조심 2022서1430 (2022.09.29)

OOO세무서장이 ＜별지＞와 같이 청구법인에게 한 2020년 제1기~2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 2020년 제1기~2021년 제1기 중 자동차 배기가스 정화용 촉매제 원재료의 수입과 관련하여 OOO세관장으로부터 수취한 세금계산서상 매입세액을 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 1991.3.8. 설립되어 일반 무역업, 무역 중개업 및 사업지원서비스업(계열사에 대한 그룹 내 서비스 제공 포함)을 주요사업으로 영위하고 있는 회사이고, AAA 주식회사(OOO2021.10.1. 명칭변경 이전은 BBB주식회사로서, 이하 “청구외법인”이라 한다)는 1985.9.23. 설립되어 자동차 촉매의 제조 및 판매업을 주요사업으로 영위하고 있는 회사로서, 청구법인과 청구외법인은 모두 OOO그룹(소재 기술 및 재활용 다국적 그룹)의 국내 계열 회사이다. 나. 청구외법인은 ① 자동차 배기가스 정화용 촉매 제조에 필요한 원재료 귀금속(백금 등)을 해외 공급업체로부터 구매하여 ② OOO그룹의 OOO내 계열사인 OOO(이하 “OOO가공법인”이라 한다)에 임가공을 맡긴 후 ③ 가공이 완료된 백금화합물(액체, 솔루션)을 국내로 수입해왔으나, 국내 수요 증가로 인하여 화학물질 관련 법령상 수입할 수 있는 수량을 초과함에 따라 별도의 쿼터를 가진 청구법인을 통하여 다음과 같이 거래하였다. (1) 청구외법인의 백금화합물의 수입 제한량을 넘는 물량에 대하여 청구법인과 청구외법인은 2020년 4월 ‘상품매매계약’을 체결하였고, 이에 따라 청구외법인은 원재료의 소유권을 보유한 채 청구법인에게 원재료를 제공하고 청구법인은 이를 백금화합물로 가공한 뒤 가공에 대한 대가를 청구외법인로부터 받기로 약정하였다. (2) 청구법인은 위 계약의 이행과 관련하여, 원재료에 대한 임가공을 직접 수행하지 아니하고 국외 다른 하도급업체에 다시 임가공용역을 맡긴바, 이에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 ① 청구외법인이 귀금속 공급업체로부터 구매한 원재료는 귀금속 공급업체가 독일가공법인으로 직접 전달하였고, ② OOO가공법인이 이를 가공하면 ③ 청구법인은 가공이 완료된 백금화합물(이하 “쟁점물품”이라 한다)을 임가공비·운송료(원재료 비용 제외)만을 지불하고 수입하여 ④ 청구외법인에게 인도하였다. ＜표1＞ 거래 흐름도 (3)청구법인은 2020년 4월부터 2021년 3월 기간 동안 쟁점물품을 수입하면서 청구법인이 OOO가공법인에 지급하는 ‘임가공 대가’ 외에 ‘원재료 비용’을 포함한 금액을 공급가액으로 수입신고하여 OOO세관장으로부터 총 OOO원의 수입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 2020년 제1기～2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점물품에 대한 매입세액 OOO원을 공제하여 환급 신고하였다. 다. 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액 공제 여부에 대한 OOO의 과세사실판단자문신청 결과에 따라 쟁점세금계산서 중 임가공 대가를 제외한 원재료 부분은 수입의 효과가 청구법인이 아닌 청구외법인에 귀속되어 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 관련 매입세액은 공제할 수 없다고 보아, 아래 ＜표2＞와 같이 청구법인에게 부가가치세를 경정.고지하였다. ＜표2＞ 처분 내역 (단위 : 원) 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점물품의 수입은 청구법인이 청구외법인에 대한 임가공 용역이라는 청구법인 자신의 사업에 사용하기 위하여 한 것이므로, 그와 관련하여 청구법인이 납부한 수입부가가치세는 부가가치세법령의 문언상 매입세액공제대상이다. (가) 부가가치세법령의 문언상 자신의 사업에 사용하기 위하여 재화를 수입한 이상 그 수입부가가치세는 매입세액공제대상이다. 