조심 2016서2064 (2017.07.26)

OOO이 2016.2.11. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은

1. 청구법인과 OOO㈜가 거래한 ㈜OOO 발행 상장주식 OOO주에 대한 부당행위 판단의 기준시점을 양해각서 체결일(2010.10.26.)로 보아 위 주식의 시가를 재산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.10.26. 보유 중이던 ㈜OOO(이하 “OOO”라 한다) 발행 상장주식 OOO를 특수관계법인인 OOO㈜(이하 “OOO"라 한다)에게 양도하기로 양해각서(이하 “쟁점양해각서”라 한다)를 체결하면서 쟁점주식 1주당 인수가격의 산정기준일을 2010.10.22.로 하여 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)을 적용하여 평가한 가액에 15%의 프리미엄을 가산한 1주당 OOO에 쟁점주식을 인수하기로 합의하였다.

청구법인은 2010.11.22. OOO와 본계약 체결과 동시에 쟁점주식을 당초 평가액인 1주당 OOO원으로 장외거래를 통해 모두 매도하였고, OOO는 기 보유하고 있던 지분(14.21%)과 합하여 OOO의 최대주주(지분율 40.86%)가 되었다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.2.23.부터 2015.4.15.까지 청구법인에 대하여 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점주식 거래를 특수관계자 간에 경영권이 수반된 이례적인 거래로 보고, 쟁점주식을 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제2호에 따라 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제63조 제1항 및 제3항을 준용하여 ‘주식양도계약일’을 평가기준일로 하여 ‘평가기준일 이전 2개월간 최종가액 평균액’에 최대주주 등이 보유한 주식에 대한 할증평가(30%)액을 가산한 1주당 OOO을 쟁점주식의 시가로 평가한 후, 특수관계법인 간 쟁점주식을 시가보다 저가에 거래하여 청구법인의 소득금액이 부당하게 감소된 것으로 보아 「법인세법」제52조에 따라 쟁점주식의 평가액과 거래가액의 차액 OOO원을 법인세 과세표준 계산시 입금에 산입하여 법인세 경정결의서(안)을 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2016.2.11. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주식 거래 당시 「법인세법」상 시가를 산출하기 어려운 상황에서 가능한 가장 합리적인 기준에 따라 거래가액을 산정하여 거래하였으므로 부당행위에 해당하지 아니한다.

(가) 대법원 판례(대법원 1989.4.11. 선고 88누8630 판결)에 따르면, 「법인세법」상 부당행위의 본질은 “정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의하지 않고 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위”를 의미하므로, 결국 부당행위에 해당하는지 여부는 경제적 합리성을 갖추었는지 여부를 기준으로 판단하는 것이다.

(나) 상증세법은 경영권이 수반된 상장주식의 시가를 거래일 전후 2월간의 종가 평균액에 경영권 프리미엄을 할증한 금액으로 규정하고 있으나, 이는 거래 이후의 주가변동이 시가에 반영되어 거래 당시의 부당성 판단기준인 「법인세법」상 시가 개념에는 부합하지 않아 청구법인은 거래 시점에 거래가액을 확정할 수 없었고, 공정거래법 등에 따른 공시의무도 이행할 수 없었다.

(다) 이 사건에 대한 국세청의 기관질의에 대하여 국세예규심사위원회는 청구법인과 쟁점주식을 매수한 거래상대방 모두 유가증권시장공시규정이나 공정거래법에 따라 구체적이고 확정된 가액으로 거래사실을 공시할 의무가 있었음을 감안하여, 이 사건 주식의 「법인세법」상 시가를 상증세법상 시가규정의 법문과 달리 거래일 “이전” 2월간의 종가평균액에 경영권 프리미엄을 할증한 금액이라고 결정OOO하였다.

하지만, 위 예규가 나오기 전까지 관련 선례가 전혀 없었을 뿐 아니라, 납세자 입장에서는 거래일 이후 2월간의 주가변동도 시가에 반영하도록 하는 상증세법 규정을 법문과 다르게 임의로 해석할 수도 없어, 거래 당시로서는 쟁점주식의 「법인세법」상 시가를 산출하는 것이 현실적으로 불가능한 실정이었다.

