조심 2018서0118 (2018.05.16)

OOO장이 2017.6.16. 청구법인에게 한 2014사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 온라인 전자결제대행사업 등을 영위하는 법인으로서 2011사업연도에 최초로 매출액이 OOO원을 초과하여 「조세특례제

한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제5조 제1항 및 같은 법 시행령 제2조

제2항에 따른 중소기업 유예기간 중에 있던 2014.11.28.에 직전사업연도말

자산총액이 OOO원 이상인 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)가 청구법인의 총발행주식 중 OOO%를 소유하게 됨으로써 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업 유예가 배제되는 것으로 보아 2014사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2017.4.20. 중소기업 유예기간 중에 있는 기업은

조특법 시행령 제2조

제1항 제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우에 이미 진행 중인 중소기업 유예기간이 실효되지 아니하므로 중소기업에 대한 접대비 한도액과 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.6.16. 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 아니함이 타당하다고 보아 이를 거부하는 처분을 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.9.1. 이의신청을 거쳐 2017.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있고, 위 단서에서 제2호 사유 이외에 중소기업이 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 제1항 제3호 규정에 의한 기업에 해당하지 아니하는 경우 이미 진행 중인 유예기간이 실효된다고 볼 수 없다(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결, 같은 뜻임).

(2) 위 판결은

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 전단은 제2조 제2항 본문이 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업 중 제2조 제2항 단서 각 호의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업에게는 유예기간을 적용하지 아니함으로써, 유예기간을 부여하는 대상 기업의 범위를 제한하여 이를 축소하는 규정으로 해석하는 것이 타당하다는 취지이다.

(3) 또한, 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 3년간이라는 유예기간이 주어졌으므로, 이를 중도에 실효시키기 위해서는 그 요건에 관하여 명확한 규정이 필요함에도 조특법상 이미 유예기간 중에 있는 기업이

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호에서 규정한 중소기업 기준을 충족하지 못하는 경우에 그 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여 아무런 규정이 없으므로 그 사유가 발생하는 즉시 유예가 배제된다고 해석하는 것은 무리이다.

(4) 조세심판원 선결정례(조심 2016중2352, 2017.6.21. 합동회의 결정)도 ‘유예기간 중에 있는 기업’은

조특법 시행령 제2조

제2항 단서에 따라 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’과 구분해야 하므로, 같은 법 시행령 제2조 제2항 제2호에 해당하지 않는 한 이미 진행 중이던 유예기간이 실효된다고 해석하기는 어렵다는 입장이다.

(5) 반면, 처분청이 제시한 판례들(수원지방법원 2017.8.30. 선고 2017구합64621 판결 등)은 중소기업 유예기간 중에 있지 않던 기업에 대한 것으로서 이 건에 원용할 수 있는 판례가 아니고, 처분청이 제시한 기획재정부 예규(조세특례제도과-97, 2017.1.19.)는 청구법인이 앞서 제시한 대법원 판례 및 조세심판원 합동회의 선결정례에 배치되므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법상 매출 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에 유예기간을 두되, 관계기업과의 실질적 독립성 기준을 위배하는 경우에는 중소기업 유예기간의 적용을 중단(실효)해야 한다는 국세청과 기획재정부의 일관된 입장이다.

(2) 청구법인은

조특법 제2조

제2항 단서가 유예기간을 적용하지 아니하는 사유에 대한 규정이고, 이미 유예기간 중에 있는 기업의 중소기업 지위를 실효시키는 규정은 아니라고 주장하나, 유예기간이 인정되지 않는 관계기업과의 실질적 독립성 위배 등의 사유가 발생하면 사유가 발생한 과세연도부터 곧바로 중소기업에서 제외함이 당연하고, 이미 유예기간 중이라는 이유로 즉시 중소기업에서 제외할 사유가 발생하였음에도 불구하고 계속하여 유예기간을 적용하는 것은 타당하지 않다.

(3) 청구주장과 같이

조특법 제2조

제2항 단서 및 제2호에서 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 규정하고 있기는 하나, 이는 합병의 상대방 기업이 중소기업 외의 기업인 경우와 마찬가지로 유예기간 중에 있는 기업인 경우도 중소기업에서 제외시키기 위한 규정에 불과하다.

(4) 처분청이 제출한 법원 하급심 판례(수원지방법원 2017.8.30. 선고 2017구합64621 판결)는 이미 중소기업 유예기간 중인 경우 그 실효 여부에 대한 것은 아니지만 실질적 독립성 기준을 충족하지 못하는 관계기업에 대해서는 중소기업 유예를 배제하는 것을 긍정한 판례이므로 이를 제시한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법 시행령」제2조

제2항 단서 규정에 따라

중소기업 유예기간이 적용되지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

(2014.5.14. 법률 제12570호로 개정된 것)

제5조 [중소기업 투자 세액공제] ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(

「소득세법」 제45조

제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 것)

제2조 [중소기업의 범위] ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (생략) 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상

또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법

시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라

한다) 이내일 것

3.

실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호에 적합할 것.

이 경우

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.

다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고

,

제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법

」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우

에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④

제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시

사용하는 종업원수자기자본자본금매출액자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항제2호다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호,

별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가

발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(3) 중소기업기본법 시행령

(2011.12.28. 대통령령 제25211호로 개정된 것)

제3조 [중소기업의 범위] ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업

다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업

.

이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개

인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족

다. 사실관계 및 판단

(1)

청구법인은 주업종이 전자금융거래업인 법인으로서 2011사업연도 매출액이 최초로 OOO원을 초과하는 OOO원이 되어

조특법 시행령 제2조

제1항에서 규정한 중소기업 매출 규모를 초과하였다.

(2) 청구법인은

조특법 시행령 제2조

제2항에 따른 중소기업 유예기간(2011사업연도～2014사업연도) 중인 2014.11.28. 직전사업연도말 자산총액이 OOO원 이상인 OOO이 청구법인의 총발행주식 중 OOO%를 소유하게 됨으로써 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업 유예가 배제되는 것으로 보아 2014사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

(3) 청구법인은 중소기업 유예기간 중에 있는 기업은

조특법 시행령 제2조

제1항 제3호에서 규정한 중소기업의 실질적 독립성 기준을 미충족하는 경우에 이미 진행 중인 중소기업 유예기간이 실효되지는 아니하므로 중소기업에 대한 접대비 한도액과 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 2014사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나,

처분청은 중소기업의 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 아니함이 타당하다고 보아 이를 거부하는 처분을 하였다.

(4)

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 및

「중소기업기본법」상 이미 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 관계기업에 속하는 기업으로서 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대한 규정이 없었고,

조특법 시행령 제2조

제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데, 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로 이러한 사정에 비추어 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 가지고 이미 진행 중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다 할 것(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결, 조심 2016중2352 2017.6.21. 합동회의, 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인을 중소기업유예대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.