조심 2021부5519 (2021.12.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 1999.12.1. 매매로 취득(원인일 1999.11.29.)한 OOO 대지 106㎡와 그 지상 건물 38.84㎡, 같은 동 OOO 대지 2㎡, 같은 동 OOO 대지 7㎡, 같은 동 OOO 대지 23㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2013.4.30. 공공용지의 협의 취득을 원인(원인일 2013.4.29.)으로 OOO에 양도(2013.5.6. 손실보상금액 OOO원 수령)하였고, 2013.6.25. 취득일을 1999.12.1.로 하고 양도일을 2013.4.29.로 하여 양도소득금액 OOO원을 산정한 후, 양도소득세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 예정신고·납부하였다. 나. 구「도시재정비 촉진을 위한 특별법」(2020.12.22. 법률 제17689호로 개정되기 전의 것, 이하 “도시재정비법”이라 한다) 제11조 제4항에 의하면, 공공용지 협의취득에 응하여 보상금을 지급받은 토지소유자가 보상금액에 이자를 더한 금액을 반환하는 경우, 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등(이하 “인접토지 등”이라 한다)의 소유자로 보는바, 이에 따라 OOO는 쟁점부동산 협의취득 당시 청구인을 비롯한 토지소유자들에게 추후 보상금 및 이자를 반환하는 경우 인접토지 등 소유자로 간주되어 위 재정비촉진지구 내 조합원입주권을 취득할 수 있다고 홍보함으로써 협의취득에 응하도록 설득하였고, 그 후 청구인은 2020.10.14. OOO에 보상금 OOO원과 관련 이자 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 반환하여, 도시재정비법 제11조 제4항에 따라 인접토지 등 소유자로 간주되었다. 다. 청구인은 2020.8.27. AAA과 BBB(이하 “매수인”이라 한다)에게 인접토지 등 소유자 지위와 조합원입주권(이하 “쟁점소유자 지위 등”이라 한다)을 거래가액 OOO원에 각 1/2씩 양도하기로 하는 인접토지 등 소유자 지위 양도계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결한 후, 2020.10.16. 쟁점소유자 지위 등을 양도하였고, 2020.12.24. 양도소득세 예정신고시 쟁점부동산을 1999.12.1. 취득하여 2020.10.16. 양도하였다는 사실을 전제로 보유기간을 21년으로 하고 취득가액은 환산가액인 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부 하였다. 라. 한편, 청구인은 2020.10.14. OOO에 보상금 OOO원과 관련 이자 OOO원 합계 OOO원을 반환한 결과, OOO가 협의취득을 원인으로 하여 쟁점부동산을 취득한 것이 무효가 되었다는 이유로, 2020.12.31. 청구인이 납부(2013.6.25.자)한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구인의 경정청구가 통상적 경정청구 기한인 2018.6.31.을 도과하여 부적법하며, 청구인이 OOO와의 공공용지 협의취득 계약이 무효라고 주장하나, 무효사유에 대한 입증책임 있는 청구인이 이를 입증하지 못하고 있고, 도시재정비법 제11조 의 규정에서 청구인이 손실보상금에 이자를 더한 금액을 OOO에 반환하는 경우 인접토지 등의 소유자로 보도록 규정하고 있으므로, 청구인이 OOO에 손실보상금 등을 반환한 대가로 부동산 또는 미래에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득한 것으로 보아야 하는 점을 종합하여 2021.1.25. 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. 마. 처분청은 2021.3.29.부터 2021.4.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 OOO에 쟁점금액(손실보상금 등)을 반환한 날인 2020.10.14.에 “부동산을 취득할 수 있는 권리”인 쟁점소유자 지위 등을 새롭게 취득한 후, 불과 이틀 후인 2020.10.16. 단기 양도(보유기간 1년 미만)하였다는 이유로 쟁점금액에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 50%의 중과세율을 적용하여 2021.6.10. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 바. