조심 2018서4749 (2018.12.27)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO. 설립되어 손해보험, 재보험 및 보험 관련 재산 운용 등을 주요사업으로 영위하고 있다. 나. 청구법인은 서비스 제고 및 업무효율성, 안정성 증대를 위하여 OOO 주식회사와 차세대시스템 구축과 관련한 프로젝트 개발용역 계약(계약기간 : 2011.3.7.～2013.3.6.)을 체결하였고, 그 지출금액과 관련하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 2012.4.1.～2013.3.31.사업연도(이하 “2012사업연도”라 한다) 및 2013.4.1.～2013.12.31.사업연도(이하 “2013사업연도”라 한다) 법인세를 신고하였다. 다. 청구법인은 2018.5.31. 2012～2013사업연도에 발생된 위 전산시스템 위탁개발 관련 지출금액 OOO원(이하 “쟁점위탁개발비”라 한다)이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이나, 2016사업연도까지는 법인세 과세표준이 결손이어서 세액공제를 적용하지 못하였고, 2017사업연도에 법인세 과세표준이 발생하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제액의 이월공제에 따라 2017사업연도 법인세 OOO원을 환급하여야 한다는 경정청구를 제기하였다. 라. 처분청은 금융업을 영위하는 법인이 「조세특례제한법 시행령」 [별표6](2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)의 시행일 현재 전사적 기업 자원관리 설비 등 시스템의 개발이 진행 중인 경우 2010.1.1. 이후의 해당 설비에 대한 위탁개발비용에 대해서는 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 세액공제를 적용할 수 없다고 보아 2018.8.13. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이다. (1) 조특법 시행령 [별표6] 개정취지는 기업의 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 소프트웨어 구입 비용의 일종으로 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참고) 하는 것이고, 이와 같은 단순 자산의 취득행위에 해당하는 범용소프트웨어 취득은 2010년 이전 법령을 적용하더라도 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 적용되지 아니하였다(조심 2010서979, 2011.12.28. 등 참고). 금융회사의 차세대시스템 개발비가 위 조특법 시행령 개정취지에 따라 단순 자산의 취득행위에 해당한다면 개정 이전 지출 분도 연구ㆍ인력개발비 세액공제가 되지 아니하였어야 하나, 다수의 결정례 및 판례에서 전산개발비는 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시킴으로써 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로 결정(조심 2012서3991, 2013.7.23 등 참고)한 바가 있고, 시행령 개정 이후에도 금융회사의 차세대시스템 개발비는 지식정보기술을 바탕으로 복합금융 등 선진 금융 서비스를 구현하기 위한 것으로 단순한 범용소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경에 해당하지 않는다고 보아 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상임을 인정하였다(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 참고). 따라서 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 “시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”는 규정을 엄격하게 적용하여 모든 시스템 개발비는 단순 자산의 취득성격으로서 세액공제 대상이 아니라면, 이는 시스템 개발의 기술적 진전 목적을 인정한 기존의 결정례 등과 배치되는 것이다. (2) 범용소프트웨어는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외되어 왔음에도 개정된 조특법 시행령 [별표6]은 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외하는 규정을 삽입하고 대표적인 예로 전사적 기업자원 관리설비(ERP)를 들고 있으며, 그 이유는 다음과 같다. 전산시스템 도입방식은 크게 자체개발(위탁개발 포함)과 패키지 소프트웨어 구매로 구분되며, 자체개발 방식은 개발과정에서 시스템 에 주변환경과 기업의 고유한 특성이나 요구를 반영할 수 있다는 장점이 있는 반면, 업종별로 표준화된 패키지 소프트웨어에 약간의 커스터마이징을 거쳐 도입하는 패키지 소프트웨어 방식은 저렴한 비용과 유지관리의 편리함 등의 장점이 있다. ERP의 경우 SAP 등 외국계 업체의 패키지소프트웨어로 한국에 도입되었으나 초기에는 현지화의 어려움과 기업의 기존 시스템, 업무 프로세스와의 충돌문제로 자체개발되거나 고도의 커스터마이징을 거치는 비중이 매우 높아 상용화된 범용소프트웨어 도입이 아니라고 인정되는 자체개발 등의 부분에 대하여는 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 인정하여 왔으나, 국내 ERP산업의 성숙, 표준화된 전산시스템의 중요성, 패키지 도입의 경제성으로 현재 ERP는 대부분 약간의 커스터마이징을 가한 패키지소프트웨어 방식으로 도입되고 있어 2010년 조특법 시행령 개정에서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 시스템 개발의 대표적인 예로 ERP를 규정한 것이다. 