1) 「부가가치세법」제38조 제1항 제2호는 사업 관련성 여부만 따져 매입세액공제 여부를 정하도록 하고 있을 뿐, 재화의 재판매를 사업으로 하는 경우에 한하여 공제하도록 제한하지 아니하므로, 사업자가 무상으로 수입한 원재료를 사용하여 서비스를 제공함을 사업으로 하는 경우에도 사업 관련성이 인정되는 이상 원재료에 대한 수입부가가치세는 매입세액공제대상이다. 2) 「부가가치세법」은 사실과 다른 세금계산서에 기한 매입세액공제를 허용하지는 아니하나(같은 법 제39조 제1항 제2호), 형식상 수입신고명의인에 불과한 수입대행자가 아닌 수입자인 이상 그의 명의로 발급된 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하므로 그에 따른 수입부가가치세는 매입세액공제대상이다. (나) 쟁점물품은 청구법인이 자신의 사업인 청구외법인에 대한 임가공 용역 제공에 사용하기 위하여 무상 수입한 것이므로 그 수입부가가치세는 부가가치세법령의 문언상 매입세액공제대상이다. 1) 청구외법인은 자신의 사업인 자동차 배기가스 정화 촉매의 제조판매업을 위해 청구법인과 계약을 체결하였고, 그와 같은 계약에 따라 청구법인은 자신의 사업인 계열사에 대한 서비스 제공(청구외법인에 대한 임가공 용역 제공)을 위해 OOO가공법인으로부터 쟁점물품을 수입하였다. 2) 청구외법인과 청구법인 간 거래는 국내 거래이기에 관세가 문제되지 않지만, 청구법인과 OOO가공법인간 거래는 국외 거래이기에 청구법인은 위와 같은 자신의 사업에 사용하기 위해 쟁점물품의 임가공 대가와 별개로 쟁점물품을 구성하는 원재료 및 임가공 대가 전체에 대해 양(+)의 값으로 산정되는 관세를 납부하였고, 그에 기반하여 산정되는 수입부가가치세를 납부할 수밖에 없었다( 「부가가치세법」 제29조 제2항, 「관세법」 제15조 ). 3) 만일 관련 법령에서 쿼터를 두지 않았다면, 청구외법인이 OOO가공법인으로부터 쟁점물품을 수입하였을 것이고, 아무 문제없이 원재료인 귀금속 가액에 대한 매입세액공제가 되었을 것인데, 단지 쿼터로 인해 청구외법인이 아닌 청구법인이 청구외법인에 대한 임가공 용역 제공을 위하여 쟁점물품을 수입하였다고 하여 매입세액공제를 부인하는 것은 합리적이지 않고, 임가공 용역 제공이 청구법인 자신의 사업인 이상 청구외법인의 수입과 마찬가지로 사업 관련성이 인정되어야 한다. (2) 다수의 선례도 국내 사업자가 자신의 사업인 용역의 제공을 위해 용역의 제공에 필요한 재화를 수입한 경우, 사업 관련성을 인정하여 수입부가가치세의 매입세액 공제를 허용하였고, 부가가치세법령의 문언에 없는 요건으로 재화의 소유권이 수입자에게 귀속되었는지 여부 등은 매입세액공제 요건과 무관한 사정이다. (가) 여러 유권해석들은 수입 재화의 소유권이 누구에게 귀속되는지 여부와 무관하게, 가사 수입세금계산서 명의상 수입자가 소유자가 아니더라도, 사업 관련성만 기준으로 매입세액공제를 허용하여야 한다는 입장이다(재소비 46015-149, 1997.5.12., 부가가치세제과-862, 2007.12.18. 등 다수 참고). (나) 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11546 판결에서는 수입부가가치세의 매입세액공제가 불허되었지만, 이는 문제된 선박 용품의 수입이 국내 사업자의 사업(선박 용품의 운반 용역 제공)이 아닌 해외 사업자의 사업(선박 용품의 판매)과 관련된 것이고, 국내 사업자는 선박 용품 운반 용역의 제공이라는 자신의 사업과 무관하게 해외 사업자의 사업을 위해 선박 용품의 수입 대행만 한 것이라는 점에서 국내 사업자를 수입자로 발급된 수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 불허한 것뿐이다. (다) 반면 본 건에서는 쿼터로 인해 OOO가공법인이 아닌 청구법인이 자신의 사업(계열사에 대한 서비스 제공)에 사용하기 위하여 쟁점물품을 수입한 자이고, 달리 수입 대행 계약을 체결함에 따라 수입 대행한 바가 없으므로, 소유권 귀속 여부 등과 무관하게 청구법인을 수입자로 하여 발급된 