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 법률의 적용과 해석은 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미 및 입법 취지와 목적을 고려하여야 하는바, 이 건 양도소득세 부과처분은 도시재정비법과「소득세법」의 목적과 취지에 반하여 도시재정비법 제11조 제4항의 토지 등 소유자 간주시 자산의 취득시점을 보상금의 반환 시점으로 해석함으로써 공공용지 협의취득에 응한 토지소유자들을 불리하게 처우하였고, 같은 조항의 보상금을 반환하는 경우 해당 인접토지 등 소유자로 본다는 규정을 새로운 자산의 취득으로 해석하는 것은 문언의 해석에도 반하므로 취소되어야 한다. (1) 이 건 양도소득세 부과처분은 도시재정비법 제11조 제4항 및 「소득세법」제104조 제1항 제3호(중과세율)의 목적과 입법취지에 정면으로 반하는 것으로서 위법하다. (가) 법 해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 하고, 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 한다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81035 판결 참조). (나) 도시재정비법 제11조 제4항의 취지는 재정비촉진계획에 따라 기반시설(공원, 학교 등) 설치를 위해 특정 토지 등의 협의취득 또는 수용이 필요한 경우, 해당 토지 소유자들이 추후 보상금과 이자를 반환하면「도시 및 주거환경정비법」에서 정한 주택재개발사업, 도시환경정비사업의 조합원 자격을 가질 수 있도록 혜택을 주어, 공공용지 협의취득에 대한 저항을 감소시키고 협의에 적극적으로 응하도록 유도하여 기반시설 설치 등 사업의 원활한 진행을 도모하려는 데에 있다(서울고등법원 2015.6.24. 선고 2015누33716 판결, 같은 취지). (다) 또한, 「소득세법」제104조 제1항 제3호는 토지, 건물 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리 등은 보유기간이 1년 미만인 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는 한편, 같은 법 제95조는 3년 이상 보유한 자산에 대해서 그 보유기간에 따라 양도소득금액에서 장기보유 특별공제액을 공제하고 있는바, 이는 단기 시세차익만을 노린 부동산 투기를 방지하기 위하여 단기보유 자산에 대한 중과세율을 적용하되 장기보유 자산에 대해서는 물가상승에 의한 가격 상승분을 고려하여 양도소득금액에서 공제함으로써 건전한 부동산 투자와 소유를 촉진하고자 하는 취지이고, 대법원 역시 「소득세법」제104조 제1항 제10호에서 미등기 양도자산에 대하여 양도소득세를 중과하는 취지는, 자산을 취득한 자가 양도 당시 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 이를 양도함으로써, 양도소득세 등의 각종 조세를 포탈하거나 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급 없이 전전매하는 형태의 부동산투기 등을 억제, 방지하려는 데에 있다고 할 것이므로, 애당초 그 자산의 취득에 있어서 양도자에게 자산의 미등기양도를 통한 조세회피목적이나 전매이득취득 등 투기 목적이 없다고 인정되고, 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니한 책임을 양도자에게 추궁하는 것이 가혹하다고 판단되는 경우, 즉 부득이한 사정이 인정되는 경우에는 소득세법령의 경우에 준하여 양도소득세가 중과되는 미등기자산에서 제외된다고 판시하고 있다(대법원 2005.10.28. 선고 2004두9494 판결). (라) 도시재정비법 제11조 제4항에 따라 보상금 및 이자를 반환하고 토지 등 소유자로 간주되는 자에 대해서 기존 토지의 보유기간을 전혀 고려하지 않은 채 장기보유특별공제를 인정하지 아니하고 오히려 고율의 양도소득세를 적용하는 것은 위와 같은 도시재정비법 및 「소득세법」취지에 정면으로 배치된다. 구체적으로는 도시재정비법 제11조 제4항은 재정비촉진구역 내의 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자에 대하여, 재정비촉진구역 내 다른 부동산 소유자들과 비교할 때 협의취득 또는 수용 등으로 인해 조합원 자격이나 개발 이익 등을 얻지 못하게 되는 불이익을 보완ㆍ해소하기 위하여 보상금을 반환하는 것을 조건으로 재정비촉진구역 내 다른 부동산 소유자들과 동일한 법적 지위를 인정하도록 의제하고 있고, 재정비촉진구역 내 토지 또는 건축물을 소유하고 있던 토지 등 소유자가 해당 부동산을 제3자에게 양도하는 경우 당초 부동산 취득시점을 기준으로 취득가액, 보유기간 등을 계산하여 관련 양도소득세 납세의무를 부담하는 것에는 아무런 이견이 없는바, 그렇다면 재정비촉진구역 내 토지 또는 건축물에 관한 보상을 받았다가 그 보상금액을 반환함으로써 토지 등 소유자의 지위를 회복한 자의 경우에도「소득세법」등에 특별한 규정이 없는 이상 당초 부동산 취득 시점을 기준으로 산정한 양도소득세를 부담하는 것이 도시재정비법 제11조 제4항의 취지에 부합하는 것이다. 