서울행정법원-2015-구합-7357 (2016.05.27)

사 건

서울행정법원 2015구합7357 법인세부과처분취소

원 고

00 주식회사

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2016.04.22.

판 결 선 고

2016.05.27.

주 문

1. 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2013년도 귀속 법인세 159,088,310원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 7. 25. 화장지 등의 제조 및 도소매업을 목적으로 설립된 법인으로2010 사업연도에는 1,013억 원, 2011 사업연도에는 1,169억 원, 2012 사업연도에는1,243억 원, 2013 사업연도에는 1,289억 원의 매출액을 달성하였는바, 원고의 매출액이 2010 사업연도에 최초로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 본문에 따라 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 유예기간의 적용을 받게 되었다.

나. 한편, 조세특례제한법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서제3조 제2호에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건으로 다목을 추가하여 ‘관계회사’에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다. 이후 구 조세특례제한법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2조 제1항 제3호 전단 및 제2조 제2항 단서에서 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호다목의 관계회사 기준을 도입하여 관계회사의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준을충족하는 경우에는 제외기준 충족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업유예기간을 적용하지 않도록 규정하고, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호 전단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.

다. 원고가 보유하고 있던 주식회사 00페이퍼(이하 ‘00페이퍼’라 한다)의 주식변동 사항은 아래 표와 같다.

사업연도 보유주식 추가취득 주식수 취득일자 지분율(%)

2010 222,808 20,000 33.76

2012 228,808 6,000 2012. 3. 19. 34.67

2013 330,000 101,192 2013. 10. 16. 50.00

라. 원고는 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고하면서, 중소기업 유예기간 중에 있음을 이유로 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제7조, 제10조에 따라 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 적용한 세액을 신고하였다.

마. 중부지방국세청장은 피고에 대한 종합감사 후 피고에게 원고가 00페이퍼와 관계회사에 해당되고 두 법인의 매출을 합칠 경우 2013 사업연도 환산 매출액이 1,987억 원으로 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령(2014. 1. 4. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항 단서, 같은 조 제1항 제3호에 따라 중소기업에 해당되지 않음에도 각종 세액공제율을 적용하였다고 통보하였다. 위 감사결과에 따라 피고는 2014. 10. 1. 원고에게 각종 세액공제율을 미적용한 후 2013년도 법인세 159,088,310원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 12. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 4. 20. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 사유

가. 원고의 주장

1) 원고는 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 넘어 중소기업에 해당하지 않게된 사유가 이미 발생했고, 다만 중소기업 유예기간 적용을 받아온 것일 뿐이어서 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에 따른 관계회사 기준의 도입으로 비로소 중소기업에 해당하지 않게 된 것이 아니므로, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에서 유예기간 적용제외 사유로 규정한 ‘다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해당하지 않는다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 중소기업 유예기간을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 00페이퍼의 주식 34%를 보유한 상태였는데, 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 23412호로 개정된 것) 제3조의21)가 2012. 1. 1. 시행되면서 원고와 00페이퍼는 관계회사에 해당하게 되었고 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5항2)에 따라 원고에게 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보아야 하므로 원고가 2013년에 00페이퍼의 주식을 추가로 취득했더라도 여전히 위 유예기간이 적용된다.

3) 2013년 당시 조세특례제한법에서는 관계회사에 해당할 경우 유예 제도가 명백히 규정되어 있지 않았지만 당시 구 중소기업기본법 시행령(2013. 10. 16. 대통령령제24799호로 개정되기 전의 것) 제9조 제4호에서는 유예기간을 적용한다고 규정하고 있었고, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조 제2항 제3호는 관계회사 규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니할 경우라도 유예기간을 적용한다고 규정하고 있는 점을 고려하면 관계회사 규정으로 인해 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 유예기간이 적용되어야 한다고 해석하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있는바, 원고의 경우 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 의하여 유예기간의 적용을 받을 수 없는지 여부가 문제된다.

살피건대, 위 인정사실과 관계 법령의 내용 및 형식 등에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 중소기업기본법 시행령 및 개정 조세특례제한법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계회사 기준을 도입함에 따라 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않는다 하더라도, 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로, 원고에게 부여된 기존의 유예기간은 실효되지 않는다고 봄이 타당하다.

① 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다”라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언에 의하면, 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 유예기간 동안은 조세감면 요건인 중소기업에 해당하는지 여부를 별도로 판단하는 과정을 거치지 아니하고 중소기업으로 간주하는 것으로 해석함이 상당하고, 이러한 해석이 확장해석이나 유추해석에 해당한다고 볼 수 없다.

