조심 2019중3365 (2020.09.04)

OOO세무서장이 2019.5.31. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.2.2. 설립되어 OOO부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인으로, 2015.11.30. 매매를 원인으로 취득한 OOO대지 3,473㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 같은 동 751-3 대지 3,366.8㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 2017.11.30. OOO매매한 후, 2017사업연도 법인세 신고를 하면서「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에 따라 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’는 추가하지 아니하고 법인세 과세표준OOO및 세액OOO신고.납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2018.11.22.~2018. 11.29. 기간 동안 처분청에 대한 종합업무감사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점토지 위에 건설 착공 등을 하지 아니한 것으로 확인하고, 「법인세법」제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 처분청에 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 추가하여 경정하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2019. 5.31. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 부동산매매업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 쟁점토지를 취득한 후 지상 10층/지하2층 규모의 OOO등을 신축ㆍ판매(분양)하기 위하여 주무관청으로부터 건축허가 승인을 받고 분양대행(부동산신탁계약체결) 및 민간건설공사계약 등을 체결하였으나, 부동산경기의 침체, 업무제휴의 해지, 금융기관 PF대출승인의 지연 등 사유로 인하여 더 이상의 공사진행이 어렵게 되자 불가피하게 건설공사를 포기하면서 상가건물과 함께 판매할 목적으로 취득한 쟁점토지를 재고자산(토지)의 상태로 양도한 것으로, 처분청은 동 토지가 청구법인의 목적사업인 부동산매매업과 직접 관련이 없음을 입증하지 않고 다만 지상에 건물을 착공하지 아니하였다는 이유로 비사업용 토지로 보아 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(가) 법원은 “조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고, 감면요건 규정 가운데에 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다”는 취지로, “「법인세법」제55조의2 제1항 제3호에 따라 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 법인의 비사업용 토지에 대한 과세를 강화하기 위한 것으로서 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하려는 데 있으며, 이와 같은 관련 법령의 입법취지와 규정체계를 종합해 볼 때 법인의 토지등 양도소득에 대한 과세특례 중 하나로서 비사업용 토지의 범위는「법인세법」제55조의2 제2항에 의하여 정해진다”는 취지로 각 판시(대법원 2017.5.31. 선고 2017두36311 판결, 대법원 1976.2.10. 선고 74누44 판결, 대법원 2017.10.26. 선고 2017두50249 판결 외 다수, 참조)하고 있다.

(나)「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 다목은 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 “토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”이라 고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 제13호에 ‘그 밖에 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지’라고 규정하고 있으며, 그 위임을 받아 같은 법 시행규칙 제46조는 별도로 제정하고 있지 않다.

「법인세법」제55조의2 제2항 제7호는 ‘그 밖에 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지’라고 규정하면서, 그 위임을 받아 같은 법 시행령은 별도로 제정하고 있지 않다.

한편 같은 조 제3항은 “제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다” 규정하고 있다.

(다) 위 법원 판례 및 관련 법령 등을 감안할 때, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부는「법인세법」제55조의2 제2항에 따라 판단하는 것이나, 처분청은 비사업용 토지로 부득이한 경우에 한해 비사업용 토지에서 제외될 수 있는 토지에 대하여 열거하고 있는 같은 조 제3항(위임받은 같은 법 시행령 제92조의11 및 그 위임받은 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호)에 따라 당해 토지의 취득일부터 2년 내 착공한 사실이 없다는 이유로 비사업용 토지로 판단하였는바, 이는 임의의 확장 및 유추해석으로 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석하여야 하는 것(대법원 2017.5.31. 선고 2017두36311 판결 등 다수, 참조)에 위배된다고 할 것이다.

(2) 조세심판원은 “「법인세법」제55조의2 제6항에서의 장부가액이란 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출, 자산평가증 등을 가산하고 감가상각, 평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가르키는 것이다”는 취지로 결정(조심 2017부2672, 2017.7.21.)하고 있는바, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 지출한 OOO컨설팅용역비 OOO교통영향평가 관련 용역비 OOO신탁관련 비용 OOO(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 쟁점토지의 가치를 증가시킨 자본적 지출에 해당하므로 동 금액을 토지의 취득원가에 가산하여 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 경정하여야 한다.

