조심 2009서1637 (2010.05.04)

1. OOO세무서장이 2009.2.2. 청구법인에게 한 2007년 제2기 부가가치세 375,888,710원, 2008년 제1기 부가가치세 261,790,330원, 2008년 제2기 부가가치세 146,374,580원의 부과처분은 이를 각 취소한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 부동산임대업 및 건설업을 영위하면서 2007.8.17. OOO주식회사〔이하 “OOO”라 한다〕 소유의 OOO 1095 토지 4,556.3㎡ 및 같은 동 1095-4 토지 1,484.8㎡ 합계 6,041.1㎡(이하 “전체토지”라 한다) 중 60% 지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 취득하고, 2007년 9월 OOO와 전체토지상에 주상복합건축물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양하기로 하는 공동사업약정서를 체결하고 공사에 착공한 후 2007년 제2기 ～ 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 시공사 등으로부터 청구법인의 본점 사업자등록번호OOO로 전체토지 중 쟁점토지 지분율에 해당하는 부분의 세금계산서를 교부받아 관련매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점건물 신축관련 사업이 공동사업에 해당하므로 청구법인이 기존 사업장과 별개로 사업자등록을 한 후 세금계산서를 수취하였어야 하나, 청구법인의 본점 사업자등록번호로 수취하였으므로 청구법인이 수취한 세금계산서 27건(공급가액 7,685,563,363원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 사실과 다른 세금계산서로 보아 2009.2.2. 청구법인에게 2007년 제2기 부가가치세 375,888,710원, 2008년 제1기 부가가치세 261,790,330원, 2008년 제2기 부가가치세 146,374,580원을 각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.3.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 1980년 설립하여 부동산임대업 및 건설업 등을 영위하여 왔으며, 청구법인이 최대주주로 출자하고 있는 관계회사 OOO가 1992.6.4. 전체토지를 취득한 후 할인점을 건축하여 12년 이상 OOO로 사업을 영위하던 중 전체토지 상에 주상복합아파트 신축.분양사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 영위할 목적으로 2006.6.29. 건축허가를 받고 OOO 건물을 철거하여 금융기관의 PF자금 대출을 받아 사업 추진을 하는 과정에서 자금 및 담보력 부족을 해소하기 위하여 2007.8.17. 청구법인에게 쟁점토지(전체토지의 60%)를 295억원에, 건축인허가 권리의 60%를 5억5천만원에 각 매도하기로 하는 내용의 부동산 매매계약을 체결하고, 2007.9.27. 소유권이전등기를 경료함과 동시에 쟁점사업에 관한 사업약정서를 체결한 후, 청구법인과 OOO가 2007.8.31. 쟁점사업에 대하여 OOO주식회사와 OOO주식회사를 수급인으로 하는 공사도급계약을 체결하여 2007.10.12. 착공한 후 2007.10.31. OOO주식회사와 관리형 토지신탁계약을 체결하고 2007.11.14. 쟁점건물의 건축주명의를 OOO주식회사로 변경하여 입주자를 모집하고 있으며, 청구법인은 쟁점사업 건축공사 현장에 아무런 인적.물적설비나 상주인원을 둘 필요가 없었으므로 2007년 제2기 부가가치세 확정신고시부터 청구법인의 본점 사업자등록번호로 쟁점세금계산서를 수취하였는바, 공동사업이라 함은 「민법」상의 조합계약에 의하여 2인 이상이 그 지분 또는 손익분배의 비율, 대표자 기타 필요한 사항 등을 정하여 공동으로 출자하여 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말하는 것으로서, 「민법」상의 조합계약에 의한 공동사업을 할 것인지 각자의 계산으로 사업을 할 것인지 여부는 전적으로 계약자유의 원칙에 따라 정할 문제로서, 청구법인은 「민법」상 조합계약이 아닌 부동산 매매계약을 체결하였고 부동산매매계약서와 공동사업약정서의 내용을 살펴보면, 쟁점사업은 청구법인과 OOO가 각자의 책임과 계산하에 독립된 사업시행을 하면서 공동으로 사업을 수행하기 위하여 잠정적으로 결성된 실체로서 구성원의 개성이 비교적 강한 특수한 형태인 공동수급체와 그 실질이 같으며, 사업을 위한 손익분배 비율, 대표자 및 기타 필요한 사항을 정하지 아니하였으므로「부가가치세법」상 공동사업에 해당하지 아니하여 공동사업자등록을 하여야 할 필요가 없는 것이다.

(2)

「부가가치세법 시행령」 제4조

제1항 제3호는 건설업에 있어서 사업자가 법인인 경우는 그 법인의 등기부상 소재지를 사업장으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 건설업법인으로서 신축건물 사업장마다 사업장을 설치할 필요가 없고, 쟁점사업은 PF대출에 의거한 사업으로서 PF대출약정 이전에 쟁점사업 시행에 관한 업무를 한 일이 없었으며, 쟁점사업의 시행 관련 업무 및 신탁계약 등 사업에 관한 대부분의 업무를 본사에서 직접 수행하였고 OOO주식회사가 시행사로서 사업을 추진하였으므로 주택건설업을 영위하는 청구법인의 쟁점사업에 대한 사업장은

