조심 2019부3777 (2020.08.25)

OOO세무서장이 2019.7.8. 청구법인에게 한 2015사업연도∼2018사업연도 법인세 합계 OOO의 부과처분은 청구법인이 2014.12.23. OOO과 체결한 OOO 756세대의 건설공사 표준도급계약과 관련하여 OOO로부터 제공받은 건설공사용역의 시가를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2013.11.28. 설립되어 주택신축판매업을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 2015.1.19. 사업승인된 OOO 외 5필지에서 아파트 신축공사를 시행하여 2015.1.25. OOO 756세대(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 분양하였고, 쟁점아파트는 2017년 6월 준공되었다. 나. OOO지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.3.6.부터 2019.5.13.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 후, 청구법인은 쟁점아파트 건축을 위해 청구법인의 특수관계법인인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 전기·소방·정보통신·조경·기계설비공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 포함하여 OOO의 건설공사 도급계약을 체결하였음에도 쟁점공사에 관하여 다른 업체와 OOO(이하 “쟁점공사비”라 한다)의 도급계약을 별도로 체결함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시켰고, 청구법인의 대표이사 OOO이 청구법인으로부터 2017년부터 2018년까지 받은 급여 OOO(이하 “쟁점인건비”라 한다) 중 통상적인 인건비를 초과한 OOO은 그 실질이 이익처분에 따른 상여금이며, 부가가치세 과세대상인 발코니 확장공사비를 쟁점아파트 분양금액에 포함하여 수취하였음에도 이를 용역의 무상공급으로 보았다는 취지로 과세자료를 작성하여 처분청에 송부하였고, 처분청은 이에 따라 2019.7.8. 청구법인에게 2015사업연도∼2018사업연도 법인세 합계 OOO, 2015년 제1기∼2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 경정ㆍ고지하였으며, 같은 날 OOO에 대한 상여 소득처분금액 OOO에 대하여 2017년, 2018년 귀속 소득금액변동통지를 하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 OOO과 쟁점아파트 건설공사와 관련하여 체결한 도급계약에는 쟁점공사가 포함되지 아니하였고, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하지 아니하였음에도 처분청은 시가를 입증하지 아니한 채 쟁점공사가 OOO과의 도급계약에 포함되었다고 간주하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 이 사건 법인세 과세처분을 한 것은 위법하다. (가) 쟁점아파트 총 공사비는 평당 공사비를 기준으로 한국감정원이 산정한 건물신축단가표 평균값보다 저렴한 것으로 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다. 1) 대법원은 “ 「법인세법」제52조 에서 정한 ‘부당행위계산 부인’은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.”(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조)라고 판시하고 있다. 2) 쟁점아파트의 총 공사비는 OOO과 계약한 OOO과 쟁점공사비 OOO을 합한 OOO이고, 쟁점아파트 전체 평수 32,587평을 고려하면, 쟁점아파트의 평당 건축비는 OOO으로 이와 같은 평당 건축비가 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 것이 아니라면 「법인세법」제52조 소정의 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없는 것인바, 2015년 한국감정원이 발간한 건물신축단가표의 평균값자료에 의하면, 분양을 목적으로 하는 건축물 중 아파트의 경우 1㎡당 OOO이고 이를 평당 건축비로 환산하면 OOO으로 쟁점아파트 평당 건축비 OOO과 비교하여 평당 OOO이 많은 금액이므로 청구법인의 쟁점아파트 총 공사비를 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 것으로 볼 수 없다. (나) 부당행위계산 부인규정을 적용할 때, 익금에 산입할 금액은 시가와 대가의 차액으로 시가에 대한 입증책임은 과세관청에 있는바(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결, 조심 2018부3744, 2019.4.10. 참고), 처분청은 청구법인의 법인세를 경정하면서 부당행위계산 부인을 적용하면서 시가를 입증하지 아니하고, 쟁점공사비 OOO을 모두 손금불산입하였으므로 이를 위법하다 하지 않을 수 없다. 1) 부당행위계산 부인규정은 민법상 가장행위의 정도에는 이르지 못하지만 외관과 실질이 괴리되어 있고 그 실질을 외면하는 것이 심히 부당하다고 볼 수 있는 경우(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 참조) 적용하는 것으로, 해당 행위가 사법상 적법·유효함을 전제로 동일하거나 유사한 거래에서 형성되는 객관적 교환가치인 시가를 찾아 그것을 잣대로 삼아 시가와 거래대가와의 차액을 특수관계인 간 이익분여액으로 보아 손금불산입하는 간접부인방식을 채택하고 있다. 2) 처분청은 청구법인과 OOO과의 쟁점아파트 건설공사 도급계약에 쟁점공사가 포함되지 아니하였다고 주장하면서도, 해당 거래가 가공거래임을 입증하지 못함에 따라 부당행위계산의 부인규정을 적용하면서, OOO과의 쟁점아파트 건설공사용역의 시가를 입증한 뒤 그 시가와 OOO과 계약한 건축공사비의 차액을 부인하는 것이 아니라, OOO과 계약한 건축공사비에서 쟁점공사비를 차감한 금액이 시가이고 이에 따라 쟁점공사비 전체를 시가를 초과하는 금액으로 보아 손금불산입하였는바, 이는 시가를 입증하지 않고 부당행위계산의 부인규정을 적용한 것과 마찬가지이다. 3) 부당행위계산 부인규정은 대응조정이 허용되지 않음에도 불구하고, 처분청은 그 시가를 가공거래를 부인하는데 쓰이는 방식을 적용하여, 청구법인과 OOO은 가공거래를 하지 아니하였음에도 법인세 부담측면에서 가공거래를 한 것보다 더 가혹한 납세의무를 부담하는 결과가 초래되었다. 4) 또한 건설공사의 특성상 건설공사의 이익률은 시행사와 시공사가 부담하는 위험에 따라 판단하는 것이 더 합리적인바, 처분청의 결론을 적용하는 경우 책임준공의 위험을 부담하는 시공사가 시행사보다 부담하는 위험이 더 큼에도 불구하고 쟁점아파트로 인한 이익의 65%를 시행사인 청구법인이 향유하게 되어 불합리하다. (다) 처분청은 청구법인이 OOO구청에 제출한 감리비산정자료 중 하나인 공종별 총공사비 구성현황표를 근거로 OOO과의 쟁점아파트 건설공사 도급계약에 쟁점공사가 모두 포함되어 있다는 의견이나, 해당 문서로 OOO과의 도급계약에 쟁점공사가 모두 포함되었다고 볼 수 없다. 1) 공종별 총공사비 구성현황표는 시행사가 주택건설사업의 감리자 선정을 위해 지방자치단체에 제출하는 서류로, 지방자치단체는 시행사가 제출한 해당 문서를 첨부하여 주택건설공사 건축/전기 감리용역공고를 하게 된다. 2) 청구법인은 해당 문서를 OOO이 과거부터 사용해오던 엑셀파일을 통해 작성하였는데, 해당 엑셀파일에는 평당 공사비 단가와 공사면적을 입력하면 총 공사비와 쟁점공사를 비롯한 각 공사분야별 세부 공사비가 자동으로 기입되도록 서식이 미리 입력되어 있었다. 이에 따라 청구법인이 엑셀파일을 작성할 때에는 시행사인 청구법인을 기준으로 평당 공사비 단가를 입력해야 하나, 업무상 실수로 시공사인OOO을 기준으로 평당 총 공사비 단가만을 입력하여 결과적으로 해당 문서의 총 공사비가 OOO과의 도급계약금액과 일치하게 되었고, 마치 OOO과의 용역범위에 쟁점공사가 포함된 것처럼 보이게 되었으나, 실제 사실과는 다르다. 3) 공종별 총공사비 구성현황표에 기재된 쟁점공사 예정공사비와 실제 공사비의 차액이 아래 ＜표1＞과 같이 OOO(58.18%)이나 발생한 사실도 해당 문서에 기재된 공사비가 실제 발생한 공사비와 동일하다고 볼 수 없다는 점을 입증하고 있다. OOO 4) 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점아파트 건설공사 도급계약서에 의하면, 도급계약금액은 OOO의 투입요소별 예정원가에 간접비 및 이윤을 더한 방식으로 산정된 사실이 확인됨에도 불구하고, 처분청은 지방자치단체의 감리비산정을 위한 공종별 총공사비 구성현황표만을 근거로 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점아파트 공사계약금액이 공종별로 산정되었다고 자의적으로 판단하였다. (라) OOO은 쟁점아파트 건설공사 도급계약 체결 당시 쟁점공사 중 전기공사·소방공사·정보통신공사의 면허가 없어 해당 공사를 할 수도 없었다. 1) 「건설산업기본법」제2조 4호는 건설공사를 정의하면서 단서에서 「전기공사업법」에 따른 전기공사, 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공사, 「소방시설공사업법」에 따른 소방시설공사는 건설공사에 포함되지 않는다고 규정하고 있고, 같은 법 제16조에 의하면 공사를 도급받으려는 자는 해당 공사를 시공하는 업종을 등록하여야 하는바, 전기·소방·정보통신공사의 경우 해당 공사에 대한 면허가 없으면 시공이 불가능하다. 2) OOO은 2016.11.4. 전기공사면허, 2016.9.2. 소방시설업면허, 2016.11.1. 