수원지방법원-2017-구합-64621 (2017.08.30)

사 건

수원지방법원2017구합64621(2017.08.30)

원 고

주식회사 슈*******

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2017.07.26.

판 결 선 고

2017.08.30.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 5. 4. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 귀속 법인세 607,882,860원(가산

세 152,255,357원 포함), 2013 사업연도 귀속 법인세 879,578,210원(가산세

162,821,726원 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 조세특례제한법 시행령의 개정 경과

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은

제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5

조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개

정되기 전의 것) 제2조 제1항은 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건

에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상,

자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상이 되

는 등 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가

발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예

기간(이하 ‘중소기업 유예기간’이라 한다)에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기

간을 적용하지 아니하는 제외사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의

기업에 해당하는 경우’(제3호)를 들고 있다.

한편 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2012.

2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것)은 제2조 제1항 제3호 후단에 구 중소

기업기본법 시행령(2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2

호 다.목의 ‘관계회사(이후 2011. 12. 28. 대통령령 제23412호로 개정된 중소기업기본

법 시행령부터 제3조 제2항 제2호 다.목으로 조문이 변경되면서 ’관계기업‘으로 명칭이

변경됨, 이하 ’관계기업‘이라 한다)에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어, ‘관계기업에 속

하는 기업’들의 경우에는 위 구 중소기업기본법 시행령 제7조의2(이후 2011. 12. 28.

대통령령 제23412호로 개정된 중소기업기본법 시행령부터는 제7조의4로 조문이 이동

되었다)에 따라 산정한 자기자본이 위 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호

외의 부분 단서에 따른 자기자본 기준인 1,000억 원을 초과하지 않을 것(이하 ‘관계기

업 규모기준’이라 한다) 등 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 다.목의 규정에 적

합한 중소기업에 해당하는 것으로 규정하고 있다. 이후 2012. 2. 2. 대통령령 제23590

호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기

전의 것, 이하 같다)도 동일한 취지로 규정하면서 구 조세특례제한법 시행령 부칙(대통

령령 제22583호, 2010. 12. 30.) 제1조 단서에서 관계기업 규모기준을 도입하는 내용의

개정규정을 2012. 1. 1.부터 시행한다고 규정하고 있다.

나. 원고와 주식회사 슈aaaaaa의 관계 및 자기자본 추이

원고는 바이오인식 시스템 및 바이오인식 솔루션 관련 제품의 개발 및 판매를 주

로 영위하고 있는 외부감사대상기업으로 아래 표 기재와 같이 주식회사 슈aaaaa

이(이하 ‘슈aaaaaa’라 한다)의 발행주식을 취득하였는바, 이로써 원고와 슈aaa

aaa는 2008년부터 현재까지 관계기업에 속하게 되었다.

2013 127,316,885,901원 3,731,314,434원 131,048,200,335원

한편 원고와 슈aaaaaa의 2007년부터 2013년까지 사업연도별 자기자본 추이

는 아래 표 기재와 같다.

다. 원고의 법인세 신고 및 피고의 부과처분

1) 원고는 2012 사업연도 자기자본이 1,000억 원을 초과하여 그때부터 중소기업에

해당하지 아니하게 되나 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문에 따라 해당 과

세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 유예기간이 적용된다고 보아 2012, 2013 사업연도

법인세에 대하여 중소기업 기준의 연구인력개발비 세액공제 등을 적용하여 감면된 세

액을 신고․납부하였다.

2) 이에 피고는 관계기업에 속하는 원고와 슈aaaaaa의 2012 사업연도 자기

자본 합산액이 1,000억 원을 초과하여 관계기업 규모기준을 충족하지 못하므로 중소기

업에서 제외되고 중소기업 유예기간 적용도 배제된다고 보아 이를 전제로 2016. 5. 4.

