조심 2017부2636 (2017.08.24)

OOO세무서장이 2017.2.24. 청구법인에게 한 2012～2015사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1983.8.2. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 조립금속제품 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인사업자로, 2009사업연도 매출액이 1천억원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항에 따라 2009사업연도와 그 다음 3개 과세연도인 2012사업연도까지 중소기업으로 보는 기간(이하 “중소기업 유예기간”이라 한다)으로 보아 중소기업에 해당하는 연구·인력개발비 세액공

제율 25%를 적용하여 해당 사업연도의 법인세를 각 신고·납부하였다.

나. 2013년 9월 OOO국세청장이

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 규정에 따라 2012사업연도에 관계기업과의 매출액 합계액이 1천억원을 초과하므로 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 하여 수정신고를 권고함에 따라 청구법인은 2012사업연도의 연구·인력개발비 세액공제율 15%를 적용하여 수정신고를 하였고, 이후 2013～2015사업연도의 경우

조특법 제10조

제1항 제3호 나목 3)에 의한 중견기업으로 보아 8%의 연구·인력개발비 세액공제율을 적용하여 법인세 신고를 하였다.

다. 청구법인은 중소기업 유예기간 중에는 2012년부터 적용되는

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 및 제3호에 의한 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하더라도 그 유예기간이 실효되지 아니한다는 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 및 대법원 2017.1.12. 선고 2016두5392 판결)에 따라 2012사업연도는

조특법 제10조

제1항 제3호 나목 1)에 의한 25%의 연구·인력개발비 세액공제율을, 2013～2015사업연도는

조특법 제10조

제1항 제3호 나목 2) 가)에 의한 15%의 연구·인력개발비 세액공제율을 각 적용하여 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 처분청은 2017.2.24. ‘조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 기업이 유예기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다’는 예규(기획재정부 조세특례제도과-97, 2017.1.19.)를 이유로 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 2010.12.30. 조특법 시행령 개정(대통령령 제22583호로 개정된 것, 이하 “개정 조특법 시행령”이라 한다)으로 2012.1.1.부터 적용된 관계회사 간의 매출액 등을 합산하여 중소기업 여부를 판단함에 있어 관계회사 간의 매출액을 합산하여 중소기업 졸업기준이 적용되는 경우에는 개정

조특법 시행령 제2조

제1항 제3호에 따라 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하므로 청구법인은 더 이상 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다는 의견이나,

청구법인은 관계회사의 매출액을 합산하기 이전인 2009사업연도에 이미 그 매출액이 1천억원을 초과하였기 때문에 2012년부터 적용되는 관계회사 매출액의 합산으로 새로이 1천억원이 초과된 경우에 해당하지 아니하는바, 관계회사의 매출액 합산여부와 관계없이 청구법인은 이미 1천억원을 초과하였으므로 2012년 신설된 관계기업의 매출액을 합산하여 중소기업 여부를 판단한다 하더라도 합산으로 인한 특별한 사정의 변화가 없는 한 세법이 보장한 ‘중소기업 유예기간’의 권리를 보장하여야 한다.

(2) 나아가, 개정 조특법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 그 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니하고, 개정

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이런 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로 해석하기는 어렵다 할 것인바, 개정

조특법 시행령 제2조

제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 중소기업에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 및 대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임).

(3) 따라서, 청구법인은 이미 2009사업연도 매출액이 1천억원을 초과하여 그때부터 2012사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로 개정 조특법 시행령의 시행으로 2012.1.1.부터 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당되더라도 여전히 그 유예기간이 적용된다 할 것인바, 기존에 청구법인에게 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제로 한 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법은 「중소기업기본법」의 독립성 기준과 유예기간 제도에 대한 기본개념도 준용하고 있는바, 이에 대한 중소기업청의 해석은 ‘유예기간 중에 있는 기업’도 유예기간 적용 배제 사유에 해당하는 경우 잔여 유예기간이 소멸되는 것으로 보고 있다.

(2) 최근 대법원 판례(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)에 따르면 개정

조특법 시행령 제2조

제2항 후단의 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 ‘중소기업’과 별도로 구분하여 표시하고 있다고 보아 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 ‘중소기업’이 아니므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’은 중소기업 유예 적용 배제대상이 아니라고 해석하고 있는바, 중소기업을 졸업하는 과세연도에만 유예기간 배제여부를 판단한다면 유예기간 중 독립성 기준 위배 사유가 동일하게 발생하였는데도 그 사유의 발생시점에 따라 중소기업 적용 배제여부가 달라지는 불합리한 문제가 발생하며,

조특법 제2조

제2항 단서에 ‘유예기간 중에 있는 기업’이란 표현이 들어간 것은 종전에 통칙으로 운영되던 합병법인에 대한 적용례를 2010.12.30. 법령화한 것으로 상기 대법원 판결은 동 조항의 입법취지를 오인한 것으로 볼 수 있다.

(3) 또한, 최근 기획재정부 예규(조세특례제도과-97, 2017.1.19.) 및 국세청 예규 등을 통해 규모 확대 등으로 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이

조특법 제2조

제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 일관되게 해석되는 점 등으로 보아 청구법인이 제기한 2012∼2015사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법 시행령」제2조

제2항 단서 규정에 따라 중소기업 유예기간이 적용되지 아니하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 처분청에 제출한 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구내용은 다음과 같은바, 처분청은 2017.2.24. 이를 거부통지한 것으로 나타난다.

(2) 관계기업[지배기업 : 청구법인, 종속기업 : OOO]의 연도별 매출액 현황은 다음과 같은바, 청구법인은 독자적으로 2009사업연도 매출액이 1천억원을 초과하여

조특법 시행령 제2조

제2항에 따라 2012사업연도까지 4년간 중소기업 유예기간을 적용받던 중 처분청이 2012.1.1. 시행된 관계기업 제도로 인해 종속기업인 OOO와의 매출액 합계액이 1천억원을 초과하여 중소기업에 해당되지 아니하게 된 경우로 보아

조특법 제2조

제2항 단서 및 제3

호에 따라 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하였다

.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 중소기업 유예기간 적용 중에 있는 기업이

조특법 제2조

제1항 제3호에 따른 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다는 의견이나,

기획재정부가 발간한 ‘2011년 간추린 개정세법 해설’에서 관계기업 제도 기준변경으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우에도 규모기준 변경 등의 경우와 동일하게 중소기업 유예기간을 적용할 필요가 있다고 해석하고 있는 점(조심 2014구454, 2014.5.28., 같은 뜻임), 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업에 속하는 기업으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 언제부터 유예기간이 실효되는지에 대한 명확한 규정이 없어 이미 진행 중이던 청구법인의 중소기업 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 조심 2016중2352, 2017.6.9. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임), 2015.2.3. 개정된 조특법 시행령(대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조 제2항 제3호에서 관계기업 기준을 중소기업 요건으로 규정하면서도 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않았고 관계기업으로서 중소기업에 해당하지 아니하는 경우에도 중소기업 유예기간을 적용하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 2012～2015사업연도

법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다

.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정된 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액.(단서 생략)

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가)

최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터

3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나)

가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

(2) 조세특례제한법 시행령

(가) 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것

제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (중간 생략) 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(나) 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것

제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호(

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

(3) 중소기업기본법

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1.

다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업.(후단 생략)

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.(단서 생략)

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우