조심 2012중3119 (2013.06.04)

OOO세무서장이 2012.3.22. 청구법인에게 한 법인세 2010년 원천분 OOO원의 부과처분은,

1. 청구법인이 2010.11.30. 아일랜드공화국에 소재한 OOO에 특허권 침해 및 허여 대가로 지급한 OOO달러의 수익적 소유자와 관련하여 동 대가가 미합중국의 델라웨어주에 소재한 OOO 내지 미합중국 소재 글로벌 펀드인 OOO 및 OOO의 최종투자자 등에게 귀속되었는지 여부와 수익적 소유자의 거주지국에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.11.11. 아일랜드공화국에 소재한 OOO과 License Agreement(이하 “쟁점라이센스계약”이라 한다)을 체결하고, 2010.11.30. 특허권 침해 및 허여 대가로 미화 OOO의 사용료(이하 “쟁점특허사용료”라 한다)를 지급하면서 「대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 “한-아일랜드 조세조약”이라 한다) 제12조의 규정에 따라 쟁점특허사용료에 대하여 법인세를 원천징수하지 아니하였다.

나. OOO은 2010.6.21. 아일랜드공화국 법률에 따라 설립된 법인으로서, 키프로스 공화국(Republic of Cyprus) 법률에 따라 설립된 OOO가 100%의 지분을 보유하고 있고, OOO는 미합중국 델라웨어주법에 의하여 설립된 OOO가 100%의 지분을 보유하고 있다.

다. 서울지방국세청장은 2011.7.26.부터 2012.2.29.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하여 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점특허사용료 소득의 ‘수익적 소유자’가 OOO이 아닌 것으로 보아 한-아일랜드 조세조약의 적용을 배제하고 쟁점특허사용료에 20%의 세율을 적용한 법인원천세를 원천징수의무자인 청구법인에게 징수하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 2012.3.22. 청구법인에게 원천징수불성실가산세 OOO원을 포함한 법인세 2010년 귀속OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO은 조세조약의 혜택을 받을 목적으로 설립된 도관회사가 아니라 실질적 영업활동을 수행하는 법적 실체로서 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자이다.

(가) OOO은 미국 외 고객에 대한 특허권 허여(라이센싱) 사업을 위한 항구적인 해외 라이센싱 본부로서 정당한 사업상의 목적을 가지고 설립되어 실질적인 사업활동을 수행하여 왔다. OOO은 2009년까지 OOO그룹의 사업이 확장되면서 미국 이외의 지역에서 증가하는 사업상 요구에 따라 2009년 후반부터 국제적인 특허전문회사의 설립을 검토하여 오다가 2010년에 설립하게 되었으며, IV그룹이 OOO을 아일랜드에 설립하게 된 동기는 아일랜드의 높은 교육수준, 영어구사인력, 유리한 사업환경 등의 이점이 있기 때문이었으며, 아일랜드는 마이크로소프트나 인텔 등 미국 IT기업들이 선호하는 거점지역이기도 하여 특허권 라이센싱이라는 특수한 사업을 하는 OOO에게는 최적의 입지이다.

(나) OOO은 아일랜드 더블린에 실제 사무실을 두고 있으며 2010.6.경 임직원 4명으로 시작하여 2012.3. 현재는 9명의 전문인력을 보유하는 등 충분한 물적·인적 설비를 갖추고 전세계 거래를 위한 마케팅, 협상, 고객관리 등 실제 사업을 수행하여 왔다. 또한, OOO은 독립적이고 정상적인 영업활동을 수행해왔으며, 청구법인과의 쟁점라이센스계약을 포함하여 OOO이 체결한 모든 계약은 OOO이 독립적으로 진행하였고, 아일랜드에서 개최된 OOO의 독립된 이사회의 의사결정에 따라 사업을 영위하여 왔으며, 이는 OOO의 이사회 회의록, 사무실 사진, 임대차계약서, 임직원 현황, 임직원 활동내역, 감사보고서, 매출실적, 법인세신고서 등을 통하여 확인된다.

(다) OOO은 청구법인으로부터 수취한 쟁점특허사용료 소득을 포함한 소득에 대하여 아일랜드에서 상당한 금액의 법인세 등을 납부하였으며, 아일랜드 과세관청은 OOO이 적극적인 사업활동을 수행하는 회사로서 아일랜드의 거주자이고 아일랜드와 체약국 간 조세조약의 적용대상임을 거주자증명과 공식적 예규를 통하여 확인한 바 있다.

(라) OOO은 청구법인으로부터 사용료를 받기 이전부터 이미 핀랜드 및 프랑스의 특허 사용자들로부터 OOO의 사용료를 수취한 사실이 있으며, OOO은 현재 청구법인이 소재한 대한민국 뿐만 아니라 캐나다, 핀랜드, 프랑스, 독일, 일본, 대만 등 여러 나라에 소재한 회사들과 협상하고 특허권 허여 계약을 완료하였다.

(마) 위와 같은 점을 고려하건데, OOO은 실질적인 사업활동을 수행한 회사로서 쟁점특허사용료 소득에 대한 실질귀속자(Beneficial Owner)이므로 처분청이 OOO을 도관회사로 보아 한-아일랜드 조세조약의 적용을 배제한 것은 부당하다.

(2) OOO을 도관회사로 간주하더라도, 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자는 결국 대부분 미국의 거주자들이며, 쟁점특허사용료 소득이 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 대가이므로 국내원천소득이 아니다.

(가) 설령, OOO을 도관회사로 본다 하더라도, 쟁점특허사용료 소득의 실질 귀속자는 아래 (다)항에서 설명하는 바와 같이, 키프로스의 국외투자기구(Senarodos Limited)를 통하여 OOO를 100% 소유하고 있는 미국법인인 OOO이거나, OOO의 지분을 100% 보유한 미국 소재 글로벌 펀드인 OOO 및 OOO가 된다. 나아가 OOO 및 OOO 펀드의 최종 투자자들을 실질귀속자로 본다 하더라도, 두 펀드의 최종 투자자의 거주지국은 미국 투자펀드(US Investment Fund)로서 최종 투자자 정보를 제공받지 못한 극히 일부(4.74%)를 제외하면, 대부분(95.26%)이 미국 거주자(82.03%)이거나 핀랜드 등 조세조약 체결국가의 거주자(3.23%)로 확인된다.