(3) 설령 쟁점①에서 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다고 하더라도, 청구법인으로서는 다수의 법원 판례(대법원 2017.10.26. 선고 2017두50249, 참조) 및 조세심판원의 선결정례(조심 2019부329, 2019. 7.22. 참조) 등을 고려하여, 동 토지를「법인세법」제55조의2 제2항에 따라 사업용 토지로 보아 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 추가납부하지 아니하였는바, 이는 청구법인이 관련 법령에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘어선 것으로 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 이 건 쟁점가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에서 정한 각목(특히 다목을 구체화한 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 각 호)에 해당하지 않고, 같은 조 제3항의 “법령에 따라 사용이 금지되거나, 그밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 비사업용 토지에 해당하는 경우”도 아니므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 쟁점토지를 비사업용 토지로 판단하는 것은 법령적용의 오류라고 주장하나, 처분청은 비사업용 토지에서 제외되는 것을 구체적으로 열거하고 있는「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에 따라 적법하게 판단하였다.

1) 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 그 법문대로 해석하여야 할 것이고, 합리적 이유 없이 이를 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 참조).

2)「법인세법」제55조의2 제2항 제7호는 제1호 내지 제6호와 유사한 비사업용 토지에 대하여 대통령령으로 위임하였으나, 같은 법 시행령은 별도로 제정하지 아니하였으므로, 쟁점토지가 제1호 내지 제6호에 해당되는지 여부만을 검토하면 되는 것이다.

3)「법인세법」제55조의2 제2항 제4호는 비사업업 토지이라 함은 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지’라고 규정하면서 같은 호 다목에 “토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”은 제외하도록 규정하고 있으나, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제92조의8 제1항 제1호 내지 13호에 쟁점토지를 열거하고 있지 아니하고, 기획재정부령도 제정된 바가 없다.

(나)「법인세법」제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 및 같은 법 시행규칙 제46조의2의 비사업용 토지를 양도하는 경우 과세제외하는 부득이한 사유는 한정적으로 해석ㆍ적용되어야 하고, 시행령 등에 열거된 일정한 토지만을 사업용 토지로 보아야 하는 것이며(대법원 2018.1.11. 선고 2017두 62686 판결, 참조), 쟁점토지는 토지개발사업시행 후 보존등기된 “대지”로 청구법인이 매매로 취득한 이후 법령에 따라 사용이 금지되거나, 제한된 사실이 없고 건축허가 및 착공이 제한된 사실이 확인되지 않으므로, 비사업용 토지로 보지 아니하는 ‘부득이한 사유’가 없다.

1) 청구법인은 쟁점토지 위에 개발사업이 진행되었으므로 쟁점토지는 사업용 토지에 해당된다고 주장하나, 부동산매매업을 위하여 쟁점토지를 매입하였어도 비사업용 토지에서 제외하지 않는 종합합산과세대상으로 분류되어 재산세가 과세되었고, 사업승인을 받기 전까지 사업신청을 위한 각종 조사용역을 실시하였으나 그 이후에는 실제 착공 승인을 얻거나 개발행위를 한 사실이 확인되지 않는다.

2) 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사，건물신축도급계약의 체결，기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고，건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착 공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다 할 것인바(서울고등법원 2013.2.21. 2012누26564 판결, 참조), 쟁점토지는 취득 이후 건설에 착공하였다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 쟁점비용이 쟁점토지와 관련한 자본적 지출에 해당하므로 장부상 토지의 취득원가에 가산하여야 한다고 주장하나,「법인세법」제55조의2 제6항에 “토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 장부가액이란 ‘회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부가액으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출ㆍ자산평가증 등을 가산하고 감가상각ㆍ평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리키는 것이며(조심 2015부0019, 2015.2.27., 참조), 쟁점비용은 쟁점토지와 직접 관련된 것이라고 볼 수 없으므로 자본적 지출에 해당하지 않는다.