만일 위와 같이 해석하지 않는다면, 보상금을 반환한 토지 등 소유자는 기반시설 설치와 사업의 원활한 진행이라는 공익에 기여하기 위하여 자신의 토지 또는 건축물 등을 기꺼이 제공하였음에도 불구하고, 오히려 그렇지 않은 다른 토지 등 소유자보다 세법상 매우 불리한 취급을 받게 되며, 이러한 결과는 도시재정비법 제11조 제4항의 입법 취지를 완전히 몰각시키는 것이고, 나아가 청구인은 쟁점부동산을 최초로 취득한 1999.12.1.부터 공공용지의 협의취득에 따라 그 소유권이 OOO로 소유권이 이전된 2013.4.29.까지 약 13년 5개월동안 쟁점부동산을 소유하였으므로 즉, 청구인의 쟁점부동산에 관한 소유자로서의 지위 양도는 단순히 단기 시세차익만을 노린 부동산 투기에 해당하지 않음이 명백하다. 오히려 청구인은 장기간 쟁점부동산을 소유해 오다가 청구인의 의사와 무관하게 쟁점부동산 일대가 재정비촉진지역으로 지정됨에 따라 쟁점부동산에 관한 등기부상 소유 명의만을 상실하였을 뿐 보상금액을 반환함으로써 쟁점부동산에 관한 소유자 지위는 계속 유지된 것으로 볼 수 있는바, 쟁점소유자 지위 등 거래는 청구인이 1999.12.1.부터 소유하던 쟁점부동산을 제3자에게 양도한 것과 완전히 동일하다는 점에서 위「소득세법」관련 규정이 장려하고자 하는 건전한 투자 및 소유에 해당한다고 할 것이다. (마) 참고로, 「소득세법」제95조 제2항에 의하면 2013.1.1.부터「도시 및 주거환경정비법」상 재건축재개발 정비사업조합의 조합원입주권에 대해서는 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 인정하고 있고, 과세관청은「소득세법」에 위와 같이 명문으로 규정되기 전부터 이미 해석상 조합원입주권에 대해 기존 토지 또는 건물의 취득일을 기준으로 양도소득세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 왔다. 과세관청은 구「주택건설촉진법」에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수 토지를 제공하고 취득한 입주권을 양도하는 경우, 당해 입주권의 장기보유특별공제는 「소득세법」제95조 제2항의 규정에 의한 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것이고, 「소득세법」제104조 에서 규정하는 양도소득세의 세율 적용 시 보유기간 계산은 기존주택과 그 부수토지의 취득일부터 양도일까지의 기간으로 한다고 하여, 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 및 세율 적용시 기존주택의 취득일을 기준으로 할 것을 해석상 인정하여 왔으며(OOO), 위와 같은 해석이 2013.1.1.질의회신 개정에 따라 명문화된 것이다. 이는 조합원입주권에 대한 세율 및 장기보유특별공제 적용에 관한 법률 해석에 있어서, 기존 주택을 장기 보유하다가 정비사업으로 인해 조합원 입주권을 취득한 경우, 이를 양도하는 것을 두고 단기 시세차익을 노린 부동산 투기에 해당한다고 볼 수 없으며, 나아가 건전한 부동산 투자 및 소유를 촉진하기 위해 물가상승에 의한 가격 상승분을 고려하여 양도소득금액에서 공제할 필요가 있다는 점이 반영된 것으로 볼 수 있다. (바) 그렇다면, 기반시설 설치를 위해 재정비촉진구역 내 토지 또는 건물을 제공하고 지급받은 보상금을 반환한 토지 등 소유자가 부동산 소유자로서의 법적 지위를 양도하는 경우에도, 기존 부동산의 취득일과 보유기간을 기준으로 양도소득세를 산정하는 것이 도시재정비법 제11조 제4항의 취지에 부합하고, 건전한 부동산 투자 및 소유를 촉진하고자 하는 「소득세법」제94조 및 104조의 취지와 목적에도 부합한다고 할 것이다. (2) 도시재정비법은 토지 또는 건축물의 등기 명의나 협의취득의 효력과 별개로 보상금을 반환한 자를 소유자로 의제하고 있으므로, 청구인은 2013.4.30. 이후부터는 별도의 등기가 없더라도 쟁점부동산의 소유권을 가지고 있었던 것으로 보아야 한다. (가) 도시재정비법 제11조 제4항은 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 재정비촉진계획에 의하여 기반시설을 설치하게 되는 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 건설교통부령이 정하는 이자를 더한 금액을 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 반환하는 경우에는 당해 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지 등소유자로 본다고 규정하고 있고, 여기서 말하는 토지 등 소유자는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업ㆍ도시환경정비사업 등의 경우에 재정비촉진구역 안에 소재한 토지 또는 건축물의 소유자 등을 의미하는바( 도시재정비법 제2조 제7호), 즉 도시재정비법 제11조 제4항은 토지 또는 건축물 등에 관한 보상금을 반환한 자는 해당 토지 또는 건축물의 소유자로 본다는 의미로 해석된다. (나) 그리고 ‘소유자로 본다’는 문언은 협의취득이나 수용으로 인하여 과거에 토지 또는 건축물의 소유권 등기 명의가 이미 이전ㆍ변경되었고, 협의취득이나 수용의 효력이 계속 유지되고 있음에도, 이와 무관하게 해당 토지 또는 건축물에 관한 적법한 등기를 마친 소유자로서의 지위나 법적 상태를 인정한다는 것이다. (다) 따라서, 청구인은 1999.12.1.