조심 2018서1237 (2018.10.02)

OOO이 2018.2.1. 청구법인에게 한 법인세 OOO 원 및 2013년 귀속 농어촌특별세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1988년 5월 설립되어 신용카드 및 직불카드 거래승인 대행 서비스 사업, 현금영수증 사업, 전자지불결제대행(PG) 서비스 사업, 단말기의 판매와 임대사업 등을 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 2010사업연도에 최초로 매출액이 1,000억원 이상이 되어 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 상 중소기업 유예기간이 개시되어, 2013사업연도까지 ‘중소기업으로 보는 유예기간 중에 있는 기업’에 해당하게 되었고, 2012사업연도에 지배기업인 주식회사 OOO와 매출액을 합산하여 OOO원 이상이 되어, 조특법 시행령(이하 “조특령”이라 한다) 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 중 관계기업기준( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목, 이하 “관계기업기준”이라 한다)을 초과하였고, 2012사업연도부터 바로 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 판단하여 중소기업 기준을 배제하고 법인세를 신고하였다. 나. 그 후 청구법인은 2012.1.1.부터 관계기업기준을 초과하였더라도 잔여 유예기간을 계속 적용하여야 한다고 주장하면서, 연구·인력개발비 세액공제 등을 ‘중소기업 공제율’을 적용하여 재계산하고, 중소기업특별세액감면 등을 적용하여 2017.12.6. 처분청에 법인세 합계 OOO 및 2013년 귀속 농어촌특별세 OOO원 을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으며, 처분청은 2018.2.1. 청구법인에게 경정청구거부통지를 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 조특령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는바, 중소기업 유예기간 적용을 배제하는 사유를 규정한 조특령 제2조 제2항 단서에서 말하는 중소기업에는 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당하다. (2) 관계기업기준에 의한 독립성 요건 미충족 시 유예기간 실효 여부와 관련된 최근 판례들에서도, 조특령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 같은 항 단서의 중소기업 졸업기준 또는 같은 항 제1호의 업종별 규모기준을 초과하는 경우, 제2조 제2항 본문에 따라 “유예기간 중에 있는 기업”으로 바뀌는 것이며, 제2조 제2항 단서는 “유예기간 중에 있는 기업”에는 적용될 수 없는 것으로 판시하고 있다(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 같은 뜻임). (3) 또한 조세심판원 역시 합동회의 및 그 이후의 심판관회의 등을 통해 위 판례들과 동일하게 조특령 제2조 제2항 단서는 ‘유예기간 중에 있는 기업’에 적용될 수 없는 것으로 결정하였고, 청구법인도 2010사업연도에 최초로 매출액이 1,000억원 이상에 해당되어 유예기간이 개시되어 2012사업연도에 ‘유예기간 중에 있는 기업’에 해당하였는 바, 조특령 제2조 제2항 단서의 규정을 적용받을 여지가 없다(조심 2016중2352, 2017.6.21. 외 다수, 같은 뜻임). (4) 한편, 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제액 계산과 관련하여 조특법 제10조 제1항 제3호 나목에서는 해당 연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지는 15%, 그 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 10%를 적용하여 계산하도록 명확히 규정하고 있는바, 청구법인이 이를 미처 적용하지 못한 부분에 대해서는 조세법의 규정에 따른 율을 적용한 금액으로 다시 계산하여 한 경정청구가 인정되어야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 「중소기업기본법 시행령」 제7조의4 에 따라 산정한 청구법인의 전체 매출액이 관계기업 기준인 1,000억원을 초과하고, 조특령 제2조 제2항 단서는 이러한 경우 본문 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우에도 같은 항 본문의 유예기간 적용이 배제됨이 타당하다. (2) 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에도 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하는 것이고, 관계기업 제도는 대규모기업집단을 규제하기 위한 것으로서 관계기업기준으로 인하여 중소기업 요건에 해당하지 않게 되는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없도록 개정된바, 중소기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적인 독립성이 없는 기업으로서 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 조특령 제2조 제2항 본문 단서에서 규정하고 있다. (3) 이러한 중소기업 유예기간 제도 및 관계기업 제도의 도입취지, 관련법령 등의 개정취지 등을 감안할 때 조특령 제2조 제2항 각 호 외 부분의 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 중소기업에는 이미 유예기간 중에 있는 기업이 포함되지 않는다고 보기는 어렵고, 청구법인과 같이 유예기간을 적용받아 오다가 조특령 제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못한 경우에는 계속 유예기간을 적용할 수 없는 것이며, 「중소기업기본법 시행령」 및 조특령 이 2009.3.25. 부터 관계기업기준을 순차적으로 도입하면서도 그 시행은 2012.1.1.로 늦춤으로써 사실상 유예기간을 부여한 점 등의 사정을 종합해 볼 때, 청구법인의 주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 중소기업 유예기간 중 관계기업기준에 의하여 중소기업기준을 초과한 청구법인이 기준을 초과한 해당 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 중소기업기본법 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다. 1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 가. 