조심 2014구3765 (2017.11.08)

OOO장이 2014.3.12. 및 2014.3.14. 청구법인에게 한 OOO원의 각 부과처분 및 소득조정액 OOO원을 청구법인의 2008사업연도 익금에 가산한 부과처분 중 2010년 제2기 ～ 2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2010 ～ 2011사업연도 법인세(증빙불비가산세) 합계 OOO원, 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO을 원료로 하여 OOO을 제조 및 판매하고 있는 OOO제조회사인바,

(1) 2010.9.30.까지는 청구법인의 자회사인 주식회사 OOO(2011.3.1. 주식회사 OOO에서 주식회사 OOO로 상호변경하였으며, 이하 “OOO”라 한다)를 포함한 다수의 공급상(협력업체로 등록된 OOO의 공급상임)으로부터 직접 OOO을 공급받아 오던 중, 2010.10.1.(이하 “업무이관일”이라 한다)부터 OOO 구매업무를 OOO로 이관하여 OOO로부터 OOO을 공급받는 형태로 거래방식을 변경하였고,

(2) 2008년 특수관계인인 OOO(OOO, 이하 “OOO”라 한다)와 OOO(OOO, 이하 “OOO”이라 한다), 비특수관계인인 타 대학(이하 “일반대학”이라 한다)과 일반연구기관에 연구과제를 위탁하고 이에 대하여 위탁과제 연구비를 아래 ＜표1＞과 같이 지급하였으며,

(3) 자금조달을 목적으로 국외에서 외화표시채권을 발행하고 2010.7.1.부터 2012.12.31.까지 채권소지자인 외국법인들OOO에게 외화표시채권에 대한 이자로 총 OOO원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 지급하였는바, 쟁점이자는 「법인세법」 제93조 제1호에 따라 국내원천소득에 해당하나 「조세특례제한법」 제21조 제1항 제1호에 따라 법인세가 면제됨에 따라 이에 대하여 원천징수를 하지 아니하였고, 별도로 비과세ㆍ면제신청서도 제출하지 아니하였으며, 쟁점이자 지급내역에 대한 지급명세서도 제출하지 아니하였고,

(4) 2008사업연도 중 해외자회사인 OOO 및 OOO이 설비투자 및 운영자금 등의 융통을 위해 조달하는 차입금과 관련하여 직접 지급보증하고, 청구법인의 해외금융자회사인 OOO가 청구법인의 국외 특수관계자인 OOO, OOO, OOO가 조달하는 차입금과 관련하여 제공한 1차 지급보증에 대하여 2차 지급보증하였으며, 보증한도 금액의 0.2%를 지급보증 수수료로 세무신고하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013.9.3.부터 2014. 4.30.까지 청구법인에 대하여 법인제세 통합 세무조사를 실시한 결과,

(1) 청구법인이 업무이관일 이후인 2010.10.1.부터 2011.8.31.까지의 기간(이하 “쟁점기간”이라 한다) 동안 자회사인 OOO를 통하여 OOO을 공급받은 거래(이하 “쟁점거래”라고 한다)가 일반 매매가 아닌 위탁매입에 해당한다고 보고, 이 경우 청구법인이 쟁점거래에 대하여 OOO를 공급자로 기재하여 세금계산서를 수취할 수 없음에도 불구하고 OOO를 공급자로 기재하여 세금계산서를 수취함으로써 사실과 다르게 기재된 세금계산서를 수취하였다 하여, 부가가치세 납부세액을 계산함에 있어 해당 매입세액의 불공제 및 「법인세법」상 증빙불비가산세를 부과하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고,

(2) 청구법인이 특수관계인(OOO, OOO)과 비특수관계인(일반대학, 일반연구기관)에게 연구비 중 간접비 산정기준을 각각 달리 하여 연구비를 지급한 것은 특수관계인에게 시가보다 높은 가격으로 용역대가를 지급함으로써 부당하게 조세를 감소시킨 것이라 하여, ① 청구법인이 OOO에게 지급한 간접비 중 일반대학의 간접비 비율을 초과하는 금액 OOO원과 ② 청구법인이 OOO에게 지급한 간접비 중 일반연구기관의 간접비 비율을 초과하는 금액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입함과 동시에 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 위탁연구비에서 제외하는 내용의 세무조사결과를 처분청에 통지하였으며,

(3) 2010.2.18. 「법인세법 시행령」 제162조의2의 개정에 따라 2010.7.1. 이후에는 외국법인에게 지급하는 이자소득이 「조세특례제한법」에 따라 면제되더라도 면제신청서를 제출하지 않는 경우에는 동 이자지급내역에 대한 지급명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 함에도, 청구법인은 쟁점이자와 관련하여 비과세ㆍ면제신청서를 제출하지 아니하고 쟁점이자 지급내역에 대한 지급명세서도 제출하지 아니하였다 하여 청구법인에게 「법인세법」 제76조 제7항의 지급명세서 미제출 가산세를 부과하는 내용의 세무조사결과를 처분청에 통보하였고,

(4) 청구법인이 OOO 등 해외자회사 3곳에게 제공한 지급보증용역에 대하여 청구법인이 적용한 지급보증요율이 국세청 모형에 의한 정상 지급보증요율 범위에 미달하는 것으로 보아 다음 ＜표3＞과 같이 2008사업연도의 법인세 과세표준을 경정하는 내용의 과세자료를 처분청에게 통보하였다.

다. 처분청은 조사청으로부터 통보받은 과세자료에 따라,

(1) 2014.3.12. 및 2014.3.14. 청구법인에게 부가가치세 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 및 「법인세법」상 증빙불비가산세를 아래 ＜표4＞, ＜표5＞와 같이 부과하고,

(2) 2014.3.12. 청구법인에게 쟁점금액을 손금불산입하고 연구 및 인력개발비 세액공제 대상 위탁연구비에서 제외하여 2008사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였으며,

(3) 2014.3.14. 청구법인에게 2010～2012사업연도 지급명세서 미제출 가산세 합계 OOO을 결정ㆍ고지하고,

(4) 소득조정액 OOO원을 청구법인의 2008사업연도 익금에 가산하여 2014.3.12. 청구법인에게 법인세를 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래는 일반매매거래라고 할 것임에도 이를 위탁거래라고 하면서 OOO를 공급자로 기재한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세(증빙불비가산세)를 부과한 것은 부당한 처분이다.

(가) 처분청은 “구매대행 합의서”가 청구법인과 OOO 간의 진정한 계약서이고 동 계약서는 위탁거래를 그 내용으로 하고 있으므로 쟁점거래를 위탁거래로 보아야 한다고 주장하나, “구매대행 합의서”는 “매매 기본계약서” 체결을 위한 협의과정에서 일시적으로 작성된 문서에 불과하고 쟁점거래의 진정한 계약서는 “매매 기본계약서”이다.

1) 처분청은 청구법인의 내부 보고문서 등에서 “구매대행 합의서”라는 명칭의 문건이 언급되고 있다는 점을 근거로 “구매대행 합의서”가 쟁점거래의 진정한 계약서라고 주장하나, 내부 보고문서 등에서 구매대행 합의서가 언급된 이유는 청구법인의 현업부서와 관리부서의 업무가 완전히 분리된 상태에서 관리부서의 직원이 성과를 위하여 현업부서가 알지 못하는 사이에 초안 상태인 “구매대행 합의서”를 진정한 계약서인 것처럼 보고하였기 때문인바, 내부 보고문서에 언급되었다는 사실만으로 “구매대행 합의서”를 쟁점거래의 진정한 계약서로 보는 것은 타당하지 아니하다.

오히려, “매매 기본계약서”에는 청구법인과 OOO 대표이사의 기명날인이 있으나 “구매대행 합의서”에는 인장이 날인되어 있지 아니하고, “매매 기본계약서”는 초안 작성 후 수정 과정부터 법인인감의 날인 과정까지 각 계약체결 단계별 근거자료가 모두 존재하나 “구매대행 합의서”는 그 체결과정에 관하여 어떠한 근거자료도 존재하지 아니하는바, 쟁점거래의 진정한 계약서는 “구매대행 합의서”가 아니라 “매매 기본계약서”임이 분명하다고 할 것이다.

2) 이에 대하여 처분청은 국세청 내부 문서감정 결과에 의할 때 매매 기본계약서의 원본 복사용지는 2011년 10월 이후 출시된 복사용지[OOO(주) OOO 복사용지 80g/㎡]와 동일한 용지일 가능성이 높고, OOO의 OOO 용지가 2011년 10월 출시되었으므로 매매 기본계약서 또한 2011년 10월 이후에 일자를 소급하여 작성한 문서라고 주장하나, OOO(주)의 문서감정 결과 OOO(주)는 “매매 기본계약서” 용지가 OOO(주)에서 2010년 11월 이전에 생산된 OOO 제품과 동일한 제품일 가능성이 높은 것으로 추정하였으므로 처분청 주장은 설득력이 없다.

(나) 설령, 처분청 주장대로 “매매 기본계약서”가 아닌 “구매대행 합의서”를 쟁점거래의 진정한 계약서로 보더라도 “구매대행 합의서”는 명칭만 “구매대행 합의서”라고 하였을 뿐 실제 내용은 매매거래의 내용을 담고 있다.

즉, “구매대행 합의서”는 제2조에서 OOO의 구매업무를 정의하면서 “OOO를 대리하여 OOO을 ‘구매’하고, 이를 청구법인에 ‘재판매’하는 것”이라고 하고 있고, 제3조 제1항에서 그 가격과 관련하여 “이 물품을 청구법인에 ‘재판매’할 때 청구법인은 이 가격과 수량을 인정하고 정해진 가격결정방식에 따라 ‘구매’한다”라고 하는 등 명백히 재화의 매입·매출거래를 그 내용으로 하고 있다.