(나) 「법인세법」제93조는 ‘해당 특허권이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 규정하고 있으나 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한-미 조세조약”이라 한다) 제6조 제3항 및 제14조 제4항에 의하면, ‘특허의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 지급되는 사용료는 어느 체약국 내의 특허의 사용 또는 사용권에 대하여 지급되는 경우에만 그 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다’고 규정되어 있는바, 특허권은 그것이 등록된 국가 내에서만 효력이 미치는 점, 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 「법인세법」제93조에도 불구하고 조세조약을 우선하여 적용하도록 되어 있으므로 쟁점특허사용료 소득의 원천에 관하여도 한-미 조세조약이 「법인세법」에 우선하여 적용되어야 하는 점 등을 고려한다면, 쟁점특허는 국내에 등록된 바가 없으므로 쟁점특허사용료 소득은 미국법인이 국내에 등록하지 않은 특허권의 사용대가로 지급받은 것에 해당하여 국내원천소득이라고 볼 수 없다.

(다) 설령「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제93조 제9호 후문, 즉 ‘국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’ 는 내용의 규정이 이 사건에 적용된다 하더라도, 위 규정은 부칙 제1조에서 ‘이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다’고 규정하고 있고, 부칙 제11조에서 ‘법인세법 제93조 제9호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 소득이 발생하는 분부터 적용한다’라고 규정하고 있는 바, 청구인이 2010.11.30. 지급한 사용료 OOO원 중에는 이 법 시행 전인 2008.12.31.까지의 사용료도 포함되어 있으므로 적어도 이 부분에 대한 사용료 소득에 대해서는 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」제93조 제9호를 적용할 수 없으므로 그 범위 내에서는 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 설령, OOO을 도관회사로 간주하여 쟁점특허사용료 소득을 국내원천소득으로 법인세를 과세할 수 있다고 하더라도, 그 소득의 실질귀속자는 OOO를 100% 소유하고 있는 미국법인인 OOO이거나, OOO의 지분을 100% 보유한 미국 소재 펀드인 OOO 및 OOO이며, 더 나아가 OOO 및 OOO 펀드의 최종 투자자들을 실질귀속자로 본다 하더라도 두 펀드의 최종 투자자의 거주지국은 미국 투자펀드로서 최종 투자자 정보를 제공받지 못한 극히 일부(4.74%)를 제외하면, 대부분(95.26%)이 미국 거주자(92.03%)이거나 핀랜드 등 조세조약 체결국가의 거주자(3.23%)들이므로 한-미 조세조약 등 조세조약상 제한세율이 적용되어야 한다.

(가) OOO는 키프로스법인인 OOO를 통하여 OOO의 주식을 100% 보유하고 있음. OOO는 키프로스 사무관리 용역회사인 OOO와 주식신탁계약을 체결하고, OOO의 지분을 OOO에게 신탁하여 OOO를 OOO의 지분을 소유한 OOO의 형식적인 주주로서 키프로스 법인등록부에 등록하고 있는데, 이는 특허 관련 사업의 성격상 관련 재무 및 사업 관련 정보의 비밀유지 등(공시의무 회피)을 위한 것이며, 이러한 서비스는 키프로스 사무관리 용역회사가 제공하는 일반적인 주식수탁 및 법인 사무관리 서비스의 일환이다.

즉, 특허 관련 사업의 성격상 관련 재무 및 사업 관련 정보의 비밀유지 등 업무상 편의를 위하여 형식상 주주로 등록되어 있을 뿐이며, OOO 주식의 실제 소유자는 미국 델라웨어주에 소재한 OOO이다. OOO와 OOO 사이에 체결한 주식신탁계약 및 주식양도증서에서 OOO는 OOO의 지분을 수탁자로서 관리할 뿐 어떠한 권리도 보유하지 아니하고 지분에 대한 모든 권리는 OOO에게 있다는 점을 분명히 하고 있다는 점, OOO의 감사보고서에서도 OOO의 주식은 OOO가 100% 소유하고 있다고 명시하고 있는 점과 OOO와 OOO 등 사이에 체결된 업무수탁계약서와 OOO 등의 청구서 등을 보건데 OOO는 OOO에게 형식상 주주 대행 용역을 제공한 사실이 확인되고, 이에 따라 OOO가 OOO의 실제 주주로서 OOO의 모회사라는 사실은 분명하며, 더욱이 처분청 또한 OOO이 청구법인으로부터 수취한 쟁점특허사용료 소득의 대부분을 OOO에 송금한 사실을 인정하고 있다.

(나) 따라서, 처분청이 OOO을 도관회사로 보아 쟁점특허사용료 소득을 국내원천소득으로 과세를 하고자 한다면, OOO의 모법인인 미국법인 OOO 또는 그 모회사인 OOO 및 OOO 펀드 또는 두 펀드의 최종 투자자를 실질귀속자로 보아 조세조약을 적용하여야 하는바, 청구법인은 OOO 및 OOO 펀드의 투자자는 미국 투자펀드로서 투자자 정보를 제공받지 못한 극히 일부(4.74%)를 제외하고 95.26%에 해당하는 투자자 명세 및 거주자증명서 등을 처분청에 제출하였으며, 투자자는 대부분(92.03%)이 미국 거주자이거나 일부(3.23%)가 핀랜드 거주자이다.

(다) 결국, OOO의 모기업인 OOO, OOO 및 OOO 등 모두 미국법인이며, 펀드의 최종 투자자 기준으로 실질귀속자를 판단하다 하더라도 대부분 한-미 조세조약상의 제한세율인 15%를 적용하거나 일부는 「대한민국과 핀랜드간의 소득에 대한 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」(이하 “한-핀랜드 조세조약”이라 한다)상의 제한세율인 10%를 적용하여 과세하여야 함에도 불구하고, OOO 펀드의 투자자 중 4.74%에 해당하는 미국투자펀드의 투자자를 밝히지 못하였다는 이유로 한-미 조세조약상의 제한세율 적용을 전면 부인하고 국내 「법인세법」상의 원천징수세율인 20%를 적용한 것은 위법하다. 청구법인으로서는 OOO 펀드와 투자자인 4.74%의 미국 투자펀드와는 제3자로서 동 미국 투자펀드가 동 투자펀드의 투자자정보를 제공하기를 거부하는 경우 청구법인이 공개를 강제할 방법이 없다.

