조심 2018서0115 (2018.04.24)

OOO장이 2017.9.21. 청구법인(주식회사 OOO)에게 한 2012사업연도 법인세의 경정청구 거부처분, OOO장이 2017.9.26. 청구인들(OOO)에게 한 2012년 귀속 양도소득세 및 증권거래세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “청구법인”이라 한다)는 2012.12.5. 청구법인과 특수관계에 있는 OOO(이하 이 둘을 합하여 “청구인들”이라 한다)로부터 유가증권시장에 상장된 회사인 OOO 주식회사가 발행한 보통주식 OOO를 한국거래소를 통하지 아니한 거래(이하 “장외거래”라 한다)방식으로 1주당 OOO원(거래당일 한국거래소 최종시세가액)에 취득(이하 “이 건 양수도 거래”라 한다)한 후 그 가액을 장부가액으로 하여 2012사업연도 법인세 신고를 하였고, 청구인들은 쟁점주식의 양도가액을 1주당 OOO원으로 하여 2012년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2017.1.19.부터 2017.4.4.까지 OOO장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터 2013～2015사업연도 법인세 통합조사를 받던 중 청구법인이 특수관계에 있는 청구인들로부터 쟁점주식을 장외거래 방식으로 저가양수하였다 하여 쟁점주식을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적평가방법에 의해 1주당 OOO원으로 평가한 후 쟁점주식 가액을 총 OOO원 증액하여 2017.3.31. 처분청(OOO장)에 법인세를 수정신고.납부하였고, 청구인들은 같은 날 처분청(OOO장)에 같은 가액으로 2012년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 수정신고.납부하였다.

다. 청구법인은 2017.7.25. 쟁점주식이 비록 장외거래 방식으로 거래되었을지라도 주식양도일의 한국거래소 최종시세가액으로 거래를 했다면 시가에 의한 거래로 시간외 종가매매와 동일하게 거래일의 최종시세가액을 시가로 보아야 하며, 단지 장외 거래인지 시간외 거래인지의 형식의 차이로 인하여 동일한 물건의 시가가 달리 산정된다는 것은 타당하지 아니하다며 수정신고하였던 쟁점주식의 취득가액을 최초 신고한 가액으로 감액하여 달라는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청(OOO장)은 2017.9.21. 이를 거부하였으며, 청구인들은 2017.7.26. 청구인들이 이 건 양수도 거래 당일의 한국거래소 최종시세가액, 즉 시가로 쟁점주식을 양도하였으므로 특수관계인에게 주식을 저가에 양도한 것이라 할 수 없다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청(OOO장)은 2017.9.26. 이를 거부하였다.

라. 청구법인 및 청구인들은 이에 불복하여 2017.11.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인.청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 및 청구인들 주장

(1) 이 건 양수도 거래가 있었던 2012.12.5. OOO 주식회사가 발행한 주식의 한국거래소 최종시세가액(주당 OOO원)은 ‘특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당하여 그 가격 자체로 시가에 해당하므로, 「법인세법」제15조 제2항 제1호의 적용대상이 아니다.

(가) OOO 주식회사가 발행한 주식의 이 건 양수도 거래 당일의 종가는 그 자체로 시가에 해당하므로 「법인세법」제15조 제2항 제1호가 적용될 수 없다.

1) 구「법인세법」(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제15조 제1항은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 익금으로 규정하며, 같은 조 제2항 제1호는 법인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금으로 보도록 규정하고 있다. 그리고 구「법인세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제72조 제3항 제1호는 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 해당 주식의 취득가액에 포함하도록 규정하였다.

2) 조사청은 이 건 양수도 거래가 장외거래 방식으로 이루어졌으므로 시가가 불분명한 경우에 해당하여, 그 시가는 상증법상 보충적 평가방법을 적용한 가액이라고 보아 수정신고를 권고하였고, 처분청 역시 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분에서 시가가 불분명한 것으로 보았다.

구 「법인세법 시행령」제89조 제1항은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)’을 시가로 보도록 규정하고 있다.

OOO 주식회사 발행주식의 이 건 양수도 거래일 최종시세가액은 ‘특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당하므로 이는 그 자체로 OOO 주식회사 발행주식의 시가에 해당하는바, 이 건 양수도 거래의 거래가액은 주당 OOO원을 기준으로 산정함이 타당하며, 명확한 시가가 존재하므로 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 상증법상 보충적 평가방법은 적용될 여지가 없다.

결국 청구법인은 OOO 주식회사 발행주식의 ‘시가’로 이 건 양수도 거래를 진행하였으므로 쟁점주식을 저가로 양수하였다고 볼 수 없는바, 「법인세법」제15조 제2항 제1호는 적용될 여지가 없다.

(나) 유사 사례를 보더라도 이 건 양수도 거래에 상증법상 보충적 평가방법이 적용될 수 없다.

1) A법인이 특수관계에 있는 B법인에게 한국거래소에 상장되어 있는 C법인 주식을 장외거래로 양도한 사안에서, 과세관청은 ‘쟁점주식은 한국거래소에 상장되어 불특정다수인 간에 주권의 매매가 정상적으로 이루어지고 있는 주식으로서 부당행위계산부인 규정을 적용하여 시가로 본 한국거래소 최종시세가액은 쟁점주식 거래 당시 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 건전한 사회통념 및 상관행상 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 가액에 해당하는 것으로서 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로 상증법에 의한 보충적 평가방법을 적용하여 시가를 산정할 필요가 없다’고 주장하였고, 국세심판원도 거래 전일의 종가를 시가로 보아 처분청의 처분이 적법하다고 판단하였다(국심 2002서1315, 2002.7.18.).

