행위.계산의 부당성 요건을 충족한다. 여기서 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래 행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하고 있다(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결).

청구법인이 유전개발사업권을 OOO에 이전하지 않고 계속 보유하고 있었을 경우 향후 해당 사업에서 발생하는 미래 예상현금흐름(예상순소득)이 모회사인 청구법인에게 귀속되어 청구법인이 직접 해당 권리에서 발생하는 경제적 효익을 누릴 수 있었다는 점에 비추어 볼 때, 아무런 대가없이 이러한 권리를 무상이전하는 행위는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성을 심히 결한 비정상적 행위에 해당한다고 볼 수 있다. 설령 해당 거래행위가 청구법인이 설립한 100% 자회사에 대해 이루어졌다하더라도 독립된 법인격을 구성하고 있는 회사에 대한 행위이므로 경제적 합리성을 판단함에 있어서는 동일하게 적용되어야 할 것이다.

이에 해당 거래행위는 특수관계 없는 자와의 거래를 가정할 경우 대가지급 없이는 상관행상 발생할 수도 없고, 발생하지도 않을 거래행위에 해당한다. 실례로 청구법인은 유전개발사업권의 매각가치를 평가하여 특수관계가 없는 다른 에너지 기업과 매각 협상을 시도(OOO에 대한 OOO 사업권 매각)한 적이 있고, 청구법인이 최근 추진한 OOO 유전사업과 관련해서는 OOO 사업과 동일한 거래형태로 청구법인이 계약을 체결하고 추후 자회사로 사업권 양도를 추진하면서 사업권리에 대한 평가를 수행하여 자회사로부터 대가를 수취한 사실이 있으며, 아울러 실제 에너지 기업간 유전개발사업권의 유상 양도거래가 다수간 이뤄지는 현실을 감안할 때 OOO로의 무상이전 거래에서 경제적 합리성을 찾기는 어렵다.

다수의 판례들을 종합해 볼 때, OOO로의 유전개발사업권 무상이전 행위는 유전개발사업 추진과정에서 발생할 예기치 못할 법적 책임 및 경제적 손실에 대한 청구법인의 위험 회피 목적 외 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 찾아볼 수 없고, 설령 자회사 설립과 자회사로의 사업권 양도를 통한 모회사의 위험 회피가 거래 당시의 관행 내지 특별한 사정이라 하더라도 이는 자회사 설립을 정당화하는 근거는 될 수 있다 할지라도 자회사에 사업권리를 양도하면서 아무런 대가를 수취하지 않아도 된다는 근거가 된다고 보기는 어려워 청구법인의 OOO에 대한 유전개발사업권 무상권리양도는

「법인세법」 제52조

및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호의 부당행위계산 부인규정을 충족한다.

(나) OOO가 OOO 사업지분을 무상이전하고 사업에서 철수 하였으므로 초과수익력이 발생하지 않았다는 청구주장에 대하여 본다.

청구법인은 OOO가 해당 지분을 유상으로 매각하려 하였으나, 매수인이 없어 매각하지 못하였고, 제3자인 참여사에게 무상으로 양도하였다고 주장하나, OOO의 탈퇴 이유는 2013년부터 시작한 전략적 사업구조 조정의 일환으로 기업분할을 완료하는 등 전체 사업에 대한 구조조정을 시행중인 상황에서 OOO 사업이 자사의 비핵심자산이고, 현재 진행 중인 셰일오일 개발 등 타 사업과 비교하여 경쟁력이 낮다고 자체 평가한 데 있다.

따라서, 이러한 계약전후의 사정(구조조정 등), 경영상의 판단과정 등을 생략한 채 단순히 OOO가 OOO 사업을 청구법인 등에게 무상으로 양도하였으므로 이를 초과수익력이 발생하지 않았다고 주장하는 것은 사실관계를 왜곡 내지 심히 오인한 주장에 해당이며, 해당 사실 관계는 청구법인의 OOO 탈퇴 관련 내부 문건(‘OOO’) 등에서 객관적으로 확인할 수 있다.

(다) 실제 현금흐름이 감소하였으므로 계약체결 당시 초과수익력, 사업권 가치가 존재한다고 보기 어렵다는 청구주장에 대하여 본다.

부당행위계산의 부인규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 행위 시점의 자산 시가에 의해 납세의무 성립여부를 판단하는 것으로, 청구법인의 무상이전 행위는 건전한 사회통념 및 상거래관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 대가가 아닌 바, 법률이 정한 바에 따라 행위 당시를 기준으로 자산, 즉 유전개발사업권의 가액을 객관적으로 평가하여 과세함은 정당한 것이다. 또한, 해당 평가가액은 조사청이 아닌 청구법인이 세계 유수의 오일 전문기업의 외부 용역을 통해 거래조건, 예상채굴량, 유가정보 등 각종 데이터를 기반으로 객관적으로 평가한 금액이다.

유전개발사업과 같은 해외자원개발사업은 일반적인 영업권이나 사업권과는 달리 그 투자비용은 막대함에 비하여 사업의 성공여부가 매우 불분명한 특성을 지니고 있으나, 청구법인이 수행한 이라크 유전개발사업의 경우 TSC(기술서비스 계약) 계약을 체결한 것으로 이는 안정적인 수익창출이 가능한 구조의 계약으로써 특히 초기 일정 목표달성시 안정된 수익 창출이 가능하고, OOO에 의해 투자비 보전 성격의 PETROLEUM COST 및 SUPPLEMENTARY COST가 매년 지급되는 비용 보전이 용이한 구조의 계약에 해당한다.

청구법인은 계약 당시 예측 현금흐름보다 실제 현금흐름이 감소하였으므로 계약 당시 초과수익력이 존재한다고 보기 어렵다고 주장하나, 이는 행위 당시 시점의 가액으로 납세의무 성립여부를 판단하고 있는

「법인세법」제52조

부당행위계산 부인규정을 오인한 주장이다.

한편, OOO 사업의 경우 현재까지 누적 당기순이익이 발생하고 있는 사업으로, OOO 사업의 회계상 당기순이익은 6년간 OOO원에 달한다.

따라서, 사업수행 계약기간이 총 20년 이상인 유전개발사업을 현재까지 순현금흐름이 이사회 당시 예측 현금흐름과 다르다는 이유로 초과수익력이 없다는 주장은 납득하기 어렵다.

또한, OOO 사태로 인하여 작업이 중지된 OOO 사업의 경우는 현재 천재지변에 준하는 불가항력 선언을 한 상태로 이는 계약체결 당시 예측할 수 없는 우발적 상황이라 할 수 있는데, 이러한 우발적 상황 발생에 따른 작업 중단을 사유로 이를 소급하여 계약체결 단계에서 초과수익력이 존재하지 않았다고 주장하는 것은 이해하기 어렵다.

만약 정상적인 가치로 사업권을 양도하였으나 향후 천재지변 등의 사유로 계약이 중단되어 초과수익력이 없다는 이유로 조세가 회피될 수 있다면 이미 성립된 납세의무가 향후 발생될 사실관계에 따라 얼마든지 변경 또는 취소될 수 있다는 것이 되므로 이는 결국 납세자의 법적안정성을 심히 침해하는 결과를 초래하게 된다.

(라) 100% 자회사에 현물출자하면서 영업권대가를 받지 않더라도 이를 부당행위로 볼 수 없다는 청구주장에 대하여 본다.

청구법인이 주장하는 완전자회사간 현물출자, 합병.분할 등 자본거래에 대한 법령해석사례에서 이를 부당행위계산 적용대상으로 보지 않은 이유는 완전모자회사간 자본거래시 결과적으로 주식가치에 영향을 미치지 아니하여 주주간 이익분여가 발생하지 않는다고 보는 관점으로 이는 자산, 권리의 양도와 같은 손익거래에 있어서는 적용되지 않는 것이다.

법원 판례(대법원 2014.11.27. 선고 2012두25248 판결) 및 관련 법령해석사례(법인세과-21,서면-2015-법인-1921)에서도 자본거래가 아닌 손익거래에 대해서는 완전모자회사간 거래라 하더라도 예외없이 부당행위계산 부인 적용대상이라고 판시하고 있다.

(마) 현금흐름할인법(DCF법)에 의한 가격, 즉 순실현가치(NPV)를 시가로 볼 수 없다는 청구주장에 대하여 본다.

현금흐름할인법(DCF법)에 의한 유전개발사업권 가치 평가금액은 세계 유수의 오일 전문기업인 OOO 및 OOO에서 외부 용역을 통해 거래조건, 예상채굴량, 유가예측 등에 기반하여 미래 예상현금흐름 등을 산출하여 객관적으로 평가한 금액으로 청구법인은 현금흐름할인법(DCF법)에 의해 산정한 사업권 순실현가치(NPV)를 이라크 유전개발사업의 투자의사 결정과정시 중요한 경제성 판단근거로 활용하고 있는데, 해당 금액이 활용되었던 근거는 청구법인의 의사결정기구인 경영위원회 및 이사회의결 내용을 보면 알 수 있다.

또한, 청구법인은 OOO 사업과 관련하여 OOO가 2012.4.9. OOO 사업 지분매입 의사표시를 해옴에 따라 청구법인이 보유한 지분가치 즉, 유전개발사업권 매각가치를 글로벌 컨설팅 기업인 OOO와의 용역계약을 통해 산정한 바 있으며,OOO 역시 유전개발사업권 가치를 현금흐름할인법(DCF법)에 의해 산정하여 청구법인에 제출한 바 있다.

이러한 사례는 청구법인의 다른 유전개발사업권 평가에서도 동일하게 적용되고 있다. 2014년 11월 청구법인은 해외자원 개발투자에 대한 과세특례(

「조세특례제한법」 제104조의15

)를 적용받기 위해 청구법인이 사업에 참여하고 있는 호주 GLNG 및 캐나다 혼리버, 웨스트컷뱅크 광구의 광업권 등 취득금액에 대해 OOO국세청장을 상대로 경정청구를 진행한 바 있다.

이 때 청구법인은 청구법인과 특수관계가 없는 독립적 거래 당사자와의 거래시 객관적인 교환 가치를 산정하기 위해서는 현금흐름할인법(DCF법)이 가장 적절한 평가방법에 해당한다고 과세관청에 소명하였으며, 글로벌 컨설팅기업인 OOO가 현금흐름할인법(DCF법)을 통해 산출된 순실현가치(NPV)를 유전개발사업 참여시 취득한 권리(광업권 등)의 객관적 시가로 활용하여 세액공제를 적용받은 바 있다.

이러한 기존 사례들에도 불구하고 청구법인이 이를 공정한 가액이 아니라고 주장한다면, 이는 청구법인의 기존 사례 등(유전개발사업 투자의사결정, OOO 사업 매각가치 결정, 해외자원개발 과세특례 경정청구 등)에서는 현금흐름할인법(DCF법)에 의해 산정한 순실현가치(NPV)를 객관적이고 합리적인 가액이라고 보고 이를 적용하여 해당 업무를 추진하여 왔으나, 이 건에 대해서만 이를 공정한 가액이 아니라고 주장하는 형편이 되어 스스로 자가모순에 빠지게 되는 행태를 초래하게 되며, 청구법인에 유리한 결정인 경정청구 등 적용례와 관련해서는 과세관청을 심히 기망하는 결과를 초래하게 된다.

실무적인 가치평가기법으로는 DCF, DDM, EVA 등 여러가지 평가방법이 있으나, 일반적인 제3자 거래에서 본질가치를 추정하기 위하여 보편적으로 사용되는 평가기법은 현금흐름할인법(DCF법)이며, 기존 심사사례(심사증여 2010-1)에서도 영리를 추구하는 기업이 투자대상 법인의 장래기대이익을 나름대로 분석하여 투자하는 행위는 경제적 합리성이 존재하는 것으로 판시하고, 회사가 획득할 향후 현금흐름에 근거한 기업의 본질가치가 경제적 의사결정에 부합하는 기업가치라 할 것이며 영업활동을 계속적으로 영위하는 회사에서 그 기업이 보유한 유무형의 자산에 의해 향후 기대되는 추정현금흐름을 적정한 할인율로 환원한 가치에서 현재의 부채를 차감하는 방식인 현금흐름할인법(DCF법)이 비록 주관이 개입될 여지가 존재함에도 불구하고 보다 진정한 본질가치를 제시한다고 판시하고 있는 점 등에 비춰볼 때, 유전개발사업과 관련해서 일종의 무형자산에 해당하는 사업권 가치를 평가할 때 현금흐름할인법(DCF법)은 보편적으로 통용되어 사용되는 방법으로서, 청구법인이 이 건 이라크 유전개발사업 참여 당시 현금흐름할인법(DCF법)에 의해 산정한 순실현가치(NPV)를 유전개발사업권 가치로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 적정한 대가 즉, 시가로 판단하여 과세표준을 경정한 것은 타당한 처분이라고 판단된다.

