조심 2019부3782 (2020.11.10)

OOO세무서장이 2019.7.4. 및 2019.7.5. 청구법인에게 한 2014년 제1기～2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2014년 제1기분 OOO원, 2014년 제2기분 OOO원, 2015년 제1기분 OOO원, 2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원, 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원)의 각 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.3.15. 설립되어 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO 등 200여 가지의 의약품 및 건강기능식품을 생산·공급하고 있고, OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 1993.10.18. 프렌차이즈 약국의 운영을 목적으로 설립된 후 청구법인의 계열회사로 편입되었으며, 청구법인은 2012.2.1. OOO과 눈건강 보조제인 ‘OOO’와 구강항균제인 ‘OOO’(이하 “쟁점약품”이라 한다)를 거래하는 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 쟁점거래에 앞서 OOO은 2012.1.2. 쟁점약품을 청구법인에게 제공하기 위하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 OOO(이하 “OOO”이라 하고 OOO와 합하여 이하 “쟁점거래처”라 한다)과 물품공급계약을 체결하였으며, 이후 OOO은 쟁점거래처로부터 쟁점약품을 공급받아 청구법인에게 공급하면서 관련 세금계산서는 ‘쟁점거래처 → OOO → 청구법인’의 순(順)으로 수수하였고, 쟁점약품은 운송에 대한 경비절감 및 편의성 등을 고려하여 쟁점거래처로 하여금 청구법인에게 직접 운송하도록 하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.3.6.부터 2019. 5.18.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2014년 제1기∼2018년 제2기 부가가치세 과세기간 중 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점약품을 거래함에 있어 OOO이 아니라 쟁점거래처로부터 직접 공급받은 것(이하 “쟁점거래”라 한다)으로, OOO으로부터 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)의 매입세액을

「부가가치세법」제39조

제1항 제2호의 ‘공제하지 아니하는 매입세액’으로 각 보아 사실과 다른 세금계산서를 적용하여 경정하도록 처분청에 관련 자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 ＜별지＞와 같이 2019.7.4. 및 2019.7.5. 청구법인에게 2014년 제1기~2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 법원의「부가가치세법」상 재화의 공급 및 그에 따른 납세의무자에 관한 법리 및 취지 등은 다음과 같다.

(가) 대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결은 “부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때,

「부가가치세법」제6조

제1항 소정의 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다”고 판시하고 있다.

(나) 대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결은 우리나라의 부가가치세는 소득세·법인세와 달리 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 특징을 지니고 있다는 점을 재차 확인하면서,「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 여부는 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하고, 재화를 공급하는 자는 (위탁매매나 대리와 같이「부가가치세법」에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한) 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 한다고 판단하면서 “신탁재산의 공급에 따른 부가가치세 납세의무자는 실질적으로 이익과 비용이 귀속되는 위탁자 또는 수익자가 아니라, 계약당사자로서 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성하는 수탁자”라고 판시하고 있다.

(다) 대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결 등은 “납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다는 취지로 판단하면서 ‘끼워넣기 거래’ 유형과 관련하여 중간에 개입된 업체가 실제로 영업활동을 하거나 거래과정에서 한 역할이 뚜렷하지 않은 측면이 있다고 하더라도, 원고 명의로 계약을 체결하고 계약상 책임을 이행하였으며, 물품의 소유권을 보유하고 멸실의 위험 및 납품지연에 따른 손해배상책임을 부담하는 등에 비추어 볼 때, (모회사의 지시를 받았다고 하더라도) 원고가 물품을 구매한 수출입거래의 당사자에 해당한다”고 판시하고 있다.