원고에게 2012 사업연도 법인세 607,882,860원(가산세 152,255,357원 포함), 2013 사업

연도 법인세 879,578,210원(가산세 162,821,726원 포함)을 각 경정․고지하였다(이하

‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 전심절차 경유

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 7. 29. 심판청구를 제기하였으나 조세심판

원은 2017. 2. 22. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9호증, 갑 제6호증의 1 내지 7, 갑 제7호

증의 1 내지 7, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 후단에 의한 관계기업 규모기

준은 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것,

이하 같다) 제3조 제1항 제2호 다.목에 따라 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 구

중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정된 자기자본이 1,000억 원을 초과하여서

는 안된다는 것이다. 그리고 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 제3항은 ‘관계기업에

속하게 된 사업연도의 직전 사업연도’를 기준으로 위 규모기준 요건인 자기자본 등을

산정하도록 규정하고 있으므로 위 특정시점을 기준으로 1회에 한해 관계기업 규모기준

충족 여부를 판단해야 하고, 이후 규모의 확대 등으로 관계기업의 자기자본이 합산하

여 1,000억 원을 초과하게 되더라도 관계기업 규모기준 충족 여부를 매년 다시 판단하

여 중소기업에서 제외하거나 중소기업 유예기간 적용을 배제할 수는 없는바, 원고와

슈aaaaaa는 관계기업에 속하게 된 2008 사업연도 직전인 2007 사업연도를 기준

으로 그 자기자본 합산액이 1,000억 원을 넘지 아니하므로 관계기업 규모기준을 충족

하였다.

2) 설령 원고가 관계기업 규모기준을 충족하지 못한다고 하더라도, 원고는 2012

사업연도 자기자본이 1,000억 원을 초과하면서 독자적으로 중소기업에 해당하지 아니

하게 되어 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용사유

가 발생한바, 이처럼 지배기업이나 종속기업 일방의 자기자본액과 관계기업 전부의 자

기자본 합산액이 각각 1,000억 원을 초과하는 경우 지배기업이나 종속기업 일방에 대

한 중소기업 유예기간 적용에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문이 관

계기업 규모기준 초과를 이유로 유예기간 적용을 배제하는 같은 항 단서보다 우선 적

용되어야 하므로, 원고에 대하여 중소기업 유예기간이 적용되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 후단에 따른 관계기업 규

모기준을 충족한 중소기업에 해당하는지 여부[위 가. 1) 주장에 관한 판단]

가) 구 중소기업기본법(2014. 1. 14. 법률 제12240호로 개정되기 전의 것) 제2

조, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이

되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한

반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소

기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의

중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리

규정하고 있는 점(구 조세특례제한법 제5조, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항

본문), 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으

로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는

규정을 별도로 두고 있고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유,

유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비

추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의

해당 여부나 그 유예 여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고,

중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458

판결 참조).

그리고 조세특례제한법이 조세의 감면 또는 중과 등 조세특례와 이의 제한에

관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 목

적으로 설립된 법인 반면, 중소기업기본법은 중소기업이 나아갈 방향과 중소기업을 육

성하기 위한 시책의 기본적인 사항을 규정하여 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장

을 지원하고 나아가 산업구조를 고도화하고 국민경제를 균형 있게 발전시키는 것을 목

적으로 설립된 법으로 그 입법취지가 서로 다르다. 그러므로 조세특례제한법에서 중소

기업기본법을 준용하도록 하는 명확한 규정이 없는 한 조세특례제한법에 의한 세제혜

택 부여 대상의 기준, 즉 중소기업 해당 여부는 조세특례제한법의 독자적인 기준에 따

라 판단해야 할 것이다.

나) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항은 “제1항 각 호 외의 부분 단서 및

같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원 수․자기자본․자본금․매

출액․자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정

부령으로 정한다”라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재

정부령 제322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제3항은 ‘구 조세특례제한법 시

행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기

업회계기준에 따라 작성한 대차대조표상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다’고

규정하고 있는바, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 후단이 구 중소기업기

본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목을 적용할 때의 기준으로 “구 조세특례제한법 시

