국심 2001중0327 (2002.07.12)

1. OOO세무서장이 2000.10.7. 청구법인에게 한 1995 사업연도분 법인세 OOO원(특별부가세 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원과 1997사업연도분 법인세 OOO원(특별부가세 OOO원 포함) 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 OOO도 OOO시 OOO 등 311개 지구의 조성토지 27,235,151㎡에 대한 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어 해당 건설자금이자를 취득가액에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 2. 나머지 심판청구는 이를 각하합니다.

1. 처분개요 청구법인은 OOO도 OOO시 OOO에 본점을 두고 주택 및 공장용 토지를 조성하여 일반인 등에게 분양하는 사업(부동산 매매업)을 영위하는 법인으로, 1995사업연도～1998사업연도 중 OOO도 OOO시 OOO등 전국 311지구의 조성토지 27,235,151㎡(매매용 재고자산으로서 이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 후, 각 사업연도의 법인세 신고시 쟁점토지와 관련되어 발생한 건설자금에 충당한 차입금의 이자와 관련하여 특별부가세의 양도차익계산에 있어서는 이를 토지의 취득가액에 산입하지 아니하였고, 각 사업연도의 소득금액계산시에만 영업외비용으로 손금산입하여 해당 법인세를 신고 납부하였다. 처분청은 쟁점토지와 관련된 건설자금이자는 청구법인이 신고한 대로 인정하는 한편, 쟁점토지를 비롯한 여타 양도자산의 수익실현시기(손익의 귀속사업연도)의 차이 등으로 인한 신고누락 등을 적출하여 2000.10.7. 청구법인에게 다음과 같이 각 사업연도의 법인세(특별부가세 포함) 및 농어촌특별세를 부과처분하였다. OOO 청구법인은 이에 불복하여 2001.1.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인의 1995～1998사업연도에 대한 세무조사시 자산양도의 귀속시기 차이 등의 이유를 들어 법인세(특별부가세 포함)등을 경정하면서 쟁점토지와 관련된 건설자금이자를 특별부가세의 양도차익계산시 그 취득가액에 산입하지 아니하였는 바, 청구법인이 당초 특별부가세 신고시 건설자금이자를 취득가액에 산입하지 아니했던 것은 사업용 고정자산의 경우에만 취득가액에 산입되고 쟁점토지의 경우처럼 매매용 재고자산의 경우에는 해당되지 않는 것으로 잘못 알고 신고한 것으로, 법인세법시행령 제124조의 2 제2항과 대법원 판례 등에 의하면 재고자산의 경우에도 그 취득가액에 건설자금이자를 산입할 수 있는 것으로 되어 있으므로 쟁점토지와 관련된 건설자금이자 OOO원 상당액을 쟁점토지의 취득가액에 산입하여 특별부가세를 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 이 건 법인세경정과 관련하여 특별부가세의 양도차익계산시 쟁점토지와 관련된 건설자금이자를 토지의 취득가액에 산입하여야 한다는 주장이나, 처분청은 이 건 법인세 경정시 건설자금이자와 관련된 사항을 경정함이 없이 청구법인이 건설자금이자를 취득가액에 산입하지 아니한 당초 신고를 그대로 인정한 것인 바, 법인세의 경우 신고납세제도를 채택하고 있어 당초 신고내용에 잘못이 있으면 수정신고나 경정청구를 통하여 납세자 스스로 오류를 경정할 수 있는 것이고, 또한 경정처분의 효력은 당해 처분에 의해 변경된 사항과 관련된 증감세액에 관한 부분에만 미치는 것으로 보아야 할 것이다. 따라서 청구법인이 수정신고나 경정청구를 한 사실이 없는 이 건의 경우 당초 신고에 의해 확정된 과세표준과 세액에 대하여는 다툴 수 없는 것이므로 이 건은 적법한 불복청구로 볼 수 없어 본안심리대상에 해당하지 아니한다. (2) 법인세법시행령 제124조의 2 제2항에서 취득가액에 산입할 수 있는 “건설자금에 충당한 금액의 이자”라 함은 사업용 고정자산의 경우만 해당되고 쟁점토지의 경우처럼 매매용 재고자산의 경우에는 해당되지 않는 것이며, 청구법인이 주장하는 건설자금이자는 쟁점토지의 취득가액에 산입하여 이를 결산상 계상하지 아니했을 뿐만 아니라 당초 차입금을 쟁점토지의 취득.