조심 2020부1710 (2020.10.13)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2014.5.1. OOO주식회사로부터 인적분할되어 설립된 주식회사 OOO2014.8.1. 舊 주식회사 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병한 후 현재의 상호로 변경하고 은행업으로 업종 전환한 법인이며, 위 합병은 지배·종속회사 간의 합병으로 청구법인이 피합병법인의 자산 및 부채의 장부가액을 그대로 승계하는 것으로 회계처리되었다. 한편, 청구법인은 2014(합병의제)∼2015사업연도에 OOO 주식회사와 OOO차세대시스템(이하 “쟁점차세대시스템”) 구축 계약을 체결하여 2014∼2015사업연도에 시스템 구축 용역 대가를 지급(이하 “쟁점위탁비용”)하였고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조를 적용하지 아니하고 2014(합병의제)∼2015사업연도 귀속 법인세를 신고·납부하였다가 2019.11.29. 청구법인이 쟁점위탁비용으로 2014사업연도에 지출한 OOO대하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 2014사업연도분 OOO환급을 구하는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다. 나. 처분청은 이에 따라 위 경정청구 내용을 검토한 결과, 쟁점위탁비용은 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용으로 조특법 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 2020.1.22. 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.3.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점차세대시스템 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로서 조세심판원(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등) 및 법원 판결(서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합31885 판결, 서울고등법원 2014.4.24. 선고 2013누26370 판결, 대법원 2014.9.4.선고 2014누7459 판결, 대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결 등)도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다. (2) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 인하여 모든 시스템 개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니고, 조특법 시행령 [별표6]은 전사적 기업자원 관리설비 개발비용(단순한 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입 비용)을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다. (3) 쟁점위탁비용에 대하여 연구·인력개발 세액공제를 적용할 수 없다고 보는 것은 조특법 제9조 제5항에 반하는 해석이다. 조특법 제9조 제5항은 연구개발에 대하여 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있는바, 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임이 분명하고, 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이를 모두 세액공제에서 배제하는 것은 조특법상의 연구개발에 해당함에도 불구하고 조특법의 하위 규정에 해당하는 조특법 시행령 [별표6]의 규정을 ‘모든 시스템 개발비용을 연구·인력개발비 세액공제의 대상에서 제외한다’라고 해석하여 상위 규정을 형해화하는 것이므로 허용되어서는 아니된다. (4) 조특법 규정을 엄격해석 하더라도 청구법인의 쟁점차세대시스템 구축비용은 연구개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다. 조특법 시행령 [별표6]은 전사적 기업자원 관리설비 등을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있는데, 이는 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하라는 의미로 해석된다. “등”은 의존명사로서, “그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말”로 쓰이는데, 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 “시스템”이라고 규정하지 아니하고 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”이라 규정한 것은, 전사적 기업자원 관리설비 및 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템만을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 보아야 한다. (5) 기업의 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 개발을 위한 위탁비용은 연구개발비 세액공제에서 제외되는데, 이는 ERP 개발 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것으로 판단되기 때문이다(조심 2009서3678, 2010.9.1.). 쟁점차세대시스템이 범용성 있는 일반 ERP시스템에 해당했다면, 시스템 설치 업체측에 이미 정형화된 구축 체계가 존재했을 것으로, 청구법인의 개발활동과 같이 장기간·대규모 인력 및 비용이 투입된 프로젝트 진행체계를 갖추지 않았을 것이고, 일반 ERP시스템의 경우 ‘사용권’만 부여 받는데 반해 쟁점차세대시스템은 저작권, 소유권 및 지적재산권을 청구법인이 갖게 된다는 점에서도 일반 ERP시스템과는 성격이 다르다고 볼 수 있다. 따라서 쟁점차세대시스템 개발비용은 조특법 제10조 적용대상에 해당하는바, 2014~2015사업연도에 지출한 연구·인력개발비에 대하여 조특법 제10조 의 적용을 배제한 처분청의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 조특법 제9조 제5항에서 손금에 산입하는 비용에 해당하는 ‘연구개발’은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정하고 있으며, 조특법 시행령 [별표6]에서는 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 중 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외하도록 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 과세·비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 위 문언대로라면, 전사적 기업자원 관리설비를 포함한 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외하는 것으로 봄이 타당하고 국세청 예규(법인세과-382. 2011.5.30.)도 이와 같다. (2) 청구법인은 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 [별표6]에서 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발의 의미는 범용소프트웨어를 사용하는 ERP시스템 투자와 같이 단순 자산 취득을 말하는 것이고 쟁점차세대시스템 구축은 기술적 진전이 수반되는 활동으로서 ‘저작권’이나 ‘소유권’ 및 ‘지적재산권’을 청구법인이 소유함에 따라 세액공제 대상이 되는 것이라고 주장하나, 청구법인의 쟁점차세대시스템은 고객관리 뿐만 아니라 기업의 내부 회계, 인사, 관리 등 내부 시스템과도 연동되어 운영되는 청구법인의 내·외적 업무 전반을 관리하는 전사 차원의 통합시스템으로서 일종의 규모가 큰 전사적 기업자원 관리설비 또는 이와 유사한 시스템으로 보이고, 전산시스템의 발전은 그 속도가 매우 빠르고 복잡하며 대부분의 기업이 전사적 기업자원 관리시스템과 전자상거래 시스템 및 기타 정보화 시스템을 복합적으로 구축하여 사용하고 있고, 청구법인의 차세대 전산시스템 또한 OOO등 타 제조사의 S/W를 구입하여 구성하는 것으로 일반 기업체의 전사적 기업자원관리설비 시스템, 전자상거래설비 시스템 및 기타 관리설비 시스템과 규모의 차이는 있어도 기업 내·외부 업무의 효율적 처리·관리·통제를 위해 사용되고 있는 점을 볼 때 일종의 규모가 큰 전사적 기업 자원관리 설비 시스템에 불과하다. 