(라) 대법원 2017.11.23. 선고 2017도13213 판결(‘OOO’ 사건), 대법원 2018.2.13. 선고 2017도18890 판결(‘OOO’ 사건), OOO중앙지방법원 2018.4.6. 선고 2017노4757 판결(‘OOO’ 사건)은 과세관청이 ① 중간에 개입된 업체가 실제로 영업활동을 하였다고 보기 어렵거나 거래 과정상의 역할이 뚜렷하지 않은 점, ② 중간에 개입된 업체의 직원 일부가 다른 업체에 소속되어 있었거나 소속을 겸유하고 있는 점, ③ 해당 업무를 다른 업체의 직원이 도맡아 한 점 등을 이유로, 중간 업체는 거래당사자로 볼 수 없다고 주장하였으나, 독립된 경제주체인 이상 그 명의로 한 거래행위의 효력은 명의자에게 귀속되는 것이 원칙이고, 새로운 거래처와의 신규거래가 있는 점, 공급업체에 발주서나 견적의뢰서를 보내는 등 그 명의를 중간업체 등으로 하였고 별도의 사업용 금융계좌를 만들어 매매대금을 지급받았다는 점 등을 고려할 때, 이는 독립된 경제주체 사이에 실거래가 존재한 것으로 볼 수 있다고(OOO), ‘물품대금지급 채무’를 부담하는 것이 거래의 핵심적인 부분이므로, 대금을 직접 지급하고 지급받은 정황이 물품거래의 실질에 부합한 이상, 당사자 지위를 부정하거나 거래를 허위로 보기 어려우며, 물류가 중간거래자를 거치지 않고 최종매수자에게 바로 배송된 사정만으로 이를 가공거래로 보기 어렵다고(OOO), 비록 거래상대방과 대표이사가 동일하고 실제 근무하는 직원이 1명뿐이어서 거래상대방 직원이 업무를 도와주었더라도, 거래의 당사자는 모두 법적 실체가 있는 별개의 법인이고, 별도의 사업용 금융계좌를 이용하여 대금을 수취하여 지급하였으며, 자신의 명의로 물품인수증을 발행하여 주기도 하였다면 이를 가공거래라고 보기 어렵다고 (OOO) 각 보고, ‘당사자가 선택한 거래관계를 존중’하고, ‘중간에 개입된 업체를 독립된 경제주체’로 보아 ‘그에게 거래의 효과가 귀속’된다고 판단하면서, 과세관청의 위와 같은 주장을 모두 배척하였다.

(마) 위 법원의 법리 및 취지 등을 종합할 때, 부가가치세가 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과되는 거래세의 특성이 있다는 점에서, 재화의 공급자는 재화의 공급이라는 ‘거래행위’를 기준으로 판단하여야 하고, ‘계약상’ 거래상대방과 직접적인 법률관계를 맺은 자가 누구인지에 따라 판단하여야 하며, 거래당사자가 독립된 법적·경제적 주체이고, 당사자 사이에서 재화의 공급에 관한 계약이 체결되었으며, 그 계약에 따라 이행된 이상, 거래당사자 사이에「부가가치세법」상 재화의 공급이 있었다는 사실을 함부로 부인할 수 없고, 거래당사자들이 주고받은 세금계산서 역시 함부로 허위라고 할 수 없는 것이다.

(2) 조세심판원도 이 건과 유사한 유형으로 다툼이 된 건에서 법원의 동일한 법리 등에 기초하여 납세자 간 유효하게 체결된 계약을 섣불리 ‘가공거래’로 판단할 수 없다는 등의 취지로 다음과 같이 결정하였다.

(가) 처분청은 ○○○가 매주 같은 요일에 청구법인으로부터 거래대금을 수취하여 즉시 납품상에게 지급함으로써 ○○○는 자체적으로 자금부담을 진 바가 없고 청구법인이 쟁점거래에 대한 신용위험을 부담하였다고 주장하나, 처분청은 자금이 같은 요일에 입출금된다고만 할 뿐 청구법인이 지급한 대금이 그대로 ○○○를 거쳐 개별 공급상에게 지급되었다는 구체적인 자금흐름을 제시하지 못하는 점, 청구법인은 ○○○의 개별 공급상들에 대한 대금지급이 청구법인으로부터의 ○○○ 판매대금 수취 여부와 무관하게 이행되었다고 하면서 ○○○의 ○○○ 계좌 거래내역, 금융기관으로부터의 차입내역 등을 제출하고 있는 점 등에 비추어 ○○○가 자체적으로 자금부담을 진 바가 없다는 처분청 주장은 그 근거가 부족하며, 청구법인으로서는 공급자나 거래금액을 사실과 다르게 하여 세금계산서를 수수할 경제적인 유인이나 동기가 없어 보이고, 실제로 쟁점거래와 관련하여 부가가치세가 탈루되거나 거래단계가 왜곡된 사실이 없는 점, 우리 원 선결정례 등에 의하면 위탁매매의 측면이 있다는 사정만으로 당사자가 총액 기준에 의하여 발급한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다(조심 2014구3765, 2017.11.8.).