(가) OOO컨설팅용역료 OOO대하여 살펴보면, 동 법인은 서비스/여론조사, 광고대행업을 영위하는 법인으로, 청구법인이 동 법인에게 금융대행업무를 위탁하였다고 하나, 동 법인과의 거래가 발생한 2017년 9월경은 쟁점토지가 이미 양도(매매예약)된 시점으로 토지의 자본적 지출액이라는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(나) OOO교통영향평가 OOO에 대하여 살펴보면, 동 법인이 청구법인에게 발급한 세금계산서 상 품목명은 “OOO외 1개 필지 복합시설 신축 교통영향분석개선대책수립용역” 및 “OOO신축공사 교통영향평가(변경심의)용역”으로 기재되어 있으나, 이미 조성된 쟁점토지를 구입하고 건물신축과 관련한 건축허가를 받기 위한 교통영향평가는 자본적지출이 아니라 단순히 건물신축비용에 포함되는 것이다(심사부가 2006-125, 2006. 7.25.).

(다) OOO대하여 살펴보면, 청구법인은 “쟁점토지에 지상10층/지하2층 규모의 가칭 ‘OOO라는 상업시설을 신축하기 위하여 OOO인ㆍ허가 대행사로 지정하여 건축설계를 작성하게 한 후, 건축허가승인을 얻었다고 주장하나, OOO수행한 업무는 “건축설계도서 작성 및 허가신청, 건축심의신청” 등 용역으로 쟁점토지에 대한 자본적 지출이 아니라 건물신축과 관련된 비용이다.

(라) OOO신탁보수 OOO대하여 살펴보면, 담보신탁수수료는 부동산매매업을 영위하고 있는 청구법인의 재고자산인 건물신축 및 분양사업을 위한 자금차입을 목적으로 한 담보신탁과 관련한 업무대행의 대가로, 쟁점토지의 취득과 관련한 직접적인 매입가액이 아니고, 매입부대비용에도 해당되지 않는바, 쟁점토지의 취득원가에 가산할 수 없고 당해 사업연도 손금산입 대상이다(조심 2017중2781, 2017.10.10., 같은 뜻임).

(3) 쟁점가산세는 관련 법령에 따라 감면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인은 조세심판원 선결정례(조심 2019부329, 2019.7.22.)을 근거로, 납세자와 과세관청 간에 세법해석상 견해의 대립이 있었고, 이러한 견해의 대립이 납세의무자와 관련 법률에 대한 부지 또는 오해의 범위를 넘는 것이므로 쟁점가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 주장하나, 위 심판결정례는 주거용 오피스텔의 면세적용 여부에 대하여 조세심판원에서 결정이 엇갈리다가 조세심판관합동회의 결정으로 ‘오피스텔의 공급은 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것’으로 판단하였고, 기존의 심판결정례를 신뢰하여 신고한 납세자에게는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되는 것으로 보아 관련 가산세를 면제한 것이나, 이 건 쟁점인 비사업용 토지의 여부에 대하여는「법인세법」및 같은 법 시행령 등에 명확하게 규정되어 있고, 국세청 법령해석, 심판결정례 및 법원 판례 등도 일관되게 판단하고 있다.

(나) 세법상 가산세는 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것이며(조심 2015중854, 2015.3.30.), 특히 납부불성실가산세는 미납부한 세액에 대한 지연이자의 성격을 가지고 있는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지의 양도소득(양도금액-장부가액)을 계산함에 있어서 취득 이후 양도 시까지 지출한 쟁점비용을 자본적지출로 보아 장부가액에 가산할 수 있는지 여부

③ 쟁점가산세(납부불성실가산세)를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만,「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」제3조 제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조 제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가.「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종 림(採種林)ㆍ시험림,「산림보호법」제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다)

나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면 제되는 토지

나.「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별 도 합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5.「지방세법」제106조 제2항에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정 착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

제92조의3(비사업용 토지의 기간 기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 운동장ㆍ경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

3.「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따라 지정된 사업시행자 가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

4.「청소년활동진흥법」에 따른 청소년수련시설용 토지로서 동법에 따른 시설ㆍ설비기준을 갖춘 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 제외한다.