② 또한 위 관계 법령의 문언 및 2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 제3호는 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간 적용 제한 사유에서 제외하고 있어, 관계회사 기준을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 유예기간을 부여할 것인지 여부는 입법 정책의 문제인 것으로 보이는 점, 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목은 중소기업의 실질적 독립성 요건으로 관계회사 기준을 도입하면서 부칙 제2조에서 개정 시행령 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 에는 2011. 12. 31.까지 중소기업으로 보되 다만 관계회사 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외한다고 규정하여 유예기간의 실효 여부에 대하여 규정을 두고 있으나, 개정 조세특례제한법 시행령 부칙은 중소기업기본법 시행령의 관계회사 기준을 중소기업의 요건으로 규정하면서도 종전에 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않은 점을 고려하면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 “개정조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문에 해당하는 중소기업이 관계회사에 속하는 기업이어서 관계회사의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과함에 따라 비로소 제2조 제1항 본문의 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석함이 타당하고, 그 문언의 객관적인 의미를 벗어나서 “개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 아닌 기업으로서 같은 조 제2항 본문에 따라 이미 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이 관계회사에 속하는 기업이어서 관계회사의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하는 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용하지 않는다”는 의미로 해석하여 이미 적용받고 있던 유예기간까지 실효시키는 규정으로 볼 것은 아니다.

③ 더욱이 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 “유예기간 중에 있는 기업과 합병하여 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 경우에 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다”고 하여 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우만을 유예기간이 실효된다고 명시적으로 규정하고 있는바, 이러한 규정에 비추어 보더라도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단의 규정은 원고와 같이 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 부여된 유예기간을 실효시키는 규정으로 보기는 어렵다(설사 이와 달리 해석하더라도, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는 지에 관하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하므로, 언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 그 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리인 것으로 보여, 이러한 점에서도 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 전단을 유예기간 실효규정으로 해석하기는 어렵다. 실제로 유예기간 실효규정인 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 후단은 “합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다”라고 규정하여 이미 부여된 유예기간이 실효되는 시점을 분명히 하고 있다).

2) 소결론

원고의 첫 번째 주장을 받아들여 원고에게 중소기업 유예기간이 적용된다고 판단하는 이상 원고의 나머지 주장에 관하여는 더 이상 판단하지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 1일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. (이하 생략)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·

인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우: 100분의 25

■ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, ...,「에너지이용 합리화법」제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천 명 이상, 자기자본이 1천 억 원 이상, 매출액이 1천 억 원 이상 또는 자산총액이 5천 억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호의 규정에 적합할 것. 이 경우같은 영 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 법인과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, ..., 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

부칙 <제22583호, 2010.12.30>

제1조(시행일)

이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 …(생략)…을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

■ 구 조세특례제한법 시행령 (2014. 1. 4. 대통령령 제25079호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른수탁생산업, 제54조제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 「도시가스사업법」 제2조제4호에 따른 일반도시 가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항제2호나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

■ 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정된 것)

제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 …(생략)…을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. 삭제

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며,「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이「조세특례제한법 시행령」제2조제1항제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항제3호(「중소기업기본법 시행령」제3조제1항제2호다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

■ 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제2조 (정의)

이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계회사"란 개인 또는「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다.

제3조 (중소기업의 범위)

「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천 명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액중 적은 것으로 한다.

다. 자기자본이 5백 억 원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천 5백억 원 이상인 기업

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2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

나. 제1호 나목에 따른 법인(「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(「상법」제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것

부칙 <대통령령 제21368호, 2009. 3. 25.>

제1조(시행일)

이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월1일

2. 제3조 제1호 다목·라목 및 제9조 제3호의 개정규정: 2012년 1월 1일

제2조(경과조치)

이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

■ 구 중소기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정된 것)

제3조의2(지배 또는 종속의 관계)

① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 다른 국내기업의 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 기업과 그 다른 국내기업은 제1항에 따른 지배기업과 종속기업의 관계로 보지 아니한다.

1. 「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술금융사업자

3. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 신기술창업전문회사

4. 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력기술지주회사

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자

■ 구 중소기업기본법 시행령(2013. 10. 16. 대통령령 제24799호로 개정되기 전의 것)

제9조(유예 제외)

법 제2조제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

4. 중소기업이 제3조제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우.

1) 지배관계에 대하여 지배기업이 종속기업의 주식 등을 100분의 50 이상 소유하는 경우라고 하였다가 종속기업의 주식 등을100분의 30 이상을 소유하면서 최다출자자인 경우라고 개정하였다.

2) 중소기업기본법 시행령의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정되어 있다.