조심 2016광3455 (2016.11.07)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2000.2.26. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 종이 및 판지 제조업 등을 영위하고 있는 법인사업자로, 2013사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제26조 및 제25조의2 등에 따른 감면세액 OOO원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 신고하였다. 나. 2016년 5월 국세청에 대한 감사원의 감사결과 처분요구에 따라 처분청은 2013사업연도에 청구법인과 청구법인의 주식 OOO%를 보유한 OOO(주)는 관계기업에 해당하고, 두 법인의 매출액 합계액이 OOO원을 초과하여 조특법 시행령(이하 “조특령”이라 한다) 제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점감면세액을 배제하고 2016.7.8. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.9.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 관계기업 적용을 받더라도 조특령 제2조 제5항에 따라 실질적인 독립성 기준의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 해당하므로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 것이 타당하며, 관련 심판결정례(조심 2014구454, 2014.5.28.)에서도 2012.1.1. 시행된 개정 규정에 따라 관계기업에 해당하게 된 경우 조특령 제2조 제5항의 적용대상이라고 판시하고 있고, 기획재정부가 발간한 ‘2011년 간추린 개정세법 해설’에서도 관계기업 제도 기준변경으로 인하여 중소기업에서 제외되는 경우에도 규모기준 변경 등의 경우와 동일하게 중소기업 유예기간을 적용할 필요가 있다고 해석하고 있다. (2) 청구법인의 관계기업인 OOO(주)는 2010사업연도 매출액이 중소기업 졸업기준인 OOO원 이상에 해당되어 조특령 제2조 제2항에 따라 2010사업연도부터 2013사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있다. 조특령 제2조 제2항 단서 및 제3호의 실질적인 독립성 기준 중 관계기업 기준 초과시 중소기업 유예기간 적용제외 사유로 규정한 것은 ‘이미 중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는’ 기업에게는 적용되지 않으므로 유예기간이 실효되지 않는다 할 것인바, 이는 법률상 유예기간이 언제부터 실효되는지에 대한 아무런 규정이 없고 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 대한 명문규정이 없는 상태에서 유예기간을 실효시키는 것은 조세법률주의에 위배되는 것이며, 이에 따라 2013사업연도 현재 청구법인의 관계기업인 OOO(주)가 중소기업 유예기간 중에 있으므로 청구법인도 당연히 중소기업에 해당된다 할 것이다. (3) 2015.2.3. 개정 조특령(대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조 제2항 제3호는 관계기업 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 유예기간 적용제한 사유에서 제외하고 있는바, 이는 하나의 기업일 경우 규모기준 등 초과시 중소기업 혜택을 3년간 유예시켜 주고 2이상의 관계기업일 경우에는 규모기준 초과시 중소기업 유예기간을 배제하는 것이 불합리하므로 개정한 것으로 보인다. 또한, 관계기업 기준을 중소기업 요건으로 규정하면서도 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않았고 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니할 경우 중소기업 유예기간을 적용하는 것으로 개정되었으므로 청구법인과 관 계기업인 OOO(주)는 중소기업 유예기간의 적용대상이라 할 것이다. (4) 청구법인과 관계기업인 OOO(주)는 2010사업연도부터 2013사업연도까지는 중소기업 유예기간의 적용을 받도록 예정되어 있었으나, 2012년 조특법 개정으로 관계기업에 해당된다는 이유로 유예기간 적용을 배제하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되는바, 관계기업인 OOO(주)가 2010사업연도부터 이미 중소기업 유예기간 중에 있었으므로 이후 3년간 중소기업 유예기간의 혜택이 주어졌고, 유예기간 중에 실효시키기 위해서는 법령에 명확한 근거가 있어야 함에도 구체적인 근거 없이 유예기간을 중단하고 과세한 것은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) OOO(주)는 청구법인의 주식을 2012년말 OOO% 보유하고 있었는바, 이는 지배기업[OOO(주)]이 종속기업[청구법인]의 주식 등을 OOO% 이상 소유하면서 최다출자자에 해당되는 경우로서 두 법인 간에는 지배·종속관계가 성립(관계기업에 해당)하며, 관계기업인 기업 간의 주식 등 소유비율에 따라 합산하여 산정한 2012∼2013사업연도의 매출액 규모가 OOO원(조특령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서)을 초과하였으므로 조특령 제2조 제1항 제3호에 따라 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목에 적합하지 아니하여 중소기업 기준에 부합하지 아니하며, 조특령 제2조 제2항을 적용할 때 국내기업이 같은 조 제1항 제3호에 따른 요건을 갖추지 못함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것이다. (2) 청구법인이 제시한 판례는 중소기업 유예 중인 기업까지 관계기업 기준시행에 따라 2012.