정보통신공사면허를 취득하였고, 쟁점아파트 신축공사 계약을 체결한 2014.12.23. 당시에는 해당 공사를 할 수 없었으므로 처분청의 의견과 같이 OOO과 쟁점공사를 포함하여 계약하는 것은 성립되지 않는 것이다. (마) 기계설비공사의 경우 그 본질은 배수관공사이고, 소방배관과 함께 설비하여야 하므로 타 회사도 통상 소방공사와 같은 업체를 선정하여 시공하는바, 청구법인도 기계설비공사를 기계소방공사를 맡긴 협우설비 주식회사를 통해 시공한 것이다. (바) 처분청은 OOO이 기성청구를 위해 공정률을 계산할 때 쟁점공사를 포함하여 공정률을 계산하였다는 이유로 OOO과의 도급계약에 쟁점공사가 포함되었다고 주장하나, 기성청구의 근거가 되는 공정확인서의 작성주체는 감리자로, 당초 도급계약금액이 공종별이 아닌 투입요소를 기준으로 산정되었으므로 공종별로 나누어 기성청구를 하는 것에 실무상 애로가 있어 기성청구를 잘못한 것이지, 청구법인과 OOO의 도급계약에 쟁점공사가 포함되어 있었던 것이 아니다. (사) 청구법인은 대표이사 OOO이 99%를 소유한 회사이고, OOO은 OOO이 93.75%를 소유한 회사로서, 한 회사가 적자이거나, 그 소유주가 자녀인 등 부당행위계산을 통해 이익을 보는 주체가 없으므로 청구법인과 OOO이 상호에게 이익을 분여할만한 사유도 존재하지 않는다. (2) 대표이사 급여는 청구법인의 재량으로 청구법인은 OOO에게 직무집행에 대한 정상적인 대가로 쟁점인건비를 지급하였고 주주총회 및 이사회결의를 통하였음에도 처분청은 이를 이익처분에 의하여 지급한 상여금으로 보아 동일직위가 아닌 OOO의 급여 3배를 초과한 금액을 과다급여로 계산하여 손금불산입하였다. (가) 쟁점아파트의 분양과 관련하여 OOO은 금융자본조달, 분양 마케팅활동, 시행사업의 관리 등 상당한 역할을 수행하였으나, 아파트 신축분양사업의 특성과 청구법인의 자금조달상황을 고려하여 급여를 지급하지 아니하다가, 쟁점아파트의 준공되고 잔금을 받는 시점부터 그간의 성과를 인정하여 쟁점인건비를 지급하였다. 1) 청구법인은 2013.11.28. 설립 이후 2016년 말까지는 현 대표이사 OOO의 부(父) OOO이 대표이사를 역임하였고, 2017년 2월부터 사내이사OOO이 대표이사직을 맡게 되었다. 2) 쟁점아파트와 관련하여 OOO은 사업부지 선정단계부터 관여하여 사업진행을 위한 금융자본조달, 분양 마케팅활동, 시행사업의 관리 등 상당한 역할을 수행하였지만, 청구법인의 자금조달현황과 추후 상황을 고려하여 2016년까지는 대표이사에 대한 급여를 지급하지 아니하였다가 쟁점아파트 분양사업이 어느 정도 마무리되어 가자 그간의 성과를 인정하여 2017년부터 OOO이 청구법인의 대표이사로 취임하고 이와 동시에 정기주주총회를 통해 쟁점인건비를 지급받게 된 것이다. 3) 2016년 이전 대표이사의 직무집행에 대하여 2017년부터 대표이사의 급여를 지급한 것은 아파트를 신축분양하는 청구법인의 자금구조를 고려한 것이다. 아파트를 신축분양하는 사업은 초창기 프로젝트파이낸싱을 통해 대출한 자금으로 공사하는데, 분양을 통한 예약매출로 인하여 공사가 진행되는 동안 진행률에 따라 매출이 인식되지만, 분양매출 중 잔금의 비율이 40%이므로 실제로 계약금, 중도금을 통해 현금으로 유입되는 금액은 그보다 현저히 적다. 따라서 공사가 진행 중일 때도 영업이익은 발생하지만 가용할 수 있는 현금은 아파트가 준공되고 잔금을 받는 시점에서야 여유가 생기므로 청구법인은 대표이사에 대한 급여의 지급시기를 2017년 이후로 늦춘 것이다. 실제로 청구법인은 2018년 중순 이후 새로운 아파트 건설로 가용할 현금이 부족하자 다시 대표이사의 보수를 무보수로 하는 것으로 결의하였다. OOO (나) 대표이사의 급여는 청구법인의 재량으로 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무를 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것으로 특별한 사정이 없는 한 주주총회의 결의에 의하여 결정된 지급기준에 의하여 지급하였다면 이를 손금으로 인정할 수 있는 것이다. 1) 「상법」제388조 는 “이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니할 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다.”고 규정하고 있고, OOO지방법원 부천지원은 그 규정의 취지를 “회사의 업무를 집행하는 이사들이 자신들의 보수를 과다하게 책정함으로써 주주의 이익이 부당하게 침해되는 것을 방지하고자 함에 있다.”(OOO지방법원 부천지원 2005.5.27. 선고 2004가합3207 판결 참조)고 하였다. 청구법인은 대표이사가 대주주인 비상장회사로서 대표이사에 대한 급여는 주주총회결의를 통하여 임원에 대한 보수한도를 설정한 후 지급하였으므로 주주의 이익이 부당하게 침해될 여지가 없다. 2) 조세심판원은 “임원의 보수는 법인의 재량에 속하는 것으로 경영실적, 재무현황, 지위 및 담당업무 등을 종합적으로 고려하여 자유롭게 정할 수 있는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 법인이 주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 지급기준에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금으로 인정할 수 있고”(조심 2016부667, 2017.1.19. 참조), “청구법인에 대한 기여도와 관련없이 부당하게 과다 지급되었다고 단정하기 어려움에도 처분청이 매출규모를 기준으로 동종업종 대표이사의 평균 급여와 비교하여 한 이 건 과세처분은 잘못이 있다.”(조심 2014전3168, 2014.12.23. 참조)고 결정한바, 청구법인에서 급여를 지급받은 자는 대표이사를 포함하여 2명으로 대표이사 외 1인은 등기부등본 상 임원도 아니며, 대표이사의 지시 및 보고를 전달하는 역할을 수행하는데 불과한바, 실질적으로는 대표이사가 쟁점아파트 분양사업에 관한 모든 업무를 총괄적으로 수행하고 있으므로 그간의 사업과 관련 기여 및 공로를 인정하고자 정당한 절차를 거쳐 대표이사에게 정당한 급여를 지급하는 것은 아무런 문제가 없으며, 그 금액도 과도하다고 볼 수 없다. 3) OOO은 청구법인을 비롯한 OOO, 주식회사 OOO의 채무에 대하여 아래 ＜표3＞과 같이 보증채무를 부담하고 있다. OOO 만약, OOO이 위와 같은 보증채무를 부담하지 않았다면, 청구법인, OOO, OOO는 OOO 등과 채무액의 약 1.5%를 보증보험료로 지급하는 보증보험계약을 체결하여야 하는데, 그 금액만 2017사업연도 OOO, 2018사업연도 OOO이므로 청구법인은 OOO의 금융자본조달 및 보증책임 부담을 통해 이와 같은 보증보험료를 지출하지 않는 등 쟁점인건비는 OOO의 직무수행에 대한 정당한 대가로 지급된 것이다. (다) 나아가, 처분청은 대표이사 OOO 외 급여를 받는 OOO의 급여를 기준으로 청구법인 대표이사의 통상적인 인건비를 책정하였는데, 해당 직원은 법인 등기부등본 상 임원도 아니고, 앞서 언급한 바와 같이 대표이사의 업무지시 등을 전달하거나 결재를 상신하는 등 대표이사의 보조역할을 수행하므로 OOO과 동일 직위가 아니라 상하관계에 있는 것이고, 「법인세법 시행령」제43조 제3항은 손금불산입할 급여금액을 “동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과한” 금액으로 규정하고 있는바, OOO과 동일 직위에 있지 않은 OOO의 급여를 기준으로 한 이 사건 처분은 해당 규정에도 부합하지 않는 것이다. 또한 처분청은 OOO이 OOO과 OOO로부터 받은 급여도 같은 기준을 적용였는바, 처분청이 OOO의 정당한 급여로 인정한 금액은 3사 합계 OOO으로 3사의 영업이익 누적액 OOO의 0.2%에 불과하므로 처분청이 주장하는 금액을 대표이사인 OOO에 대한 정당한 대가라고 보기에는 너무나 터무니없다. (라) 처분청은 쟁점인건비 중 통상적인 인건비를 초과한 금액은 그 실질이 이익처분에 따른 상여금이라는 의견이나, 이익처분은 「상법」제449조 , 제462조 등에 따라 법인의 주주들이 정기주주총회에 제출된 재무제표를 승인한 다음 이익잉여금이 있는 경우 주주총회 결의에 따라 처분하는 것을 의미하는 것인바, 쟁점인건비는 청구법인의 주주총회 결의에 따른 이익잉여금의 처분을 통해 지급하지 아니하였으므로 이익처분에 해당한다고 볼 수 없다. 조세심판원도 같은 이유로 급여를 주주총회의 결의에 따라 이익잉여금의 처분을 통해 지급한 것이 아닌 경우 해당 급여는 이익처분에 해당하지 않는다고 결정(조심 2018중2268, 2019.7.5. 참조)하였다. (마) 대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결은 청구법인의 상황에 적용할 수 없다. 1) 대법원은 “법원이 지배주주인 임원에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 「법인세법 시행령」제43조 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.”(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 참조)고 판단한 바 있다. 2) 우선, 쟁점인건비가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가인지 여부와 청구법인의 다른 임원과 OOO은 수직관계에 있어 동등한 관계에 있지 않다는 점, 동종업종과의 비교에 있어 청구법인과 동종업종이 처한 상황 및 OOO의 업무 기여도가 동일하지 않은 점은 위에서 설명하였다. 3) 청구법인의 급여가 청구법인의 영업이익에서 차지하는 비중은 2017사업연도 26.21%, 2018사업연도 43.41%이나, 부동산 공급업을 영위하는 청구법인과 OOO(청구법인의 특수관계회사)의 사업특성상 사업의 초기단계에는 금융자본조달 및 사업안정화를 위해 대표이사에게 급여를 지급하지 않다가 사업이 정상궤도에 진입한 후 대표이사에게 급여를 지급하였으므로 이를 고려하여 청구법인 및 청구법인과 특수관계가 있는 2개사OOO를 합산하여 2014사업연도 이후 누적급여가 누적영업이익에서 차지하는 비율을 계산하면 2017사업연도 5.94%, 2018사업연도 9.63%인바, 이는 사회통념상 용인할 수 있는 범위에 해당한다. 