(라) 2011.12.31. 신설(2012.7.1.부터 시행)된 「법인세법」제98조의6, 동법 시행령 제138조의7 및 「소득세법」제156조의6, 동법 시행령 제207조의8에 따르면, 국외투자기구가 아니라 실질귀속자를 기준으로 조세조약상 제한세율을 적용하여야 한다. 이 법률 조항의 개정이유를 보면, ‘비거주자·외국법인의 조세조약상 제한세율 적용절차를 법령에 명확히 규정’한 것이라고 하고 있으므로, 국외투자기구인 도관회사가 아니라 실질귀속자를 기준으로 조세조약상 제한세율을 적용하여야 한다는 원칙은 이 세법 조항의 신설이전부터 이미 명확하게 확립되어 있던 과세원칙이며, 이 조항의 신설을 통하여 단지 그 적용절차를 세법에 명확히 한 것에 불과하다. 따라서, 동 개정세법 조항의 실질귀속자를 기준으로 한 제한세율 적용원칙은 동법의 시행일 이전에도 적용되는 것이다.

(마) 관련 심판례(국심 2004서2580, 2009.5.1.)를 보면, 도관회사에 해당하는 케이만 법인에 대한 투자자 현황이 제출되어 파트너별 조세조약의 적용이 가능한 경우, 도관회사인 케이만법인 자체를 양도소득의 실질귀속자로 보아 과세한 처분은 잘못이다.’라고 판단한 바 있다.

(바) 청구법인은 OOO의 지분 구조 및 최종투자자에 대한 자료를 모두 제공하였으므로, OOO이 도관회사로 간주되는 경우 OOO US 또는 OOO 펀드 기준으로 한-미 조세조약을 적용하거나, 또는 청구인이 제출한 펀드의 최종 투자자 기준으로 한-미 조세조약 및 한-핀랜드 조세조약상의 제한세율을 적용하여야 하며, 설령, 제3자 투자자인 미국투자펀드로부터 최종투자자 정보에 대한 정보를 제공받지 못하여 쟁점특허사용료 소득의 최종 귀속자를 밝히지 못한 미국 투자펀드가 보유한 4.74%에 대하여는 「법인세법」상의 원천징수세율을 적용한다고 하더라도, 청구인이 최종적인 실질 귀속자를 분명히 밝힌 95.26%에 대해서는 한-미 조세조약 및 한-핀랜드 조세조약상의 제한세율을 적용하여야 한다.

(4) 청구법인은 쟁점특허사용료 소득에 대하여 처분청에 비과세면제신청을 하여 확인을 받았으므로 원천징수불성실가산세는 취소되어야 한다.

(가) 청구법인은 실질귀속자를 확인하기 위하여 2010.11.10. OOO 측에 이메일로 관련 자료 제출을 요청하였으며 청구법인이 OOO에 쟁점특허사용료 소득을 송금하기 이전에 많은 자료들을 제출받아 검토한 결과 조세조약상 원천징수 비과세·면제 대상에 해당한다고 판단하고 비과세·면제신청을 한 것이며 관할 세무서장 또한 이를 인정하여 청구법인의 신청서를 확인·접수하였다.

(나) 이 사건과 유사한 심판례(국심 2007서1620, 2007.9.18.)에서, ‘특허계약을 체결한 거래상대방이 특허권 소유자를 미국 A사나 네덜란드 본점법인이 아니라 몰타 및 아일랜드 지점법인으로 하여 거주지국으로부터 발급받은 거주자증명서를 제시하여 이를 근거로 원천징수의무자가 비과세·면제신청서를 제출하여 이를 과세관청이 확인한 경우, 원천징수불이행가산세를 과세할 수 없다’고 판단한바 있다.

(다) 따라서 청구법인은 처분청으로부터 비과세신청서에 대한 확인을 받아 법인세를 원천징수하지 않은 것이므로 원천징수불이행에 대한 정당한 이유가 있는 경우에 해당하는바, 청구법인에게 원천징수불이행가산세를 부과한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) OOO은 조세조약 남용(Treaty Shopping) 목적으로 설립된 도관회사로 쟁점특허사용료에 대하여 한-아일랜드 조세조약 적용은 불가하다.

(가) OOO과 OOO는 2000년에 미합중국법에 의해 설립된 특허펀드 및 라이센싱전문 유한 파트너십으로, 다양한 기술분야에 걸쳐 약 35,000건 이상의 특허를 보유하고 있으며, 2004년 당해 펀드의 운용을 담당하는 OOO를 통해 OOO가 보유한 특허를 청구법인이 침해하였다고 주장하며 특허 침해에 대한 대가로 OOO의 지분 중 일부를 매수할 것을 제안하면서 최초 협상이 시작되었으며, 청구법인이 OOO의 지분인수에 관심을 보이지 않자 2007.12월 전략을 바꾸어 다시 핸드폰 관련 특허와 다수의 반도체 특허를 침해하였다 주장하면서 특허권 라이센스계약에 중점을 두고 협상을 진행하다가 2010.9.16. 청구법인과 최종 합의후 2010.11.11. 이 사건 쟁점라이센스계약을 체결하고 보도자료를 통해 언론에 이를 공개하였는바, 동 라이센스계약 직후 발표된 언론보도자료에는 계약상대방으로 OOO가 기재되어 있고 IV는 “미국 워싱턴주 벨류시에에 소재한 2000년에 설립된 글로벌 특허펀드 및 라이센싱 전문업체로”소개되었으나, 이 사건 청구법인과 IV간의 쟁점라이센스계약서에는 특허 허여권자(Licensor)가 2004년부터 청구법인에게 특허 침해를 주장하며 협상을 진행해왔던 IV가 아닌 아일랜드 소재 OOO(OOO)로 하여 계약체결되었다.