한편, 청구법인은 OOO가 현금흐름할인법(DCF법)으로 평가한 순실현가치(NPV)의 10% 수준을 OOO 사업에 대한 지분매매가액으로 제안하였으므로 순실현가치(NPV)는 객관적인 시가로 볼 수 없다고 주장하나, 이와 관련한 사실관계를 면밀히 살펴보면 청구법인은 OOO의 OOO 사업관련 지분 매수 의향 서한 접수시 OOO가 제시한 금액이 적정가격인 지를 평가하기 위해 글로벌 컨설팅 기업인 OOO에 매각가치 산정용역을 의뢰하였으며, 궁극적으로 OOO가 산정한 사업권 가치보다 OOO의 제안 금액이 과소하여 해당 협상은 최종 결렬되었다. 이 때 OOO의 지분매각가치 산정은 OOO 사업의 미래 수익력 등을 반영한 순실현가치(NPV)에 기반하여 이루어졌다.

(바) 원가접근법으로 사업권 가치를 평가하는 것이 객관적 교환가치인 ‘시가’ 에 부합한다는 청구주장에 대하여 본다.

청구법인이 유사한 사례들에 따라 공정한 시가라고 볼 수 있다고 주장하는 원가접근법의 경우 일종의 용역 제공자(Service Provider) 관점 또는 청산 가치 평가로 이는 사업성 전망이 어둡거나 미래수익 예측이 불투명하여 청산이 예상되는 경우 적용할 수 있는 방법이다.

유전개발 사업권 취득(낙찰)은 모회사인 청구법인이 가진 그간의 노하우와 사업경험, 자본력, 신용, 기술 등의 역량이 집약되어 상당한 노력을 기울여야만 성취할 수 있는 과실이라는 점에서 이를 단순 서비스 제공용역으로 보기에는 무리가 있으며, 이러한 경제적 성과를 미래 예측되는 현금수입과 무관하게 원가에 일정 마진만을 가산하여 제3자에게 매각한다는 것은 현실적으로 일어날 수 없는 가정이다.

청구법인이 낙찰받은 유전의 경우 이라크 정부가 공식적으로 Discovery 선언을 한 광구로 공신력 있는 전문용역회사의 기술타당성 평가 등을 통해 가채 매장량 등이 객관적으로 확인된 광구로써, 이를 청구법인이 예로 들고 있는 자원의 존재여부(Not Discovery), 매장량 등이 객관적으로 확인되지 않아 미래 수익성 예측이 불가능한 탐사단계의 광구(사이프러스, 미얀마, 서캄차카 등)의 광권(탐사할 수 있는 권리) 평가방식과 동일하게 적용한다는 것은 경제적으로 합리적이지 않다고 볼 수 있다.

(사) 이라크 정부와 계약을 체결한 상대방은 청구법인의 OOO이며, 청구법인이 사업권을 취득한 사실이 없다는 청구주장에 대하여 본다.

청구법인은 해외자원개발 사업과 관련하여 이라크 석유부의 엄격한 사전심사(PQ) 절차를 거쳐 입찰참가자격을 획득하고 이라크 정부의 국제입찰에 참여하여 OOO 유전개발사업권을 취득한 바 있다.

유전개발사업권 취득 입찰에 참여하기 위해서는 우선 이라크 정부의 사전심사(PQ) 절차를 거쳐야 하는데, 사전심사 절차는 이라크 석유부 산하 부서(PCLD)에서 신용도, 사업경험, 재무상황 등을 고려하여 미리 선정한 업체에 대해 국제입찰을 위한 사전심사(Pre-Qualification) 서류 제출을 안내하고 그에 따라 참가희망업체에서 제출한 사전심사서류를 심사하는 방식으로 진행이 된다.

여타 국제입찰과는 달리 이라크 유전개발 사업의 경우 사전심사를 통과한 경우에만 최종 입찰참가자격이 부여되며 최종적으로 이라크 정부가 입찰공고문에 참가자격 업체를 명시하여 공시하는 방식으로 입찰이 진행되게 된다. 이 때 참가자격업체로 공시되지 않은 업체는 국제입찰에 참가할 수 없다.

이와 관련하여 청구법인은 사전심사 절차를 통과하여 입찰참가자격을 획득하였으며 OOO 사업의 입찰공고문에는 청구법인이 설립한 OOO가 아닌 청구법인을 입찰참가 가능업체로 명시하고 있다. 이에 따라 입찰참가자격이 있는 청구법인이 입찰참가비를 납부하고 국제입찰에 참여하여 공개경쟁 입찰을 통해 유전개발사업권을 최종 낙찰받았고 낙찰결과를 투자자 공시하고 보도자료 등을 통해 자원개발사업의 큰 성과로 언론 등에 발표한 바 있다.

이후 청구법인은 이라크 정부와의 가계약 절차 등을 거쳐 이라크 정부와 유전개발사업과 관련한 계약체결절차를 추진하여 왔으며, 사업 운영과정에서 발생될 위험에 따른 손실 등을 회피할 목적으로 네덜란드에 청구법인이 100% 지분을 가진 OOO를 설립하고 낙찰받은 사업권을 양도하는 방식으로 청구법인이 설립한 OOO가 이라크 유전개발사업의 주체가 되도록 추진한 사실이 있다.

OOO 사업과 관련해서는 청구법인이 계약 체결 직전까지 가계약 절차 등 모든 절차를 수행하고 본 계약 서명시 자회사 명의로 서명하는 방식을 통해 낙찰받은 사업권을 자회사에 양도하였고, OOO 사업과 관련해서는 이라크 정부에서 자회사는 사전심사 통과업체가 아니라는 이유로 자회사 명의 서명을 불허하여 청구법인이 이라크 정부와 본 계약을 체결한 뒤 일정기간 경과 후 자회사와 별도의 양도계약체결을 통해 유전개발사업권을 양도한 바 있다.

청구법인은 본 계약 서명시 OOO 명의로 하였기 때문에 유전개발사업권을 직접 취득한 적이 없고, 이라크 정부로부터 획득한 권리는 낙찰에 따른 본 계약 체결 청구권에 불과하다고 주장하나, OOO 사업의 경우는 청구법인이 주장하는 사실관계대로 청구법인이 계약체결 직전 절차까지 수행하고 자회사가 본 계약서에 서명하는 형태로 진행하였으나, OOO 사업의 경우는 청구법인이 계약 전 과정에 모든 절차를 수행하였고 본 계약서에도 직접 서명하였으며, 일정기간(6개월) 경과 후 자회사와의 양도계약체결을 통해 사업권리를 양도한 바 있어 이는 청구법인이 주장하는 바와 달라 사실관계의 명백한 왜곡 내지 오인에 해당한다.

OOO 사업의 경우 청구법인이 주장하는 사실관계와 달리 청구법인이 직접 이라크 정부와 계약 체결을 통해 유전개발사업권을 취득하고 자회사와의 계약 체결을 통해 권리를 양도하였기에 청구법인의 이러한 주장은 이유 없으며, 세무조사과정에서 OOO 사업의 경우 직접 계약까지 추진하였기에 OOO 등 여타 사업과 달리 사업권에 대한 권리평가가액을 어느 정도 수용하겠다는 의사를 보인 청구법인의 행태와도 심히 모순된다.

그렇다면 본 계약서에 자회사 명의로 서명한 OOO 등 사업의 경우와 청구법인이 직접 본 계약서에 서명한 OOO 사업의 경우를 유전개발사업권의 취득 및 자회사 이전이라는 측면에서 실질을 달리 볼 수 있는 지가 문제가 된다.

「법인세법」상 권리의무확정주의에 따라 대법원에서는 과세대상이 되는 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요없고 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정될 것을 요건으로 하고 있다(대법원 2004.11.25. 선고 2003두14802 판결). 이러한 관점에서 볼 때, 청구법인이 이라크 정부로부터 유전개발사업권을 낙찰받은 시점 또는 본 계약 체결전 계약서 확인을 위해 가계약을 체결한 시점은 비록 본 계약 절차가 남아있다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당한 정도로 성숙.확정된 단계로 볼 수 있다.

해외자원개발사업 국제입찰에서 낙찰자는 해당 회사의 신용도, 사업경험, 재무상황 등을 종합적으로 고려한 사전심사 절차와 엄격한 경쟁심사 및 공개입찰과정을 거쳐 결정되며, 청구법인도 낙찰을 사업과정에서 가장 중요한 사건으로 보아 실제 계약체결일이 아닌 낙찰받은 때 투자자 공시를 시행하고 있고, 청구법인이 서명한 가계약서와 실제 본 계약서가 차이없이 동일하다는 점 등에 비춰볼 때 이라크 정부의 낙찰결과 공시 또는 청구법인의 가계약 체결시점에도 유전개발사업과 관련한 권리는 상당한 정도로 성숙.확정되었다고 봄이 타당하다.

청구법인이 계약체결 직전 모든 절차를 수행한 상태에서 본 계약만 자회사가 서명하도록 한 행위는 이라크 정부의 허가여부에 따른 일종의 요식행위에 불과할 뿐 실질적으로 유전개발사업권을 취득한 주체는 청구법인이며, 이러한 요식행위에 불과한 자회사의 본 계약 서명 행위자체가 유전개발 사업권의 취득과 이전이라는 사실관계를 판단하는데 있어 중대한 영향을 미치는 행위라고 보기는 어렵다고 판단된다.

청구법인은 엄격한 사전심사 절차를 통과하여 입찰 참가자격을 획득하였으며 OOO 사업의 입찰공고문에는 청구법인이 설립한 OOO가 아닌 청구법인을 입찰참가 가능업체로 명시하고 있고, 이라크 정부도 공식적으로 석유부 홈페이지를 통해 OOO가 아닌 청구법인을 낙찰자로 공식적으로 공표하고 있는 점을 볼 때 그 행위의 동기, 경위, 당사자들의 진위가 사회일반의 상식과 거래통념 및 실질적인 측면에서 해석한다면 청구법인이 유전개발사업권을 취득한 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 대한 대여금 관련

(가) 청구법인의 해외사업 중 LNG 국내도입과 관련된 사업에 대해서는 규제서비스로 분류하여 해당 사업에서 발생하는 이익.손실을 가스요금에 반영하였으며, 국외에서 생산된 LNG를 청구법인이 직접 국내로 도입하거나 도입할 것이 예정되어 있어 가스의 안정적 공급을 위한 것으로 청구법인의 목적사업에 부합하므로 규제사업을 위해 설립한 해외 자회사에 대한 대여금은 청구법인의 업무와 관련된 대여금에 해당한다.

그러나, 쟁점비규제사업을 위해 설립한 해외 자회사에 대여한 대여금은 청구법인의 목적사업 및 영업활동에 직접적이고 상당한 수준의 기여를 하였다고 보기 어렵다.

업무무관 가지급금은 청구법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단해야 하는 것으로 위 대여금을 업무무관 가지급금으로 판단한 세부근거는 다음과 같다.

1) 청구법인의 목적사업 및 영업활동 위한 투자에 해당하는지 여부

청구법인의 쟁점비규제사업은 최초 투자시점부터 LNG의 국내도입을 목적으로 하지 않는 해외자원개발사업이거나, LNG 국내도입과 국내 가스공급과 무관한 해외 인수기지 및 공급망의 건설.운영사업이다.

쟁점비규제사업은 해외 탐사, 개발광구, 인수기지운영 등의 사업에 30% 이하의 소수 지분을 투자하는 방식의 투자로 지분 투자율이 50% 미만에 해당하여 단독운영권 및 생산물량 처분권(off-take)을 확보하지 못하였으며, 해외에서 생산된 LNG를 국외에서 판매하거나, 해외에서 생산된 가스를 해외로 판매하기 위한 인수기지 및 공급망의 건설.운영 사업으로 청구법인의 명의가 아닌 해외 운영사 등의 명의로 생산.판매.운영 되는 등 청구법인과 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사는 생산 또는 판매의 전부를 서로에게 의지하지 않고 독자적인 영업활동을 영위하는 별개의 법인으로 청구법인의 목적사업 및 영업활동을 위한 투자로 보기 어렵다.

감사원도 2012년 청구법인에 대한 특정감사를 실시하여 LNG 국내도입과 무관한 해외사업은 해외에서 생산된 LNG 등이 국내로 도입되지 않아 국내가스 가격안정 등에 기여하지 못하는 등 당초 사업 목적을 제대로 달성하지 못하고 있으며, 청구법인이 자주개발률 달성을 통해 경영성과를 높이기 위해 실시한 사업으로 판단하였다.