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익변동과의 연관성 또한 같은 이유로 청구법인의 상황을 고려하여 누적급여와 누적영업이익을 통해 비교하여야 하고, 누적급여의 증가추세와 누적영업이익의 증가추세의 연관성은 매우 높다. 4) 다른 주주에 대한 배당금 지급 여부에 관하여 보면, 처분청의 의견대로 청구법인이 법인세 등을 경감할 목적으로 OOO에게 쟁점인건비를 지급하였다면, OOO이 93.75%의 지분을 소유한 OOO에서도 같은 행위가 일어났어야 하는 것이지만, OOO의 경우 2018년 3월 정기주주총회에서 OOO, 2019년 3월 정기주주총회에서 OOO을 배당하는 등 2017사업연도 결산부터 매년 배당을 해오고 있다. 청구법인과 OOO는 배당을 실행한 바는 없으나, 청구법인은 OOO과 OOO의 부 OOO이 100% 소유하고 있고, OOO의 경우 OOO이 100% 소유하고 있어 이들 회사가 배당을 하지 않은 것이 다른 주주에 손해를 끼쳤다고 볼 수는 없다. 5) 대법원 판례에서 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적인 의도를 판단함에 있어 주요하게 인정한 사실관계는 적자였던 사업연도까지는 보수가 월 OOO 이하였으나, 최초로 영업이익이 발생하여 증가하기 시작한 사업연도부터 갑작스럽게 보수가 월 OOO으로 10배 인상된 점, 해당 사업연도 말에는 별다른 이유없이 OOO이 별도의 보수로 책정되었고, 월 보수금 중 상당부분이 인건비로 계상된 때로부터 1, 2년 뒤에야 실제로 지급된 점, 회사의 내부 직원이 작성한 문건에 따르면 세금절약을 위하여 미지급이 가능한 사장의 급료를 높인다는 취지와 본래의 당기순이익에 따른 법인세, 대표이사의 보수금 수준별로 차감된 당기순이익에 따른 법인세를 비교·검토한 사실이 있는 점이다. 그러나, 청구법인의 경우 진행 중이던 쟁점아파트 분양사업이 마무리단계에 있어 자금사정이 안정되는 등 쟁점인건비를 지급하기 위한 여유가 발생하였고, OOO의 기여도와 공로를 인정하여 2017년도부터 주주총회 결의를 통하여 지급기준을 마련한 뒤 지급하였으며, 쟁점인건비를 손금에 계상한 후 바로 지급한 점에서 대법원 판례를 청구법인에 그대로 적용하기 어렵다. 나아가, 쟁점인건비를 지급한 것이 청구법인의 전체적인 세부담을 줄이기 위한 것이라면 급여의 과대계상을 통해서라기보다 다른 방법을 모색할 수도 있었을 것인바, 이러한 사항에 대해서는 논의된 바도 없다. (바) 청구법인은 처분청이 쟁점인건비와 관련하여 문제를 제기하는 이유가 현행 과세체계 하에서 법인세에 대한 이중과세조정이 불완전함에 기인한 것이라고 판단하고 있는바, 만약 법인세와 소득세의 완전한 이중과세조정이 이루어진다면, 법인단계에서의 법인세 부담액과 개인단계의 소득세부담액이 차이가 없을 것이나, 현행 불완전한 이중과세조정 하에서 가급적 급여를 적게 책정하는 등 과세소득을 높임으로써 세수를 확보하는 것이 유리하다고 판단한 것으로 추정된다. 그러나, 현행 불완전한 이중과세조정 하에서 납세자가 취할 수 있는 최선의 절세전략은 급여를 지급하는 경우와 배당으로 지급하는 경우를 비교하여 합리적인 의사결정을 내리는 것이고, 이러한 의사결정은 법과 지급기준에 위반되지 아니하는 한 정당한 것이다. (3) 청구법인은 쟁점아파트 발코니 확장공사비를 분양금액과 별도로 승인받아, 입주자 모집공고에 별도로 기재한 후 수분양자에게 발코니 확장공사용역을 무상으로 제공하였으므로, 이는 용역에 무상공급에 해당한다. (가) 쟁점아파트는 분양가상한제 적용주택으로, 청구법인은 관련 규정에 따라 지방자치단체로부터 분양금액과 발코니 확장공사비를 별도로 승인받았고, 입주자 모집공고에도 분양금액과 발코니 확장공사비를 별도로 기재하였으며, 발코니 확장은 무상으로 시공하였다. 1) 쟁점아파트는 「주택법」제38조의2 에 따른 분양가상한제 적용주택으로 지방자치단체가 운영하는 분양가심사위원회의 승인이 필요하므로, 청구법인은 OOO구청에 분양가상한액을 합계액 OOO으로 계산한 총괄표 등을 제출하였고, 이 때 발코니 확장공사비는 분양금액과 독립된 승인 대상이므로 별도로 산정한 금액 OOO을 제출하였으며, OOO구 분양가심사위원회는 분양가상한액을 OOO, 발코니 확장공사비 상한액을 OOO으로 승인하였다. 2) 청구법인은 2015.1.22. 쟁점아파트 입주자 모집공고를 하면서 위 승인받은 분양가상한액에 맞추어, 쟁점아파트의 총 분양금액은 OOO, 발코니 확장공사비 합계는 OOO으로 정하여 공시하였고, 발코니 확장공사는 일괄 무상시공하기로 하였다. (나) 처분청은 청구법인이 무상시공한 발코니 확장공사비가 쟁점아파트 분양금액에 포함되어 있다고 보아 이 사건 부가가치세를 과세하였으나, 청구법인은 쟁점아파트 분양금액과 발코니 확장공사비를 별도로 공고한 후 발코니 확장공사비를 받지 않고 발코니 확장공사를 시공하였으므로 발코니 확장공사용역을 수분양자에게 무상공급한 것이며 발코니 확장용역을 무상으로 공급하는 경우 청구법인의 수입금액도 감소하고 이에 따라 부가가치세 과세표준도 감소한 것이므로 발코니 확장공사비가 쟁점아파트 분양금액에 포함되었다고 볼 수 없다. (다) 처분청은 청구법인 내 분양팀의 내부문서를 근거로 쟁점아파트 분양금액에 발코니 확장공사비가 포함되어 있다고 주장하나, 분양팀의 주된 업무는 분양대금청구 및 입금확인을 하는 것이고 분양금액의 결정 및 승인 등 모든 일은 분양대행사가 일괄도급받아 진행하고 있으므로 해당 문서는 부가가치세에 관한 내용도 없을 뿐만 아니라 공식화된 문서로 보기도 어렵다. (라) 또한 처분청은 발코니 확장내역서 검토의견서에 발코니 확장공사비를 합산하여 최종 분양금액을 산정하였으므로 분양금액에 발코니 확장공사비가 합산되어 있고 해당 문서를 청구법인이 작성한 내부문서라는 의견이나, 해당 문서는 청구법인의 재무팀, 분양팀을 비롯한 직원들이 알지도 못하고 생성한 적도 없는 것으로서, 청구법인의 내부문서에 해당하지 않는다. 만약 청구법인의 내부문서라면 이를 생성한 직원이 있어야 하고, 최소한 재무회계팀 결재선을 통했어야만 하나, 해당 문서는 그러한 사실이 확인되지 않는다. (마) 처분청은 「공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙」제4조 제1호를 근거로 시행사는 아파트를 공급하면서 반드시 발코니 확장에 대하여 선택할 수 있도록 하여야 한다는 의견이나, 국토교통부 질의회신(2016.7.4.자)에 의하면, 국토교통부장관은 입주자모집공고 시 발코니가 확장되어 있지 않은 기본형에 대한 선택을 배제하고 발코니가 확장된 형태로만 공급할 수 있는지 여부에 대하여, “발코니 확장 등 추가선택품목은 사업주체가 반드시 추가선택품목으로 공고하여 입주자가 선택할 수 있도록 하는 강행사항이 아니라, 추가선택 품목 중에서 임의로 필요한 품목을 선택하여 입주자모집 승인·공고절차를 거쳐 입주자가 선택할 수 있도록 하기 위한 것이다.”고 회신한바, 청구법인은 쟁점아파트 입주자 모집공고를 통하여 일괄적으로 발코니 확장용역을 무상공급하여 제공할 수 있는 것이다. (바) 대한민국 국민이라면 알다시피 아파트 수요층의 대다수가 확장된 아파트를 원하고 있고, 시공사도 일괄적으로 발코니가 확장된 아파트를 건설하는 것이 발코니를 설치한 후 다시 확장하는 것보다 원가가 훨씬 적기 때문에 발코니 확장용역을 무상으로 제공하는 입주자 모집 공고는 청구법인 외에도 자주 볼 수 있는데도 불구하고 처분청은 청구법인의 마케팅이 비정상적이고 청구법인의 쟁점아파트 분양에 대하여 마치 현행 법률을 위반한 것으로 간주하고 있으나, 합리적 이유를 무슨 일이 있어도 부가가치세를 징수하겠다는 의지 외에 찾을 수 없다. (4) 중복조사에 기초한 과세처분에 해당하는 2017사업연도 법인세 과세처분은 취소되어야 한다. (가) 조사청은 청구법인이 2017년 지급한 OOO의 급여와 관련하여 2018.6.25. 청구법인에 대해 질문검사권을 행사하였고, 이는 「국세기본법」상 세무조사에 해당한다. 1) 조사청은 2018.6.11.부터 2018.6.29.까지 실시한 국세청의 정기종합감사와 관련하여, 2018.6.25. 청구법인에게 2017년 OOO의 급여에 대한 자료(청구법인의 급여지급규정, 관련 금융증빙, 이사회의사록, 전년대비 급여의 상승이유, 퇴직금의 중간정산 여부)제출과 그 해명을 요구하였고, 청구법인은 관련 자료를 조사청에 기한 내 제출하였다. 2) 조사청이 청구법인에게 위 자료제출을 요구한 것은 청구법인이 2017년 OOO에게 지급한 급여가 「법인세법」상 손금불산입 대상인 인건비라면 이와 관련된 과세표준과 세액을 경정하기 위한 것으로 조사청의 자료제출 요구는 감사라는 형식을 빌렸지만, 그 내용상 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사를 넘어서서 청구법인의 2017사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하기 위한 질문조사권을 행사한 것으로서 「국세기본법」상 세무조사에 해당한다. 대법원도 “조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등과 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 세무조사로 보아야 한다.”고 판단(대법원 2017.3.16. 선고, 2014두8360 판결 참조)한 바 있다. 