조심 2023광9773 (2024.08.19)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.12.26. 설립된 후 부동산개발 및 공급업 등을 영위하고 있고, 2019년경 광주광역시 광산구 선암동

나. 처분청은 청구법인의 2021사업연도 법인세 신고내용에 대한 서면검토를 실시한 결과, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 가산하여 수정신고할 것을 안내하였고, 청구법인은 이에 따라 2022.10.28. 2021사업연도 법인세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 수정신고ㆍ납부하였다.

다. 이후 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 광주광역시 광산구청장에게 B 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 착공신고를 한 날(2020.12.30.) 현재 사실상 착공 등을 개시하였으므로, 쟁점토지는「법인세법 시행규칙」제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제1항 제5호의 사업용 토지에 해당한다고 보아, 2023.2.1. 처분청에 과다납부한 2021사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2023.2.7. 동 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.19. 이의신청을 거쳐 2023.8.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점공사를 위하여 건축물이 정착되어 있지 아니한 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 토지개발행위 등 사실상 착공을 하였다가 양도하였기에「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호의 사업용 토지에 해당함에도, 이를 비사업용 토지로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(가)「법인세법」제55조의2 제1항 제3호는 비사업용 토지를 양도한 경우 10%의 산출세액을 가산하나, 같은 조 제3항에서 일반적인 비사업용 토지에 해당될지라도 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 대통령령으로 정하는 경우에는 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다.

(나)「법인세법」제55조의2 제3항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호는 그 밖의 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득 사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 토지는 비사업용 토지에서 제외한다고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지의 경우 당해 토지의 취득일로부터 2년 이내에 건설공사에 착공하였다면 그 기간을 비사업용 기간으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(다) 청구법인은 광주광역시 광산구청장에게 쟁점공사에 대한 착공신고를 한 날(2020.12.30.) 이전인 2018사업연도부터 쟁점공사 사업수지의 전망, 부지 인허가의 견적, 토공사 및 건축물 설계 외 약 40여건의 토지개발행위(아래 ＜표2＞ 참조)를 하였다.

＜표2＞ 청구법인의 쟁점토지에 대한 토지개발행위 등 내용

(단위 : 원)

OOO

* 특정한 식물과 동물이 하나의 생활공동체, 즉 군집을 이루어 지표상에서 다른 곳과 명확히 구분되는 하나의 서식지를 말함.

1) 청구법인의 대표이사 d는 청구법인이 설립(2017.12.26.)되기 전인 2014.11.5. 상속으로 취득한 광주광역시 광산구 선암동 OOO 임야 3,372㎡ 외 3개 필지 합계 8,288㎡(이하 “쟁점외토지”라 한다)에 대한 토지개발계획을 세웠고, 2018년 1월경 쟁점외토지 위에 주택건설을 위한 개발인허가 대행자를 물색하다가 C(주) 외 2곳으로부터 개발인허가 등에 대한 예상견적 및 제안서 등을 받았으나, 쟁점외토지의 상당한 면적 4,917㎡(전체 면적의 59.3%)이 주택개발에 불가한 비오톱 1등급지역으로 생태지도에 포함되어 있으므로 정밀조사를 거쳐 이를 해제하여야만 하였다.

2) 청구법인은 설립된 후 2018년 4월경 ㈜D와 비오톱 1등급지역 해제를 위한 용역계약을 체결하고 정밀분석 및 타당성 검사 등을 실시한 결과, 쟁점외토지만으로는 낮은 수익률이 예상되어 대규모 공동개발계획으로 변경하여야 함에 따라 2019.1.16. 및 2019.3. 6. a와 b(d의 동생)로부터 쟁점토지(쟁점외토지와 합하여 이하 “쟁점토지등”이라 한다)를 취득하게 되었다.

3) 청구법인은 2019년경 E(주)[2020.7.24. 청구법인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 A(주)의 모회사]를 지주 공동개발사업자로 선정.공동운영을 하면서, 시행사로 ㈜F를 설립하고 부동산 시행업무에 경험이 많은 c을 대표이사로 영입하였으며, 이후 E(주)과 (주)F는 2019.5.8. 쟁점공사에 대한 PM(Project Management)계약을 체결하였다.

