조심 2018구2324 (2018.10.10)

1. 처분개요 가. 청구법인은 대구광역시 달서구 달서대로 554에서 자동차부품 제조업을 영위하는 법인으로, 2011사업연도(2010.7.1.～2011.6.30.) 종료일 현재 아래 <표1>과 같이 주식회사 OOO 외 2개의 특수관계법인이 총발행주식의 56.32%를 보유하고 있어, 「중소기업기본법 시행령」제2조 에 따른 ‘관계기업’으로서 같은 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 의한 관계기업기준(이하 “관계기업기준”이라 한다)을 초과하고 있었고, 2012사업연도(2011.7.1.～2012.6.30.)에 자기자본이 OOO억원을 초과하여 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특령”이라 한다) 제2조 제1항 단서의 규모기준을 초과하게 되었으며, 2015사업연도(2014.7.1.～2015.6.30.)까지 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’(이하 “유예기간 중에 있는 기업”이라 한다)에 해당하는 것으로 보아 법인세를 신고하다가, 2012.1.1. 조특령 제2조 제1항 제3호 개정규정(이하 “쟁점규정”이라 한다)이 시행됨에 따라 2013사업연도(2012.7.1.～2013.6.30.)에 실질적인 독립성 중 관계기업기준을 초과하였고, 2013사업연도부터 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 판단하여 중소기업 기준을 배제하고 법인세를 신고하였다. <표1> 특수관계 주주 현황(2011.6.30. 현재) OOO 나. 그 후 청구법인은 2012.7.1.부터 관계기업기준을 초과하였더라도 잔여 유예기간을 계속 적용하여야 한다고 주장하면서, 연구·인력개발비 세액공제, 고용창출투자세액공제 등을 중소기업기준을 적용하여 재계산하여 2018.2.13. 처분청에 법인세 합계 OOO원[2013사업연도분 OOO원, 2014 사업연도(2013.7.1.～2014.6.30.)분 OOO원, 2015 사업연도분 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2018.4.2. 청구법인에게 경정청구거부통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.5.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2012사업연도 중 규모기준(자기자본 OOO억원)을 초과하여 유예기간 중에 있는 기업이 되었고, 2013사업연도에 쟁점규정이 시행됨에 따라 비로소 관계기업기준을 초과하게 된 것이며, 유예기간 중에 있는 기업의 경우 쟁점규정의 시행으로 인하여 중소기업 유예기간이 실효되지 아니하는 것(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임)이므로, 청구법인이 2013사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (1) 청구법인은 2012사업연도에 자기자본 OOO억원을 초과하여 동 사업연도부터 유예기간 중에 있는 기업이 되었고, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조특령 부칙에 따라 2012.1.1.이후 최초로 개시 하는 과세연도부터 쟁점규정이 시행되었으므로, 청구법인에게는 2012.7.1. 개시한 2013사업연도부터 쟁점규정이 적용되어 관계기업기준을 초과하게 된 것인바, 처분청이 아직 시행되지도 아니한 쟁점규정을 2012사업연도 이전의 사업연도에 소급적용함으로써, 청구법인을 2012사업연도 이전에 이미 관계기업기준을 초과한 기업에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 소급과세금지의 원칙에 반하여 위법하다. (2) 대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결은 유예기간 중에 있는 기업의 경우 쟁점규정의 시행으로 인하여 중소기업 유예기간이 실효되지 아니한다고 판시하였는바, 2012사업연도에 이미 규모기준 초과로 유예기간 중에 있는 기업이 된 청구법인의 경우 2013사업연도에 쟁점규정의 시행으로 관계기업기준을 초과하게 되었다고 하더라도, 잔여 중소기업 유예기간을 계속 적용받을 수 있다고 봄이 타당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 2012사업연도에 자기자본 OOO억원을 초과하여 중소기업에서 중견기업으로 전환되어 중소기업 유예기간 중에 관계기업기준을 초과하였다고 주장하나, 상기 <표1>의 특수관계 주주현황과 같이 청구법인은 2012사업연도에 이미 관계기업기준을 초과하고 있었으므로 유예기간 중에 있는 기업에 해당하지 아니하고, 설령 청구법인이 2013사업연도에 유예기간 중에 있는 기업에 해당하였다고 하더라도, 쟁점규정을 적용함에 따라 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 중소기업 유예기간 중 관계기업기준에 의하여 중소기업기준을 초과한 청구법인이 기준을 초과한 해당 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 가. 업종의 특성 나. 상시 근로자 수 다. 자산규모 라. 매출액 등 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다. ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다 . 