쟁점비규제사업이 설령 청구법인의 영업활동에 간접적으로 긍정적인 영향을 미쳤다고 하더라도 ‘영업활동과 관련된 것’에서 ‘관련’이라 함은 단순히 미약하고 사소하게 관련되어 있는 것이 아니고, 판례와 같이 ‘직접적이고 상당한 수준의 기여’를 의미한다고 해석해야 하는 것이며, 청구법인은 해외 자회사로부터 수취하였거나 수취할 이자수익을 손익계산서상 ‘영업외 수익’ 항목으로 계상한 점 등으로 볼 때 쟁점비규제사업의 투자는 청구법인의 영업활동과 관련된 투자로 보기 어렵다.

업무무관 가지급금 등에서 말하는 업무는 회사가 영위하는 영업활동, 재무활동, 투자활동 등 모든 활동과 관련한 제반 업무를 뜻하는 것이 아니라 그 중 영업활동과 관련된 업무를 뜻하는 것이므로 쟁점비규제사업을 위해 해외 자회사에게 대여한 자금은 업무무관 가지급금에 해당하는 것이다.

2) 청구법인의 매출증대에 기여했는지 여부

위에서 살펴본 바와 같이 쟁점비규제사업은 해외에서 생산된 가스를 해외로 판매하기 위한 탐사, 개발 등의 사업으로 청구법인의 명의가 아닌 해외 운영사 등의 명의로 생산.판매.운영 되는 등 청구법인과 해외 자회사는 생산 또는 판매의 전부를 서로에게 의지하지 않고 독자적인 영업활동을 영위하는 별개의 법인으로 청구법인과 직.간접적인 LNG 등의 매출.매입거래가 없어 청구법인의 매출증대에 기여하였다고 볼 수 없다.

또한 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사 중 수익이 발생하고 있는 법인은 5개에 불과하고 수익이 발생하고 있다하더라도 청구법인의 매출에서 차지하는 비중이 미미하여 청구법인의 매출증대에 기여했다고 보기 어렵다.

3) 업무무관 가지급금 입법취지 관점에서의 판단

업무무관 가지급금 관련 지급이자 손금불산입의 입법취지는 재무구조가 취약한 법인이 타인자본에 의존하여 자금을 비생산적으로 활용하는 것을 규제함으로써 기업의 재무구조를 개선하고 건전한 경제활동을 유도하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위한 것이다.

청구법인은 결손금 장기누적 법인으로 2008～2014사업연도 중 법인세 납부내역이 전무하며 부채비율이 400%에 달하는 등 재무구조가 매우 취약함에도 차입금에 의존하여 청구법인의 목적사업 및 영업활동과 관련되었다고 보기 어려운 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 자금을 대여하고 관련 지급이자를 부담하고 있다. 이에 관련 지급이자의 손금을 부인하여 재무구조 개선 및 건전한 경제활동을 유도함으로써 경쟁력을 강화시킬 필요성이 있다.

4) 다수의 판례 등 해석사례를 바탕으로 한 업무무관 가지급금 판단

다수의 판례 및 해석사례에 따르면, 법인의 해외 자회사 대여금의 업무무관 가지급금 해당여부에 대한 판결에 있어 ① 국내 모회사와 해외현지법인의 업종이 서로 전혀 관련성이 없고 직접 거래도 없는 경우, ② 국내모회사와 해외 자회사가 업종이 같더라도 생산.판매 거점으로서의 역할이 서로 독립적인 경우, ③ 국내 모회사와 해외 자회사가 생산 또는 판매의 전부를 서로에게 의지하지 않는 경우 업무관련성을 인정하지 않았으며, 해외 자회사가 생산한 제품을 ① 국내 모법인이 다시 구매하는 경우, ② 해외 자회사가 오로지 국내 모회사 생산제품을 단순판매, 또는 국내 모회사가 생산할 제품의 원료 조달만 하는 경우, ③ 국내 모회사가 해외 자회사를 위하여 국내에서 판매대행을 전담하는 경우, ④ 국내 모회사가 해외에서 매출처를 경쟁적으로 확보하기 위해 해외 자회사에 자금을 지원하는 경우, ⑤ 해외 자회사를 두어 생산원가를 절감하고 해외시장 개척의 기지로 삼아 영업이익을 증대시킨 경우는 업무관련성을 인정하였다.

청구법인의 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사는 업종이 같으나 생산.판매 거점으로서의 역할이 서로 독립적이고, 생산 또는 판매의 전부를 서로에게 의지하지 않으며, 해외 자회사가 생산한 LNG를 구매하는 등의 매출.매입 거래관계가 없고 해외매출처 확보를 위한 자금의 대여에 해당하지 않을 뿐 아니라, 해외시장 개척을 위한 대여로도 볼 수 없어 업무관련성을 인정할 수 없다.

(나) 청구법인의 사업목적은 천연가스의 탐사.개발사업과 공급망의 건설.운영 및 수출입이며

「한국가스공사법」 제11조

3항에 따라 국외에서 해당사업을 수행하기 위해 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 자금을 대여한 것이라는 청구주장에 대해 본다.

청구법인의 목적사업은 가스를 장기적으로 안정되게 공급할 수 있는 기반을 마련함으로써 국민생활의 편익 증진과 공공복리의 향상에 이바지 할 수 있는 사업을 의미하는 것으로, 쟁점비규제사업은 LNG 국내도입이 고려되지 않아 가스의 안정적인 공급에 기여했다고 보기 어렵고 또한 ‘국외에서 해당사업을 수행할 수 있다’라고 규정한

「한국가스공사법」 제11조

제3항은 2015.2.3 신설된 규정이다.

감사원도 2012년 특정감사를 통해 청구법인의 국내 도입을 고려하지 않은 해외자원개발사업 추진은 국내 가스 가격 안정 등에 기여하지 못하는 등 당초 사업목적을 제대로 달성하지 못하고 있으며, 국내 도입이 가능한 사업을 위주로 해외자원개발사업을 추진하고, 해외자원개발사업의 당초 목적이 제대로 달성될 수 있는 방안을 강구하라는 ‘통보처분’을 한 점으로 볼 때, 해외 자회사에 대여한 자금이 청구법인의 목적사업에 사용되었다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(다) 개발된 해외자원을 국내로 도입하는지 여부와 무관하게 해외자원개발사업투자 방편으로 지출된 금원은 업무와 관련된 지출이라는 청구주장에 대해 본다.

청구법인은 조사청이 개발된 자원을 국내로 도입하는 경우에만 업무와 관련이 있는 것으로 해석하고 「해외자원개발사업법」 명문의 규정에 반하는 위법한 해석을 하고 있다고 주장하나, 개발된 자원의 국내도입은 해외자원개발사업 등이 청구법인의 주된 목적사업 및 영업활동과 관련되었는지를 판단하는 여러 척도 중 하나일 뿐이고, 반드시 개발 자원이 국내로 도입되어야 업무와 관련이 있는 것이라고 판단한 것은 아니며, 청구법인의 목적사업, 영업 내용 및 자금대여 목적ㆍ경위 등을 종합적으로 고려하여 판단한 것이다.

개발된 자원이 국내에 도입되지 않았더라도 당해 해외자원개발사업 등이 청구법인의 주된 영업활동을 위한 해외자원 사업시장 확대 및 에너지자원 선점을 통한 수익 증대에 기여하였다면 업무와 관련된 지출로 보는 것이나, 이 건 해외자원 개발사업의 경우 단순 투자활동을 위한 것으로 이에 해당하지 않는다.

(라) 청구법인은 개발자원의 국내도입여부나 기업회계기준상 영업수익으로 계상하는지 여부를 기준으로 판단하는 것은 아무런 근거가 없는 자의적 판단기준으로 「해외자원개발사업법」의 규정을 무시하는 부당한 해석이라고 주장하나,

업무무관 가지급금 관련 지급이자 손금불산입의 취지는 재무구조가 취약한 법인이 타인자본에 의존하여 자금을 비생산적으로 활용하는 것을 규제함으로써 기업의 재무구조를 개선하고 건전한 경제활동을 유도하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위한 것이지 당해 사업을 원천적으로 금지하기 위한 조항이 아니며, 또한 업무무관 가지급금 관련 지급이자 손금불산입 규정은 법인의 업무 및 영업활동과의 관련성에 의해 적용되는 기준으로 합법적으로 행해지는 사업인지 여부는 판단의 기준이 될 수 없는 것으로 청구주장처럼 이 건 해외자원개발사업이 법률에서 허용된 사업이므로 업무와 관련된 사업이라면 업무무관 가지급금 규정은 불법적으로 행해지는 사업에만 적용이 가능하다는 결론에 이르게 되는 바, 청구법인은

「법인세법」 제28조

의 취지에 대해 오인하고 업무무관 가지급금의 의미를 확장해석하고 있는 것으로 보인다.

(마) 해외자원개발은 원재료인 자원이 해외에 소재하고 있기에 사업의 특성상 현지에서 소비되는 경우가 많아 국내법인과 매출.매입거래가 없는 것이 일반적이라는 청구주장에 대해 본다.

해외자원개발사업을 통한 수익창출을 주된 영업활동 및 목적사업으로 하는 일반 영리법인의 경우 해외에서 자원을 개발하여 판매함으로써 이익을 창출하는 투자활동이 주된 영업활동에 해당하는 것으로 해외 자회사와 생산.판매 거점으로서의 역할이 서로 독립적이고 자원을 구매하는 등의 매출.매입 거래관계가 없더라도 업무와 관련된 사업으로 보는 것이나, 청구법인의 경우 투자수익 창출을 위한 해외자원개발투자가 아닌 국내 가스의 안정적 공급과 관련된 사업이 주된 영업활동이 되는 것으로 개발자원이 현지에서 가공.판매되는 것이 일반적이라는 사정만으로 해당 사업이 업무성이 있다고 볼 수는 없는 것이다.

(바) 청구법인은 조세심판원의 결정례(조심 2014광1638, 2015.8.1.)를 제시하며 직접적인 매출.매입거래가 없다는 사실만으로 업무무관의 기준이 될 수 없다고 주장하나,

해당 결정례의 경우 수출 촉진 및 해외시장 개척을 위한 자금의 대여로 청구법인과는 자금대여 목적.경위 등이 상이하며 위에서와 같이 처분청은 매출.매입거래만으로 업무무관 가지급금 여부를 판단한 것이 아니라 목적사업, 영업 내용 및 자금대여 목적.경위 등을 종합적으로 고려하여 판단한 것이므로 매출.매입거래가 없다는 사실만으로 업무무관 가지급금으로 판단하였다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(사) 청구법인은 「해외자원개발사업법」에 따라 산업자원부장관에게 해외자원개발사업 계획신고서를 제출하고 신고서를 교부 받고 있는 바, 이는 상위기관의 관리.감독에 따라 업무관련성이 인정되는 것이라고 주장하나,

업무무관 가지급금 관련 지급이자 손금불산입의 취지는 재무구조가 취약한 법인이 타인자본에 의존하여 자금을 비생산적으로 활용하는 것을 규제함으로써 기업의 재무구조를 개선하고 건전한 경제활동을 유도하여 기업의 경쟁력을 강화하기 위한 것이지 당해 사업을 원천적으로 금지하기 위한 조항이 아닌 바, 청구법인은

「법인세법」 제28조

의 취지에 대해 오인하고 업무무관 가지급금의 의미를 확장해석하고 있는 것으로 보인다.

쟁점비규제사업에 대한 투자는 LNG의 국내도입이나 해외시장 개척 등의 목적이 아닌 자주개발율 달성을 목적으로 한 투자임이 감사원 감사결과에 의해 확인되는 점, 청구법인의 수익 증대에 기여했다고 볼 만한 어떠한 근거도 없는 점, 감사원은 LNG의 국내도입을 목적으로 하지 않는 해외자원개발사업은 청구법인의 목적사업에 부합하지 않는다며 통보처분을 한 점, 해외 자회사와 생산.판매 거점으로서의 역할이 서로 독립적이고, 생산 또는 판매의 전부를 서로에게 의지하지 않으며, 매출.매입 거래관계가 없고 해외매출처 확보를 위한 자금의 대여에 해당하지 않을 뿐 아니라, 해외시장 개척을 위한 대여에도 해당하지 않는 점 등으로 보아 청구법인의 해외자원개발사업을 위한 대여금은 업무무관 가지급금에 해당하는 것이다.

