조심 2019서1311 (2020.07.02)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구인은 2000.11.30.부터 2012.4.25.까지 OOO대표이사로 재직하면서 아래〔그림1]과 같이 OOO지분 100%를 보유하고 있는 OOO지분 13.5%(아들 OOO이하 “자녀”라 한다)를 보유하였다. [그림1] 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2009.5.6.~2009.8.1. 기간 동안 청구인과 자녀에 대하여 2005~2008년 귀속 재산제세(양도·증여)조사(이하 “1차 세무조사”라 한다)를 실시하여, 청구인이 자녀에게 OOO지분을 명의신탁한 것으로 보아 자녀에게 2005.10.5. 증여분 증여세 OOO백만원을 결정·고지하였다. 다. 주식회사 OOO2007.12.9.OOO지분 100%를 OOO인수하는 계약을 체결하고, 인수를 위해 2007.12.18. 설립한 OOO주식회사(이하 OOO한다)를 통해 2008.1.24. OOO보통주 1,019,800주를 OOO발행하여 자본금 OOO대주단 차입 및 전환사채 발행으로 OOO합계 OOO조성하여 2008.1.30. OOO를 인수하였다. OOO대표이사인 청구인과 OOO대표이사인 OOO2008년 1월경 OOO자본금 OOO60:40 비율로 투자하는 약정(청구인 총투자금액 OOO)하고 2008년 2월 계약을 체결하였고, 청구인은 이를 이행하고자 2008.1.25. OOO상환전환우선주 180,000주(청구인 명의 80,000주, 청구인의 딸 OOO명의 100,000주)를 OOO취득(유상증자 참여)하였으며, 2008.2.12. OOO으로부터 OOO보통주 200,000주(청구인의 아들 OOO명의로 180,000주, 딸 OOO명의로 20,000주를 각 취득하였고, 처분청은 청구인이 명의신탁 또는 자녀들에게 취득자금을 증여한 것으로 보아 증여세를 과세하였으나, 대법원은 최종적으로 청구인의 소유로 판결하였으며, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO취득하였다. 청구인은 2008.5.30. OOO주식보유현황 정정공시를 통해 자녀 명의로 취득하였던 쟁점주식 200,000주, OOO상환전환우선주 100,000주의 명의를 청구인으로 각 환원하였고, 2008.6.2. OOO흡수합병(1:1)함에 따라 OOO부터 취득한 구 OOO주식(2,729,426주)을 무상 소각.감자하면서 청구인은 쟁점주식 대신 OOO합병신주 380,000주(쟁점주식 200,000주, OOO상환전환우선주 180,000주 상당)를 교부받았으며, 2011.6.29. OOO주식은 OOO상장되었다. 한편, 청구인과 OOO이에 추가하여 2010.12.30. OOO주식 300,000주(청구인 명의 100,000주, OOO명의 200,000주, 이하 “쟁점추가주식”이라 한다)를 OOO취득하였고, OOO들여 OOO주식을 취득하여 나머지 OOO투자하였으며, 이로써 총 OOO투자를 완료하였다. 라. 대검찰청은 쟁점주식 취득 등에 관한 조세포탈 혐의사실 통보 및 고발을 의뢰하였고, 처분청은 2012.3.30.∼2012.5.23. 기간 동안 청구인과 자녀에 대하여 2008∼2010년 귀속 증여세 조사(이하 “2차 세무조사”라 한다)를 실시하여 청구인이 쟁점주식을 자녀에게 명의신탁한 것으로 보아 OOO증여세를 각 결정·고지하였으나, 청구인과 자녀가 이에 불복하여 심판청구(처분청은 심판청구 진행중에 처분사유를 ‘명의신탁에 따른 증여의제’에서 ‘취득자금(현금) 증여’로 추가하였고, 우리 원은 명의신탁에 대하여는 인용, 현금증여에 대하여는 재조사 결정함) 및 1?2심을 거쳐 최종적으로 2018.4.24. 대법원에서 쟁점주식은 청구인의 소유이고, 자녀에게 취득자금을 증여한 것이 아니라고 판결함으로써 청구인 등이 승소(대법원 2016두45387 판결, 국패)하였다. 마. 조사청은 2016.8.23.∼2018.7.25.(중지기간 포함) 기간 동안 쟁점주식에 대한 증여세 조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구인이 특수관계자인 OOO으로부터 취득한 쟁점주식이 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제41조의3의 상장에 따른 이익의 증여에 해당한다고 보아 2008.2.12.을 취득일로 하고, 증여이익을 OOO산정하여 2018.8.6. 청구인에게 2008.2.12. 증여분 증여세 OOO결정?고지하였다. 바. 청구인은 이에 불복하여 2018.8.28. 이의신청을 거쳐 2019.1.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 OOO설립단계에서 재무적 투자자로서 투자약정에 따라 쟁점주식을 취득하였으므로 취득 당시 최대주주 OOO특수관계에 있지 아니하였고, 청구인이 취득한 쟁점주식은 상장된 OOO주식(합병신주)이 아닌 피합병법인인 OOO주식(합병구주)으로 상증세법 제41조의3 에서 규정하고 있는 “당해 주식”이 아니므로 OOO주식의 상장차익을 증여이익으로 보아 과세할 수 없다. (가) 처분청은 청구인이 OOO으로부터 OOO인수목적으로 신규 설립한 OOO쟁점주식을 취득한 거래를 “기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 최대주주OOO특수관계인 거래에 해당한다”고 보아 상증세법 제41조의3 의 “상장에 따른 이익의 증여”로 이 건 증여세를 과세하였으나, 청구인은 OOO를 공동 인수하는 투자약정에 따라 투자자 지위에서 신설법인의 자본 납입으로 취득한 사실이 확인되므로 취득당시 OOO특수관계가 존재하지 아니한다. 1) 청구인은 아래 [표1]과 같이 OOO자본금 OOO비율로 투자약정을 하고 투자이행을 하였다. [표1] OOO인수자로 낙찰되어 OOO2007.12.9. OOO지분 100%를 OOO인수하는 계약을 체결하고, OOO2007.12.18. 설립하여 운영자금 포함하여 자금조달을 계획하였으며, 대주단에서 OOO나머지는 인수법인의 증자로 OOO마련하는 방안을 추진하였으나, 자금사정이 여의치 않자 청구인이 OOO매각되면 OOO지분의 배당금 약 OOO지급받는다는 사실을 인지한 OOO회장이 동 자금을 재투자하여 줄 것을 제안하여 최종 2008년 1월 중 인수법인의 자본에 투자하는 합의가 완료된 것이다. 청구인은 OOO자본금으로 2008.1.24. 보통주 200,000주 (OOO쟁점주식)과 2008.1.25. 전환상환우선주 180,000주OOO취득으로 유상증자에 참여한 후, OOO통하여 2008.1.30. OOO지급하고 인수하였다. 2) 청구인이 OOO인수에 투자한다는 사실은 아래의 2015.1.22. 선고 서울지방법원 2012고합450, 2013고합319(병합) 판결에서도 확인된다. 또한, OOO인수주체인 OOO상무의 2008.1.7. 메일 및 첨부 “OOO투자관련 사항 검토”의 투자구조에서 OOO측 60%와 청구인 측 40%로 지분 투자구조가 확인되며, OOO조달방안을 검토하면서 먼저 OOO증자참여하고, OOO인수대금 지급 후, OOO지분 배당금으로 상환하는 방법으로 현재는 “법인을 통한 우회대출 외에는 대안이 없음”이라고 되어 있는 것만 보아도 알 수 있다.. 3) 법무법인 OOO2008.1.14. OOO제출한 청구인의 투자자금 차입에 지급보증 관련 검토에서 “OOO대표이사이자 OOO주주인 청구인이 OOO주식 100% 인수를 위해 귀사의 자회사로 설립될 OOO주식 인수를 통하여 약 OOO전환사채 인수를 통하여 약 OOO투자할 예정인데, 청구인은 현재로서는 OOO대한 투자자금 마련이 곤란하므로 금융기관으로부터 약 OOO차입일로부터 약 45일을 만기로 차입하는 대출계약을 체결하고, 귀사가 지급보증을 할 예정”이라고 되어 있는바, 이는 지급보증 관련 「증권거래법」상 제한 여부, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 제한여부, 기타 공시의무가 있는지를 검토하여 2008.1.14. OOO제출한 것으로서 OOO검토 의뢰한 시기는 동 검토서 제출일보다 훨씬 이전이므로 청구인이 OOO인수하는 신설법인에 보통주와 전환우선주를 취득함으로써 참여한 사실이 명백하게 드러난다. 4) 공동투자약정서 제3조(지분 참여의 대가) 제1항에도 “갑”OOO요청에 따라 “을”(청구인)은 2008년 1월 OOO증자에 참여하고 OOO대표이사로 재직하기로 하였다고 되어 있다. 5) OOO회장의 2016.10.15. 