그리고, 일부 “대리” 또는 “대행”이라는 용어를 사용하고는 있으나, 이는 기존 청구법인의 원료구매실이 수행하던 OOO 구매업무를 OOO가 “대신” 담당하고, 청구법인은 구매업무에서 완전히 배제된다는 의미로 사용한 것으로서 법률 문외한인 OOO의 직원이 그 법률적 의미를 명확히 알지 못하고 사용한 것에 불과하고, 이는 “대리”, “대행”, “구매 및 재판매”의 개념이 법률상 모두 다른 의미를 가지고 양립 불가능함에 불구하고 이러한 용어를 반복하여 혼용하고 있는 점을 보아도 알 수 있다.

(다) 처분청은 쟁점거래의 구매가격 결정방식 및 운송형태 등을 이유로 쟁점거래를 구매대행이라고 보았으나, 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.

1) 처분청은 쟁점기간 동안 OOO에게 일정한 마진OOO이 보장되어 있었으므로 이는 일종의 구매대행 용역거래의 수수료라는 입장이나, 사인간의 매매계약에서 공급가액을 결정함에 있어 일정비율의 마진을 고정적으로 가산하는 것은 계약자유의 원칙상 흔히 이루어지고 있고, 이러한 가격결정방식은 OOO와 같은 도매업을 영위하는 판매업자들이 재판매가격을 산정할 때 빈번하게 사용하는 일반적인 가격결정방식 중 하나인바, OOO에게 일정한 마진이 보장되었다는 이유로 쟁점거래를 구매대행으로 보는 것은 타당하지 아니하다.

2) 처분청은 개별 공급상들이 OOO가 아닌 청구법인에게 직접 OOO을 운송하고 있는 점을 쟁점거래가 구매대행에 해당한다는 주장의 논거로 제시하였으나, 최종 수요자인 OOO업체에게 직접 OOO을 운송하는 방식은 국내 OOO시장의 일반적인 유통형태이고, 이는 「민법」상으로도 인정되는 소유권 이전 방법이다.

가) OOO은 부피와 무게로 인하여 막대한 운송비, 보관비 등이 소요되므로 개별 공급상들이 납품상 등 중간단계로의 이동과정 없이 직접 OOO에게 납품하는 유통방식은 OOO업계의 거래관행이고, 검수절차 또한 당연히 최종 도착지인 OOO의 야적장 내에서 이루어지고 있는바, OOO 역시 “중간상이 직접 OOO사에 운반·검수·하역한 후 납품상으로부터 현금결제받는다”고 하여 납품상의 OOO를 거치지 않는 유통방식이 거래관행임을 인정하고 있다.

나) 「민법」은 동산의 현실인도 외에 점유개정(제189조) 및 목적물반환청구권의 양도(제190조)를 소유권이전 방법으로 인정하고 있는바, 본건에서도 OOO의 현실인도는 없었지만, 개별 공급상들은 OOO를 위하여 OOO을 점유한다는 의사표시를 함으로써 OOO의 소유권을 OOO에게 이전하였고(점유개정), OOO는 다시 개별 공급상들에 대한 OOO반환청구권을 청구법인에게 양도함으로써 청구법인에게 OOO의 소유권을 이전하였는바(목적물반환청구권의 양도), 이와 같은 「민법」상 소유권 이전의 법리에 비추어 보더라도 OOO의 소유권을 이전함에 있어 현실인도가 반드시 필요하다고 볼 수 없다. 따라서, 개별 공급상들이 OOO가 아닌 청구법인에게 직접 OOO을 운송하였다는 이유로 쟁점거래를 구매대행으로 보는 것은 타당하지 아니하다.

3) 처분청은 OOO의 검수절차 등이 청구법인의 야적장에서 이루어지고 있어 OOO는 재고자산에 대한 위험을 부담하지 아니한다고 주장하나, OOO는 (1) OOO 내에 별도의 사무실을 임차하여 OOO 관리요원을 상주시키고 있고, (2) 공급상이 청구법인의 야적장으로 운송한 OOO의 일자별ㆍ등급별 입하량을 상시 모니터링하고 있으며, (3) 공급상이 OOO에 공급한 OOO의 전월말 재고, 입고, 사용, 현 재고 등을 관리하기 위하여 OOO로 OOO를 작성하고 있고, ④ 자체적으로도 재고자산 수불부를 작성하여 재고관리를 하고 있으며, ⑤ 재고수급관리의 일환으로 OOO 등과 검정용역을 체결하여 검수절차를 진행하였고, ⑥ 최소한의 재고 보유를 위한 OOO도 운영하는 등 OOO에 대한 관리위험을 부담하고 있는바, 처분청의 주장은 타당하지 아니하다.

4) 처분청은 OOO가 OOO의 추가가공을 하지 아니하였으므로 쟁점거래를 구매대행으로 보아야 한다고 주장하나, 재화를 추가가공 했는지 여부에 따라 위탁거래와 매매거래가 구분되는 것은 아니고, 「부가가치세법」도 “도매업”에 대하여 “구입한 새로운 상품 또는 중고품을 변형하지 않고 소매업자, 산업 및 상업사용자, 단체, 기관 및 전문사용자 또는 다른 도매업자에게 재판매하는 산업활동을 말한다”라고 하고 있는바, 본건에서 OOO가 쟁점 기간 동안 공급상들로부터 구매한 OOO을 청구법인에게 재판매한 산업활동은 도매업에 해당한다.

5) 처분청은 OOO가 청구법인으로부터 입금 받은 대금 중 이윤만 제외하고 같은 날에 그대로 공급상에게 전달하고 있다고 하면서 대금지급위험을 부담하지 않는다고 주장하나, OOO는 청구법인으로부터의 대금 수취 여부와 관계없이 공급상에게 대금을 지급하여 대금지급에 관한 위험을 별도로 부담하였는바, 이는 입출금 자금의 흐름상으로도 분명하다고 할 것이고, 실제 결제 사례를 보더라도 OOO가 청구법인으로터의 대금 입금 여부와 별개로 공급상에 대하여 대금을 결제하였음을 알 수 있다. 또한, OOO는 자금 부족분을 충당할 수 있는 운전자금을 확보하고 있으므로 청구법인으로부터의 입금에 의존할 이유도 없다.

그리고, 본건에서 청구법인이 OOO에게 대금을 결제하는 요일과 OOO가 공급상에게 대금을 결제하는 요일이 동일한 날짜에 운영되었으나, 매입·매출거래에 있어 대금 결제일을 일치시키는 것은 자금 부담을 최소화하기 위해 취하는 보편적인 거래 형태이다.

(다) 청구법인이 선택한 쟁점거래와 처분청이 주장하는 구매대행 용역거래는 그 과정만을 달리할 뿐 조세부담 및 국고수입의 결과에 있어서 아무런 차이가 없으므로 청구법인이 선택한 법적형식은 그대로 존중되어야 한다.

1) 법원은 “납세자가 택한 거래형태가 그 과정만을 달리할 뿐 납세자의 조세부담과 국고수입의 결과에 있어서는 전혀 다르지 아니하여 그와 같은 법적 형식을 택한 것이 부가가치세를 탈세하기 위하여 정상적인 거래과정을 왜곡하고자 한 것이 아닌 것임이 분명한 이상 당사자가 택한 그 법적 형식을 그대로 존중하여 각 단계의 과세여부를 논하는 것이 타당하다”라고 판시하였는바[서울고등법원 1999.11.17. 선고, 99누6141 판결(2001.1.30. 대법원 99두11875 판결로 최종 확정됨)], 당사자가 선택한 거래형식이 부가가치세를 탈세하기 위하여 정상적인 거래과정을 왜곡하고자 한 것이 아닌 이상 그 계약내용을 그대로 존중하여 부가가치세가 과세되어야 한다.

2) 본건의 경우 OOO 거래와 관련하여 ① 개별 공급상, OOO, 청구법인 사이에 노출되지 아니한 거래관계가 전혀 존재하지 아니하고, ② 국가 입장에서 탈루되는 부가가치세 또한 전혀 존재하지 아니하며, ③ 쟁점거래를 매매계약으로 보든 구매대행으로 보든 청구법인과 OOO가 납부할 법인세액에는 변함이 없어 청구법인이 선택한 법적형식이 부가가치세를 탈세하기 위하여 정상적인 거래과정을 왜곡하고자 한 것이 아님이 분명한 이상 청구법인이 택한 법적형식이 그대로 존중되어야 한다.

(2) 처분청은 청구법인이 일반대학 및 일반연구기관에게 지급한 간접비 요율을 시가로 보아, 청구법인의 OOO와 OOO에 대한 간접비 요율(이하 “쟁점간접비요율”이라 한다)이 일반대학과 일반연구기관에 대한 간접비 요율보다 높다는 이유로 청구법인이 시가보다 높은 가격으로 용역대가를 지급하여 부당하게 조세를 감소시킨 것으로 판단하였으나, OOO 및 OOO에게 위탁한 연구용역(이하 “쟁점위탁연구용역”이라 한다)과 일반대학 및 일반연구기관에 위탁한 연구용역(이하 “비교대상용역”이라 한다)은 본질적인 차이가 있고, 그 연구용역의 결과를 통하여 청구법인이 얻게 되는 기술적 성과 및 유무형의 이익에 큰 차이가 있는바, 청구법인이 일반대학 및 일반연구기관에게 지급한 용역대가를 기준으로 쟁점위탁연구용역 대가의 적정성을 판단하는 것은 부당하다.

(가) OOO 및 OOO이 청구법인으로부터 위탁을 받아 수행한 연구용역은 청구법인의 OOO 사업에 직접 적용 가능한 실용화기술에 관한 연구 및 핵심기술에 관한 것인 반면, 일반대학 및 일반연구기관이 수행한 연구용역은 학술·이론적 기초 연구가 주를 이루는 것으로서 쟁점위탁연구용역을 보완하는 수준에 그치는 것인바, 쟁점위탁연구용역과 비교대상용역은 그 수행된 연구과제의 주제 및 내용에 본질적인 차이가 있다.