OOO은 쟁점라이센스계약 체결 4개월 전인 2010.6.21. 아일랜드에 서류상 회사(Paper Company)로 설립된 법인으로, IV가 7년여의 협상 끝에 최종 합의한 거액의 특허사용료를 직접 계약하지 않고 조세회피 목적으로 서류상 회사인 아일랜드 소재 신설법인 OOO을 계약상대방으로 계약한 것이며, OOO은 쟁점특허사용료 계약 당시 정상적인 사업활동을 영위하지 않았고, 특허 라이센스와 관련한 권한을 행사한 사실도 없으며, 청구법인으로부터 수취한 쟁점특허사용료를 2011.12월 미국 소재 OOO에 송금하였는바, 쟁점특허사용료 소득의 수익적 소유자는 OOO이 아니고 OOO의 상위투자자이거나 불분명하다.

(나) 즉, OOO이 쟁점라이센스계약 임박시점에 일정한 사업목적이 없이 설립되었고, 상주직원도 없어 현지 신탁회사에 의하여 관리되던 서류상 회사(Paper Company)였던 점, OOO이 설립되기 전에 과거의 특허침해에 대한 대가로 동 소득을 OOO이 지급받으려면 그러한 소득의 권리를 가진 자로부터 관련 채권을 매입하는 경우에 지급받을 수 있으나 채권매입 사실도 없으면서 합의금 전체를 지급받은 점, 채권을 취득한 경우라 하더라도 단지 청구법인과의 채권채무청구권만 존재하는 것으로 특허권에 대한 수익적 소유자에는 해당하지 않는 점, 청구법인은 OOO이 설립되기 전에 과거의 특허권의 침해대가를 청구조차 받지 아니한 OOO에 지급한 점, 아일랜드는 사용료소득에 대하여 과세하지 않는 조세피난처와 유사한 점, 거액의 가치가 있는 특허 라이센스 사업을 목적으로 설립되었음에도 설립당시 자본금이 단 20유로에 불과하고 쟁점특허사용료 소득 외에는 다른 소득이 전혀 없는 점, 미국 OOO사가 청구법인과 특허 사용료까지 구체적으로 합의한 상태였음에도 이를 은폐하고 청구법인과 OOO이 합의한 것처럼 하여 쟁점라이센스계약을 체결한 점, 이 건 쟁점라이센스계약 직후 OOO의 사업범위가 지역 고객관리로 한정되어 운영되고 특허 침해 소송 등 실질적인 권한 행사가 없었던 점, OOO의 지분구조가 복잡하고 쟁점특허사용료 소득의 최종 귀속주체가 불분명한 점 등을 종합적으로 고려하면, OOO은 설립당시 오직 장래의 한국 내 라이센스 계약으로 인한 사용료소득에 대해 조세회피 목적상 우회경로로 활용하기 위하여 설립된 서류상 회사로 특허 라이센스와 관련하여 소득 발생지국의 조세징수를 회피하기 위하여 만들어진 하나의 형식적인 회사에 불과하고 전형적인 조세조약 남용사례와 그 유형이 동일하며, 쟁점특허사용료 소득에 대한 법인세를 회피하고자 하는 데에 거래방식을 변형시킨 가장 주된 목적이 있다고 보이므로, 그러한 거래형식이나 외관만을 내세워 OOO이 거래행위의 주체인양 한-아일랜드 조세조약의 조세면제규정을 적용할 수 없다.

(다) 따라서, 이 경우에는 실질과세원칙에 따라 쟁점특허사용료 소득 등 특허 라이센스 계약과 관련한 이익의 대부분은 미국 펀드로 송금되었으나 일부는 OOO의 상위투자자인 OOO에 귀속되었으며, 미국에 송금된 금액조차 펀드에 송금되어져 펀드의 구성원을 알 수 없는바, 청구법인은 추측적으로 미국 거주자에게 귀속되었을 것이라는 불명확한 증빙만 제출하고 「법인세법」상 제출하여야 하는 증빙은 제출하지 못하고 있는 바, 청구법인이 수익적 소유자라고 제출한 OOO이 조세조약의 혜택을 받기 위한 명목상 법인으로 확인되어 적용할 조세조약이 없으므로 「법인세법」에 따라 과세함에 있어 과세요건은 외국법인의 국내원천소득이 발생한 사실만 입증하면 족하다 할 것이다(대법원 1993누13162, 1994.4.15. 참조).

더 나아가 처분청이 조세조약상의 감면 및 특혜세율을 적용하기 위하여 실질귀속자를 파악하고 확정하여야 하는 것은 아니므로, 그러한 혜택을 받을 납세자가 실질귀속자를 입증할 책임(대법원 2007두4049, 2009.7.9. 참조)이 있음에도 청구법인은 구체적인 증빙을 제출하지 않았고, 청구법인이 가장 법률행위로 신고한 OOO은 조사단계에서 쟁점특허사용료소득의 실질적인 귀속자가 아님을 확인하고 실질귀속자를 수차례 밝혀 줄 것을 요구하였지만 출처가 불분명한 서류만 제출하고 실질귀속자를 확인하는데 필요한 「법인세법」에서 정하는 기본서류조차 제출한 사실이 없어 실질귀속자를 확정하지 못한 상태에서 조사가 종결되었으며, 형식적인 법인인 OOO에 입금된 자금의 사용은 그 주주인 OOO의 결정에 따라 사용될 수도 있으므로 그 귀속자는 OOO이거나 불명인 상태이므로 청구법인의 입증영역에 있는 그 실질귀속자를 조사자가 확인하지 못한다 하여 청구법인의 거래형식이나 외관만을 내세운 불명확한 주장을 그대로 인정해 줄 수 없으므로 대법원 판례에 따라 「법인세법」제98조의 규정에 의한 당초 과세는 적법한 처분이다.

(2) 쟁점특허사용료 소득은 국내원천소득에 해당하며, 사용료소득에 대한 한-미 조세조약 적용 논란은 이미 입법적으로 보완되었다.