수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 등을 통해 매입세액공제를 불허할 수 없다. (3) 청구법인이 쟁점물품의 수입에 관한 수입부가가치세를 납부함에 따라 세관장으로부터 수입세금계산서를 수취한 것이므로, 그에 따라 청구법인의 매입세액으로 공제함이 타당하다. (가) 부가가치세법령상 쟁점물품의 수입에 관한 부가가치세의 매입세액공제를 허용하더라도 부가가치세의 일실은 없고, 오히려 공제를 허용하지 아니하면 이중과세의 문제가 발생할 수 있다. 1) 청구법인은 쟁점물품에 대한 수입 시 쟁점물품 전체에 대해 양(+)의 값으로 계산되는 관세 및 수입부가가치세를 적법하게 납부하였기 때문에, 본 건에서는 부가가치세의 일실이 야기되지 않는다( 「부가가치세법」 제29조 제2항, 「관세법」 제15조 ). 2) 전단계세액공제제도를 취하고 있는 우리 부가가치세 체계상 청구법인이 적법하게 납부한 수입부가가치세는 쟁점물품의 수입에 따른 청구법인의 매출세액에서 매입세액공제가 허용되어야만 이중과세의 문제가 발생하지 않는다( 「부가가치세법」 제38조 제1항). 3) 처분청은 청구법인의 회계처리나 「법인세법」상 신고와 부가가치세법상 신고 간에 차이가 발생한다면 곧 조세의 일실과 탈루가 발생하는 것이라고 주장하나, 기업회계나 법인세와 달리 부가가치세의 경우 각 거래의 형식이 중요한 거래세의 일종으로서( 「부가가치세법」 제1조 제1항 제1호, 대법원 2017.5.18. 선고 2012두22486 판결), 부가가치세 세목에서 조세의 일실이 없는 이상 납세자가 취한 거래의 형식을 임의로 부인하여 부가가치세를 추가 과세하는 것은 허용할 수 없고, 더욱이 본 건에서는 쟁점물품의 수입을 통한 임가공 거래의 전체 구조에서 어떠한 세목의 일실마저 없어, 추가 과세는 더욱 부당하다. 4) 특히 최근 조세심판원 합동회의 결정 및 후속 결정 중 일반 매매 거래인지 위탁 거래인지 모호한 사안에서 발급된 세금계산서에 따라 매입세액공제를 허용하더라도 부가가치세의 일실이 없다는 점에 주목하여 공제가 되어야 한다고 판단하였고(조심 2016부275 합동회의 결정, 2016.12.20., 조심 2014구3765, 2017.11.8. 참고), 그 취지는 본 건에도 적용되어야 한다. (나) 무엇보다 쟁점물품에 대해 청구법인을 수입자로 보아 발급된 수입세금계산서는 세관장이 발급한 것이라는 점에서도 그에 따른 수입부가가치세는 매입세액공제대상으로 보아야 한다. 1) 대법원은 가사 공급자가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 이를 수취한 자가 사실과 다름을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다면 매입세액공제가 허용된다고 판시하였다(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등 참고). 2) 청구법인으로서는 쟁점물품에 대해 청구법인을 수입자로 하여 발급된 수입세금계산서에 대해 그것이 세관장으로부터 발급받은 것인 이상 사실과 다른 세금계산서가 아니어서 매입세액공제를 받을 수 있으리라고 신뢰할 수밖에 없었으므로, 설령 거기에 어떤 오류가 있더라도 그에 대한 책임을 납세자에게 돌려 국가가 추가적인 세수 이익을 누리는 것은 형평에 반한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점물품을 수입함에 있어 청구외법인에게 명의만을 대여한 단순 수입명의자에 지나지 아니하므로 매입세액 불공제함이 타당하다. (가) 대법원 판례(대법원 2011.4.28. 