(나) 청구법인 ○○○가 쟁점매입처로부터 구매한 원재료가 청구법인 ○○○의 물적시설을 거치지 않고 청구법인 ○○○에 직접 인도된 것은 사실이나, 쟁점매입처로부터 구매한 원재료가 실제로 존재하였고 원재료 형태 및 원재료의 관행적인 유통구조로 볼 때 반드시 청구법인 ○○○의 창고를 거칠 필요가 없었던 상황에서 동 원재료가 청구법인 ○○○에게 실질적으로 인도된 사실에는 다툼이 없으며, 쟁점거래로 인하여 부가가치세 및 법인세 등이 탈루된 사실(처분청은 변칙적인 부의 이전이 발생할 수 있다는 의견이나, 설령 있다 하더라도 차후 관련 법령에 근거하여 증여세를 부과하면 되는 것임)이 없다는 점에서, 쟁점거래의 방식을 선택한 목적 자체도 조세회피 또는 조세탈루 의도라기보다는 동종업계의 가격 경쟁 구도 하에서 기업 자체의 경쟁력 향상 및 기업경영의 계속성과 생존성 보장을 위한 것으로 보이며(조심 2011서719, 2012.1.30. 같은 뜻), 쟁점거래의 주체는 청구법인 ○○○로 보는 것이 타당하고, 청구법인 ○○○가 원재료 구매 등과 관련한 노하우를 이용하여 관계사인 청구법인 ○○○를 도와준 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 처분청이 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다(조심 2017구1120, 2017.11.13.).

(다) 납세자는 유제품 유통업체로서 창고업체인 A를 통해서 거래처와 거래를 하였는데, 위 중간업체인 A는 유제품 유통업과 전혀 관계가 없는 업체였고, A를 통한 배송시간이나 배송차량 등이 확인되지 않았으며, 납세자와 A는 2014년 이후로 같은 냉장창고를 사용하였는데 해당 창고에는 업체별로 물품이 구분되지 않고 생산지역별로만 구분이 되어 있어서 두 업체 간에 물량의 흐름이 있다고 보기도 어려운 상황이나, 쟁점거래는 경제적 현실 및 사적자치의 원칙에 부합하는 점, 쟁점거래는 조세회피의 부당한 목적으로 이루어진 거래가 아닌 점 등에 비추어 쟁점거래를 실물거래 없는 가공거래라고 볼 수 없다(조심 2019중29, 2019.10.8.).

(3) 청구법인은 실제로 OOO과 쟁점약품에 대한 쟁점계약을 체결하였고, 상호 간의 계약 내용에 따른 대금정산 등을 이행하였으며, OOO은 법적·경제적으로 독립된 별개의 법인이다.

(가) 청구법인과 OOO은 실제로 쟁점약품을 매매하려는 의사를 가지고 쟁점계약을 체결하고 청구법인은 OOO으로부터 실제로 쟁점약품의 실물을 공급받아 그 대금을 정상적으로 지급하였으며, 이는 구매요청서, 발주서, 회계처리(관리항목원장, 거래처원장), 대금 입금내역 및 세금계산서 등을 통해 입증된다.

(나) OOO은 1993.10.18. 프랜차이즈 약국의 운영을 목적으로 설립된 회사로 1,000여 개의 체인약국을 관리하고 있고, 기획팀, 학술팀, 물류팀, 품질관리팀 및 영업팀 등 5개 부서로 구성되어, 20명 내외 직원이 근무하고 있는바, 청구법인과의 쟁점계약만을 위하여 설립된 명목상의 회사가 아니라, 쟁점계약 외에 제3자와의 거래를 하는 사업자로 청구법인과 완전히 독립된 별개의 법인이다.

(다) OOO은 쟁점약품에 대한 법적 소유권을 보유하면서 거래 전반에 대한 법률적 위험(예컨대, 물건의 하자에 대한 하자담보책임)을 부담하면서 쟁점거래처로부터 쟁점약품을 공급받아 청구법인에게 공급하였을 뿐 아니라, 쟁점약품 가격에 대한 모니터링 및 가격 조정업무까지를 직접 수행하였음을 ‘OOO 구매가 및 청구법인 공급가 인상의 건 공문’을 통해 입증된다.

(4) 처분청은 OOO 공문, 청구법인의 OOO의 이메일 및 문답서 등을 제시하면서 쟁점거래가 적법·유효하게 이루어진 실제 거래가 아니라는 의견이나, 다음과 같은 사유로 받아들일 수 없다.