국세청 역시 “증권거래소에 상장된 주식의 장외거래가액이 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것으로서 불특정다수인간에 통상적으로 성립될 수 있는 가액으로 인정되는 경우에는 그 가액을 당해 주식의 거래 당시의 시가로 볼 수 있다”(법인 46012-2055, 1997.7.25. 및 법인 46012-11, 1999.1.4. 참조)는 의견을 제시한바 있다.

2) 그리고 합병거래에 대해「법인세법」상 부당행위계산부인 규정의 적용 여부가 문제된 여러 사안에서도, 조세심판원은 ‘「법인세법 시행령」제89조 제1항에서「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 거래소 최종시세가액)에 따른다고 규정하고 있어 상장주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 동 상장주식의 시가는 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 따라 평가기준일 현재의 거래소의 최종시세가액으로 평가하는 것’이라고 일관되게 판단(조심 2014중3362, 2015.2.6., 조심 2014중3364, 2014.11.20., 조심 2013중4757. 2014.6.10. 등 같은 뜻임)하고 있다.

3) 한편, 처분청은 답변서에서 여러 판결과 심판례 등을 제시하면서, 법원, 기획재정부, 조세심판원 모두 특수관계인간 주권상장법인의 경우 장외거래시 시가를 특별한 사정이 없는 한 상증법상 보충적평가방법을 정당한 시가로 보고 있다고 주장하나, 처분청이 제시한 사례들은 개인간의 거래로서 「법인세법」제15조 제2항 제1호가 적용되는 사안들이 아니거나 한국거래소의 최종시세가액이 아닌 다른 가액으로 거래한 사안들로, 이 건에 그대로 적용할 수 없다.

대법원 2011.11.10. 선고 2011두18885 판결, 서울고등법원 2011.6.23. 선고 2009누22807 판결, 대법원 2011.1.13. 선고 2008두4770 판결, 국심 2006서1872.1876.2022.2023.2024, 국심 2006중1875, 2007.6.5. 등은 개인간의 거래로 「법인세법」제15조 제2항 제1호가 문제된 사안이 아니고, 서울행정법원 2013.6.7. 선고 2012구합25033 판결 및 조심 2015서1766, 2015.6.18. 결정은 한국거래소 최종시세가액이 아닌 가액으로 거래된 사안이다.

4) 한편, 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 이 건이 경영권이전이 수반되는 주식을 장외거래한 경우라는 것을 전제하여 시가가 불분명한 것으로 보았고, 조세심판원도 특수관계자 간의 주식거래가 경영권 이전을 수반하고 장외거래로 이루어진 경우 쟁점주식의 거래가액은 시가가 불분명한 경우에 해당하므로, 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여야 한다고 판단한 바 있다(조심 2016서2064, 2017.7.26.). 그러나 이 건 양수도는 다음 ＜표1＞과 같이 경영권 이전을 수반하지 않는 주식거래이므로 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 상증법상 보충적 평가방법이 적용될 수 없다.

처분청이 제시한 대법원 2011.1.13. 선고 2008두9140 판결 및 기획재정부 법인세제과-48, 2016.1.18. 예규 등은 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 주식거래에 관한 것인데, 위에서 본 바와 같이 이 건 양수도 거래는 경영권 이전과는 무관하고 거래 전.후 모두 청구법인이 OOO 주식회사의 경영권을 보유하고 있는바, 위 판결 및 질의회신은 이 건에 적용될 수 있는 것이 아니다.

(다) 이 건 양수도 거래는 장내거래인 시간외종가매매와 실질적으로 동일하게 이루어졌으므로, 이 건 양수도 거래의 ‘시가’는 거래일의 최종시세가액으로 봄이 상당하다.

「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 한국거래소가 제정한 「유가증권시장 업무규정」제4조 제2항에서 시간외시장을 두도록 규정하고 있고, 이와 같은 시간외시장에서의 거래는 ‘시간외 거래’라고 하여 장내 거래에 해당한다. 국세청 역시 「유가증권시장 업무규정」에 근거한 시간외거래를 장내거래에 해당하는 것으로 해석하고 있다(서면2팀-509, 2007.3.26.). 그리고 「유가증권시장 업무규정」은 거래일 종가로 이루어지는 시간외거래를 ‘시간외종가매매’라고 하고 시간외 거래의 한 종류로 규정하고 있다.

이 건 양수도 거래의 경우 거래일의 종가로 이루어진 것으로 ‘시간외종가매매’와 실질적으로 동일한바, 이 건 양수도 거래에 대하여 실질과세의 원칙에 따라 시간외종가매매와 동일하게 거래일의 종가를 시가로 보아야 한다. 단지 장외거래인지 시간외거래인지의 형식의 차이로 인하여 동일한 물건의 시가가 달리 산정된다는 것은 타당하지 아니하다.

(2) 쟁점주식의 양수인인 청구법인에게는 이 건 양수도 거래 당일의 한국거래소 최종시세가액인 주당 OOO원을 쟁점주식의 시가라 하고, 양도인인 청구인들에게는 거래당일의 최종시세가액이 아닌 상증법상 보충적평가액이 시가라고 할 경우 하나의 거래에 대하여 서로 다른 여러 개의 시가가 존재한다는 불합리한 결론에 이르게 되는바, 청구인들 역시 거래당일의 한국거래소 최종시세가액인 주당 OOO원을 쟁점주식의 시가로 인정하여야 한다.

