조심 2019중1455 (2024.02.19)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인 A(이하 “A”이라 한다)와 청구법인 B(이하 “B”라 하고, A와 합하여 이하 “청구법인들”이라 한다)은 백신제조업 등을 영위하고 있는 글로벌 제약회사(외국법인)로, 2001.4.30. 주식회사 C(이하 “C”이라 한다)과 소아용 5가 혼합 백신(D, 이하 “D”이라 한다)의 공동 개발 및 제조를 제휴하기로 하는 Collaboration Agreement(이하 “협업계약”이라 한다)를 체결하였으며, C은 2006년 9월 개발된 D에 대하여 WHO 사전적격성평가 인증을 취득함에 따라 청구법인들로부터 4가 백신을 수입하고 C 소유의 1가 백신을 혼합하여 D을 생산, 해외시장에 수출하였다(협업계약에 의한 D 개발 및 생산.수출거래를 이하 “쟁점거래”라 한다).

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2015.12.14.부터 2016.4.29.까지 C에 대한 법인세 세무조사를 실시한 결과 쟁점거래를 청구법인들과 C의 공동사업OOO으로 보고, C의 국내 사업장에 청구법인들이 국내 고정사업장을 둔 것으로 사업자등록이 이루어지도록 하였으며, 2016.8.12.부터 2016.10.25.까지 청구법인들 국내 고정사업장의 2009∼2015사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인들이 4가 백신 원재료를 C에게 공급하고 수취해야 할 원재료 대가보다 초과하여 수취한 금액을 D 공동사업에서 발생한 수익으로 보아 청구법인들에게 법인세 합계 OOO원을 결정.고지하는 내용의 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 C의 D 해외수출거래 영세율 과세표준신고에 대하여 C 단독명의가 아닌 공동사업자 명의로 하여야 함에도 이를 이행하지 않았다고 보아 ‘영세율과세표준신고불성실가산세’를 적용하고, 「부가가치세법」상 공동사업자 등록을 하지 않은 부분에 대하여 ‘사업자미등록가산세’를 적용하여 2018.12.3. 등 청구법인들에게 ＜별지＞ 기재와 같이 2012년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2019.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 청구법인들과 C은 「법인세법」 목적상으로도 공동사업자에 해당하지 않는다.

(가) 법원은 “공동사업”이라 함은 ① 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, ② 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, ③ 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, ④ 사업운영에 내부적인 공동관여 유무, ⑤ 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단해야 한다는 입장을 취하고 있고(서울행정법원 2011.5.27. 선고 2010구합10365 판결 참조), 나아가 “하나의 사업에 참여한 당사자들 간 공동사업에 관한 권리의무가 실질적, 경제적으로 공동으로 귀속하게 되는 것인지를 판단함에 있어서는 당사자들이 사업자등록, 소득세 신고내용 등의 형식과 출자에 이르게 된 사정과 출자 여부, 손익의 귀속 관계, 경영참가 여부, 당해 사업의 운영형태 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것이고, 이러한 과세요건 사실에 대한 입증책임은 과세권자에게 있다”고 보고 있다(대법원 2009.3.12. 선고 2009두744 판결 참조).

(나) 쟁점거래는 공동사업으로서의 요건을 갖추지 못한다.

1) 당사자 사이에 개별적인 출자가 없다.

청구법인들은 협업의 목표인 D의 제조를 위하여 기존에 개발된 백신물질 4가지(디프테리아, 파상풍, 백일해, B형 헤모필루스 인플루엔자)를 이탈리아 및 독일 소재의 공장에서 생산하여 C에게 판매하였고, C은 위 4가 백신을 구입하여 직접 생산한 1가 백신(B형 간염 관련 백신물질)과 함께 배합, 충전 및 포장작업을 수행하였는데 쟁점거래는 명백히 원재료 물질의 판매거래이므로 이를 출자로 볼 여지가 없다.