위 판결에서는 특히 현장확인이 사무처리규정에서 정한 현지확인의 절차에 따라 행하여졌더라도 그것은 총 매출누락을 확인하기 위한 과세자료를 획득하기 위한 것으로, 일정기간 동안 납세자 등의 사무실에서 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문·검사하여 납세자의 영업의 자유를 침해하므로 실질적으로 과세표준과 세액을 경정하기 위한 것으로 보아 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 설시하고 있는바, 여기서 과세관청의 활동이 세무조사에 해당하는지를 판단하는 핵심 요소는 과세표준 및 세액을 경정하기 위한 질문검사권을 행사하였는지 여부이지 납세자의 사업장 방문여부는 부차적 요소에 불과한 것이므로 조사청이 요청한 자료제출이 청구법인의 2017사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하기 위한 질문검사권을 행사한 것인 이상 재조사가 금지되는 세무조사라고 보지 않을 수 없다. 3) 대표이사의 급여항목은 어느 법인에게나 민감하고 중대한 사안으로 청구법인은 성실히 준비한 해명자료를 제출하고, 2∼3차례 직접 조사청 법인세과를 방문하여 해명한 후 처리결과를 기다리고 있었으나, 처리결과를 통보받지 못하여 과세없이 종결된 것으로 알고 있었다. (나) 조사청은 2019.3.6.부터 2019.5.13.까지 청구법인에 대하여 2017사업연도를 포함한 법인세 통합조사를 실시함으로써 2017사업연도에 대해 재조사를 하였으므로 중복조사에 따른 2017사업연도 법인세 과세처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 OOO과 체결한 쟁점아파트 건설공사 도급계약에는 쟁점공사가 포함되어 있음에도, OOO이 쟁점공사를 시공하지 아니한 채 이를 다시 별도 외부업체에 쟁점공사비 OOO에 도급계약함으로써 OOO로부터 시가보다 높은 가격으로 용역을 제공받는 방식으로 청구법인의 이익을 분여하였으므로 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점공사비를 손금불산입한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 OOO과 쟁점아파트 건설공사 도급계약을 체결하면서, 쟁점공사를 공사범위에 포함한 후 이에 대해 다시 별도로 외부업체에 도급을 주었음에도 불구하고, 그 공사금액을 감액하지 아니하였다. 1) 청구법인은 OOO을 쟁점아파트의 시공사로 선정하고, 2014.12.23. OOO에 건설공사를 도급계약하였으며, 같은 날 계약금액을 OOO으로 수정하였다. 2) 청구법인은 OOO시청에 주택건설공사 감리자(건축) 모집공고에 따라 OOO과 작성한 도급계약서OOO, 총사업비 산출내역서 등을 제출하였는바, 그 중 공종별 총공사비 구성현황표에 의하면 OOO과의 도급계약금액 OOO을 총공사비로 하면서 그 세부내역에 쟁점공사를 포함하고 있다. 3) 그러나 청구법인은 쟁점공사를 별도 외부업체에 도급을 주고 합계 OOO을 지급하였고, 이와 관련하여 OOO과의 도급계약금액에 대한 감액은 이루어지지 않았다. 4) 청구법인은 OOO이 쟁점아파트 도급계약 당시 전기·소방·정보통신공사의 면허를 보유하고 있지 않아 해당 공사를 도급받을 수 없으므로 OOO과의 도급계약에는 쟁점공사가 포함되어 있지 않다고 주장하나, 위에서 설명한 바와 같이 OOO과의 도급계약 세부내역에는 쟁점공사가 포함된 사실이 분명하고, 청구법인의 주장처럼 OOO이 전기·소방·정보통신공사와 관련한 면허가 없어 해당 공사가 불가능하다면 이를 고려한 금액을 차감하여 OOO과의 도급계약금액을 산정해야 했음에도 이를 차감하지 아니하였다. 통상적으로 청구법인이 공종별 총공사비 구성현황표를 작성하는 방식은 먼저 평당 건축비를 결정하고, 건축할 평수를 곱하여 계산한 총 건설비를 산출한 후 이를 엑셀파일에 입력하면, 엑셀에 입력된 서식에 따라 자동으로 세부 내역이 배부되는 식인데, 조사 당시 청구법인은 이에 따라 쟁점공사가 세부 내역에 반영이 되었다고 소명하였으나, 청구법인의 소명대로라면 OOO과의 도급계약금액에서 쟁점공사비를 차감하여야 함에도 이를 차감하지 아니한 것이다. 또한, 청구법인은 위 서류의 작성 및 제출 주체가 청구법인임에도 불구하고 해당 서류가 잘못 작성된 것이라고 주장하나, 이는 근거가 없는 부적절한 주장이다. 5) 청구법인은 쟁점아파트 공사금액을 매달 OOO의 기성청구를 통해 지급하였는데, 만약 청구법인의 주장대로 OOO의 도급내용에 쟁점공사가 포함되어 있지 아니하다면, 그 공정률을 쟁점공사를 제외한 공사만을 대상으로 계산하여야 하나, OOO이 청구법인에게 송부한 기성청구 공문에 의하면, OOO은 공정률 계산시 쟁점공사를 모두 포함하였다. (나) 쟁점아파트의 공사가 제3자간 거래였다면 당연히 도급계약금액에서 쟁점공사비를 차감하였을 것이고, OOO이 시공하지 않은 쟁점공사에 대한 시가는 청구법인과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 가격인 쟁점공사비 OOO이다. 1) 청구법인은 처분청이 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 시가를 입증하지 아니하였다고 주장하나, 제3자간 거래라면 당연히 OOO이 시공하지 않은 쟁점공사에 대해 일정 금액을 차감하였을 것이고, 쟁점공사비 OOO은 청구법인과 특수관계가 없는 법인 간 체결한 계약에 따라 지급한 것으로써 일반적·정상적 거래에 의하여 형성되는 객관적 교환가치인 시가에 해당한다. 대법원은 시가 산정이 어려운 경우, 과세관청이 제반사정을 종합하여 객관적이고 합리적인 방법에 의해 판단한 가액을 시가로 인정하고 있고(대법원 2015.2.12. 선고 2013두24495 판결 등 다수 참조), 거래상대방이 대신하여 비용을 부담하거나 당연히 거래상대방에게 청구할 수 있는 금액을 증액조정하지 않고 포기한 것을 특수관계인인 상대방에게 이익을 분여한 것(대법원 1984.5.29. 선고 81누215 판결 참조)으로 판단한바 있다. 청구법인은 청구법인과 OOO 간 쟁점아파트 도급계약의 시가를 산정하지 아니하였으므로 처분청이 시가의 입증을 다하지 아니하였다고 주장하나, 청구법인은 OOO로부터 OOO이 시공하지 않은 쟁점공사비 상당액을 반환받아야 함에도 이를 반환받지 않음으로써 해당 금원을 특수관계인인 OOO에 무상으로 분여(정산대상 채권의 포기)한 것으로 볼 수 있는 것이다. 2) 또한 청구법인은 2015년 한국감정원이 발간한 건물신축단가표의 평균값자료를 근거로 쟁점아파트의 건축비가 경제적 합리성이 결여하지 아니하였다고 주장하나, 아파트의 경우 구매층의 요구사항, 컨셉, 브랜드 이미지를 반영하여 어떤 마감재, 내장재, 빌트인 제품을 사용하는지에 따라 건축비가 개별적으로 달라지므로 쟁점아파트의 특수성을 배제한 채 2015년 한국감정원의 건물신축단가표의 평균값을 시가로 볼 수 없다. OOO이 시공한 다른 5개 아파트의 평당 건축비도 OOO부터 OOO까지 상이하게 나타나는데, 쟁점아파트의 경우 그 입지가 야산 인근이고, 분양 세대는 모두 국민주택 규모 이하로 평당 건축비가 OOO이 건설한 다른 아파트보다 높게 책정될 사유가 없는데도 불구하고 평당 건축비가 OOO으로 위 5개 아파트의 평당 건축비보다 월등하게 높이 나타나며, 쟁점공사비를 차감한 후에야 비로소 평당 건축비가 OOO이 되어 위 5개 아파트의 평당 건축비 수준이 된다. (다) 또한 아래 ＜표4＞와 같은 OOO지역 시공사의 평균 공사이익률 13.23%를 쟁점아파트 건설공사 용역의 시가로 볼 수 있는바, 청구법인과 OOO 간 도급계약금액 OOO에서 OOO이 실제 부담한 공사원가 OOO을 차감한 공사이익은OOO으로 이익률이 무려 27.84%에 이르므로 처분청은 타 시공사의 공사이익률 13.23%를 적용하여 그 차액을 손금불산입할 수도 있었으나 쟁점공사비 상당액을 손금부인하여 쟁점아파트 공사이익률을 17.4%로 하는 것이 청구법인이 주장하는 원가의 절감부분을 고려함과 동시에 청구법인에게 유리하고, 부산지역 시공사의 공사이익률 7.01%～18.13% 범위 내에 있어 가장 합리적이라고 본 것이다. OOO (라) 또한 OOO이 시공한 다른 아파트와 쟁점아파트 현장을 비교한 아래 ＜표5＞를 보아도 OOO의 비정상적으로 높은 이익률이 객관성과 경제적 합리성을 결여한 특수관계인과의 거래임을 알 수 있다. OOO 1) 구체적으로 위 시행사들은 OOO과 모두 특수관계에 있는 법인들이나, 특수관계인이 보유한 지분이 높은 청구법인, OOO가 시행사로 있는 아파트현장에서는 평균 31.2%의 비정상적인 이익률을 기록한 반면, 특수관계인 외의 자가 보유한 지분이 50%여서 관련성이 현저히 떨어지는 OOO가 시행사로 있는 아파트현장에서는 18.0%의 일반적인 이익률을 기록하고 있다. 2) 나아가 모든 공사현장에서 쟁점공사와 같이 비특수관계인이 수행한 별도공사를 차감한 후 공사이익률은 OOO에 소재한 아파트를 제외하고는 모두 통상의 공사이익률을 기록하고 있음을 알 수 있다. (마) 청구법인은 청구법인과 OOO의 최대주주가 동일하므로 청구법인이 OOO에 이익을 분여할 사유가 존재하지 않는다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 쟁점아파트의 공사와 관련하여 경제적 합리성을 결여하여 OOO에 시가보다 높은 금액을 제공한 사실만으로 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제7호에 따라 시가초과분을 익금산입한 것인바, 이익을 분여할 사유의 존재는 과세요건에 해당하지 않는다. 청구법인은 「법인세법 시행령」제88조 제1항 제9호를 기준으로 해당 주장을 한 것으로 추정되는바, 청구법인의 주장대로 해당 규정을 적용한다고 하더라도 제9호 소정의 이익의 분여란 법인 당사자 간 이익의 분여를 뜻하는 것이지 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도를 필요로 하지 않는 것이다. 대법원도 “ 「법인세법」제52조 제1항 소정의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻한다고 할 것이므로 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당행위 계산에 해당하는 것이 아니다.”(대법원 1996.7.12. 