제7회 항소심 공판조서(녹취서 10면)에서 “문 : 투자약정서 작성 이전에 이미 구체적인 대가 지급에 관한 약속이 있었다고 보기에 충분한 데 맞나요? 답 : 12월말 1월 초순경에 다 정리되었을 것입니다. OOO대해서만 조금 늦게 되었고 나머지 기타 조건들은 전부 다 1월 초순, 12월말 낙찰되자마자부터 거의 일주일에 한번씩 만나 얘기를 해서 됐습니다.”라고 되어 있어 1월 초중순경 사전에 투자합의가 이루어진 것으로 나타난다. 6) OOO2008.1.22. 기사를 보면 “금융계에 따르면 OOO지급할 OOO인수대금 OOO가운데 OOO가량을 보통주 형태로 지분 투자할 예정이다.”라고 되어 있고, OOO2008.1.24. 기사(OOO기자)를 보면 “금융계에 따르면 OOO대표는 OOO이 OOO인수를 위해서 설립한 OOO발행할 우선주에 OOO투자할 예정이다”고 되어 있다. 7) 청구인의 자녀와 OOO2008.2.12. 체결한 주식매매계약서(쟁점주식) 제5조(매수인 확인 및 약정사항) 제1항에서 “매수인은 대상주식에 대하여 OOO인수자금을 조달하기 위하여 OOO체결한 대주단에 선순위 질권이, 전환사채인수에 후순위 질권이 설정된 계약사실 그대로 적용됨을 승인한다”는 사실에서도 OOO인수하는 공동 투자자이기 때문에 쟁점주식을 대주단과 OOO선순위 질권과 후순위 질권을 설정한 상태로 인수한 것을 알 수 있다. 8) 따라서 위 사실에 의해서도 청구인이 OOO를 공동 인수하기로 사전에 합의한 투자약정에 따라 OOO인수하는 OOO보통주(쟁점주식)와 우선주에 자본납입으로 참여하여 투자자의 지위에서 투자한 것이 명백하므로 청구인과 OOO간에 특수관계가 존재하지 아니한다. (나) 청구인은 OOO으로부터 단순히 주식매매계약에 의하여 쟁점주식을 취득한 것이 아니라, 그 실질이 사전에 합의한 투자약정에 따라 신설법인의 보통주로 자본 납입한 것이다. 1) 청구인이 자본 납입할 OOO자금마련은 OOO인수대금을 지불한 후에야 청구인의 OOO지분 배당금이 국내로 입금되기 때문에 OOO지급보증으로 청구인이 대출받아 먼저 납입하고, OOO배당금이 입금되면 즉시 상환한다는 방안이 OOO상무 2008.1.7. 메일에서도 확인되고, 법무법인 OOO검토에서도 OOO지급보증으로 청구인이 신설법인에 보통주와 우선주 증자에 참여한다는 사실이 입증된다. 2) 이러한 사전합의에 따라 OOO지급 보증하여 OOO청구인 명의 OOO명의 OOO대출받아 2008.1.25. 우선주 OOO증자에 참여하였고, 상장회사인 OOO“타인의 채무에 대한 지급보증”을 공시하였다. 그러나 보통주 OOO자금 마련은 OOO지급보증을 한다 해도 개인의 추가대출이 불가하였는바, 이러한 상황에서 청구인이 납입할 보통주 OOO자금마련 방안을 검토한 결과 OOO이 대출받아 청구인 몫 2008.1.24. 보통주(쟁점주식) OOO대신 납입하고, 쟁점주식을 담보로 OOO제공한 후, 청구인의 OOO지분 배당금이 2008.2.11. 국내입금된 다음날 2008.2.12. OOO에게 원금 OOO19일분 이자율 9%로 계산한 이자 OOO그리고 주식 매매형태로 인수하면서 OOO발생되는 증권거래세 OOO억원의 실비를 부담하여 주당 OOO산정하여 계약금, 중도금, 잔금 형태 없이 당일 OOO전액을 상환하고, 쟁점주식을 청구인 자녀 OOO명의로 180,000주, OOO명의로 20,000주를 매매형태를 빌어 쟁점주식을 찾아온 것인바, 청구인이 당초 투자약정에 따라 신설법인의 2008.1.24. 쟁점주식의 가액에 해당하는 OOO자본을 납입한 것으로 봄이 자연스러우며, 이로 인하여 OOO투자약정을 이행한 것으로 보아야 한다. 3) OOO상무가 보낸 메일에서도 “원금 OOO에 대하여 보통주 증자 납입일 2008.1.24.부터 상환일 2008.2.12.까지의 19일분 이자가 OOO으로 계산한 것으로 나타나므로 증권거래세 OOO억원을 합하여 쟁점주식의 매매금액을 OOO으로 확정한 것이다. 4) 청구인은 위와 같은 쟁점주식 인수 및 거래대금의 지급을 확실히 이행하기 위하여 OOO로부터 배당금 입금시 곧바로 OOO에 송금되도록 계좌통제 규정을 둔 점, 쟁점주식을 취득할 당시 OOO작성한 매매계약서에 따르면 OOO동일하게 공동투자자로서 대주단에 담보제공된 쟁점주식의 질권 설정과 관련한 내용을 그대로 승계하였고 OOO동의없이 쟁점주식을 제3자에게 양도하거나 담보제공할 수 없도록 제한한 점 등에 비추어 보더라도 청구인은 OOO특수관계 성립 전 공동투자약정에 따른 쟁점주식 인수조건, 인수방식 및 인수가액 등을 정하였고, 쟁점주식에 대한 매매계약은 청구인이 돈을 마련한 후 2008.1.24.부터 2008.2.12.까지 주식인수자금을 빌려준 OOO측에 차입금을 상환하고 쟁점주식을 받아오는 형식에 불과한 것이다. 5) 처분청은 쟁점주식에 대한 증여세 부과처분에 대하여 동일한 내용의 선행 불복사건(2010.12.30. 취득한 쟁점추가주식에 대한 불복)이 최종적으로 대법원에서 기각되어 청구인 패소로 확정(대법원 2018두63105, 2019.3.14.)되었다는 의견이나, 아래와 [표2]와 같이 사실관계가 전혀 다른 내용이고, 청구주장도 다른데 동일한 내용이라고 보는 것은 부당하다. [표2] 처분청이 상증세법 제41조의3 의 상장에 따른 이익을 증여로 과세한 것은 2008.1.30.자로 OOO인수하여 OOO기업집단 소속기업으로 편입하고 청구인이 OOO대표이사로 재직하고 있어 특수관계가 성립한다는 전제하에 이루어진 것이나, 쟁점주식의 취득은 비록 외형상 주식매매 행태이지만 실질적으로 특수관계 성립 전 신설법인의 자본에 납입한 것이므로 특수관계인으로부터 취득이라는 과세요건을 충족하지 못한다. 반면에 2010.12.30. 청구인이 취득한 쟁점추가주식은 OOO기업집단 소속기업으로 OOO2008.1.30.자로 편입되었고, 청구인이 2012.4.25.까지 OOO대표이사 재직하고 있어 OOO청구인은 2008.1.30. 특수관계가 성립한 후인 2010.12.30. 선행불복사건인 쟁점추가주식을 취득한 것이므로 쟁점주식 취득과는 그 특수관계 성립여부가 확연히 다르다. 6) 또한, 쟁점주식의 1주당 인수가액은 OOO이지만 선행불복사건의 주식의 1주당 인수가액은 OOO(액면분할)인바, 쟁점주식은 OOO2008.1.24. 보통주 증자로 증가된 주식으로 2008.2.12. 쟁점주식인 보통주를 매매하면서 19일된 주식이고 기업가치가 상승하거나 수급논리에서 매수가 많았다든지 어떠한 변화가 없었음에도 오히려 쟁점주식 보통주 1주당 인수가액이 OOO높은 것은 2008.1.24. 보통주 OOO자본납입하면서 OOO은행에서 대출받아 청구인 몫에 납입하고 그 보통주 200,000주는 담보제공한 것이며, 청구인의 OOO지분 배당금이 국내에 입금되자 바로 그 다음날 OOO상환하면서 이자와 증권거래세를 부담하고 명의를 환원하였기 때문이다. 따라서 쟁점주식 취득은 특수관계가 성립하기 전인 2008.1.24. OOO보통주 자본납입 거래이고, 쟁점추가주식은 특수관계가 성립한 후의 거래이므로 이들 주식을 같은 내용의 거래로 보아 선결정 판례를 적용할 수 없다. (다) 청구인이 취득한 OOO쟁점주식은 피합병법인으로 소멸되어 소각되었고, 상장된 주식은 합병법인인 OOO신주로 상증세법 제41조의3 에서 규정한 “당해 주식”이 아니므로 상증세법 제41조의3 에 의하여 증여세를 과세함은 부당하다. 1) OOO2008.6.2. OOO흡수합병(합병주식 교부비율 1:1)함에 따라 OOO소멸하고 주식은 소각되면서 OOO합병에 따라 보통주 신주 1,039,800주와 상환전환우선주 신주로 180,000주를 발행 교부하였다. 이 중 청구인은 OOO합병구주(보통주 200,000주, 상환전환우선주 180,000주) 대신 OOO합병신주 380,000주를 교부받았다. 합병 후 OOO2008.6.9. 합병에 따라 OOO로부터 취득한 자기주식 2,729,426주를 감자하였고, 2011.6.29. OOO주식은 OOO상장되었다. 2) 상증세법 제41조의3 은 최대주주등과 특수관계에 있는 자가 최대주주 등으로부터 당해 법인의 주식 또는 출자지분 (“주식 등”)을 증여받거나 유상으로 취득한 경우에는 증여받거나 취득한 날, 증여받은 재산으로 대주주등 외의 자로부터 당해 법인의 주식 등을 취득한 경우에는 취득한 날부터 5년 이내에 당해 주식 등이 「증권거래법」에 따라 OOO상장됨에 따라 그 가액이 증가된 경우로서 “당해 주식” 등을 증여받거나 유상으로 취득한 자가 당초 증여세과세가액 또는 취득가액을 초과하여 이익을 얻은 때에 당해 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 산정하여 과세하고 있다. 