백신을 배합한 결과인 D은 청구법인들과 C이 합유하는 것이 아니라 C의 단독 소유라는 점을 보아도 C은 원재료 물질을 공급받으면서 그 구입대가를 지급하였을 뿐이라는 사실이 확인된다. 또한 각 회사는 설비 등의 투자를 각 회사의 계산과 책임하에 별도로 하고 있고 재고위험도 각 회사가 별도로 부담하였으며 마케팅 비용과 판매관리비 등의 제반 비용 또한 모두 각 회사가 개별적으로 부담하였다.

D의 생산에 있어 가장 핵심적이고 중요한 부분은 각 구성백신 자체에 대한 연구·개발 및 생산인데 청구법인들과 C은 5가 백신인 D을 구성하는 원재료 백신에 관한 연구개발은 단독·독립적으로 완료한 상태였고, C이 수행하는 2차 배합 등 그 이후의 과정은 단지 5개의 백신을 단순 결합하는 부수적인 공정에 불과하며 5가 백신인 D을 만들어내는데 공동부담한 연구개발비는 극히 제한적인 부분이라 일부 공동개발비를 부담하였다고 하여 이를 공동출자에 이르는 것으로 볼 수 없다.

2) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정이 없다.

청구법인들이 C으로부터 지급받은 대가는 청구법인들이 공급한 백신물질에 대한 판매대가이지 사업의 성과에 따른 이익배분이 아니다. 청구법인들이 공급한 4종류의 백신물질에 대한 구매대가를 D 판매이익의 OOO%로 산정하여 C으로부터 지급받고 있는데 이와 같이 청구법인들이 C으로부터 D 판매이익의 OOO%를 지급받는 것은 이익분할법을 활용한 백신물질 판매대가의 지급방식이지 사업의 성과에 따른 이익분배로 볼 수 없다.

단순히 이전가격이 이익분할법에 따라 책정되었다고 해서 사업의 손익이 공유되므로 공동사업을 한다고 본다면 이전가격 책정이 이익분할법으로 정해지는 모든 경우가 공동사업이라는 불합리한 결론에 이르게 된다.

청구법인들과 C이 공동사업자에 해당한다고 보기 위해서는 D 수출로 인한 손실을 포함한 모든 위험을 청구법인들과 C이 공동으로 부담하여야 하나 손실을 이익분배와 같은 방식으로 분배한다는 손실분배 약정 또한 존재하지 않고 마케팅 비용 및 일반 판매관리비도 공동으로 부담하지 아니한다.

처분청은 벌크공급계약서상 일방의 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우 공동으로 비용과 경비를 분담하도록 하고 있다는 의견이나 협업계약서를 보면 청구법인들에 의해 초래되거나 C 측에 귀속될 수 없는 원인으로 인한 경우를 제외하면 원칙적으로 C이 리콜비용을 전적으로 부담하도록 되어 있다.

또한 청구법인들과 C 간의 벌크공급계약서 Schedule G에 따르면 D의 실제 판매가격이 예상 판매가격보다 하락하는 경우라고 하더라도 D 예상 판매가격에 따라 계산된 원재료 이전가격에 대한 조정은 전혀 이루어지지 않는다.

즉, D의 가격하락으로 인한 이익의 감소 위험은 청구법인들이 아닌 C이 단독으로 부담하고 있고 심지어 가격이 크게 하락한 결과, 원가보다도 낮아지게 되어 D 제조.수출사업에서 손실을 보게 되는 경우 그 손실 발생의 위험을 C이 전적으로 단독부담하고 청구법인들은 제품 가격의 하락으로 인한 이익의 감소 위험 또는 손실 발생 위험을 전혀 부담하지 않는다.

3) 공동사업에 필요한 재산을 합유하고 있지 않다.

협업계약서상으로는 양 당사자가 D과 관련한 모든 협업기술과 협업재료를 공동으로 소유하도록 규정하고 있으나, 실제로 생성된 협업기술이나 협업재료는 없다. 당사자의 협업으로 인해 생성된 것은 오로지 D 자체인데 세계 공공시장에 수출된 D은 처음부터 C의 단독소유였다. 결국 청구법인들과 C은 공동사업에 필요한 재산의 어떤 것도 합유하고 있지 않으므로 이러한 점에서도 공동사업을 영위하고 있다고 보기 어렵다.

4) 각 당사자의 사업 운영에 대한 내부적 공동관여가 존재하지 않는다.