선고 95누7260 판결 참조)라고 판단하였다. (바) 청구법인은 공종별 총공사비 구성현황표와 기성청구서가 업무상 실수로 잘못되었을 뿐이므로 이를 근거로 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 공종별 총공사비 구성현황표에 기재된 세부 공사비를 기초로 감리계약이 체결되었고, 이후 공사비 변동에 따른 감리계약의 수정이나 변경이 없었음에도 이를 직원의 실수일 뿐이라고 주장하는 것은 받아들일 수 없다. 1) 청구법인이 지방자치단체에 제출한 공종별 총공사비 구성현황표는 감리자 선정을 위해 청구법인이 본인 책임 하에 작성하는 서류로, 지방자치단체장은 국토교통부 고시 제2015-322호에 따라 제출받은 서류를 첨부하여 감리자 모집공고를 하게 되고, 감리대가 기준금액은 공종별 총공사비 구성현황에 따라 산정되어 입찰과정이 진행된다. 2) 쟁점아파트의 경우 OOO과 당초 계약한 금액 OOO 중 전기·소방·정보통신과 같이 건축감리대상 공사가 아닌 공사비 OOO을 제외한 OOO을 기초로 하여 해당 금액의 2.3613%인 OOO이 감리대가 기준금액으로 산정되었고, 감리대가 기준금액의 97%를 입찰시작가로 하여 건축사사무소 태백이 OOO에 건축감리계약을 체결하였고, 그 뒤 총 공사비의 변동에 따른 감리금액 변동은 없었다. (2) 청구법인은 2017사업연도부터 2018사업연도까지 OOO에게 OOO을 지급함으로써 청구법인의 이익잉여금을 처분하였으므로 그 상당액을 손금불산입한 처분은 위법하지 않다. (가) 처분청은 청구법인의 대표이사 OOO이 정당한 사유없이 동일직위에 있는 임원에 대한 지급액을 초과하여 급여를 지급받았고, 그 지급액은 실질이 이익처분에 의한 상여금이라고 보아 해당액을 손금불산입하였다. 1) 청구법인은 2016.12.30. 이사회를 통해 당시 사내이사였던 OOO의 급여를 월 OOO씩 지급하기로 결의하고, 2017.2.21. 대표이사를 OOO에서 OOO으로 변경하였으며, 이에 따라 OOO은 청구법인으로부터 2017년 OOO, 2018년 OOO의 급여를 지급받았고, 청구법인은 이를 법인의 손금으로 계상하였다. 2) 개업일인 2013.11.28.부터 2018년까지 청구법인 대표이사 OOO을 제외한 나머지 직원의 급여 지급내역을 살펴보면, 이사급의 급여는 연 OOO 이하이고, 평직원의 급여는 OOO을 넘지 않으며, 개업일부터 2016년 말까지 대표이사로 재직하였던 OOO의 부(父) OOO청구법인으로부터 급여를 지급받은 사실이 없다. 3) 이에 처분청은 상무이사 OOO의 급여(2017년 OOO, 2018년 OOO) 3배를 대표이사의 통상적인 인건비로 보고, 이를 초과하여 OOO에게 지급한 급여는 그 실질이 이익처분에 따른 상여로 판단하여 2017년 OOO, 2018년 OOO을 손금불산입, 상여처분하였다. (나) 청구법인의 대표이사 OOO에게 지급할 급여의 액수를 이사회를 통해 결의하였다고 하더라도, 그것만으로 급여지급기준에 의하여 지급한 인건비로 볼 수 없다. 1) 2016.12.30. 이사회 개최 당시 참석자는 청구법인의 이사인 OOO, OOO의 부 OOO과 청구법인의 감사인 OOO의 배우자 OOO 총 3명으로 모두 사주일가로 구성되어 있고, 당시 사내이사인 OOO의 급여를 월 OOO으로 책정하는 안건은 합리적 의사결정을 위한 회의과정도 없이 단 30분의 짧은 시간 내 약식절차를 거쳐 가결된 것으로 보인다. 이에 따라 OOO은 청구법인의 대주주이면서 사내이사로서 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 지위에 있었고, 그 급여의 구체적 산정경위나 합리적 책정 기준도 없었으며, 연봉계약서를 작성한 바도 없다. 나아가 해당 이사회는 2016.12.30. 10:00 개회하여 10:30 폐회하였는데, 청구법인과 특수관계에 있는 법인 2개사OOO의 이사회의사록에 의하면, 모두 같은 날짜 같은 시간에 각 법인의 이사회를 개회 및 폐회하였다고 기재되어 있는바, 청구법인의 이사회회의록의 절차에 대하여 강한 의문을 제기하지 않을 수 없다. 2) 대법원에서도 “원고의 2008.3.26.자 정기주주총회에서 임원 보수 한도를 회장·부회장의 경우 ○○원으로 결의하였다고 하더라도 그것만으로는 「법인세법 시행령」제43조 제2항 소정의 ‘급여지급기준’이 정해져 있다고 할 수 없고, 나아가 이 사건 상여금의 액수를 ○○원으로 정한 근거를 알 수 없을 뿐만 아니라 그 액수가 2008 사업연도 당기순이익의 약 42%에 이르는 거액이어서 이를 임원 개인에 대한 임금으로 보기도 어렵다는 점 등에 비추어, 해당 상여금은 원고가 유보된 이익을 지배주주에게 배분하기 위하여 상여금의 형식을 취한 것으로서 실질적으로 이익처분에 의하여 지급되는 상여금에 해당한다.”(대법원 2013.7.12. 선고 2013두4842 판결)고 판단한 바 있다. (다) 청구법인은 동일직위의 임원에게 지급하는 금액을 초과하는 보수를 OOO에게 지급함으로써 법인의 조세부담을 경감시키는 결과를 초래하였다. 1) 청구법인과 청구법인의 특수관계법인인 OOO의 이사급 임원의 급여 지급 내역은 아래 ＜표6＞과 같다. OOO 청구법인의 모태인 OOO을 1989년 설립하여 OOO을 중심으로 OOO일대에 기반을 두고 초고속 성장시킨 기여도가 있고 현재에도 회장의 업무를 수행하고 있는 OOO의 부 OOO은 청구법인의 대표이사로 재직하던 2013년부터 2016년까지 한번도 급여를 지급받은 바 없고, OOO로부터도 이사급의 2배정도인 연 OOO의 급여만을 지급받았다. 또한 OOO의 이사급의 급여도 연 OOO 이하로 OOO은 동일직급 및 상위직급을 막론하고 그 급여를 과다하게 지급받은 사실을 확인할 수 있다. 2) 나아가 청구법인과 사업규모가 유사한 동종기업 대표이사의 급여는 연 OOO이 조금 넘는 수준으로 이와 비교하여도 OOO의 급여는 과다한 수준임을 확인할 수 있다. OOO 3) OOO의 동생이자 OOO의 대표이사 및 최대 주주(지분율 64%)인 OOO의 급여도 2017년, 2018년 OOO으로 OOO의 이사들과 동일하게 연 OOO 미만 수준인 점도 OOO이 급여를 과다하게 지급받은 사실을 뒷받침한다. 4) 위와 같이 OOO은 OOO의 회장 및 이사, 동종기업 대표이사의 평균급여보다 약 32배에 달하는 급여를 지급받는 방식으로 법인의 조세부담을 경감시키는 결과를 초래하고 있다. 5) 처분청은 당초 OOO의 적정 급여수준 산정 시 OOO의 급여차이인 2배수를 OOO의 급여에 곱할 배수로 고려하였으나, OOO은 청구법인이 아니고 OOO의 회장 OOO과 OOO은 부자지간이므로 적절한 비교대상이 되지 않을 것이라고 판단하였으며 이에 다른 건설사의 대표이사 급여가 영업이익에서 차지하는 비율 중 최고율인 5.22%를 청구법인 대표이사의 적정 급여수준으로 적용하는 경우 2017년 기준 약 OOO이 되고, 이는 청구법인 상무이사 OOO 급여의 2.65배, OOO 전무이사 급여의 3.02배에 해당하는바, 이 중 더 높은 배수인 3배수를 청구법인의 대표이사 급여에 적용하였다. 6) 청구법인은 처분청이 OOO과 동일 직위에 있지 않은 OOO의 급여를 기준으로 OOO의 적정 급여수준을 책정하였으므로 과세처분이 위법하다고 주장하나, 처분청은 청구법인의 전반 사정을 고려하여 경제적 합리성을 확보하기 위해 최대한의 노력을 경주하였고 특히 청구법인에게 가장 유리한 방향으로 적정액을 산정한 것이므로 이를 위법하다고 볼 수 없다. (라) OOO이 지급받은 급여는 직무수행의 대가로 볼 수 없다. 1) 청구법인은 청구이유서에서도 언급하였듯 쟁점아파트 사업을 위해 OOO도 함께 업무를 수행하였는데, 해당 주장이 사실이라면 기여도 논리에 따라 OOO에게도 급여가 책정되어야 함에도 청구법인은 OOO에게 일체의 급여를 지급한 사실이 없다. 2) OOO이 2017.2.21.자로 대표이사로 취임한 이후 2017사업연도부터 2018사업연도까지 청구법인은 매출의 급격한 감소, 영업손실의 발생 등 수익과 관련한 영업지표가 악화되었고, 특히 2018사업연도에는 당기순손실이 발생하였으므로 이를 종합적으로 판단하면 OOO의 영업활동에 대한 기여도도 높다고 볼 수 없다. 3) 청구법인은 OOO의 사업에 관한 기여 및 공로를 인정하고자 급여를 지급하였다고 주장하나, 사업과 관련한 기여 및 공로는 대표이사 뿐만 아니라 전직원의 노력·능력도 포함되는 것으로 청구법인은 사업과 관련한 성과를 타 임직원에게는 적용하지 않고 오로지 대표이사에게만 적용하였으며, 설사 대표이사의 기여와 공로가 크다고 할지라도 임원의 32배, 평직원의 약 64배에 달하는 급여의 지급은 그 금액이 과다한 것으로써 이를 직무수행의 대가로 지급한 급여로 볼 수 없다. (마) OOO이 지급받은 급여는 실질적으로 이익처분에 해당한다. 1) 청구법인은 2017사업연도 영업이익률 △8.05%, 2018사업연도 영업이익률 △17.13%로 나타나는데, 영업이익 대비 급여비율이 2017사업연도 88.7%, 2018사업연도 77.6%이므로 영업결손금의 대부분이 OOO에 대한 급여 지급액으로 구성되어 있다. 또한 청구법인과 사업규모가 유사한 동종기업의 영업이익 대비 대표이사 급여 비율이 아래 ＜표8＞과 같이 2017사업연도 2.22%, 2018사업연도 0.88%인 것과 비교하면 결국 청구법인이 2017사업연도, 2018사업연도에 과다한 급여를 OOO에게 지급함으로써 영업손실이 발생한 것으로 볼 수 있다. OOO 2) 아래 ＜표9＞는 청구법인의 사업연도별 매출액, 영업손익과 미처분이익잉여금을 기재한 것으로, 청구법인이 2017사업연도에 OOO에게 급여를 지급하기 전 미처분이익잉여금은 OOO이었다가 2017사업연도와 2018사업연도에 급여를 지급한 후 미처분이익잉여금은 OOO이 되었으므로 청구법인이 OOO에게 지급한 급여는 그 실질이 이익처분에 해당한다고 봄이 타당하다. OOO (3) 청구법인은 부가가치세 과세대상인 쟁점아파트 발코니 확장공사비를 쟁점아파트 분양금액에 포함하여 수령하였으므로 이를 청구법인의 부가가치세 과세표준에 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 위법하지 아니하다. (가) 청구법인은 쟁점아파트에 대해 발코니 확장을 일괄 무상시공하여 공급하고 이를 용역의 무상공급으로 보아 부가가치세를 신고하지 아니하였으나, 발코니 확장은 수분양자의 선택사항으로 수분양자는 발코니를 확장하지 않는 경우 입주자 모집공고에 기재된 발코니 확장공사비 상당금액을 청구법인에 요구할 수 있으므로 청구법인은 발코니 확장공사용역의 대가를 분양금액에 포함하여 수령한 것으로 보아야 한다. 1) 청구법인은 쟁점아파트를 분양하면서 전 세대의 발코니를 일괄적으로 확장하여 공급하고, 발코니 확장은 무상으로 시공될 것이라고 공고하였다. 