5. 종업원 등의 예비군훈련을 실시하기 위하여 소유하는 토지로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

6.「관광진흥법」에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 등 기획재정부령 이 정하는 휴양시설업용 토지로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지

7. 하치장용 등의 토지

8. 골재채취장용 토지

9.「폐기물관리법」에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

10. 광천지[광천지(청량음료제조업ㆍ온천장업 등에 사용되는 토지로서 지하에서 온수ㆍ약수 등이 용출되는 용출구 및 그 유지를 위한 부지를 말한다)]로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

11.「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따른 양어장 또 는 지소(池沼)용 토지(내수면양식업ㆍ낚시터운영업 등에 사용되는 댐ㆍ저수지ㆍ소류지(小溜池) 및 자연적으로 형성된 호소와 이들의 유지를 위한 부지를 말한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

12. 블록ㆍ석물ㆍ토관제조업용 토지, 화훼판매시설업용 토지, 조경작물식재업용 토지, 자동차정비ㆍ중장비정비ㆍ중장비운전 또는 농업에 관한 과정을 교습하는 학원용 토지 그 밖에 이와 유사한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지의 경우에는 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 법인세법 시행규칙

제46조(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ⑮ 영 제92조의8 제1항 제12호에서 "기획재정부령이 정하는 율"이라 함은 다음 각 호의 규정에 따른 율을 말한다.

※ 제13호에 따라 위임받아 별도로 제정한 내용은 없음.

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

(4) 국세기본법

제48조(가산세의 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조 제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 2015.2.2. 설립하여 부동산매매업(건물신축판매업)을 영위하고 있고, 2015.11.30. 쟁점토지(2013.2.26. 토지개발사업시행 및 구획정리완료에 따라 ‘대지’로 등기됨)를 주식회사 OOO외 1인으로부터 OOO취득한 후, 2년이 지난 2017.11.30. 쟁점①토지는 OOO외 3명(각 1/4)에게 OOO에, 쟁점②토지는 OOO외 3명(각 1/4)에게 OOO각 양도하였다(아래 ＜표1＞ 참조).

＜표1＞ 쟁점토지의 취득 및 양도내역

(단위 : ㎡, 천원)

(나) 청구법인의 2017사업연도 ‘토지’ 계정별원장에 의하면, 2017. 1.1. ‘건설용지’계정에서 OOO대체되었고, 2017.11.30. 양도 당시의 장부가액은 OOO으로 계상되어 있다.

(다) 감사청은 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 처분청에 양도 당시 장부가액에서 취득가액을 차감한 토지등 양도소득OOO대한 법인세를 추가하여 경정하도록 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 2019.5.31. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO경정ㆍ고지하였다.

(라) 청구법인과 OOO외 1인 간 2015.3.25. 체결된 용지매매계약서 상 주요내용은 다음과 같다.

(마) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 상 갑구 및 부동산종합증명서 등에 의하면, 청구법인은 2015.11.30. OOO외 1인으로부터 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득한 후, 2015.11.26. 주식회사 OOO수탁자로 하여 신탁하였다가 2016.8.31. 신탁등기를 말소하고 청구법인으로 귀속시켰고, 같은 날 OOO수탁자로 하여 다시 신탁하였다가 2017.11.30. 신탁등기를 말소하고 청구법인으로 다시 귀속시킨 것으로 확인된다.

(바) 청구법인의 등기사항일부증명서 상 목적사업에 건물신축판매, 부동산관리 및 컨설팅, 부동산임대, 부동산 인테리어, 부대사업 등이 등재되어 있고, 국세청 전산자료 상 업종이력은 부동산매매업, 건물신축판매업, 부동산관리 및 컨설팅 등으로 입력되어 있다.