협업계약 제5.1조에 의하면 각 당사자는 약정에 따라 구분된 관할지역 내에서 각각 마케팅 및 판매에 대한 독점적인 권리(청구법인들은 그 외 시장에서의 판매권, C은 WHO, UNICEF 등의 국제기구를 통한 세계시장에 대한 판매권)를 가진다. C은 D의 유통, 판매를 독점적으로 영위하였고 청구법인들은 C의 D 제조 및 판매사업에 일절 관여한 적이 없다.

5) 대외적인 활동주체와 형식을 보아도 공동사업이 아니다.

처분청은 D에 양 당사자의 상호를 표기하고 있다고 하여 공동으로 제품 판매의 주체로서 활동하고 있다는 의견이나, 청구법인들과 C이 원재료의 공급자임을 표시하는 것에 불과하고 청구법인들과 C은 각 제품의 판매지역부터 구별되어 있어 대외적으로 공동으로 활동하고 있다고 볼 수 없으며 각종 마케팅 활동 역시 각각의 명의로 이루어졌다.

(다) 대법원 판례와 조세심판원 결정사례의 입장을 보아도 공동사업으로 볼 수 없다.

대법원 판례에서는 “조합계약은 2인 이상이 상호 출자하여 공동으로 사업을 경영할 것을 약정하는 계약으로서(

「민법」 제703조

), 특정한 사업을 공동 경영하는 약정에 한하여 이를 조합계약이라 할 수 있고 공동의 목적 달성이라는 정도만으로는 조합의 성립요건을 갖추었다고 할 수 없다”고 판시하고 있다(대법원 2007.6.14. 선고 2005다5140 판결 등 참조).

또한 대법원 판례는 수익금을 일부 배당하거나 수익을 지분비율에 따라 분배한다는 사정만으로 공동사업에 해당하지 않는다는 입장을 취하고 있는바(대법원 2008.7.10. 선고 2007다44965 판결; 대법원 2010.10.28. 선고 2010다51369 판결 참조), 이익분할법을 사용하여 이를 청구법인들이 C에게 판매하는 원재료 백신의 마진에 가산하였다는 사정만을 근거로 「법인세법」 목적상 공동사업자에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 「법인세법」 목적상 일부 공동사업의 요소들을 인정한다 하더라도 거래관계를 재구성하여 청구법인들의 「부가가치세법」상 세무처리를 부인하는 처분은 위법하다.

(가) 대법원은 「부가가치세법」상 당사자들이 형성한 사법적 법률관계를 존중하여 부가가치세 과세 여부를 판단하고 있다.

처분청은 C이 판매하는 D의 일부 이익이 마진으로 분할되어 청구법인들에게 귀속된다는 점에서 「법인세법」상 공동사업자에 해당한다고 보았으나 설령 이를 이익의 분배로 보아 「법인세법」 목적상 공동사업의 요소가 있다고 가정하더라도 사법적 계약관계의 외형을 중시하는 「부가가치세법」상으로는 원재료 매입거래 및 D 매출거래의 거래당사자가 아닌 자를 거래당사자로 의제할 수는 없다.

최근 대법원에서는 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 가지고 있으므로 「부가가치세법」상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생하는 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다는 입장을 명백히 밝힌 바 있다(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).

따라서 이와 같이 「부가가치세법」상 공급자 또는 공급받는 자의 판단에 있어서 계약의 외형을 중시하는 대법원 판례의 입장을 볼 때 C이 D을 최종 제조하여 매출처에 판매한 계약 또한 그 계약의 외형에 따라 「부가가치세법」상 재화의 공급자 및 공급받는 자를 판단하여야 하는 것이다.

(나) D의 계약상 판매자는 C이지 청구법인들을 포함한 공동사업자가 아니다.

최종 생산된 D을 해외시장에서 판매한 계약상 판매자는 C일 뿐 공동사업자가 아니고 판매자로서 대금을 받을 권리를 가지는 것도 공동사업자가 아닌 C이며 만약 구매처가 대금을 미지급할 시에 그 위험을 부담하는 것 또한 공동사업자가 아닌 C이다.