(라) 이러한 사정 때문에 청구법인과 매수인은 부득이하게 제3자간 경영권을 수반한 다수의 주식거래에서 일반적으로 사용된 방식인 자본시장법상 합병가액에 관한 규정을 적용하여 거래가액을 산출하였으며, 이러한 거래가액은 외부기관에 의뢰한 현금흐름할인법(DCF)에 따른 주식가치평가결과에도 부합하였다.

따라서 쟁점주식 거래는 「법인세법」제52조 제2항에서 규정하는 “특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격”에 따라 거래한 것이므로 경제적 합리성을 갖춘 정상거래에 해당한다.

(2) 가사 쟁점주식 거래가 부당행위에 해당한다고 하더라도, 쟁점주식 거래에 관한 부당행위 판단의 기준시점은 쟁점양해각서 체결일로 보아야 한다.

(가) 청구법인은 쟁점양해각서 체결일에 이사회를 열어 쟁점주식 거래에 관한 최종적인 의사결정을 하고 법적 효력을 부여하였으며, 양해각서에 기재된 구체적인 거래조건이 공시되어 쟁점주식 거래 전반에 대한 확정력이 부여되었다.

「상법」상 주식회사의 중요한 자산의 처분은 이사회의 결의가 필요한바(제393조 제1항), 청구법인은 2010.10.26. 양해각서 체결 당일 이사회를 열어 이 사건 주식거래에 관한 최종적인 의사결정을 하고 법적 효력을 부여하였는데, 만약 처분청의 주장대로 쟁점양해각서가 거래의향을 나타내거나 배타적 협상권을 보장하는 것에 그치는 것이었다면 이사회 결의를 거칠 필요가 없었을 것이다.

그리고 청구법인은 쟁점양해각서 체결 당일 구체적인 거래대상과 거래대금 등 주요거래조건을 명시한 주식처분공시를 하였으며, 거래상대방 역시 동일한 내용으로 주식 취득공시를 하여 쟁점주식 거래 전반에 관하여 대외적으로도 강한 확정력이 부여되었다.

(나) 부당행위 판단 기준시점인 ‘행위 당시’란 문서의 명칭과 무관하게 ‘거래당사자간 구속력 있는 합의’가 이루어진 시점을 의미한다.

1) 「법인세법」상 부당행위 판단 기준시점인 ‘행위 당시’에 관하여 대법원은 ‘대금을 확정 짓는 거래 당시’라고만 하고 그 구체적인 의미 및 기준에 대해서는 상술하고 있지 않으며, 이에 대하여 국세예규심사위원회에서는 이 사건의 경우 양해각서 체결일을 기준시점으로 보아야 한다는 점에 의견이 모아졌으며, 이를 반영하여 아래와 같이 구체적인 판단기준을 제시한 바 있다.

2) 양해각서에는 단순히 추후의 협상권을 보장하기 위한 비구속적 MOU부터 계약에 준하는 구속력을 갖는 구속적 MOU까지 매우 다양한 형태가 존재하므로 당사자의 진정한 의사에 따라 어떤 유형의 양해각서인지 판단하여야 한다(서울고등법원 2012.6.24. 선고 2011나26010 판결, 서울고등법원 2013.5.1. 선고 2012나46745 판결 등, 같은 뜻임).