(가) 청구법인은 OOO을 통해 구매한 쟁점약품 외에 쟁점거래처로부터 기공활혈고 등의 다른 제품들을 직접 구매하고 있고, 이들과의 업무관련 연락을 함에 있어 OOO의 담당인 OOO가 업무 편의상 청구법인의 OOO에게 이메일을 보내게 되었으며, 이는 처분청이 제시한 ‘OOO 불량에 관련하여’라는 제목의 공문에, 쟁점약품(OOO) 외에 ‘OOO’과 관련된 내용도 함께 담겨져 있다.

청구법인의 OOO은 쟁점약품의 매입단가, 구매수량 등의 사항과 관련하여 OOO의 메일을 받게 되면, 이를 청구법인이 임의로 처리하는 것이 아니라, 즉시 메일을 쟁점거래처의 거래당사자인 OOO의 OOO에게 전달하였고, OOO은 관련 내용을 검토한 후, 청구법인과 관련 협의를 진행하거나 쟁점거래처에 발주하는 등 의 업무를 직접 수행하였다.

한편 청구법인의 OOO, OOO은 OOO의 회장 내지 대표이사를 겸직하고 있고, 쟁점약품에 관한 거래가 시작된 초기에 청구법인의 직원이 OOO의 업무를 일부 도와주었던 관계로, 외관상으로 청구법인과 OOO 사이의 업무분장이 다소 불분명해 보일 수도 있으나, 청구법인과 OOO이 모두 법적 실체가 있는 독립된 별개의 법인이므로 각 법인 명의로 계약을 체결하고 이행하는 등의 법적 효과가 개별 법인에게 귀속되는 것은 너무나 당연한 것으로 OOO의 OOO가 업무 편의상 청구법인의 OOO에게 이메일을 보냈다는 사실만을 근거로 쟁점거래를 부인해서는 안 된다.

(나) OOO이 처분청과의 문답과정에서 청구법인이 실제 거래와 달리 쟁점거래와 관련해서는 관계사인 OOO을 끼워넣기하여 공급자가 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수수하였다는 취지로 진술한 것이라고 볼 수 있으나, OOO은 1995년경 청구법인의 구매팀에 입사한 이래 같은 부서에 계속 근무하였고, 영업에는 능숙하지만 세법이나 회계와 관련된 지식은 전무(全無)하고, (추후 청구법인이 확인한 바로는) OOO은 세무상 전문 용어인 ‘사실과 다른 세금계산서’의 의미, 법적 효과의 차이 등을 제대로 알지 못한 상태에서, 쟁점약품과 관련하여 물품이 이동한 현상, 즉 ‘운송에 대한 경비절감 및 편의성 등을 감안하여 쟁점약품이 OOO을 거치지 않고 쟁점거래처에서 직접 청구법인에 운송되며, 이는 업계의 일반적인 관행이고 현실’이라는 점을 설명하면서 위와 같이 표현한 것일 뿐이며, 쟁점약품이 OOO을 거치지 않고 쟁점거래처로부터 청구법인에 직접 운송된 점에서 외관상 세금계산서의 흐름과는 다른 것으로 보인다는 정도의 의미일 뿐이다.

(다) 따라서 쟁점거래의 실질을 제대로 파악하기 위해서는, OOO의 진술 뿐 아니라, 청구법인의 회계팀 등의 다른 직원들, 쟁점거래처 및 OOO의 구매 및 회계담당 직원의 진술 등 거래당사자 모두에 관한 증거들이 충분히 제시되어 이를 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는 것이다.

(5) 처분청은 이 건 쟁점거래에 있어 청구법인의 조세 탈루가 전혀 발생하지 않았음에도 쟁점거래를 끼워넣기 거래로 재구성하여 청구법인이 계열사인 OOO을 부당하게 지원하였다고 보아 쟁점거래를 부인한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은

「부가가치세법」제9조

제1항의 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다”는 규정을 근거로「부가가치세법」상 재화의 공급을 거래당사자의 의사의 합치에 의하여 성립하는 ‘계약’을 기준으로 판단해야 하고, 부가가치세는 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세이기 때문에 재화를 공급하는 자는 법률관계를 맺은 자가 누구인지를 기준으로 판단해야 한다고 하나, 대법원 2003.1.10.선고 2002도4520 판결 등은 부가가치세를 납부하여야 하는 자는, 공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라, 공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나, 공급받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자로 보아야 한다는 취지로 판시하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점거래처가 아니라 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 적법하게 수취하였다고 하나,

「부가가치세법」제39조

의 사실과 다른 세금계산서라 함은 세금계산서의 필요적 기재사항 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키며, 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중해야 하나, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우까지를 적법한 세금계산서로 인정해야 하는 것을 의미하지 않는 것이다.