(3) OOO에 대한 성공불 조건의 쟁점자체조달자금 융자금의 이자수익 미계상 관련

(가) 청구법인은 해외자원개발사업을 위해 특수관계인 OOO에 성공불 조건으로 쟁점자체조달자금을 대여하고 거치기간까지 이자를 미수취하고 있으나 다음과 같은 이유로 대여금에 적정이자율을 곱한 이자를 정상가격으로 익금산입 조정해야 한다.

기획재정부 질의회신(국제조세제도과-348, 2015.7.31.)은 성공불 융자금으로 대여한 경우에만 적용해야 하며, 청구법인은 질의법인과 상황이 달라 동 예규를 그대로 적용할 수 없다.

청구법인은 기획재정부 질의회신(국제조세제도과-348, 2015.7.31.)을 예로 들면서 동일하게 성공불 조건으로 해외 자회사에 정부 자금 및 자체조달자금을 융자한 경우 거치기간 만료시점까지는 이자를 수취하지 아니하는 거래가 정상가격에 해당된다고 주장하고 있다.

위 질의회신에서 별도로 이자를 수취하지 아니한 거래가

국조법 제5조

에 따른 정상가격에 해당한다고 판단한 사유는 “질의법인이 해외 자회사에 자금을 대여한 시점부터 석유자원 탐사의 성공으로 거치기간이 만료되는 기간까지는 이자가 발생하지 않고 상환의무가 없기 때문”이라고 적혀 있다.

이는 이전가격 과세제도의 정상가격 산출방법 중 원가가산법에 부합하는 내용으로 성공불 융자금을 지원받아 대여한 금액은 사업의 성공시까지 이자가 발생하지 않고 상환의무도 없지만, 외부차입으로 대여한 금액은 사업의 성공 여부에 관계없이 이자가 발생하고 상환의무도 있기 때문에 질의회신은 전체 대여금에 대해 이자를 수취하지 아니하는 거래가 정상가격에 해당한다는 것이 아니라 성공불 융자금으로 대여한 자금에 대해서만 이자를 미수취해도 정상가격에 해당한다는 것으로 해석해야 할 것이다.

위 질의회신의 질의당사자인 OOO는 「한국석유공사법」에 따라 석유자원의 탐사 및 개발을 목적사업으로 하여 정부가 100% 출자한 자본금으로 설립된 공공기관으로서 정부의 예산에 제약이 있는 경우에는 ‘정부를 대신하여’ 자체자금으로 ‘해외석유개발사업자 등에 대한 투자·융자 업무’를 수행하는 법인이며, 따라서, OOO가 질의서에서 밝혔듯이 OOO의 융자금은 그 본질이 정부를 대신하여 지원하는 정부지원금인 것이다.

이에 비해 청구법인의 대여금(자체조달자금)은 OOO가 해외자원개발사업에 투자할 수 있도록 ‘자금을 대여’한 것에 불과하므로 위 기획재정부 유권해석이 그대로 적용된다고 볼 수 없다.

(나) 청구법인이 독립법인인 OOO에 자체조달자금을 대여하고 이자를 수취하지 않은 것은 이전가격 과세제도 적용 대상이며, OOO는 이자비용을 인식하고 있다.

재화나 용역의 국제거래에 있어 특수관계자 간에 설정된 가격이 시장에서 형성되는 가격에 미달하거나 초과하여 해당국의 정당한 과세기반을 침해할 경우 자국의 과세기반을 보호하기 위해 국조법상 이전가격 과세제도가 마련된 취지가 있고, 국외 특수관계자간 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하여 과세소득을 국외로 이전시키는 경우 기업의 조세회피 의도를 불문하고 정상가격으로 과세하는 것이다.

더욱이, 청구법인에게서 자체조달자금을 차입한 OOO는 청구법인에 지불해야 할 이자를 비용으로 인식하고 있다(해외현지법인 재무상황표.감사보고서).

(다) OOO에 대여한 쟁점자체조달자금은 모두 외부 차입자금이므로 원가가산법에 의해 자금조달 원가만큼 이자 수익을 인식해야 한다.

청구법인이 OOO에 대여한 금액 중 성공불 융자금은 성공 여부에 따라 정부에 차입원금 및 이자 상환의무 여부가 결정되므로 거치기간까지는 이자를 수취하지 않는 것이 정상가격일 것이다.

그러나, 청구법인이 OOO에 대여한 금액 중 자체조달자금은 청구법인이 외화사채 발행을 통해 외부에서 조달한 것으로 이자비용을 지불하고 있으므로 청구법인도 차입이자율에 일정 이윤을 가산하는 것이 합리적이며, 여기에 탐사에 실패할 경우 원금조차 받지 못하는 위험이 따르는 점까지 고려하면 그에 상당하는 반대급부가 제시되는 것이 응당할 것인데, 그러한 점이 전혀 고려되어 있지도 않았다.

따라서, 이전가격 과세제도의 정상가격 산출방법인 원가가산법(자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법)에 의해 자금 조달원가 수준으로 정상이자를 수익으로 인식해야 한다.

(라) 전체 대여금 중 성공불 융자금은 일부에 불과하고 다른 자금과 구분 계리해야 하므로 자체조달자금에 대해서는 이자수익을 인식해야 한다.

정부로부터 받는 성공불 융자금은 해당 사업비의 50% 이내에서 최대 30%까지 추가지원 받을 수 있는데 청구법인의 융자 신청에 따라 성공불 융자금액(규모)이 정해진다.

OOO 대여금 중 성공불 융자금의 비율은 2015년 현재 OOO가 28%, OOO가 4%, OOO가 39%로 전체 대여금 중 일부에 불과하며 나머지 72%, 96%, 61%는 외부차입을 통해 조달된 자금으로 특히, OOO의 경우 단 한번 성공불 융자금으로 대여하였음에도 전체 대여금에 대해서 이자수익을 받지 않고 있다.

석유개발사업 자금대출 약정서 제14조(대출금의 구분계리)에서 “채무자는 대출금을 다른 자금과 구분하여 계리한다”라고 규정하고 있어 성공불 융자금과 자체조달자금은 구분 계리해야 하므로 쟁점자체조달자금은 성공불 융자금에 포함될 수 없고, 쟁점자체조달자금으로 대여한 거래에 대해서는 정상가격조정에 따라 이자수익을 인식해야 한다.

청구법인은 OOO 외 다른 해외현지법인에 대여한 거래는 이자수익을 인식하고 있다.

청구법인은 호주법인 등에 대해서는 자원개발사업 목적으로 개발단계에서 자금을 대여하였으며, 아직까지 수익이 발생하지 않음에도 연 6.5%의 높은 이자를 실제로 수취하고 있다.

따라서, 청구법인이 해외 특수관계법인인 OOO에 쟁점자체조달자금을 대여하고도 이자를 수취하지 아니한데 대하여

국조법 제4조

의 정상가격에 의한 과세조정을 적용하여 정상가격 이자를 익금산입한 당초 처분은 정당하다.

(4) 청구법인의 개성지사 결손금(쟁점결손금) 손금산입 관련

남북이중과세방지합의서에서 세액공제방식이 아닌 소득면제방식을 채택하고 있는바, 여기서 말하는 소득은 이익(양의 소득) 뿐 아니라 손실(음의 소득)도 포함된다 할 것이어서 손실이 발생한 경우에만 우리나라의 과세권을 행사하게 된다면 이익에 대하여는 과세하지 못하고 손실에 대해서는 그 세액을 보전해 주는 불합리한 결과가 초래될 수 있는 점으로 볼 때 청구법인의 개성지사에서 발생한 쟁점결손금을 국내 「법인세법상」상 손금으로 인정할 수 없는 것이다.

「개성공업지구 지원에 관한 법률」 제5조에 의하면 개성공업지구에 대한 지원에 관하여는 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용하도록 하고 있고, 조세감면에 대하여는 같은 법 제16조에 “「조세특례제한법」에 따라 조세를 감면할 수 있다”고 규정하고 있어 개성공업지구 사업자 등에 대한 조세감면은 「조세특례제한법」으로 국한하고 있으나 「조세특례제한법」에는 별도의 규정을 두고 있지 않다.

조세지원은 세법에 명백하게 규정되어 엄격하게 적용되는 것으로 개성공단의 재개가능성이 희박하다는 사정만으로는 「조세특례제한법」에서 규정하지 않은 조세감면이 인정될 수는 없는 것이다.

따라서 쟁점결손금을 청구법인의 결손금으로 인정해야 한다는 주장은 받아들일 수 없다.

(5) 해외현지법인에 대한 쟁점이행보증 수수료 미수취 관련

(가) 정상적인 거래에 따라 사업상 이익을 위하여 쟁점이행보증을 제공하는 것이 과세대상에 해당되는지 여부에 대하여 본다.

청구법인이 해외자원개발사업을 직접 추진할 수 있음에도 해외현지법인을 설립하는 이유는 해외자원개발사업 추진과정에서 발생할 예기치 못할 법적 책임 및 경제적 손실에 대한 책임을 절연하는데 그 이유가 있다.

청구법인과 해외현지법인은 소재지국 법률에 따라 적법하게 설립되었으며 각자 독립된 회계처리를 통해 비용, 수익을 계상하고 있는 독립적인 법인격 갖고 있는 법인으로 해외자원개발사업 추진과 관련된 법적 책임을 연대하여 책임을 지지는 않는다.

주요 질의회신을 보면 특수목적자회사(SPC)의 선박취득자금 차입에 대해 특수관계에 해당하는 내국법인이 지급보증용역을 제공하는 경우 정상가격 과세조정 대상에 해당되는 것으로 회신 하였으며(서면법규과-690, 2014.7.2.), 미국 소재 해외현지법인인 100% 자회사가 미국 소재 법인을 인수하기로 계약하고 인수법인 주주들의 요구에 따라 해외현지법인의 인수대금 지급에 대한 계약을 이행보증하였을 경우 정상가격 과세조정대상으로 회신한 바(국제세원관리담당관실-562, 2012.12.27.)있는 등 모법인의 사업상 이익을 위해 설립된 특수목적 자회사등을 독립된 법인으로 보아 정상가격 과세조정 대상에 해당되는 것으로 판단하고 있다.

(나) 일반적으로 모회사의 해외현지법인 설립 목적은 모회사의 사업상의 이익을 극대화하기 위함이다.

글로벌 경제체제 하에 국내 기업들은 일반적으로 사업상의 이익을 극대화하기 위하여 해외현지법인을 설립하여 운영하고 있다. 따라서 해외현지법인의 설립 목적상 실질적 효익의 당사자는 해외현지법인을 설립한 모법인일 수밖에 없는 것이다.

만약 청구법인의 주장대로 자기의 사업상 이익을 위하여 유형자산 또는 무형자산의 매매·임대차, 용역의 제공, 금전의 대출·차용, 그 밖에 거래자의 손익 및 자산과 관련된 모든 거래가 해외현지법인에게 저가 또는 무상 제공되어도 제공에 따른 이익은 자기의 사업상 이익에 의한 것이므로 이전가격 과세제도에 의해 과세되는 국제거래는 없을 것이다.

청구법인은 대부분의 해외자원 개발사업과 관련하여 해외현지법인이 부담하여야 할 투자비 및 운영비에 대해 주로 자금을 대여하고 있고 그에 따른 이자를 수취하고 있다.

청구법인의 주장대로 이행보증에 따른 효익의 실질적인 당사자가 청구법인이기 때문에 해외현지법인으로부터 이행보증수수료를 수취하지 않는 것이 오히려 정상적이라고 볼 수 있다면, 청구법인이 해외자원개발사업을 위해 해외현지법인에게 대여하는 대여금에 대해서도 효익의 실질적인 당사자가 청구법인이기 때문에 이자를 수취하여서는 안될 것이나 청구법인은 해외현지법인으로부터 이자를 수취하고 있다.

따라서 청구법인이 자기의 사업상 이익을 위하여 제공하는 대여금에 대해서는 이자를 수취하고 있으면서 자기의 사업상 이익을 위하여 제공하는 이행보증용역에 대해 이행보증수수료를 수취하는 것이 비정상적이라고 주장하는 것은 이중적이고 일관성이 없는 태도라 할 것이다.

(다) 해외현지법인의 독립된 법인격과 해외현지법인에 자금을 대여하면서 이자를 수취하고 있다는 점만으로 이행보증을 제공하는 것이 과세대상이라고 판단한 것이 아니다.