(가) OOO 주식회사가 발행한 주식의 이 건 양수도 거래 당일의 최종시세가액은 그 자체로 시가에 해당하므로 주식의 저가양도라 볼 수 없다.

1) 구「소득세법」(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제101조는 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고 있고, 구「소득세법 시행령」(2013.1.16. 대통령령 제24315호로 개정되기 전의 것) 제167조는 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때’란 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도하는 때 등의 경우이고, 이 때 시가는 상증법상 보충적평가방법에 의하도록 규정하고 있다. 그리고 구 상증법(2013.1.1. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것) 제60조는 ‘시가’를 ‘불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액’으로 규정하고, 시가를 산정하기 어려운 경우에 보충적 평가방법을 적용하도록 하였다.

2) 조사청은 이 건 양수도 거래가 장외거래로 이루어졌으므로 시가가 불분명한 경우에 해당하여 그 시가는 상증법상 보충적 평가방법을 적용한 가액이라고 보아 수정신고를 권고하였고, 처분청 역시 청구인들의 경정청구에 대한 거부처분에서 시가가 불분명하다고 보았다.

그러나, 이 건 양수도 거래의 대상인 OOO 주식회사 발행주식의 거래 당일의 최종시세가액은 ‘불특정 다수인 사이에서 자유롭게 거래가 이루지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액’이므로, 이는 그 자체로 OOO 주식회사 발행주식의 시가에 해당한다. 따라서 이 건 양수도 거래 가액은 주당 OOO원을 기준으로 산정함이 타당하며, 명확한 시가가 존재하는 상황이므로 시가가 불분명한 경우에 해당하지 않아 상증법상 보충적 평가방법은 적용될 여지가 없다.

결국 청구인들은 OOO 주식회사 발행주식의 ‘시가’로 이 건 양수도 거래를 진행하였으므로, 특수관계인에게 주식을 저가에 양도한 것이라 할 수 없다.

(나) 쟁점주식 양도대가인 주당 OOO원은 「법인세법 시행령」제89조에 의한 시가에 해당하므로 「소득세법 시행령」제167조 제6항(이하 “쟁점 시행령 조항”이라 한다)에 따라 청구인들에게도 양도소득에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용하지 않는 것이 타당하다.

1) 쟁점 시행령 조항은 “개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다. 처분청은 쟁점 시행령 조항 중 “「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우”를 근거로 하여 법인에 대하여 「법인세법」제15조 제2항 제1호 규정을 적용하여 과세한 사안에는 쟁점 시행령 조항이 적용되지 않는 것으로 해석한 것으로 판단된다.

그러나, 개인과 법인 간에 재산 양수도의 대가가 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당하는 경우, 「법인세법」제15조 제2항 제1호는 물론 「법인세법」제52조도 모두 적용될 여지가 없는 것인바, 개인과 법인이 “「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액”으로 거래를 하였다면, 과세관청이 법인에 대하여 「법인세법」제15조 제2항 제1호를 근거로 과세하였든 같은 법 제52조를 근거로 과세하였든 관계없이 “「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우”에 해당하게 된다. 다시 말해, 쟁점 시행령 조항의 “「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우”라 함은 문언 그대로 해석하더라도 과세관청이 「법인세법」제52조를 적용하여 과세하지 않은 경우도 포함됨이 명확한바, 과세관청이 「법인세법」제52조를 적용하여 과세하였다가 배척된 경우는 물론이고 과세관청이 애당초 「법인세법」제52조의 적용대상이 아니라고 본 경우에도 “「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 않는 경우”에 해당하여 쟁점 시행령 조항이 적용될 수 있는 것이다. 만약 위와 같이 해석하지 않고 처분청 의견대로 과세관청이 「법인세법」제52조의 규정을 적용하였어야만 쟁점 시행령 조항이 적용될 수 있다고 본다면, 쟁점 시행령 조항은 과세행정단계에서는 적용될 수 없고, 부과처분이 있은 후의 불복단계에서만 고려될 수 있는 부당한 결론에 이르게 된다.

또한, 처분청의 주장에 따르면 개인과 법인 간에 「법인세법」상 시가로 거래가 이루어졌음에도, 과세관청이 법인에 대하여 「법인세법」제52조를 적용하면 개인과 법인 모두에게 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없고, 과세관청이 법인에 대하여 「법인세법」제52조를 적용하지 않으면 개인에 대해서는 부당행위계산부인 규정이 적용되는 모순된 결과가 발생하며, 이는 특수관계 있는 개인과 법인간의 시가 산정방법이 달라 발생되는 납세혼란을 제거하기 위하여 제정된 쟁점 시행령 조항의 신설취지에도 부합하지 않는다.

따라서 개인과 법인 간에 「법인세법 시행령」제89조 규정에 의한 가액에 의하여 거래를 한 경우, 쟁점 시행령 조항이 요구하는 요건인 ① 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도, ② 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조 규정에 의한 가액에 해당, ③ 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」제52조 규정이 적용되지 아니하는 경우의 세 가지 요건을 모두 충족하게 된다. 그리고 이 건 양수도 거래 역시 ① 개인과 법인간의 재산 양수도 거래이고, ② 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조 규정에 의한 가액에 해당하며, ③ 「법인세법 시행령」제89조 규정에 의한 가액으로 거래한 것이므로 당연히 「법인세법」제52조 규정이 적용되지 않는 것인바, 쟁점 시행령 조항 상의 세 가지 요건을 모두 충족하게 되어 쟁점 시행령 조항이 적용된다.