따라서, 청구법인은 실용화기술 중심의 연구를 수행한 쟁점위탁연구용역의 경우 그 성격에 맞게 지식경제부가 고시한 “엔지니어링사업대가 기준”을 참조하여 위탁연구비 지급기준을 책정한 반면, 학술·이론적인 측면의 기초연구를 수행한 일반대학 및 일반연구기관의 경우 교육과학기술부가 고시한 “국가연구개발사업 간접비 계상기준”을 참조한 것이다.

(나) OOO 및 OOO이 수행한 연구용역과 일반대학 및 일반연구기관이 수행한 연구용역은 연구수행 규모에 있어 상당한 차이가 있는바, 연구수행의 규모를 나타내는 직접비 지급 규모에서 OOO의 경우 일반대학의 OOO, OOO의 경우 일반연구기관의 OOO이다.

(다) OOO 분야에 있어서 OOO 및 OOO의 “전문성, 경험, 인프라” 역시 일반대학 및 일반연구원과 현저한 차이가 있는바, OOO의 경우 세계 유일의 OOO 교육연구기관인 OOO을 운영하고 있고, 연구진 또한 OOO 등 OOO분야에 있어서 명실상부 세계 최고의 석학들이 연구를 주도하고 있다.

또한, OOO의 경우 강구조와 부품신소재, 설비자동화, 환경에너지 등의 연구 분야에서 지금까지 1만 여건의 연구과제를 수행하여 7,900여건의 산업재산권을 출원한 OOO”이고, 최근 수년간 세계 OOO업계 최고의 기술로 평가 받는 청구법인의 독자 OOO제조 브랜드인 OOO 공법 또한 OOO이 수행한 것이며, 이밖에 OOO가 실시한 능력평가에서 최우수 국제공인시험기관으로 선정되기도 하였고, 정부가 지정한 국내 유일의 OOO를 보유하고 있는 등 OOO 분야의 연구능력 및 인프라에 있어서는 일반연구기관의 추종을 불허하고 있다.

(라) 만일 OOO 및 OOO에 부당하게 분여된 이익이 존재한다면 OOO 및 OOO이 청구법인으로부터 취득한 연구수익이 연구용역의 수행을 위해 스스로 투입한 연구원가를 훨씬 상회해야 할 것이나, 쟁점 간접비를 지급받은 OOO와 OOO은 청구법인으로부터의 위탁연구용역 수행으로 인하여 결손이 발생한 반면, 청구법인이 OOO 및 OOO의 위탁연구용역을 통해 얻는 수익은 쟁점간접비 지급금액을 훨씬 상회하는바 비용과 수익을 합하여 보면 결코 부당한 거래로 볼 수 없다.

(3) 이 건 지급명세서 미제출 가산세 부과는 조세법률주의의 엄격해석 원칙, 과잉금지의 원칙에 반하는 위법ㆍ부당한 처분이다.

(가) 현행 「조세특례제한법」에는 비과세·면제 신청절차 및 신청서에 관한 규정 자체가 존재하지 아니하는바, 그럼에도 불구하고 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호의 “「조세특례제한법」에 따라 비과세·면제신청서를 제출하지 아니하는 경우”에 해당한다고 보아 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 처분은 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 반하여 위법·부당하다.

(나) 과세관청에서 이미 과세정보를 확보하여 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호의 입법목적을 달성하고 있는 이상 지급명세서의 미제출을 이유로 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 위법ㆍ부당하다.

(4) 국세청 모형에 근거한 지급보증수수료율 산정은 합리적인 정상가격 산정방식으로 볼 수 없고, 해당 수수료율에 따라 과세한 처분은 근거과세원칙 등에 위배된다.

(가) 처분청은 이 건 지급보증거래의 정상가격 산정 근거를 제시하지 아니하였고, 국세청 모형의 과세방식을 수용한 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」은 2013.2.15. 이후 지급보증하는 경우부터 적용함을 명시하고 있으므로 이 건 과세처분은 근거과세원칙 및 소급과세금지 원칙에 위배된다.

(나) 국세청 모형은 「국제조세조정에 관한 법률」 제5조 제4호의 기타 합리적인 방법 중 하나인 편익접근법에 해당하는 것으로서, 청구법인이 같은 조 제3호의 원가가산법으로 외부 금융기관에 의뢰하여 적용한 수수료율을 부인하고 우선 적용될 수 없고, 국세청 모형은 독립기업원칙과 비재무적인 요소를 무시한 것으로서 적정하지 아니하며, 「국제조세조정에 관한 법률」과 이전가격지침에서 규정하는 비교가능성 검토도 수행하지 아니하고 단순히 추정된 금리차이 전체를 보증수수료로 간주하였으므로 위법하다.

이와 관련하여 청구법인이 2013년 개정된 「국제조세조정에 관한 법률」상 보증용역 거래에 대한 기타의 합리적인 정상가격 산출방법에 따라 정상보증료율을 분석한 결과 실제 적용한 지급보증료율과는 유의한 차이가 없었고 처분청이 산정한 지급보증료율과는 큰 차이를 보이고 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 일반매매거래가 아닌 위탁매입거래에 해당하므로 청구법인이 OOO를 공급자로 하여 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액불공제 및 「법인세법」상 증빙불비가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 “구매대행 합의서”에 대하여 이를 2010년 10월경 작성하여 검토한 적은 있으나 정식 계약체결을 한 사실은 없고, 다만 청구법인의 소속 직원이 그 초안을 정식 체결된 계약서로 오인하여 그 세무상 문제점에 대하여 내부검토서를 작성ㆍ보고한 것이라고 주장하나, 청구법인의 2011.3.31.자 “OOO 구매업무 OOO 이관 관련 검토”라는 제목의 내부보고서에는 “구매대행 합의서”를 기초 서류로 하여 그 내용을 인용한 사실이 나타나고, 그 이후 청구법인의 OOO에서 감사를 실시하여 회장에게 보고한 2011.5.18.자 “OOO 구매업무 OOO 이관 세무 Risk 보고”에도 “구매대행 합의서에 따르면 위탁거래에 해당된다”라고 하여 명백히 “구매대행 합의서”의 존재를 언급하고 있으며, 2011년 5월부터 8월까지 세무문제 해결을 위한 TFT에서 작성한 내부 보고서 역시 “구매대행 합의서”의 내용을 수차례에 걸쳐 인용하고 있는바, “구매대행 합의서”는 청구법인과 OOO간 2010년 10월경 실제로 체결된 계약으로 봄이 타당하다.

그리고, “구매대행 합의서”에 청구법인과 OOO의 대표이사 기명날인 또는 법인인감날인이 없다고 하더라도 “구매대행 합의서” 내용대로 거래가 이루어진 이상 쟁점거래는 위탁거래에 해당한다.

(나) 청구법인은 “구매대행 합의서”가 매매거래의 내용을 담고 있다고 주장하나, 구매대행 합의서는 전문에서 “본 합의서는 청구법인과 OOO가 다음과 같이 국내 및 해외 물품 중 OOO 등의 구매업무 대행에 대하여 합의를 목적으로 한다”라고 하여 OOO가 청구법인을 위하여 구매대행 용역을 제공한다는 점을 분명히 하고 있고, 제2조 및 제3조에는 “OOO은 OOO를 대리하여.....(중략)....구매한다”라는 내용이 반복적으로 기재되어 있으며, 그 전체적인 내용 역시 OOO가 OOO의 계산으로 OOO을 매매하여 거래의 모든 위험과 효익을 OOO가 부담하는 것으로 되어 있으므로 이는 전형적인 구매대행 내지 위탁매매 관계를 약정한 계약서에 해당한다.

(다) 청구법인은 “구매대행 합의서”가 아니라 “매매 기본계약서”에 의해 쟁점거래가 이루어졌고, 해당 계약서에 의하면 청구법인과 OOO는 ‘위탁거래’가 아닌 ‘매매’를 목적으로 한 것이라고 주장하나, 조사청의 포렌식 업무를 담당하는 부서OOO에서 “매매 기본계약서”와 그 부속서류에 대한 문서감정을 실시한 결과 해당 문서는 2011년 10월 최초로 출시된 OOO(주)의 OOO 복사용지 80g/㎡와 동일한 용지일 가능성이 높은 것으로 감정되었는바, 동 감정결과에 비추어 볼 때 “매매 기본계약서”와 그 부속서류는 용지의 출시 시점인 2011년 10월 이후에 작성된 것으로 보아야 하고, 그렇다면 “매매 기본계약서”가 2010.11.30.(OOO)과 2010.12.20.(청구법인) 각각 날인하여 작성된 것이라는 청구법인의 주장은 신빙성이 부족하며, 동 계약서는 사후적으로 위ㆍ변조된 계약서라는 사실을 추정할 수 있다.

이와 관련하여 OOO(주)는 “매매 기본계약서” 용지가 OOO(주)에서 2010년 11월 이전에 생산된 OOO 제품과 동일한 제품일 가능성이 높은 것으로 추정한 문서감정결과를 제출하였으나, 처분청 자체 검사결과 등에 비추어 볼 때 OOO(주)의 감정결과를 신뢰하기 어렵다.

(라) 일반적인 도매업자의 상거래 형태는 매수가격과 매도가격을 연계시키지 아니하고 각각을 분리하여 각 거래상대방과 협상과정을 통해 결정함으로써 그 차액을 거래 마진으로 하는 방식이나, 쟁점거래의 경우 청구법인은 OOO가 결정한 가격과 수량을 그대로 인정하고 OOO의 구매가격에 OOO원의 수수료를 가산하는 방식으로 구매하였고, 이는 도매업자의 거래 형태가 아니라 위탁매매의 거래 형태라고 할 것이다.