청구법인은 쟁점약품의 주문, 대금지급 등을 계약상에 부합하게 이루어졌으므로 쟁점거래를 정상적인 거래라고 주장하나,

「부가가치세법」제39조

는 “세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있고, 대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결 등은 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한

「국세기본법」제14조

제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고, 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워넣기 거래’를 들 수 있는 것이라는 취지로 판시하고 있는바, 청구법인의 주장과 같이 발주서 및 세금계산서 교부ㆍ수취, 물품대금의 통장 입금 등 재화의 인도 또는 양도의 형식을 갖추었는지 등의 거래의 외관 또는 형식으로 세금계산서의 적법성 여부를 판단하는 것이 아니라, 쟁점세금계산서 상에 기재된 ‘공급하는 사업자’와 ‘공급받는 자’가 실질적으로 재화를 공급하고 공급받은 자인지 여부로 판단해야 하는 것이다.

청구법인은 대법원이 재화가 중간 거래처를 거치지 않고 최종 상대방에게 직접 운송되었음에도 중간 거래처의 재화 공급 사실을 인정하고 중간 거래처가 발급한 세금계산서를 적법한 세금계산서로 판시하였기 때문에 쟁점세금계산서 또한 적법하다고 주장하나, 대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결은 “거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다”라는 기존 입장에 따라, 중간 거래자가 실질공급자로서의 역할을 수행하였다는 사실을 근거로 거래당사자로서 해당 거래를 인정한 것으로, 중간거래자인 원고가 “국내 구매자들의 입찰공고에 응하여 입찰에 참가한 후 최저 입찰가로 낙찰받아 원고 명의로 국내 구매자들과 이 사건 물품 판매계약을 체결함으로써 국내 구매자들에게 직접 이 사건 물품을 공급할 의무를 부담하였고, 이를 토대로 OOO과 이 사건 물품의 수입계약을 체결하였으며, 실제 이행과정에서도 원고는 국내 구매자들에 대한 이 사건 물품의 공급자로서 계약상 책임을 이행”한 사실을 토대로 수출입 거래의 당사자로 인정한 것이고, 대법원 2018.2.13. 선고 2017도18890 판결은 중간 거래자인 피고인이 “이 사건 거래처와 구매조건의 변화, 반품, 단가 등을 협상하였고, OOO 등 이 사건 일부 거래처는 자신이 설탕을 구입하는 OOO에 OOO가 자신의 제품을 사용할 것을 요청하기도 하는 등 각 물품공급 계약의 중간매수인이자 거래당사자로서 일정한 역할을 수행하였다”는 사실을 근거로 중간거래자로서 거래당사자임을 인정한 것으로, 법원이 중간에 개입된 업체가 실제로 영업활동을 하거나 거래과정에서 한 역할이 뚜렷하지 않다고 하더라도 중간거래처의 재화 공급사실을 인정하고 중간 거래처가 발급한 세금계산서를 적법한 세금계산서로 판시하였다는 청구주장은 사실관계를 왜곡한 것이다.

청구법인은 ‘OOO 구매가 및 청구법인 공급가 인상의 건 공문’을 제시하면서 OOO이 쟁점약품 가격에 대한 모니터링 및 가격 조정업무까지를 수행하였다고 주장하나, 구매담당 직원의 진술 등에 따르면, 쟁점약품 관련 거래수량, 최소발주량, 상품불량문제 및 공급가격 등의 거래를 체결하고 유지하는 과정에서 통상적이며 필수적으로 발생하는 사항을 논의하고 결정한 거래상대방은 OOO이 아니라 쟁점거래처이고, 매입단가 및 수량 등이 이미 청구법인과 쟁점거래처 사이에서 결정된 상태에서, OOO은 거래조건을 결정하거나 변경하는 데에 전혀 관여하였다고 볼 만한 근거가 없으므로 쟁점거래의 실질적 당사자라고 할 수 없다.