처분청의 주장은 쟁점 시행령 조항의 “「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우”라는 문구를 문구 그대로 해석하지 않고, “과세관청이「법인세법」제52조 규정을 적용하여 과세하였는데, 「법인세법」제52조 규정이 적용되지 않는 경우”로 잘못 해석하여 이루어진 것이다.

2) 한편 처분청은 조심 2015서1766(2015.6.18.)을 제시하고 있으나, 이 심판례는 「법인세법 시행령」제89조 제1항에 의한 가액에 해당하는 거래일의 한국거래소 최종시세가액으로 거래가 이루어진 건이 아니라, 최종시세가액보다 4.34% 낮은 가액으로 거래가 이루어진 사안이다.

즉, 개인과 법인간에 「법인세법 시행령」제89조 제1항 규정에 의한 가액으로 거래한 경우에 쟁점 시행령 조항이 적용될 수 있는지 여부를 명시적으로 판단한 사례가 아니고, 조세심판원에서는 위 심판례에서 쟁점 시행령 조항이 적용되지 않은 이유 중 하나로 “「법인세법」제15조 제2항 제1호의 익금산입에 의해 과세되는 것이어서 「소득세법 시행령」제167조 제6항의 규정이 적용되는 것으로 보기 어려운 점”을 제시하고 있으나, 이는 여러 근거 중 하나로 기재되어 있을 뿐이고, ‘처분청 의견’ 부분에도 쟁점주식의 거래가액이 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 해당하지 않아 「소득세법」상 부당행위계산 부인 규정을 적용한 처분은 정당하다고만 기재되어 있어, 위 심판례에서 쟁점 시행령 조항의 적용 범위에 대해 심도 있는 논의가 진행되었는지 알기 어렵다.

그리고 위 사례의 행정소송 제1심 및 항소심 법원은, 법인에 대하여 「법인세법」제15조 제2항 제1호가 적용되어 과세되었기 때문에 쟁점 시행령 조항이 적용되지 않는다는 내용으로 판단하지 않았고, 오히려 한국거래소 최종시세가액으로 거래할 경우 거래 당사자 모두에게 부당행위계산 부인규정이 적용되지 않고, 쟁점 시행령 조항은 개인과 법인 간의 양수도 중 「법인세법」상 시가에 의한 거래에 해당하는 경우에 한하여 개인에 대하여 양도소득에 관한 부당행위계산 부인 규정의 적용을 배제하는 특별 규정이라고 해석하고 있다(서울고등법원 2016.11.3. 선고 2016누55102 판결). 이와 같이 법원은 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 시가로 거래할 경우 당연히 「법인세법」제52조 규정이 적용되지 않는 점을 고려하여, 위와 같이 「법인세법」상 시가에 의한 거래에 해당하는 경우 쟁점 시행령 조항에 의해 「소득세법」상 부당행위계산 부인 규정의 적용이 배제된다고 판시하고 있는 것이다.

3) 또한, 재정경제부(현 기획재정부)의 2003 간추린 개정세법 및 국세청의 개정세법 해설 책자에서는, 쟁점 시행령 조항이 “특수관계 있는 개인과 법인간 거래에 있어 법인과 개인의 시가 산정방법 등이 달라 발생되는 납세혼란을 제거”하기 위하여 신설되었고, “개인과 법인간의 거래로서 「법인세법」상 시가에 해당되어 부당행위계산부인 대상이 아닌 거래”는 “양도소득 부당행위계산 부인대상에서도 제외”되며, 이는 “개인과 법인간 거래에 있어서는 과세 기준시기 및 가액 산정방법을 일치”시키기 위한 것임을 명확히 하고 있다.

이와 같은 개정세법 해설 책자를 보더라도 「법인세법 시행령」제89조에 의한 가액으로 거래하여 「법인세법」상 부당행위계산 부인 대상 거래에 해당하지 않는 이 건에 대하여도 쟁점 시행령 조항을 적용하는 것이 타당하다는 점을 알 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식을 한국거래소 최종시세가액으로 거래하였다고 하더라도 특수관계에 있는 자와의 거래에 해당하여 거래당일 종가를 시가로 볼 수 없으므로 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 보아 「법인세법 시행령」제89조 제2항에 따라 상증법 제63조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 보는 것이 타당하다.

(가) 법인등기부상 목적사업에서 확인되는 바와 같이 청구법인은 자회사(OOO 주식회사)의 지분 소유를 위하여 자회사의 사업내용을 지배하는 지주사업을 목적으로 하는 법인으로, 쟁점주식 취득을 통하여 청구법인은 쟁점주식을 거래하기 전 보유 주식수 OOO에서 거래후 보유 주식수가 OOO주 증가한 총 OOO로 지배력을 강화한 사실이 확인된다.

그리고, 지주회사인 청구법인은 2012.12.5. 자회사 지배력 강화를 목적으로 최대주주인 청구인 OOO과 그의 배우자인 청구인 OOO로부터 상장회사인 OOO 주식회사의 보통주식을 장외거래를 통하여 당일 한국거래소 최종시세가액으로 매입하고 대금은 청구인들의 계좌로 이체 지급한 사실이 확인된다.