4) 청구법인은 위 2) 비오톱 1등급지역 해제를 위한 용역 외에 2019년 8월경 (주)대운조경을 통해 쟁점토지등 위에 수목정비 및 식재공사(아래 ＜표3＞ 2018∼2020사업연도 매입세금계산서 수취내역 참조)를 하였고, 시행사인 ㈜F와 함께 2019.11.4. (주)G으로부터 중장비 등 출입이 가능한 교량설계용역을, 2019.11.5. (주)H로부터 건축물설계용역을 실시하였으며, 2020년 5월경 도로공사, 건축설계, 교량설계, 소방설계, 식목이식 및 진입로공사 등(아래 ＜표4＞ 참조)을 하였다.

＜표3＞ 청구법인의 2018∼2020사업연도 매입세금계산서 수취내역

(단위 : 원)

OOO

＜표4＞ 쟁점토지등에 대한 사실상 토지개발행위 내역

(단위 : 원)

OOO

5) 또한 시행사인 (주)F의 2019∼2020사업연도 매입장 및 매입세금계산서 수취내역(아래 ＜표5＞ 참조)을 보면, ㈜F는 (주)I에게 토목설계 및 도시계획심의용역비로 OOO원, (주)J에게 잔디공사비용으로 OOO원, K(주)에게 재해영향평가비로 OOO원, L(주)에게 지반조사비용으로 OOO원을 각각 지출하며 시행용역 등을 수행하였다.

＜표5＞ ㈜F의 매입세금계산서 수취내역

(단위 : 원)

OOO

6) 이후 청구법인과 ㈜F는 코로나19 영향으로 사업전망 등이 어렵게 되자, 2020.7.24. 공동개발사업자인 E(주)에게 쟁점공사를 독자적으로 추진할 의사를 타진한 후 그의 SPC인 A(주)[E(주)가 지분 100% 소유]와 OOO원에 쟁점토지등에 대한 매매계약 및 합의서(토지사용승낙 및 사업주체 변경 조건) 등을 체결하고, 2020.9.4. 청구법인 및 A(주) 등은 도로 개설 및 건축물 설계도면 등을 첨부하여 광주광역시장으로부터 공동주택건설사업계획승인(2020-주택과-주택건설사업 승인-4)을 받았다.

7) A(주)[모회사 E(주) 포함]는 위 매매계약상 잔금지급일까지 발생되는 공사자재, 하도급공사비, 유치권 등의 책임과 의무를 부담하는 조건이어서 계약일 현재 시행사인 ㈜F에게 이미 지출된 설계용역, 진입로 도로공사 등 사업권 양수도의 대가로 OOO원(아래 ＜표6＞ 참조)을 지급하였고, (주)F, 청구법인 및 대표이사 d는 2020.9.18. A(주)[모회사 E(주) 포함]에게 쟁점공사에 대한 사업시행권을 포기하는 각서를 제출하고 지주공동사업을 해지하면서, A(주)[모회사 E(주) 포함]와 쟁점공사를 원활히 진행할 수 있도록 협조 및 의무를 다하기로 합의하였다.

＜표6＞ (주)F의 매출세금계산서 발급내역

(단위 : 원)

OOO

8) 한편 A(주)[모회사 E(주) 포함]는 청구법인에게 당초 매매계약과 달리 1차 및 2차 중도금을 PF대출이 발생한 날에 지급하는 것으로, 잔금 OOO원은 준공일부터 1개월 이내에 지불하는 것으로 계약변경을 요청하였고, 청구법인이 이를 받아들이자 2020.12. 30. 광주광역시 광산구청장에게 쟁점공사에 대한 착공신고서를 정식으로 접수하고 2021.1.6. 착공신고필증을 교부받은 후 2021.1.7. 쟁점토지등에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