(가) 조세조약상 용어는 과세권의 근거가 되는 국내세법에 규정된 내포적 의미에 따라 해석하는 바, 청구법인이 인용한 판례(서울고등법원 2012누8382, 2012.7.11.)는 그 대상이 국가별 특허권 개수(個數)로 배분한 화해대가로 국내생산에 국한하여 국내원천소득 해당여부를 다투는 것[심리일 현재 대법원에 계류(2012.7.30. 상고, 2012두18356)중이다]으로, 이 사건(국내 및 해외 사용분, 과거·현재 및 미래에 획득할 특허까지 포괄적으로 허용한 거래)과는 사실관계가 달라서 동 판례를 인용할 수 없는 반면, 이와 유사한 사건에 대하여 이미 서울고등법원[(2010누8016, 2010.2.12. 선고(대법원 2012.1.27. 확정판결(2010두5950)됨)]에서 “조세조약은 독자적인 과세권을 창설하는 것이 아니라 일방 체약국의 세법에 의하여 창설된 과세권을 배분하거나 제약하는 기능을 하는 것이므로, 조세조약 적용의 전제로서 타방 체약국의 과세권이 발생하였는지 여부는 결국 일방 체약국의 국내 세법에 따라 정하여질 수밖에 없는 것”으로 판시한바 있다.

(나) 한-미 조세조약은 사용료소득의 과세권을 배부함에 있어, 동 조약 제6조 및 제14조에서 “재산의 사용”지국에서 소득원천이 있고 소득원천지국에서 제한적 과세권을 행사할 수 있도록 규정하고 있는 바, 동 조약은 특허권의 과세권 배분에 대하여만 규정하고 있을 뿐 사용지국에 대한 판단기준을 제시하고 있지 않으므로 사용지국에 대한 판단은 내국세법 등에 의하여 따라야 할 것인 바, 2008.12.26. 「법인세법」제93조 제9호를 개정하여 “사용지”에 대한 규정을 명확히 하였으므로 동 법 개정 이후에 한-미 조세조약에 명시적인 반대규정이 없는 이상 개정된 「법인세법」제93조 제9호에 의하여 외국에 등록된 특허권의 사용지는 국내에서 제조 등을 하는 경우 국내에 있는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자는 OOO이거나 불분명하므로 한-미 조세조약상 제한세율을 적용할 수 없다.

(가) 조세조약상 제한세율은 실질귀속자를 기준으로 적용되는 것이며, 「법인세법」제98조의6 제3항은, 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우 제한세율 적용을 배제하고 국내세법상 원천징수세율을 적용하도록 명확히 하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점②와 쟁점③에서 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자를 당초 OOO에서 OOO라고 사실관계를 새로이 설정하여 예비적 청구주장을 하고 있으나, 실질귀속자 입증은 다른 납세자와 동일하게 관할세무서에 거주자증명서, 제한세율적용신청서 등을 제출하여 당초 신고내용의 오류를 바로잡는 경정청구 등 법적절차를 이행해야하는 별도의 사안으로 주위적 청구인 ‘OOO이 실질귀속자인지 여부’와는 병행 판단할 수 없다.

(다) 설령, 청구주장대로 OOO 실질귀속자라고 하더라도 OOO는 미합중국 델라웨어주에 소재하고, 델라웨어주는 주 밖에서 발생하는 이익에 대하여 세금을 부과하지 않는 것은 물론 회사가 실체적으로 존재할 것을 요구하지도 않아 세계 최고의 조세피난처로 각광받고 있는 곳이므로, 쟁점특허사용료 소득이 델라웨어주에 사업장을 둔 OOO에 귀속되었다면, 청구법인이 동 소득이 실제 OOO의 동업자들에게 귀속되었는지 여부를 밝히지 않고, 실질귀속자라 주장하는 미국 투자자들이 배분받은 소득 또한 사용료소득 없이 보증수입, 이자수입 등 금융소득으로만 구성되어 있으므로, 쟁점특허사용료 소득이 OOO의 동업자들에게 배분되었는지 여부가 확인되지 않는 이상 실질 귀속자를 미국거주자로 보아 한-미 조세조약상 제한세율을 적용할 수는 없다.

OOO

(라) 청구법인은 외국법인의 국내원천소득에 대한 원천징수시 반드시 실질귀속자를 밝혀야 한다는 당위성을 강조하기 위해 신설 「법인세법」제98조의6의 규정을 인용하고 있으나, 동법은 조세조약상 제한세율을 적용받기 위한 절차 등을 규정한 것으로 국내원천소득이 있는 외국법인이 제한세율을 적용받고자 한다면 동법이 정한 절차를 준수하여 스스로 실질귀속자임을 입증할 수 있도록 한 것이며, 또한, 동법 제3항에서는 이 사건과 같이 당해 외국법인이 제한세율 적용신청서 등을 제출하지 않았거나 제출된 서류를 통해서는 실질귀속자를 파악할 수 없는 경우에는 제한세율 적용을 배제하고 국내세법상 원천징수세율(20%)을 적용하도록 명확히 규정하고 있으므로 ‘외국법인의 국내원천소득이 발생한 사실만 입증하면 족하다’는 기존 대법원 판례(대법원 1993누13162, 1994.4.15.)와도 일치한다.

(4) 청구법인은 OOO이 쟁점특허사용료 소득의 실질 귀속자가 아님을 사전에 충분히 인지하였으므로 원천징수불성실가산세 부과는 정당하며, 단순 사실확인에 불과한 관할세무서의 비과세·면제신청만으로 청구법인이 원천징수의무자로서의 선량한 주의의무를 다했다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOO을 쟁점특허사용료 소득의 수익적 소유자(실질귀속자)가 아닌 도관회사로 보아 한-아일랜드 조세조약적용을 배제하여 과세한 처분의 당부(주위적 청구)

② OOO을 도관회사로 간주한다면, 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자는 미국거주자이므로 국내에 미등록된 특허권에 대한 대가인 쟁점특허사용료는 국내원천소득이 아니라는 청구주장의 당부(예비적 청구)

③ 쟁점특허사용료 소득의 실질귀속자는 미국거주자인바, 한-미 조세조약에 의한 제한세율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

④ 청구법인이 쟁점특허사용료 소득에 대하여 처분청에 비과세·면제 신청을 하여 확인받았으므로 원천징수불이행 가산세는 취소되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련법령

(1) 법인세법

제93조 [국내원천소득] (2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되어 2010.12.30. 법률 10423호로 개정되기 전의 것) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리 등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리 등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권 등”이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권·특허권·상표권·디자인·모형·도면이나 비밀의 공식 또는 공정·라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리

나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

제93조 [국내원천소득] (2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산·정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 자산·정보 또는 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 자산·정보 또는 권리에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다.(이하 “가” 및 “나”목 생략)

제98조 [외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례]

① 외국법인에 대하여 제93조 제1호·제2호·제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조 제7호에 규정된 소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자를 제외한다)는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각 호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서 등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조 제5호의 규정에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다.