개발에 사용했다는 구체적인 입증이 없으며, 또한 운영자금 등의 타용도에도 사용된 것으로 보여 건설자금이자를 쟁점토지의 취득가액에 산입하지 아니하고 법인세(특별부가세)를 경정한 것은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 (1) 청구법인이 1995～1998사업연도의 법인세(특별부가세 포함)를 신고하여 당초 신고내용대로 확정되었으나, 그 후 각 사업연도 손익의 귀속시기 조정 등에 의한 경정처분으로 인하여 각 사업연도의 과세표준과 세액에 증감이 있자 당초 신고내용에 대하여 불복청구한 경우 본안심리대상인지 여부 (2) 청구법인이 조성한 매매용 재고자산인 쟁점토지의 양도와 관련하여 특별부가세의 양도차익 계산시 건설자금이자(토지조성에 소요된 차입금의 지급이자)를 취득가액에 산입할 수 있는지 여부 나. 쟁점(1)에 대하여 (1) 관련법령 국세기본법 제55조 [불복] ①이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인의 당초 신고내용과 처분청의 경정처분내용을 보면, 앞의 처분개요에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 쟁점토지조성에 소요된 차입금의 지급이자를 1995사업연도～1998사업연도의 법인세신고시 특별부가세의 양도차익계산에 있어서는 토지의 취득가액에 건설자금이자를 산입하지 아니하고 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서만 동 건설자금이자를 영업외비용으로 계상하여 손금처리하였다. 한편, 처분청은 각 사업연도의 법인세를 경정하면서 건설자금이자와 관련된 사항은 청구법인이 신고한 대로 인정하고, 각 사업연도의 손익의 귀속시기의 차이와 신고누락사항 등을 적출하여 1995사업연도와 1997사업연도에 대하여는 증액경정(부과처분)하고 1996사업연도와 1998사업연도에 대하여는 감액경정(환급)한 사실이 법인세 경정결의서 등에 의해 확인된다. (나) 당초처분(부과처분, 신고확정)과 경정처분의 법률관계와 그에 따른 불복청구의 대상 등에 대하여 현행 조세법령상 명확한 규정이 없으나, 학설 및 판례에 의해 확립된 내용을 살펴보면 다음과 같다. ① 흡수설 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하고 이를 경정하는 처분을 하는 경우 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 당초처분은 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 당연히 소멸하는 것으로 보아야 하므로 당초처분에 대하여 불복을 제기하지 않은 경우에도 증액경정처분에 대하여 불복을 제기하면 당초처분을 포함하여 그 위법여부를 다툴 수 있다. (대법원 98두 18510, 2000.9.22.등 다수, 국심2000서 3132 2001.4.4.등 다수) ② 역흡수설 과세관청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분을 한 경우에는 위 감액경정처분은 처음의 과세표준에서 결정된 과세표준과 세액의 일부를 취소하는데 지나지 아니하는 것이므로 처음의 과세처분이 감액된 범위내에서 존속하게 되고 이 처분만이 쟁송의 대상이 되며 경정처분 자체는 불복의 대상이 될 수 없다. (대법원 2000두 2013, 2000.9.22.등 다수, 국심 96서2932, 1997.2.21.등 다수) ③ 병존설 당초처분과 경정처분은 서로 독립하여 별개로 존재하고, 경정처분의 효력은 그 처분에 의하여 변경된 증감세액에 관한 부분에만 미치는 것으로 보아야 하므로 당초신고 또는 처분에 의해 확정된 과세표준과 세액에 대하여는 다툴 수 없다. 위와 같이 대법원판례는 당초처분의 과세표준과 세액을 증액경정하는 경우에는 흡수설을, 감액경정하는 경우에는 역흡수설을 견지하고 있으며, 당 국세심판원의 선결정례도 대법원판례와 같은 입장을 취하고 있다. (다) 이 건의 경우 청구법인이 당초 각 사업연도의 법인세 신고시 쟁점토지와 관련된 건설자금이자를 특별부가세의 양도차익계산시 토지의 취득가액에 산입하지 아니하고 신고한 것에 대하여, 처분청이 청구법인의 신고내용을 그대로 인정하였다 하더라도 과세표준과 세액을 증액경정한 사업연도의 경우는 앞에서 살펴본 흡수설 입장에 의해 당초 신고된 부분에 대해서도 불복청구하여 다툴 수 있다 할 것이다. 한편, 감액경정(환급)한 사업연도의 경우는 역흡수설 입장에 의해 당초신고 및 처분이 일부 취소된 것으로서 그 자체로는 불이익 처분이 아니어서 불복청구의 대상으로 삼을 수 없다 할 것이며, 또한 청구법인이 이 건 감액경정한 사업연도와 관련하여 별도의 경정청구를 하여 거부처분 등을 받은 사실도 없어 당초 신고가 확정된 것이므로 불복청구의 대상이 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 법인세의 경정처분에 대하여 청구법인이 불복청구한 사업연도중 증액경정한 1995사업연도와 1997사업연도에 대하여는 본안심리를 함이 타당하고, 감액경정한 1996사업연도와 1998사업연도에 대하여는 본안심리를 할 수 없다 하겠다. 