서울행정법원-2012-구합-31885 (2013.08.22)

사 건

2012구합31885 법인세 부과처분 취소청구의 소

원 고

AA생명보험 주식회사

피 고

◇◇세무서장

변 론 종 결

2013. 5. 9.

판 결 선 고

2013. 8. 22.

청 구 취 지

1. 피고가 2011. 6. 7. 원고에 대하여 한 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 원 인

1. 이 사건 부과처분의 경위

가. 기본적 사실관계

1) 원고는 생명보험업을 영위하는 법인으로 2001. 4. 1. ~ 2002. 3. 31. 사업연도부터 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 사이에 주식회사 BBB, CCC 주식회사, AA정보통신 주식회사, 한국 DDD 주식회사 등의 수탁업체들(이하 '이 사건 수탁업체들'이라 합니다)과 사이에 전산시스템 구축 등을 위탁하는 내용의 계약(이하 '이 사건 위탁계약'이라 합니다)을 체결한 다음 이 사건 수탁업체들에게 위탁연구개발비로 총 OOOO원(이하 '이 사건 연구개발비'라 합니다)을 지급한 바 있습니다.

2) 원고는 2009. 6. 4. 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조특법'이라 합니다) 제10조 소정의 연구·인력개발비에 대한 세액공제(이하 '연구개발비 세액공제'라 합니다) 규정을 근거로, 피고에 대하여 2006. 4. 1. ~ 2007. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 신고분에 대하여 경정청구를 하였습니다. 피고는 위 경정청구를 받아들여 2009. 7. 1. 해당 세액을 환급결정한 바 있습니다.

나. 이 사건 처분 및 이에 대한 전심절차의 경료

1) 피고는 2011. 6. 7. 원고에 대하여, 기획재정부의 유권해석(재조특 - 844, 2009. 9. 25.)에 근거하여 이 사건 연구개발비 지출액 OOOO원 중 OOOO원은 이 사건 수탁업체들이 제3자에게 재위탁하여 지출한 비용이어서 구 조특법 제10조 소정의 연구개발비 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는 이유로, 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원을 부과하였습니다(이하 '당초 처분'이라 합니다)(갑 제1호증 납세고지서).

2) 이에 원고가 2011. 8. 19. 심판청구를 제기하자, 조세심판원은 2012. 6. 25. "이 사건 연구개발비 지출액 중 이 사건 수탁업체들이 '연구기관 또는 전담부서'를 보유한 다른 업체에 재위탁한 금액에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용하여 경정하되, 그 외 다른 업체에 재위탁한 부분에 대한 부과처분 취소청구는 기각한다"는 취지의 결정을 내렸습니다(갑 제2호증 조세심판원 결정문).

3) 위 심판 결정의 취지에 따라 피고는 2012. 7. 11. 원고에 대하여 당초 처분 중 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원을 직권으로 취소(갑 제3호증의1 심판청구 결정에 따른 처리결과 통지, 갑 제3호증의2 국세환급금 통지서)하였습니다{이에 따라 당초 처분이 감액된 2005. 4. 1. ~ 2006. 3. 31. 사업연도 귀속 법인세 OOOO원1)을 '이 사건 처분'이라 합니다}.

2. 관계 법령 및 핵심 쟁점

가. 관계 법령 - 별지 기재와 같습니다.

나. 핵심 쟁점

구 조특법 제10조 제1항 본문, 구 조특법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것, 이하 같습니다) 제9조 제2항 및 [별표6]은 "연구 및 인력개발을 위한 비용 중 기업의 연구기관 또는 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용"을 세액공제 대항으로 규정하고 있을 뿐입니다. 따라서 이 사건 핵심 쟁점은 원고가 이 사건 수탁업체들에게 지급한 이 사건 연구개발비 지출액 중 "이 사건 수탁업체들이 연구개발용역을 수행하는 과정에서 그 중 일부를 '연구기관이나 전담부서를 보유하지 못한 업체'에 재위탁한 부분에 상응하는 용역대가(이하 '쟁점 연구개발비'라 합니다)"를 (축소)해석에 의하여 원고의 세액공제 대상에서 제외하는 것이 과연 적법한지 여부입니다.