선고 2009두11546)에 따르면 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니한 자를 수입자로 하여 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 1) 청구법인은 OOO가공법인에 임가공 용역만을 의뢰(재료는 청구외법인이 구입 및 소유)하고 용역 대가만을 지불한 후, 가공된 쟁점물품을 수입하여 청구외법인에게 제공하면서 임가공용역에 대해서만 매출 세금계산서를 발급하였을 뿐만 아니라 OOO가공법인으로부터 재화를 구입한 바 없으므로 재화의 수입에 관한 세금계산서를 수취할 이유가 없다. 2) 청구법인이 수입한 쟁점물품은 청구외법인이 소유하고 있고, 청구외법인은 이를 재료로 촉매제를 제조하여 판매하므로 원재료의 수입효과는 실질적으로 청구외법인에게 귀속된다. 3) 과세사실판단자문위원회에서 청구법인은 2020사업연도 손익계산서 작성시 쟁점물품은 청구외법인이 직접 매입하였고 대금도 청구외법인이 지급하였으므로 청구법인의 비용으로 계상하지 않았다고 주장한바, 청구법인의 2020사업연도 손익계산서를 보면 매출원가로 OOO원을 계상하고 있어 청구법인의 상기 주장이 사실임을 알 수 있고 이를 통해 청구법인도 쟁점물품의 수입효과는 청구외법인에게 귀속됨을 인지하고 있으며 그에 따라 회계 처리를 하고 있음을 알 수 있다. 4) 청구법인과 청구외법인이 맺은 계약서 제6조(소유권) 조항에 따르면 청구외법인이 구입한 쟁점물품의 소유권은 청구법인이 아닌 청구외법인이 가지고 있고, 같은 계약서 제14조(선급금 지급)에서는 청구외법인의 선급금으로 부가가치세를 납부하고 환급되는 부가가치세를 청구외법인에게 다시 지급하도록 작성되어, 쟁점물품에 대한 소유권이 청구외법인에게 있고, 실제 수입과 관련된 부가가치세 또한 청구외법인이 부담하여 청구법인은 형식상의 수입신고 명의인에 불과하다. (나) 위 대법원 판례의 전심(부산고등법원 2008.11.6. 선고 2008구합1024)을 보면, 해당 사건의 재화가 수입ㆍ통관되는 주요 목적이 이를 판매하기 위한 것이고 원고의 용역제공은 판매에 부수되는 행위에 불과하며, 원고는 단지 용역제공수수료 부분만을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고한 점 등을 들어 원고를 형식적 수입자인 것으로 판단한바, 청구법인의 이 건 수입 거래 역시 쟁점물품이 수입·통관되는 주요 목적이 청구외법인에게 이를 제공하기 위한 것이고, 청구법인은 단지 용역 부분만을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고하였으며, 수입신고필증 상 쟁점물품 수입자는 청구법인이지만 수입부가가치세를 실제로 부담한 것은 청구외법인인 점을 토대로 판단컨대 쟁점물품에 대해 청구법인은 대법원 판례에서 언급한 형식상의 수입신고 명의인임이 명백하고, 따라서 쟁점세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서이므로 관련 매입세액은 부가가치세 불공제 대상에 해당한다. (2) 청구법인은 임가공 용역을 제공하기 위해 쟁점물품을 직접 사용하지 않아 원재료에 해당하는 부분은 사업과 직접 관련이 없는 매입세액이므로 매입세액 불공제 대상에 해당한다. 쟁점세금계산서의 매입세액 공제는 자기의 사업을 위하여 직접 사용하는 주체인 경우에 가능한 것이지만, 해당 거래에서 청구법인은 청구외법인에게 임가공용역을 제공한 것으로 쟁점이 되는 원재료는 임가공을 행하는 대상이지 임가공용역 제공에 직접 투입되는 부품에 해당하지 않아 사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다. 쟁점물품 중 원재료에 해당하는 부분의 소유권은 청구외법인에게 있고, 쟁점물품의 거래대금 및 수입과 관련된 부가가치세 또한 청구외법인이 부담하였으며, 쟁점물품은 최종적으로 청구외법인이 자동차 촉매제를 제조하기 위해 사용이 예정되어 있고, 청구법인은 수입한 쟁점물품을 추가 가공 없이 청구외법인에게 재판매한다. 따라서 쟁점세금계산서 중 원재료에 해당하는 부분은 청구법인이 청구외법인에게 임가공용역을 제공하면서 직접 사용 또는 투입한 부품에 해당하지 않아 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하므로 매입세액 불공제 대상이다. (3) 청구법인은 세금계산서 수수 방식에 따라 조세의 탈루가 없다고 주장하나 세금계산서 거래흐름과 실제거래 흐름이 왜곡되었다. (가) 청구법인은 세금계산서 수수 방식에 따라 어떠한 조세의 일실이나 탈루가 없다고 주장하지만, 청구법인은 청구외법인에게 임가공비 및 운송료에 대해서만 이윤을 포함하여 매출세금계산서를 발급하므로, 쟁점세금계산서 중 원재료 부분을 제외하고 OOO가공법인에게 지급한 비용에 대한 매입세액을 공제한다면 부가가치세 환급이 발생하지 않을 것이므로, 청구법인의 주장과 달리 세금계산서 수수 방식에 따라 부가가치세의 일실과 탈루가 발생한다. 