이 건의 경우 청구인은 OOO최대주주인 OOO보유하고 있던 OOO주식을 취득한 것이고, OOO100%를 매수한 후 OOO합병하여 OOO피합병 법인으로 소멸됨으로써 청구인이 취득한 쟁점주식은 소각되었고, OOO합병으로 교부한 신주 즉 OOO주식이 상장된 것이므로 구 상증세법 제41조의3 규정에서 “당해 주식”이 상장된 것이 아니어서 청구인이 취득한 쟁점주식은 과세대상이 아니다. 3) 합병법인과 피합병법인은 법적 실체와 경제적 실체를 달리하고 있을 뿐더러 세법 어디에도 실체가 다른 합병법인과 피합병법인이 각 발행한 주식을 실체적 구분 없이 동일한 주식으로 보도록 규정하고 있지 않으며, 대법원 2017.9.21 선고 2017두35691 판결에서는 “법 제41조의3 제1항 및 제6항이 ‘최대주주 등과 특수관계에 있는 자가 최대주주 등으로부터 해당 법인의 신주를 포함한 주식을 증여받거나 유상으로 취득한 경우’만을 적용대상으로 정하고 있는 것은 최대주주 등의 특수관계자가 주식을 증여받거나 취득하고 이후 상장 등에 따른 이익을 얻는 거래의 유형 중 위와 같이 특정한 유형의 거래ㆍ행위만을 증여세 과세대상으로 제한적으로 규정함으로써 증여세 과세의 범위와 한계를 설정한 것으로 볼 수 있다.” 라고 판시하고 있는바, 상증세법 제41조의3 의 해석은 납세자의 법적안정성과 예측가능성을 보장하는 범위 내에서 제한적으로 해석해야 할 것으로 이 건 “당해 주식” 의미도 최대주주등으로부터 증여받거나 유상으로 취득한 바로 그 주식(합병구주)로 해석하여 그 주식이 상장됨에 따라 그 주식의 증여가액 또는 취득가액을 초과하는 기준금액 이상의 이익을 증여가액으로 하는 것이고, “당해 주식” 등의 의미를 합병법인의 신주까지 포함하는 것은 확장해석 또는 유추해석에 해당한다. 4) 상증세법 제41조의5 (합병에 따른 상장 등 이익의 증여)은 최대주주와 특수관계에 있는 자가 최대주주로부터 주식을 증여받거나 취득한 후 그 주식 등을 발행한 법인이 5년 이내에 상장법인과 합병되는 경우 초과이익에 대해 증여세를 부과하는 규정으로, 이 건의 사실관계와 유사하나 상장법인과 바로 합병되는 경우를 과세요건으로 하고 있고, 이 건과 같이 비상장법인과 합병된 후 비상장법인이 상장되는 경우에도 과세할 것을 요건으로 삼고 있지 않다. 상증세법 제41조의5 의 규정은 상증세법 제41조의3 의 규정을 피해 정상적인 합병을 가장한 재벌 2세 등의 변칙상속을 방지하기 위하여 2002.12.18. 신설된 규정인바, 상증세법 제41조의3 과 유사한 변칙적인 증여를 방지하기 위해 상증세법 제41조의5 규정을 신설하였다는 것은 상증세법 41조의3을 임의로 확장해석하거나 유추해석하지 말아야 할 것을 의미하는 것이고, 상증세법 제41조의3 을 임의로 확장해석하거나 유추해석하여 유사한 사례에 대해 과세할 수 있었다면 굳이 상증세법 제41조의5 규정을 신설할 필요가 없었을 것이며, 이 건의 사실관계가 상증세법 제41조의5 규정보다 오히려 상증세법 제41조의3 에 유사하다는 점을 보면 더욱 상증세법 제41조의3 을 확장해석하거나 유추해석하지 말아야 함을 알 수 있다. (2) 조사청의 쟁점세무조사는 아래 [표3]과 같이 처분청이 실시한 2차세무조사와 조사대상, 조사세목, 과세대상 물건, 조사대상연도, 증여시기가 동일한 중복조사에 해당한다. [표3] 쟁점주식 취득과 관련한 증여세 조사내역 (가) 처분청은 증여세의 경우 기간과세가 아니므로 중복세무조사 여부를 ‘동일한 과세단위(증여자, 조사대상 행위, 주납세자, 과세의 근거법규)’를 기준으로 판단하여야 하는데, 1차 세무조사의 범위는 청구인이 증여자인 현금증여 또는 명의신탁에 따른 증여행위에 한정되었고 쟁점세무조사의 범위는 OOO증여자인 상장에 따른 이익 증여행위로 증여자, 조사대상 행위, 과세의 근거법규가 일치하지 아니하므로 중복세무조사가 아니라는 의견이나, 「국세기본법」제81조의4 제2항은 예외적인 사유에 해당하지 않는 한 “같은 세목 및 같은 과세기간”에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있고 증여세의 중복세무조사에 관하여 별도의 규정을 두고 있지 아니한 바, 법에 규정되지 아니한 요건까지 처분청이 임의로 부가함으로써 금지되는 중복세무조사의 범위를 임의로 해석하는 것은 타당하지 아니하다. (나) 조사청에서 실시한 쟁점세무조사(2016.8.23.∼2018.4.25, 중지기간 포함)와 처분청에서 실시한 2차 세무조사(2012.3.30.∼2012.5.23.)는 모두 2008.2.12.에 취득한 동일한 쟁점주식 취득거래에 대해 실시한 세무조사로, 조사대상자(청구인), 조사세목(증여세), 과세대상물건(쟁점주식), 조사대상연도(2008년 2월), 증여시기 (2008.2.12.) 등 모든 조사대상 범위가 동일하다. 쟁점주식에 대한 처분청의 2차 세무조사에서는 청구인이 자녀 명의로 차명 취득한 것으로 보아 명의수탁자인 자녀에게 “명의신탁증여세”를 과세한 후, 조세심판원 불복진행 중에 주위적 처분을 “현금 증여”로, 예비적 처분을 “명의신탁 증여”로 변경하였으나, 2014.3.12. 조세심판에서 명의신탁은 조세회피목적이 없고, 현금증여 부분은 불분명하므로 재조사 결정되어 2014.6.25. 현금증여로 재경정·고지하였으나, 2018.4.25. 대법원에서 현금증여도 혐의가 없는 것으로 국가 패소 판결하였다. 조사청은 쟁점주식에 대해 또다시 조사하여 청구인이 특수관계가 성립하는 OOO으로부터 쟁점주식을 취득한 것으로 보아 “상장에 따른 이익의 증여로 과세하였는바, 처분청의 2차 세무조사는 쟁점주식이 2011.6.29. 상장되어 “상장에 따른 이익의 증여”의 납세의무가 성립된 이후인 2012.3.30. 착수하였을 뿐만 아니라, 동일한 조사대상범위에 대해 조사하고 있었기 때문에 추가적인 조사대상범위 확대 내지 조사대상자 선정 없이도 청구인의 “상장에 따른 이익의 증여” 혐의에 대해 충분히 과세권을 행사할 수 있는 상황이었다. 그러나. 처분청은 2차 세무조사 당시에는 이러한 사실을 전혀 인지하지 못하고 있다가 2016.8.23.이 되어서야 2차 세무조사 때 과세권을 행사하지 아니하였던 “상장에 따른 이익의 증여”를 조사하기 위해 동일한 쟁점주식 취득거래에 대해 2차 세무조사 때와 동일한 조사대상범위로 다시 쟁점세무조사에 착수한 것이므로 이는 명백한 중복조사이다. (다) 2차 세무조사와 쟁점세무조사의 중복조사 여부를 비교하면 아래 [표4]와 같다. [표4] 2차 세무조사와 쟁점세무조사 비교 위와 같이 쟁점세무조사와 2차 세무조사는 모두 쟁점주식을 2008.2.12. 취득한 거래에 대해 실시한 세무조사로, 조사대상자(청구인), 조사세목(증여세), 과세대상물건(쟁점주식), 조사대상연도(2008년 2월), 증여시기(2008.2.12.) 등 모든 조사대상범위가 동일할 뿐만 아니라, 당초 주식매매계약서 상 청구인의 자녀가 취득한 것으로 되어 있던 쟁점주식을 “청구인이 취득한 것으로 확정”하여 과세요건까지 동일한 중복된 세무조사이다. (라) 대법원 판례 역시 “세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다. 같은 취지에서 「국세기본법」은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 하며, 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 한다(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결, 대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결)”고 하여 중복세무조사금지의 원칙은 법에 규정된 범위 내에서 엄격해석할 것을 요구하고 있다. 서울행정법원 2017.8.18. 선고 2016구합72068 판결은 금지되는 중복세무조사에 해당하려면 후행의 세무조사와 선행의 세무조사와 납세의무자, 세목 및 과세기간 등으로 특정되는 과세단위가 같아야 하고, 증여세는 개별 증여대상마다 각각 과세단위를 달리한다고 판시하고 있는데, 2012년 2차 세무조사 당시 처분청에서 청구인의 2008.2.12.