즉, D의 판매계약에 있어서 계약상 공동사업자가 아닌 C이 단독 당사자로 계약을 체결하였다는 점, 계약상 판매자로서의 권리.의무를 가지고 모든 위험을 부담하는 것 또한 공동사업자가 아닌 C이라는 점 등을 고려하였을 때 D을 해외시장에 판매한 계약상 당사자 역시 공동사업자가 아닌 C임이 명백하다.

(다) 일부 공동사업자의 요소가 있다고 하더라도 구성원 1인이 세금계산서를 수취할 수 있다.

「부가가치세법 시행령」 제14조

제1항 제6호 규정에는 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경된 경우에는 사업자등록을 정정하도록 규정하고 있으나, 같은 법 시행령 제69조 제15항 및 제14항은 “동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 조합원 또는 그 밖의 구성원을 위하여 재화를 공급하거나 공급받는 경우에는 구성원이 대표로서 세금계산서를 수취하고 발급받을 수 있다”는 취지로 규정하고 있고 반드시 공동사업자로 별도로 등록한 후 공동사업자 명의로만 세금계산서를 수취하고 발급하여야 한다는 법률 규정이 없다.

조세심판원은 공동사업자에 해당하는 사안에서 “공동사업자로 등록하지 않고 그 중 1명의 명의로 세금계산서를 수취·발급한 경우라도 그 공동사업이 기존에 건설업을 영위하였던 사업의 연장선이고 당해 사업의 부가가치세가 모두 신고·납부되었으므로 부가가치세 세원관리에 별다른 문제가 있다고 보기 어려운 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다”고 결정하였다(조심 2009서1637, 2010.5.4. 참조).

(라) 쟁점거래를 통해 부가가치세가 탈루된 바도 없고 세금계산서 발급의 거래질서를 어지럽힌 결과도 발생하지 아니하였다.

쟁점거래를 통해 관련 부가가치세가 모두 국가에 신고·납부되어 부가가치세가 탈루되지 아니하였을 뿐만 아니라 부가가치세 세원관리에 문제가 발생하지도 아니하였다.

조세심판원 결정 및 국세청 유권해석에서도 위탁거래(순액거래)의 요소가 강하여 일반 매매거래(총액거래)인지 여부가 모호한 사안(즉 공급계약의 당사자가 누구인지 모호한 사안)이라고 하더라도 총액거래를 통하여 부가가치세가 탈루되거나 거래단계가 왜곡된 사실이 없는 점 등을 고려하여 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다는 입장을 밝힌 바 있다(조심 2016부275, 2016.12.20.; 조심 2014구3765, 2017.11.8.; 국세청 서면 2016-법령해석부가-2429, 2015.12.14.).

(3) 결국 청구법인들과 C이 협업계약을 체결하였다는 사실만으로 양사가 공동사업을 영위하고 있다고 볼 수 없다.

처분청이 청구법인들과 C이 공동사업자라고 보고 더 나아가 C의 사업장이 청구법인들의 국내사업장에 해당한다고 본 것은 청구법인들이 C에게 공급하는 백신물질의 이전가격 결정방식을 전혀 이해하지 못하고 협업계약의 내용을 오해한 것에 불과하다.

또한 「법인세법」 목적상 이익분배라는 공동사업자의 요소가 일부 있다고 가정하더라도 대법원 판례는 부가가치세는 계약당사자들의 사법적 법률관계를 존중하여야 하는 세금이므로 이익의 귀속이 아닌 계약의 외형을 기준으로 부가가치세 과세 여부를 판단하여야 한다는 입장이라는 점, 이 건은 계약의 당사자, 공급계약의 권리.의무의 주체 및 위험의 부담자는 모두 공동사업자가 아닌 C이라는 점, 부가가치세법령 및 국세청 유권해석, 조세심판원 결정 등은 공동사업체의 요소가 일부 있다고 하더라도 그 중 구성원 1인이 세금계산서를 수수할 수 있다는 예외를 인정하고 있는 점, 이 건에서는 부가가치세가 모두 신고.납부되어 부가가치세 탈루가 발생하거나 부가가치세 세원관리에 전혀 문제가 발생하지도 않은 사안이라는 점 등을 고려할 때 C의 부가가치세 세무처리는 적법하다.