(마) 기업회계기준은 2003.3.31. 시행된 “회계기준적용의견서 03-2, 수익의 총액 또는 순액(수수료) 인식”에서 위탁매매에 관하여 규정하고 있고, 여기서 수익을 총액으로 인식해야 하는 회사는 매매업자, 순액(수수료)으로 인식해야 하는 회사는 위탁매매업자에 해당하며, 동 회계기준은 매매업자에 해당하는 총액 인식의 지표로서 주요지표 두 가지와 보조지표 여섯 가지를 제시하고 있는바, 해당 지표들에 의하면 쟁점거래는 위탁매매거래에 해당함이 명백하다.

1) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 첫 번째 주요지표는 “회사가 거래의 당사자로서 재화나 용역의 제공에 대한 주된 책임을 부담하는지 여부”인바, OOO는 청구법인으로부터 위탁받은 물량과 품질의 스크랩을 수집할 뿐이고 거래의 수락은 궁극적으로 청구법인이 수행하고 있으며, 또한 대가지급의 경우도 OOO는 청구법인이 주 1회 또는 2회 단위로 거래대금을 송금하면 수수료를 차감한 물대를 납품상에게 즉시 송금해 주는 등 실질적인 대금 부담을 청구법인이 한 것으로 확인된다. 따라서, OOO는 거래의 당사자로서 재화나 용역의 제공에 대한 주된 책임을 부담한다고 볼 수 없으므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 첫 번째 주요지표의 요건을 충족하지 아니한다.

2) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 두 번째 주요지표는 “회사가 재고자산에 대한 전반적인 위험을 부담하는지 여부”인바, OOO는 쟁점기간 동안 OOO 외에는 보유한 야적장이 없어 OOO 적치분을 제외하면 재고자산을 보유하지 아니하였고, 운송 중의 재고도 OOO는 자기 책임하에 OOO을 운송한 것이 아니라 납품상이 청구법인의 OOO로 직접 운송하였으므로 OOO가 아닌 납품상의 소유였으며, 청구법인 OOO에 도착시에도 “구매대행 합의서” 제3조 제2항은 “OOO는 청구법인을 대리하여 구매한 물품은 OOO 입고 즉시 청구법인의 재고물품이 되며, OOO는 임의로 타 회사에 판매할 수 없다”라고 하여 스크랩의 소유권이 납품상에서 직접 청구법인에 이전되었는바, OOO는 거래 과정에서 재고를 원천적으로 보유하지 아니하였다. 따라서, OOO는 재고자산 위험을 부담한다고 볼 수 없으므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 두 번째 주요지표의 요건을 충족하지 아니한다.

3) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 첫 번째 보조지표는 “회사가 가격결정의 권한을 갖는지 여부”인바, OOO가 구매대가의 결정권한을 가지고는 있으나 위탁매매 여부를 판단함에 있어 거래가액을 누가 결정하는지 보다는 가격결정에 따른 효익과 위험이 누구에게 귀속되는지가 더 중요한 기준이 되는 것인바, OOO는 “구매대행 합의서”에 따라서 염가로 구매할 책임만을 부담하고 저가구매에 따른 효익 또는 고가구매에 따른 위험은 OOO가 아닌 청구법인에게 귀속되며, OOO는 사전 약정에 따른 고정 수수료를 청구법인으로부터 수취할 뿐이므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 첫 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니하는 것으로 보아야 한다.

4) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 두 번째 보조지표는 “회사가 재화를 추가 가공(단순한 포장은 제외)하거나 용역의 일부를 수행하는지 여부”인바, 이 건에서 OOO은 납품상(공급상)으로부터 청구법인으로 직접 운송되고, OOO는 OOO 추가 가공 없이 청구법인에게 납품하므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 두 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니한다. 다만, ‘OOO’를 거치는 스크랩에 대해서는 OOO가 절단 가공을 하는 경우가 있어 이 경우에 한하여 두 번째 보조지표의 요건을 충족할 여지가 있으나, 이는 업무이관 전 청구법인의 공급상 중의 하나로서 활동한 시절부터 전 단계 매입처들로부터 구매한 물품을 관리하기 위한 것이므로 그 관련성은 낮다고 보아야 한다.

5) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 세 번째 보조지표는 “고객이 요구한 재화나 용역을 제공할 수 있는 복수의 공급자가 존재하는 상황에서 회사가 공급자를 선정할 수 있는 재량을 가지는지 여부”인바, “구매대행 합의서” 제3조 제2항에 의하면 OOO는 구매한 물품을 임의로 타 회사에 판매할 권리가 없는 것으로 약정되어 있어 OOO는 판매처를 선정할 수 있는 재량이 없으므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 세 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니한다.

6) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 네 번째 보조지표는 “회사가 고객에게 제공되는 재화·용역의 성격, 유형, 특성, 사양을 주로 결정하는지 여부”인바, OOO는 청구법인이 요구하는 품목, 규격, 품질 수준에 맞추어 OOO을 조달하고 있으므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 네 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니한다.

7) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 다섯 번째 보조지표는 “회사가 재고자산의 물리적 손상에 따른 위험을 부담하는지 여부”인바, ‘OOO’를 거치는 경우를 제외하면 납품상이 OOO을 청구법인의 OOO로 곧바로 운송하여 운송 중의 물리적 손상 위험은 납품상(공급상)이 부담하였고, 입고 후에는 청구법인이 부담하였는바, OOO는 재고자산의 물리적 손상에 따른 위험을 부담하는 경우가 원천적으로 발생할 수 없으므로 쟁점거래는 매매업자에 해당하는 총액 인식의 다섯 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니한다.

8) 매매업자에 해당하는 총액 인식의 여섯 번째 보조지표는 “회사가 신용위험을 부담하는지 여부”인바, OOO는 쟁점기간 중 2010.10.1.부터 2011.6.26.까지는 매주 금요일에 청구법인으로부터 거래대금을 수취하여 즉시 납품상에게 지급하였고, 2011.6.27.부터 2011.8.31.까지는 주 2회(화요일, 금요일) 청구법인으로부터 거래대금을 수취하여 즉시 납품상에 지급하였는바, OOO가 자체적으로 자금부담을 진 바가 없어 실제 신용위험을 부담한 사실이 없으므로 쟁점거래는 총액 인식의 여섯 번째 보조지표의 요건을 충족하지 아니한다.

(바) 「상법」상 위탁매매라 함은 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 물품을 구입 또는 판매하고 보수를 받는 것으로서 명의와 계산이 분리되는 것인바, 구매대행 합의서는 “OOO가 OOO 구매에 관하여 청구법인을 위하여 구매업무를 대행하거나, 또는 청구법인을 대리하는 것”이라고 명확하게 규정하고 있고, OOO는 청구법인으로부터 구매대행 대가로 OOO의 고정 수수료라는 보수를 수취하였으며(요율을 결정한 문건에도 ‘구매대행에 따른 요율’, 또는 ‘수수료율’이라는 표현을 사용하고 있다), OOO는 재고를 부담하지 않고, 재화를 추가 가공하지도 않으며, 거래대금도 OOO로부터 받는 즉시 납품상에게 전달 지급하는 등 거래에 따른 제반 위험과 효익이 전적으로 OOO에 귀속되는 거래구조이므로 쟁점거래는 「상법」에 따라 판단하더라도 위탁매매에 해당한다.

(사) 청구법인은 조세부담 및 국고수입의 결과에 있어서 아무런 차이가 없으므로 청구법인이 선택한 법적형식이 그대로 존중되어야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」상 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액을 공제하지 아니하도록 규정한 것은 부가가치세 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 일종의 제재장치인 점에서 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(2) 청구법인이 특수관계인(OOO, OOO)과 비특수관계인(일반대학, 일반연구기관)에 대하여 그 지급기준을 각각 달리 하여 연구비(간접비)를 지급한 것은 경제적 합리성이 없으므로 간접비 지급액 차액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 해당 기관의 연구능력과는 상관없이 특수관계인에게는 인건비의 130%, 비특수관계인에게는 인건비와 직접비 합계의 10%로 간접비 지급기준을 일괄 설정하였는바, 이에 대하여 청구법인은 특수관계인인 OOO, OOO이 수행한 위탁연구용역이 일반대학 및 일반연구기관이 수행한 위탁연구용역과 그 질적 특성이 완전히 상이하므로 위탁연구비 산정기준을 달리 적용해야 한다고 주장하나, 비특수관계인인 일반대학들의 경우에 산업체 과제 수행에서 OOO보다 높은 간접비 인정원가를 인정받는 곳도 존재하는 등 특수관계인과 비특수관계인을 구분하여 연구비(간접비) 지급기준을 차별화한 것이 경제적 합리성이 있다고 볼 수 없고, 청구법인의 특수관계인에 대한 연구비 과다지급액은 그 실질이 지원금 성격이라고 할 것이므로, 간접비 지급액 차액에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 것은 정당하다.

(나) 청구법인은 쟁점간접비요율이 쟁점위탁연구용역의 성격에 맞게 지식경제부장관이 고시한 “엔지니어링 사업대가 기준”을 준수하여 합리적으로 책정된 것이라고 주장하나, 특수관계인인 OOO, OOO과 비특수관계인인 일반대학, 일반기관들이 청구법인에게 위탁받아 수행하는 연구과제는 각 기관별로 그 수행 규모는 다르지만 그 연구의 성격은 결론적으로 청구법인의 OOO업무와 관련하여 직간접적으로 적용되는 과제물들인바, 여기에는 직접적으로 실무에 적용되는 응용 연구과제물과 실무에 적용되기 위한 발판으로서의 기초 연구과제물들이 각 기관별로 모두 포함되어 있고, 이것은 특수관계인이든 비특수관계인이든 근본적으로 청구법인과 관련한 OOO 관련 연구과제물을 위탁받아 수행하였다는 것을 의미한다.