자 쟁점주식 취득과 관련한 증여세 조사를 실시하면서 2008년 쟁점주식 취득에서 2011년 상장에 이르기까지 일련의 과정에 대하여 전부 조사한 후 주위적으로 명의신탁 증여의제를 근거로 증여세 과세처분 및 예비적으로 주식취득자금 증여를 근거로 증여세 과세처분을 하였음에도 이후 쟁점주식 취득과 관련하여 상장이익 과세를 위해 재차 쟁점세무조사를 한 것인바, 2차 세무조사와 쟁점세무조사는 조사대상자(청구인), 조사세목(증여세), 과세대상물건(쟁점주식), 증여시점(2008.2.12.) 등 과세단위가 동일한 것이므로 이를 대상으로 2차 세무조사를 한 이상 또 다시 쟁점세무조사를 하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2017.12.13. 선고 2015두3805 판결 참조). (마) 처분청은 쟁점세무조사의 경우 2011년(정산기준일) 상장차익 발생이라는 과세요건이 추가된 것이므로 세무조사 대상이 동일하지 않다는 의견이나, 상장차익에 관한 증여세 과세시 증여시점은 2008.2.12.이고 상장시점인 2011.6.29.은 정산기준일에 불과할 뿐이므로 정산기준일이 다르다는 이유로 과세단위가 다르다고 봄은 부당하다. (바) 처분청은 증여자 및 증여의 태양, 주납세자, 과세의 근거법규가 다르면 중복세무조사에 해당하지 않는데 이 건에서 2차 세무조사는 증여자가 청구인인 ‘현금증여 또는 명의신탁에 따른 증여행위’이고 쟁점세무조사는 증여자가 OOO‘상장에 다른 이익의 증여행위’로 다르다는 의견이나, 처분청 의견에 따르더라도 2차 세무조사와 쟁점세무조사는 세무조사의 대상이 차이나는 것이 아니라, 동일한 세무조사 대상에 대한 법적 평가(과세처분의 근거)가 차이날 뿐이다. 즉, 위 두 세무조사는 모두 청구인이 2008.2.12. 취득한 쟁점주식과 관련한 증여세 조사를 한 것으로, 2차 세무조사 당시 상증세법 제45조의2 규정에 근거한 명의신탁 증여세뿐만 아니라 상증세법 제41조의3 규정에 근거한 상장차익 증여세 과세를 할 수 있었음에도 불구하고 처분청은 과세처분의 근거를 상증세법 제45조의2 “명의신탁”만 증여세로 과세하였던 것이다. 세무조사의 대상이 동일함에도 법적 평가(과세처분의 근거)를 달리한다는 이유로 또 다시 동일한 대상에 대하여 세무조사를 허용하게 되면 그야말로 중복세무조사 금지 규정이 무색하게 되는 결과를 초래한다. (사) 처분청은 2차 세무조사는 검찰이 고발 요청한 “주식명의신탁 혐의” 부분에 한정된 부분조사를 행하였고 이를 청구인에게 통지하였는바, 이러한 부분조사에 대하여는 중복세무조사 금지 규정이 적용되지 않는다는 의견이나, 판례에 따르면 특정 과세기간과 세목에 관한 세무조사를 실시하면서 다른 과세기간과 세목에 대하여도 실제 과세가 가능할 정도로 세무조사를 하였음에도 그 기간과 세목이 세무조사 통지대상에 포함되지 않았다는 이유로 또 세무조사가 가능하다면 세무조사 기간과 범위를 미리 정하여 하도록 한 「국세기본법」의 규정 또는 중복세무조사를 원칙적으로 금지하고 있는 「국세기본법」의 취지에 반하여 허용되지 아니하는 것인바(서울행정법원 2017.2.14. 선고 2016구합55704 판결 등), 처분청이 1차 세무조사 당시에도 이미 청구인의 2008.2.12.자 쟁점주식 취득에 관한 증여세 세무조사를 하였고, 당시 상장차익에 관한 증여세 과세권 행사가 가능한 상황이었음에도 이를 행하지 않은 후 이전의 세무조사가 부분조사라는 이유로 또 다시 세무조사를 하는 것은 중복세무조사를 금지하고 있는 「국세기본법」의 취지에 정면으로 배치되어 위법하다. 또한 대법원은 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 「국세기본법」에서 금지되는 중복세무조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사 내용이 중첩되지 않았다고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시하고 있는바(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결), 이러한 점에 비추어 보더라도 2차 세무조사가 부분조사라는 이유로 중복세무조사가 허용되는 것은 아니다. 다만, 중복세무조사의 경우에도 예외적으로 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 재조사가 가능하나, ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 하며(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결, 대법원 2010.12.23. 선고 2008두10461 판결 참조), 이러한 자료에는 종전세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 아니한다(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결). 그런데, 청구인이 OOO으로부터 쟁점주식을 취득하였다는 사실은 이미 2차 세무조사 당시부터 조사된 자료이고, 이에 근거하여 처분청은 청구인에게 상증세법 제45조의2 및 제2조에 근거한 증여세까지 부과하였는바, 2차 세무조사 당시에도 쟁점주식에 관한 증여세 조사 및 과세를 하는 것이 무리였다고 볼 만한 사정이 없고 그 후 특별한 자료가 보강되었다고 보기 어렵다. 따라서 쟁점세무조사는 조세탈루 사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료가 확보된 경우로서 중복세무조사의 예외사유에 해당되지도 않는다. 나. 처분청 의견 (1) 상증세법 제41조의3 규정은 ① 최대주주 등의 특수관계인이 최대주주 등으로부터 주식을 증여받거나 유상으로 취득할 것 또는 최대주주 등으로부터 증여받은 재산으로 최대주주 등이 아닌 자로부터 주식을 취득할 것, ② 증여 또는 취득일로부터 5년 이내에 그 주식이 OOO상장될 것, ③ 정산기준일 현재 주식의 상장에 따른 이익이 증여·취득 당시의 증여세 과세가액·취득가액의 30% 이상이거나 OOO억원 이상일 것을 주식 상장에 따른 이익에 대한 증여세의 과세요건으로 하고 있다. 이 때 ‘기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 최대주주 또는 최대출자자’와 ‘재정경제부령이 정하는 기업집단소속의 다른 기업’이거나 ‘그 기업의 임원’의 관계에 있는 자는 주식 상장 이익에 관해 증여세과 과세되는 특수관계인에 해당한다( 상증세법 제41조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제31조의6 제1항, 제19조 제2항 제3호). 이 건의 경우 ①OOO대표회사로서 공정거래위원회가 공시한 2010년 사업연도말 기준 「기업집단 일반현황」에 따르면 2008.1.30. OOO동 기업집단에 편입된 사실이 확인되므로, OOO집단소속의 다른 기업에 해당되고, 청구인은 2000.11.30.부터 OOO대표이사로 재직해온 자로서 다른 기업의 임원이므로 2008.1.30. 이미 OOO청구인은 특수관계인에 해당하며, ② 쟁점주식은 OOO흡수합병을 통해 OOO주식으로 전환되었고 OOO2011.6.2. 상장되었으므로 쟁점주식 취득일로부터 5년 내 상장된 사실 역시 확인되며 ③ 상장에 따른 청구인의 이익은 OOO이르는바, 상증세법 제41조의3 의 과세요건을 모두 충족하므로 이 건 증여세 과세는 정당하다. (가) 청구인은 ‘특수관계 해당여부는 주식 취득일이 아닌 매매계약 체결일을 기준으로 하여야 하고, 이 건의 경우 특수관계 성립(2008.1.30.) 전 공동투자약정(2008. 1월 초)이 이루어진 바, 상증법 제41조의3 과세요건 중 ‘특수관계’의 요건을 충족하지 아니한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. 1) 청구인과 OOO특수관계에 해당하는지의 판단 시점은 법문에 따라 쟁점주식 ‘취득시’로 보아야 한다 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 한다는 ‘조세법률주의’의 원칙을 고려할 때 특수관계의 판단기준시점 역시 해당 법문에 근거하여 결정되어야 하는바, 상증법 제41조의3 을 살펴보면 “최대주주 등의 특수관계인이 최대주주 등으로부터 주식을 증여받거나 유상으로 취득”할 것을 과세 요건으로 하고 있으므로 증여세 과세를 위하여는 주식 등을 취득할 당시 특수관계인에 해당할 것이 요구된다. 