따라서 청구법인들과 C이 쟁점거래를 공동으로 영위한 것으로 보아 처분청이 청구법인들에게 부가가치세(가산세)를 부과한 처분은 위법.부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인들과 C은 협업계약에 따라 D 개발비용을 각 법인별 약정비율만큼 부담하고 수익을 6:4의 비율로 분배하며 연구실적 및 기술을 공동으로 소유하고 공동의 운영위원회를 설치하여 연구개발과 관련된 운영계획, 예산, 가격정책 등을 결정하고 있으므로 공동사업자에 해당한다.

(가) 공동사업이라 함은

「민법」 제703조

제2항에 의한 조합계약에 의하여 2인 이상이 서로 출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정하고 그 지분 또는 손익분배의 비율 등을 정하여 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 직접적으로 이해관계를 가지는 동업형태를 의미한다.

어떤 사업이 단독사업인지 공동사업인지 여부를 구별하기 위해서는 계약서의 형식이 동업계약 혹은 조합계약의 형태를 취하고 있는지 여부뿐만 아니라 (1) 당사자 사이에 개별적인 출자 여부, (2) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정의 유무, (3) 공동사업에 필요한 재산에 대하여 합유적 귀속 유무, ④ 사업 운영에 내부적인 공동관여 유무, ⑤ 사업의 대외적인 활동 주체와 형식 등 구체적·실질적 사정을 종합적으로 고려하여 판단해야 하고, 조합계약의 형태와 엄밀히 부합하지는 않는 대외적 활동의 징표들이 존재한다고 하더라도 공동사업의 핵심적 속성인 공동출자와 손익의 분배가 존재하는 한 공동사업으로 봄이 타당하다(서울행정법원 2011.5.27. 선고 2010구합10365 판결 참조).

나) 청구법인들과 C은 2001.4.30. 신제품 D을 개발하기 위해 협업계약을 체결하였고 동 계약에는 신제품 개발에 관한 내용뿐만 아니라 향후 제품생산 및 판매에 이르기까지 모든 사항을 기술하고 있으며 아래와 같은 협업형태를 이루고 있다.

1) 당사자 사이에 개별적인 출자가 이루어졌으며 출자비율에 따라 손익을 분배하고 있다.

청구법인들과 C은 협업계약에 따라 협업계약 이후 발생된 연구개발 비용의 OOO%를 C, OOO%를 청구법인들이 부담하고 있고 연구개발을 완료하여 상용화한 이후에는 D 매출액에서 제품 제조 및 판매과정에서 발생한 원재료비와 판매관리비를 공통경비로 차감한 순이익에 대해 연구비 분담비율에 따라 분배하고 있다.

제약업계 특성상 가장 큰 비중을 차지하며 또한 위험부담이 높은 연구개발비에 대해 분담약정 비율만큼 부담하고 그에 따라 이익을 분배하는 것은 공동사업에서 구성원이 개별적으로 출자하고 출자비율에 따라 손익을 분배한 것으로 볼 수 있고, 2013.2.1. 체결한 화해합의서에서도 C이 스스로 쟁점거래의 형태를 “이윤과 투자”로 표현하고 있으며 청구법인들 역시 “영업 및 이익의 배당”이라고 표현하고 있듯이 양 당사자 모두 쟁점거래를 공동사업으로 인식하고 있음을 알 수 있다.

2) 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정이 있다.

C은 D 판매이익에 대해서는 연구비 분담 비율인 OOO%만큼 청구법인들에게 분배하고 있고 2001.4.30. 체결한 벌크공급계약에서 D 매출가액을 청구법인들과 C이 합의한 최저 판매가액 이상으로 결정하고 있어 매출단가 하락으로 인한 손실이 발생하지 않지만 설령 손실이 발생하더라도 계약상의 이익분배와 같은 계산방식으로 분배해야 한다.

벌크공급계약서나 제품공급계약서에서 일방의 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우 공동으로 비용과 경비를 분담하도록 하고 있고 2011년 OOO공장 지연폐쇄에 따른 공장토지 소유주에게 지급한 영업외비용인 OOO원에 대해서도 이익분배 시 C의 매출원가에 포함하도록 하여 실질적으로 해당 손실을 분배한 사례도 있듯이 실제 손실도 분배하고 있다.