따라서, 일반연구기관들의 경우 상대적으로 기초이론 연구분야가 대부분이라는 청구법인의 주장은 사실과 다르며, 모두 직간접적으로 청구법인과 관련된 OOO 중심의 연구과제를 수행한 것이다.

(다) 청구법인은 OOO 및 OOO의 수익률을 살펴보아도 쟁점 위탁연구비가 결코 과다하게 지급한 것이 아니라고 주장하나, 연구기관들의 태생적 한계로 큰 수익을 낼 수 없는 것이 일반적이고, 더욱이 OOO, OOO은 큰 수익을 내기 위한 기관이라기 보다는 청구법인의 연구과제를 보조 수행하기 위한 역할을 수행하기 위한 곳으로 보아야 하며, 현실적으로 비특수관계인인 일반기관들의 위탁과제물 수익률은 더더욱 낮을 수 밖에 없다.

(라) 청구법인은 쟁점위탁연구용역을 통해 얻는 수익이 위탁연구비 지급금액을 훨씬 상회하여 비용과 수익을 합하면 결코 부당한 거래가 아니라고 주장하나, 청구법인이 직접 제출한 자료는 주관적인 요소가 강한 내부의 평가자료로서 그 신빙성이 떨어질 뿐만 아니라, 동 자료에 의하더라도 오히려 일반기관이 낮은 간접비를 지급받음에도 투자효율은 더 높은 것으로 나타나므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(3) 청구법인은 외화표시채권 지급이자에 대한 지급명세서를 제출하지 아니하였으므로 이에 대하여 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(가) 당초 「법인세법」 제120조의2는 외국법인의 국내원천소득에 대한 과세자료를 수집하기 위하여 국내원천소득을 외국법인에 지급하는 자에게 지급명세서 제출의무를 부여하였으나, 그런 실익이 없는 비과세 또는 면제 대상 소득에 대하여는 제출의무를 부과하지 아니하였는데, 최근 탈세 수법이 국내를 넘어 국제무대로 확대되면서 국내원천소득에 대한 비과세ㆍ면제대상 적정 여부를 검증해야 할 필요성이 대두되면서 2010.2.18. 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호를 개정하여 비과세ㆍ면제대상이 되는 국내원천소득 중 비과세ㆍ면제신청서를 제출하지 아니하는 경우까지 지급명세서 제출의무를 확대하였는바, 국내원천소득에 대한 모든 과세자료를 수집하여 과세대상 여부를 면밀히 파악하고(사후관리 목적), 지능적인 국제조세회피를 차단하기 위하여 국가간 과세자료를 교환하는 것(정보교환 목적)이 동 시행령 제162조의2 제1항 제1호의 개정 목적이다.

(나) 청구법인은 현행 「조세특례제한법」상 비과세ㆍ면제 신청절차 및 신청서에 관한 규정 자체가 존재하지 아니하여 비과세ㆍ면제 신청 자체가 불가능하다고 주장하나, 「조세특례제한법」상 비과세ㆍ면제 신청 규정이 존재하지 아니한다고 하여 비과세ㆍ면제신청서를 제출하는 것 자체가 금지되거나 불가능한 것이 아니므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(다) 청구법인은 과세관청이 이미 과세정보를 확보하여 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호의 입법목적을 달성하고 있으므로 이 건 부과처분은 과잉금지의 원칙에 위배되어 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 단순한 이자송금 내역만으로는 이자가 정확히 누구에게 귀속되는지, 국내 세법 및 조세조약상 면제되는 이자소득인지, 세법상 귀속시기는 언제인지 및 금융상품의 종류ㆍ이자율 등과 같은 기본내역을 확인할 수 없어 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호의 입법목적을 달성하기 어려운바, 지급명세서 제출의무를 부여하고 미이행시 가산세를 부과하는 것이 과잉금지 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(4) 국세청 모형에 따라 보증수수료율의 정상가격을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

(가) 조사청은 청구법인의 장부에 지급보증료가 적정하게 계상되어 있는지 소명자료를 요청했으나 관련자료 미제출로 지급보증료가 장부 기록에서 누락된 것으로 판단하였고, 보도자료를 통해 사전에 공지한 결정근거를 통해 지급보증료 과소수취분을 결정하여 적법한 세무조사결과통지를 하였는바, 조사청이 결정의 근거를 제시하지 않았다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

또한, 처분청은 청구법인이 적용한 지급보증 대가에 대하여 정상가격에 따라 과세를 하지 않겠다는 어떠한 신뢰도 부여한 바 없고, 그와 같은 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명도 없을 뿐 아니라, 청구법인을 비롯한 개별 기업의 재무정보를 기초로 산출한 국세청 모형은 새로운 해석이나 관행이 아니며, 2013년 신설된 규정은 창설적 규정이 아닌 확인적 규정이므로 소급과세 금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(나) 이 사건 정상가격은 비교가능제3자방법을 적용한 것이고 비교가능거래에서 구체적인 정상가격을 산정하는 방법으로 ‘편익접근법’을 사용하였으므로 기타 합리적인 방법을 적용하였음을 전제로 한 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

또한, 국세청 모형은 재무적모형의 한계를 극복하기 위해 다양한 방안으로 차이조정을 실시하였고, 이를 통해 비교가능제3자가격방법으로서 유사한 상황하에서의 정상요율을 산정한 것인바, 차이조정이나 비재무적 요소를 반영하지 아니하였음을 전제로 한 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점거래를 위탁매입거래로 보고 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다 하여 부가가치세 매입세액불공제 및 「법인세법」상 증빙불비가산세를 부과한 처분의 당부

② 청구법인이 특수관계인인 OOO와 OOO에게 지급한 위탁연구비(간접비)가 일반대학과 일반연구기관에게 지급한 위탁연구비(간접비)보다 과다한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부

③ 외화표시채권 지급이자에 대한 지급명세서를 제출하지 아니하였음을 이유로 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 처분의 당부

④ 청구법인이 해외자회사에 대한 지급보증거래에서 수취한 보증수수료율이 「국제조세조정에 관한 법률」상 정상가격에 부합하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여 제출된 심리자료 및 사실관계 조사 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 “구매대행 합의서”가 쟁점거래에 관한 진정한 계약서이고 “매매 기본계약서”는 사후적으로 일자를 소급하여 작성한 문서라고 주장하는 반면, 청구법인은 “매매 기본계약서”가 쟁점거래에 관한 진정한 계약서라고 주장하고 있는바, 각 계약서의 기재 내용, 양측 주장의 근거자료 및 우리원의 조사 내용은 다음과 같다.

1) “구매대행 합의서”는 처분청이 쟁점거래에 관한 진정한 계약서라고 주장하는 계약서로, 계약당사자의 기명날인 또는 서명이 존재하지 아니하고 계약일자도 기재되어 있지 아니한 초안 상태의 문서이다.

2) “구매대행 합의서”는 그 전문에서 “청구법인과 OOO가 국내 및 해외 물품 중 OOO 등의 구매업무 대행에 대하여 합의를 목적으로 한다”라고 기재하고 있고, 제2조에서 “OOO는 청구법인을 대리하여 OOO의 국내 및 해외 물품을 구매하고”라고 기재하고 있으며, 제3조에서 “OOO는 청구법인을 대리하여 구매한 물품은 OOO 입고 즉시 청구법인의 재고물품이 되며, OOO는 임의로 타 회사에 판매할 수 없다”라고 기재하고 있고, 다수의 조항에서 “대행” 또는 “대리”라는 문구를 사용하고 있는바, 위 각 기재 내용들은 위탁매매의 측면을 나타내는 것으로 볼 수 있다.

3) “구매대행 합의서”는 제2조에서 “OOO는 (중략) 이를 정해진 방식에 따라 청구법인에 재판매토록 한다”라고 기재하고 있고, 제3조에서 “OOO는 (중략) 물품을 청구법인에 재판매할 때 청구법인은 이 가격과 수량을 인정하고 정해진 가격결정방식에 따라 구매한다”라고 기재하고 있는바, 위 각 기재 내용들은 일반매매의 측면을 나타내는 것으로 볼 수 있다.

4) 처분청은 청구법인의 다수의 내부문서에서 “구매대행 합의서”의 존재 및 그 내용을 기재하고 있다고 하면서 “OOO 구매업무 OOO 이관 관련 검토OOO”, “OOO 구매업무 OOO 이관 관련 검토OOO)”, “OOO 구매업무 OOO 이관 세무RISK 보고OOO”, “OOO 업무이관 관련 세무 RISK 요소 분석(2011.6.20.)”, “청구법인이 OOO에 송부한 질의서”, “청구법인의 질의에 대한 OOO의 검토의견(2011.7.6.)”, “OOO 업무 이관 TFT 추진 경과 보고OOO”, “OOO 구매업무 이관 관련 RISK 최소화 방안OOO” 등 청구법인의 내부문서를 제출하였는바, 동 문서들의 주요 내용은 “구매대행 합의서”에 의하면 쟁점거래가 위탁거래로 간주될 위험이 있다는 것이고 그에 대한 대응방안을 검토하고 있다.

5) “매매 기본계약서”는 청구법인이 쟁점거래에 관한 진정한 계약서라고 주장하는 계약서로, 청구법인과 OOO의 각 대표이사 인장이 날인되어 있고 계약기간이 2010.10.1.부터 2011.12.31.까지로 구체적으로 기재되어 있으며, 그 내용은 전형적인 일반매매계약서의 내용이고 구매대행 또는 위탁매매로 볼 수 있는 내용은 기재되어 있지 아니하다.