쟁점양해각서 전문에서 “양 당사자는 본 건 거래와 대상회사의 경영을 위한 주요 조건에 관하여 다음과 같이 합의한다.”라고 하여 이 사건 주식거래의 주요 조건을 확정하려는 목적으로 양해각서가 체결된 점, 양해각서에 거래대상 및 거래대금 등 거래조건을 구체적으로 명시하고(제1조) 이러한 내용에 법적 구속력이 있으며(제9조 1항) 위약벌 제재가 가능(제9조 2항)함을 명시한 점, 양해각서 체결 당일에 이사회를 열어 법적 효력을 부여하고 공시의무를 이행한 점, 이 사건 주식거래가 공시된 거래내용 그대로 완료되었고 추후 형식적인 주식매매계약서 작성 당시에는 별도의 공시를 하지 아니한 점 등을 고려할 때 쟁점양해각서는 강한 법적 구속력이 부여된 합의로서 청구법인을 비롯한 거래당사자들은 양해각서 체결 시점에 거래대상과 거래가격 등 주요 거래조건을 확정하려는 의사가 있었다고 볼 것이다.

(다) 쟁점양해각서는 거래대상과 거래가액 등 ‘주요 거래조건에 대하여 구체적으로 확정’된 내용을 명시하고 있으며, 거래가액 조정은 쟁점주식 거래가 더 이상 유효할 수 없는 극히 예외적인 경우에만 가능하고 구체적인 조정방법이 명시된 이상 양해각서 체결시점에 거래대금이 확정된 것이다.

1) 쟁점양해각서는 그 전문에서 양해각서 체결의 목적이 단순히 배타적 협상권의 보장이 아니라 ‘쟁점거래의 주요조건을 정하기 위한 것’임을 밝히고 있고, 그에 따라 아래와 같이 거래대상, 거래가액 기타 거래조건에 대하여 매우 상세하게 규정하고 있을 뿐만 아니라 법적 구속력이 있다는 점(제9조 1항)을 명시하고, 나아가 위반시 손해배상보다도 더 강력한 제재인 위약벌 규정(제9조 2항)까지 둠으로써 형식적 매매계약서 작성 이전에 이미 주요 거래조건이 확정되었음을 분명히 하고 있다.

2) 이에 대하여 처분청은 부당행위 판단 기준시점에 관하여 판례에서 ‘대금을 확정짓는 거래 당시’라고 하였는데 쟁점양해각서에 상세실사 결과에 따라 가격을 조정할 수 있다는 조항이 있고, 본계약 체결로서 쟁점양해각서의 효력이 상실된 이상 쟁점양해각서 체결 시점에는 거래대금이 확정된 것으로 볼 수 없다는 의견이다.

그러나, 쟁점양해각서 상 거래대금의 조정은 실사 결과 발견된 우발채무 등이 총 거래대금의 30%, 즉 OOO원을 초과하는 경우에만 가능한데, 이러한 기준은 쟁점주식 거래 자체가 사기 기타 부정한 행위에 해당하여 법적으로 효력을 가질 수 없는 극히 예외적인 경우에 관한 것으로서, 실질적으로 거래대금의 조정을 위한 것이 아니라 양해각서를 통해 합의된 거래대금에 보다 강한 확정력을 부여한 조항으로 보는 것이 타당하다. 그리고 계약 체결 당시 거래가액이 구체적인 수치로 특정되어 있지 않더라도 추후 이를 특정할 수 있는 구체적인 기준과 방법이 정해져 있는 경우에는 거래조건이 확정된 것이므로(대법원 1997.1.24. 선고 96다21676판결 등, 같은 뜻임) 구체적인 거래대금이 변동될 가능성이 있다고 하여 거래조건이 미확정된 거래라고 할 수는 없다.

또한 기존 계약을 동일한 내용의 계약으로 대체하면서 기존 계약은 효력을 상실한다는 조항을 둔 경우 이는 기존 계약의 이용을 방지하기 위한 것일 뿐 새로운 계약을 체결한 것으로 볼 수는 없으므로(대구고등법원 2011.4.15. 선고 2010누2525 판결, 같은 뜻임) 본계약은 쟁점 양해각서의 이행 및 거래절차의 완결과 관련된 추가적인 합의에 불과할 뿐이어서 쟁점주식 거래의 거래조건은 쟁점양해각서의 체결 시점에 확정된 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 내국법인과 그 특수관계인 간 주권상장법인의 경영권 이전이 수반되는 주식거래 시 한국거래소 시장에서 거래하지 않는 경우에 해당 주식의 시가는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 상증세법 제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액이 되는 것이며, 상증세법 제63조 제3항에 따라 해당주식이 최대주주 등이 보유한 주식인 경우 위 금액에 할증평가액을 가산하여야 한다.