유사한 상황의 독립된 기업들이라면 비특수관계회사가 계약 등에 따라 이행보증 용역을 제공하였을 경우 그러한 활동이 용역을 제공받은 기업에게 그 사업상의 지위를 제고시키는 경제적 또는 사업적 가치를 제공하게 되므로 용역을 제공한 회사는 용역을 제공받은 회사로부터 대가를 수취하려 할 것이므로 청구법인이 해외현지법인에 대한 이행보증용역을 제공하고 이에 대한 대가를 수취하지 않는 것은 독립거래들간에 성립되었을 조건과 다른 조건이 설정되어 있는 경우로, 그 다른 조건이 아니었더라면 그 특수관계회사들 중 어느 한 기업에 발생되었을 이익이 그 다른 조건으로 인해 발생되지 아니한 경우 그 이익은 그 기업의 이익에 포함될 수 있어 과세대상이 될 수 있다.

또한 청구법인 스스로 명목상 해외현지법인인 OOO (100% 출자, 손회사),OOO (100% 출자, 자회사)에 자기의 사업상 이익을 위하여 이행보증 용역을 제공하였고, 이에 따라 명목상 해외현지법인으로부터 수취하여야 할 이행보증에 대한 대가를 회계상 수익 또는 세무상 익금으로 반영하고 있다.

따라서, 조사청은 독립된 법인격 및 자금 대여에 대한 이자수취 사유 외 예규, 비교사례 등을 종합적으로 고려하여 해외현지법인에 이행보증용역을 제공하는 것을 과세대상으로 판단하였는바, 독립된 법인격 및 해외현지법인에 자금을 대여하면서 이자를 수취하고 있다는 사유만으로 이행보증용역에 대한 대가를 수취하는 것이 정상이라고 주장하는 것이 아니다.

결론적으로 쟁점이행보증은 청구법인이 해외현지법인의 계약상 이행요건의 불이행시 해외현지법인을 대신하여 계약을 이행하거나 보상금을 지급할 것을 보증하는 거래로, 청구법인이 계약이행 및 보상책임을 부담함에 따라 반대급부로서 독립된 해외현지법인으로부터 이행 보증 용역에 대한 대가를 수취하는 것이 정상적인 것이므로 이전가격 과세제도에 의한 정상대가를 수령하여야 할 과세대상이 되는 것이다.

(라) 정상가격을 산출하는 방법을 적용하여도 쟁점이행보증이 과세대상에 해당되지 않는지 여부에 대하여 본다.

이행보증의 경우 계약이행 의무와 관련하여 발생하는 피해금액에 대하여 일정금액을 한도로 보증을 서게 되는 것으로 신용도가 높은 모회사가 상대적으로 신용도가 낮은 자회사에게 지급보증을 함으로써 자회사가 누리게 되는 이자비용의 절감으로 그 편익을 산출하는 기대편익접근법을 통해서는 이행보증에 따른 다양한 계약 의무 이행과 관련된 예상위험을 적절히 평가하지 못한다.

따라서 이행보증의 경우 보증인의 예상위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 주로 산출하며 예상위험이라는 것은 피보증인의 신용등급을 토대로 보증인의 신용등급에 따른 예상 부도율과 부도 발생시 채권자인 보증법인이 피보증법인으로부터 채권을 회수할 수 있는 비율을 고려하여 산출된다.

조사청은 세무조사 당시 청구법인이 제출한 이전가격 보고서상 보증인의 예상위험과 비용을 기초로 정상가격을 산출하는 방법을 적용하여 이행보증 수수료를 과세하였다.

그러나 청구법인은 OOO회계법인을 통해 스스로가 이행보증 용역거래에 대해 가장 적합한 방법으로 정상 수수료율을 산정하였음에도 불구하고 심판청구와 관련하여서는 해당 이행보증 용역거래 제공에 따른 위험이 예상된다고 보기 어려워 보증수수료를 수취하지 않는 것이 정상적이라고 주장하고 있는바 이는 이중적이며 일관성이 없는 태도이다.

(마) 청구법인의 자본투자 또는 대여를 통해서만 해외현지법인이 운영되는 것은 아니다.

청구법인이 자본투자 또는 대여를 통해 해외현지법인의 투자비 및 운영비 전액을 제공하는 것이 당연히 전제된 것이 아님에도, 청구법인은 이를 근거로 새로운 위험이 예상된다고 보기 어렵기 때문에 이행보증으로 인하여 부담하여야 할 비용도 없다고 주장하고 있으나, OOO의 경우 자원 개발, 생산 사업과 관련된 운영비 상당액 전액을 청구법인의 자본투자 또는 대여를 통해서만 지출하는 것이 아니며, 해외현지법인 자체 영업활동에 따른 이익을 통해서도 투자비 및 운영비를 충당하고 있다.

이와 같이 해외현지법인에 대한 청구법인의 이행보증은 영업활동에 따른 이익으로 인하여 투자비 및 운영비에 대한 자금조달이 필요 없을 경우가 발생하여도 보증 이행의무 계약에 따라 해외현지법인의 거래 상대방에게 계속적인 이행보증에 대한 의무를 지게 되며, 해외현지법인은 청구법인의 이행보증 용역제공에 따라 거래상대방과 사업을 계속적으로 유지한다.

따라서 청구법인이 해외현지법인에게 쟁점이행보증을 제공하고도 관련 수수료를 수취하지 아니한 사안에 대하여 부당행위계산부인 규정 적용 또는

국조법 제4조

에 따라 산정한 정상요율 적용 대상으로 보아 익금산입한 처분은 정당하다.

(6) 쟁점용역에 참여한 전담부서등에 근무하는 연구원의 인건비에 대한 연구개발비 공제 관련

(가) 연구전담요원이 쟁점용역에 일부 참여하였을 경우 연구전담요원에 배제되는 것은 아니라는 주장에 대하여 본다.

「조세특례제한법」상 연구개발활동의 정의는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2호 제5호의 연구개발활동을 말하는 것으로 동 규정에 의하면, 연구개발활동이라 함은 과학기술 분야 또는 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계.제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 포함하는 것이다.

또한

「조세특례제한법 시행규칙」 제7조

에서 적격한 연구요원을 ‘전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’라고 규정하고 있고, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조에서도 ‘연구전담요원 등은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없다’라고 규정하고 있는 점을 고려할 때, 전담부서 등에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 본 연구개발 조세지원 규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이다.

전담부서 등을 보유한 회사의 입장에서는 전담부서등의 연구요원들이 회사의 수익사업 프로젝트와 관련하여 기술영업 등의 업무를 일부 수행하는 경우 연구소 설립의 신고.인정 요건인 인적요건 중 연구요원의 겸업금지 조항(제17조 제1항)을 위반한 것으로 겸업금지 원칙을 위반한 전담부서등의 연구요원의 인건비는 적격비용 요건을 결하여 연구.인력개발에 관한 조세지원을 받을 수 없는 것이다.

(나) 쟁점용역에 참여한 연구전담요원에 대해 발생한 인건비를 참여한 비율만큼 배제하여야 한다는 청구주장에 대하여 본다.

청구법인은 수익사업에 참여한 연구전담요원에 대해 청구법인이 주장하는 참여시간 만큼 연구전담요원으로 투입하였다고 볼 수 없으므로 연도별 총 근무시간 중 쟁점용역에 참여한 연구전담요원들의 쟁점용역에 참여한 시간을 제외한 나머지 부분만을 세액공제 대상으로 보는 것이 합리적이라고 주장하나, 청구법인이 주장하는 연구전담요원 참여시간은 그 산출 근거 자체가 객관성이 결여되어 명확하지 않으며 자체적으로 작성하는 지극히 주관적인 자료로 청구법인의 주장을 뒷받침할 만한 합리적인 자료라 할 수 없다.

더욱이 전담부서 등에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 본 연구개발 조세지원 규정이 적용 되는 것으로 청구법인의 연구전담요원들이 청구법인의 수익사업 프로젝트와 관련하여 기술영업 등의 일반 수익활동 업무를 일부 수행하는 경우 연구소 설립의 신고.인정 요건인 인적요건 중 연구요원의 겸업금지 조항(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조 제1항)을 위반한 것이다.

따라서 연구업무 외에 다른 업무를 일부 수행한 연구요원은 겸업금지 조항을 위반한 것으로 겸직에 참여한 비율만큼 해당 인건비를 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 아니라 전액 공제 배제되어야 할 것이다.

(7) 쟁점보정액의 부가가치세 매입세액 공제 관련

(가) 청구법인은 2011년 제2기∼2012년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 수급 불균형 물량으로 인해 OOO 및 OOO가 입은 손실 OOO원을 지급하면서 공급가액에 가산하여 세금계산서를 수취하였으며,OOO 및 OOO가 얻은 이익 OOO원을 지급할 대가에서 차감하고 공급가액에서 차감한 세금계산서를 수취하였다.

쟁점보정액 발생의 근본 원인은 청구법인이 구매하기로 약정한 LPG 물량을 약정대로 구매하지 않은데 있으며 이로 인해 추가로 지급하는 금액은 일종의 계약 불이행에 따른 손해배상금 성격의 금원으로 판단된다.

「부가가치세법 기본통칙」4-0…1은 공급받을 자의 해약으로 인하여 공급할 자가 재화 또는 용역의 공급없이 받는 위약금 또는 이와 유사한 손해배상금은 과세대상이 되지 않는 것으로 규정하고 있으며, 주문 요구량이 당초 약정된 수량보다 부족하여 수취하는 위약수수료는 부가가체세 과세대상이 되지 아니하는 것이고(서면인터넷방문상담3팀-3073, 2006.12.8.) 당사자간 사전에 약정한 월별 최소 사용량에 미달사용으로 지급한 대가 및 사후 정산반환금 또한 부가가치세 과세대상이 아닌 것(법규과-2254, 2007.5.7.)으로, 청구법인 스스로도 실제 구매물량과 통보물량과 차이가 남에 따라 수수하는 쟁점보정액은 배상금의 성격에 가까워 보인다는 삼정회계법인의 자문결과를 수용하여 2014년 1월 이후 정산액에 대해서는 세금계산서를 수취하고 있지 않다.

청구법인은 2014년 12월 거래에 대한 원료비 보정액을 2015년 3월 정산하면서 이를 가감하지 않고 세금계산서를 수취하였는 바, 2014년 1월 이후부터는 LPG공급 여부와 관계없이 원료비 보정액에 대해 보상금 성격으로 보아 이를 가감하지 않고 세금계산서를 수취하는 것으로 볼 때 청구법인 스스로도 쟁점보정액을 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 인식하고 있는 것으로 보인다.

청구법인의 약정 물량사용 불이행으로 인해 OOO 및 OOO가 얻은 이익은 당초 공급물량의 가격변동 등과는 무관한 것으로 공급되지 않은 물량에 대한 정산대가이므로 당초 공급가액에서 차감하여서는 아니되며 이를 당초 공급가액에서 차감할 경우 공급가액이 지나치게 적어지는 결과가 초래되어 심지어 실제 LPG를 공급하였음에도 공급가액이 음수(-)가 되는 경우가 발생하기도 한다.

실제 OOO는 2012년 9월 OOO원(415톤)의 LPG를 청구법인에 공급하였음에도 구매량 차이에 대한 이익 OOO원에 대해 (-)세금계산서를 발행하여 9월 공급분에 대한 과세표준이 (-)OOO원이 되는 결과가 발생하였으며, OOO의 경우 2010년 11월 OOO원(5,985톤)을 공급하였음에도 구매량 차이에 대한 이익 OOO원을 차감하여 세금계산서를 발행함으로써 11월 공급분에 대한 과세표준이 OOO원으로 적어지는 결과가 발생하였다.

원재료 보정의 취지는 공급자의 손실을 보전해 주기 위한 것임이 ‘OOO측 의견서’ 및 ‘천연가스 열량조절용 LPG 매매계약 개선(안)’에 의해 확인되므로 공급자의 손실을 보전하기 위해 지급한 쟁점보정액은 손해배상금으로 봄이 타당하다.

실제 OOO는 2011년 5월 OOO원(512톤)의 LPG를 청구법인에 공급하고 구매량 차이에 대한 손실 OOO원에 대해 추가적으로 대금을 수취하고 세금계산서를 발생하였는 바, 당초 공급가액보다 많은 OOO원을 추가적으로 수취한 사유는 당초 공급한 물량의 가격변동 등을 원인으로 한 것이 아니라 청구법인이 통보한 예상 사용물량 10,000톤 중 9,488톤을(10,000톤-512톤) 사용하지 않아 발생한 OOO의 초과재고 물량 9,488톤의 처분시점 가격이 하락하여 손실이 발생하였기 때문이며 발생사유, 금액정도 등으로 볼 때 부가가치세 과세대상에서 제외되는 손해배상금 성격의 금원으로 봄이 타당하다.