청구법인은 프랜차이즈 약국의 운영을 목적으로 설립된 OOO이 가맹약국에 쟁점약품을 판매하는 것만으로는 이윤 창출이 크지 않기 때문에 가맹약국 외의 일반약국을 상대하는 청구법인에게 쟁점약품을 판매하였다면서 쟁점거래의 과정에서 중간에 개입한 합리적인 이유가 있다고 주장하나, 2014년부터 2018년까지 OOO이 거래처에 교부한 전자매출세금계산서 상의 품목을 보면, 쟁점약품은 유일하게 청구법인에게만 공급되었을 뿐, 가맹약국으로 판매된 적은 없는 것으로 나타나 청구주장에 설득력이 부족하다.

(3) 조사청이 쟁점거래처에 대한 현장확인한 결과, 쟁점거래처가 쟁점약품의 수량 부족, 최소발주량의 상향조정 요청, 제품불량에 대한 소명 및 보상내용, 공급가격 인상 등에 대하여 청구법인과 공문을 통해 공식적으로 거래를 유지ㆍ변경ㆍ진행한 사실이 확인되므로 쟁점거래처가 쟁점약품을 OOO에 공급한 것으로 세금계산서를 발급 및 교부한 거래의 외관과 형식에 불구하고 거래의 실질당사자는 청구법인과 쟁점거래처로 보아야 한다.

또한 청구법인은 OOO과 영업대행계약을 체결하여 자신의 영업소 직원을 통해 OOO을 위한 영업활동을 제공하는 과정에서 2014년부터 2015년까지 OOO원 상당액의 수수료를 과소하게 수취하였고, OOO이 주관하는 학술강의 시 청구법인의 제품을 홍보하고 청구법인이 운영하는 온라인 홈페이지 및 소식지에 청구법인의 제품의 광고이미지를 게시하는 대가로 광고대행수수료를 지급하는 과정에서 2014년부터 2015년까지 OOO원 상당액의 수수료를 과다하게 지급하였으며, OOO에 OOO를 임대하고 2014년 제2기부터 2017년 제2기 부가가치세 과세기간까지 OOO원 상당의 임대료를 과소하게 수취하는 등 다양한 방법으로 재무적으로 부실한 계열회사인 OOO(2018사업연도 법인세 신고기준 이월미처리결손금 OOO원)을 부당하게 지원한 사실 등이 있다.

(4) 청구법인은 쟁점약품을 OOO을 통해 매입하는 쟁점거래를 통해 회피되는 부가가치세가 존재하지 않기 때문에 실질과세의 원칙을 적용하여 거래를 재구성하여 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하나, 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세 뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행 또는 수취하지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 관련 법령의 입법 취지에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 판단하는 기준은 ‘조세회피 의사’ 및 ‘그로 인한 조세회피 결과’가 있었는지 여부와 무관하게, 공급하는 사업자, 공급받는 자 등 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하는지의 여부에 달려 있는 것이다(청주지방법원 2017.7.20. 선고 2016구합11389 판결 등 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수입, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 도는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이법 또는 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같이 사실들이 확인된다.

(가) OOO은 프랜차이즈 약국의 운영을 목적으로 1993년 10월경 설립된 후 청구법인의 계열회사로 편입되었고, OOO가 1996년 10월부터 2004년 11월까지 대표이사로 재직하였으며, 2004년 11월부터 현재까지 청구법인의 OOO이 대표이사직을 겸직하고 있고, 2018년말 기준 청구법인, OOO 및 OOO의 지분이 각 49.06%, 22.26%, 15.26% 등으로 청구법인의 특수관계법인이다.

(나) OOO의 2014년부터 2018년까지 평균 상근근로자 인원은 20명이고, OOO, 청구법인의 OOO 및 OOO 외 직원 6명은 같은 연도에 OOO과 청구법인으로부터 동시에 급여를 지급받거나 소속을 옮기면서 근무를 하였던 것으로 확인된다(아래 ＜표2＞ 참조).

OOO

(다) 쟁점약품은 쟁점거래처로부터 OOO에 입고된 당일 또는 직후에 청구법인에게 전량 출고되었음이 쟁점세금계산서 상 공급일자, 수량 및 품목 등을 통해 확인된다(아래 ＜표3＞ 참조).