6) 처분청은 “매매 기본계약서”가 청구법인 및 OOO가 사후적으로 일자를 소급하여 작성한 문서라고 주장하면서 OOO의 2014.1.9.자 문서감정 회신을 제출하였는바, 동 회신은 “매매 기본계약서”와 그 부속서류의 용지에 대하여 문서감정을 실시한 결과 해당 용지는 2011년 10월 최초로 출시된 OOO(주)의 OOO 복사용지 80g/㎡와 동일한 용지일 가능성이 높은 것으로 감정되었다는 내용이고, 이에 따라 처분청은 “매매 기본계약서”가 2010년 11 및 12월 날인하여 작성된 것이라는 청구법인의 주장이 신빙성이 없고 사후적으로 위ㆍ변조된 계약서임을 추정한다는 주장이다.

7) 청구법인은 “매매 기본계약서”를 일자를 소급하여 작성한 사실이 없다고 주장하면서 컴퓨터 파일탐색기 화면 출력 사본, OOO의 “OOO 매매계약 체결의 건”(2010.11.22.) 전자결재 내부품의, OOO 법인인감사용대장(2010.11.30.), 청구법인 인장날인시스템 사용기록(2010.12.20.) 등을 제출하였는바, 컴퓨터 파일탐색기 화면 출력 사본에 의하면 매매 기본계약서 컴퓨터 파일[파일명 “OOO 기본계약서(최종)_101026.doc”]의 최종 수정일이 “2010.11.4.”로 나타나고, OOO의 “OOO 매매계약 체결의 건”(2010.11.22.) 전자결재 내부품의에 의하면 동 품의서에 매매 기본계약서가 첨부되어 있는 것으로 나타난다.

8) 우리원은 “매매 기본계약서”가 청구법인 및 OOO가 사후적으로 일자를 소급하여 작성한 문서라는 처분청 주장과 관련하여 OOO(주)에 직접 감정을 의뢰하기로 하고 청구법인과 처분청에 방법과 절차를 협의하여 OOO(주)에 감정을 의뢰하도록 공문을 시행하였고, 감정 결과 OOO(주)는 “기본 매매계약서는 OOO(주)에서 2010년 11월 이전에 생산된 OOO 제품과 동일한 제품일 가능성이 높은 것으로 추정됨”이라고 회신하였으며, 이는 당초 처분청이 제시한 “매매 기본계약서는 2011년 10월 최초로 출시된 OOO(주)의 OOO 복사용지 80g/㎡와 동일한 용지일 가능성이 높다”라는 주장과는 상이한 감정 결과이다.

(나) 처분청이 제출한 회계기준적용의견서 03-2[수익의 총액 또는 순액(수수료) 인식](2003.3.31.)는 회사가 고객과의 거래에서 당사자로서의 역할을 수행하는지 또는 공급자의 대리인으로서의 역할을 수행하는지에 따라 회계처리가 달라져야 하고, 회사가 고객에게 당사자로서 재화나 용역을 제공한 것이라면 총액을, 제3의 공급자에게 재화나 용역에 대한 위탁 및 중개용역을 제공한 것이라면 순액(고객에게 청구한 금액에서 제3의 공급자에게 지급하여야할 금액을 차감한 잔액)을 수익으로 인식.보고해야 한다고 하면서, 특정거래에 대한 수익을 총액으로 인식할 것인가, 또는 순액으로 인식할 것인가의 여부에 대한 판단 기준으로 다음과 같이 2개의 “주요지표”와 6개의 “보조지표”를 규정하고 있다(각 지표에 해당하는 경우 수익을 총액으로 인식하는 경우에 해당).

(다) 처분청이 제출한 “OOO OOO 구매업무 수행 수수료율 적용(안)”이라는 문건에 의하면 쟁점거래에 따라 청구법인이 OOO에 지급하는 것을 ‘수수료’라고 하면서 ‘구매대행에 따른 요율’, 또는 ‘수수료율’이라는 표현을 사용하고 있는바, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 OOO에게 일정한 이윤OOO을 보장한 것이 위탁매매에 따른 수수료에 해당한다는 의견인 반면, 청구법인은 이와 같은 가격결정방식이 재판매가격을 산정할 때 빈번하게 사용되는 일반적인 가격결정방식 중 하나라는 주장이다.

(라) 청구법인은 OOO가 OOO에 대한 재고수급관리 책임을 스스로 부담하고 있었다고 하면서 “2011년 OOO 검정사 용역계약서 및 내부품의”, “OOO 임대차계약서”, “OOO 관리요원 인원채용 및 사무실 신설운영 내부품의”, “OOO 일일입하량”, “2011.1. OOO 일일 입고”, “OOO 일일업무보고”, “OOO”, “OOO 일일검수일지”, OOO 검수일지”, “OOO 2011년 OOO 회송LIST(2011.1.1. ～ 2011.1.24.)”, “OOO 국내고철검수일지 및 회송사진(2011.2.8., 2011.4.26.)”, “검수 후 회송목록”, “OOO 발급 공차계량전표” 등을 제출하였고, OOO의 개별 공급상들에 대한 대금지급이 청구법인으로부터의 OOO 판매대금 수취 여부와 무관하게 이행되었다고 하면서 OOO의 OOO 계좌 거래내역, 금융기관으로부터의 차입내역 등을 제출하였으며, OOO가 단순히 청구법인의 기존 거래처를 이관받아 구매업무를 한 것이 아니라 공급상 등록기준을 수립하여 낮은 가격으로 양질의 OOO을 공급하는 OOO의 신규 공급상을 추가로 발굴하고 관리하였다고 하면서 공급상 등록기준, 공급상 변동 현황 등을 제출하였다.

(사) 이 건 과세처분과 관련하여 청구법인과 청구법인의 전 대표이사 OOO이 조세범처벌법위반 혐의로 고발된 사건에서 OOO은 증거불충분으로 혐의없음 불기소결정을 하였는바, 불기소이유를 보면 쟁점거래가 위탁매매에 해당하는지 여부에 대하여는 “청구법인과 OOO 간에 체결된 본건 매매계약의 형식은 매매이나 실질적으로는 OOO가 청구법인을 위하여 국내 OOO 구매를 대행하고 구입 물량에 따라 고정수수료를 지급받는 위탁매매에 해당하는 것으로 판단된다”라고 하였고, 다만 조세범처벌법 위반 여부에 대하여는 “위탁매매인 사실을 알면서도 고의로 허위 세금계산서를 주고받았다거나, 허위 세금계산서 발급과 관련하여 상당한 주의 또는 관리감독 의무를 게을리 하였다고 인정할 만한 증거가 없다”라고 하였다.

(2) 쟁점②과 관련하여 제출된 심리자료 및 사실관계 조사 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 2008사업연도에 특수관계인인 OOO와 OOO에 대하여 간접비 지급기준을 “인건비 × 130%”로 설정한 후, 해당 지급기준을 초과하거나 근접한 금액을 간접비로 지급하였고, 비특수관계인인 일반대학과 일반연구기관에 대하여 간접비 지급기준을 “(인건비 + 직접비) × 10%”로 설정한 후, 해당 지급기준에 미달한 금액(간접비 비율 : 일반대학 8.23%, 일반연구기관 8.02%)을 간접비로 지급하였으며, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 2008년도에 일반대학과 일반연구기관에 대해 실제 지급한 간접비의 실배부기준[일반대학 : (인건비 + 직접비) × 8.23%, 일반연구기관 : (인건비 + 직접비) × 8.02%]을 적용하여 산정한 금액을 각각 시가로 보고, 청구법인이 OOO와 OOO에게 실제 지급한 간접비와 위 시가로 본 금액의 차액을 과다지급액으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 2008사업연도 법인세를 과세하였다.

(나) 청구법인이 2008년 OOO 및 OOO에 지급한 위탁과제 연구비 지급현황과 처분청이 산정한 간접비 시가, 부당행위계산부인 금액 내역 등은 ＜별지2＞, ＜별지3＞과 같다.

(다) 처분청은 청구법인이 비특수관계인에게 지급한 것에 비하여 특수관계인에게 상대적으로 높은 요율의 연구용역 간접비를 지급한 것은 그 실질이 지원금 성격이라고 하면서 그 근거자료로 청구법인 내부 보고서 및 용역보고서 등을 제출하였는바, 각 보고서에 기재된 관련 내용은 다음과 같다.

1) 처분청이 제출한 OOO의 보고서(2012.11.23.)에는 “청구법인이 지급하는 위탁과제 연구비는 일반대학에 비해 과다하여 특수관계자간 부당행위로 간주되어 법인세와 가산세가 추징될 위험이 있으므로 지급기준을 일반대학 수준으로 변경하고, 추가 지원액은 기부금으로 전환이 필요함”이라는 내용이 기재되어 있다.

2) 처분청이 제출한 OOO의 용역보고서(2012.12.21.)에는 “청구법인이 OOO에 지급하는 연구간접비가 OOO의 실제 연구간접비에 미달하는 수준에서 지급된다는 논리로 동 거래의 경제적 합리성을 설명하기에는 무리가 있는 것으로 판단되고, 청구법인은 연구간접비의 표준시가가 존재하지 않다고 하나 청구법인은 OOO가 아닌 일반대학에 대하여 인건비와 직접비 합의 15%를 연구간접비로 지급하고 있는 바, 과세관청에서는 이를 특수관계 없는 제3자와의 거래가격, 즉 시가로 간주할 가능성이 있다”라는 내용이 기재되어 있다.

(라) 청구법인은 OOO와 OOO, 일반대학과 일반연구기관에 대한 각 위탁연구비 간접비 산정 근거를 다음 ＜표7＞과 같이 제출하였다.