(나) 쟁점보정액은 「부가가치세법」상 공급가액에 해당할 뿐, 손해배상금에 해당하지 않는다는 청구주장에 대해 본다.

청구법인은 OOO로부터 2007년 5월~2009년 1월까지 원료비 보정 없이 LPG를 매입 하던 중 통보량 차이에 대한 손실을 보전하기 위해 ’열조용 LPG 매매계약 개선(안)’에 의거 원료비 보정액을 수수하고 있음이 담당자 진술, 실무자 회의결과, OOO측 의견서에 의해 확인되었으므로 쟁점보정액은 손해배상금 성격의 금원으로 봄이 타당하다.

설사, 쟁점보정액이 손해배상금에 해당하지 않는다 하여도, 원료비 보정액 중 통보량보다 과소하게 사용하여 수수하는 금원은 재화의 공급과 직접적인 관련성이 적고, 재화의 공급이 없이도 발생하는 금원으로, 부가가치세 과세대상에 해당하지 않음은 기존 답변서에서 상세히 서술한 바 있다.

결론적으로, 쟁점보정액은 재화의 공급과 관련 없이 지급된 것으로서 단지 공급자의 손실 보상 및 상호정산 성격의 금원일 뿐이므로 이를 지급하고 수취한 세금계산서에 대하여 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 OOO에게 유전개발사업권을 무상으로 이전한 것에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 해외 자회사에 대여한 금액을 업무무관 가지급금으로 보아 지급이자 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

③ 청구법인이 OOO에 성공불 융자조건으로 정부자금 외에 쟁점자체조달자금을 융자한 경우, OOO에 자금을 대여한 시점부터 석유자원 탐사의 성공으로 거치기간이 만료되는 기간까지 이자수익을 인식하지 아니하는 거래가

국조법 제4조

에 따른 정상가격에 해당되는지 여부

④ 청구법인의 OOO에서 발생한 쟁점결손금을 국내 「법인세법」상 손금으로 인정할 수 있는지 여부

⑤ 청구법인이 해외현지법인으로부터 쟁점이행보증 수수료를 미수취한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

⑥ 청구법인의 기업부설연구소 전담부서등에 근무하는 연구원이 수익사업인 쟁점용역에 참여하여 발생한 인건비에 대하여 연구·인력개발비 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분의 당부

⑦ 열조용 LPG의 구매약정물량과 실제 구매량과의 차이로 발생하는 매입처 재고량의 증ㆍ감량 및 단가 상승ㆍ하락분 정산액이 부가가치세 과세대상인지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인과 처분청이 제시한 증거자료에 의하면, 청구법인은 이라크 유전개발사업과 관련하여 이라크 석유부의 엄격한 사전심사(PQ) 절차를 거쳐 입찰참가자격을 획득하고 이라크 정부의 국제입찰에 참여하여 OOO 유전개발사업권을 취득하였으며, 이라크 유전개발사업권 낙찰에 대하여 낙찰결과를 공시하고 보도자료 등을 통해 자원개발사업의 성과로 언론 등에 발표하였다.

(나) 또한, 청구법인은 2014년 11월 해외자원 개발투자에 대한 과세특례(

조특법 제104조의15

)를 적용받기 위해 청구법인이 사업에 참여하고 있는 호주 GLNG 및 캐나다 혼리버, 웨스트컷뱅크 광구의 광업권 등 취득금액에 대해 OOO국세청장을 상대로 경정청구를 진행하였고, 이 때 청구법인은 청구법인과 특수관계가 없는 독립적 거래 당사자와의 거래시 객관적인 교환 가치를 산정하기 위해서는 현금흐름할인법(DCF법)이 가장 적절한 평가방법에 해당한다고 OOO국세청장에게 소명하였다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO에게 유전개발사업권을 무상으로 이전한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정되는 경우로서 부당행위계산부인 대상에 해당되지 않는다고 주장하나,

「법인세법」 제52조

에서 부당행위계산의 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 함에 그 입법 취지가 있는바(대법원 2003.12.12. 선고 2002두9995 판결, 같은 뜻임),

유전개발 국제입찰에서 낙찰자는 해당 회사의 신용도, 사업경험, 재무상황 등을 종합적으로 고려한 사전심사 절차와 엄격한 경쟁심사 및 공개입찰과정을 거쳐 결정되는데 청구법인의 OOO는 그 규모, 재무상황 등에서 유전개발사업권을 낙찰받을 역량이 부족해 보여 동 사업권을 자신들이 직접 낙찰받은 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 이라크 유전개발사업권 확보에 대하여 낙찰결과를 공시하고 보도자료 등을 통해 자원개발사업의 성과로 언론 등에 발표한 사실로 보아 이라크 유전개발사업권의 원래 소유자는 청구법인으로 보이는 점, 청구법인이 특수관계가 없는 제3자에게도 위와 같이 어렵게 낙찰받은 이라크 유전개발사업권을 무상으로 이전하였을 것이라고 기대하기 어려운 점, 비록 청구법인이 100% 출자하여 OOO가 설립되었다 하더라도 청구법인과 OOO는 독립된 법인이므로 청구법인이 경제적으로 독립된 법인에게 동 사업권을 무상으로 이전한 행위는 경제적 합리성이 인정되는 경우라고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 특수관계법인으로의 이라크 유전개발사업권 무상이전에 대하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다만,

「법인세법」 제52조

제2항의 규정에 따른 시가의 범위는 같은 법 시행령 제89조에 따르고, 같은 조 제1항은 “법 제52조 제2항을 적용할 때 해당거래와 유사한 상황에서 해당법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간의 일반적으로 거래된 가격”이 있는 경우에는 시가로 보도록 규정한 것으로, 거래가액을 당시의 시가라고 할 수 있기 위해서는 객관적으로 보아 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 사정이 있어야 하는바(대법원 1998.7.10. 선고 97누10765 판결, 2000.2.11. 선고 99두2505 판결 등, 같은 뜻임),

이 건의 경우, 처분청이 이라크 유전개발사업권의 시가로 본 순실현가치(NPV)는 청구법인이 유전개발사업의 투자의사결정 과정에서 경제성 판단근거로 활용하기 위해 산정한 금액에 불과한 것으로 보이는 점, 청구법인이 현금흐름할인법(DCF법)에 의한 평가 과정에서 이라크 유전개발사업권 관련 자료의 적정성에 대한 평가자의 실사가 있었는지가 불분명하여 현금흐름할인법(DCF법) 평가의 신뢰성이 담보되었다고 보기 어려운 점, 처분청은 청구법인이 호주 및 캐나다 소재 광구의 유전개발사업권 평가에서도 현금흐름할인법(DCF법)이 적정한 평가방법이라 하여 이를 토대로 경정청구를 하였다고 OOO 사업의 경우 OOO 사태로 인하여 작업이 중지되기도 한 사실로 보아 이 건 이라크 유전개발사업권은 정치적으로 안정된 지역이라고 평가되는 호주, 캐나다와 달리 현재까지도 정치적, 종교적으로 분쟁 중에 있는 지역이라는 지역적 특수상황을 감안할 필요가 있다고 보이는 점, 이에 따라 청구법인이 제시한 원가접근법은 사업성 전망이 어둡거나 미래수익 예측이 불투명한 경우 적용할 수 있는 방법으로 이 건 유전개발사업 대상 지역인 이라크의 특수상황에 어느 정도 부합하는 평가방법으로 보이는 점, OOO가 OOO 사업에 대하여 현금흐름할인법(DCF법)으로 평가한 순실현가치(NPV)의 10% 수준을 지분매매가액으로 제안하기도 한 점 등에 비추어 현금흐름할인법(DCF법)에 의해 산정한 순실현가치(NPV)는 해당거래와 유사한 상황에서 해당법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간의 일반적으로 거래된 가격 즉,

「법인세법 시행령」 제89조

제1항에 따른 시가라고 보기에는 무리가 있다고 판단된다.

따라서, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장·증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 점(대법원 2013.9.27. 선고 2013두10335 판결 등 참조) 등을 감안할 때, 처분청이 이라크 유전개발사업권의 시가로 본 순실현가치(NPV)가 합리적인 시가라는 입증이 부족한 것으로 보이므로 처분청이 이 건 유전개발사업권과 지역적 특성이 유사한 거래사례 등을 토대로 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 주요 서비스를 근거 법령 및 정관에서 정하고 있는 사업을 기준으로 분류하면 천연가스 공급사업, 해외자원개발사업 및 기타사업으로 구분되고, 천연가스 공급사업은 가스도매사업과 도시가스 충전사업으로, 해외자원개발사업은 해외탐사사업, 해외자원개발.생산사업, LNG프로젝트, 해외기술사업 및 투자로 나뉘어지며, 청구법인은 2014.12.31. 기준 총 28개의 프로젝트를 수행하였다.

(나) 청구법인은 해외자원개발사업을 위해 27개의 해외 자회사를 설립하였으며 12개의 해외 자회사에 대여금 형식으로 투자하여 해외자원개발 사업에 필요한 자금을 조달하였다.

(다) 청구법인은 공급가격 산정기준(산업통상자원부 지침)에 의거 공공성과 독점성, 과거 분류와의 일관성 등의 판단기준에 따라 규제.비규제 서비스를 분류하여 요금을 산정하고, 공공성과 독점성이 인정되는 도입, 생산, 공급, 판매 등 국내사업 및 LNG 국내도입과 연관된 해외지분투자는 규제서비스로, LNG 도입계약과 연관이 없는 해외사업은 비규제서비스로 구분하며, 규제서비스와 관련된 해외사업의 배당금수익, 이자수익·이자비용 및 해외지분투자자산 처분이익.손실 등을 가스요금에서 차감하거나 가산하고, 비규제서비스와 관련된 이익 및 손실은 가스요금에 반영하고 있지 않다.

(라) 청구법인은 해외 자회사에게 자금을 대여하고 자금대여의 대가로 수취하거나 수취할 금액을 이자수익, 잡이익 등의 영업외 수익으로 계상하였으며, 국내 LNG 도입과 관련되어 규제사업으로 분류된 해외 자회사 OOO로부터 수취한 이자수익 등은 가스요금에서 반영하였다.

(마) 감사원이 2012년 청구법인에 대하여 실시한 특정감사의 ‘감사결과 처분요구서(해외자원 개발 및 도입실태)’에서 ‘OOO(청구법인) 사장은 국내 도입이 가능한 사업을 위주로 해외자원개발사업을 추진하는 한편, 국내외 자원수급이 악화되는 등 비상시에 대비하여 생산물량의 국내 반입이 가능하도록 투자계약을 체결하는 등 해외자원개발사업의 당초 목적이 제대로 달성될 수 있는 방안을 강구하기 바람.’이라는 취지의 통보처분을 받았다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 LNG 국내도입과 관련되지 않아 비규제사업으로 분류한 해외사업을 위해 설립한 OOO 등 9개 해외 자회사에 대여한 자금과 Blue energy의 지분을 취득하기 위해 OOO에 대여한 자금을

「법인세법」 제28조

및 같은 법 시행령 제53조에서 규정하는 지급이자 손금불산입 대상 업무무관 가지급금으로 보아야 한다는 의견이나,

「법인세법」 제28조

제1항 제4호 나목이 규정한 업무와 직접 관련성 여부는 당해법인의 목적사업이나 그 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는바(대법원 2007.10.11. 선고 2006두2053 판결, 같은 뜻임),

「한국가스공사법」 제11조

제1항 제3호 및 제4호에서 천연가스의 개발 및 수출입, 액화석유가스의 개발 및 수출입을 청구법인의 사업목적으로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 청구법인은 국외에서 제1항 각 호의 사업을 수행할 수 있다고 규정하는 등 관련 법률, 정관 등에서 해외자원개발사업을 청구법인의 목적사업으로 명시하고 있는 점, 청구법인은 위와 같이 관련 법률 등에서 목적사업으로 명시하고 있는 해외자원개발사업을 영위하기 위하여 해외 자회사에 자금을 대여한 점, 감사원이 2012년 청구법인에 대한 특정감사를 실시한 결과는 쟁점비규제사업이 국내가스 가격안정 등에 기여하지 못하는 등 당초 사업목적을 제대로 달성하지 못하였음을 지적한 것으로 쟁점비규제사업이 청구법인의 목적사업과 관련성이 없다는 취지로 지적한 것은 아니라고 보이는 점, 청구법인은 규제사업이든 비규제사업이든 해외자원개발로부터 받는 수익을 모두 영업외수익으로 처리하고 있어 영업외수익으로 처리되었다고 하여 업무무관비용으로 보기 어려운 점, 청구법인의 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사에 대한 대여금 투자는 법률상 감독기관인 산업통상자원부 및 외교통상부 등에게 적법한 신고절차를 거친 점, 쟁점비규제사업 관련 대여금은 향후 국내 LNG 도입을 통해 가스의 안정적 공급에 기여하고 해외자원시장 확대 및 에너지 자원선점 등을 위한 목적으로 이루어진 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사(OOO 포함)에 자금을 대여한 것은 해외 자회사를 통하여 해외자원개발사업에 대한 투자를 하기 위한 목적으로 이루어진 것으로서 청구법인의 업무와 관련된 자금을 대여한 것으로 봄이 타당하다.