2) 대법원 판례 등으로 발코니 자체의 공사는 국민주택 건설용역에 해당하나, 이를 주거전용공간으로 확장하는 공사는 국민주택 건설과는 명백히 구별되는 별도의 용역인 인테리어 공사에 해당하므로 부가가치세가 과세되는 용역에 해당함이 확립되었으나, 청구법인은 발코니 확장공사용역을 무상으로 공급하고, 이를 용역의 무상공급에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 3) 「공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙」제4조 제1호에 의하면, 발코니 확장은 분양가격에 포함되지 아니하는 품목으로 사업주체가 입주자 모집공고에 제시하여 입주자가 시공을 선택할 수 있는 것이고, 「발코니 등의 구조변경절차 및 설치기준」제10조에서도 건물의 사용승인 전에 발코니를 거실 등으로 변경하고자 하는 경우 주택 소유자의 동의를 얻어야 한다고 규정하고 있는바, 입주자인 수분양자는 쟁점아파트의 발코니 확장에 선택권이 있다. 4) 이에 따라 청구법인과 수분양자 간 발코니 무상 확장 확약서라는 이름으로 발코니 확장 계약서를 작성하였는데, 해당 문서에는 발코니 미확장 요구 시 미확장에 따른 공사비 상당금액을 사업주체에 요구할 수 있다고 기재되어 있고, 입주자 모집공고문에서도 마이너스 옵션을 선택한 경우 발코니 확장옵션을 선택할 수 없다고 기재되어 있다. (나) 청구법인의 내부문서인 발코니 확장내역서 검토의견에 의하면, 청구법인은 발코니 확장을 제외한 분양금액에 발코니 확장공사비를 합산하여 최종 분양금액을 산정한 사실이 확인되고, 해당 문서의 분양금액은 그대로 입주자 모집공고문에 반영되었다. (다) 청구법인 분양팀의 내부문서인 쟁점아파트 고객응대 질의답변서에서도 “발코니 확장금액은 분양대금에 포함”이라고 기재되어 있고, 청구법인이 작성한 사업 타당성 분석 보고서에서도 쟁점아파트 분양으로 인한 수입금액 계산 시 발코니 확장을 포함하여 계산한 사실이 확인된다. (라) 청구법인은 쟁점아파트에 관한 분양가상한제 심의 시 분양가액과 발코니 확장공사비를 별도로 심사하여 그 상한을 심의하였고, 그 상한 내 가격을 별도로 공고하였다는 이유로 발코니 확장용역은 용역의 무상공급이라고 주장하나, 분양가상한제는 청구법인이 수분양자로부터 받을 수 있는 금액의 상한을 제시한 것이지 그 상한 내에서 분양가격과 발코니 확장공사비를 혼합하여 사용해도 된다는 것은 아니다. 청구법인의 주장은 마치 포장김치 제조판매업자가 OOO에 구입한 배추를 포장김치로 가공하여 OOO에 판매하면서, 가공비는OOO으로 정하고, 배추만 OOO에 판매하였다는 논리와 같고, OOO 제조업자가 쌀과 가공용역을 별도로 표시하면 모두 면세로 판매가 가능하다는 논리와도 동일한 것으로 이러한 주장이 용인된다면 청구법인은 임의로 과·면세를 선택할 수 있는 결과를 초래한다(OOO고등법원 2015.7.2. 선고 2014누12664 판결 참조). (4) 조사청이 2018.6.25. 청구법인에게 한 자료제출 요청은 「국세기본법」상 세무조사로 볼 수 없으므로 조사청이 2019.3.6.부터 2019.5.13.까지 청구법인을 상대로 실시한 법인세 통합조사 중 2017사업연도에 대한 부분을 위법한 세무조사로 볼 수 없다. (가) 재조사가 금지되는 세무조사는 부과처분을 목적으로(목적요건), 납세자와 직접 접촉하여야 하고(대면요건), 그 장소가 납세자의 사무실 등이어야 하며(장소요건), 납세자 등을 상대로 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정기간 동안의 장부·서류 등을 조사하여야 하고(기간 및 행위요건), 그 질문이나 장부 등이 과세표준과 세액을 결정함에 있어 관련성이 있다고 의심되어야(인과요건) 한다. (나) 조사청 법인세과에서 청구법인에 송부한 해명자료 제출안내문은 정기감사에 따라 청구법인 대표이사의 인건비 적정여부를 검토하기 위한 것으로 조사청은 청구법인에게 자료제출을 요청하였을 뿐, 청구법인의 과세표준 및 세액경정을 위해 별다른 질문을 하거나 청구법인의 장부 및 자료를 검사하지 않았다. (다) 또한 조사청은 청구법인의 사무실 등 청구법인의 사업과 관련된 장소에서 청구법인 측 관계자를 접촉한 사실이 없고, 청구법인은 세무대리인과 관련 직원이 자발적으로 조사청을 1회 방문하여 해명자료를 제출한 것에 불과하다. (라) 나아가 조사청이 해명자료 제출안내문을 통해 요청한 자료는 이사 급여지급과 관련하여 법인이 절차적으로 비치해야하는 서류로 납세의무자가 손쉽게 제출할 수 있어 청구법인의 영업의 자유에도 큰 영향을 주는 것이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 특수관계인과의 건설공사 도급계약에 쟁점공사가 포함되어 있음에도 쟁점공사를 제3자에게 도급함으로써 법인의 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점공사비 상당액을 손금불산입한 처분의 당부 ② 정당한 사유 없이 대표자에게 급여를 과다지급하였다고 보아 과다지급분을 손금불산입한 처분의 당부 ③ 발코니 확장공사용역을 무상공급한 것인지 아니면 그 대가를 쟁점아파트 분양금액에 포함하여 수취한 것인지 여부 ④ 이 사건 세무조사 중 일부가 「국세기본법」제81조의4 제2항에 반하는 재조사인지 여부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. ③ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다. 제26조【과다경비 등의 손금불산입】다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 1. 인건비 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제122조【질문·조사】법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자 2. 원천징수의무자 3. 지급명세서 제출의무자 및 매출·매입처별 계산서합계표 제출의무자 4. 제109조 제2항 제3호에 따른 경영 또는 관리책임자 5. 제1호에 해당하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자 6. 납세의무자가 조직한 동업조합과 이에 준하는 단체 7. 기부금영수증을 발급한 법인 (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제43조【상여금 등의 손금불산입】① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다. ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다. 제87조【특수관계인의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 법인과 다음 각 호 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인 ② 제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 「국세기본법 시행령」제1조의2 제4항에 따른다. 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 9. 그 밖에 제1호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (이하 생략) ③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. (3) 부가가치세법 제4조【과세대상】부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제11조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 제12조【용역 공급의 특례】② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다. 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제29조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치가 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. (이하 생략) ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다. 3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우 (5) 부가가치세법 시행규칙 제20조【중간지급조건부 용역의 공급】영 제29조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우 (6) 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제81조의2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 내주어야 한다. 1. 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 경우(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 장에서 "세무조사"라 한다) 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (7) 국세기본법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것) 제1조의2【특수관계인의 범위】④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다. 1. 