특수관계 여부가 과세요건인 유사 규정들에 관하여 다수의 판례 역시 해당 법문에 따라 기준 시점을 판단하고 있는데 구체적으로 ① 「법인세법」제52조 제1항의 경우 특수관계 판단시점을 ‘거래일’인 ‘계약체결일’로 보고 있으며(대전고등법원 1998.12.18 선고 96구2680 판결, 대법원 2001.6.15 선고 대법원 99두1731 판결 등 참조), ② 상증법 제35조 제1항 적용의 경우 특수관계 판단시점을 동법 시행령 제26조 에 따라 ‘양도 및 양수 시점’인 ‘잔금청산시’로 보고 있다(2012.2.2. 선고 수원지방법원 2011구합694 판결, 2011.6. 29. 선고 서울고등법원 2010누40030 판결, 국세청 서면인터넷방문상담4팀-1267, 2007.4.19. 등). 청구인의 쟁점추가주식 취득에 대한 상장이익의 증여세 과세와 관련하여, 서울행정법원 2018.1.25. 선고 2017구합62976 판결(이하 “동일쟁점 1심판결”이라 한다)에서 ‘법령에 특별한 규정이 없는 한 특수관계가 존재하는지 여부는 과세요건이 되는 납세의무자의 행위가 완료된 때를 기준으로 판단하여야 할 것인데, 이 사건 규정은 비상장주식의 증여 또는 취득시 평가를 유보하였던 상장차익을 실제로 상장되어 그 평가가 정확해진 때에 이를 산정하여 과세하는 것으로, 원고들이 이 사건 주식을 취득하여 OOO주주가 된 때에 위 규정의 과세요건이 되는 행위가 완료되었다고 할 것이므로, 특수관계가 존재하는지 여부도 원고가 이 사건 주식을 취득한 날을 기준으로 판단하여야 한다’고 판시한 바 있다. 결국 특수관계인 판단 기준 시점은 법문 및 위 판결 취지에 따라 ‘취득한 날’이 되어야 하고, 이 때 ‘취득한 날’이란 ‘양도 또는 취득의 시기’를 규정한 「소득세법」제98조 및 동법 시행령 제162조 에 따라 ‘대금을 청산한 날’ 또는 ‘등기·등록접수일 또는 명의개서일’로 보아야 할 것이다. 따라서 ‘공동투자약정’이 특수관계 성립 이전에 존재하였는지 여부는 과세요건 성립여부에 영향을 주지 않는 것으로 보인다. 2) 청구인과 OOO사이의 공동투자약정이 특수관계 성립일 이전인 2008.1.24. 이루어진 것인지에 관한 객관적인 입증이 부족하다. 청구인은 OOO관련 형사사건 심문조서에서 ‘2008년 1월 초중순경 공동투자약정이 완료되었다’고 진술한 내용, 2008.1.22. 게재된 인터넷 언론기사에서 ‘OOO인수금융 가운데 OOO대표가 OOO가량 지분투자 한다’고 언급된 내용 등 간접자료를 바탕으로 공동투자약정이 2008.1.24. 존재하였다고 주장하고 있다. 그러나 위와 같은 근거는 공동투자약정이라는 매매계약의 체결이 언제 이루어졌는지에 관한 간접적 증빙에 불과할 뿐 직접적 증빙이 될 수 없다. 오히려 ① 공동투자약정 계약서에 작성일자가 ‘2008. 2.’로 기재되어 있는 점, ② 동일쟁점 1심 판결에서도 다툼 없는 인정사실로서 ‘OOO2008년 2월 OOO위 자본금 OOO6:4의 비율로 공동투자하기로 하는 약정을 체결’하였다고 설시한 점 등을 고려하면 공동투자약정은 2008년 2월 존재하였던 것으로 보아야 할 것이며, 당시 청구인과 OOO특수관계에 있었음은 앞서 본 바와 같다. 3) 이러한 사정을 바탕으로, 청구주장과 내용상 동일한 주장이 선행 불복사건(2010.12.30. 취득한 쟁점추가주식에 대한 불복)에서 모두 배척된 바 있다[1심 청구기각, 2심 항소기각, 3심 심리불속행으로 상고기각되어 청구인 패소 확정(대법원 2019.3.14. 선고 2018두63105 판결)]. (나) 청구인은 OOO으로부터 취득한 쟁점주식이 OOO주식이므로, OOO주식 상장에 대해 상증세법 제41조의3 을 적용할 수 없다고 주장한다. 그러나 대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330 판결에서 ‘피합병회사의 주주가 회사 합병으로 피합병회사의 주식(합병구주)에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식(합병신주)을 취득하는 경우에, 그러한 합병구주와 합병신주의 교체는 주주 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하고 합병신주를 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 주주가 보유하던 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 것에 불과’하다고 판시하고 있는바, 합병신주와 합병구주는 별개의 법률행위가 개입되지 않는 한 그 성질에 있어 동일성이 유지되는 것으로 합병신주는 합병구주의 변형물 내지 대체물에 불과한 것이다. 또한 동일한 취지에서 국세청도 ‘합병전 피합병법인의 최대주주 등과 특수관계 있는 자가 피합병법인의 최대주주 등으로부터 취득하거나 증여받은 주식에 대한 합병대가로 교부받은 주식이 취득일로부터 5년 이내에 OOO상장된 경우에는 같은 법 제41조의3이 적용된다’고 해석하고 있다(국세청 과세기준자문 법규과-984, 2010.6.14.). 위의 대법원 판례 및 국세청 해석사례에 비추어 볼 때, 이 건의 경우 합병신주인 OOO주식의 상장은 당초 납세자가 특수관계자로부터 취득한 쟁점주식OOO이 상장된 것과 그 실질이 동일하므로 상증세법 제41조의3 규정의 적용 대상이다. (2) 청구인은 조사청의 쟁점세무조사가 조사청의 2차 세무조사와 ‘동일한 조사대상범위’에 대한 세무조사를 실시한 것으로 「국세기본법」제81조의4 제2항에서 금지하고 있는 세무조사권 남용 금지 원칙을 위반하였다고 주장한다. (가) 그러나, 「국세기본법」제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”라고 규정하고 있다. 이에 따라 판례 역시 중복세무조사의 판단기준을 ‘같은 세목 및 같은 과세시간’으로 설정하고 있는바, 증여세와 같이 기간과세를 하지 않는 세목에 있어서는 이 기준과 동일한 기준을 설정할 수 없고, 이러한 세목에 있어서는 중복조사의 여부를 ‘동일한 과세단위’를 기준으로 하여 판단하여야 할 것이다. 즉 세무조사권 남용 금지원칙을 규정하고 있는 「국세기본법」제81조의4 제2항은 같은 세목과 같은 과세기간을 동시에 적용할 수 있는 부가가치세, 소득세, 법인세 등 과세기간의 개념을 도입할 수 있는 세목에 한정되어 적용할 수 있는 것이다. 판례에 따르면 증여세의 경우 각 증여자별로 과세단위가 성립(대법원 2006.4.27. 선고 2005두17058 판결 참조)하고, ‘명의신탁 증여의제’와 ‘주식 상장에 따른 이익의 증여’가 증여자, 증여의 태양 및 주납세자, 과세의 근거법규에서 본질적 차이가 있다는 점 등을 종합하면 결국 별개의 증여행위를 대상으로 한 2차 세무조사와 쟁점세무조사는 동일한 세무조사로 볼 수 없고, 쟁점세무조사는 위법한 중복조사에 해당하지 아니한다. (나) 처분청은 2차 세무조사 당시 대검찰청의「조세포탈 혐의사실 통보 및 고발의뢰」 및 조사청의「외부기관 고발요청 자료처리 지시」에 따라 청구인의 자녀인 OOO주 조사대상자(수증자)로, 청구인을 종 조사대상자(증여자)로 하여 증여세 부분조사를 선정한 바 있다. 이에 따라 처분청은 청구인에게 세무조사 사전통지를 하면서 ‘조사 사유’ 란에 “주식명의신탁 혐의 등(검찰 고발요청 관련 부분에 한함)”이라고 기재하였으며, 세무조사 결과통지서 ‘조사내용’란에도 “2008~2010년 귀속 증여세 부분조사(검찰 고발요청 관련 부분에 한정)”으로 기재하여 통지하였다. 즉, 2차 세무조사의 조사대상 범위는 2008~2010년 사이에 청구인이 자녀에게 현금증여 또는 주식의 명의신탁 여부 및 이를 확인하기 위한 것으로, 주 조사대상자는 수증자인 자녀인 반면, 쟁점세무조사는 청구인이 2008년 쟁점주식 취득 이후 2011년 6월 당해 주식이 상장됨에 따라 상장차익이 발생한데 따른 ‘주식 또는 출자지분의 상장 등에 따른 이익의 증여’로, 수증자로서 청구인을 주 조사대상자로 선정한 것이다. 요약하면, 2차 세무조사의 조사 범위는 ‘현금증여 또는 명의신탁에 따른 증여행위’에 한정되었으며 ‘증여자’를 청구인으로 한 것인 반면 쟁점세무조사의 조사 범위는 ‘상장에 따른 이익 증여 행위’에 대한 것으로 ‘증여자’는 청구인의 특수관계자인 OOO두 조사 간 조사대상 행위 및 증여자가 전혀 일치하지 아니하며. 과세근거인 적용 법규 역시 2차 세무조사의 경우 상증세법 제45조의2 이나 쟁점세무조사의 경우 상증세법 제41조의3 으로 전혀 다르다. 결국 2차 세무조사와 쟁점세무조사는 조사대상행위와 대상자, 근거법규가 전혀 다른 조사로 중복조사가 아님이 명백하다. 