따라서, 처분청이 쟁점비규제사업 관련 해외 자회사 및 OOO에 대여한 자금을 지급이자 손금불산입 대상 업무무관 가지급금으로 보아 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가)

「해외자원개발사업법」 제11조

제1항·제3항, 같은 법 시행령 제10조, 같은 법 시행규칙 제3조에서 정부는 해외자원개발사업의 원활한 추진을 위하여 해외자원개발사업자 등에게 자금을 융자할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 석유개발과 관련된 자금융자업무는 OOO가 대행하며, 융자받은 해외자원개발사업자 등이 해당 사업의 실패로 융자금의 상환이 불가능할 경우 원리금의 전부 또는 일부를 면제할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 OOO에서 해외자원개발 사업을 할 목적으로 마샬제도에 청구법인이 100% 출자하여 OOO를 설립하였으며 동 자회사에 자원개발 사업자금을 대여하였는바, 대여금의 원천은 OOO로부터 석유개발사업자금 대출약정을 체결하고 대출받은 성공불 융자금과 청구법인이 외화사채 발행으로 조달한 쟁점자체조달자금으로 구분되며, 청구법인은 대여금에 대한 이자를 거치기간까지(상업적 생산이 개시되어 사업수익금을 최초로 받는 날의 직전 일) 인식하지 아니하였다.

(다) 청구법인의 OOO에 대한 구체적 대여 내역은 아래와 같다.

OOO

OOO

OOO

OOO

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO와 청구법인이 모두 해외자원개발협회의 회장사로서 유사성이 많으므로 청구법인의 쟁점자체조달자금에 대하여도 이자를 수취하지 않은 것이 정상가격이라고 주장하나, OOO는 정부의 업무를 위임받아 에너지 및 자원사업 특별회계 융자업무를 대행하는 기관인 반면, 청구법인은 그 융자금을 지원받는 실수요자인바 그 역할이 같다고 할 수 없는 점, 쟁점자체조달자금은 OOO가 정부의 위임에 의해 자체자금으로 대여하는 대여금과 달리 청구법인이 개별적으로 외부에서 차입하여 대여하는 대여금으로 그 성격을 달리 하는 점, 청구법인으로부터 쟁점자체조달자금을 차입한 OOO는 청구법인에게 지불해야 할 이자를 비용으로 인식한 점, 청구법인이 OOO에 대여한 금액 중 성공불 융자금은 성공 여부에 따라 원금 및 이자 상환이 결정되므로 거치기간까지는 이자를 수취하지 않는 것이 정상가격일 것이나, 쟁점자체조달자금은 청구법인이 외화사채 발행을 통해 외부에서 조달한 것으로 이에 대한 이자비용을 지불하고 있는 점, 청구법인이 호주법인 등에 대해서는 자원개발사업 목적으로 자금을 대여하고 수익 발생여부와 관계없이 연 6.5%의 이자를 수취하기도 한 점 등에 비추어 청구법인이 해외 특수관계법인인 OOO에 쟁점자체조달자금을 대여하고 이자를 수취하지 아니한데 대하여

국조법 제4조

의 정상가격에 의한 과세조정을 적용하여 정상가격 이자를 익금산입한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2009년 2월 OOO에 지사를 설립하고 지역난방공사에 천연가스를 공급하였으며, 이 과정에서 청구법인의 OOO에서는 계속적으로 결손금이 발생하였다.

OOO

(나) OOO는 남북이중과세방지합의서에 따라 상대방(북한)에서 얻은 소득에 대해 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우 일방(우리나라)에서는 그 소득에 대한 세금을 면제(소득면제방식)하도록 되어 있어 우리나라의 과세권 행사가 불가하며, 「법인세법」과 남북이중과세방지합의서에는 OOO에서 발생한 결손금의 국내 손금계상 가능여부에 대한 명확한 규정이 없어 청구법인은 OOO에서 발생한 결손금에 대해 2010~2014사업연도 중 법인의 손금으로 계상하고 별도의 세무조정은 수행하지 않았다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 OOO에서 발생한 쟁점결손금을 국내 「법인세법」상 손금으로 인정할 수 있는 규정이 없어 손금산입할 수 없다는 의견이나, 남북이중과세방지합의서 제22조가 소득면제방식을 채택하였음을 이유로 국내원천소득에서 북한의 고정사업장에서 발생한 손실을 공제하는 것을 허용하지 않는다면 납세자에게는 오히려 세금부담이 늘어나거나 새로 생기는 것과 같은 결과가 초래되어 이는 이중과세를 방지하여 조세부담을 경감시키기 위해 체결된 위 합의서의 기본 목적에 부합하지 않는 점, 남북이중과세방지합의서는 조세조약과 유사한 면이 있는데 일반적으로 조세조약에서 이중과세를 방지하기 위한 방법으로 소득면제방식을 채택한다고 하여 결손금 산입이 논리필연적으로 부정되는 것은 아닌 점, 남북이중과세방지합의서 제22조의 이중과세방지 조항은 ‘상대방에서 얻은 소득에 대하여 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우’를 전제로 하고 있는데 손실이 발생한 경우에는 납부할 세금이 없어 위 조항에서 정한 이중과세가 문제될 여지가 없어 보이는 점, 청구법인은 OOO에 입주한 국내 기업들에게 저가로 산업용 전력을 공급해 왔는바 북한에서의 손금 이월공제로 인한 이중의 혜택 문제는 「법인세법」에 이와 관련한 명시적 규정을 둠으로써 해결하여야 하는 것이지 이와 같은 이중의 혜택이 발생할 수 있다는 우려만을 들어 내국법인에 대한 법인세를 부과함에 있어 북한의 고정사업장에서 현실적으로 발생한 결손금을 고려하지 않는 것은 지나치게 과세권만을 강조하는 것이고, 남북교류·협력을 증진하고 민족경제의 균형적인 발전에 기여함을 목적으로 하는 OOO 지원에 관한 법률의 입법 목적에도 반하는 것으로 보이는 점, 북한당국이 제정한 OOO 세금규정(2003.9.18. 최고인민회의 상임위원회 결정 제1) 제24조와 같은 결손금 이월 공제 규정이 있지만 청구법인은 OOO에 입주한 국내 기업들에게 산업용 전력을 저가로 공급함에 따라 OOO에 진출한 이래 계속하여 손실만 보고 있었으므로 사실상 위 규정에 따른 결손금 이월 공제 혜택을 받을 수 없었던 점 등에 비추어 처분청이 쟁점결손금을 손금산입하는 규정이 국내법에 존재하지 아니한다 하여 손금불산입한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(대법원 2016.10.27. 선고 2016두47628 판결, 같은 뜻임).

(5) 쟁점⑤에 대하여 본다.

(가) 조사청이 쟁점이행보증에 대한 정상대가를 수취하지 아니한 것으로 본 해외현지법인은 아래와 같다.

OOO

(나) 청구법인의 사업연도별 해외현지법인에 대한 이행보증금액의 익금산입 내역은 아래와 같다.

OOO

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이행보증이 이전가격 과세제도를 적용할 수 있는 비정상적인 거래에 해당하지 아니하고, 국조법상 정상가격을 산출하는 방법을 적용하여도 과세대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, 해외현지법인은 청구법인의 100% 출자 자회사 또는 100% 출자 손회사로서 청구법인의 특수관계법인에 해당하고, 소재지국 법률에 따라 설립되어 청구법인과는 독립된 법인격을 갖고 있음에도 쟁점이행보증에 대하여 수수료를 수취하지 않은 것은 특수관계가 없는 제3자와의 거래와 비교하여 정상적인 거래라고 보기 어려운 점, 청구법인이 이 건 해외현지법인 외의 명목상 해외현지법인인 OOO(100% 출자 손회사), OOO(100% 출자 자회사)에 대하여 자기의 사업상 이익을 위하여 이행보증용역을 제공하고 청구법인이 이행보증 거래를 수행함으로 인하여 향후 부담할 수 있는 위험에 대한 비용을 평가하여 이에 따라 수취하여야 할 대가를 산정하고 이행보증에 대한 대가를 회계상 수익 또는 세무상 익금으로 스스로 반영하기도 한 점 등에 비추어 보아 처분청이 쟁점이행보증 수수료 미수취에 대하여 부당행위계산 부인 대상 또는

국조법 제4조

에 따라 산정한 정상요율 적용 대상으로 보아 익금산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점⑥에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 2010～2014사업연도 법인세 신고시 적용한 연구.인력개발비 세액공제 및 처분청의 감액내역은 아래와 같다.

OOO

(나) 청구법인의 기업부설연구소 전담부서등에 근무하는 일부 연구원이 수익사업인 쟁점용역에 참여한 사실에 대하여 청구법인과 처분청 간 다툼이 없다.

(다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점⑥에 대하여 살피건대, 청구법인은 기업부설연구소에 근무하는 연구전담요원 인건비의 경우 연구개발에 전담하지 않더라도 연구개발 조세지원 규정 적용대상에 해당하고, 설령 연구개발 조세지원 규정 적용대상이 아니라고 하더라도 쟁점용역에 참여한 비율만큼만 적용배제되어야 한다고 주장하나,

조특법 제10조

를 적용함에 있어 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 세액공제가 적용된다고 해석하여야 할 것(조심 2012서523, 2012.8.6., 대법원 2011.6.24. 선고 2011두6844 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인의 기업부설연구소 전담부서등에 근무하는 연구원이 수익사업인 쟁점용역에 참여한 이상 해당 연구원은 기술개발을 위한 연구업무를 전담하였다고 보기 어려운 점, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제17조 제1항은 연구전담요원등은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없도록 규정하고 있는바, 이 건 쟁점이 된 연구원은 동 규정을 위반한 사실이 있고 이렇듯 법령을 위반한 사항에 대하여 조세지원을 하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 기업부설연구소 전담부서등에 근무하는 연구원 중 수익사업인 쟁점용역에 참여한 연구원의 인건비에 대하여 연구.인력개발비 세액공제를 부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 쟁점⑦에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 세계 각국으로부터 LNG를 수입하여 도시가스 사업자에게 공급하는 사업을 영위하는 사업자로, 청구법인이 국내에 도입하는 LNG 중 일부 물량은 산업통상자원부에서 정하는 최저열량에 미달하는 경우가 있고, 국내표준열량기준을 만족시키기 위해 천연가스 대비 상대적으로 고열량인 LPG를 OOO 및 OOO로부터 매입하여 저열량 LPG에 첨가하였다.

(나) 청구법인은 OOO와 2007년 5월 천연가스 조절용 액화석유가스 매매계약을 최초 체결하고 2007년 12월부터 청구법인의 OOO로 LPG를 공급받았으며 OOO과는 2010년 5월 계약을 체결하고 청구법인의 OOO생산기지로 LPG를 공급받았다.

(다) 청구법인이 도입하는 LNG는 특성상 추출되는 위치나 추출시기에 따라 그 열량이 상이하고 동절기 기온변화에 따른 수급변동으로 LNG 재고 및 송출 요구량이 변동함에 따라 열량조절용 LPG의 정확한 월별수요예측에 한계가 있어 청구법인의 예상소요물량과 실제구매량의 차이가 지속적으로 발생하였으며, 이에 청구법인은 LPG 초과재고분(또는 부족재고분)에 대한 공급자의 손실을 보전하기 위해 2009년 1월 OOO와 천연가스 열량조절용 액화석유가스 매매계약 변경합의서를 체결하여 아래 산식에 의해 산정한 금액을 LPG대금에 차.가감하여 청구하기로 합의하고 2010년 5월 E1과 계약체결 시에도 동일하게 적용하였다.

(라) OOO 및 OOO는 당월 공급량에 대한 대금을 청구하면서 3개월 전의 구매량 차이로 발생한 초과재고분(또는 부족재고분)의 단가 상승.하락분에 대한 손실.이익을 정산하고 정산가액을 청구대금 및 공급가액에 가감하여 청구법인에게 세금계산서를 교부하였다.