3. 이 사건 처분의 위법성

가. 연구개발비 세액공제 규정의 입법취지

연구개발비 세액공제 규정은 과거 기술 및 연구개발비에 대한 세액공제라는 이름으로 구 조세감면규제법에 존재하던 것으로, 2000. 12. 29. 구 조특법 개정 시 세액공제 대상 법인을 기존의 제조업·광업 등을 영위하던 법인에서 대부분의 내국법인으로 넓히면서, 그 명칭을 연구·인력개발비 세액공제로 바꾸어 현재까지 존속하고 있습니다.

연구개발비 세액공제 규정의 입법 취지는 기술 및 인력개발비 투자에 대해 납세의무자(이 사건 원고)에게 보다 많은 세액공제 혜택을 줌으로써 기술 및 인력개발을 촉진하려는 데에 있습니다(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 등).

나. 연구개발비 세액공제의 대상 비용

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분과 관련하여 구 조특법 제10조 제1항 소정의 연구개발비 세액공제 대상은 '국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서(이하 '전담부서'라 합니다)에 기술개발용역 등을 위탁하느 형태로 지출된 연구개발비'일 뿐입니다. 한편 현행 조특법 제9조 제5항은 연구개발비의 의미를 연구개발을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달 체계를 개발하기 위한 활동'이라고 규정하고 있습니다.2) 결국 이 사건 세액공제의 대상은 (ⅰ) 국내외 기업의 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁하는 형태로 지출된, (ⅱ) 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(혹은 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동)에 사용된 비용이라 할 것입니다. 따라서 쟁점 연구개발비가 세액공제의 대상에 해당하는지 여부 역시 위 (ⅰ), (ⅱ)의 두 가지 요건을 모두 충족하였는지가 문제됩니다.

다. 위탁의 법리에 따른 이 사건 세액공제 요건의 해석

1) 구 조특법 시행령에서 전담부서를 둔 기업에 대하여 기술개발용역을 맡기는 방법은 '위탁'입니다. 위탁은 위임의 일종으로 민법 제680조 이하의 위임의 법리가 적용됩니다. 수탁자는 위임의 본지에 따라 선관주의의무(민법 제681조)를 가지므로 자신의 연구개발 결과가 위탁자가 요구하는 수준의 성과를 낼 수 있도록 최선을 다할 의무를 지게 됩니다. 수탁자는 기술개발이라는 위임인의 목적 달성을 위하여 자신의 업무를 처리하는 방법을 스스로 결정할 수 있으므로 수탁자가 이와 같이 자신의 책임 하에 위임사무를 처리하는 경우라면, 수탁자가 해당 기술개발을 구체적·궁극적으로 어떠한 방법을 통하여 달성하는지는 위임인의 관심 영역이 아닙니다. 위탁자 입장에서는 전담부서를 보유한 기업, 즉 품질 관리 능력을 갖춘 수탁자에게 기술개발 용역을 위탁한 이상, 결과적으로 수탁자의 책임 하에 해당 기술개발이 잘 이루어지고 있는지 여부를 관리하고 감독하여 기술개발 용역의 목적 달성에 부합하는 최종 산출물이 나오도록 하는 것이 주된 관심사라 할 것입니다. 결국 수탁자가 기술개발을 구체적으로 어떻게 하는지 여부에 따라 위탁자의 관점에서의 해당 용역의 연구개발비로서의 성격이 달라지는 것은 아닙니다.

2) 따라서 연구개발비 지출액은 해당 지출(즉, 프로젝트)의 성격이 연구개발비의 본질에 부합하는지 여부만을 기초로 판단하여야 할 것입니다. 연구 및 인력개발비 세액공제의 취지는 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 주어 연구 및 인력개발을 촉진하는 데에 있으므로(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 등), 세액공제 여부 판단도 당연히 납세의무자, 즉, 위탁자인 원고의 입장에서 생각해보아야 합니다. 따라서 전담부서를 보유하고 있는 수탁자가 수행한 업무의 최종 결과물이 위탁자인 원고의 입장에서의 연구개발활동에 해당하면 세액공제의 요건 및 입법취지에 부합하는 것일 뿐, 그 외 추가적인 요건을 해석상 인정할 여지는 없는 것입니다.