(가) 시가는 특수관계인이 아닌 자 간에 해당거래와 유사한 상황에서 적용될 것으로 판단되는 가격이므로, ‘경영권이 동반된 장외거래’인 쟁점주식의 거래가액은 시가가 불분명한 경우에 해당된다.

1) 2007년 「법인세법」개정시 주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 종가를 시가로 보도록 명확하게 하였는데, 이때 ‘장외에서 거래된 상장주식으로 경영권 변동 시에는 상증세법상 보충적 평가액을 적용하며, 대주주 주식 할증평가를 준용’하는 것으로 하였다.

2) 판례에서도 경영권을 수반한 상장주식 장외거래의 경우에는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하므로 상증세법에 따라 평가하도록 하였고, 조세심판원에서도 경영권이 관련된 주식거래의 경우 경영권 프리미엄이 포함되어 주식거래가액에 차이가 있는 것이 일반적이므로 상장주식이라 하더라도 비특수관계자 간의 거래가액을 정상가격으로 볼 수 없으므로 상증세법상 평가방법에 따라 시가를 산정함이 타당하다고 보았다.

3) 청구법인은 쟁점주식 거래 당시 상증세법 제63조를 적용하기 위해서는 전후 2개월 종가 평균액으로 평가하여야 하는데 평가기준일로부터 후 2개월의 종가를 알 수 없어 자본시장법상 합병가액을 기준단가로 삼았다고 주장하나, 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목에서 ‘유가증권 등의 평가’와 관련하여 평가기준일 이전.이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액의 평균액으로 평가하도록 하고, 이때 최종 시세가액의 평균액에는 거래실적 유무를 따지지 아니한다고 규정하고 있으므로 청구법인의 주장은 이유 없다.

(나) 청구법인이 매매가액 산정시 이용한 자본시장법은 합병가액을 산정하는 방법일 뿐, 해당거래의 시가를 반영할 수 있는 근거가 될 수는 없다.

1) 청구법인이 적용한 자본시장법 시행령 제176조의5 규정은 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우 합병가액 산정시 주식을 평가하기 위한 방법이지, 쟁점주식의 양도와 같이 시가가 불분명한 경우에 주식을 평가하기 위한 근거로 사용될 수 없다.

2) 청구법인은 자본시장법 상 ㉠ 최근 1개월간 평균종가와 최근 1주간 평균종가, 최근일의 종가를 산술평균하여 산정한 가액과 ㉡ 최근일의 종가 중 낮은 가액으로 산정하고 있으나, 청구법인은 ㉠의 방법만을 적용하였고, 특히 경영권 프리미엄에 대하여 상증세법 제63조 제3항에서 100분의 30을 가산하도록 규정하고 있으나, 청구법인은 아무런 근거 없이 임의적으로 15%를 적용하여 매매가액을 결정하였으므로 이를 시가로 볼 여지가 없다.

3) 청구법인은 쟁점주식의 매매가액이 합리적인 가액으로 제3자와의 거래에서도 적용될 가액이므로 부당행위계산 대상에 적용되지 않는다고 주장하나, 「법인세법」등에 의한 쟁점주식의 평가액이 청구법인의 거래가액과 비교하여 약 1.7배 가량 차이가 발생하였고, 청구법인의 쟁점주식에 대한 평가가 세법에 의해 평가되었다고 보기도 힘들다.

4) 또한, 주식양도 계약일(2010.11.22.) 현재 쟁점주식의 종가OOO가 청구법인의 거래가액보다 현저히 높게 나타나 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 해당한다.

(2) 부당행위계산의 부인은 ‘그 행위당시’, 즉 실제 매매거래가액을 포함한 모든 거래조건이 확정된 매매계약체결일을 기준으로 판단하여야 한다.