또한, 과세사실판단자문위원회에서 청구법인이 주장한 내용과 청구법인의 2020사업연도의 손익계산서상 매출원가 계상 내역을 보면 세금계산서 수취 내역과 손익계산서상 원가 계상 내용이 현저히 다르고, 한편, 청구법인의 주장과 2020사업연도 손익계산서를 통해 청구외법인에서 원재료의 매입금액을 원가 계상한 것으로 추정됨에 따라 청구외법인 또한 부가가치세와 법인세 간 중대한 왜곡이 발생하였음을 알 수 있다. 이처럼 청구법인과 청구외법인 모두 세금계산서 거래 흐름과 실제거래 흐름이 일치하지 않아 부가가치세 신고와 법인세 신고 간에 중대한 왜곡이 발생하였으므로 부가가치세 및 법인세 세원 관리에 어떠한 문제도 발생하지 않았다는 청구법인의 주장은 적정하지 않다. (나) 청구법인은 쟁점세금계산서가 국가기관인 세관장으로부터 발급받았다는 점을 적극적으로 고려해야 한다고 주장하나, 수입세금계산서는 신고한 수입자에게 발급한 수입신고필증을 바탕으로 발급되므로 이는 고려 사항이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 세관장으로부터 수취한 쟁점세금계산서 중 원재료 관련 세액이 부가가치세 매입세액공제 대상인지 여부 나. 관련 법령 등 ○ 부가가치세법 제35조【수입세금계산서】① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액 ② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. ③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 법인등기사항 전부증명서상으로 청구법인은 1991.3.8. 설립되어 일반 무역, 무역 중개, 사업지원서비스업(계열사에 대한 그룹 내 서비스 제공 포함)을 영위하는 법인이고, 청구외법인은 청구법인과 동일하게 OOO그룹에 속한 또다른 국내 계열 회사로서 1985.9.23. 설립되어 자동차 배기가스 정화 촉매를 제조하여 자동차 제조회사에 판매하는 사업을 영위하는 법인으로서, 화학물질 등록 통지서(등록번호 OOO발급)에 의하면, 청구법인은 쟁점물품 대상인 자동차 배기가스 정화용 촉매제 생산원료로 사용되는 신규화학물질 0.1톤 이상 1톤 미만의 제조, 수입자로 등록되어 있다. (2) 청구외법인은 당초 ① 국외 소재 귀금속 공급업체들로부터 자동차 촉매제의 제조에 필요한 원재료인 플래티넘 등 귀금속을 구매하고, ② 구매한 귀금속을 OOO그룹의 OOO임가공업체인 OOO가공법인에 제공하여 임가공을 맡긴 뒤, ③ 임가공대가를 지급함으로써 그로부터 가공이 완료된 백금화합물인 쟁점물품을 수입하는 방식으로 OOO가공법인으로부터 임가공 용역을 제공받아 왔으나, 화학물질 관련 법령상 청구외법인이 수입할 수 있는 솔루션에는 일정한 수량 제한(쿼터)이 있었고, 청구외법인이 쿼터 초과분을 수입하기 위해, 청구외법인은 ① 국외 소재 귀금속 공급업체들로부터 자동차 촉매제의 제조에 필요한 원재료인 플래티넘 등 귀금속을 구매하고, ② 청구법인과 쟁점물품의 임가공에 관한 무상사급계약을 체결하여 귀금속의 소유권은 청구외법인이 그대로 보유한 채 이를 청구법인에게 제공하여 임가공을 맡기면, ③ 청구법인이 이를 가공법인에 다시 하도급을 주어 쟁점물품으로 가공하게 한 후 ④ 청구법인이 쟁점물품을 수입하여 청구외법인에 공급하는 방식을 선택한 것으로 나타난다. (가) 청구법인이 수입한 쟁점물품을 청구외법인에 공급하기 위해 작성한 “상품매매계약서”에 의하면, 제6조(소유권)의 단서에서 청구외법인이 생산지원한 원재료의 경우 대금 지급 전이라도 그 소유권은 청구외법인에 있음이 명시되어 있고, 제14조(선급금 지급)에서 청구법인은 청구외법인의 선급금으로 부가가치세를 납부하고, 매분기별 환급되는 부가가치세를 청구외법인에 지급하도록 작성되어 