특히, 2차 세무조사는 ‘검찰 고발요청 관련 부분에 한정’된다는 문구를 부기한 ‘부분조사’에 해당하는바, 이와 같은 부분조사에 대하여도 예외 없이 중복세무조사로서 금지된다고 한다면 오히려 과세관청으로 하여금 당초부터 보다 넓은 범위의 ‘전부조사’를 강제하게 되는 결과가 되어 오히려 납세자의 부담이 증가할 수 있다는 점도 고려되어야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구인이 쟁점주식을 법인 설립단계에서 대주주와 특수관계 성립 전 투자약정에 따라 자본의 납입으로 취득하였다거나 청구인이 취득한 쟁점주식(합병구주)이 아닌 합병신주가 상장되었으므로 상증세법 제41조의3 의 주식 등의 상장차익에 대한 증여이익으로 과세할 수 없다는 청구주장의 당부 ② 쟁점세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인의 쟁점주식 취득과 관련한 사실관계를 그림과 표로 요약하면 아래 [그림2], [표5]와 같다. [그림2] [표5] (가) OOO최상위 지배주주인 OOO통하여 지배하고 있었던 법인이고, 청구인은 2000.11.30.부터 2012.4.25.까지 OOO대표이사로 재직하면서 OOO지분 13.5%를 보유하였다. (나) OOO2007.12.9.OOO지분 100%를 OOO인수하는 계약을 체결하고, 2007.12.18. OOO인수하기 위한 특수목적법인으로서 OOO설립하였으며, OOO으로부터 OOO주식 매수인 지위를 양수받은 OOO2008.1.30. OOO인수하였고, 동 인수대금은 OOO등 대주단으로부터의 대출금 OOO발행한 전환사채 OOO의 자본금 OOO으로 마련하였다. (다) OOO조달하기 위해 OOO설립자이면서 인수당시 대표이사이던 청구인이 OOO로부터 투자이익금을 받는다는 사실을 알고, 청구인에게 60:40의 비율로 지분투자를 제안하여 공통투자를 합의하였다(청구인들은 2008년 1월에 투자약정에 대하여 합의하였다고 주장한다). 다만, 청구인은 OOO매각대금이 국내로 송금된 이후에야 자신의 약정비율인 40%에 해당하는 자본금 OOO투자할 수 있었기 때문에 우선 OOO투자하고, OOO나머지 OOO투자한 다음, 청구인이 OOO매각자금을 수령하면 그 대금으로 OOO주식을 매수하는 방법으로 지분투자하기로 하였다. (라) 청구인은 2008.1.25. OOO상환전환우선주 180,000주, 유상증자 OOO참여하여 이를 취득하였으며, 2008.2.12. OOO으로부터 쟁점주식(200,000주)을 OOO천만원에 취득하였다. 청구인은 OOO으로부터 쟁점주식을 취득하는 과정에서 자녀명의로 취득 후 3개월이 지난 2008.5.30.에 마치 3개월 이전에 자녀가 청구인에게 쟁점주식을 돌려준 것처럼 가장하여 명의신탁해지서를 소급작성하여 공시한 것이 검찰청에 포착되어 고발의뢰 및 2차 세무조사가 시작되었다(검찰이 서울중앙지법에 제출한 공소장 사건번호 2012 형제17815, 26092, 31425, 31426, 31959호 참조). (마) OOO2008.6.2. OOO흡수합병하면서 2008.6.9. 구 OOO주식(2,729,426주)을 소각.감자하였고, 청구인은 쟁점주식 대신 OOO 주식을 교부받았으며, 2011.6.29. OOO주식이 OOO상장되었다. (2) 쟁점주식에 대한 2차 세무조사 결과에 따라 OOO제기한 심판청구(조심 2013서0765, 2014.3.12.) 결정내용 요약하면 아래와 같다. (3) 처분청은 이에 대한 재조사를 실시하여 명의신탁 처분취소하고 현금증여로 세액은 동일하게 재처분하였으며, 대법원 2018.4.24. 선고 2016두45387 판결에서 국패하였다.

(4) 청구인에게 실시한 2008년 귀속 증여세 조사 중 쟁점주식 취득에 따른 상장이익 과세요건을 검토하면 아래 [표6]과 같다. [표6] (4) 이의신청시 심리담당자가 2차 세무조사 담당자(OOO조사관)에게 유선으로 조사선정사유, 진행과정 및 상장에 따른 이익 증여혐의 검토여부를 문의한 바, 당시 대검찰청에서 청구인과 자녀에 대하여 명의신탁 혐의로 조세포탈 고발요청하여 검찰에서 이미 조사한 자료를 가지고 고발조치만 하였고, 조사청 공문에도 검찰요청 관련부분에 한정하여 실시하도록 지시하여 다른 항목은 전혀 검토한 적이 없다고 답변하였다. (5) 청구인이 제출한 서류 등은 다음과 같다. (가) 청구인과 OOO사이의 투자약정서 (나) 청구인과 OOO사이의 쟁점주식 매매계약서 (다) 청구인은 OOO법인등기부 등본 등을 제시하면서, OOO으로부터 취득한 쟁점주식은 합병구주로서 아래와 같이 합병으로 구 OOO주식(자기주식 2,729,426주)은 무상소각.감자되었고, 새로운 OOO주식(합병신주)으로 대체.교부되어 상장되었는바, 합병법인과 피합병법인은 법적실체와 경제적 실체를 달리하고 있을뿐더러, 세법 어느 규정에도 실체가 다른 합병법인과 피합병법인이 각 발행한 주식을 실체적 구분 없이 동일한 주식으로 보도록 규정하고 있지 아니하므로 상증세법 제41조의3 에서 규정한 “당해 주식”이 상장된 것이 아니라고 주장한다. ＜피합병법인 OOO합병법인 OOO합병교부비율(1 : 1)＞ (6) 처분청의 2차 세무조사 및 조사청의 쟁점세무조사와 관련한 세무조사 통지 등의 내용은 다음과 같다 (가) 처분청은 2012.3.28. 조사청(조사4국)의 대검찰청 고발요청 조사지시(공문)에 의하여 2012.3.30. 2차 세무조사를 실시한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 2차 세무조사시 조사사유를 “주식 명의신탁 혐의 등(검찰 고발요청 관련부분에 한함)으로 기재하였고, 조사청(조사3국)은 쟁점조사시 조사사유를 “주식 또는 출자지분의 상장 등에 따른 이익의 증여 혐의 등을 확인하기 위해 세무조사대상자로 선정”으로 기재하여 각 세무조사 통지를 한 것으로 나타난다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 상증세법 제41조의3 의 ‘상장에 따른 증여이익’의 과세요건은 기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 자(최대주주)와 특수관계에 있는 자가 해당법인의 주식을 증여받았거나 유상취득하고 5년 이내에 그 주식 등이 증권시장에 상장됨에 따라 그 가액이 증가한 경우로 규정하고 있는바, 그 입법취지는 기업 경영에 관하여 공개되지 않은 내부정보를 이용하여 증권시장 상장에 따른 막대한 시세차익을 얻게 할 목적으로 최대주주 등이 자녀 등 특수관계인에게 비상장주식을 증여하거나 유상으로 양도하는 경우 그 상장차익에 대하여 과세를 함으로써 고액재산가의 변칙적인 부의 세습이나 이전을 방지하기 위하여 주식의 상장으로 인하여 증가한 이익 자체를 과세대상으로 포착하여 증여세를 부과하기 위함에 있다 할 것이다. 상증세법 제41조의3 에서 특수관계 여부의 해당 시점은 주식 등을 취득할 당시로 판단하여야 하고, 주식 등의 취득 당시란 같은 법 시행령 제23조 제2항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 증여받는 재산이 주식 등인 경우에는 수증자가 배당금의 지급이나 주주권의 행사 등에 의하여 당해 주식 등을 인도받은 사실이 객관적으로 확인되는 날에 취득한 것으로 보며 다만, 당해 주식 등을 인도받은 날이 불분명하거나 당해 주식등을 인도받기 전에 「상법」제337조 또는 같은 법 제557조의 규정에 의하여 취득자의 주소와 성명 등을 주주명부 또는 사업명부에 기재한 경우에는 그 명의개서일 또는 그 기재일로 한다.”고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주식을 인도받은 사실이 객관적으로 확인되는 날은 잔금청산일인 2008.2.12.이므로 특수관계 성립이후 쟁점주식을 취득한 것으로 보이는 점, 대법원은 법령에 특별한 규정이 없는 한 특수관계가 존재하는지 여부는 과세요건이 되는 납세의무자의 행위가 완료된 때를 기준으로 판단하여야 할 것인데, 상증세법 제41조의3 의 규정은 비상장주식의 증여 또는 취득시 평가를 유보하였던 상장차익을 실제로 상장되어 그 평가가 정확해진 때에 이를 산정하여 과세하는 것으로, 특수관계가 존재하는지 여부도 주식을 취득한 시점을 기준으로 판단하여야 한다고 판시하고 있는바(대법원 2019.3.14. 선고 2018두63105 판결 참조), 청구인의 쟁점주식 취득시점도 행위가 완료된 때를 기준으로 판단하여야 할 것으로 보이는 점, 2008.1.24.부터 2008.2.12.