(마) 청구법인은 OOO와 OOO에 대한 위탁연구용역과 일반대학과 일반연구기관의 위탁연구용역은 수행된 연구과제의 내용 자체에 차이가 있고, 연구수행 규모에 있어서도 상당한 차이가 있다고 하면서 OOO, OOO, 일반대학, 일반연구기관의 각 주요 연구과제 및 연구수행규모 비교 내역을 제출하였는바, 제출된 연구수행 규모 비교 내역에 의하면 평균직접비 기준으로 OOO는 일반대학에 비하여 OOO, OOO은 일반연구기관에 비하여 OOO의 연구수행 규모를 보이고 있다.

(바) 이 건과 동일한 내용의 연구용역비 관련 2009～2012사업연도 법인세에 대한 국세청장의 과세전적부심사청구결정서OOO에 의하면 OOO은 “OOO”(2013년 12월 작성)에서 OOO은 간접비 개념 및 관점을 ‘원가보상’으로 파악하고 있고, OOO의 경우 OOO%, OOO의 경우 OOO% 간접비 요율을 각 인정하는 것으로 조사하였다.

(사) 청구법인은 OOO 및 OOO이 청구법인 외에 다른 기업으로부터 연구간접비를 지급받을 때에도 기업별 및 연구과제별로 OOO%의 간접비를 지급받아 왔다고 하면서 OOO가 다른 기업체로부터 위탁받은 연구과제 OOO의 목록 및 간접비 요율 평균 OOO%, OOO이 다른 기업체로부터 위탁받은 연구과제 OOO의 목록 및 간접비 요율 평균 OOO%를 제출ㆍ주장하는바, 이에 대하여 처분청은 청구법인이 연구과제 명세를 제출하지 아니하여 그 세부 내용을 자세히 알 수 없고, 총 계약금액의 배분, 처리 내역도 알 수 없으며, 특히 OOO의 경우 그 산정기준이 OOO와 달라 자료에 신뢰성이 없다는 의견이다(OOO의 경우 인건비와 직접비를 합한 금액이 기준이나, OOO의 경우 인건비가 기준임).

(아) 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따라 미래창조과학부장관이 고시한 “국가연구개발사업 기관별 계상기준”의 주요 내용은 다음과 같다.

1) 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」의 목적은 「과학기술기본법」에 따른 국가연구개발사업의 기획ㆍ관리ㆍ평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하는 것이다.

2) “국가연구개발사업”이란 중앙행정기관이 법령에 근거하여 연구개발과제를 특정하고 그 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연하거나 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업을 말한다.

3) 간접비는 연구개발과제 수행기관이 연구개발과제를 수행하는 데에 공통적으로 들지만 개별 연구개발과제에서 직접 산출할 수 없는 비용을 말한다.

4) 미래창조과학부장관은 간접비 중 비영리법인의 간접비에 대해서는 2년(2011년까지는 회계연도)마다 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 그 계상기준을 정하여 고시하며, 간접비 계상기준을 정하기 위하여 미래창조과학부 소속 간접비산출위원회가 연구 간접비 계상기준을 최종확정한다.

5) 연구개발비 중 간접비는 연구개발과제에 계상된 직접비(미지급 인건비, 현물 및 위탁연구개발비 제외)에 해당기관별 간접비 비율을 곱한 금액 이내에서 계상한다.

6) 연구비 중앙관리실태조사 결과, A, B등급의 대학의 경우 신청에 따라 원가계산 방식을 적용하며, 각 대학의 연구 간접비 실제 집행금액 기준으로 실사비율을 도출한 후 연도별 상한 지급률 범위 내에서 그 대학의 연구 간접비 비율을 결정하되, 원가계산에 의하지 않은 대학은 아래와 같이 차등 비율이 적용된다.

7) 실사비율은 대학 및 연구기관의 간접비 해당 항목 사용 현황을 조사 분석하여 산출된 실제 간접비 원가율을, 인정비율은 실사비율에 따라 정부가 현실적으로 지급하는 최종 간접비 지급률을 말한다.

(자) 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제10조 제4항에 따라 (구)교육과학기술부장관이 2008.6.10. 고시한 2008년도 국가연구개발사업 대학분야 간접경비 계상기준(교육과학기술부 고시 제2008-98호) 및 정부출연기관, 특정연구기관 및 비영리법인의 간접경비 계상기준(교육과학기술부 고시 제2008-97호)은 중앙행정기관의 장이 대학, 정부출연기관 등에게 지급하는 연구개발비의 간접비 계상 기준 등을 다음과 같이 고시하고 있다.

1) 중앙행정기관의 장이 「고등교육법」에 따라 설립된 대학 및 「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단에게 지급하는 연구개발비의 간접경비는 연구개발과제에 계상된 인건비와 직접비에 대학별 간접경비 비율 범위 안에서 곱하여 계상하는 것인바, OOO의 2008년도 간접경비 실사비율은 29.4%, 최종비율(인정비율)은 25%이다.

2) 중앙행정기관의 장이 정부출연연구기관, 특정연구기관 및 비영리법인에게 지급하는 연구개발비의 간접경비는 연구개발과제에 계상된 해당 기관의 내부인건비에 해당기관별 간접경비 비율을 곱하여 계상하는 것인바, OOO의 2008년도 간접경비 비율은 63.93%이다.

(3) 쟁점④와 관련하여 처분청은 국세청 지급보증 정상가격 산출모형의 내용을 다음과 같이 제출하였다.

(가) 국세청 모형은 신용정보회사나 금융기관에서 일반적으로 사용하고 있는 재무모형 개발방법론(재무제표를 기초로 재무비율을 산출하고 통계적 분석을 통해 신용등급 산출에 유의한 재무비율을 선택하여 활용하는 계량 모형)에 기초한 신용평가모형으로서 모ㆍ자회사의 표준화된 신용등급에 대응되는 가산금리의 차이를 정상가격으로 산출하는 방법이며, 세부적으로는 모ㆍ자회사의 직전 2개년도의 재무자료를 토대로 산출된 평가점수와 예상부도율(Probability of Default)을 근거로 신용등급과 가산금리를 산출하였다.

(나) 국세청 지급보증 정상가격 산출방법은 재무모형 개발방법론을 사용하여 그 자체만으로도 합리적인 방법이라 할 수 있으나, 최대한 비교가능성을 높이기 위해 객관적인 방법으로 비재무적인 요소를 반영하고, 신용등급을 표준화하는 과정에서 발생할 수 있는 현실과의 괴리 등을 보완하기 위해 ① 보수적 관점에서 모.자회사의 신용등급을 각 1등급씩 상향 조정하고, ② 최저등급을 9등급(일반은행의 대출가능 최저등급수준)까지만 적용하여 정상수수료 상한선을 마련하였으며, ③ 정상수수료 수준을 평균수치 기준 상하구간 범위로 제시하고, ④ 차입은행으로부터 확인받은 실제 신용등급과 그에 따른 이자율차이를 지급보증 대가의 정상가격으로 신고하는 경우에는 그 자진신고자료를 인정하는 방안을 마련하여 정상가격 산출방법에 추가로 적용하였다.

(4) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다.

그리고, 위탁매매라 함은 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 물품을 구입 또는 판매하고 보수를 받는 것으로서 명의와 계산이 분리되는 것을 본질로 하는 것이므로, 어떠한 계약이 일반 매매계약인지 위탁매매계약인지는 계약의 명칭 내지 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 할 것이며, 위탁매매임이 명백히 확인되는 경우 위탁자를 공급자로 하여 세금계산서를 발급하여야 할 것이나, 위탁매매인지 일반매매거래인지가 불분명하지만 거래당사자가 법적 거래형식을 매매거래로 약정하고 일반매매형식에 따라 세금계산서가 수수되어 조세탈루나 거래사실이 왜곡되지 아니하였다면 해당 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다 할 것(조심 2016부275, 2016.12.20., 같은 뜻임)이다.

(나) 처분청은 쟁점거래를 위탁매매로 보아야 하므로 청구법인이 OOO를 공급자로 하여 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 과세가 정당하다는 의견이다.

(다) 그러나, 먼저 처분청이 위탁매매의 근거로 제시하고 있는 “구매대행 합의서”에 대하여 보건대, 청구법인의 다수 내부 보고서에서 “구매대행 합의서”의 존재 및 그 내용을 언급한 사실은 나타나나, “구매대행 합의서”에는 계약당사자의 기명날인 또는 서명이 존재하지 아니하고 계약일자도 기재되어 있지 아니한 초안 상태의 문서로서 그 형식적 진정성립을 인정할 수 없고, 품의서, 결재서류 등 그 작성 과정에서의 근거 자료도 전혀 나타나지 아니하며, 그 내용을 보면 법률상 엄격히 구별되는 개념인 “대행”, “대리”, “재판매” 등의 용어를 혼용하고 있고, 기명날인란에도 대표이사 성명이 아닌 계약당사자의 부서 명칭이 기재되어 있는 등 법률적 검토를 거친 정식 계약서로 보기 어려운 점, 따라서 “구매대행 합의서”는 당시 OOO가 OOO 구매업무가 청구법인에 이관되었다는 내용만이라도 확인받기 위하여 자체적으로 작성하여 송부한 문서라는 청구법인의 주장이 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 “구매대행 합의서”는 쟁점거래를 위탁매매로 판단할 근거자료가 되기 어려운 것으로 보인다.