부터 2013.4.29.까지는 쟁점부동산에 관한 등기 명의를 가진 상태에서 쟁점부동산을 소유하고 있었고, 보상금을 반환함에 따라 2013.4.30.부터는 별도의 등기 없이 쟁점부동산의 소유권을 가진 상태에 있었다고 할 것이다. (3) 도시재정비법 제11조 제4항의 토지 등 소유자 의제·간주 규정은 새로운 자산의 취득이 아니라, 기존 자산에 관한 권리의 회복을 정한 것이다. (가) 도시재정비법 제11조 제4항의 보상금 반환에 따른 토지 등 소유자 간주 규정은 매매계약의 해제에 따른 원상회복과 동일한 법적 효과를 전제하고 있다. (나) 법률상 취득이란 기존에 보유하고 있지 않은 자산 또는 권리를 새롭게 보유하게 되는 것을 의미한다. 양도소득세의 세율이나 장기보유특별공제를 적용함에 있어서 양도시기와 취득시기가 기준이 되는데, 이 때 취득의 의미에 관하여 보면「소득세법」에서는 취득의 의미에 대하여 직접적인 정의 규정을 두고 있지 아니하지만, 「지방세법」제6조 제1호에서는 취득에 대하여 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상의 모든 취득을 말한다고 정의하고 있는바(인천지방법원 2011.5.18. 선고 2010구합3859 판결), 즉 세법상 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등 기존에 보유하고 있지 않은 자산 또는 권리를 새롭게 보유하게 되는 것을 의미하고, 자산 또는 권리를 상실하게 된 원인이 소멸하면서 다시 이를 회복하는 것, 또는 이미 보유한 자산 또는 권리의 형태가 변형된 것은 이에 포함되지 아니하며, 사업시행자가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」(이하 “공익사업법”이라 한다)에 따라 토지 등의 소유자로부터 토지 등을 협의취득 하는 것은 공공기관이 사경제 주체로서 행하는 사법상 매매 내지 사법상 계약의 실질을 가지고(대법원 2004.9.24. 선고 2002다68713 판결 참조), 이에 따라 도시재정비법 제11조 제4항에서 정한 토지 등 소유자 의제·간주 규정은 자산 또는 권리를 상실하게 된 원인이 소멸하면서 다시 이를 회복하도록 하는 점에서 매매계약의 해제와 동일한 법적효력이 발생하는 것을 전제하고 있다. (다) 「민법」제548조 에 의하면, 당사자 일방이 계약을 해제한 때에는 각 당사자는 그 상대방에 대하여 원상회복의 의무가 있고, 이 경우 반환할 금전에는 그 받은 날로부터 이자를 가하여야 하는데, 이처럼 대금 및 받은 날로부터 이자를 가하도록 하는 취지는 계약 해제의 효과로 계약이 소급적으로 소멸하므로 당사자가 상대방에 대하여 계약이 없었던 상태로 되돌아가게 할 원상회복의무를 부담하기 때문이고, 다시 말하면 급부를 하지 않았던 경우와 동일한 상태로 복귀시키는 것이다. 그런데, 도시재정비법 제11조 제4항은, 공공용지 협의취득에 응하여(=매매계약을 체결하여) 보상금(=매매대금)을 지급받은 토지소유자가 보상금액에 이자를 더한 금액을 반환하는 경우 협의취득이 없었던 상태와 동일하게 토지 등 소유자로서의 지위를 인정하고 있는바, 이처럼 도시재정비법 제11조 제4항이 민법상 해제와 같이 대금을 받은 날로부터 이자를 가산하도록 하는 것은 위 규정에 따른 토지 등 소유자 간주·의제가 새로운 계약을 통한 새로운 취득이 아니라, 자산 또는 권리를 상실하게 된 원인의 소멸로 인한 자산 또는 권리의 회복의 성질을 띠고 있기 때문이다. 특히, 위 규정이 토지 등 소유자라는 법적 지위를 새롭게 취득하는 것을 의도하였다면, 즉 위 규정이 일종의 환매를 정한 것이라면, 최소한 반환하여야 하는 금액을 조정할 수 있는 단서규정을 두어야 했을 것이다. (라) 도시재정비법 제11조 제4항의 규정이 해제와 동일한 법적 효과를 의도한 것이라는 점은 보상금 및 이자를 반환한다는 문언을 보더라도 명백한바, 즉「소득세법」상 자산의 취득시기는 대금을 청산한 날로 하는데, 대금이란 자산의 소유권 이전에 대한 대가인 반면, 도시재정비법 제11조 제4항의 반환은 이미 지급받은 급부를 돌려주는 것이므로, 이러한 관점에서 보더라도 보상금을 반환한 시기를 토지 등 소유자 지위를 취득한 시기로 볼 수는 없는 것이다. (4) 도시재정비법 제11조 제4항은 종전에 보유하고 있던 자산 또는 권리의 형태가 변경된 것에 불과하므로, 토지 등 소유자 지위의 취득시기는 당초 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 취득일로 보아야 한다. 