3. 제93조 제1호·제2호·제9호 및 제11호의 규정에 따른 소득에 있어서는 그 지급액의 100분의 20. (이하 단서 생략)

② 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 법인세를 원천징수한 자가 그 원천징수한 법인세를 그 납부기한이 경과하여 납부하는 경우에는 그 금액에 제76조 제2항의 규정에 의한 가산세를 가산한 금액을 납부하여야 한다.

③ 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항의 규정에 의한 기한내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제76조 제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (이하 단서 생략)

제98조의4 [외국법인의 국내원천소득 중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청]

제93조의 규정에 의한 국내원천소득(동조 제5호 및 제6호의 소득을 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받고자 하는 외국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 그 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다.

제76조 [가산세] ② 제73조에 따른 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한까지 납부하지 아니하거나 부족하게 납부하는 경우에는 다음 각 호에 해당하는 금액 중 큰 금액을 가산세로서 더한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 국가나 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율. 이 경우 그 금액은 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액)의 100분의 10을 한도로 한다.

2. 납부하지 아니한 세액(부족하게 납부한 경우에는 그 부족한 세액)의 100분의 5

(2) 법인세법 시행령 제138조의4(대통령령 제21526호로 2009.6.8. 개정된 것)

① 법 제93조의2 제3항 또는 제98조의4에 따라 비과세 또는 면제 신청을 하려는 외국법인(비과세 또는 면제 신청을 한 후 계약내용의 변경 등으로 비과세 또는 면제 신청내용이 변경되어 그 변경된 내용으로 신청하려는 외국법인을 포함한다)은 기획재정부령으로 정하는 비과세·면제신청서(이하 이 조에서 “비과세·면제신청서”라 한다)를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 최초로 지급하는 날의 다음 달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (단서 생략)

② 비과세·면제신청서에는 기획재정부령으로 정하는 보유기간명세서(법 제93조의2에 해당하여 비과세·면제신청서를 제출하는 경우에 한정한다) 및 해당 외국법인의 거주지국의 권한 있는 당국이 발급하는 거주자증명서나 국세청장이 정하여 고시하는 서류를 첨부하여야 한다. (단서 생략)

(3) 국제조세조정에 관한 법률 제2조2 [국제거래에 관한 실질과세]

① 국제거래에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속에 관하여 사실상 귀속되는 자가 명의자와 다른 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 조세조약을 적용한다.

② 국제거래에서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 조세조약을 적용한다.

③ 국제거래에서 조세조약 및 이 법의 혜택을 부당하게 받기 위하여 제3자를 통한 간접적인 방법으로 거래하거나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거친 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 조세조약과 이 법을 적용한다.

제28조 [조세조약상의 소득 구분의 우선 적용] 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 「소득세법」제119조 및 「법인세법」제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.

(4) 한-아일랜드 조세조약 제12조 [사용료]

1. 타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방국에서만 과세된다.

2. 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 문학, 예술 또는 학술작품(영화 또는 필름, 라디오 또는 텔레비전 방송을 위하여 사용되는 테이프 또는 기타 미디어상의 녹음 또는 기타의 재생수단 또는 전송수단을 포함함)의 저작권, 특허권, 상표권, 의장 또는 신안, 도면, 비밀공식 또는 비밀공정의 사용 또는 사용권 그리고 제8조(해운 및 항공운수) 제2항의 규정에 따를 것을 조건으로, 산업상, 상업상 또는 학술상 장비의 사용 또는 사용권, 또는 산업상, 상업상 또는 학술상 경험에 관한 정보에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금을 의미한다.

(5) 한-미 조세조약

제6조 [소득의 원천]

이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

⑶ 제14조(사용료) ⑷항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조⑸항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

⑼ 본조 ⑴항 내지 ⑻항이 적용되지 아니하는 항목의 소득원천은 각 체약국의 법에 따라 그 체약국에 의하여 결정된다. 전기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 의한 어떤 항목의 소득원천이, 타방 체약국의 법에 의한 그러한 소득원천과 상이하거나 또는 그러한 소득원천이 어느 체약국의 법에 의하여 용이하게 결정될 수 없을 경우에, 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 회피하기 위하여 또는 이 협약의 기타 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적을 위한 항목의 소득에 대한 공동의 원천을 확정할 수 있다.

제14조 [사용료]

⑴ 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기⑵항 및 ⑶항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15%를 초과해서는 아니된다.

⑵ 저작권 또는 문학, 연극, 음악 또는 예술작품의 생산 또는 재생산권으로부터 일방 체약국의 거주자에 의하여 발생되는 사용료와, 라디오 또는 텔레비전방송용 필름과 테이프를 포함하여 영화필름의 사용 또는 사용권에 대한 대가로 받는 사용료는, 동 사용료 총액의 10퍼센트를 초과하는 세율로써 동 타방 체약국에 의하여 과세될 수 없다.

⑶ 일방 체약국의 거주자인 사용료 수취인이 타방 체약국내에서 고정사업장을 가지며 또한 동 사용료를 발생시키는 권리 또는 재산이 동 고정사업장과 실질적으로 관련되어 있는 경우에는, 상기 ⑴항 및 ⑵항이 적용되지 아니한다. 그러한 경우에는, 제8조 (사업소득) ⑹⒜항이 적용된다.

⑷ 본 조에서 사용되는 “사용료”라 함은 다음의 것을 의미한다.

⒜ 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한 함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO그룹은 마이크로소프트(MS)사의 최고기술경영자이었던 OOO가 2000년에 설립한 특허전문관리기업(LLC, 유한책임회사)으로, 특허권을 보유한 OOO 및 이들 펀드를 운용·관리하는 OOO로 구성되어 있는바, 2004년 청구법인이 OOO가 보유한 특허권을 침해하였다는 이유로 특허권 침해 및 사용료 협상을 제기하여 청구법인과 OOO는 6년여에 걸쳐 OOO가 갖고 있는 특허권에 대한 사용료 등의 협상을 진행하였다.