라. 전담부서 제도의 취지

1) 구 조특법 시행규칙(2007. 10. 29. 재정경제부령 제579호로 개정되기 전의 것, 이하 같습니다) 제7조 제1항은 전담부서를 구 기술개발촉진법 시행규칙 제7조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서로 규정하고, 구 기술개발촉진법 시행규칙 등 관련 규정은 전담부서에 대하여 인적 요건 충적, 시설 요건 충족, 연구 전담 시간의 확보, 관계부처에 대한 신고 등을 갖출 것을 규정하고 있습니다. 그리고 구 조특법 시행령 [별표6]은 전담부서를 보유한 업체에 기술개발용역을 맡길 때에는 '위탁'의 형태로 수행하라고 규정하고 있습니다. 결국 구 조특법령에서 전담부서 관련 요건을 두고 있는 취지는 전담부서를 두고 있는 수준 높은 기술을 가진 업체가 최종 연구개발 산출물을 관리하도록 하여 전체적인 프로젝트를 관리하고 연구개발 결과물의 품질을 제고하고자 하는 데에 있습니다.

2) 그렇지만, 구 조특법령을 비롯한 관련 규정에서는 전담부서를 둔 수탁 기업이 모든 기술개발 용역 전 과정을 전부 수행하여야 한다고 규정하고 있지는 않습니다. 현실적으로 하나의 기업이 모든 기술을 전부 개발하는 것은 처음부터 불가능하기 때문입니다(이는 조세심판원에서도 인정한 것입니다). 이러한 현실적인 한계로 인하여, 하나의 프로젝트의 결과물로는 하나가 나오게 되지만 그 하나의 프로젝트를 완성하기 위한 기술은 여러 업체가 개발하여 온 기존 기술의 복합체일 수 밖에 없습니다. 처음부터 완전히 새로운 연구개발은 없을 수 밖에 없기 때문입니다. 결국 이러한 이유로 이 사건 세액공제의 요건은 전담 부서를 보유한 기업에 대하여 연구용역을 '위탁'하라고 규정하고 있는 것입니다.

이러한 전담부서 제도에 의한 품질 관리는 연구개발 결과물의 완성도를 높이기 위한 수단적인 것으로, 결국 중요한 것은 연구개발 용역에 따른 결과물을 실제로 이용하게 될 위탁자를 기준으로 판단한 최종적인 연구개발 결과물의 완성도라고 보아야 할 것이며, 쟁점 연구개발비에 대하여 세액공제를 해주어야 하는지의 판단 역시 해당 연구개발 결과물이 전담부서 제도를 통하여 요구하는 일정 수준 이상의 결과물을 산출하는데 도움이 되는 비용인지 여부가 되어야 할 것입니다.

만일 위탁자인 원고 입장에서 이 사건 수탁업체들의 연구개발 결과물이 이 사건 위탁계약상 목적을 전부 혹은 일부 달성하지 못하였다고 판단하면, 이 사건 위탁계약을 해제, 해지하거나 약정한 대금을 감액한다든지 등의 법률상 조치를 취하였을 것입니다.

마. 이 사건 처분의 위법성

1) 쟁점 연구개발비는 원고와 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는 이 사건 수탁업체들과 사이에 체결된 이 사건 위탁계약에 의하여 지출된 비용입니다. 따라서 앞서 본 (ⅰ) 요건, 즉 국내 기업의 전담부서에 기술개발용역을 위탁하는 형태로 지출되어야 한다는 요건을 충족하였음에는 아무런 의문이 없습니다. 다음으로 이 사건 위탁계약의 내용인 전산시스템 구축 개발 용역은 기술적 진전을 이루기 위한 활동이고, 당해 용역에 위 비용이 소요되었으므로, 앞서 본 (ⅱ) 요건, 즉 기술적 진전을 이루기 위한 활동에 사용될 것이라는 요건 역시 갖춘 것입니다. 이러한 점에 대하여는 피고 역시 이의가 없을 것입니다.

2) 결국 법문의 문리해석상 전담부서를 두고 있는 위탁 업체에게 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 위하여 용역비를 지급한 경우라면, 당연히 당해 비용은 연구개발비 세액공제의 대상에 해당하는 것입니다. 그래서 대법원도 구 조세감면규제법상 기술·인력개발비에 대한 세액공제는 그 요건이 충족되면 당연히 공제된다는 취지로 판시하였던 것이고(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결 참조), 기술·인력개발비 세액공제 규정이 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 그 적용대상에서 배제하고 있지 않은 점 등을 들어 세액공제 대상이 아니라는 과세관청의 주장을 배척하였던 것입니다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두22454 판결). 요컨대, 법문에 없는 다른 요건을 들어 쟁점 연구개발비에 대한 연구개발비 세액공제를 부인한 이 사건 처분은 그 자체로서 조세법률주의에 위배되는 처분이고, 납세의무자인 원고에게 보다 많은 세액공제 혜택을 주고자 하는 입법취지에도 반하는 것입니다.