또한, 이러한 시스템의 개발이 이용자의 서비스 향상에 도움을 줄 수는 있어도 과학적 또는 기술적 진전을 가져온다고 볼 수가 없고, 기존의 ERP시스템에서 좀 더 규모가 큰 ERP시스템으로의 대체에 해당하므로 조특법 제9조 제5항의 연구개발에 해당되지 않는다. (3) 기획재정부 예규(조세특례제도과-671, 2016.5.31.)에서는 전사적 기업자원 관리설비 등을 전사적 기업자원 관리 설비 등 이와 유사한 설비를 의미하는 것으로 해석하고 있고, 금융보험업을 영위하는 법인의 전산시스템 위탁개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부에 대해 국세청은 2010.2.18, 대통령령 제22037호에 따른 조특법 시행령 [별표6] 개정 후 조특법 제10조 의 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 변경(법인세과-382. 2011.5.30.)된 바 있다. (4) 조특법 제5조의2 에서 “전사적 기업자원 관리설비”는 단순히 경영관리(재무관리, 관리회계 등)를 위한 개별시스템만을 말하는 것이 아니라 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유·무형의 설비로 포괄적으로 규정하고 있으며, 조특법 시행령 [별표6]의 개정(2010.2.18.)으로 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터는 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 공제대상 연구개발비에서 제외하고 있다. (5) 조세심판원은 차세대 전산시스템 개발을 위한 위탁비용은 원천적으로 세액공제 대상에서 배제되고, 현행 조특법은 중소기업들이 소규모로 투자하는 ERP에 대해서는 그 세액공제를 모두 배제하고 있는바, 그 중소기업들과의 조세형평을 감안할 필요도 있다고 판단하였다(조심 2015서3500, 2018.6.29.). 따라서 처분청이 쟁점차세대시스템 위탁개발비용을 조특법 제10조 , 같은법 시행령 제8조 제1항 및 시행령 [별표6]에서 규정하는 연구·인력개발비 세액공제 대상 비용에 해당하지 않는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제5조의2【중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례】대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」제18조 , 「산업기술혁신 촉진법」제19조 및 「정보통신산업 진흥법」제44조 제1항에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」제32조 및 「법인세법」제36조 를 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 1. 구매ㆍ설계ㆍ건설ㆍ생산ㆍ재고ㆍ인력 및 경영정보 등 기업의 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형ㆍ무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 "전사적(全社的) 기업자원 관리설비"라 한다) 제9조【연구·인력개발준비금의 손금산입】① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구·인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. 제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. (단서 생략) 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정된 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. [별표6] 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

다. 사실관계 및 판단 (1) 피합병법인은 아래 ＜표1＞과 같이 2013.5.8.(2014.12.5. 계약변경) OOO쟁점차세대시스템 구축 계약을 체결하고 2014∼2015사업연도에 시스템 구축 용역 대가를 지급하였다. ＜표1＞ 계약내역 (단위 : 억원) (2) 처분청이 제출한 피합병법인의 “2015년 1등 지방은행 도약을 위한 차세대 정보화 전략수립 컨설팅, 차세대 이행계획 보고, 경영진 보고 요약본”(2012.8.21.) 자료에 의하면 쟁점차세대시스템 구축범위는 아래와 같이 서비스 전달, 시스템 인프라(마케팅/세일즈, 상품/서비스, 정보생산/보고), 경영관리 등으로 나타난다. (3) 피합병법인의 납세의무를 승계받은 청구법인은 2019.11.29. 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점차세대시스템 개발과 관련한 쟁점위탁비용에 대하여 조특법 제10조 에 따른 연구.인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다는 사유로 쟁점위탁비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상금액에 추가하여 2014∼2015사업연도 법인세 합계 OOO환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6] 시행일 현재 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발 위탁비용에 대해서는 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 이유로 2020.1.22. 경정청구를 거부하였다. ＜표2＞ 경정청구 내역 (단위 : 백만원) (4) 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 내용은 아래 ＜표3＞과 같고, ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다.’라는 문구가 추가되었다. ＜표3＞ 개정 내역 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동에 해당하고, 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해지므로 쟁점위탁비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인의 쟁점차세대시스템은 서비스 전달, 시스템 인프라(마케팅/세일즈, 상품/서비스, 정보생산/보고), 경영관리 등 고객관리 뿐만 아니라 기업의 내부 회계, 인사, 관리 등 내부 시스템과도 연동되어 운영되는 청구법인의 내·외적 업무 전반을 관리하는 전사(全社) 차원의 통합시스템에 해당하는 것임이 청구법인이 제출한 관련 보고서 및 계약서 등으로 확인되는바, 기술적인 측면에서 보다 향상된 것으로 보일 뿐, ‘ERP 등 시스템’과 본질적인 속성을 비교하여 볼 때 “기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비”에 포섭될 수 없는 근본적인 차이가 있다고 보기는 어려운 점, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 [별표6]에서 위탁 및 공동연구개발비용 중 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”라고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구.인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발 위탁비용”으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 2013.1.1. 개정된 조특법 제9조 제2항 제1호가 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 세액공제 대상으로 인정하고 있는 것과 달리, 쟁점위탁비용은 청구법인이 OOO쟁점차세대시스템 개발을 위탁한 대가로 지급한 비용인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서4749, 2018.12.27. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.