「소득세법」제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 대하여 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하면서 같은 법 시행령 제162조 제1항 제9호에서는 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일로 정하고 있다. 환지는 일정한 지역 안에서 토지의 이용가치를 증진시키기 위한 사업을 실시하기 위하여 토지의 소유권 및 기타의 권리를 교환·분합하는 처분인바, 이 경우 토지소유자는 종전에 보유한 토지를 새로운 토지로 교환한 것으로서, 이미 보유한 자산의 형태가 변형된 것에 불과하고, 토지소유자가 새로운 토지를 얻게 된 것에 별도의 투기 목적이 없으므로「소득세법」은 환지의 양도에 관한 양도차익 산정 시 환지 전의 종전 토지 보유기간을 산입하고 있는 것이다. 도시재정비법 제11조 제4항에 따른 토지 등 소유자 의제·간주 규정은 시·도지사 또는 시장·군수·구청장이 기반시설 설치를 위해 종전의 토지 또는 건축물을 취득하고, 그 대신에 해당 재정비촉진구역 내 토지 등 소유자 지위를 부여한다는 점에서 이미 보유하고 있던 자산의 형태가 변형된 것에 불과한바, 즉 위 규정에 따라 종전의 토지 또는 건축물은 토지 등 소유자로서의 지위와 동일하게 볼 수 있고, 따라서 토지 등 소유자 지위의 양도에 관하여 그 과세대상 및 취득시기를 종전의 토지 또는 건축물의 양도와 구분하여 달리 볼 수는 없다고 할 것이다. 나. 처분청 의견 청구인은 양도의 대상이 된 쟁점소유자 지위 등을 취득한 시점이 쟁점부동산의 최초 취득일인 1999.12.1.이라는 전제하에 여러 주장들을 하고 있으나, 아래와 같은 사정 및 사실들을 종합하여 보면 청구인이 OOO에 쟁점금액을 반환한 날인 2020.10.14.을 취득시기로 보아야 한다. (1) 자산의 양도로 발생하는 소득에 대하여 부과하는 양도소득세에 있어 양도란 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하고,「도시개발법」과 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 않으며( 「소득세법」제88조 ), 공익사업법에 의한 수용과 같이 소유자의 의사에 기하지 아니한 강제수용도 이와 같은 양도에 포함되는 것이므로(대법원 1995.12.22. 선고 95누13890 판결 참조), 이 건의 경우와 같이 OOO가 정비구역의 전부를 수용하여 주택을 건설하여 토지 등 소유자에게 우선 공급하는 도시재정비촉진사업의 경우 그 정비구역에 포함된 토지 및 건물은 사업시행자에게 소유권이 유상으로 이전되는 것이므로 이는 「소득세법」제88조 에서 규정한 양도에 해당되고, 따라서 청구인이 쟁점금액을 OOO에 반환한 결과 부동산을 취득할 수 있는 권리가 보장되어 있다는 사정만으로 위와 같은 수용에 대하여 자산이 유상으로 사실상 이전된 경우에 해당하지 않는다고 볼 수 없으므로(서울행정법원 2011.12.2. 선고 2011구단16219 판결 참조), 이와 다른 전제에서 제시하는 청구인의 주장은 조세법규 엄격해석의 원칙에 반하는 주장으로서 타당하지 아니하다. (2)「소득세법」(2020.12.29. 법률 제17477호로 일부 개정되기 전의 것) 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 하면서, 각 호에서 취득시기 및 양도시기를 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보지 아니하는 경우를 별도로 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이므로(대법원 1999.6.22. 선고 99두165 판결 참조), 법률의 규정에 의한 소유권이전이 있는 경우에도 법률행위에 의한 소유권이전이 있는 경우와 마찬가지로 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 하고(대법원 1994.10.25. 선고 94누6154 판결., 대법원 1998.4.14. 선고 97누13856 판결., 대법원 2002.4.12. 선고 2000두6282 판결 등 참조), 따라서 공익사업법에 의한 수용의 경우에도 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 등기부에 기재된 등기접수일을 양도시기로 보아야 할 것이므로 이 건에 있어 대금청산 전에 소유권이전등기가 접수된 2013.4.30.을 쟁점부동산의 양도시기로 보아야 하고, 부동산을 취득할 수 있는 권리인 쟁점소유자 지위 등의 취득시기는 OOO에 손실보상금 등을 반환한 날인 2020.10.14.