(라) 반면, 처분청이 정식 계약서로 보기 어렵다고 주장하는 “매매 기본계약서”에 대하여 보건대, 처분청은 OOO의 2014.1.9.자 문서감정 회신 등을 근거로 그 용지가 2011년 10월 최초로 출시된 OOO(주)의 OOO 복사용지 80g/㎡와 동일한 용지일 가능성이 높다고 주장하였으나, 우리원에서 조사청과 청구법인을 통하여 OOO(주)에 문서감정을 의뢰한 결과 OOO(주)는 “매매 기본계약서는 OOO(주)에서 2010년 11월 이전에 생산된 OOO 제품과 동일한 제품일 가능성이 높은 것으로 추정됨”이라고 회신하였고, 청구법인이 제출한 컴퓨터 파일탐색기 화면 출력 사본에 의하면 매매 기본계약서 컴퓨터 파일[파일명 “OOO 기본계약서(최종)_101026.doc"]의 최종 수정일이 “2010.11.4.”로 나타나며, OOO의 “OOO 매매계약 체결의 건”(2010.11.22.) 전자결재 내부품의에 의하면 동 품의서에 “매매 기본계약서”가 첨부되어 있는 것으로 나타나고, 그 외 청구법인의 전자결재 내부품의, OOO 법인인감사용대장(2010.11.30.), 청구법인 인장날인시스템 사용기록(2010.12.20.) 등 “매매 기본계약서”의 작성 과정이 전산자료 등에 의하여 구체적으로 제시되고 있는바, “매매 기본계약서”가 날짜를 소급하여 작성한 문서라는 처분청 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(마) 처분청은 청구법인이 OOO에게 일정한 이윤OOO을 보장하였으므로 이는 위탁매매의 징표에 해당한다는 주장이나, 사적자치의 원칙상 일반매매의 경우에도 매매가액을 결정함에 있어 일정 비율의 고정수익을 가산할 수 있다고 할 것이므로 청구법인이 OOO에게 고정마진을 보장하였다는 이유로 쟁점거래를 위탁매매로 보아야 한다는 처분청 주장 역시 받아들이기 어렵다.

(바) 또한, 처분청은 개별 공급상들이 OOO가 아닌 청구법인에게 직접 OOO을 운송하고 있다는 점을 위탁매매의 근거로 제시하였으나, 「민법」 제189조 및 제190조는 점유개정과 목적물반환청구권의 양도를 동산에 관한 소유권이전의 방법으로 인정하고 있으므로 스크랩의 소유권을 이전함에 있어 현실인도가 반드시 필요하다고 볼 수 없는 점, OOO은 부피와 무게로 인하여 막대한 운송비, 보관비 등이 소요되므로 유통단계를 단축시키기 위하여 실제 운송은 제강업체로 직송하는 것이 일반적이라는 청구법인의 주장이 설득력이 있는 점 등에 비추어 이는 거래방식의 차이일 뿐 위탁매매 여부와는 관련이 없는 것으로 보인다.

(사) 처분청은 OOO가 매주 같은 요일에 청구법인으로부터 거래대금을 수취하여 즉시 납품상에게 지급함으로써 OOO는 자체적으로 자금부담을 진 바가 없고 청구법인이 쟁점거래에 대한 신용위험을 부담하였다고 주장하나, 처분청은 자금이 같은 요일에 입ㆍ출금된다고만 할 뿐 청구법인이 지급한 대금이 그대로 OOO를 거쳐 개별 공급상에게 지급되었다는 구체적인 자금흐름을 제시하지 못하는 점, 청구법인은 OOO의 개별 공급상들에 대한 대금지급이 청구법인으로부터의 OOO 판매대금 수취 여부와 무관하게 이행되었다고 하면서 OOO의 OOO 계좌 거래내역, 금융기관으로부터의 차입내역 등을 제출하고 있는 점 등에 비추어 OOO가 자체적으로 자금부담을 진 바가 없다는 처분청 주장은 그 근거가 부족해 보인다.

(아) 이상 살펴 본 바와 같이 쟁점거래를 위탁매매로 볼 수 있는 측면이 전혀 없지는 아니하나, 청구법인으로서는 공급자나 거래금액을 사실과 다르게 하여 세금계산서를 수수할 경제적인 유인이나 동기가 없어 보이고, 실제로 쟁점거래와 관련하여 부가가치세가 탈루되거나 거래단계가 왜곡된 사실이 없는 점, 우리원 선결정례 등에 의하면 위탁매매의 측면이 있다는 사정만으로 당사자가 총액 기준에 의하여 발급한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 특수관계인인 OOO, OOO에게 비특수관계인인 일반대학, 일반연구기관에 비해 연구용역 간접비를 부당하게 과다 지급하였으므로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 의견이다.

(나) 그러나, 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하기 위한 시가의 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것인바, 청구법인으로부터 연구용역을 위탁받은 대학이나 연구기관의 연구환경, 개별 연구과제의 난이도, 중요도, 재무성과 영향 등 개별적 특성, OOO 등 특수관계인이 청구법인 외 다른 업체에 연구용역을 제공할 때의 연구 간접비 기준 또는 비특수관계인이 청구법인 외 다른 업체에 연구용역을 제공할 때의 연구 간접비 기준 등 제반 사항 등을 고려하지 아니하고 청구법인을 기준으로 특수관계인과 비특수관계인의 연구 간접비 기준만을 단순 비교하여 청구법인이 비특수관계인에게 지급할 때의 연구 간접비 기준(평균액)이 「법인세법」상 시가로 입증되었다고 단정하기는 어렵다.

(다) 뿐만 아니라, 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제10조 제4항에 따라 (구)교육과학기술부장관이 고시한 2008년도 국가연구개발사업 정부출연기관, 특정연구기관 및 비영리법인의 간접경비 계상기준에 의하면 간접경비를 내부인건비에 각 기관별 간접경비 비율을 곱하여 계상하는 것으로 하고 있고, 연구기관별 간접경비 비율을 보면 OOO까지 인정되고 있으며 OOO의 간접경비 비율은 OOO%로 인정된 점, 청구법인의 타 사업연도 간접비와 관련된 국세청의 과세전적부심사결정에 의하면 OOO 조사 결과 OOO의 경우 OOO% 수준, OOO의 경우 OOO 간접비 요율을 인정하는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 OOO, OOO, 일반대학, 일반연구기관의 연구수행규모 비교 내역에 의하면 평균직접비 기준으로 OOO는 일반대학에 비하여 OOO, OOO은 일반연구기관에 비하여 OOO의 연구수행 규모를 보이고 있어 연구수행 규모에 있어서도 상당한 차이가 있는 점, 청구법인은 쟁점간접비요율의 산정 근거로 (구)「엔지니어링기술 진흥법」(2010.4.12. 법률 제10250호로 전부개정되기 전의 것) 제10조 제2항의 엔지니어링사업대가의 기준을 제시하고 있어 쟁점간접비요율이 임의 산정된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점간접비요율이 경제적 합리성을 현저히 결여하였다고 보기도 어렵다고 하겠다.

(라) 따라서, 처분청이 청구법인의 일반대학 및 일반연구기관에 대한 간접비 요율을 시가로 보고 쟁점간접비요율이 일반대학과 일반연구기관에 대한 간접비 요율보다 높다는 이유로 「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 현행 「조세특례제한법」에는 비과세·면제 신청절차 및 신청서에 관한 규정 자체가 존재하지 아니하므로 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 처분은 조세법률주의의 엄격해석 원칙에 반하여 위법·부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법」상 비과세ㆍ면제 신청 절차 및 신청서에 관한 규정이 존재하지 아니한다고 하여 비과세ㆍ면제신청서를 제출하는 것이 불가능하다고 볼 수 없으므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

(나) 과세관청에서 이미 과세정보를 확보하여 「법인세법 시행령」 제162조의2 제1항 제1호의 입법목적을 달성하고 있는 이상 지급명세서의 미제출을 이유로 가산세를 부과하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 단순한 이자송금 내역만으로는 이자가 정확히 누구에게 귀속되는지, 국내 세법 및 조세조약상 면제되는 이자소득인지, 세법상 귀속시기는 언제인지 및 금융상품의 종류ㆍ이자율 등과 같은 기본내역을 확인할 수 없고, 국내원천소득에 대한 모든 과세자료를 수집하여 과세대상 여부를 면밀히 파악하고는 것이 동 규정의 개정 목적이라고 할 것이므로 지급명세서 제출의무를 부여하고 미이행시 가산세를 부과하는 것이 과잉금지 원칙에 위배된다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 따라서, 쟁점이자에 대해 지급명세서를 제출하지 아니한 청구법인에게 「법인세법」 제76조 제7항에 따라 지급명세서 미제출 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구법인은 처분청이 국세청 모형에 의한 정상지급보증요율을 적용하여 과세한 처분이 위법하다고 주장하나, 국세청 모형은 신용평가회사 및 금융기관이 일반적으로 사용하고 있는 재무모형 개발방법론에 기초한 것으로서 특수관계가 없는 제3자간의 매매거래, 국외특수관계인간 거래와 동종의 거래, 국외특수관계인간 거래와 거래단계.거래수량 기타 거래조건이 유사한 상황 하에서 이루어진 거래에서 성립된 가격을 반영할 수 있는 것으로 보이는 점, 국세청 모형은 재무모형에 의한 정상대가 산출방법의 한계인 측정 불가능한 비재무적 요소를 반영하고자 보수적 관점에서 모.자회사의 신용등급을 각 1등급씩 상향 조정하고, 최저등급을 9등급까지만 적용하였으며, 정상수수료 수준을 상하 구간 범위 값으로 제시하여 탄력적으로 차이조정이 가능하도록 하였고, 주거래은행 등으로부터 확인받은 실제 신용등급과 그에 따른 이자율 차이를 수수료로 신고하는 경우에는 정상가격으로 인정한 점, 국세청이 청구법인 등 각 개별기업들에 대한 지급보증수수료 수정신고 안내시 개별기업의 당초 신고내용이 정당하다고 판단하는 경우와 기타 최적의 방법에 따라 수정신고할 경우에는 신고내용 검증을 위한 이전가격보고서 등의 근거서류를 수정신고기한까지 제출토록 한 점 등을 종합할 때, 국세청 모형이 정상가격 산출과 관련하여 적정하지 아니한 모형이라거나 「국제조세조정에 관한 법률」의 규정에 위배된 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012중3014, 2013.9.16. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.