영리법인의 경우 가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. (8) 건설산업기본법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용여의 뜻은 다음과 같다. 4. “건설공사”란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭에 관계없이 시설물을 설치ㆍ유지ㆍ보수하는공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다. 가. 「전기공사업법」에 따른 전기공사 나. 「정보통신공사업법」에 따른 정보통신공사 다. 「소방시설공사업법」에 따른 소방시설공사 (9) 전기공사업법 제3조【전기공사의 제한 등】① 전기공사는 공사업자가 아니면 도급 받거나 시공할 수 없다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 전기공사는 그러지 아니하다. (10) 정보통신공사업법 제3조【공사의 제한】공사(工事)는 정보통신공사업자(이하 “공사업자”라 한다)가 아니면 도급받거나 시공할 수 없다. (단서 생략) (11) 소방시설공사업법(2020.6.9. 법률 제17378호로 개정되기 전의 것) 제21조【공사의 도급】특정소방대상물의 관계인 또는 발주자는 소방시설공사등을 도급할 때에는 해당 소방시설업자에게 도급하여야 한다. (12) 주택법(2015.6.22. 법률 제13378호로 개정되기 전의 것) 제38조【주택의 공급】① 사업주체( 「건축법」 제11조 에 따른 건축허가를 받아 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 하여 제16조 제1항에 따른 호수 이상으로 건설ㆍ공급하는 건축주와 제29조에 따라 사용검사를 받은 주택을 사업주체로부터 일괄하여 양수받은 자를 포함한다. 이하 이 장에서 같다)는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 주택을 건설ㆍ공급하여야 한다. 이 경우 국가유공자, 장애인, 철거주택의 소유자, 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 대상자에 대하여는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 입주자 모집조건 등을 달리 정하여 별도로 공급할 수 있다. 3. 사업주체가 주택을 공급하려는 경우: 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 벽지ㆍ바닥재ㆍ주방용구ㆍ조명기구 등을 제외한 부분의 가격을 따로 제시하고, 이를 입주자가 선택할 수 있도록 할 것 제38조의2【주택의 분양가격 제한 등】① 사업주체가 제38조에 따라 일반인에게 공급하는 공동주택 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역에서 공급하는 주택의 경우에는 이 조에서 정하는 기준에 따라 산정되는 분양가격 이하로 공급(이에 따라 공급되는 주택을 "분양가상한제 적용주택"이라 한다. 이하 같다)하여야 한다. 1. 공공택지 2. 공공택지 외의 택지에서 주택가격 상승 우려가 있어 제38조의3에 따라 국토교통부장관이 주택정책심의위원회 심의를 거쳐 지정하는 지역 (13) 공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙(2015.12.29. 국토교통부령 제268호로 개정되기 전의 것) 제1조【목적】이 규칙은 「주택법」 제38조 제1항 제3호 및 제38조의2에 따라 분양가상한제 적용주택의 선택품목제도, 분양가격 산정방식, 분양가격 공시의 방법 및 절차 등에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제3조【기본선택품목 등】① 법 제38조 제1항 제3호에 따라 제7조 제1항에 따른 분양가격에 포함되는 품목으로서 입주자가 직접 선택하여 시공·설치할 수 있는 품목(이하 “기본선택품목”이라 한다)은 다음 각 호의 품목 외의 품목으로서 벽지, 바닥재, 주방용구, 조명기구 등 국토교통부장관이 정하여 고시하는 품목으로 한다. 1. 소방시설과 관련된 품목 2. 단열공사, 방수공사, 미장공사 등 기초마감과 관련된 품목 3. 전기공사, 설비공사 등에 필요한 전선, 통신선 및 배관 4. 그 밖에 건물의 구조에 영향을 줄 수 있는 품목 ② 국토교통부장관은 법 제38조의2 제3항에 따른 기본형건축비(이하 "기본형건축비"라 한다) 중 기본선택품목을 제외한 부분의 금액을 고시하여야 한다. ③ 사업주체는 「주택공급에 관한 규칙」 제8조 제5항에 따른 입주자모집공고(이하 "입주자모집공고"라 한다)에 다음 각 호의 사항을 포함하여 공고하여야 한다. 1. 기본선택품목의 종류 2. 제7조 제1항에 따른 분양가격 중 기본선택품목을 제외한 부분의 분양가격 제4조【입주자모집공고에 제시되는 선택품목】① 제7조 제1항에 따른 분양가격에 포함되지 아니하는 품목으로서 사업주체가 입주자모집공고에 제시하여 입주자에게 추가로 선택할 수 있도록 하는 품목(이하 "추가선택품목"이라 한다)은 다음 각 호로 한다. 1. 발코니 확장 ② 사업주체는 제1항 각 호를 추가선택품목으로 하는 경우에는 입주자모집공고에 그에 따른 비용을 해당 주택의 분양가격과 구분하여 표시하여야 한다. ③ 추가선택품목의 설치 및 공급에 관한 세부적인 사항은 국토교통부장관이 정하여 고시한다. 제7조【분양가상한제 적용주택의 분양가격 산정방식 등】① 법 제38조의2 제1항에 따른 분양가상한제 적용주택의 분양가격 산정방식은 다음과 같다. 분양가격 = 기본형건축비 + 건축비 가산비용 + 택지비 (14) 발코니 등의 구조변경절차 및 설치기준 제1조【목적】이 기준은 건축법 시행령 제2조 제14호 및 제46조 제4항 제4호의 규정에 따라 주택의 발코니 및 대피공간의 구조변경절차 및 설치기준을 정함을 목적으로 한다. 제10조【준공전 변경】건축주는 사용승인을 하기 전에 발코니를 거실등으로 변경하고자 하는 경우 주택의 소유자( 「주택법」 제38조 의 규정에 의한 세대별 입주예정자를 포함한다)의 동의를 얻어야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 이 사건 처분과 관련하여 청구법인의 법인세 과세표준금액과 부가가치세 과세표준을 아래 ＜표10＞, ＜표11＞과 같이 경정한 사실이 확인된다. OOO (2) 청구법인은 쟁점아파트 신축공사와 관련하여 아래와 같이 2014.12.23. OOO과 OOO의 도급계약을 체결한 후 같은 날 계약금액을 OOO로 변경하여 새로 계약을 체결한 사실이 확인된다. OOO (3) 쟁점아파트 건설공사의 감리자(건축) 모집공고(OOO 공고 제2014-920호)에 첨부된 공종별 총공사비 구성현황은 아래 ＜표12＞와 같고, 쟁점공사가 포함된 사실OOO과 총공사비 금액은 OOO과 당초 계약한 금액 OOO과 같다는 사실이 확인된다. OOO (4) 청구법인이 제출한 도급계약서와 세금계산서에 의하면, 청구법인은 쟁점공사에 대해 아래 ＜표13＞과 같이 별도의 외부업체와 도급계약을 체결하였고, 아래 ＜표14＞와 같이 세금계산서를 발급받은 사실이 확인된다. OOO (5) 처분청이 제출한 기성청구서 및 전자계산서에 의하면, OOO은 아래와 같은 형식으로 청구법인에 기성청구서를 송부하였고, 청구법인은 청구액을 기재하여 전자계산서를 발행하였으며, 기성청구서에 첨부된 건축감리확인 공정확인서에 의하면, OOO은 전기·소방·통신공사를 포함하여 쟁점아파트 신축공사의 공정률을 산정한 사실이 확인된다. OOO (6) 청구법인이 제출한 OOO의 등록증의 내역은 아래 ＜표15＞와 같다. OOO (7) 2019.5.10.자 청구법인의 차장 OOO 및 OOO의 차장 OOO 문답서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (8) 대한건축사협회가 작성한 감리비용 산출시 공사비 기준에 관한 안내문서에 의하면, 한국감정원이 2015년 발간한 건물신축단가표 상 용도별 건물신축단가의 평균값을 아래 ＜표16＞과 같이 기재하고 있고, 분양을 목적으로 하는 건축물 중 아파트의 ㎡당 건축비 OOO을 평당 건축비로 환산하면 OOO인 사실이 확인된다. OOO (9) 처분청이 제출한 청구법인 대표이사 OOO의 근로소득지급명세서 내역은 아래 ＜표17＞과 같다. OOO (10) 청구법인의 정관 제38조는 “임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다.”고 정한 사실이 확인된다. (11) 청구법인의 정기주주총회의사록에 의하면, 청구법인은 2016.3.31. 아래와 같이 주주총회를 통해 2016년 이사보수의 지급한도액을 OOO으로 정하고, 집행은 이사회에 위임하기로 의결하였으며, 2017년, 2018년 이사보수에 대하여도 같은 내용으로 각각 2017.3.31., 2018.4.2. 의결한 사실이 확인된다. OOO (12) 청구법인의 이사회의사록에 의하면, 청구법인은 2016.12.30. 아래와 같이 이사회를 통해 OOO의 2017년 급여, 상여액을 월 OOO으로 의결하였고, 2018.8.24. 이사회를 통해 2018.9.10.부터 OOO의 보수를 무보수로 하기로 의결한 사실이 확인된다. OOO (13) 쟁점아파트에 관한 분양가 상한금액 총괄표, 발코니 확장내역서 검토의견에 의하면, 청구법인은 쟁점아파트의 분양가상한액을 합계액 OOO으로, 발코니 확장공사비를 OOO으로 산정하여 OOO구청에 제출하였고, OOO 분양가심사위원회는 분양가상한액을 OOO, 발코니 확장공사비를 OOO으로 심사한 사실이 확인된다. (14) 2015.1.22.