(가) 매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생기는 것이므로 부당행위계산의 부인은 부당행위 당시, 즉 그 대금을 확정짓는 거래 당시인 쟁점주식의 매매계약체결일을 기준으로 적용하여야 한다.

(나) 쟁점양해각서 체결일을 부당행위계산 부인을 위한 평가기준일로 볼 수 없다.

1) 쟁점양해각서는 주식 매매계약이 체결되는 조건으로 주식의 종류, 수, 가격 등 매수도 조건에 대한 합의(제1조)로서, 양수인은 2개월 간의 배타적 협상기간 동안 실사결과에 따라 인수가격을 조정(제2.3조)하여 실제 매매계약으로 그 대금을 확정하기 위한 것이며, 양해각서는 주식매매계약 체결시 즉시 효력을 상실하고(제2조), 본 계약은 그 계약이 규정하는 사항에 관한 당사자들 사이의 이전의 모든 합의를 대체한다고 규정하고 있는바, 쟁점양해각서는 쟁점주식 양수인이 ‘배타적 협상권’을 가지고 ‘협상기간 동안 인수가격 등을 조정하여 실제 매매계약의 대금을 확정’ 짓기 위한 계약으로서 주식매매계약 체결의 조건을 합의하고 배타적 협상권에 대한 권리와 의무만 부여된 합의서일 뿐 매매계약이 체결되면 그 효력을 상실하는 문서이고, 매매가액을 포함한 모든 거래조건은 매매계약 체결시 비로소 확정되는 것이다.

2) 더 나아가 쟁점양해각서는 법률상 양 당사자를 매매계약서와 동일한 효력으로 구속한다고 볼 수 없으며, 쟁점주식 거래의 매매가액은 쟁점양해각서 체결일 이후 상세 실사를 거쳐 주식양수도 계약일에 최종 확정된 점, 통상 주식의 양도대가가 매매계약일에 전액 지급되는 사정 등에 비추어 볼 때 쟁점양해각서 체결일에 양도대가가 지급되지 않고 지연지급에 따른 이자상당액에 대한 합의 없이 매매계약일에 매매대금이 전액 지급된 점 등으로 보아 매매계약체결일을 쟁점주식의 평가기준일로 하여 평가한 처분은 정당하다.

(다) 또한 청구법인은 쟁점주식 거래와 관련하여 공시일이 평가기준일이 되어야 한다고 주장하나, 쟁점주식 거래는 상장주식의 장외거래에 해당하여 시가가 불분명한 경우에 해당하고, 이때 시가는 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 시가로 하여 거래가 이루어졌어야 한다.

따라서 쟁점양해각서 체결 당시 거래가액의 조정이 예상되고 있었으므로 비록 주식거래에 관한 내용을 공시하였다고 하더라도(거래가액이 조정될 수 있음을 부기하여 공시하였어야 함) 거래가 확정된 매매계약 체결일을 기준을 쟁점주식을 평가하여 거래가액을 확정하고 공시를 변경하였어야 함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ 쟁점주식의 장외거래를 경제적 합리성을 결여한 부당행위로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용한 처분의 당부

② 쟁점주식의 평가기준일을 쟁점양해각서 체결일로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 法人의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

③ 제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법

제63조[유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

(4) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률

제165조의4[합병 등의 특례] 주권상장법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하려면 대통령령으로 정하는 요건·방법 등의 기준에 따라야 한다.

1. 다른 법인과의 합병

2. 대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산의 양수 또는 양도

3. 주식의 포괄적 교환 또는 포괄적 이전

4. 분할 또는 분할합병

(5) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령

제176조의5[합병의 요건·방법 등] ① 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 산정한 합병가액에 따라야 한다. 이 경우 주권상장법인이 제1호 또는 제2호 가목 본문에 따른 가격을 산정할 수 없는 경우에는 제2호 나목에 따른 가격으로 하되, 합병가액의 적정성에 대해서는 제6항에 따른 외부평가기관의 평가를 받아야 한다.