(라) 쟁점공사를 크게 나누면, 토지구입, 사업수지 분석, 건축설계 등, 건축심의 신청 및 승인, 시공사 선정, 공사 및 감리, 준공허가 순으로 진행되는데, 청구법인은 쟁점토지등에 건축허가가 나지 않는 비오톱 1등급지역의 해제를 하는 데 1년여를 소요하다가, 코로나19 등으로 인한 사업추진에 어려움을 겪는 과정에 공동개발사업자인 E(주) 및 SPC인 A(주)에게 사업시행권을 포기함에 따라 A(주)가 그 명의로 2020.12.30. 쟁점공사에 대한 착공신고를 한 후 2021.1.7. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 경료된 것으로, 실제로는 청구법인이 쟁점공사를 위하여 취득한 쟁점토지등에 토지개발행위 등 사실상 착공을 하였다가 이를 A(주)에게 양도한 것인바, 쟁점토지는 관련 법령상 사업용 토지에 해당한다.

(2) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 반드시 착공을 하여야 하는 것으로 오해하고 있으나, 기획재정부는 비사업용 토지에 대한 중과의 취지가 당해 토지를 비생산적으로 사용하기 위한 것을 억제하기 위한 목적이어서 2년 이내 누구든지 착공할 경우 생산적 사용으로 보아 비사업용 토지가 아니라는 취지로 해석(재산세과-541, 2009.3.20.)하고 있고, 대법원도 착공의 주체가 토지 소유자에 한정되지 아니한다는 취지로 판시(대법원 2015.8.13. 선고 2015두41142 판결)하고 있는바, 청구법인이 착공신고 등을 하지 아니하였다 하여 쟁점토지를 사업용 토지에서 배척할 수는 없다.

＜기획재정부 예규(재산세제과-541, 2009.3.20.)＞

＜대법원 2015.8.13. 선고 2015두41142 판결＞

(가) 구「법인세법」(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제55조의2의 ‘토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제도’는 2001. 12.31. 종전의 특별부가세 제도가 폐지되면서 신설된 제도로서, 법인이 일정한 토지 및 건물을 양도하는 경우 각 사업연도 소득에 관한 법인세 외에 추가로 법인세를 과세하는 제도이다. 당초 부동산 가격이 급등하는 특정지역에 적용되었다가, 이후 다주택 소유의 경우로 확대되었고, 비사업용 토지의 양도에 관하여는 2005.12.31. 법 개정을 통해 신설되어 2007.1.1. 최초로 양도하는 분부터 적용하게 되었다.

(나) 비사업용 토지를 양도하여 얻은 양도차익에 관하여 별도의 법인세를 부과하는 제도의 입법 취지는 ‘토지를 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식의 수단으로 이용하는 것을 방지하기 위함’에 있는바, 어느 토지를 양도한 경우에 그 토지가 ‘생산적인 용도로 사용되고 있는 경우’에는 예외 규정을 두어 비사업용 토지가 아님을 전제로 과세를 하지 않는다. 즉, 어느 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 그 착공의 주체가 그 토지의 소유자인지 관계 없이 그 토지가 ‘생산적인 용도로 사용되고 있는 경우’에 해당하는 것으로 보아 비사업용 토지의 예외로 적용하여야 한다.

(다) 조세심판원도 건축허가 승인만을 받고 터파기 등 없는 상태에서 경기침체, 금융기관 대출지연 등으로 공사가 어렵게 되자 2년이 경과된 시점에 양도한 토지에 대하여 당해 토지를 취득한 후, 건물 신축을 위한 사업추진내용 등 이용 상황 등 생산적 사용 여부를 보고 종합적으로 고려할 때, 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 취지로 결정(조심 2019중3365, 2020.9.14.)한 바 있다.

(라) 청구법인으로부터 쟁점공사에 대한 사업시행권을 인수한 A(주)가 2020.12.30. 착공신고를 한 후, 그로부터 하청을 받아 토공사 및 옹벽공사를 수행한 (주)M(공급가액 OOO원)과 조경공사를 수행한 N(주)(공급가액 OOO원)의 착공일(2021. 1.5.)이 쟁점토지의 소유권이전등기일 이전인 점 등을 감안할 때, 청구법인 또는 A(주)의 쟁점공사에 대한 착공일은 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 해당하므로, 이를 사업용 토지로 보아야 한다.