까지 청구인이 주주권을 행사한 증빙이 없는 점, 청구인은 OOO대등한 위치에서 OOO공동 인수하는 투자약정에 따라 쟁점주식을 자본 납입 형태로 취득한 사실이 법원판결, 법무법인의 지급보증 관련 검토서, 공동투자합의서, OOO검찰진술 및 기사 등에서 나타나므로 쟁점주식을 특수관계 성립(2008.1.30.) 전 OOO유상증자일인 2008.1.24.에 취득한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 자료만으로 쟁점주식의 취득일을 2008.1.24.로 보기에는 부족한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점주식을 2008.1.24.이 아닌 2008.2.12. 자녀들 명의로 취득(차명주식)하여 OOO특수관계 성립 후에 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠다. 또한 청구인은 쟁점주식(합병구주)이 아닌 합병신주가 상장되었으므로, 쟁점주식은 상증세법 제41조의3 소정의 “당해 법인의 주식”에 해당하지 않는다고 주장하나, 「상법」상 흡수합병에 따라 OOO권리의무를 포괄적으로 승계하므로 합병 후 OOO당해 법인에 해당하는 것으로 볼 수 있고, OOO설립하여 합병 후 상장하는 것이 용인될 경우 관련 규정을 형해화 시킬 수 있는 점, 합병에 따라 합병구주와 합병신주가 교체되는 경우 손익인식 여부에 관한 대법원 판례에서 피합병회사의 주주가 회사 합병으로 피합병회사의 주식(합병구주)에 갈음하여 존속회사 또는 신설회사의 주식(합병신주)을 취득하는 경우에, 그러한 합병구주와 합병신주의 교체는 주주 자신의 의사에 따라 합병구주를 처분하고 합병신주를 취득하는 것이 아니라, 피합병회사가 다른 회사와 합병한 결과 주주가 보유하던 자산인 합병구주가 합병신주로 대체되는 것에 불과하다고 판시한 점(대법원 2011.2.10. 선고 2008두2330, 같은 뜻임) 등에 비추어 쟁점주식은 상증세법 제41조의3 소정의 “당해 법인의 주식”에 해당한다고 봄이 타당하다 하겠다. 따라서, 청구인이 쟁점주식을 법인 설립단계에서 대주주와 특수관계 성립 전 투자약정에 따라 자본의 납입으로 취득하였다거나 청구인이 취득한 쟁점주식(합병구주)이 아닌 합병신주가 상장되었으므로 상증세법 제41조의3 의 주식 등의 상장차익에 대한 증여이익으로 과세할 수 없다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「국세기본법」제81조의4 제2항은 “세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하여 세목과 과세기간을 기준으로 재조사에 해당하는지를 판단하도록 하고 있고, 또한 같은 법 제81조의9 제1항은 “세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중에 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.”고 규정하여 세무조사의 단위를 구분하는 원칙적인 기준이 과세기간과 세목임을 밝히고 있다. 이러한 관련 규정의 문언과 체계, 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 경제 행위의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법취지에는 세무조사기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 같은 법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다. 이 건의 경우 처분청이 수행한 2차 세무조사는 세무조사 통지서 및 세무조사 결과통지서 등에서 검찰의 고발요청 부분에 대해 부분조사만 이루어진 것으로 보이고, 청구인에 대해서는 10일 동안의 조사만 수행한 것으로 보아 쟁점세무조사와 같이 주식 등의 상장에 따른 이익의 증여 혐의에 대해서는 세무조사를 진행한 사실이 없어 보이는 점, 2차 세무조사는 쟁점주식의 명의신탁 또는 현금 증여가 있었는지에 관한 세무조사인 반면 쟁점세무조사는 쟁점주식의 상장에 따른 이익의 증여에 관한 것으로 조사목적과 조사대상행위 및 증여자를 달리하고 있는 것으로 보이는 점, 상장이익의 증여는 주식 또는 출자지분의 취득 이후 5년 내 상장되어 상장일로부터 3개월이 되는 날(정산기준일)에 비로소 과세요건이 확정되어 관련 증여세를 확정되는 구조여서 쟁점주식이 2011년에 상장됨에 따라 비록 증여시기는 2008년이나 과세요건이 확정된 시점은 2011년이므로 쟁점세무조사 대상은 2차 세무조사 대상(2008∼2010년)과 중복되지 않는 점, 처분청은 2차 세무조사에서 쟁점주식의 소유자를 청구인의 자녀로 보아 현금증여로 과세하였기에 현실적으로 상장이익의 수증자인 청구인을 조사하지 못한 특별한 사정이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점세무조사를 2차 세무조사에 이은 중복조사(재조사)로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 [쟁점① 관련] (1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 상속세 및 증여세법 제41조의3【주식 또는 출자지분의 상장 등에 따른 이익의 증여】① 기업의 경영 등에 관하여 공개되지 아니한 정보를 이용할 수 있는 지위에 있다고 인정되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조 및 제41조의5에서 "최대주주등"이라 한다)의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 최대주주등으로부터 해당 법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조와 제41조의5에서 "주식등"이라 한다)을 증여받거나 유상으로 취득한 경우에는 증여받거나 취득한 날, 증여받은 재산(주식등을 유상으로 취득한 날부터 소급하여 3년 이내에 최대주주등으로부터 증여받은 재산을 말한다. 이하 이 조와 제41조의5에서 같다)으로 최대주주등이 아닌 자로부터 해당 법인의 주식등을 취득한 경우에는 취득한 날부터 5년 이내에 그 주식등이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 한국거래소에 상장(증권시장에 상장된 것을 말한다)됨에 따라 그 가액이 증가한 경우로서 그 주식등을 증여받거나 유상으로 취득한 자가 당초 증여세 과세가액(증여받은 재산으로 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 제41조의5에서 같다) 또는 취득가액을 초과하여 대통령령으로 정하는 기준 이상의 이익을 얻은 경우에는 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. 이 경우 납세자가 제시하는 재무제표 등 대통령령으로 정하는 서류에 의하여 기업가치의 실질적인 증가로 인한 것으로 확인되는 이익은 증여재산가액에 포함하지 아니한다. 1. 제22조 제2항에 따른 최대주주 또는 최대출자자 2. 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 25 이상을 소유한 자로서 대통령령으로 정하는 자 ② 제1항에 따른 이익은 해당 주식등의 상장일부터 3개월이 되는 날(그 주식등을 보유한 자가 상장일부터 3개월 이내에 사망하거나 그 주식등을 증여 또는 양도한 경우에는 그 사망일, 증여일 또는 양도일을 말한다. 이하 이 조와 제68조에서 "정산기준일"이라 한다)을 기준으로 계산한다. ③ 제1항에 따른 이익을 얻은 자에 대해서는 그 이익을 당초의 증여세 과세가액(증여받은 재산으로 주식등을 취득한 경우에는 그 증여받은 재산에 대한 증여세 과세가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 가산하여 증여세 과세표준과 세액을 정산한다. 다만, 정산기준일 현재의 주식등의 가액이 당초의 증여세 과세가액보다 적은 경우로서 그 차액이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 경우에는 그 차액에 상당하는 증여세액(증여받은 때에 납부한 당초의 증여세액을 말한다)을 환급받을 수 있다. ④ 제1항에 따른 상장일은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항에 따른 증권시장에서 최초로 주식등의 매매거래를 시작한 날로 한다. ⑤ 제1항을 적용할 때 증여받은 재산과 다른 재산이 섞여 있어 증여받은 재산으로 주식등을 취득한 것이 불분명한 경우에는 그 증여받은 재산으로 주식등을 취득한 것으로 추정한다. 