3) 공동사업에 사용된 협업기술을 합유형태로 소유하고 있다.

협업계약 제7.2조에 따르면 D과 관련한 모든 협업기술은 공동으로 소유하도록 하고 있고 어떠한 당사자도 상대 당사자의 사전 서면 동의 없이 협업기술에 관한 자신의 이권을 타인에게 인가할 수 없도록 하여 협업기술에 대해 처분이 자유로운 공동소유와 다르게 합유의 형태를 취하고 있다. 또한 양 당사자는 모든 협업재료에 대해서도 공동으로 소유하도록 하고 있으며, 상대 당사자의 사전 서면 동의 없이는 제3자에게 여하한 협업재료를 제공할 수 없도록 하여 단순한 원재료 공급의 형태로 보기는 어렵다.

4) 공동으로 사업운영에 직접 관여하고 있다.

양 당사자는 동수(2:2)의 대표로 구성된 운영위원회를 매년 2회 개최하여 판매와 관련된 보고 및 향후 판매계획에 대해 협의(만장일치 방법)를 하고 있고 운영위원회는 매년 11월 30일까지 차기 연도의 연간 계획 및 예산 수립을 지시하고 승인하며 세부사항으로는 당사자 각각의 지역에 대한 제품 예상 매출, 예상매출원가, 각 당사자의 예상 자본 지출, 제품 출시 이전에 사용된 비용 등에 관한 업무를 수행하는 등 사업운영에 직접 관여하고 있다.

5) 협업 당사자 모두를 쟁점거래의 대외적인 활동주체로 표현하고 있다.

청구법인들과 C은 D 제품에 양 당사자의 상호를 표기하고 있고 C은 WHO, UNICEF 등 국제기구를 통한 세계 공공시장(Public Market)에, 청구법인들은 세계 민간시장(Private Market)에서 제품을 판매하고 있으며 판매 후 이익을 OOO 분배하고 있듯이 각 당사자는 모두 제품 판매의 주체로서 활동하고 있다.

미국 국세청 유권해석에서도 C과 유사한 형태의 협업계약(Collaboration Agreement)을 체결한 당사자의 경우 연방소득세 징수 목적상 동업기업으로 간주된다고 명시한 바 있다.

상품의 개발 및 상품화와 관련하여 협업계약(Collaboration Agreement)을 체결한 두 기업(“A”와 “B”)이 있고, 양 당사자는 협의에 의하여 A는 B에게 제품을 미국과 캐나다에서 공동판촉하고 타국에서 개발 및 판매할 권리를 양도하였으며, 양 당사자는 미국과 캐나다에서 제품개발 및 판촉으로 인하여 발생하는 비용 일체를 협업체의 영업이익을 집행하여 지불하였고, 협업계약에서 명시된 비율에 따라 협업체에서 발생하는 이익과 손해를 분담한 사례에서 미국 국세청은 동업기업으로 명시하지 않은 협업계약에 대해 거래의 실질에 따라 동업기업으로 보아 과세하도록 하고 있으므로 실질 동업형태를 취하고 있는 쟁점거래에 대해 공동사업으로 보아 과세하지 않을 경우 우리나라의 과세권을 포기하는 결과를 초래하게 될 것이다.

(2) 협업거래를 공동사업으로 판단한다면 거래의 귀속이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 하므로 공동사업자의 명의로 세금계산서를 수취.발급하여야 한다.

(가)

「국세기본법」 제14조

에서는 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”라고 규정하고 있고, 부가가치세법 기본통칙 8-14-1에서 “2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자 명의로 신청하여야 하는 것”으로 규정하고 있다.