다. 쟁점(2)에 대하여 (1) 관련법령 (가) 특별부가세 과세표준 관련법령 법인세법(1998.12.28. 개정전의 것) 제59조의 2 【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등 ”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. ③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. 1. 취득가액.(단서생략) 법인세법시행령(1998.12.31. 개정전의 것) 제124조의 2 【특별부가세의 과세표준계산】 ② 법 제59조의 2 제3항에서 “취득가액 ”이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다. 법인세법시행령 제37조 【자산의 취득가액 등】 ① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세.등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조.생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비.노무비.운임·하역비.보험료.수수료.공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액 3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득당시의 정상가액 (나) 각 사업연도 소득금액계산 관련법령 법인세법(1998.12.28. 개정전의 것) 제16조 【손금불산입】 다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다. 11. 다음 각목의 1에 해당하는 차입금의 이자 가. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자 법인세법시행령(1998.12.31. 개정전의 것) 제33조 【손금불산입되는 차입금의 이자 등】 ① 법 제16조 제11호 가목에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금 ”의 이자라 함은 그 명목 여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입.제작.건설(이하 이 조에서 “건설 ”이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다. ② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 사업에 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다. (2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 한국토지공사법에 의해 1979.3.27. 설립된 법인으로 토지를 취득.개발하여 공급하는 업무를 주업무로 하고 있는 바, 청구법인이 보유한 토지를 보면, 쟁점토지와 같이 토지를 매입.개발하여 판매목적으로 일시 보유하는 조성토지, 업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 사업용 고정자산, 그밖에 비축토지, 환매토지 등이 있는 데, 조성토지의 경우 건설교통부장관으로부터 택지개발 등의 사업승인을 받은 후 토지를 매입하여 기본적인 토지조성공사와 기타 부대공사를 하여 이를 일반인에게 분양(양도)하기까지는 보통 3년～5년의 장기간이 소요될 뿐만 아니라 투입비용(용지매입비 및 건설비)도 막대하여 그 비용은 각종의 채권발행, 금융기관대출금 등으로 충당하고 있음이 청구법인의 각 사업연도의 결산서 및 토지채권 발행자료 등에 나타나고 있으며, 청구법인의 각 사업연도의 차입금 및 지급이자 현황과 토지의 조성에 관련된 건설자금이자는 다음과 같다. 차입금 및 지급이자와 건설자금이자 OOO 쟁점토지의 양도 및 취득가액과 관련 건설자금이자 OOO (나) 청구법인은 매매용 재고자산인 쟁점토지를 양도한 후 각 사업연도별 특별부가세의 양도차익계산시 토지조성과 관련된 건설자금이자(차입금의 지급이자)를 취득가액에 산입하지 아니하고, 각 사업연도의 소득금액계산시에만 영업외비용인 지급이자로 계상하여 손금처리한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 동 건설자금이자를 특별부가세의 양도차익계산에 있어서도 취득가액에 산입할 수 있는지가 쟁점이므로 이에 대하여 살펴본다. 건설자금이자라 함은 제작.매입.