바. 소결

이상과 같이 일단 전담부서를 보유한 기업에 대하여 연구개발비가 지출된 경우라면, 이 후에 전담부서를 보유하고 있지 않은 기업에 대한 재위탁이 있었는지 여부에 따라, 세액공제 여부에 대한 판단이 달라져야 하는 것은 아닙니다. 피고 측 과세논리는 연구개발비 세액공제와 전담부서 제도의 입법 취지와도 맞지 않으며, 법문에 없는 요건을 추가하여 원고가 도무지 알 수도, 예측할 수도 없는 재재위탁이나 재재재위탁의 경우 도대체 어디까지 세액공제 혜택을 축소하겠다는 것인지 쉽게 납득할 수 없습니다.

참고로 이 사건에 적용되는 구 조특법 시행규칙 제7조 제1항과 달리 기업 내의 연구개발전담부서로서 과학기술처장관에게 "신고"하도록 규정하지 않았던 구 조세감면규제법 시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 전문 개정되기 전의 것 및 1995. 4. 1. 총리령 제499호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 또는 구 조세감면규제법시행규칙(1996. 12. 20. 총리령 제598호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 등의 해석과 관련하여, 과거 대법원은 『여기에서 말하는 전담부서 중 기업 내의 연구개발전담부서에 해당하려면 구 기술개발촉진법시행규칙 제3조의3 제1항 또는 현행 같은 규칙 제5조 제1항에 규정된 요건을 갖추는 것으로써 충분하고, 위 각 규칙 각 조의 각 제2항에 규정된 과학기술처장관에 대한 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니라고 보는 것이 타당하며, 원심이 설시하고 있는 여러 사정을 참작하더라도 이와 달리 해설할 것은 아니라고 판단된다』라고 판시(대법원 2001. 1. 16. 선고 99두11943 판결)함으로써, 법문에서 규정되지 않은 요건을 들어 세액공제의 대상을 축소하고자 하는 과세관청의 주장을 배척하였습니다. 이러한 맥락에서도 이 사건 처분은 법문 외의 해석 요건을 추가하여, 더구나 합리적 이유 없이 원고에 대한 세액공제의 범위를 축소하고자 하는 것으로서 위법한 것입니다.

4. 결 론

피고는, 전담부서를 보유한 이 사건 수탁업체들이 전담부서를 보유하고 있지 않은 업체에 일부 용역을 재위탁하면서 지급한 비용에 상응하는 쟁점 연구개발비를 구 조특법 제10조 소정의 세액공제 대상으로 볼 수 없되, 이 사건 수탁업체들이 전담부서를 보유한 업체에 일부 용역을 재위탁하면서 지급한 비용에 상응하는 대가는 위 세액공제의 대상이라는 입장을 견지하고서, 이 사건 처분을 내렸습니다.

물론 이러한 해석은 앞서 본 바와 같이 쟁점 연구개발비와 관련하여 법문에 없는 전혀 다른 요건을 추가하여 연구개발비 세액공제를 부인하는 것이고, 법에도 없는 요건을 추가하여 세액공제 대상을 축소해석하여야 한다는 것으로서 위법한 것입니다.

조세법률주의의 원칙상 세법의 해석은 엄격하여야 하고, 합리적인 근거가 없는 한 납세자에게 이익이 되는 규정을 축소해석하는 것은 허용되지 않으며, 그러한 규정이 단순한 입법미비로 인한 것으로 보인다 할지라도 그로 인한 부담을 납세자에게 지울 수는 없음은 자명합니다.

이상과 같이 이 사건 처분은 모두 위법하므로, 이를 취소하여 주시기 바랍니다.

1) 조세심판원의 심판 대상 세액이 되었던 부과처분금액 OOOO원에서 심판결정에 따라 환급된 금액 OOOO원을 차감하여 계산된 금액입니다.

2) 구 조특법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 것)에서 신설된 후 현행법에서 재차 개정되었습니다.