로 보아야 한다. (3) 양도소득세는 자산의 양도와 그에 따른 소득이 있음을 전제로 하여 과세하는 것으로서, 그 매매계약이 해제되었다면 매매계약의 효력은 상실되어 자산의 양도가 이루어지지 아니한 것이 되므로, 양도소득세의 과세요건인 자산의 양도가 있다고 할 수 없으나(대법원 1992.12.22. 선고 92누9944 판결 참조), 유효한 매매계약을 토대로 자산의 양도가 이루어진 후 환매약정에 따른 환매가 이루어지더라도 이는 원칙적으로 새로운 매매계약에 해당하므로 소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 매매계약에 따른 자산의 양도에 영향을 미칠 수 없다 할 것인바(대법원 2015.8.27. 선고 2013두12652 판결 참조), 이러한 법리에 따라 이 건을 보면, 쟁점부동산은 2013.4.30. OOO에 양도된 후 도시재정비법 제11조 제4항에 따라 손실보상금을 OOO에 반환함으로써 인접토지 등 소유자가 되어 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하였다고 하더라도, 이는 원칙적으로 새로운 매매계약에 해당하므로 소득세의 과세요건을 이미 충족한 당초 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한 자산의 양도에 영향을 미칠 수 없고, 따라서 청구인은 쟁점부동산의 양도 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도에 대하여 각각 양도소득세 신고를 하여야 하는 것이다. (4) 청구인의 주장처럼, 청구인이 양도한 자산이 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도가 아니라 쟁점부동산의 양도로 보아 취득시기를 1999.12.1.로 적용하기 위해서는 당초 OOO가 2013.4.29. 공공용지의 협의취득을 원인으로 2013.4.30. 쟁점부동산의 소유권을 취득한 것이 무효, 해제 또는 취소 등의 사유에 의하여 청구인 명의로 환원등기가 이루어져야 되나, 그러한 사실이 없고 더 나아가 현재까지도 쟁점부동산의 소유권자는 OOO인 사실이 쟁점부동산(건물 제외)의 등기사항전부증명서에 의하여 확인되므로, OOO가 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 쟁점부동산의 소유권을 취득한 것은 여전히 유효하다. (5) 도시재정비법에 의하면, 청구인이 쟁점금액(손실보상금 등)을 OOO에 반환한 결과 쟁점부동산과는 구별되는 인접토지 등의 소유자로 보도록 정하고 있고, 청구인이 OOO에 쟁점금액을 반환한 대가(=급부)로 쟁점부동산과 구별되는 별도의 부동산(=반대급부)을 취득하였으며, 청구인이 쟁점금액을 OOO에 반환한 것의 성질은 위에서 설시한 바와 같이「민법」규정에 따른 무효, 취소 또는 해제에 따른 원물반환에 해당하지도 아니한다. (6) 청구인과 매수인이 체결한 쟁점계약서의 1. 자격대상 권리내역에도 청구인이 쟁점부동산과 구별되는 토지 등 소유자의 지위와 조합원입주권을 양도하는 것으로 기재되어 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 쟁점부동산의 손실보상금인 쟁점금액의 반환으로 취득한 인접토지 등의 소유자의 지위를 취득한 시점이 쟁점부동산의 최초 취득일인 1999.12.1.인지 아니면 청구인이 OOO에 손실보상금 등을 반환한 2020.10.14.인지 나. 관련 법률 (1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17477호로 일부 개정되기 전의 것) 제88조 [정의] 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다. 가.「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우 제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 토지「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. ② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및 주거환경정비법」제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. ⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 도시재정비 촉진을 위한 특별법 제11조 [기반시설 설치비용의 분담 등] ① 기반시설 설치비용은 제15조 또는 제18조에 따른 재정비촉진사업의 시행자(이하 “사업시행자”라 한다)가 재정비촉진계획의 비용분담계획에 따라 부담하여야 한다. ② 기반시설 설치비용의 부담 규모는 재정비촉진사업별 시행 규모 및 건축계획의 내용 등을 고려하여 균형 있게 정하여야 한다. ③ 사업시행자가 기반시설의 설치를 위하여 필요한 부지를 제공하는 