(2) 청구법인은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 OOO으로부터 쟁점약품의 실물을 공급받아 정상적으로 대금결제를 하는 등 쟁점거

(가) 청구법인은 OOO에게 구매요청서를 통해 쟁점약품을 주문하고, OOO은 청구법인으로부터 주문 사실을 확인한 후, 쟁점거래처에게 쟁점약품에 대한 발주서와 함께 주문을 하였다.

(나) 쟁점거래처는 OOO으로부터 주문 사실을 확인한 후, 쟁점약품을 운송기사를 통해 청구법인에게 직접 운송하고, 청구법인이 쟁점약품을 정상적으로 인도받으면 OOO은 청구법인에게 거래명세서와 세금계산서를 발급하였다.

(다) 청구법인은 쟁점약품에 대한 대금지급 의무와 관련하여, 관리항목원장과 같이 OOO에 대한 외상매입금으로 회계처리하고, OOO 또한 거래처원장과 같이 쟁점약품 대금을 쟁점거래처에 대한 외상매입금으로 회계처리를 하였다.

(라) 청구법인은 OOO에게 쟁점약품 대금을 결제하고, OOO은 쟁점거래처에게 쟁점약품 대금을 결제하였다.

(마) 청구법인은 ‘OOO 구매가 및 청구법인 공급가 인상의 건’공문을 제시하면서 OOO이 쟁점거래처로부터 쟁점약품을 공급받아 이를 그대로 청구법인에게 공급하는 역할만 수행한 것이 아니라, 쟁점약품 가격에 대한 모니터링 및 가격 조정업무까지를 수행하였다고 주장한다.

(바) 처분청은 OOO이 쟁점약품을 운송하지 않고, 쟁점거래처가 청구법인에게 직접 운송한다는 점을 문제삼았으나, 운송에 대한 경비절감 및 편의성 등을 감안하여 OOO에서 쟁점약품을 보관하지 않고 직접 청구법인에게 운송한 것으로 사업상 합리성이 인정되는 관행이고(대법원 2003.12.26. 선고 2001다46730 판결 등 참조), 국세청도 중간단계를 거치지 않고 상품을 직접 실수요자에게 배송하였다고 하더라도 그와 같은 거래사실을 부인할 수 없다는 취지로 다음과 같이 해석(부가-1038, 2013.10.31.)하고 있다.

OOO

(사) 쟁점거래를 하게 된 이유는 OOO의 영업과 가맹약국을 관리하는 OOO가 가맹약국을 방문하던 중 해당 약사들로부터 고객들이 많이 찾는 눈영양제와 구강항균에 도움을 주는 OOO 품목을 OOO에서 취급해 주었으면 하는 요청사항을 받고, 약사들의 건의사항에 대한 의견을 수렴하여 OOO의 경영진에 보고를 하였고, 이사회를 통해 쟁점약품의 판매처 등에 대하여 기획한 결과, 쟁점거래처의 쟁점약품을 매입하기로 결정하고, 다만 OOO의 주거래처인 가맹약국에 판매하는 것만으로는 매출 및 이윤 창출이 크지 않으므로 일반약국도 취급하는 청구법인이 쟁점약품을 판매하기로 하였으며, 청구법인도 당시 OOO로부터 매입하던 의약품인 눈 영양제가 단종되어 새로운 눈 영양제를 사입하려는 시기라서 OOO으로부터의 OOO 등 판매제의를 수용하게 되었던 것이다.

(아) 청구법인은 당사자들이 선택한 법률관계를 부인하고 실질과세의 원칙을 적용하여 거래를 재구성하기 위하여는 무엇보다도 ‘조세회피 의사’ 및 그로 인한 ‘조세회피 결과’가 존재해야 하나, 쟁점거래에서는 조세 탈루가 전혀 발생하지 아니하였음에도, 이 건 부가가치세 과세처분을 위하여 쟁점거래를 부인하고 끼워넣기 거래로 재구성하는 것은 허용될 수 없다는 취지로 항변을 하였다.

(3) 처분청은 다음과 같이 증빙 등을 제시하면서 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라는 의견이다.

(가) OOO의 사업자등록 상 사업장소재지는 OOO이나, 실제로 OOO의 직원들이 근무하는 장소는 청구법인의 사옥 건물 OOO(사무실 413.96㎡)이고, 청구법인의 OOO의 확인서에 의하면, 청구법인은 OOO의 자금집행 중 OOO원 이상 고액 거래의 자금집행을 관리 및 통제하기 위한 목적으로 2001년 이후부터 OOO의 사용인감, 금융거래용 공인인증서 및 일회용 비빌번호장치(OTP)를 보관 및 관리하고 있었다.