(2) 처분청의 주무관청에게 조회한 내역에 의하면, 청구법인이 쟁점토지를 보유하고 있는 기간 동안(2015.11.30.∼2017.11.30.) 토지이용 규제내역은 없는 것으로 확인된다.

(3) OOO구청장의 회신공문(건축과-45319, 2018.11.12.)에 의하면, 쟁점토지 상 건축허가내역은 있으나, 착공(신고) 관련 접수내역은 없는 것으로 확인된다.

(4) OOO구청의 회신공문(세무과-20106, 2018.11.13.) 상 재산세 부과내역에 의하면, 쟁점토지는 2016∼2018년 과세기간 동안 종합합산과세대상으로 분류ㆍ과세되어 있는 것으로 확인된다.

(5) 쟁점①과 관련하여

(가) 청구법인은 2017사업연도 법인세 신고를 하면서 손익계산서 상 쟁점토지의 양도가액OOO을 유형자산처분이익으로 계상하였고, 최초 신고 시(2018.3.19.) 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세 OOO추가하였다가, 2018.4.5. 처분청에 최초 신고서에 대한 삭제요청서를 접수하고, ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 제외한 법인세 과세표준OOO및 세액OOO신고서를 제출하였다.

(나) 청구법인은 토지 위에 건물을 신축하여 판매할 목적으로 쟁점토지를 사업용 부지로 취득하게 되었다며, 증빙으로 매각공고문[전소유자 OOO외 1인이 OOO일보에 게재된 2015.3.13.자 ‘OOO도시개발사업지구 용지매각안내’]을 제시하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후, ‘OOO복합상가’ 등 건설ㆍ분양사업을 추진하기 위하여 제작한 홍보관, 설계도 , 조감도 등 증빙을 제시하였고, 사업수행 관련 내용은 다음과 같다.

(라) 기획재정부의 2005년 간추린 개정세법에 의하면, 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하는 등 법인의 비사업용 토지에 대한 과세강화 차원에서「법인세법」제55조의2 제1항 제3호가 제정되었고, 주요내용은 다음과 같다.

(6) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 쟁점토지 지상에 건물 신축 등 사업추진으로 발생한 쟁점비용과 관련한 증빙을 아래 ＜표2＞와 같이 제시하였다.

＜표2＞ 쟁점비용과 관련한 매입(세금)계산서 수취내역

(단위 : 매, 천원)

(7) 쟁점③과 관련하여

(가) 청구법인은 법원이 “비사업용 토지의 범위는「법인세법」제55조의2 제2항에 의하여 정해지고, 비사업용 토지에서 제외되는 것으로서 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 하여 양도소득에 대한 법인세의 과세를 면하기 위하여는 스스로 그와 같은 사정을 입증하여야 할 것이다”는 취지로 판시(대법원 2017.10.26. 선고 2017두50249, 서울행정법원 2009.12.4. 선고 2009구합36897 판결 외 다수, 참조)하고 있는바, 쟁점토지를 사업용 토지로 보아 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세’를 추가하지 아니한 데에는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되는 것이라고 주장하였다.

(나) 한편 처분청은 비사업용 토지에 대하여는「법인세법」및 같은 법 시행령 등에 명확하게 규정되어 있고, 국세청 법령해석, 심판결정례, 법원 판례 등도 비사업용 토지의 여부는 일관되게 판단해 오고 있는바, 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없고(조심 2015중854, 2015.3.30., 같은 뜻임), 더 나아가 납부불성실가산세는 미납부한 세액에 대한 지연이자 성격을 가지고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다.

(8) 청구법인 및 처분청은 2020.6.9. 조세심판관회의에 참석하여 다음과 같이 진술하였다.