이와 별도로 OOO는 2010.6.7. OOO US를 내세워 Cymanco와 업무수탁계약[법인관리, 명목주주(nominee shareholder) 역할 등 용역제공]을 체결하고, 같은 날 Cymanco를 통해 키프로스에 OOO를 설립(주주: OOO)하고, 2010.6.21. OOO를 통해 아일랜드에 OOO IL을 설립(자본금 20유로, 주주: OOO 99%, OOO US 1%)한 후, 2010.6.30. OOO와 OOO 간에 라이센스 계약(OOO가 OOO에 특허권을 재허여하는 내용)을 체결한 후, 2010.9.15. 청구법인과 OOO이 OOO의 특허권 사용에 대한 양해각서를 체결(2010.9.17. 서명)한 후, 2010.9.21. OOO는 자회사 OOO를 통해 보유 중인 특허를 OOO US에 허여하는 계약을 체결하고, 2010.9.22. 관계사 OOO와 OOO 간의 라이센스 계약을 수정하고, 2010.11.8. OOO US와 OOO 간에 특허권 재허여 계약을 체결한 후, 2010.11.11. 청구법인과 OOO이 쟁점특허사용료와 관련된 쟁점라이센스계약을 체결하였다.

(나) 쟁점특허사용료 OOO달러OOO는 청구법인이 2010.11.30. OOO에게 지불하였음이 씨티은행 금융영수증에 의하여 확인되며, 청구법인은 한-아일랜드 조세조약 제12조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점특허사용료에 대한 법인세를 원천징수하지 아니하였고, 처분청은 OOO이 쟁점특허사용료소득의 ‘수익적 소유자’가 아닌 것으로 보아 한-아일랜드 조세조약의 적용을 배제하고 쟁점특허사용료 OOO원에 대하여 20%의 세율과 원천징수불성실가산세를 적용, 법인(원천)세 OOO원을 결정·고지하였다.

OOO

한편, 청구법인은 쟁점특허사용료를 OOO에 지급하기 전에 OOO이 쟁점특허사용료 소득의 수익적 소유자 여부 및 국내원천징수대상 여부에 대하여 검토한 후, OOO을 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자로 보아 「법인세법」제98조의4 및 같은 법 시행령 제138조의4 제2항의 규정에 따라 OOO로부터 받은 거주자증명서(2010.9.21. 아일랜드 과세관청이 발급한 Certificate of Tax Residence for Tax Year 2010)를 첨부하여 ‘사용료소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세·면제 신청서’를 2010.12.9. 처분청에 제출하였고, 처분청은 같은 날 청구법인에게 접수증을 발급하였음이 확인된다.

(다) 이 건 부과처분과 관련하여 서울지방국세청 소속공무원이 청구법인의 세무조사시 작성한 ‘삼성전자와 OOO Group 간의 거래과정 요약’을 보면 다음과 같다.

OOO

(라) 쟁점특허사용료에 관한 계약체결에 대하여 청구법인이 언론에 제공한 보도자료의 내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 청구법인이 제시한 씨티은행 및 미국 실리콘밸리은행의 금융거래 증빙에 의하면, 청구법인이 2010.11.30. OOO에 지급한 쟁점특허사용료 OOO달러는 OOO이 OOO US의 씨티은행계좌로 송금OOO가 송금된 것으로 확인되고, 나머지 OOO달러는 OOO이 아일랜드에 법인세 등 납부 및 일반관리비로 사용하였다고 주장한다)하였고, 이를 송금받은 OOO US는 같은 날 OOO의 실리콘밸리은행계좌에 전액 이체한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 OOO을 도관회사로 본다면, 쟁점특허사용료의 수익적 소유자는 서울지방국세청의 청구법인에 대한 세무조사시 아래 ＜표2＞와 같다고 소명하였으므로, OOO의 상위 투자자를 기준으로 수익적 소유자를 판정한다면 미국(US)투자펀드(4.74%)를 제외한 95.26%의 상위투자자가 밝혀졌으므로 미국 거주자인 92.03%에 대하여는 한-미 조세조약, 핀랜드 거주자인 3.23%에 대하여는 한-핀랜드 조세조약상의 각 제한세율을 적용해야 한다고 주장하고, 세무조사시 마저 소명하지 못한 미국(US)투자펀드(4.74%)에 대하여도 ＜표3＞과 같이 투자자 명세를 제시하고 있다.

OOO

(3) 우선 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 OOO이 한-아일랜드 조세조약의 혜택을 받을 목적으로 설립된 도관회사가 아니라 실질적 영업활동을 수행하는 법적 실체로서 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자라고 주장하고 있다.

(나) 살피건대, 내국법인이 국내 고정사업장이 없는 외국법인으로부터 「법인세법」제93조 제9호의 사용료소득에 해당하는 특허권 등의 사용대가를 지급함에 있어 당해 외국법인이 동 대가(사용료소득)의 수익적 소유자에 해당하는 경우, 동 대가에 대한 법인세의 원천징수시 적용하여야 할 조세협약은 우리나라와 수익적 소유자인 외국법인 거주지국과의 조세협약을 적용하는 것이나, 당해 외국법인이 수익적 소유자에 해당하는지의 여부는 그 수익적 소득의 처분권, 소득발생의 결정권 등이 동 외국법인에 실질적으로 있는지를 종합적으로 검토하여 판단하여야 하는 것이다(조심 2012중3164, 2013.3.21. 참조).

이 건의 경우, 3만건 이상의 특허를 보유한 OOO가 당해 펀드의 운용을 담당하는 OOO를 통해 2004년부터 청구법인과 특허권 침해 및 사용료 협상을 시작한 후, 협상이 마무리되는 즈음인 2010.6. 조세회피목적에서 키프로스와 아일랜드에 OOO와 OOO 등을 차례로 설립하고, 2010.6.30. OOO가 OOO에 특허권을 재허여하는 계약, 2010.9.21. IIF1,2가 OOO US에 특허를 허여하는 계약, 2010.11.8. OOO US이 OOO에 특허권을 재허여하는 계약 등의 관계사간 라이센스 계약을 연달아 체결하고, 수년간의 협상당사자인 OOO가 아닌 OOO이 계약당사자로서 청구법인과 양해각서(2010.9.15.)와 본 계약(2010.11.11.)을 체결한 점, OOO이 쟁점특허사용료를 청구법인으로부터 수취하여 그 대부분을 OOO US에 송금한 점 등을 종합하여 보면, 아일랜드 법인인 OOO을 쟁점특허사용료 소득의 실질적·경제적인 수익적 소유자가 아닌 도관회사로 봄이 타당하므로 OOO이 쟁점특허사용료 소득의 수익적 소유자라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 쟁점특허사용료 소득의 수익적 소유자를 미국 거주자로 보더라도 국내 미등록특허권에 대한 대가는 국내원천소득에 해당되지 아니한다고 주장하고 있다.