(나) OOO은 프랜차이즈 약국의 운영을 목적으로 설립된 프랜차이즈 본부임에도 별도의 영업직원이 없이 청구법인과 영업대행협약서, 판촉계약, 광고대행계약서 등을 체결하고, 청구법인으로부터 영업 및 광고대행용역을 제공받았다.

(다) 조사청은 이 건 세무조사 과정에서 청구법인의 구매담당인 OOO과 쟁점거래와 관련하여 문답을 실시하였고, OOO은 쟁점약품의 구매담당으로 수량부족, 최소발주량 조정, 제품불량의 대한 소명 및 공급가격 인상 등에 대한 거래당사자로서 OOO와 계속적ㆍ반복적으로 논의하였고, OOO의 OOO로부터 관련 공문(2013. 12.6. ‘OOO 수량 부족에 관련하여’, 2014.7.16. ‘OOO 불량 및 OOO 불량에 관련하여’ 제품불량 관련, 2014.2.13. ‘OOO와 관련하여’ 쟁점약품의 최소발주량 관련, 2016.2.12. ‘OOO 누수’ 제품불량 관련, 2018.5.25. ‘OOO 공급가 관련하여’ 공급가 인상 관련 등)을 수취하였다는 취지로 진술한 것으로 기재되어 있다.

(라) 조사청은 이 건 세무조사 과정에서 쟁점거래처에 대한 현장확인을 실시하고, 쟁점거래처와 청구법인 간에 주고받은 메일을 확보하였으며, 동 메일에는 두 법인 간의 입고 일정, 제품불량, 제품조사, 발주요청, 용기외부 한글표시사항 등이 기재되어 있었다.

(4) 청구법인은 2020.9.8. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인이 2014~2018사업연도 기간 동안 판매한 전체 품목 중 쟁점약품(OOO, OOO)이 차지하는 판매비중(매출액 대비 각 8.24%, 3.09% 및 약품 개수 대비 4.15%)과 관련한 자료, 쟁점약품 외에 OOO이 판매하고 있는 약품 종류 내역(약 125종), 쟁점약품의 반품 건 등과 관련하여 청구법인-OOO-쟁점거래처 간에 주고받은 메일 내용을 증빙으로 제시하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가)

「국세기본법」제14조

제3항은 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 법원은 “납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다”(대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결)는, “어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사항을 종합하여 개별적.구체적으로 판단하여야 한다”(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8363 판결 등 참조)는 취지로 각 판시하고 있다.

(나) 처분청은 쟁점거래에 있어 실질적인 거래상대방이 OOO이 아닌 청구법인과 쟁점거래처라는 의견이나, 청구법인과 OOO은 쟁점약품을 매매하려는 분명한 의사를 가지고 물품공급계약을 체결한 후, 쟁점약품의 주문 및 대금결제 등을 정상적으로 이행한 것으로 확인되는 점, OOO이 쟁점약품 가격에 대한 모니터링 및 가격 조정업무까지를 직접 수행하였고, 청구법인을 통한 더 많은 매출 및 이익창출을 위한 쟁점거래를 기획.도입하였다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 등 거래과정에 합리적인 이유가 존재하며, 회피하거나 탈루한 부가가치세액 등이 없는 것으로 확인되는 점, 쟁점거래에 있어 관련인 모두(청구법인의 회계팀 소속직원, 쟁점거래처 및 OOO의 구매 및 회계담당자 등)에 관한 증거들이 충분히 제시되지 아니한 채 OOO 등의 일부 진술만을 터잡아 쟁점거래를 실물거래가 없는 가공거래라고 보기에는 무리가 있어 보이는 점, OOO이 독립된 법인으로 쟁점약품 외에 다른 약품을 정상적으로 판매하고 있고 청구법인이 OOO을 끼워넣기 거래를 하기 위한 상장요건의 충족, 외형 부풀리기 및 직접적인 이익 분여 등의 뚜렷한 목적이나 이유 등이 객관적이고 구체적으로 확인되지 아니한 점, 쟁점약품이 OOO을 거치지 않고 최종 상대방인 청구법인에게 직접 운송되었다는 이유로 OOO의 공급 사실 자체를 부인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 단정하기에는 처분청 과세근거의 제시가 부족해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.