청구법인들은 거래의 외형을 중시하는 부가가치세의 특성상 거래의 실질적인 귀속자는 D 공동사업자라 하더라도 계약의 외형에 따라 「부가가치세법」상 공급자 및 공급받는 자를 판단하여야 한다고 주장하나, 거래의 귀속이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 한다는 실질과세의 원칙에 비추어 볼 때 협업거래를 공동사업으로 판단하였다면 이와 관련된 거래는 D 공동사업자의 명의로 행해야 하는 것이며 관련 판례 등(서울행정법원 2009.7.3. 선고 2008구합38896 판결; 대법원 2011.4.28. 선고 2009두11539 판결; 조심 2014전5736, 2015.5.6.; 조심 2010서1445, 2010.11.3.)에서도 같은 입장을 취하고 있다.

결국 C이 D을 해외시장에 판매한 것은 C이 아닌 공동사업자가 판매한 것으로 보아 공동사업자에게 ‘영세율과세표준신고불성실가산세’를 적용하여야 하고, 「부가가치세법」상 공동사업자 등록을 하지 아니한 것에 대하여 ‘사업자미등록가산세’를 적용하여야 한다.

(나) 청구법인들은 일부 공동사업자의 요소가 있다고 하더라도 구성원 1인의 명의로 세금계산서를 수취할 수 있다고 주장하나, 이는 공동도급자 중 1인이 세금계산서를 수취하고 공동비용 중 내부적으로 정산이 진행되어 구성원 간 서로 대가를 지급하고 수취하는 세금계산서를 발급·수취하는 경우에 한하여 예외가 인정되는 것이므로 청구법인들과 같이 일반적인 경우에 적용될 수 있는 것은 아니다.

따라서 청구법인들과 C이 쟁점거래를 공동으로 영위한 것으로 보아 처분청이 청구법인들에게 부가가치세(가산세)를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인들이 C과 공동으로 사업을 영위한 것으로 보아 D 해외수출거래에 관해 청구법인들에게 부가가치세 영세율과세표준신고불성실가산세를 부과한 처분과 「부가가치세법」상 공동사업자 등록을 하지 않았다는 이유로 사업자미등록가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법

제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제6조(납세지) ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

제60조(가산세) ① 사업자 또는 국외사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1퍼센트

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트

(3) 부가가치세법 시행령

제8조(사업장) ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

2. 제조업 : 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와

「개별소비세법」 제10조의 5

에 따른 저유소는 제외한다.

제14조(사업자등록 사항의 변경) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우

(4) 민법

제703조(조합의 의의) ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인들은 백신, 제약 및 일반 헬스케어를 중점적인 핵심사업분야로 두고 있는 글로벌 제약 그룹 OOO의 계열회사(외국법인)로서, OOO가 2006년 4월 OOO에 의해 인수되어 OOO와 OOO로 변경된 것을 2015년 2월 다시 청구법인들이 인수함으로써 현재의 명칭이 되었다.

(나) 이 건 부가가치세 과세기간인 2012년～2015년은 청구법인들의 명칭이 OOO 및 OOO였던 시기이었다.

(다) C은 1998년 주식회사 E의 전액 출자로 설립된 후 주식회사 E의 백신사업부를 인계받아 백신의 제조 및 판매업을 영위하고 있으며 주요 제조 백신은 D, OOO 등이다.

(라) 국세청 감사관실은 조사청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 조사청이 쟁점거래를 공동사업으로 보았다면 청구법인들과 C을 ‘D 공동사업자’로 사업자등록을 하여야 하고 D 공동사업자인 청구법인들과 C이 부가가치세 납세의무를 부담하도록 하여야 한다는 감사지적을 하였으며 이에 따라 처분청은 이 건 부가가치세를 고지하였다.

(마) 처분청이 C(OOO% 지분)과 D 공동사업자인 청구법인들(OOO% 지분)에 대해 부가가치세를 과세한 세부 내역은 OOO와 같다.

(바) 청구법인들과 C이 2001.4.30. 체결한 협업계약(Collaboration Agreement)의 주요 내용은 OOO과 같다.

(사) 청구법인들과 C이 2001.4.30. 체결한 대량공급계약(Bulk supply Agreement)의 주요 내용은 OOO과 같다.

(아) 청구법인들과 C이 2013.2.1. 체결한 화해합의서(Settlement Agreement)의 주요 내용은 OOO과 같다.

(자) 처분청이 제시한 공동사업에 관한 근거는 아래와 같다.