(나) 쟁점①에 대한 우리 원의 판단과 같이 OOO은 도관회사에 불과하고, 청구법인이 OOO에 지급한 쟁점특허사용료가 대부분 OOO US를 거쳐 미국 펀드인 OOO로 귀속되었으므로 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자를 미국거주자라고 볼 수도 있다 하겠다.

그런데, 쟁점특허사용료소득이 국내원천소득에 해당하는지 여부에 대하여는 한-미 조세조약 제6조(소득의 원천) 제3항에 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정되어 있어, 이를 살펴보면 사용지 기준만을 규정하고 있고 사용지에 대한 판단기준은 제시하고 있지 아니하므로 사용지국에 대한 판단은 국내 세법에 따라야 함이 타당한바, ‘사용지’에 대하여 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」제93조 제9호는 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”라고 규정하고 있고, 쟁점특허사용료에 대한 계약체결 및 대금지급은 「법인세법」제93조 제9호의 개정 이후에 이루어졌으므로 국내에 미등록된 특허권에 대한 대가도 국내원천소득에 해당하는 것으로 봄이 타당하며, 따라서, 국내 미등록특허권에 대한 대가는 국내원천소득에 해당되지 아니한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(5) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 OOO을 도관회사로 보더라도 OOO에 지급한 쟁점특허사용료가 대부분 OOO US를 거쳐 미국 펀드인 OOO로 귀속되었으므로 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자를 미국거주자라고 보아 한-미 조세조약에 의한 제한세율을 적용함이 타당함에도 처분청이 조세조약이 아닌 「법인세법」상 원천징수세율 20%를 적용한 것은 부당하다고 주장하고 있는 반면, 처분청의 조사공무원은 2013.3.19. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 “미국거주자가 지급받는 특허권 대가라면 한-미 조세조약을 적용할 수 있지만, 청구법인은 세무조사시에 계속하여 OOO이 쟁점특허사용료의 수익적 소유자라고 주장하면서 참고적으로 OOO그룹이 작성한 실질귀속자 관련 서류를 제출하여 받은 사실은 있으나 인적사항 및 소득금액 등 많은 부분이 지워져 있는 등 제출받은 서류만으로는 쟁점특허사용료 소득의 실질 귀속자가 미국 거주자라고 판정할 수 없었고, 심판청구과정에서 청구법인이 제출한 서류도 대부분 조사단계에서 제출된 것으로 실질귀속자가 명확히 밝혀지지 않은 상태에서 청구법인의 주장대로 OOO이 아니면 OOO 등을 미국 거주자로 보아 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자로 볼 수는 없다”고 진술하고 있다.

(나) 살피건대, 위에서 본 바와 같이 청구법인이 제시한 자료에 의하면 OOO US를 설립하여 지배하고 있는 OOO가 미국의 펀드이고 그 최종투자자가 상당수 미국 거주자로 나타나고 있는 점, 쟁점특허권사용료가 OOO US를 거쳐 OOO의 계좌로 흘러간 사실이 금융증빙에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 쟁점특허권사용료 소득의 수익적 소유자를 미국 거주자로 보아야 한다는 청구주장이 일응 일리가 있는 반면, 세무조사 당시 청구법인은 OOO이 도관회사가 아닌 실체가 있는 회사라고 주장하고 입증하는데 주력하였고(이 건 심판청구에서도 그 주장은 계속되고 있다), OOO 이외에 수익적 소유자에 대한 자료를 처분청에 충분히 제공하지 못한 것으로 보여지는 점, OOO의 투자자들에게 쟁점특허사용료 소득이 실제 귀속되었는지 여부에 대한 증빙 등이 명확히 제출되지 아니한 점 등을 고려하면, 청구주장을 그대로 받아들이기는 어렵다고 하겠다.

그렇다면, 쟁점특허사용료 소득이 OOO US 내지 OOO의 투자자 등에게 실제 귀속되었는지, 그 투자자들의 거주지국이 어디인지 등에 대하여 재조사하여 그 결과에 따라 「법인세법」에 규정한 원천징수세율 또는 조세조약에 의한 제한세율을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 쟁점④에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 OOO이 쟁점특허사용료소득의 수익적 소유자에 해당한다는 세무전문가(삼정회계법인)의 의견에 따라 법인세를 원천징수하지 아니하였고, 또한 처분청에 비과세·면제신청을 하여 확인받았으므로 가산세를 면제받을 정당한 사유가 있다고 주장한다.

(나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 1998.7.24. 선고 96누18076 판결, 대법원 2010.5.13. 선고 2009두23747 판결 등 참조).

그렇다면, 이 건에 있어 사용료소득을 지급받는 자가 수익적 소유자에 해당하는지 여부의 판단은 최종적으로 소득 지급자가 하여야 하는 것으로 봄이 타당하고, 또한 청구법인은 OOO그룹과 2004년부터 특허권 침해 및 사용료에 대한 협상을 계속 진행하여 쟁점특허사용료의 수익적 소유자가 적어도 OOO은 아닌 것으로 알고 있었던 것으로 봄이 타당한 점, 동 협상이 최종 타결되어 계약시점에서 아일랜드의 신설법인인 OOO과 계약을 체결하고 쟁점특허사용료를 지급한 점, 청구법인으로부터 쟁점특허사용료를 지급받은 OOO이 결과적으로 도관회사로 보이는 점 등을 볼 때, 쟁점특허사용료를 지급한 청구법인에게 원천징수의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점특허사용료에 대한 법인세에 있어 원천징수의무자인 청구법인에게 원천징수불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.