조심 2017중4453 (2017.12.06)

OOO세무서장이 2017.2.21. 청구법인에게 한 2012～2014사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1996.7.1.부터 OOO 제조업을 영위하는 법인으로 2011사업연도의 매출액이 OOO원을 초과하여「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항 본문 규정에 따라 2014사업연도까지 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이었으나, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호(부칙 제1조에 의하여 2012.1.1. 시행됨)에 따라 2012～2014사업연도에 연구인력개발비 세액공제 등을 중소기업이 아닌 일반기업에 해당하는 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였다. 나. 청구법인은 2016.11.24. 중소기업에 대한 연구인력개발비 세액공제 등을 적용하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라고 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.2.21. 조특법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 중소기업 유예기간을 적용받던 기업이 유예기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다고 보아 이를 거부하는 처분하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.5.19. 이의신청을 거쳐 2017.9.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2011사업연도에 조특법 시행령 제2조 제1항의 단서에 따라 매출액 OOO원 이상으로 중소기업에 해당되지 아니하는 사유가 발생하였으나, 같은 령 제3조 제2항 및 제5항의 중소기업 유예기간중에 따라 2014사업연도까지 중소기업으로 간주된다. 관계기업에 대한 대법원의 연속적인 동일한 판결(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 외 다수)이 유지되고 있음에도 불구하고, 과세관청에서 중소기업 유예기준에 대한 조특법 시행령의 명확하지 않은 시행령 체계로 청구법인에 대한 중소기업 유예기준을 배제하여 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조 제2항 본문에 따라 유예기간을 적용받던 기업이 유예기간 중 같은 영 제2조 제2항 제3호에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 않는 것(기획재정부 조세특례제도과-97, 2017.1.19.)인데, 청구법인은 이에 해당하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 2012사업연도부터 유예기간을 적용하지 아니하는 것이므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 매출액 기준 초과로 중소기업 유예기간 중에 있는 청구법인이 관계기업 기준을 초과하게 된 경우, 잔여 유예기간이 실효되는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제5조(중소기업 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득( 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. 1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 <2000.12.29.> 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “ 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다. 3. 제1항 제3호( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우 (4) 중소기업기본법 시행령(2011.1.28. 대통령령 제22652호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. “관계기업”이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) 「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다. 1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다. 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다. 2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것 나. 제1호 나목에 따른 법인(「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식( 「상법」 제370조 에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항을 준용한다. 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. (단서 생략 ) 1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족 2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 “그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우 2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청 및 청구법인이 제시한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO과 같이 2011 사업연도 매출액이 OOO원을 초과하여 조 특법 시행령 제2조 제1항 단서에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되었으 나 , 조특법 시행령 제2조 제2항에 따라 2012 사업연도부터 2014사업연도까지는 중소기업 유예기간에 해당한다. (나) 청구법인의 발행주식 전부를 OOO가 보유하고 있어 청구법인과 OOO는 관계기업에 해당한다. (2) 청구법인이 제기한 경정청구 내역과 처분청의 경청청구 거부내역 등은 OOO와 같다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이나, 조특법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것)에는 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업에 속하는 기업으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 언제부터 유예기간이 실효되는지에 대한 명확한 규정이 없어 이미 진행 중이던 청구법인의 중소기업 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어려운 점(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.17. 선고 2016두53920 판결, 조심 2016중2352, 2017.6.9. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임), 2015.2.3. 개정된 조특법 시행령(대통령령 제26070호로 개정된 것) 제2조 제2항 제3호에서 관계기업 기준을 중소기업 요건으로 규정하면서도 중소기업 유예기간의 적용을 받던 기업의 유예기간 실효 여부에 대하여 아무런 규정을 하지 않았고 관계기업으로서 중소기업에 해당하지 아니하는 경우에도 중소기업 유예기간을 적용하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인을 중소기업에 해당하지 아니한 것으로 보아 2012～2014사업연도 법인세 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다 . 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.