경우에는 해당 재정비촉진계획에 대통령령으로 정하는 바에 따라 용적률, 건축물의 높이 등을 조정하는 내용을 포함시킬 수 있다. ④ 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 재정비촉진계획에 따라 기반시설을 설치하게 되는 경우에 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 그 보상금액에 국토교통부령으로 정하는 이자를 더한 금액을 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 반환하는 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역의 토지등소유자로 보며, 이 경우 해당 재정비촉진구역 사업시행자가 기반시설의 설치에 필요한 부지를 제공한 것으로 본다. 또한 토지 또는 건축물 등에 관한 보상을 받은 자가 보상금액을 반환하지 아니한 경우에는 해당 재정비촉진구역 또는 인접한 재정비촉진구역에서 매각되는 토지 또는 건축물에 대하여 우선 매수를 청구할 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 나타난 이 사건 주요 경위는 다음과 같다. (가) OOO는 2007.5.23. 쟁점부동산이 포함된 OOO 부대 반환공여구역 및 주변지역)을 도시재정비법 제5조 제1항에 따라 OOO 고시 제2007-198호로 시민공원주변 재정비촉진지구로 지정하였고, 청구인이 1999.12.1. 매매로 취득(원인일 1999.11.29.)하여 보유하고 있던 동 지구 소재 쟁점부동산은 2013.4.30. OOO의 재정비촉진계획에 따라 기반시설 설치를 위한 공공용지의 협의취득을 원인(원인일 2013.4.29.)으로 OOO로 소유권이 이전되었으며, OOO는 2013.5.6. 손실보상금조로 청구인에게 OOO원)을 지급하였고, 청구인은 2013.6.25. 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 예정신고·납부하였다. (나) 쟁점부동산(건물 제외)의 등기사항전부증명서에 의하면, 2013.4.29. 공공용지의 협의 취득을 원인으로 2013.4.30. OOO로 소유권이전등기가 이루어진 후, 현재까지 소유권이전 내역이 없는 것으로 나타난다. (다) 청구인은 2020.10.14. OOO에 보상금 OOO원과 관련 이자 OOO원 합계 OOO원(쟁점금액)을 반환한 후 도시재정비법 제11조 제4항에 따라 인접토지 등 소유자로 간주되었다. (라) 청구인은 2020.8.27. 매수인에게 인접토지 등 소유자 지위와 조합원입주권(쟁점소유자 지위 등)을 거래가액 OOO원에 각 1/2씩 양도하기로 하는 인접토지 등 소유자 지위 양도계약(쟁점계약)을 체결한 후, 2020.10.16. 쟁점소유자 지위 등을 양도하였고, 2020.12.24. 양도소득세 예정신고시 쟁점부동산을 1999.12.1. 취득하여 2020.10.16. 양도하였다는 사실을 전제로 보유기간을 21년으로 하고 취득가액은 환산가액인 OOO원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다. (마) 청구인은 2020.10.14. OOO에 쟁점금액을 반환한 결과, OOO가 협의취득을 원인으로 하여 쟁점부동산을 취득한 것이 무효가 되었다는 이유로, 2020.12.31. 청구인이 납부(2013.6.25.자)한 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.1.25. 경정청구를 거부하는 통지를 하였다. (바) 처분청은 2021.3.29.부터 2021.4.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 OOO에 쟁점금액(손실보상금 등)을 반환한 날인 2020.10.14.에 쟁점소유자 지위 등을 새롭게 취득한 후, 2020.10.16. 단기양도 하였다는 이유로 쟁점금액에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고, 50%의 중과세율을 적용하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였다. (2) 청구인과 매수인 간에 2020.8.27. 