따라서 전산개발비 중에서 커스터마이징 비중이 적은 패키지 소프트웨어 방식으로 도입된 것은 상용화된 범용소프트웨어로 보아 세액공제 대상에서 배제함이 타당하나, 기업이 자체적으로 판단한 필요성에 의하여 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 하는 것이다. (3) 차세대시스템은 각 금융기관별로 도입목표에 따라 다양한 Vendor를 투입하여 2～3년에 걸친 분석(컨설팅) ⇒ 설계 ⇒ 개발 ⇒ Test ⇒ Open의 단계를 거쳐 구축하게 되고 다른 회사에서 개발이 이루어진 패키지를 커스터마이징을 거쳐 이식하는 경우가 있으나, 금융시스템의 경우에는 복잡하고 최적화되며 타 분야보다 발전된 시스템을 도입하려는 필요성에 따라 자체개발이 훨씬 일반화되어 있다. 청구법인의 차세대시스템의 경우 다년에 걸쳐 개발이 진행되었고, 수많은 인력이 투입되어 청구법인에서 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 기술적 진전을 위한 시스템개발에 해당하고, 개발의 기반이 된 상용소프트웨어가 존재하지만, 해당 소프트웨어에 대한 대가가 전체 개발비에서 차지하는 비율이 극히 낮아 상용화된 프로그램을 일부 커스터마이징 했다고 볼 수는 없으며, 이 건 관련한 경정청구시 상용소프트웨어에 대한 용역대가는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외하였고 개발기간과 금액 외에도 이 건 관련 계약서를 보더라도, 계약대금을 지급한 경우에 본 계약에 따라 개발된 프로그램 등의 저작권 및 모든 산출물 등의 소유권은 청구법인이 보유하게 되어 범용소프트웨어의 단순 취득으로 볼 수 없다. 따라서 청구법인의 차세대시스템 개발은 단순 자산의 취득행위로 볼 수 있는 정도의 상용소프트웨어의 이식이 아니라, 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 해당하므로 청구법인이 2012～2013사업연도 차세대시스템 구축을 위하여 지출한 쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이다. 나. 처분청 의견 쟁점위탁개발비는 다음과 같이 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상이 아니므로 청구주장은 이유 없다. (1) 조특법 시행령이 개정되어 전사적 기업자원 관리시스템 위탁개발 비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에서 제외함을 명확하게 하였으므로 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 전사적 관리시스템 위탁개발 비용에 대한 연구·인력개발비 세액공제는 허용되지 않는다. (2) 조특법상 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 종합적으로 고려할 때 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 지출한 청구법인의 쟁점위탁개발비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다. (3) 청구법인은 차세대시스템이 정형화된 ERP 등의 구축과 명확히 구분되고 그 개발활동이 상용 소프트웨어의 이식이 아니라 기술적인 진전을 이루기 위한 것이므로 세액공제 대상이라고 주장하나, 차세대전산시스템도 확장형 ERP로서 조특법상의 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 시스템과 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적으로 관리하는 본질적인 속성에 차이가 없으므로 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점위탁개발비가 조특법 시행령 제8조 제1항 및 [별표6] 제1호 나목에 따른 ‘전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상에서 제외되는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전의 것) 제5조의2【중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례】대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신촉진법」 제18조 , 「산업기술혁신촉진법」 제19조 및 「정보통신산업진흥법」 제44조 제1항에 따라 2012년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조 및 「법인세법」 제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다) 2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다) 3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액(후단 생략) 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 3) 1)부터 2)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 일부개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다. [별표6] 연구ㆍ인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

다. 사실관계 및 판단 (1) 조특법상 연구ㆍ인력개발비 세액공제 및 ERP 등 투자에 대한 세제지원 관련 개정내용은 다음과 같다. (가) 2008.12.26. 조특법 개정시 제9조 제5항에 “연구개발이란 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동”이라는 연구개발의 개념 정의를 신설하였는데 당시에는 그 개념을 과학기술분야로만 한정하였다가, 2011.12.31. 