건설 등에 장기간이 걸리는 유형자산의 취득에 소요되는 자금의 전부 또는 일부를 차입금으로 충당할 경우 그 건설 등에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 유사한 성질의 지출금을 말하는 것인 바, 법인세법 제16조 제11호 가목, 같은법시행령 제33조 제1항 및 제2항의 규정에서 “사업용고정자산”의 경우에 건설자금이자를 당해 사업연도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하고 자본적지출로서 그 고정자산의 취득원가에 산입하도록 한 것은 수익비용대응의 원칙에 의한 기간손익의 적정을 기하고자 하는데 그 이론적 근거를 두고 있는 것이다. 한편, 자산의 양도에 대한 각 사업연도의 소득은 법인세법 제9조, 같은법시행령 제12조의 규정에 의하여 자산의 양도금액에서 양도한 자산의 양도당시 장부가액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있고, 이 사건 당시인 1998.12.31 이전의 법령을 보면 법인세 특별부가세의 과세표준은 법인세법 제59조의2 제1항, 제3항 제1호 및 같은법시행령 제124조의2 제2항의 규정에 의하여 자산의 양도가액에서 취득가액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있는데 그 취득가액은 실제취득가액, 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 되어 있을 뿐 건설자금에 충당한 금액의 이자를 특별히 법인의 “사업용고정자산”의 건설자금에 충당한 금액의 이자로 한정하지 아니하고 있었다. 살피건대, 법인이 토지 등을 양도한 경우에 그 처분이익은 각 사업연도의 소득에 합산되어 법인세를 납부함과 아울러 당해 토지 등을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 법인세 특별부가세를 납부하게 되는 것인 바, 이와 같이 특별부가세는 토지 등의 자산의 양도차익에 대하여 법인세와 별도로 부과되는 특성으로 인하여 법인세법의 일반규정의 원리가 그대로 적용될 수는 없는 점이 있고 이 사건 당시인 1998.12.31 이전의 법령에 의하여 볼 때, 법인세의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 사업용 고정자산에 대해서만 건설자금이자를 취득가액에 산입할 수 있도록 규정하고 있다 하여 그것만으로 특별부가세의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 “건설자금에 충당한 금액의 이자”를 “사업용 고정자산의 건설자금에 충당한 금액의 이자”로 축소해석할 근거가 되지는 못한다 할 것이고, 사업용 고정자산의 양도의 경우에 있어서 자산의 취득가액과 건설자금에 충당한 금액의 이자가 그 중 일부는 법인세법시행령 제12조 제2항 제5호 규정의 감가상각비로서 나머지는 같은 제1호 규정의 양도당시의 장부가액으로서 이미 법인세의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 전액 손금에 산입되었음에도 불구하고, 같은법시행령 제124조의 2 제2항이 특별부가세의 양도차익의 계산에 있어서도 전액 양도가액에서 공제하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 재고자산의 양도의 경우에도 건설자금에 충당한 금액의 이자는 특별부가세의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제되어야 할 것이며, 그것이 법인세의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 영업외비용으로 손금에 산입되었다는 이유로 특별부가세의 양도차익계산에 있어서 양도가액에서 공제할 수 없다고 볼 것은 아니라 할 것이므로(대법원 90누3607, 1990.11.27. 같은 뜻임), 1995사업연도 및 1997사업연도에 쟁점토지의 조성과 관련하여 발생된 건설자금이자는 특별부가세의 양도차익계산에 있어 이를 취득가액에 산입함이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청은 앞에서 살펴본 청구법인의 차입금 및 지급이자에 관한 자료를 근거로 하여 그 중 쟁점토지의 조성과 관련된 건설자금이자를 가려 해당금액에 대해서는 이를 쟁점토지의 취득가액에 산입하여 이 건 법인세(특별부가세)의 부과처분을 경정하여야 할 것이다. 4. 결론 이 건 심판청구는 요건심리결과 일부는 본안심리 대상이 아니고 일부는 국세심판관합동회의의 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호.제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.