자 쟁점아파트 입주자 모집공고문의 주요 내용은 아래와 같고, 총 분양가격은 OOO, 발코니 확장공사비는 합계 OOO인 사실이 확인된다. OOO (15) 처분청이 제출한 발코니 무상 확장 확약서의 주요 내용은 아래와 같고, 유의사항으로 향후 수분양자가 미확장을 요구하거나 미확장에 따른 상당금액을 청구법인에 요구할 수 있다고 기재된 사실이 확인된다. OOO (16) 청구법인이 작성한 쟁점아파트 고객응대 질의답변서 10페이지의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (17) 처분청이 청구법인의 내부문서라며 제출한 발코니 확장내역서 검토의견 문서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (18) 청구법인이 작성한 쟁점아파트의 사업타당성 분석 보고서의 주요 내용은 아래와 같다. OOO (19) 처분청은 2018.6.25. 청구법인에 아래와 같이 청구법인이 2017사업연도 OOO에게 지급한 급여 OOO에 대하여 해명자료를 요청한 사실이 확인된다. OOO (20) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해서 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 OOO과 쟁점공사를 포함하여 쟁점아파트 건설공사 도급계약을 체결하였음에도 쟁점공사를 다른 업체와 별도로 계약하고 쟁점공사비 상당액을 지급함으로써 청구법인의 이익을 분여하였다고 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점공사비 상당액을 손금불산입하여 과세하였는바, 청구법인은 전기.소방.정보통신공사의 면허가 없어 쟁점공사 중 해당 공사를 할 수 없고, 쟁점아파트 관련 공종별 총공사비 구성현황표는 이미 자동으로 서식이 입력된 문서에 평당 공사비 단가와 면적만을 입력한데 지나지 않아 이를 근거로 쟁점공사가 OOO과의 쟁점아파트 건설공사 도급계약에 포함되었다고 보기 어렵다고 주장하나, 공종별 총공사비 구성현황표는 쟁점아파트의 감리자 모집공고를 위해 관할 지방자치단체에 제출하는 서류로 총 공사비를 OOO과의 도급계약금액으로 기재하면서 세부내역에 쟁점공사를 포함하고 있는 점, OOO의 기성청구서와 첨부된 공정확인서에 의하면 쟁점공사를 포함하여 공정률을 계산한 후 이를 기초로 기성청구액을 산정한 사실이 확인되는 점 등을 종합하면 청구법인이 OOO과 체결한 쟁점아파트 건설공사 도급계약에는 쟁점공사가 포함된 것으로 판단된다. (나) 한편, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가는 「법인세법」제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에 따라 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로서 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르는 것이며 시가에 대한 주장 및 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 처분청에 있는 것으로(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 참조), 처분청은 OOO이 시공하지 않은 쟁점공사에 대한 시가는 청구법인이 특수관계가 없는 다른 업체에 지급한 쟁점공사비 상당액이고, OOO의 쟁점아파트 공사이익률도 부산지역 시공사의 공사이익률보다 월등히 높다는 의견이나, 청구법인이 특수관계법인인 OOO과의 거래로 인하여 청구법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하기 위해서는 OOO이 실제 청구법인에 제공한 건설공사용역의 시가가 얼마인지를 산정한 후 OOO에 지급한 도급계약금액과의 차액을 계산하여야 하는바, 처분청이 제출한 자료만으로는 OOO이 청구법인에 제공한 건설공사용역의 시가가 청구법인과 OOO 간 쟁점아파트 건설공사 도급계약금액인 OOO에 미치지 못한다는 점이 입증되었다고 보기 어려운 점, 처분청이 제출한 부산지역 시공사의 공사이익률은 부산지역 시공사의 거래가 청구법인과 OOO과의 거래와 유사한 상황에서 거래한 가격인지 여부가 불분명한 점 등을 종합하면 처분청은 OOO이 청구법인에 제공한 쟁점아파트 건설공사용역의 시가를 객관적이고 합리적인 방법에 따라 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. (21) 다음으로 쟁점②에 대해서 살펴본다. (가) 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되는 것이나, 「법인세법」제26조 및 같은 법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면 법인이 지배주주인 임원에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적.계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 「법인세법 시행령」제43조 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 참조). (나) 청구법인은 재량에 따라 대표이사 OOO에게 정상적인 절차를 거쳐 쟁점인건비를 지급하였음에도 처분청이 이를 이익처분으로 보아 과세한 것은 위법하다고 주장하나, 청구법인은 2017사업연도에 영업손실의 88.7%, 2018사업연도에 영업손실의 77.6%에 달하는 금액인 OOO을 OOO에게 급여로 지급한 점, 청구법인이 설립된 2013사업연도부터 2016사업연도까지 대표이사로 근무한 OOO의 부 OOO은 청구법인으로부터 급여를 지급받은 사실이 없는 점, 청구법인은 2016사업연도까지는 대표이사에게 급여를 지급하지 아니하다가 2017년 1월부터 OOO에게 쟁점인건비를 지급한 후 2018년 8월부터 다시 급여를 지급하지 않기로 한 점, 청구법인은 2015사업연도부터 영업이익이 발생하기 시작하여 2016사업연도 말에 미처분이익잉여금 OOO이 있었으나, 쟁점인건비를 지급한 후 2018사업연도 말 미처분이익잉여금은 OOO만이 남게된 점, 청구법인은 쟁점인건비를 지급받은 OOO이 99%, OOO의 부 김창욱이 1%를 소유하고 있고, 설립 이후 단 한 번도 주주에게 배당금을 지급한 적이 없는 점 등을 종합하면 쟁점인건비는 특별한 사정이 없는 한 대표이사의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입의 대상이 된다고 판단된다. (다) 청구법인은 처분청이 OOO과 동일직위가 아닌 OOO 급여의 3배를 OOO의 적정 급여액으로 본 것은 「법인세법 시행령」제43조 제3항을 위배한 것이라고 주장하나, 임원에게 지급한 보수의 실질이 이익처분에 해당한다는 사실에 관한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어 이와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는 것으로(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 참조) 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점인건비 중 어느 정도를 직무집행의 대가로 보아야 하는지 입증되었다고 보기 어려운바, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (22) 다음으로 쟁점③에 대해서 살피건대, 청구법인은 쟁점아파트 발코니 확장공사비를 분양금액과 별도로 승인받은 후 수분양자에게 발코니 확장공사용역을 무상으로 제공하였으므로 이는 용역의 무상공급에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점아파트 분양과 관련하여 한 입주자 모집공고에 의하면, 분양계약 시 발코니 확장을 무상으로 일괄시공하고, 향후 미확장요구 및 미확장에 따른 공사비 상당금액을 사업주체에 요구할 수 없다고 하면서도 마이너스옵션을 선택하여 계약하는 경우 발코니 확장옵션을 선택할 수 없다고 하여 수분양자가 마이너스옵션을 선택하여 계약하는 경우 발코니 확장공사를 하지 않게 되는 것으로 보이는 점, 이후 청구법인이 쟁점아파트 수분양자와 체결한 발코니 무상 확장 확약서에는 수분양자가 향후 미확장을 요구하거나 미확장에 따른 상당금액을 사업주체에 요구할 수 있다고 기재되어 있는 점, 청구법인이 작성한 쟁점아파트 고객응대 질의답변서에는 고객이 발코니 확장공사 가격을 질문하는 경우 그 가격이 분양대금에 포함되어 있다고 답변하도록 기재된 사실이 확인되는 점, 청구법인의 분양가 관련 내부문서와 사업타당성 분석보고서에는 쟁점아파트 가격에 발코니 확장공사비가 포함되어 있다고 기재된 사실이 확인되는 점 등을 종합하면 처분청이 쟁점아파트 분양가액이 발코니 확장공사대가가 포함되어 있다고 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (23) 다음으로 쟁점④에 대해서 살피건대, 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단하는 것인바(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360), 청구법인은 2018.6.25. 조사청이 청구법인에게 해명자료 제출안내문을 송부하였고 청구법인은 이에 관한 자료를 제출하였으므로 조사청의 2019.3.6.부터 2019.5.13.까지 실시한 세무조사는 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청에서 청구법인에게 송부한 해명자료 제출안내문은 정기감사에 따라 청구법인 대표이사의 인건비 적정여부를 검토하기 위한 것으로써 조사청은 청구법인에 1회 자료제출을 요청하였을 뿐인 점, 당시 조사청은 청구법인의 사무실 등을 방문하여 청구법인의 관계자를 접촉하거나 장부 등을 검사한 사실이 없고, 청구법인 직원이 조사청을 1회 방문하여 해명자료를 제출.설명한 것에 불과한 점 등을 종합하면 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.