(가) 청구법인은 결산서 상에 이미 반영된 사업추진 시 투입된 비용내역 등을 제시하면서, 쟁점토지의 양도가액은 OOO취득원가는 OOO이나, 건설.분양사업을 추진함에 따라 발생한 사업비용이 OOO실제 양도차익은 OOO에 불과하고,

쟁점토지는 OOO3,972세대의 배후 상업용지로 당초 높은 예약신청을 기대하였으나, 정부의 강력한 부동산 정책에 따라 분양자들의 대출이 규제됨에 따라 사전분양율이 크게 저조(30% 미만)하였고 다수의 사전분양자로부터 해지 요청이 있었으며, PF대출을 위하여 접촉하였던 OOO대출 불가판정에 따라 외부자금의 조달이 불가능하게 되었고 사업 초기에 대부분의 자금을 청구법인의 대표이사 OOO차입금에 의존하였으나, 이마저도 OOO개인사업의 분양 저조로 인한 강제경매 등으로 인하여 내부 자금의 조달이 어렵게 되었으며, 계속 발생되는 고정비용의 부담이 가중되자 이를 감당할 수 있는 여력이 고갈되어 불가피하게 쟁점토지를 처분하게 되었던 것이라는 취지의 항변을 하였다.

(나) 처분청은 관련 법령에 따라 쟁점토지를 비사업용 토지로 적법하게 판단하였다는 취지의 의견을 제시하였고, 청구법인의 위 항변내용에 대하여는 이견이 없었다.

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임).

2) 처분청은 청구법인이 쟁점토지 위에 건설 착공 등을 하지 아니하고 양도하였으므로 비사업용 토지에 해당한다는 의견이다.

3) 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전 이미 OOO외 1인이 토지개발사업시행 완료 후 대지로 보존등기된 상태이어서 이미 지가상승이 반영되었다고 보이고 그 자체로 판매가 가능한 청구법인의 사업용 자산에 해당하는 점, 쟁점토지를 취득 후 상업용건물의 신축을 위하여 토지의 취득가액OOO외에 약 OOO사업추진비가 소요되어 사실상의 양도차익(OOO처분청이 계산한 양도차익은 OOO)이 거의 발생하지 아니한 것으로 확인되어 청구법인이 동 토지를 단순히 재산증식의 수단, 부동산 시장의 교란 또는 투기조장을 위하여 취득.매매하였다고 보아 청구주장을 배척하기는 상당한 무리가 있어 보이는 점,「법인세법」제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호는 비사업용 토지라 하더라도 부득이한 사유가 있는 경우 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간에 사업용 토지로 간주하고 있고, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 단서에 부동산매매업(건물건설업)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 같은 항 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 것을 감안할 때, 이는 본래 비사업용 토지 또는「지방세법」상 재산세 종합합산과세대상을 전제로 부득이한 사유가 있는 경우에는 일정 기간 동안 사업용 토지로 적용(2005 간추린 개정세법, 참조)한다는 것이므로, 이 건 쟁점토지와 같이 매매용부동산으로 업무와 직접 관련이 있는 사업용 토지는 이러한 법령 상 제한 등의 적용대상과는 관련이 없는 점, 다른 법인이 비사업용 토지를 취득한 후, 자기의 사업 등에 사용하려다가 부득이한 사유(건축허가 또는 착공의 제한)가 발생한 경우 그 제한된 기간 동안은 사업용 토지로 적용하도록 규정하고 있음에도, 이 건의 부동산매매업자(건물건설업)가 투기의 목적이 아닌 건물건설 및 판매 등의 목적사업을 위하여 취득한 토지를 비사업용 토지로 적용하여 중과한다면 조세의 공정성 내지 형평성을 해치는 결과를 초래할 수 있는 점, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후, 건물 신축을 위한 사업추진내용(3차례의 건축허가 과정에서 분양대행계약체결, RPP방음벽 및 가설울타리 공사, 현장사무실 및 모델하우스 설치 등)의 제반 이용 상황, 쟁점토지만을 양도하게 된 사유 및 관련 법령의 입법 취지 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②.③은 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.