1) 협업계약서상 2000.12.1. 이후 초래된 연구개발비용의 OOO%를 청구법인들이, OOO%를 C이 부담하도록 되어 있고, 연구개발을 완료하여 상용화한 이후에는 D 매출액에서 원재료비와 판매관리비를 공통경비로 차감한 순이익에 대해 연구비 분담비율로 분배하고 있다.

2) 화해합의서상 C 스스로 거래 형태를 “이윤과 투자”로 표현하고 있고 청구법인들도 “영업 및 이익의 배당”이라 표현하고 있듯이 양 당사자가 공동사업으로 인식하고 있다.

3) 대량공급계약서 등에서 볼 수 있듯이 일방이 귀책사유에 해당하지 않는 리콜의 경우 공동으로 비용과 경비를 분담하고 있고, C이 2011년 OOO공장 지연폐쇄에 따른 공장토지 소유주에게 지급한 영업외비용 OOO원에 대해 C의 매출원가에 포함하도록 하는 등 실제 손실을 분배한 사례가 있다.

4) 협업계약상 모든 협업 기술을 공동으로 소유하도록 하고 있다.

5) 운영위원회를 매년 2회 개최하여 차기 연도의 연간 계획 및 예산 수립을 지시하고 승인하고 판매와 관련된 보고 및 향후 판매계획에 대해 협의를 하고 있는 등 사업운영에 직접 관여하고 있다.

6) D 제품에 양 당사자의 상호를 표기하고 있다.

7) 미국 국세청도 아래와 같이 C과 유사한 형태의 협업계약을 체결한 당사자가 연방소득세 징수 목적상 동업기업으로 간주된다고 판단하였다.

＜미국 국세청 유권해석 사례＞

(차) C의 대표이사 등에 대한 문답서에 기재된 내용은 OOO과 같다.

＜대표이사 F의 문답서, 2016.3.28.＞

＜정계영의 문답서, 2016.3.28.＞

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 C과 공동사업자에 해당하지 아니하고 설령 공동사업자의 요소가 일부 인정된다 하더라도 거래관계를 재구성하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 위법하다는 취지로 주장하나, 청구법인들과 C은 5가 혼합백신인 D의 공동개발 및 상용화와 관련하여 협업계약을 체결하고 해당 계약에 따라 양 당사자에서 동일한 수의 인원이 참여하는 운영위원회를 설립하여 예산 수립, 제품의 연구개발 및 상용화 관리, 가격정책 검토 등을 지시하고 승인하도록 하였던 점, 청구법인들과 C은 상당한 기간 동안 D을 공동으로 개발하였고 발생한 연구개발비를 OOO의 비율로 분배하였던 점, C은 거래당사자가 함께 실현한 거래순이익을 상대적 공헌도에 따라 분배하는 이익분할방법(D의 매출총이익의 OOO%에 상당하는 이익을 지급)에 의해 산정하고 있고 이에 따라 D의 판매가격을 운영위원회를 통해 결정하였으며 2011년 공장 지연폐쇄에 따른 C의 영업손실도 원가에 포함하여 이익을 분배하는 등 실질적으로 D 제품의 관련 이익과 손실을 약정 비율에 따라 분배하고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인들과 C은 대외적으로는 각자의 명의로 D을 판매하고 있으나 협업계약에 따르면 각 당사자는 제휴를 대표하여 자신의 이름으로 각자의 판매 및 시판지역에서 모든 시판 권한을 유지해야 하고 제휴 기술은 공동 소유권을 가지며 제휴 재료를 공동으로 소유한다고 약정한 것으로 나타나는 점, 청구법인들과 C 간에 체결된 2013.2.1. 화해합의서에 의하면 이윤과 투자의 합의 비율을 평등한 협력관계를 반영하여 변경한다거나 각 당사자가 협업 계약을 통해 기여한 가치를 반영하도록 영업 및 이익의 배당을 재조율한다는 점이 명시되어 있어 양 당사자들은 사실상의 공동사업 관계를 인식하고 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인들과 C은 사실상 공동사업자로 보이므로 처분청이 쟁점거래를 공동사업으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018중4437, 2020.6.8., 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.