(나) 청구법인은 이 건 양수도 거래는 개인과 법인 간의 거래로 「법인세법」상 쟁점주식의 시가는 거래당일 한국거래소의 최종시세가액인 1주당 OOO원이라고 주장하고 있으나, 쟁점주식은 상장주식인 동시에 쟁점주식 발행법인의 최대주주 등의 주식에 해당하고, 한국거래소의 거래당일 최종시세가액으로 거래하였다 하더라도 특수관계에 있는 자와의 거래에 해당하여 거래당일 종가를 시가로 볼 수 없다.

따라서, 처분청이 쟁점주식의 거래당일 최종시세가액과 상증법 제63조 제1항 및 제3항의 규정에 따라 쟁점주식의 거래일 이전.이후 각 2개월간의 한국거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 등의 할증률을 가산한 금액과 비교하여 큰 금액을 시가로 본 청구법인의 수정신고가 정당하다는 판단은 잘못이 없다.

(다) 이 건과 같이 청구법인이 특수관계에 있는 청구인들로부터 쟁점주식 OOO주를 취득함에 따라 지분율에 변화가 있었고 주식양도에 사용된 장외거래방법은 거래당사자가 종목, 수량 및 가격을 합의한 매매여서 다른 거래자가 그 거래에 개입할 여지가 전혀 없는 점 등 쟁점주식을 양도한 경위, 거래의 형식 및 가격, 사회통념이나 상관행, 거래당시의 특수성 등 제반 상황을 살펴보면, 시가보다 낮은 가격으로 자신과 특수관계에 있는 법인에게 쟁점주식을 양도한 것은 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로 보는 것이 법 규정의 취지 등에 비추어 타당하다.

(라) 더구나, 이 건과 유사한 사건에 대하여 조세심판원 및 법원은 일관되게 장외거래를 통하여 특수관계자에게 유가증권을 양도할 경우 특별한 사정이 없는 한 다음과 같은 결정 및 판결을 유지하고 있다.

1) 대법원은 “상증법 제60조 제1항이 상장주식의 평가에 관하여 시가주의를 원칙으로 하되 평가에 있어서 자의성을 배제하고 객관성을 확보하기 위하여 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 보충적평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 간주하도록 한 입법취지, 상장주식의 평가에 관한 상속세및증여세법제60조 및 제63조 규정체계, 부당행위계산 부인제도의 취지 등을 종합하여 보면 부당행위계산 부인 대상 여부를 판단함에 있어 양도하는 상장주식의 시가는 특별한 사정이 없는 한, 상증법 제60조 제1항 후문에 의하여 제63조 제1항 제1호 가목의 보충적평가방법에 따라 산정한 양도일 이전.이후 각 2개월간 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액만이 시가로 간주된다고 봄이 상당하다”(대법원 2011.1.13. 선고 2008두4770 판결, 대법원 2011.1.13. 선고 2008두9140 판결 등 다수)고 판결하였다.

2) 위와 같은 대법원의 확립된 견해를 기초로 기획재정부 질의회신, 국세청 과세자문에서도 일관되게 “주권상장주식을 장외거래 하는 경우에 해당 주식의 시가는 평가기준일 이전 2개월 동안의 종가평균액에 할증액을 가산한 금액으로 한다”고 거듭 해석하고 있다.

마지막으로, 청구법인이 유사매매라고 주장하는 사례(국심 2002서1315, 2002.7.18.)는 유사사례가 아닌 법인 간 거래로 이 건과 같은 개인인 특수관계인 간의 거래에는 적용될 여지가 없다.

(2) 양도소득의 부당행위계산 부인 대상여부를 판단함에 있어 양도하는 상장주식의 시가는 특별한 사정이 없는 한, 상증법 제60조 제1항 후문에 따라 제63조 제1항 제1호 가목의 보충적 평가방법에 따라 산정한 양도일 이전.이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국거래소 최종시세가액의 평균액만을 시가로 간주함이 타당하다.

(가) 주권상장법인의 주식 거래시 한국거래소시장에서 거래하는 경우(장내거래) 당일 최종시세가액을 시가로 보는 것이나, 내국법인과 그 특수관계인간 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 주식을 장내에서 거래하지 않는 경우(장외거래) 해당 주식의 시가는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 시가가 불분명한 것으로 보아 상증법 제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액(평가기준일 이전.후 2개월 종가 평균액)이 되는 것이며, 또한 해당주식이 최대주주 등이 보유한 주식인 경우 상증법 제63조 제3항에 따라 할증평가액을 가산하는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

(나) 쟁점 시행령 조항은 「법인세법」상 부당행위계산의 부인 및 「소득세법」상 부당행위계산이 모두 적용되는 경우를 전제로 하는 반면, 이 건은 「법인세법」제52조 부당행위계산의 부인 규정에 따라 과세된 것이 아니라 「법인세법」제15조 제2항 제1호의 익금산입에 의해 과세된 것이므로 쟁점 시행령 조항을 적용할 수 없다(조심 2015서1766, 2015.6.18. 같은 뜻임).

또한, 조세는 국가가 법률에 규정된 과세요건을 충족한 모든 자에게 직접적 반대급부 없이 부과하는 금전급부로서, 법률에 근거하여 과세해야 함이 조세법률주의로써 헌법에 명시되어 있으므로 세법 적용에 있어 지나친 확대해석은 금지되어야 할 것인바, 쟁점 시행령 조항의 입법취지는 하나의 거래에 대해 「소득세법」과 「법인세법」상의 ‘시가’ 차이로 인한 폐단을 방지하기 위한 것이며, 「법인세법」제15조 제2항의 입법취지는 법인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 저가 매입함으로 인한 개인의 양도소득세, 상속세 및 증여세 등 탈루행위를 방지하기 위한 것으로서 그 입법취지가 상이하므로 두 조항을 동일하게 적용할 수 없다.