개정시 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다”고 하여 종전 과학기술 분야로 한정되어 있던 연구ㆍ인력개발비 세제지원을 서비스 분야로까지 확대하면서 서비스 분야는 과학기술 분야와는 달리 자체 연구개발비에 대해서만 세제지원하는 것으로 그 범위를 제한하였다. (나) 조특법 제5조의2 (중소기업 정보화 지원사업에 관한 과세 특례)에서 “중소사업자가 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 지급받아 관련 설비에 투자하는 경우 그 투자금액을 손금에 산입”할 수 있도록 하는 과세이연 특례를 부여하면서 투자대상 관련 설비로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비(ERP)’ 및 전자상거래설비, 생산 공정정보화시스템 등을 정하고 있다. (다) 내국인이 생산성향상시설(공정 개선 및 자동화 시설, 전자상거래 설비, 공급망관리시스템 설비, 고객관계관리 시스템설비 등)에 투자하는 경우 조특법 제24조 (생산성향상시설 투자에 대한 세액공제)에 따라 투자금액의 3%(중소기업 7%)의 세액공제가 가능한데 2010년까지 세액공제 대상이었던 ERP 및 전자상거래 설비는 이미 상용화된 설비임을 이유로 하여 2011.1.1. 이후 투자분부터 세액공제 대상에서 제외되었다. (라) 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상은 조특법 시행령 [별표6]에서 열거하고 있는데, 2010.2.18. 시행령 개정시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 정하였고 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용하도록 하였는데, 당시 개정요강을 보면 동 개정안은 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 비용을 합리적으로 조정하기 위해 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용 제외”를 명문화한 것으로 확인된다. (2) ERP 등 시스템과 관련한 사항은 다음과 같다. (가) 앞서 (1) (나)에서 설명한 바와 같이, 조특법 제5조의2 (중소기업 정보화 지원사업에 관한 과세특례)에서는 중소사업자가 일정 출연금에 대하여 과세이연을 받을 수 있는 특례를 부여하면서 투자대상 중 하나로 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’(ERP)를 규정하였는데, 이때 ‘전사적(全社的) 기업자원 관리설비’에 대하여는 “구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”로 정의하고 있다. (나) 통상 ‘ERP’라 함은 “경영업무 의제기능을 유지하도록 설계된 일련의 어플리케이션으로 차세대 경영업무 시스템을 대표하는 것”, 즉 “기업 내의 생산ㆍ회계ㆍ인사 등의 업무프로세스들을 지원하고 이를 통해 발생된 모든 정보들을 상호 공유하며, 새로운 정보생성 및 신속한 의사 결정을 지원하는 시스템으로 최근에는 고객정보, 상품정보, 제품개발정보 등 각종 정보의 지원까지 포괄하고, 모든 자원 흐름을 부서 단위가 아닌 기업 전체의 흐름에서 최적관리를 가능하게 하는 통합시스템”으로 통용되고 있으며, 시대흐름과 기술진보에 따라 ERP의 영역과 개념을 점차 확장하여 왔는바, “확장형 ERP란 기존의 ERP 시스템에 기능적ㆍ기술적 사항이 추가된 개념으로서 공급망 관리, 영업인력 자동화, 고객지원기능의 추가로 표현될 수 있고, 기업의 회계ㆍ인사ㆍ물류ㆍ생산ㆍ설계 등 업무중심의 고유기능에 대한 확장은 물론 경영혁신 지원, 선진 정보와 첨단 기술의 추가, 산업유형 지원 확대, 전문화분야의 확대 적용으로 기업의 비즈니스 시스템을 포괄적으로 지원하는 지능형 시스템으로 전개ㆍ확장된 개념”으로 통용되고 있다OOO. (다) 2010.1.1. 이전 발생한 ERP 투자에 대한 연구ㆍ인력개발비 세액공제대상 여부를 다툰 선결정례에서 “ERP라 함은 기업활동을 위해 쓰이고 있는 기업 내의 모든 인적, 물적 자원을 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하게 되는 통합정보시스템”이라 한 바 있고(조심 2012서3991, 2013.7.23. 참고), ‘차세대 시스템’ 또는 ‘차세대 전산시스템’이라는 용어의 개념은 명확히 정의된 바 없으며, 관련 기사 등을 보면 ‘차세대시스템’, ‘ERP’, ‘코어시스템’ 등의 용어를 별도 구분하지 않고 혼용하고 있고, 청구법인과 동일업종인 금융기관에서도 이미 차세대시스템과 ERP라는 용어를 2010년 이전부터 혼용하고 있었던 것으로 나타난다(조심 2014서614, 2014.4.16. 참고). (3) 조특법의 입법취지는 조세특례에 관한 사항을 규정하여 과세(課稅)의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지하는 것인바, 동 법령의 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 조세평등주의에 반하는 예외적인 특별규정이어서 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것이다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 차세대 전산시스템이 기존에 없었던 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동의 일환으로 기획된 것으로, 금융기관의 핵심 금융업무 수행, 대규모ㆍ장기간의 개발과정 소요, 개발 결과물의 청구법인 소유 등을 들어 ERP 등 시스템 개발과는 근본적으로 다른 연구 및 개발 활동에 해당한다고 주장하나, 청구법인의 차세대 전산시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었으나 기업 전체적으로 그 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로서 조특법상의 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 또는 이와 유사한 것으로 보이는 점, 2010.2.18. 조특법 시행령이 개정되어 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는바, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 “ERP 등 시스템 개발 위탁비용”으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018부304, 2018.7.27. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.