행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준”을 그대로 인용하고 있는 점, 구

조세특례제한법 시행규칙 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 ‘자기자본’ 외에

도 ‘상시 사용하는 종업원 수’, ‘자산총액’을 대등적․병렬적으로 규정하면서 이들 모두

과세연도 종료일을 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 점, 원고 주장과 같이 관계기

업 규모기준 충족 여부를 최초로 지배․종속관계를 형성한 사업연도를 기준으로 1회에

한해 판단할 수 있다고 보는 것은 지배․종속관계를 형성하여 실질적으로 중소기업 규

모를 초과하였음에도 그동안 세제혜택을 누려왔던 기업집단에 대하여 세제혜택을 배제

한다는 관계기업 규모기준 도입 취지에 반하게 되는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특

례제한법 시행규칙 제2조 제3항은 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의

부분 단서뿐만 아니라 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 자기자본에 관하여 필요한

사항까지 위임을 받은 규정이라고 해석함이 타당하다[2014. 3. 14. 기획재정부령 제406

호로 개정되면서 신설된 조세특례제한법 시행령 제2조 제8항이 ‘조세특례제한법 시행

령 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계

기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다’고 규정한

것은 위와 같은 해석을 명확하게 한 것에 불과하다].

다) 따라서 원고가 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 후단에 따른

관계기업 규모기준 중 자기자본 요건을 충족한 중소기업에 해당하는지 여부는 구 조세

특례제한법 시행령 제2조 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제

3항에 따라 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 구 중소기업기

본법 시행령 제7조의4 제1항 [별표 2]에 따르면 원고는 슈aaaaaa를 직접 지배하

되 실질적 지배를 하는 경우에 해당하는바, 앞의 1. 나.에서 본 바와 같이 원고와 슈프

리마aaa는 2011 사업연도부터 자기자본 합산액이 1,000억 원을 초과하게 되었으므

로 관계기업 규모기준이 도입되어 시행된 2012. 1. 1. 이후 사업연도에는 관계기업 규

모기준을 충족하지 못하여 결국 중소기업에 해당하지 아니하게 되었다. 이와 다른 전

제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서보다 같은 항 본문

이 우선 적용되어 중소기업 유예기간이 적용되는지 여부[위 가. 2) 주장에 대한 판단]

살피건대, 관계기업 규모기준을 초과하여 유예기간 적용을 배제하는 것은 실질

적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 중소기업으로서의 세제혜택을

부여하지 않겠다는 취지인 점, 이 사건과 같이 ‘지배기업이나 종속기업 일방의 자기자

본액과 관계기업 전부의 자기자본 합산액이 각각 1,000억 원을 초과하는 경우’는 ‘지배

기업이나 종속기업 일방의 자기자본액은 1,000억 원 미만이지만 관계기업 전부의 자기

자본 합산액이 1,000억 원을 초과하는 경우’보다 오히려 중소기업 혜택을 배제해야 할

필요가 더 큼에도 전자에만 중소기업 유예기간을 적용하는 것은 오히려 형평에 어긋나

는 점, 중소기업기본법 시행령이 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서 관계

기업 규모기준을 도입함에 따라, 조세특례제한법 시행령이 2010. 12. 30. 대통령령 제

22583호로 개정되면서 순차적으로 관계기업 규모기준을 도입하면서도 부칙(2010. 12.

30.)으로써 그 시행일은 2012. 1. 1.로 정한바, 원고로서도 관계기업의 자기자본이 합산

하여 1,000억 원을 초과하게 되면 중소기업 유예기간 적용이 배제될 것을 예상할 수

있었던 점 등에 비추어 보면, 중소기업이 관계기업 규모기준을 충족하지 못하여 중소

기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 해당 과세연도에 그 자기자본이 1,000억 원을

초과하여 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 본문의 중소기업 유예기간 적용사유

가 발생하였더라도 같은 항 단서에 따라 여전히 유예기간 적용이 배제된다고 보아야

한다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다[원고가 들고 있는 대법원 2016. 8. 29. 선

고 2016두33902 판결은 관계기업 규모기준이 시행되기 전 이미 중소기업 유예기간 중

에 있었던 기업에 관하여 위 규모기준 시행으로 인하여 위 유예기간이 실효되는지에

관한 것으로서 이 사건과는 사안이 다르다].

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.