이 경우 증여받은 재산을 담보로 한 차입금으로 주식등을 취득한 경우에는 증여받은 재산으로 취득한 것으로 본다. ⑥ 제1항을 적용할 때 주식등의 취득에는 법인이 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키기 위하여 신주를 발행함에 따라 인수하거나 배정받은 신주를 포함한다. 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다. 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제13항제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. ③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (3) 상속세 및 증여세법 시행령 제19조【금융재산 상속공제】① 법 제22조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금융재산"이란 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호에 규정된 금융기관이 취급하는 예금ㆍ적금ㆍ부금ㆍ계금ㆍ출자금ㆍ신탁재산(금전신탁재산에 한한다)ㆍ보험금ㆍ공제금ㆍ주식ㆍ채권ㆍ수익증권ㆍ출자지분ㆍ어음등의 금전 및 유가증권과 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다. ② 법 제22조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자"란 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다) 1인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계가 있는 자의 보유주식등을 합하여 그 보유주식등의 합계가 가장 많은 경우의 해당주주등을 말한다. 1. 친족 및 직계비속의 배우자의 2촌 이내의 부계혈족과 그 배우자 2. 사용인과 사용인외의 자로서 당해주주등의 재산으로 생계를 유지하는 자 3. 기획재정부령이 정하는 기업집단의 소속기업(당해기업의 임원을 포함한다)과 다음 각목의 1의 관계에 있는자 또는 당해기업의 임원에 대한 임면권의 행사ㆍ사업방침의 결정등을 통하여 그 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자 가. 기업집단소속의 다른 기업 나. 기업집단을 사실상 지배하는 자 다. 나목의 자와 제1호의 관계에 있는 자 4. 주주등 1인과 제1호 내지 제3호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인 5. 제3호 본문 또는 동호 가목의 규정에 의한 기업의 임원이 이사장인 비영리법인 6. 주주등 1인과 제1호 내지 제5호의 자가 발행주식총수등의 100분의 30이상을 출자하고 있는 법인 7. 주주등 1인과 제1호 내지 제6호의 자가 발행주식총수등의 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인 8. 주주등 1인과 제1호 내지 제7호의 자가 이사의 과반수를 차지하거나 재산을 출연하여 설립한 비영리법인 제31조의6【주식 또는 출자지분의 상장등에 따른 이익의 계산방법 등】① 법 제41조의3 제1항 본문에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 주주등 1인과 제19조 제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. ② 법 제41조의3 제1항 제2호에서 "100분의 25 이상을 소유한 자로서 대통령령으로 정하는 자"란 제19조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자의 소유주식등을 합하여 100분의 25이상을 소유한 경우의 해당주주등을 말한다. ③ 법 제41조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단 및 같은 조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준이상의 이익" 및 "그 차액이 대통령령으로 정하는 기준 이상인 경우에는 그 차액"이란 제1호의 가액과 제2호 및 제5항의 가액의 합계액의 차이가 제2호의 가액의 100분의 30이상이거나 제4항에 따른 차액이 3억원이상인 경우의 해당 이익 및 차이를 말한다. 이 경우 제1호의 가액이 제2호의 가액보다 적은 경우에는 제5항의 가액에 제2호의 가액을 합산하지 아니한다. 1. 정산기준일 현재 1주당 평가가액(법 제63조의 규정에 의하여 평가한 가액을 말한다) 2. 주식등을 증여받은 날 현재의 1주당 증여세 과세가액(취득의 경우에는 취득일 현재의 1주당 취득가액) ④ 제3항의 규정에 의한 차액의 계산은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의하여 계산한 금액을 차감하여 계산한다. 이 경우 제3항제1호의 규정에 의한 가액이 동항제2호의 규정에 의한 가액보다 적은 경우에는 제2호의 규정에 의하여 계산한 가액을 차감하지 아니한다. 1. (제3항 제1호의 가액과 제3항 제2호의 가액의 차이)×증여받거나 유상으로 취득한 주식수 2. 1주당 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익×증여받거나 유상으로 취득한 주식수 ⑤ 제4항 제2호의 규정에 의한 1주당 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익은 제1호의 규정에 의한 금액에 제2호의 규정에 의한 월수를 곱하여 계산한다. 이 경우 결손금등이 발생하여 1주당 순손익액으로 당해이익을 계산하는 것이 불합리한 경우에는 제55조의 규정에 의하여 계산한 1주당 순자산가액의 증가분으로 당해이익을 계산할 수 있다. 1. 당해주식등의 증여일 또는 취득일이 속하는 사업연도개시일부터 상장일등 전일까지의 사이의 1주당 순손익액의 합계액(기획재정부령이 정하는 바에 따라 사업연도 단위로 계산한 순손익액의 합계액을 말한다)을 당해기간의 월수(1월미만의 월수는 1월로 본다)로 나눈 금액 2. 당해주식등의 증여일 또는 취득일부터 정산기준일까지의 월수(1월미만의 월수는 1월로 본다) [쟁점② 관련] (1) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2 . 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4.제65조 제1항 제3호 단서(제66조제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제4항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우(2017.12.17. 신설) 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】 ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 제81조의9【세무조사 범위 확대의 제한】① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다. ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】법 제81조의4 제2항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우 3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. 제63조의10【세무조사 범위의 확대】① 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우 2. 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제2조 제3호에 따른 조세범칙조사로 전환하는 경우 3. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우 4. 그 밖에 구체적인 세금탈루 혐의가 있어 세무조사의 범위를 확대할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우