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용받고 있던 중소기업 유예기간을 실효시킬 수 없다는 취지이고, 조특령 제2조 제2항에 대한 2015.2.3.자 개정규정은 2015.1.1. 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용하여야 하며, 2015.1.1. 이전 종전 조특령 제2조 제1항 제1호 기준을 충족하지 못한 기업에 대해서는 제2조 제2항 개정규정에도 불구하고 종전규정에 따라 중소기업 유예기간을 배제하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인을 「조세특례제한법 시행령」제2조 에 따른 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점감면세액을 배제하고 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 시행령 (가) 2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것 . 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고 , 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고 , 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표1 및 별표2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다 . (나) 2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것 제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 3. 제1항 제3호(「 중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외 한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 (2) 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다. ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업 으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식 등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다. 1) 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원 2) 주식 등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. (단서 생략) 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우 2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 부칙(대통령령 제23412호, 2011.12.28.) 제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행 한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다. 제3조(중소기업의 범위에 관한 경과조치) 이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다 . 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인과 OOO(주)의 연도별 매출액은 다음과 같다. <표1> 연도별 매출액 (나) 청구법인의 주식변동상황명세서 및 OOO(주)의 조세심판결정서(조심 2015전1013, 2015.4.20.) 등에 의하면, 1) OOO(주)는 독자적으로 2010사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여 조특령 제2조 제2항에 따라 2013사업연도까지 4년간 중소기업 유예기간을 적용받던 중 청구법인의 지분을 2012년말 OOO% 보유함으로써 2012년부터 조특법상 관계기업에 해당하게 되었다. <표2> 청구법인의 주주현황(2013사업연도) <표3> OOO(주)의 청구법인 주식 취득내역 2) OOO(주)는 심판청구(조심 2015전1013, 2015.4.20.)를 거쳐 행정소송을 제기한 결과 1심(서울행정법원 2016.5.27. 선고 2015구합7357 판결)은 원고 승소, 2심(서울고등법원 2016누49510) 계류 중에 조정성립되어 원고 소취하(2016.10.10.)한 것으로 나타난다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제1항 단서·제3호 및 제2항 단서·제3호에 의하면 2012사업연도부터 관계기업으로서 매출액, 자본금, 상시근로자수, 자산총액 등이 일정규모(매출액의 경우OOO원)를 초과하는 경우 실질적 독립성 기준 위반으로 중소기업에 해당하지 아니하고 이 경우 그 유예기간도 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2013사업연도에 관계기업[지배기업(OOO(주)과 종속기업(청구법인)]의 매출액 합계액이 OOO원을 초과하여 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하였으므로 조특령 제2조 제5항에 의한「중소기업기본법 시행령」의 개정으로 중소기업에서 제외된 것이 아니라 조특령 제2조 제1항 제3호에 의한 실질적 독립성 기준을 위반하여 중소기업에서 제외되었고 그에 따라 조특령 제2조 제2항 단서의 규정이 적용되어 중소기업 유예기간도 적용받을 수 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인을 조특령 제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점감면세액을 배제하고 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.