더 나아가 쟁점 시행령 조항은 포괄적인 재산의 양도.양수를 규정하고 있는 반면, 「법인세법」제15조 익금산입 규정은 유가증권의 저가매입으로 한정하고 있으며, 부당행위계산부인 규정은 시가와 거래가액의 차액이 시가의 5% 이상이거나 3억원 이상인 경우에만 적용하는 반면, 「법인세법」제15조 익금산입 규정에는 관련 요건이 없는 등 적용요건이 상이하므로 부당행위계산부인과 익금산입 규정을 동일하게 해석하는 것은 각 입법취지를 훼손할 뿐만 아니라 성문법 체계 및 조세법률주의의 형해화를 초래할 우려가 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 특수관계에 있는 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 매입한 것으로 보아 시가와 매입가액의 차이를 익금에 산입한 처분의 당부

② 특수관계에 있는 법인에게 상장주식을 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2011.12.31. 법률 제11128호로 일부개정된 것) 제15조【익금의 범위】② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가(時價)보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율.이자율.임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 일부개정된 것) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조.제39조.제39조의2.제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항.제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 일부개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율.시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

제96조【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

제101조【양도소득의 부당행위계산】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 소득세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18173호로 일부개정된 것) 제167조【양도소득의 부당행위 계산】③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 제98조 제2항 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다.

④ 제98조 제1항 각 호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세및증여세법 제60조 내지 제64조와 동법시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 「상속세 및 증여세법 시행령」제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간”으로 본다.

⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 상속세 및 증여세법(2011.12.31. 법률 제11130호로 일부개정된 것) 제60조【평가의 원칙 등】 ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격.공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다.

제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전.이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전.이후 각 2개월 동안에 증자.합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전.이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인에 해당하는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

(6) 상속세 및 증여세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18177호로 일부개정된 것) 제26조【저가.고가양도에 따른 이익의 계산방법 등】⑨ 법 제35조의 규정을 적용함에 있어서 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우(제1항 제2호의 규정에 의한 시간외시장에서 매매된 경우를 포함한다)에는 제1항 내지 제8항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 상속세 또는 증여세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(7) 업무규정(유가증권) 제31조【시간외종가매매】① 시간외종가매매는 시간외시장의 매매거래시간동안 호가를 접수받아 당일 종가로 매매거래를 성립시킨다. 다만, 종가가 기세로 형성되는 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

② 시간외종가매매의 매매수량단위, 호가우선순위 기타 시간외종가매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.

제32조【시간외대량매매】① 시간외대량매매는 시간외시장의 매매거래시간동안 종목, 수량 및 가격이 동일한 매도호가 및 매수호가로 회원이 매매거래를 성립시키고자 거래소에 신청하는 경우 당해 종목의 매매거래를 성립시키는 방법으로 한다. 다만, 종가가 기세로 형성되는 경우에는 매매거래를 성립시키지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 시간외대량매매를 신청하기 위하여 호가할 수 있는 가격은 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 당일 종가를 기준으로 5% 높은 가격(동가격이 호가가격단위에 부합하지 아니하는 경우에는 종가방향으로 당해 가격과 가장 가까운 호가가격단위에 해당하는 가격으로 한다. 이하 이 호에서 같다)과 5% 낮은 가격 이내의 가격

2. 당일 최고가격과 최저가격 이내의 가격

③ 제1항의 규정에 의한 시간외대량매매에 관하여 필요한 사항은 세칙으로 정한다.

④ 주권상장법인이 제34조 제4항의 규정에 의하여 정부 또는 예금보험공사로부터 자기주식을 시간외대량매매에 의한 방법으로 매수하는 경우에는 제2항 및 제18조의 규정에 불구하고 위탁을 받은 회원이 신청한 가격으로 매매거래를 성립시킬 수 있다.

(8) 업무규정 시행세칙(유가증권) 제35조【시간외종가매매】① 규정 제31조 제2항의 규정에 의하여 시간외종가매매의 매매수량단위는 다음 각 호와 같이 한다.

1. 시간외단주매매종목 : 1주(외국주식예탁증서의 경우에는 증서를 말한다. 이하 같다)

2. 제1호 이외의 종목 : 10주

② 전원의 매매거래일 중 주가(외국주식예탁증서의 가격을 포함한다. 이하 같다)가 5만원 이상인 경우가 50% 이상이고 최종매매거래일의 주가가 5만원 이상인 종목은 시간외단주매매종목으로 지정한다.

③ 시간외단수매매종목으로 지정된 종목으로서 전월 및 전전월의 매매거래일 중 주가가 5만원 미만인 경우가 50% 이상이고 최종 매매거래일의 주가가 5만원 미만인 종목의 경우 그 지정을 해제한다.

④ 제2항 및 제3항의 규정에 의하여 시간외단주매매종목으로 지정 또는 그 지정을 해제하는 경우 당해 월의 둘째 월요일부터 적용한다.

⑤ 규정 제31조 제2항의 규정에 의하여 시간외종가매매의 호가우선순위는 먼저 접수된 호가가 뒤에 접수된 호가에 우선한다.

