조심 2016중2352 (2017.06.21)

OOO세무서장이 2016.3.17. 청구인에게 한 2011.2.25. 증여분 증여세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 코스닥상장법인으로 2008사업연도에 「중소기업기본법」상 규모기준을 초과하여 2011.12.31.까지 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2011.1.1. 같은 법 시행령 제3조 제2호 다목에 따른 기준(이하 “관계기업 합산규모”라 한다)을 초과하였다.

나. 청구인은 2011.2.25. 장외에서 최대주주이자 특수관계인인 OOO로부터 쟁점법인의 주식 100,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원 합계 OOO원에 취득한 후, 쟁점법인을 중소기업으로 보고 거래일 전후 2개월 동안의 종가평균액 OOO원을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 시가로 보아 쟁점주식의 거래가액과 시가의 차액에서 OOO원을 공제한 OOO원을 저가양수에 따른 증여이익으로 하여 2011.5.31. 증여세 OOO원을 신고·납부하였으며, 처분청은 신고내용대로 결정하였다.

다. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인 및 청구인에 대한 세무조사 결과 증여세를 경정하지 아니하였으나, OOO장(이하 “감사청”이라 한다)은 처분청에 대한 감사를 실시하여 쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보고 쟁점주식의 평가액을 30% 할증하여 재산정한 OOO원을 증여이익으로 보아 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.3.17. 청구인에게 2011.2.25. 증여분 증여세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2016.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「중소기업기본법」은 ‘중소기업’과 ‘중소기업 유예기간을 적용받던 기업’을 엄격하게 구분하고 있는바(대법원 2013.2.14. 선고 2012두17520 판결, 같은 뜻), 중소기업 유예기간 배제를 규정한 같은 법 제2조 제3항 단서 및 같은 법 시행령 제9조 제3호는, ‘중소기업’이 관계기업 합산규모를 초과하여 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간을 적용하지 아니한다는 의미로 해석하여야 하는 것이지, 이미 매출규모 초과로 인해 ‘중소기업 유예기간을 적용 받던 기업’의 잔존 유예기간까지 실효시키는 규정으로 해석할 수 없다(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻).

대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결(대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻)은 「조세특례제한법」에 대한 것이나, 「조세특례제한법」은 「중소기업기본법」과 동일한 유예규정을 두고 있고, 특히, 관계기업제도 및 중소기업 유예제외 규정은 「중소기업기본법」의 내용과 동일하며, 중소기업청도 대법원 판례를 고려해야 한다는 입장이다.

(2) 2011년에 관계기업제도가 최초로 시행되어 쟁점주식 거래 당시 쟁점법인이 중소기업에 해당하는지 여부에 대하여 전문가 사이에서도 이견이 존재하였고, 현재까지도 유예기간 중에 있는 기업이 「중소기업기본법」상 관계기업 규정에 따라 바로 유예기간이 실효되는지 여부는 법원과 과세관청의 견해가 나뉘고 있으며 중소기업청도 명확한 답변을 하지 못하고 있다.

또한, 증여세는 정부부과결정방식의 세목으로서 납세의무가 납세자의 신고로 곧바로 확정되는 것은 아니고, 관할세무서장이 조사결정함으로써 확정되는 것인데, 관할세무서장은 별다른 조치 없이 신고시인 결정하였을 뿐만 아니라, 2014년 조사청의 증여세 조사 당시에 주식의 할증평가 문제가 있었음에도 이에 대한 경정이 없었던바, 청구인에게 과세관청의 판단에 반하는 납세의무 이행을 기대하기 어려우므로 가산세 부과처분은 가혹하다.

나. 처분청 의견

(1) 상증법상 주식의 할증평가 기준이 되는 중소기업 해당 여부는 「중소기업기본법」에 따라 판단하도록 규정하고 있는바, 같은 법 시행령 제3조 제2호 다목은 “관계회사에 속하는 기업의 경우에는 관계기업 합산규모를 초과하는 기업이 아닐 것”으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 부칙은 동 규정을 2011.1.1.부터 시행하도록 규정하면서, “이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011.12.31.까지는 중소기업으로 보나, 제3조 제2호 다목의 개정 규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니한다”고 규정하고 있으므로, 이미 유예기간 중에 있는 기업이라 하더라도 관계기업 합산규모를 초과한 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

중소기업청이 발간한 중소기업 범위 해설서(2012 개정판)에도 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 독립성 기준을 미충족하게 된 경우에는 유예기간이 인정되지 아니하며, 유예기간 중인 기업이라 하더라도 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 설명하고 있다.