(3) 처분청은 시행사인 A(주)와 시공사인 그의 모회사인 E(주) 간 2021.2.9.자 체결된 공사도급계약상 착공일이 2021.1.7.로 기재되어 있으므로 그 날이 쟁점공사에 대한 실제 착공일이라는 추가의견을 제시하였으나, 공사도급계약상 착공일이 공사도급계약 체결일보다 앞선 것은 ㈜O회사가 A(주)의 쟁점토지 취득일(2021.1.7.)로 소급하여 A(주)와 E(주) 간 공사도급계약을 체결하였기 때문이다.

(가) A(주)는 2021.1.7. 쟁점토지를 담보로 광주새마을금고 본점에서 대출을 일으켜 청구법인에게 2차 중도금을 지급한 후 소유권을 이전받은 당일에 (주)O회사에 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 하였다.

(나) 쟁점토지에 대한 소유권이 (주)O회사로 이전되기 전 이미 착공신고 및 착공이 되었음에도, ㈜O회사가 2021.2.9. 도급인의 자격으로 A(주)와 시공사인 E(주) 간 공사도급계약을 체결하였는데, 이때 실제 착공일을 ㈜O회사로 소유권이전된 날로 소급기재할 수밖에 없었던 것이다.

(다) 만약 처분청 의견대로라면, A(주)로부터 토공사 및 옹벽공사, 수목이식 및 조경공사 등을 하청받은 업체가 2021.1.5. 그 공사를 착공할 수 없었을 것이다.

(4) 마지막으로 처분청은 A(주)가 E(주)에게 총 공사대금 OOO원으로 하도급공사를 체결한 후 2021.3.19. 선급금 명목으로 OOO원의 세금계산서를 수수하였는바, 그 날이 쟁점공사의 착공일이라는 추가의견을 제시하였는데, 여기서 선급금은 총 공사대금 중에 일부 금액을 수수한 것에 불과할 뿐, 착공일을 의미하는 것은 아니다.

나. 처분청 의견

(1) 관련 법령상 부득이한 사유에는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 그 토지의 취득일로부터 2년과 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지를 판정할 때 이를 제외한다고 규정되어 있고, 쟁점토지는 청구법인에서 A(주)로 소유권이 이전되기 전까지 착공되지 아니하였는바, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(가) 쟁점토지에 건설이 착공된 날이 언제인지를 보면, 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하기 위해서는 각종 인허가를 받고 건축 설계를 하는 등 준비 작업을 하는데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일로부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 것으로 예외를 두고 있고, 착공이 무엇을 의미하는지에 관하여 보면, 건축물의 착공통계조사의 시행에 관하여 필요한 사항을 규정하고 있는「건축물착공통계조사 시행규칙」제2조(정의) 제3항에서 ‘착공’이라 함은 건축물의 건축을 위한 굴토(땅파기) 공사에 착수하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위 즉, 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있는 것(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조)이며, 또한 착공은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다 할 것이다(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결, 대법원 1997.9.9. 선고 96누15558 판결 참조).

(나) 등기사항전부증명서상 쟁점토지등이 2021.1.7. 청구법인으로부터 A(주)로 소유권이전등기(아래 ＜표7＞ 참조)가 경료되기 전인 2020.7.23. 청구법인의 주주총회에서 쟁점토지를 양도하기로 결의된 것으로 나타나고, 그 다음 날인 2020.7.24. 청구법인과 A(주) 간 쟁점토지에 대한 매매계약(아래 ＜표8＞ 참조)을 체결하였으며, 그로부터 약 2개월 후인 2020년 9월경 사업주체였던 F(주), 청구법인 및 대표이사 d 등은 A(주)과 E(주)에게 쟁점공사에 대한 사업시행권을 포기하는 각서를 작성하고, 2020.11.27. 쌍방 간 합의에 따라 매매계약을 변경하였으며, 이후 A(주)와 E(주)는 2020.12.30. 광주광역시 광산구청장에게 착공신고서를 제출하여 2021.1.6. 착공신고 수리통지를 받았다.