있다. (나) 청구법인이 OOO가공법인으로부터 쟁점물품을 수입하고 이를 청구외법인에게 공급하는 과정에서, 청구법인은 원재료 대가는 제외하여 OOO가공법인에 임가공비만 지급하였고, 청구외법인으로부터 임가공 용역에 대한 대가(이윤 포함)만을 지불받았다. (다) 청구법인은 쟁점물품 수입 과정에서 「부가가치세법」제29조 제2항, 「관세법」제15조 에 따라 관세의 과세가격(원재료의 가격과 청구법인이 OOO가공법인에 지급하는 임가공 비용의 합계)에 관세 등을 합한 금액을 과세표준으로 하여 수입부가가치세를 납부하고 OOO세관장으로부터 수입 세금계산서를 발급받았으며, OOO가공법인에 지급한 임가공 대가에 일정 이윤을 가산한 금액을 과세표준으로 기재하여 청구외법인에 매출 세금계산서를 발급하였다. (3) 처분청의 이 건 부가가치세 부과과정에서 이루어진 과세사실판단자문위원회에서는 원재료의 소유권이 청구외법인에게 있어 원재료 수입의 실질적인 효과가 청구외법인에게 귀속되고, 청구법인은 단지 ‘형식적인 수입신고 명의인’에 불과한 점, 청구인은 국내에서 원재료 수입대행 외에는 실제 제공한 용역이 없는 점, 원재료의 실제 수입자는 청구외법인임에도 청구법인이 쟁점(수입)세금계산서를 수취하여 세금계산서 거래 흐름과 실제거래 흐름이 왜곡된 점 등을 들어 매입세액을 불공재하도록 의결한 것으로 나타난다. (4) 처분청은 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11546 판결에 따르면, 수입의 효과를 실질적으로 귀속 받지 아니한 형식상 수입신고 명의인에 불과함에도 그를 수입한 자로 보아 세금계산서를 발급할 경우 이는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하여 매입세액공제가 허용될 수 없는바, 쟁점물품은 청구외법인이 대금을 지급하여 매입한 뒤 그 ‘소유권’이 그대로 청구외법인에 귀속되었고, 청구법인은 별도로 쟁점물품에 포함된 원재료를 구입한 바 없으며, 그 수입 부가가치세를 청구외법인으로부터 ‘상환’ 받았다는 점에서, 위 대법원 판례의 법리에 따라 쟁점물품의 형식상 수입신고 명의인에 그치는 것이므로 매입세액공제가 허용될 수 없다는 의견이다. (5) 청구법인은 기획재정부 부가가치세제과-862(2007.12.18.), 부가가치세제과-467(2010.7.12.) 및 국세청 부가가치세과-823(2014.10.6.) 등 다수의 유권해석에서 ‘재화의 재판매를 위한 유상 수입’뿐만 아니라 ‘서비스의 제공을 위한 무상 수입’의 경우에도 매입세액공제가 허용되었으므로 이 건에서도 매입세액이 공제되어야 한다고 주장한다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 원재료의 소유권 및 부가가치세의 부담은 청구외법인에 귀속되는 등 청구법인은 형식적 수입자일 뿐이므로 청구법인이 발급받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 공제대상이 아니라는 의견이나, 청구외법인은 화학물질의 수입 물량의 제한을 받게 되어 자신의 명의로는 원재료를 수입할 수 없었고, 반면 청구법인은 스스로 화학물질 수입에 대한 제조ㆍ수입 권한을 가지고 있었으며, 달리 청구법인이 원재료를 수입하는 데에 위법한 사정은 없었던 점, 청구법인이 청구외법인의 화학물질 수입 쿼터 초과분을 수입하는 것은 청구법인의 계열사 사업지원 업무 범위에 포함될 수 있고, 청구외법인과의 상품매매계약을 체결하여 청구법인의 명의로 가공을 거친 원재료를 수입하는 것에 가장행위라고 볼 사정은 나타나지 아니하는 점, 원재료의 소유권이 청구외법인에게 유보되어 있기는 하나, 원재료를 포함한 쟁점물품의 수입은 청구법인이 청구외법인과 체결한 상품매매계약에 따른 인도의무 이행 내지 임가공 용역 제공을 위한 것이고, 단순한 수입대행계약으로 보이지는 아니하는 점, 청구법인이 수입세금계산서를 수취하면서 부가가치세를 납부하였으므로 공제를 인정하더라도 조세의 일실이나 탈루가 야기된 바는 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ (단위 : 원)