1. 주권상장법인 간 합병의 경우에는 합병을 위한 이사회 결의일과 합병계약을 체결한 날 중 앞서는 날의 전일을 기산일로 한 다음 각 목의 종가를 산술평균한 가액과, 다목의 종가 중 낮은 가액으로 한다. 이 경우 가목 및 나목의 평균종가는 종가를 거래량으로 가중산술평균하여 산정한다.

가. 최근 1개월간 평균종가. 다만, 산정대상기간 중에 배당락 또는 권리락이 있는 경우로서 배당락 또는 권리락이 있은 날부터 기산일까지의 기간이 7일 이상인 경우에는 그 기간의 평균종가로 한다.

나. 최근 1주일간 평균종가

다. 최근일의 종가

제176조의6[영업양수ㆍ양도 등의 요건ㆍ방법 등] ① 법 제165조의4 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산의 양수 또는 양도"란 제171조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

제171조[주요사항보고서의 제출사유 등] ② 법 제161조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 중요한 영업 또는 자산을 양수하거나 양도할 것을 결의한 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 결의한 때를 말한다.

1. 양수·양도하려는 영업부문의 자산액(장부가액과 거래금액 중 큰 금액을 말한다)이 최근 사업연도말 현재 자산총액(한국채택국제회계기준을 적용하는 연결재무제표 작성대상법인인 경우에는 연결재무제표의 자산총액을 말한다)의 100분의 10 이상인 양수·양도

2. 양수·양도하려는 영업부문의 매출액이 최근 사업연도말 현재 매출액(한국채택국제회계기준을 적용하는 연결재무제표 작성대상법인인 경우에는 연결재무제표의 매출액을 말한다)의 100분의 10 이상인 양수·양도

3. 영업의 양수로 인하여 인수할 부채액이 최근 사업연도말 현재 부채총액(한국채택국제회계기준을 적용하는 연결재무제표 작성대상법인인 경우에는 연결재무제표의 부채총액을 말한다)의 100분의 10 이상인 양수

4. 삭제

5. 양수·양도하려는 자산액(장부가액과 거래금액 중 큰 금액을 말한다)이 최근 사업연도말 현재 자산총액(한국채택국제회계기준을 적용하는 연결재무제표 작성대상법인인 경우에는 연결재무제표의 자산총액을 말한다)의 100분의 10 이상인 양수·양도. 다만, 일상적인 영업활동으로서 상품·제품·원재료를 매매하는 행위 등 금융위원회가 정하여 고시하는 자산의 양수·양도는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청에서 경정한 청구법인의 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서의 내용은 아래와 같다.

(2) 코스닥시장에서 쟁점주식의 거래일 전후 주가는 아래와 같고, 청구법인에서 쟁점주식의 매각을 공시한 2010.10.26. 이후 주가가 급등한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 OOO 기획재정부에 쟁점주식 거래와 관련하여 쟁점주식의 시가 평가방법(질의1) 및 평가기준일(질의2)에 대하여 질의를 하였고, 기획재정부장관은 OOO 아래와 같이 회신하였다.

(4) 청구법인은 쟁점주식 양도시 거래가액이 제3자간 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 시가로서 경제적 합리성을 갖춘 정상거래에 해당한다고 하면서 자본시장법 제165조의4 및 같은 법 시행령 제176조의5 제1항 제1호에 따른 합병가액 결정방식을 유추적용하여 산출한 매매가격 산출근거 및 외부기관(삼정회계법인)의 쟁점주식 평가보고서를 다음과 같이 제출하였다.

(5) 설령, 쟁점주식의 거래행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당된다고 하더라도 부당행위 판단 기준시점은 쟁점양해각서 체결일을 기준으로 산정해야 한다고 하면서, 쟁점양해각서 및 전자공시자료 등을 제출하였다.

(가) 청구법인은 2010.10.26. 체결한 OOO와의 쟁점주식에 대한 양해각서는 구체적이고 확정적인 거래조건을 명시하고 있다고 하면서 양해각서를 제출하였고, 그 주요내용은 다음과 같다.