업종의 특성 나. 상시 근로자 수 다. 자산규모 라. 매출액 등 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것 ② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다. ③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다 . 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다 . (2) 중소기업기본법 시행령 제3조(중소기업의 범위)「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다. 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 나. 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 발행주식( 「상법」제370조 에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(괄호 생략)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다. 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제7조의2(관계회사의 상시근로자수등의 산정) ① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. ② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다. ③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업 과 중소기업 이 합병하는 경우 2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우 3. 중소기업 이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우 부칙<2009.3.25.> 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목 , 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일 제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 제7조의2(기업의 어음제도개선을 위한 세액공제) ① 중소기업을 경영하는 내국인이 2013년 12월 31일까지 중소기업에 지급한 구매대금[중소기업이 아닌 기업을 경영하는 내국인이 네트워크 론(network loan) 제도를 이용하여 중소기업에 지급하는 구매대금을 포함한다. 이하 이 조에서 같다] 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액(이하 이 조에서 "환어음등 지급금액"이라 한다)이 있는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우 : 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10 3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (4) 조세특례제한법 시행령 제2조(중소기업의 범위) ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업 에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제시한 2012～2016사업연도 법인세 과세표준 및 세액결정(경정)청구서에 의하면, 청구법인은 2010사업연도에 최초로 매출액이 1,000억원을 초과하여, 조특령 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간이 개시되었고, 2012사업연도에 지배기업인 주식회사 OOO와의 합산 매출액이 1,000억원 이상이 되어 관계기업기준을 초과하였으며, 청구법인은 2012사업연도부터 중소기업 유예기간이 실효되는 것으로 보아 일반기업의 기준에 따라 법인세 및 농어촌특별세를 신고·납부한 것으로 확인된다. (2) 청구법인은 2012사업연도 이후에도 중소기업 유예기간이 실효되지 아니하므로 2013사업연도까지 청구법인은 중소기업에 해당하여, 중소기업에 대한 접대비한도를 적용하고, 연구·인력개발비 세액공제 적용시 중소기업 공제율을 적용하여야 하며, 중소기업특별세액감면을 추가로 적용하는 한편 고용창출투자세액공제를 미적용하여 법인세 및 농어촌특별세를 환급하여야 하고, 2014～2016사업연도의 경우 중소기업 유예기간이 경과한 기업에 대한 연구·인력개발비의 단계적 세액공제율(15%)을 적용하여 법인세를 환급하여야 한다는 취지로 경정을 청구한 것으로 나타난다. (3) 처분청의 법인세 및 농어촌특별세 경정청구 검토서에 의하면, 처분청은 구 「중소기업기본법 시행령」제7조의4 에 따라 산정한 청구법인의 전체 매출액이 관계기업기준인 1,000억원을 초과하고, 구 조특령 제2조 제2항 단서는 이러한 경우 본문의 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 청구법인의 경우에도 같은 항 본문의 유예기간 적용이 배제된다고 봄이 타당한 점, 구「중소기업기본법 시행령」및 조특령이 중소기업 요건으로 관계기업기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면혜택을 부여하지 않겠다는 취지인 점, 해당 법령이 2009.3.25.부터 관계기업 기준을 순차적으로 도입하면서도 그 시행은 2012.1.1.로 늦춤으로써 사실상 유예기간을 부여한 점 등을 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없다는 의견이나, 「중소기업기본법」에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 유예 제외요건에 해당하는 경우 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없고, 같은 법 시행령 제9조 제1호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘중소기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제3조 제2호에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 2012～2013사업연도에 대하여 중소기업 유예기간을 적용하여 달라는 취지로 제기한 이 건 경정청구는 이유 있다고 할 것이다. 따라서 청구법인이 경정청구한 2012～2016사업연도 법인세 및 2013년 귀속 농어촌특별세는 청구법인이 2012사업연도 이후에도 잔여 중소기업 유예기간을 계속 적용받는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.