조심 2014구0454 (2014.05.28)

OOO세무서장이 2013.12.6. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO의 부과처분은 중소기업특별세액감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 전문제조업을 영위하는 코스닥상장회사이고, 그 주주 및 관계기업의 현황은 아래 ＜표1＞과 같으며, 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」이 개정됨에 따라 2012사업연도부터는 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나, 그 적용이 3년간 유예된다고 보아 중소기업의 경우에 적용되는 감면을 적용하여 2012사업연도 법인세를 신고하였다. ＜표1＞ 주주 및 관계기업 현황 (단위 : %) OOO 나. 처분청은 청구법인이 2012사업연도부터 중소기업이 아니고 그 적용도 유예되지 아니한다고 보아 중소기업특별세액감면 OOO을 부인하는 등으로 2013.12.6. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO을 경정.고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.30. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 “2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호의 개정에 따라 새로이 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 그 사유가 발생한 2012.12.31.이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.”고 규정한 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항에 따라 2012사업연도는 중소기업에 해당한다. (2) 기획재정부가 발간한 ‘2011년 간추린 개정세법’ 책자는, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항을 해석하면서 「중소기업기본법 시행령」의 관계회사제도 기준 변경으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우에도 유예기간을 적용할 필요가 있다’고 해석하고 있는데, 이 같은 유권해석을 신뢰한 청구법인에게 한 처분은 신의성실원칙에 반하여 위법하다. (3) 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」개정에 따라 청구법인이 중소기업에서 제외되지 않기 위해서는 2011.12.31.까지(3일 간)의 기간 내에 개정법률에 맞게 출자관계를 해소해야 하므로, 이는 법적 안정성을 해치는 입법이고 이에 근거하여 행한 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 법령개정으로 중소기업에서 제외되었으므로 유예기간을 적용하여야 한다는 주장에 대하여 청구법인은 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」“제3조 제1항 제2호”의 개정으로 중소기업에서 제외되었다고 주장하나, 관계기업의 정의를 구체화한 “제3조의2【지배 또는 종속의 관계】”의 개정으로 2012.1.1.부터 새로이 중소기업에서 제외되었고, 중소기업 적용의 유예를 정하고 있는 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항은, 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간을 적용한다고 규정하고 있을 뿐, 청구법인이 중소기업에서 제외된 원인이 된 규정인 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 를 열거하고 있지 아니하므로 청구주장은 이유 없다. (2) 신의성실의 원칙에 위배된 부당한 처분이라는 주장에 대하여 청구법인은 ‘2011년 간추린 개정세법’ 책자를 근거로 ‘ 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항에 관한 유권해석(‘「중소기업기본법 시행령」의 관계회사제도 기준 변경으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우에도 유예기간을 적용할 필요가 있다’)을 신뢰하였으므로 이에 반하는 이 사건 처분은 부당하다고 주장하나, 간추린 개정세법 책자의 끝 페이지를 보면 ‘본 책자는 개정된 세법내용을 설명하는 데 목적이 있으므로 본 설명 중 개정법령과 상이한 내용이 포함되는 경우에는 법령에 우선순위가 있음을 알려드립니다.’라고 기재된 점, 책자의 내용보다 법령을 우선시해야 됨은 당연한 점 등으로 볼 때, 책자는 단지 법령을 적용하는 데 참고자료로 활용될 뿐 과세관청의 공적 견해표시로 볼 수 없는 것이다. (3) 법률의 예측가능성 또는 법적 안정성을 해치는 시행령이므로 그에 따른 과세처분은 부당하다는 주장에 대하여 「조세특례제한법 시행규칙」제2조 는 중소기업의 판단에 있어 자기자본, 매출액, 자산총액을 과세연도 종료일 기준으로 규정하고 있어 관계기업 판단을 위한 지분소유비율 또한 과세연도 종료일을 기준으로 하여야 할 것이므로, 청구법인의 법적안정성 또는 예측가능성에 대한 주장은 타당하지 아니하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」이 개정되어 실질적 독립성 부적합으로 중소기업에서 제외되었으나, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항에 따른 유예조치에 따라 중소기업에 해당함에도 이를 부인하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 실질적으로 중소기업의 범위를 넘는 관계기업을 중소기업에서 제외함으로써 공정하고 경쟁 촉진적인 중소기업 경영환경을 조성하기 위하여 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」이 개정되었고, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 제1호 가목이 종전 “지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 “최다출자자”라 한다)”에서 “단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인”으로 개정됨에 따라 청구법인의 주식을 28.27% 소유하고 있던 주주 오OOO은 형제.조카 등 다른 친족의 지분을 합산하면 30% 이상이 되어 결과적으로 개정 시행령에서 새로 도입된 관계기업에 부합하게 되었으며, 개정 시행령 제3조 제1항 제2호 다목이 “관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업”이라는 내용으로 신설되어 이에 해당할 경우 제3조 제1항 제2호 본문에 따라 중소기업에서 제외하도록 소유와 경영의 실질적 독립성 요건이 강화되었고, 이에 따라 제7조의4 및 [별표1]의 기준에 의하여 중소기업 요건충족 여부를 보면, 2011.12.31. 청구법인의 자기자본은 OOO이나 관계기업 전체를 합산할 경우 OOO이 되어 결과적으로 「중소기업기본법 시행령」개정으로 인하여 중소기업 요건인 자기자본 OOO을 초과하게 됨으로써 중소기업에서 제외된 사실이 심리자료에 나타난다. (2) 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항이 개정되면서 종전에 “ 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정”이라는 부분이 “ 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정”으로 개정되었으며, 이와 관련하여 기획재정부가 발간한 2011 간추린 개정세법 215쪽의 관련 내용은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 2011 간추린 개정세법(215쪽)

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항에서 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우 유예기간을 적용한다고 규정하고 있어 청구법인이 중소기업에서 제외된 원인이 된 규정인 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 를 열거하고 있지 아니하므로 중소기업 적용의 유예를 적용할 수 없다는 의견이나, 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 는 관계기업에 관하여 그에 속하게 되는 경우를 열거하고 있는 조문으로서 직접적으로 중소기업 포함여부를 규율하는 것은 아니고, 제3조는 중소기업의 요건을 정하고 있는 조문으로서 위 (1)에서 본바와 같이 청구법인은 제3조 제1항 제2호 중 다목의 요건을 충족하지 못하여 중소기업에서 제외된 것으로 볼 수 있는 점, 또한, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항의 개정과 관련하여 기획재정부도 간추린 개정세법 해설을 통해 관계회사제도 기준 변경으로 인해 중소기업에서 제외되는 경우에도 규모기준 변경 등의 경우와 동일하게 유예기간을 적용할 필요가 있다는 취지를 밝히고 있고, 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」제3조의2 가 개정되어 그 시행일인 2012.1.1.부터 청구법인이 중소기업에서 제외되었으나, 2012.2.2. 개정된 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항도 부칙에 따라 2012.1.1.부터 적용되므로, 「중소기업기본법 시행령」개정으로 중소기업에서 배제된 시점과 「조세특례제한법 시행령」제2조 제5항의 중소기업 유예조치가 적용되는 시점이 모두 2012.1.1.로 동일한 청구법인의 경우에는 그러한 유예조치의 대상이 된다고 보이는 점 등에 비추어 처분청의 과세처분은 잘못이라고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)

(2) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】 ① 「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다. 1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원 2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 [* 개정전 조문 : 지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 “최다출자자”라 한다)] 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의4【관계기업의 상시근로자수등의 산정】① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.