제36조【시간외대량매매의 신청 등】① 규정 제32조 제1항의 규정에 의한 시간외대량매매는 시간외시장의 매매거래시간종료 10분 전까지 별지 제6호 서식에 의하여 신청하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 신청하는 경우 매도호가와 매수호가중 어느 일방은 단일 회원의 호가로서 호가수량은 5만주 이상 또는 호가수량에 가격을 곱한 금액이 10억원에 해당하는 수량 이상으로 하여야 한다.

③ 제34조 제2항의 규정은 시간외대량매매에 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 청구인들, 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 1999.2.23. 설립되어, OOO에 본점이 있는 법인으로, 등기사항전부증명서에 나타나는 청구법인의 목적사업은 다음 ＜표2＞와 같고, 청구인 OOO은 청구법인의 대표이사 겸 회장이며, 청구인 OOO는 OOO의 배우자로 청구법인의 대표이사 겸 사장으로 확인된다.

(나) 쟁점주식 발행법인인 OOO 주식회사는 1973.8.9. 설립되어, OOO에 본점이 있는 법인으로, 각종 자동차부품 제조, 각종 기계 및 금형 제작 등을 목적사업으로 하는 유가증권시장에 상장된 법인이다.

(다) 청구법인과 청구인 OOO.OOO는 2012.12.5. OOO 주식회사 발행주식 OOO를 당일 한국거래소 최종시세가액인 주당 OOO원에 매매하기로 하는 주식매매계약을 체결하였다.

(라) 청구법인은 이 건 양수도 거래에 대하여 거래 당일인 2012.12.5. 다음 ＜표3＞과 같은 내용의 전자공시를 하였다.

(마) 이 건 양수도 거래가 있었던 2012.12.5.의 OOO 주식회사 발행 주식의 한국거래소 거래량은 OOO주, 최종시세가액은 OOO원이고, 그 다음 날인 2012.12.6.의 거래량은 OOO원인 것으로 확인된다.

(바) 청구법인은 OOO 주식회사 발행주식을 취득가액인 OOO원으로 장부에 계상한 후 2013.3.31. 법인세 신고를 하였으나, 2017년 1월 ‘이 건 양수도 거래가 장외거래 방식으로 이루어진 것이므로 그 시가는 상증법에 따른 보충적 평가방법을 적용한 주당 OOO원이 되는 것이고, 청구법인이 주당 OOO원에 쟁점주식을 취득한 것은 특수관계인으로부터 주식을 저가에 양수한 것이므로 쟁점주식의 시가를 OOO원으로 산정하여 수정신고를 한 후 추후 과세내용에 이견이 있을 경우 경정청구를 통해 구제 받을 것’을 조사청이 권고하였고, 청구법인은 이를 수용하여 2017.3.31. 법인세 수정신고를 한 후 2017.7.26. 처분청에 경정청구를 한 것이라는 주장이다.

(사) 처분청은 2017.9.21. ‘내국법인과 특수관계인간 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 주식을 장외거래하는 경우 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 시가가 불분명한 것으로 보아 상증법 제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액이 되며, 최대주주가 보유한 주식의 경우 상증법 제63조 제3항에 따라 할증평가액을 가산하는 것’이라는 내용으로 청구법인에게 이 건 경정청구 거부 통지를 하였다.

(아) 재정경제부가 발행한 ‘2003 간추린 개정세법’에 따르면, ‘특수관계에 있는 개인과 법인간 거래에 있어 법인과 개인의 시가 산정방법 등이 달라 발생되는 문제 해소’를 위하여 쟁점 시행령 조항을 신설한 것으로 확인되고, 그 주요 내용은 다음과 같다.

(자) 처분청 및 청구법인의 대리인은 OOO 조세심판관회의에 참석하여 “쟁점주식 거래가 경영권 이전을 수반한 거래에 해당하지는 아니하나, 쟁점주식 거래일인 2012.12.5.의 OOO 주식회사 발행주식의 한국거래소 거래량은 OOO주이고 쟁점주식 거래량은 OOO주로 당일 거래량의 8배에 달하는 거래물량이 한국거래소에서 거래되었다면 최종거래가액의 큰 변동이 있었을 것인바, 거래 당일의 한국거래소 최종거래가액 OOO원을 쟁점주식의 시가라 하기 어렵다”는 의견을 처분청이 제시하였고, 이에 대하여 청구법인의 대리인은 “이 건 양수도 거래가 시간외 대량매매로 진행되었다 하더라도 거래일의 최종시세가액에는 영향을 미치지 아니하고, 거래 내용이 당일에 공시되었음에도 그 다음날(2012.12.6.)의 한국거래소 최종시세가액이 OOO원에 불과한 점으로 보아 처분청 의견은 타당하지 않다”고 진술하였다.

(차) 특수관계에 있는 개인과 법인간 재산의 고.저가 거래에 대하여 발생할 수 있는 과세문제는 다음 ＜표4＞와 같고, 법인에게 부당행위계산부인 규정이 적용되고 개인에게는 증여세 과세 문제가 발생하는 사례는 「상속세 및 증여세법 시행령」제26조 제9항이 적용되는 것에는 이견이 없으나, 이 건과 같이 개인이 법인에게 유가증권을 저가로 양도하여 법인에게 부당행위계산부인 규정이 아닌 익금산입 조항이 적용된 경우에 대하여 처분청은 쟁점 시행령 조항을 문리해석하여 적용대상이 아니라는 의견이고, 청구인들은 쟁점 시행령 조항의 신설 취지에 비추어 적용대상이라는 주장이다.