작성한 토지 등 소유자의 지위 양도계약서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 자격대상 권리내역에는 쟁점부동산이 필지별로 명시되어 있으나, 현재 해당 필지별 지번은 폐쇄등기상태로 없는 지번이고, 등기이전 자체가 되지 않으며, 쟁점부동산으로 인해 양도인인 청구인은 토지 등 소유자의 지위를 포괄 양도하고, 조합원입주권도 함께 양도하는 것으로 기재되어 있다. (나) 계약내용에는 제1조에서 매매대금은 OOO원)으로 하고, 제3조에서 해당 자격대상권리는 양도인(청구인)이 등기상의 소유자가 아니고, 양도인(청구인)이 관할청에 대금을 지불하면 토지 등 소유자의 지위를 갖추게 된다고 하고 있다. (다) 별지에 첨부된 특약사항에는 매매대금 중 계약금과 중도금을 지불하면, 양도인(청구인)이 OOO 반환계좌로 납입할 금액을 확인시켜 주고, 토지 등 소유자의 지위를 취득한 후, 잔금과 동시에 매수인이 OOO조합에 조합원으로 받아들여져야 하고, 양도인(청구인)이 토지 등 소유자의 지위에서 조합원(입주권) 자격을 갖추지 못하거나, 양도인에게 조합원(입주권)자격을 양도하지 못한다면, 계약은 무효로 하고, 매매대금 중 수령한 금액(계약금 및 중도금, 잔금까지) 전부를 양수인에게 반환하기로 한다고 기재되어 있다. (3) 처분청 조사담당자가 2021년 4월 작성한 양도소득세 조사종결보고서에 의하면, 청구인이 쟁점금액의 반환으로 인하여 도시재정비법상 촉진구역의 조합원 자격(토지소유자 등 간주규정)을 취득하였고, 동 반환은「민법」상 원물반환(무효, 취소, 해제) 관계에 있지 아니하고 도시재정비법상 촉진구역(쟁점부동산 소재지 외)의 조합원 분양을 받을 수 있는 자격을 취득하는 것으로 확인되며, 촉진구역 조합 등에 현장확인한 바, 동 반환금액 납입에 따라 청구인은 쟁점부동산 소재지가 아닌 인근 촉진구역 내 조합원 자격을 취득하였으므로, 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위는 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하여 양도소득세 과세대상으로 확인되고, 반환금액은 동 권리 취득대금으로 판단된다고 하였다. (4) OOO시장이 2020.10.14. OOO구역 도시환경정비사업조합장에게 발송한 시민공원 주변 재정비촉진사업 보상금 반환사항 알림(쟁점부동산 관련) 공문에 의하면, 시민공원 주변 재정비촉진사업과 관련하여 청구인이 손실보상금으로 수령한 금액(OOO원)에 이자(OOO원)를 포함한 쟁점금액을 2020.10.14. OOO시장에게 반환한 사실이 있다고 통보하면서 납부영수필통지서와 보상금 지급조서 각 1부를 첨부한 것으로 나타난다. (5) 쟁점소유자 지위 등 매수인 중 AAA이 2020.10.16. OOO구역 도시환경정비사업조합에게 제출한 권리(변경) 신고서에 의하면, 권리내역에 쟁점부동산이 기재되어 있고, 권리변경사항에는 소유권이 아닌 소유권 이외 사항으로 보상금 반환 및 매매(변경 전 소유자 청구인, 변경 후 소유자 매수인)로 기재되어 있다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청이 도시재정비법과 「소득세법」제104조 제1항 제3호(중과세율)의 목적과 취지에 반하여 도시재정비법 제11조 제4항의 토지 등 소유자 간주시 자산의 취득시점을 보상금의 반환 시점으로 해석함으로써 공공용지 협의취득에 응한 토지소유자들을 불리하게 처우하였고, 같은 조항의 보상금을 반환하는 경우 해당 인접토지 등 소유자로 본다는 규정을 새로운 자산의 취득으로 해석하는 것이 문언해석에 반하므로 이 건 양도소득세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 공익사업법에 의한 수용과 같이 소유자의 의사에 기하지 아니한 강제수용도「소득세법」상 양도에 포함된다 할 것인데, 이 건과 같은 도시재정비촉진사업에 있어 그 정비구역에 포함된 토지 및 건물은 사업시행자에게 소유권이 유상으로 이전되는 것이어서 이를 양도로 봄이 타당하고, 쟁점부동산의 경우 2013.4.30. OOO로 소유권이 이전된 후, 현재까지 무효나 해제, 취소 등의 사유에 의하여 청구인 명의로 환원등기가 이루어지지 않은 사실에서 손실보상금 등인 쟁점금액의 반환이 있었다 하여 매매계약 해제 등에 따른 원상회복과 동일한 법적 효과가 전제되었다고 보기 어려운 점, 청구인이 손실보상금 등인 쟁점금액을 도시재정비법 제11조 제4항에 따라 OOO에 반환한 결과 인접토지 등의 부동산을 취득할 수 있는 권리를 보장받았다 하더라도 이는 원칙적으로 새로운 부동산상 권리를 취득한 것이어서 양도소득세 과세요건사실을 이미 충족한 당초 공공용지의 협의 취득을 원인으로 한 쟁점부동산의 양도에 영향을 미친다고 보기 어려운 점, 도시재정비법에 의하면 청구인이 쟁점금액(손실보상금 등)을 OOO에 반환한 결과 취득하게 되는 권리는 쟁점부동산과 구별되는 인접토지 등의 소유자 지위로, 이는 청구인이 OOO에 쟁점금액을 반환한 대가로 취득한 것이고, 청구인과 매수인 간에 작성한 쟁점계약서의 자격대상 권리내역에도 청구인이 쟁점부동산과 구별되는 토지 등 소유자의 지위와 조합원입주권을 양도하는 것으로 기재되어 있어 쟁점소유자 지위 등은 쟁점부동산과는 구별되는 별도의 양도물건으로 봄이 합리적인 점 등에서 매수인과의 쟁점계약에 따라 양도한 쟁점소유자 지위 등의 취득시기는 쟁점부동산의 당초 취득시기가 아닌 손실보상금 등인 쟁점금액을 반환한 2020.10.14.로 봄이 타당하므로, 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.