(2) 청구인은 중소기업 해당여부에 대하여 법원과 과세관청의 견해 대립 등으로 세법해석상 어려움이 있었다고 주장하나, 과세관청 및 중소기업청은 관계기업 합산규모 초과 시 유예기간이 유지되지 아니한다고 일관되게 해석하였다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주식이 중소기업 주식에 해당하는지 여부

② 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 상속세 및 증여세법

제35조(저가ㆍ고가 양도에 따른 이익의 증여 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대해서는 해당 재산을 양수하거나 양도하였을 때에 그 대가와 시가(時價)의 차액에 상당하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다.

1. 타인으로부터 시가보다 낮은 가액으로 재산을 양수하는 경우에는 그 재산의 양수자

2. 타인에게 시가보다 높은 가액으로 재산을 양도하는 경우에는 그 재산의 양도자

② 제1항을 적용할 때 특수관계에 있는 자가 아닌 자 간에 재산을 양수하거나 양도한 경우로서 거래의 관행상 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 낮은 가액 또는 현저히 높은 가액으로 재산을 양수하거나 양도한 경우에는 그 대가와 시가의 차액에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 추정하여 대통령령으로 정하는 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. (단서 생략)

나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제13항 제2호에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다.

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주 등"이라 한다)의 주식 등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여「법인세법」제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령으로 정하는 주식 등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.

(2) 상속세 및 증여세법 시행령

제53조(코스닥상장법인의 주식등의 평가 등) ② 법 제63조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분"이란 평가기준일 전후 6월(증여세가 부과되는 주식 또는 출자지분의 경우에는 3월로 한다) 이내에 한국금융투자협회가 정하는 기준에 따라 매매거래가 정지되거나 투자유의종목 또는 관리종목으로 지정ㆍ고시된 경우(기획재정부령으로 정하는 경우를 제외한다)를 제외한 것을 말한다.

⑥ 법 제63조 제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업을 말한다.

(3) 조세특례제한법

제101조(중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례)「상속세 및 증여세법」제63조를 적용하는 경우 같은 법 제63조 제3항에 따른 중소기업의 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 또는 출자지분을 2012년 12월 31일 이전에 상속받거나 증여받는 경우에는 같은 법 제63조 제3항에도 불구하고 같은 법 제63조 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액에 따른다.

(4) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(5) 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제3조(중소기업의 범위)「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

나. 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 발행주식(「상법」제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(괄호 생략)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다.

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우

3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우

부칙

제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(6) 조세특례제한법 시행령

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(7) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 조사청은 쟁점법인에 대하여 2014.8.21.～2014.10.24. 기간 동안 주식변동조사를 포함한 법인통합조사(대상 과세기간 : 2011.1.1.～2013.12.31.) 및 청구인에 대한 증여세 조사(쟁점주식 취득자금출처 불분명 혐의 외)를 실시하면서 2011년에 OOO가 양도한 청구인의 주식 184,000주에 대한 양도소득세ㆍ증여세 신고내역 및 주식평가 근거서류 등을 요구하였다.

(나) 중소기업청이 발간한 ‘알기 쉽게 풀어 쓴 중소기업 범위해설’ (2012년 개정판)에 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 독립성 기준을 미충족하게 된 경우에는 유예기간이 인정되지 아니하고, 유예기간 중인 기업이라 하더라도 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 기재되어 있다.

(다) 청구인이 제출한 중소기업청의 질의회신문(2015.11.9.)에 “관계기업 제도의 시행 당시 유예제외 사유가 적용되는 대상이 중소기업만 적용되는지 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업도 포함되는지에 대해서는 최근 대법원 판례 등을 고려할 때 추가적인 검토가 필요할 수 있으므로 법제처에 문의하시기 바랍니다”라고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이나, 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점법인을 중소기업이 아닌 것으로 보아 증여세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①에서 청구주장이 받아들여져 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.