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다 . (2) 중소기업기본법 시행령 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다. 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 나. 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 발행주식( 「상법」제370조 에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(괄호 생략)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다. 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다. 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업 과 중소기업 이 합병하는 경우 2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우 3. 중소기업 이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우 부칙<2009.3.25.> 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목 , 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일 제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 조세특례제한법 시행령 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업 에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙<2010.12.30.> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2011.6.30. 현재 상기 <표1>과 같이 특수관계법인 주주가 합계 지분율 56.32%를 보유함으로써 「중소기업기본법 시행령」제2조 에 의한 ‘관계기업’에 해당하고, 같은 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 의한 관계기업기준을 초과하였으며, 2012사업연도(2011.7.1.∼2012.6.30.)에 단독기업으로서는 최초로 자본금 OOO억원을 초과하여 조특령 상 규모기준을 초과하였음은 양측 간에 다툼이 없는 것으로 보인다. (2) 처분청의 경정청구 검토 조사서에 의하면, 처분청은 2011.6.30. 현재 (주)OOO 외 2개의 특수관계법인이 청구법인의 총발행주식의 56.32%를 보유하였으므로, 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업의 특수관계자와 합산하여 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출자자인 경우에 해당하여, 청구법인은 2012사업연도 이전에 이미 관계기업요건에 해당하게 되었고, 따라서 2012사업연도 중 자기자본 OOO억원 초과 여부와 관계없이 이미 관계기업요건에 해당함으로써 중소기업에서 중견기업으로 전환한 경우에 해당하여 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (3) 청구법인이 제출한 2013～2015사업연도 경정청구서의 주요 환급세액 산출 내역 및 농어촌특별세 수정신고 내역은 아래 <표2>～<표6>과 같다. <표2> 2013사업연도 법인세 경정청구 주요 내용 OOO <표3> 2014사업연도 법인세 경정청구 주요 내용 OOO <표4> 2015사업연도 법인세 경정청구 주요 내용 OOO <표5> 농어촌특별세 수정신고 주요 내용 OOO <표6> 경정청구 및 수정신고 세액 비교 OOO (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2012사업연도 이전에 이미 관계기업기준을 초과하였고, 설령 청구법인이 2013사업연도에 유예기간 중에 있는 기업에 해당하였다고 하더라도, 쟁점규정을 적용함에 따라 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것이므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 의견이나, 쟁점규정은 부칙에 따라 2013사업연도부터 적용되므로, 청구법인이 2013사업연도 이전 사업연도에 이미 관계기업기준을 초과하고 있었다고 하더라도, 2013사업연도에 최초로 조특법 상 실질적인 독립성을 충족하지 못하게 된 것이므로, 청구법인은 2012사업연도에 규모기준을 초과하여 유예기간 중에 있는 기업이 된 후, 쟁점규정의 시행에 따라 2013사업연도에 관계기업 기준을 초과한 것으로 봄이 타당한 점, 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 조심 2016중2352, 2017.6.21. 외 다수 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 2013～2015사업연도에 대하여 중소기업 유예기간을 적용하여 달라는 취지로 한 이 건 경정청구는 이유 있다고 할 것이다. 따라서, 청구법인이 경정청구한 2013～2015사업연도 법인세는 청구법인이 2013사업연도 이후에도 잔여 중소기업 유예기간을 계속 적용받는 것으로 하여 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.