(나) 청구법인과 OOO는 2010.10.26. 쟁점양해각서를 체결하면서 「공정거래법」 및 「유가증권시장 공시규정」에 따라 쟁점주식 거래사실을 아래와 같이 공시하였으나, 쟁점주식 매매계약 체결일인 2010.11.22. 쟁점양해각서와 동일한 내용으로 매매계약을 체결하면서 쟁점주식을 장외거래 하였음에도 별도의 공시를 하지 아니하였다.

(6) 청구법인이 2010.11.22. 체결한 쟁점주식의 주식양수도계약서의 주요내용은 다음과 같다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주식의 거래가액이 「법인세법」상 시가를 산출하기 어려운 상황에서 가장 합리적인 기준에 따라 거래가액을 산정하였으므로 경제적 합리성을 갖춘 정상거래에 해당한다고 주장하나, 「법인세법 시행령」제89조에서 시가는 해당거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)이므로 내국법인과 그 특수관계인 간에 경영권 이전이 수반되는 주권상장법인의 발행주식 거래시 한국거래소 시장에서 거래하지 않는 경우(장외거래)인 쟁점주식의 거래가액은 시가가 불분명한 경우에 해당하는 점, 쟁점주식의 시가가 불분명한 경우에는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 제2호에 따라 상증세법 제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액이 되는 것이며, 이때 상증세법 제63조 제3항에 따라 해당주식이 최대주주 등이 보유한 주식인 경우 할증평가액을 가산하여 시가를 산정하여야 하므로 청구법인의 거래가액은 「법인세법」상 시가에 해당하지 아니하는 점, 청구법인이 적용한 자본시장법 시행령 제176조의5 규정은 주권상장법인이 다른 법인과 합병하려는 경우 합병가액 산정시 주식을 평가하기 위한 방법이지, 쟁점주식의 양도와 같이 시가가 불분명한 경우에 주식을 평가하기 위한 근거로 사용될 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점주식의 매매계약체결일을 부당행위계산 부인을 위한 평가기준일로 보아야 한다는 의견이나, 「법인세법 시행령」제88조 제2항에서 부당행위계산 판단의 기준시점인 ‘그 행위당시’란 주요 거래조건을 확정하고 이에 대해 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 시점을 말하는 것인바, 청구법인은 이사회에서 쟁점주식의 거래조건과 처분을 승인하고, OOO와 쟁점양해각서를 체결하였으며, 쟁점양해각서 체결한 당일 거래당사자 모두 쟁점주식의 거래조건을 구체적으로 명시하여 전자공시한 점, 양해각서에는 단순히 추후의 협상권을 보장하기 위한 비구속적 MOU부터 계약에 준하는 구속력을 갖는 구속적 MOU까지 매우 다양한 형태가 존재하므로 당사자의 진정한 의사에 따라 어떤 유형의 양해각서인지 판단하여야 하는 것인바, 쟁점양해각서는 거래당사자들 사이에 거래대상과 거래가액 등 거래조건, 법적 구속력 및 위약벌 조항을 구체적으로 명시하고 있으므로 거래당사자간 주요 거래조건이 확정되고 구속력이 있어 보이는 점, 쟁점양해각서 제3조에 의한 가격조정은 상세실사 결과 발견된 우발채무 등이 총 거래대금의 30%, 즉 OOO원을 초과하는 경우에만 가능하고, 이러한 기준은 실사결과 심각한 수준의 분식회계 사실이 확인되는 등 예외적인 경우를 가정한 것으로, 이 건 거래시 그러한 가격조정 요인이 발견되지 아니하여 양해각서 체결시 정하였던 가격으로 거래가 이루어진 점 등에 비추어 쟁점양해각서 체결시점(2010.10.26.)에 쟁점주식에 대한 주요 거래조건이 확정되고 거래당사자간 구속력 있는 합의가 이루어졌다고 보이므로 청구법인의 부당행위계산 판단의 기준시점을 쟁점주식의 매매계약서 체결일(2010.11.22.)로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.