＜표4＞ 특수관계자간 고.저가 거래시 발생하는 과세문제

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제15조 제2항 제1호는 ‘법인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금’으로 보도록 규정하였고, 「법인세법 시행령」제89조 제1항에서는 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)’을 시가로 보도록 규정하였으며, 같은 조 제2항에서는 ‘시가가 불분명한 경우에 상증법 제63조의 규정을 준용하여 평가하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우 OOO 주식회사가 발행한 주식이 한국거래소에 상장되어 매일의 최종시세가 존재하고 있으므로 쟁점주식의 한국거래소 최종시세가액은 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하고 쟁점주식 양수도가 거래일의 한국거래소 최종시세가액인 OOO원에 이루어진 점, 2012.12.5. 금융감독원 전자공시시스템에 이 건 양수도 거래가 공시된 후 다음 거래일의 한국거래소 최종시세가액이 OOO원인 점으로 보아 쟁점주식이 한국거래소에서 거래되었다면 거래 당일의 최종시세가액이 달라졌을 것이라는 처분청 의견을 받아들이기 어려운 점, 내국법인과 그 특수관계인 간에 경영권 이전이 수반되는 주권상장법인의 발행주식을 장외거래하는 경우의 해당 주식의 거래가액은 시가가 불분명한 경우에 해당하여 상증법 제63조의 규정을 준용하여 평가하는 것이 타당하나 이 건은 이 건 양수도 거래 전.후 모두 청구법인이 OOO 주식회사의 경영권을 보유하고 있어 경영권 이전과는 무관한 거래인 것으로 확인된 점 등에 비추어 이 건 양수도 거래 당일의 한국거래소 최종시세가액인 OOO원을 쟁점주식의 시가로 봄이 합리적(조심 2014중3362, 2015.2.6., 조심 2014중3364, 2014.11.20., 국심 2002서1315, 2002.7.18. 같은 뜻임)이라 할 것이다.

따라서, 처분청에서 청구법인이 특수관계 있는 청구인들로부터 쟁점주식을 저가로 매입한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인들은 쟁점주식이 개인과 법인 간에 거래된 것으로서, 청구인들이 「법인세법」상 쟁점주식의 시가인 거래당일의 한국거래소 최종시세가액(1주당 OOO원)으로 쟁점주식을 양도하였음에도 그 가격을 「소득세법」상 시가가 아니라고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 1996.12.30. 법률 제5193호로 전부 개정시 신설된 상증법 제60조 제1항이 상장주식의 평가에 관하여 시가주의를 원칙으로 하되 평가에 있어서 자의성을 배제하고 객관성을 확보하기 위하여 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 보충적 평가방법에 의하여 평가한 가액을 시가로 보도록 한 입법취지, 상장주식의 평가방법에 관한 상속세및증여세법제60조 및 제63조의 규정 체제, 부당행위계산 부인제도의 취지 및 위 각 규정 내용 등을 종합하여 보면, 양도소득의 부당행위계산 부인 대상여부를 판단함에 있어 양도하는 상장주식의 시가는 특별한 사정이 없는 한, 상증법 제60조 제1항 후문에 의하여 제63조 제1항 제1호 가목의 보충적 평가방법에 따라 산정한 양도일 이전.이후 각 2월 간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액의 평균액만이 시가로 간주된다고 봄이 타당(대법원 2011.11.10. 선고 2011두18885 판결, 조심 2015서1766, 2015.6.18., 같은 뜻임)하다 할 것이므로 거래당일의 한국거래소 최종시세가액인 1주당 OOO원이 「소득세법」상 시가에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나) 다만, ‘특수관계에 있는 개인과 법인간 거래에 있어 법인과 개인의 시가 산정방법 등이 달라 발생되는 문제 해소’를 위하여 쟁점 시행령 조항 및 「상속세 및 증여세법 시행령」제26조 제9항이 2003.12.30. 각 신설되었고, ＜표4＞의 사례 중 법인에게 부당행위계산부인 규정이 적용되고 개인에게 증여세 과세문제가 발생하는 경우는 「상속세 및 증여세법 시행령」제26조 제9항이 적용되어 법인과 개인의 시가 산정방법 등이 달라 발생되는 문제가 해소되게 되는바 같은 문제가 발생하는 이 건 양수도 거래 역시 쟁점 시행령 조항이 적용되는 것으로 해석함이 입법 취지 등을 고려한 합리적 해석이라 할 것인 점, 재정경제부가 발행한 개정세법 해설 책자에서도 이 건 양수도 거래와 동일한 사례를 들면서 ‘법인이 「법인세법」상 시가로 거래한 경우이므로 개인에게 양도세 부당행위계산부인 대상에서 제외된다’고 하였던 점, 법원에서도 쟁점 시행령 조항은 개인과 법인간 재산의 양수도 중 「법인세법」상 시가에 의한 거래에 해당하는 경우에 한하여 개인에 대하여 양도소득에 관한 부당행위계산 부인 규정의 적용을 배제하는 특별규정(서울고등법원 2016.11.3. 선고 2016누55102 판결)이라 판결하였던 점 등에 비추어 청구법인에게 「법인세법」제52조가 아닌 같은 법 제15조 제2항 제1호가 적용된 이 건 양수도 거래 역시 쟁점 시행령 조항이 적용된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청에서 청구인들이 쟁점주식을 특수관계인인 청구법인에게 저가양도한 것으로 보아 양도소득에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함이 타당하다고 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.