(마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점⑦에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점보정액이 청구법인의 약정불이행에 따른 보상금 성격의 금원이므로 LPG 공급가액의 일부로 볼 수 없다는 의견이나,

「부가가치세법」 제29조

에서 말하는 공급가액이란 금전으로 받는 경우 재화나 용역의 공급에 관계 있는 가액 곧 그 대가인 점, 청구법인과 OOO 및 OOO 간 LPG 거래구조를 보면 불가피하게 물량의 수급불균형 상황이 발생하게 되는 점, 이에 거래당사자가 당월의 LPG 대금에 원료비 보정액을 포함한 금액을 대가로 수수하기로 약정한 점, 청구법인이 사전에 통보한 물량보다 적게 구매하는 경우 뿐만 아니라 초과 구매하는 경우에도 원료비 보정액이 발생하는 점 등에 비추어 쟁점보정액은 양 당사자가 거래의 위험을 최소화하기 위하여 정산한 가격조정분으로서 LPG의 공급과 대가관계에 있는 대금의 일부로 봄이 타당하다고 판단된다(조심 2016구3857, 2017.7.26. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 법인세법

제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

나. 제52조 제1항에 따른 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율.이자율.임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제53조(업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각 호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다.

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수 관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2.

「상속세 및 증여세법」제38조

.제39조.제39조의2.제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및

「조세특례제한법」 제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」 제63조

제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57 조제1항.제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 국제조세조정에 관한 법률

제4조(정상가격에 의한 과세조정) ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

(4) 국제조세조정에 관한 법률 시행령

제6조의2(용역거래의 경우 정상가격) ① 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래(경영관리, 금융자문, 지급보증, 전산지원 및 기술지원, 그 밖에 사업상 필요하다고 인정되는 용역의 거래를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 가격이 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다.

1. 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것

2. 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것

3. 제공받은 용역의 대가가 법 제5조 및 이 영 제4조부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것. 이 경우 법 제5조 제1항 제3호에 따른 원가가산방법 또는 이 영 제4조 제2항 제1호 다목에 따른 거래순이익률방법인 경우에는 다음 각 목의 기준에 따라 산정한다.

가. 발생한 원가에는 그 용역 제공을 위하여 직접 또는 간접으로 발생한 비용 모두를 포함시킬 것

나. 용역 제공자가 그 용역을 수행하기 위하여 제3자에게 그 용역의 일부 또는 전부를 대행하여 수행할 것을 의뢰하고 대금을 한꺼번에 지급한 후 이에 대한 비용을 용역을 제공받는 자에게 재청구하는 경우 용역 제공자는 자신이 그 용역과 관련하여 직접 수행한 활동으로부터 발생한 원가에 대해서만 통상의 이윤을 더할 것. 다만, 용역의 내용과 거래 상황 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관ㆍ비치하고 있을 것

③ 거주자와 국외특수관계인 간 지급보증 용역거래의 가격에 대한 정상가격 산출방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다.

1. 보증인의 예상 위험과 비용을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

2. 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

3. 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익을 기초로 하여 정상가격을 산출하는 방법

④ 제3항을 적용할 때 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 지급보증 용역거래에 대한 가격으로 적용한 경우에는 이를 정상가격으로 본다.

1. 지급보증계약 체결 당시 해당 금융회사가 산정한 지급보증 유무에 따른 이자율 차이를 근거로 하여 산출한 수수료의 금액(해당 금융회사가 작성한 이자율 차이 산정 내역서에 의해 확인되는 것에 한정한다)

2. 제3항 제2호의 방법으로서 국세청장이 정하는 바에 따라 산출한 수수료의 금액

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 예상 위험 및 비용의 산출과 기대편익 등에 관한 구체적인 사항은 기획재정부령으로 정한다.

(5) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙

제2조의3(지급보증에 대한 예상 위험 및 비용과 기대편익 등의 산출방법) ① 영 제6조의2 제3항 제1호의 방법에 따른 정상가격은 지급보증에 따른 보증인의 예상 위험에 보증인이 보증으로 인하여 실제로 부담한 비용을 더한 금액으로 한다. 이 경우 보증인의 예상 위험은 피보증인의 신용등급에 따른 예상 부도율과 부도 발생 시 채권자가 피보증인으로부터 채권을 회수할 수 있는 비율(이하 이 조에서 “보증금액 예상 회수율”이라 한다)을 기초로 하여 산출한 금액으로 한다.

② 영 제6조의2 제3항 제2호의 방법에 따른 정상가격은 지급보증이 없는 경우의 피보증인의 자금조달비용에서 지급보증이 있는 경우의 피보증인의 자금조달비용을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 피보증인의 자금조달비용은 보증인과 피보증인의 신용등급을 기초로 하여 보증인의 지급보증 유무에 따라 산출한 차입 이자율 또는 회사채 이자율 등을 고려하여 산출한 금액으로 한다.

③ 영 제6조의2 제3항 제3호의 방법에 따른 정상가격은 제1항 및 제2항의 방법에 따라 가격을 각각 산정한 경우로서 제2항의 방법에 따라 산정된 가격이 제1항의 방법에 따라 산정된 가격보다 큰 경우에 적용하되, 제1항 및 제2항의 방법에 따라 산출한 가격의 범위에서 보증인의 예상 위험 및 비용과 피보증인의 기대편익 및 지급보증 계약 조건 등을 감안하여 합리적으로 조정한 금액으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 방법에 따라 정상가격을 산정하는 경우 신용등급, 예상 부도율, 보증금액 예상 회수율, 차입이자율, 회사채 이자율 등은 자료의 확보와 이용 가능성, 신뢰성, 비교가능성 등을 고려하여 합리적인 자료를 이용하여 산정한다. 이 경우 신용등급, 예상 부도율 및 보증금액 예상 회수율은 다음 각 호의 사항을 고려하여 판정 또는 산출하여야 한다.

1. 신용등급: 과거의 재무정보 외에 합리적으로 예측 가능한 미래의 재무정보 및 국가, 지역, 업종, 기술수준, 시장지위, 보증인과 피보증인이 속한 기업군(이하 이 항에서 "기업군"이라 한다)의 신용위험 등 비재무적 정보

2. 예상 부도율: 피보증인의 신용등급, 기업군의 지원가능성 등

3. 보증금액 예상 회수율: 피보증인의 재무상태와 유형자산의 규모, 산업의 특성, 담보제공여부, 시기, 만기 등

(6) 조세특례제한법

제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

가. 기업유형에 따른 비율

1) 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

2) 그 밖의 경우: 100분의 20[대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다) 중 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 코스닥시장에 상장한 중견기업(이하 이 조에서 "코스닥상장중견기업"이라 한다)의 경우 100분의 25]

나. 해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비가 차지하는 비율에 대통령령으로 정하는 일정배수를 곱한 비율. 다만, 100분의 10(코스닥상장중견기업의 경우 100분의 15)을 한도로 한다.

3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3) 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 2를 한도로 한다)

해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 조세특례제한법 시행령

＜별표6＞ 연구.인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

(8) 조세특례제한법 시행규칙

제7조(연구 및 인력개발비의 범위) ① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란 「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원

특별법」 제18조

제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.

1. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2.

「문화산업진흥 기본법」 제17조의3

제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서

③ 영 제8조 제1항에 따른 영 별표6의 제1호 가목①에서 “기획재정부령이 정하는 자”란 일반연구인력개발 전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

(9) 부가가치세법

제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

(10) 한국가스공사법

제11조(사업) ① 공사는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 한다.

1.

「도시가스사업법」 제2조

제1호에 따른 도시가스(이하 “도시가스”라 한다)의 제조ㆍ공급과 그 부산물의 정제ㆍ판매

2. 천연가스(액화한 것을 포함한다. 이하 같다]의 인수기지 및 공급망의 건설ㆍ운영

3. 천연가스의 개발 및 수출입

4. 액화석유가스의 개발 및 수출입

5. 제1호부터 제4호까지의 사업에 관련되는 사업에 대한 연구 및 기술개발

6. 제1호부터 제5호까지의 사업에 딸린 사업

7. 그 밖에 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 사업

② 공사는 국제 석유시장 상황 등에 따라 필요한 경우 산업통상자원부장관의 승인을 받아 제1항 제3호 및 제4호의 천연가스 및 액화석유가스 외의 석유자원의 탐사ㆍ개발 사업과 그와 관련된 사업을 할 수 있다.

③ 공사는 국외에서 제1항 각 호의 사업을 수행할 수 있다.

(11) 해외자원개발사업법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “해외자원”이란 대통령령으로 정하는 국외의 광물을 말한다.

4. “해외자원개발”이란 해외자원을 제3조의 방법에 따라 개발(개발을 위한 조사 및 개발에 딸린 사업을 포함한다. 이하 같다)하는 것을 말한다.

제3조(해외자원개발의 방법) 해외자원의 개발은 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다.

1. 대한민국 국민이 단독으로 또는 외국인과 합작으로 해외자원을 개발하는 방법(해외 현지법인을 통하여 개발하는 경우를 포함한다)

2. 대한민국 국민이 해외자원을 개발하는 외국인에게 기술용역을 제공하여 개발하는 방법

3. 대한민국 국민이 해외자원을 개발하는 외국인에게 개발자금을 융자하여 개발된 자원의 전부 또는 일부를 수입하는 방법

(12) 개성공업지구 지원에 관한 법률

제1조(목적) 이 법은 개성공업지구의 개발ㆍ운영의 지원 및 개성공업지구에 투자하거나 출입ㆍ체류하는 남한주민(법인을 포함한다. 이하 같다)의 보호ㆍ지원에 관하여 필요한 사항을 규정함으로써 남북교류.협력을 증진하고 민족경제의 균형적인 발전에 기여함을 목적으로 한다.

제5조(다른 법률과의 관계) 개성공업지구에 대한 지원, 왕래와 교역에 관하여는 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다.

제16조(조세 감면) 정부는 개성공업지구에 투자를 장려하기 위하여 개성공업지구에 투자한 남한주민에게 필요한 경우에는 「조세특례제한법」으로 정하는 바에 따라 조세를 감면할 수 있다.

(13) 남북교류협력에 관한 법률

제26조(다른 법률의 준용) ① 교역에 관하여 이 법에 특별히 규정되지 아니한 사항에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 「대외무역법」등 무역에 관한 법률을 준용한다.

③ 남한과 북한 간의 투자, 물품등의 반출이나 반입, 그 밖에 경제에 관한 협력사업과 이에 따르는 거래에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 법률을 준용한다.

1. 「외국환거래법」

2. 「외국인투자 촉진법」

3. 「한국수출입은행법」

4. 「무역보험법」

5. 「대외경제협력기금법」

6. 「법인세법」

7. 「소득세법」

8. 「조세특례제한법」

9. 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」

10. 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률

(14) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제2조(정의)이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 별표 1의 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계.제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다.

제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

(15) 남북사이의 소득에 대한 이중과세방지 합의서

남과 북은 2000.6.15. 발표된 역사적인 「남북공동선언」에 따라 진행되는 경제교류와 협력이 나라와 나라 사이가 아닌 민족내부의 거래임을 확인하고 소득에 대한 이중과세를 방지하기 위하여 다음과 같이 합의한다.

제3조 세금의 종류

1. 이 합의서에 따라 적용되는 세금의 종류는 다음과 같다.

가. 남측에서는 소득세, 법인세 및 소득할주민세

나. 북측에서는 기업소득세, 개인소득세, 소득에 대한 지방세

2. 세금의 종류에는 합의서가 체결된 후 본질적으로 같은 세금들로서 현행 금들에 추가하여 부과되거나 그에 대체하여 부과되는 것들도 포함한다. 쌍방은 세금의 종류가 달라진 경우 그에대하여 상호 통보한다.

제7조 기업이윤

1. 일방의 기업이 상대방에 있는 고정사업장에서 사업활동을 하여 얻은 이윤에 대한 세금은 상대방에서 부과할 수 있다. 이 경우 상대방에 있는 고정사업장에 귀속되는 이윤에 대하여서만 세금을 부과한다.

제22조 이중과세방지방법

1. 일방은 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대하여 세금을 납부하였거나 납부하여야 할 경우 일방에서는 그 소득에 대한 세금을 면제한다. 그러나 이자, 배당금, 사용료에 대하여는 상대방에서 납부하였거나 납부하여야 할 세액만큼 일방의 세액에서 공제할 수 있다.

2. 일방은 자기 지역의 거주자가 상대방에서 얻은 소득에 대한 세금을 법이나 기타 조치에 따라감면 또는 면제받았을 경우 세금을 전부 납부한 것으로 인정한다.