따라서 청구법인이 2020년 9월경 사업시행권에 대한 포기각서를 통해 쟁점공사를 시공하지 않을 의사표시를 함으로써 A(주) 및 E(주)는 2020.12.30. 광주광역시 광산구청장에게 쟁점공사에 대한 착공신고서를 제출하였던 것이다.

＜표7＞ 등기사항전부증명서상 쟁점토지등의 소유권 변경내역

(단위 : ㎡)

＜표8＞ 쟁점토지등 매매계약서상 대금지급일의 약정내용(변경)

(단위: 원)

OOO

(다) 처분청은 쟁점공사의 진행관계를 확인하기 위하여 A(주)의 부가가치세 환급신고 관련내용을 확인한바, 2021년 제1기 부가가치세 예정신고 시 첨부된 2021.2.9. A(주)와 E(주) 간 체결되어 있는 공사도급계약을 보면, 작성일은 2021.2.9., 계약서상 실착공일은 2021.1.7.(최초 대출금 인출일)이라고 소급하여 기재되어 있는바, 통상적으로 작성되는 공사계약서라면 계약일 이후에 공사가 착수되는 것이 일반적인데 반하여 이례적으로 착공일이 소급되어 작성되었음을 볼 수 있으므로 청구주장에 신빙성이 없다.

(라) 항공촬영 사진(구글어스)을 보더라도 청구법인이 주장하는 바와 같이, 진입로공사ㆍ묘지이전ㆍ수목정비ㆍ식재공사 등을 짐작할 수 있지만, 2020.11.21. 현재 쟁점공사에 대한 아무런 착공이 없다가, 2021. 2.16. 현재 겨우 수목을 제거한 사진에서야 비로소 굴착공사가 진행되고 있는 것처럼 보이고, 건축물에 대한 터파기 등 공사는 2021년 5월 이후에나 이루진 것으로 보인다(아래 ＜표9＞ 참조).

＜표9＞ 구글어스상 칼러사진 내역

(2) 처분청은 쟁점공사에 대한 착공의 주체가 별도로 규정되어 있지 않아 쟁점토지의 양도 당시 쟁점공사에 대한 착공의 주체가 청구법인이어야 한다는 것에 오해가 있었으나, 법원 판례에서 양도인이 착공하든 양수인이 착공하든 양도 당시에 쟁점토지에 건설이 착공된 경우라면 비사업용 토지의 양도의 기간에서 제외한다고 판시하였는바, 건설 주체가 그 토지의 소유자에 한정되지 않는다는 청구주장을 받아들이는 한편 쟁점토지등의 양도 당시 청구법인이 2020.9.18. 이미 쟁점공사에 대한 사업시행권을 A(주)에게 양도함으로써 건설공사에 착공할 수 없는 상태에 있었고, A(주) 또한 착공신고서만 제출하고 실제로는 착공에 이르지 아니한 상태에서 최종 양수도가 이루어졌으므로, 쟁점토지는 양도 당시 착공되지 아니하여 관련 법령상 비사업용 토지에서 제외되는 것에 해당하지 않는다. 다시 말해, 양도 당시 청구법인이 착공하든 A(주)가 착공하든 누군가가 쟁점토지 위에 실제로 건설에 착공한 상태가 아니므로 비사업용 토지로 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 A(주)로부터 옹벽공사나 조경공사를 도급받은 ㈜M의 옹벽공사와 N의 공사 착공일이 2021.1.5. 이므로 2021.1.7. 쟁점토지등의 양도일 이전에 쟁점공사에 대한 착공이되었다고 주장하나, 관련 세금계산서 수수내역을 조회(아래 ＜표10＞ 참조)한바, A(주)가 아닌 E(주)와의 거래분으로 나타나고, 옹벽공사나 수목이식공사만으로 건설에 착공했다고 보기는 어렵다.

＜표10＞ E(주)와 ㈜M 외 1과의 세금계산서 수수내역

(단위 : 매, 원)

OOO

(4) 쟁점토지등에 대한 건설의 착공을 확인하기 위하여 시행사인 A(주)와 시공사인 E(주) 간 거래내용에 관하여 A(주)의 2021년 제1기 부가가치세 환급신고 시 제출된 전자세금계산서 발급내역 1매를 보면, 최초 발급일은 2021.3.19.이고, 공급가액은 공사대금의 선급금으로 나타나는바, 일반적으로 선급금은 건설공사를 시작하기 전에 시행사와 시공사가 공사도급계약을 하고 공사를 시작하기 전에 시행사가 시공사에게 미리 지급하는 것으로, 시행사인 A(주)와 시공사인 E(주) 간 선급금을 2021.3.19. 수수하였다면 공사의 시작은 적어도 그 이후로 보는 것이 일반적이라 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 법인세 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면 제되는 토지

나.「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별 도 합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제92조의3(비사업용 토지의 기간 기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 법인세법 시행규칙

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가「건축법」제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구법인은 2019.3.1. 쟁점토지등을 개발하는 시행사로 (주)F를 설립한 후, 대표이사로 c을 영입(감사는 청구법인의 대표자 d)한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인은 2019사업년도경 E(주)를 쟁점공사에 대한 공동개발사업자로 선정ㆍ공동운영하면서 2020.9.4. 광주광역시장으로부터 공동주택사업계획을 승인받았다.

(다) 청구법인과 A(주) 간 체결된 쟁점토지등에 대한 매매계약서(아래 ＜표11＞ 참조), 합의서 및 사업시행권 포기각서 등에 의하면, 청구법인은 2020.7.24. A(주)와 OOO원에 쟁점토지등에 대한 매매계약을 체결한 후 2020.9.18. 사업시행권을 A(주)[모회사인 E(주) 포함]에게 양도하였고, 잔금지급일까지 진행된 공사와 사업에 관련한 일체의 책임과 의무는 A(주)가 부담하여 해결하고 청구법인은 일체의 책임이 없다는 내용 등으로 약정되어 있으며, A(주)는 2020.12.30. 광주광역시 광산구청장에게 쟁점공사에 대한 착공신고를 하고 2021.1.6. 착공신고 수리통지를 받은 것으로 나타난다.

＜표11＞ 쟁점토지등에 대한 매매계약 내용(변경 포함)

(단위 : 원)

OOO

(라) 청구법인의 임시주주총회 의사록에 의하면, 청구법인은 2020.7. 23. 쟁점토지등을 A(주)에게 양도하기로 결의한 것으로 나타난다.

(마) A(주)는 E(주)의 자회사로 쟁점토지등을 취득하기 위한 SPC라는 것에 대하여는 쌍방 간 이견이 없고, 쟁점공사의 시행사인 A(주)와 시공사인 E(주) 간 쟁점공사에 대한 공사도급계약을 체결하였다.

(2) 기획재정부의 2005년 간추린 개정세법에 의하면, 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하는 등 법인의 비사업용 토지에 대한 과세강화 차원에서「법인세법」제55조의2 제1항 제3호가 제정된 것으로 나타난다.

(3) 기획재정부는 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하고 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 착공주체에 관계없이「소득세법 시행 규칙」제83조의5 제1항 제5호가 적용되는 것”이라고 해석(재산세제과-541, 2009.3.20.)하였다.

(4) 청구법인은 쟁점토지등에 대한 촬영일자별(2017.5.26.～2023.4.22.) 항공사진 9매를 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 사실상 착공을 하였기에 사업용 토지에 해당함에도 이를 비사업용 토지로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 비사업용 토지 판정시 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있고(조심 2011중1240, 2012.4.25. 등 다수, 같은 뜻임), 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있는 것(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결, 같은 뜻임)인바, A(주)가 2021.1.6. 광주광역시 광산구청장으로부터 쟁점공사에 대한 착공신고 수리통지를 받았다 하더라도, 청구법인이 쟁점토지 양도 당시(2021.1.7.) 쟁점토지에 대한 실제 건설 착공이 있었는지 여부에 관하여 청구법인의 임시주주총회 결의서, 시업시행권 등 포기각서, 쟁점토지에 대한 매매계약서 및 합의서, 항공사진 등을 감안할 때 적어도 양도 시점에는 쟁점토지에 터파기공사 등 착공을 하였다고 볼 만한 정황이 드러나 있지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.