「부가가치세법 시행령」제4조

제1항 제3호 규정이 적용되어 청구법인의 등기부상 소재지인 본점이 되는 것이며, 한편, 처분청이 청구법인의 거래실질 내용을 알고 있으면서도 2007년 제2기 예정분부터 2008년 제1기 확정분까지 청구법인에게 부가가치세 매입세액 전부를 환급함으로써 공동사업자등록을 할 필요가 없다는 신뢰를 갖게 된 후에 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 것은 1980년부터 20년간 성실하게 세금을 납부하여 온 청구법인의 신뢰를 깨뜨리는 것으로서 금반언의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되는 것이고, 조세포탈 의도 목적이 전혀 없었으며, 청구법인의 세무신고 방법으로도 부가가치세 세원관리상 아무런 문제가 없고, 부가가치세 신고 뿐만 아니라 모든 거래사실을 개별사업으로 판단하여 회계처리한 사실 등을 감안하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO는 전체 토지의 소유권이 공동지분(60:40)으로 되어 있는 상태에서 상호간에 투자비용 및 사업상의 위험, 분양수입금 배분 등을 전체토지 지분율에 따라 배분하기로 공동사업약정서를 작성하였고, 건물착공신고필증 및 건축허가서상에도 건축주가 청구법인과 OOO로 되어 있는 사실 등에 비추어 볼 때, 쟁점사업은 공동사업에 해당된다고 하겠으므로 별도로 공동사업자등록을 하여야 할 것이다.

(2)

「부가가치세법」제5조

제1항에서 사업자는 사업장마다 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하도록 규정하고 있고,

「부가가치세법 시행령」제4조

제4항에서 사업장을 설치하지 아니한 경우 사업자의 주소 또는 거소(사업장을 설치하지 아니하고 사업자등록을 하지 아니하는 경우에는 과세표준 및 세액을 결정.경정할 당시의 사업자의 주소 또는 거소를 말함)를 사업장으로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점사업을 공동사업으로 추진하고자 하였다면 공동사업의 대표자를 정하여 공동사업 영위 입증서류를 첨부하여 처분청에 사업자등록신청을 하였어야 함에도 공동사업자등록 신청을 하지 아니하고 청구법인의 본점 사업자등록번호로 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점사업이 공동사업에 해당하는지 여부

(2) 건설업법인간에 공동사업을 하면서 별도 공동사업자등록을 하지 아니하고 기존 본점 사업자등록번호로 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제4조 (신고·납세지) ① 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하여야 한다.

④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다.

제5조 (등록) ① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

제10조 (거래장소) ① 재화가 공급되는 장소는 다음 각 호에 규정하는 곳으로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화의 이동이 개시되는 장소

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 공급되는 시기에 재화가 소재하는 장소

② 용역이 공급되는 장소는 다음 각호에 규정하는 곳으로 한다.

1. 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 장소

2. 국내외에 걸쳐 용역이 제공되는 국제운송의 경우에 사업자가 비거주자 또는 외국법인인 때에는 여객이 탑승하거나 화물이 적재되는 장소

③ 제1항과 제2항에 규정하는 공급장소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제4조 (사업장의 범위) ① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

3. 건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다. 이하 같다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소.

④ 사업장을 설치하지 아니한 경우에는 사업자의 주소 또는 거소(사업장을 설치하지 아니하고 법 제5조 제1항에 따른 등록을 하지 아니한 경우에는 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 당시의 사업자의 주소 또는 거소를 말한다)를 사업장으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료를 보면, 청구법인은 2007.8.17. OOO가 소유하던 전체토지의 60% 지분을 취득한 후 2007년 9월 OOO와 전체토지상에 쟁점건물을 신축하여 분양하기로 하는 공동사업약정서를 체결하고 2007년 제2기 ～ 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점세금계산서를 청구법인의 본점 사업자등록번호로 각 교부받아 부가가치세를 신고하였으며, 처분청은 2007년 제2기부터 2008년 제1기까지 부가가치세를 환급하여 왔으나, 2008년 11월 현지조사를 통해 쟁점건물 신축관련 사업이 공동사업에 해당한다고 보아 별도로 공동사업자등록을 하지 아니하고 청구법인의 본점 사업자등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서의 공급가액 7,685,563,363원(2007년 제2기 2,855,651,480원, 2008년 제1기 2,040,540,000원, 2008년 제2기 2,789,371,890원)을 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세하였다.

(2) 청구법인 등의 법인등기부와 사업자등록증을 보면, 청구법인은 1980.3.6. ‘주식회사 OOO’라는 상호로 하고, OOO을 본점소재지로 하여 설립된 후 1997.1.3. 현재의 상호로 변경되었으며, 업태는 부동산, 건설업 등으로 되어 있고, OOO는 1984.1.10. OOO을 본점소재지로 하여 설립되었고, 업태는 건설업, 도매업 등으로 되어 있다.

(3) 처분청이 2008.11.6.～2008.11.12. 쟁점사업에 대한 현지확인 후 작성한 복명서(2008년 11월)를 보면, 공동사업자등록 없이 각 지분율만큼 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제 신고를 한 것과 관련하여 공동사업약정서 등 관련서류를 검토한바, 청구법인은 OOO와 공동사업을 영위한다고 보이므로 공동사업자등록 없이 청구법인 지분율(60%)에 해당하는 세금계산서를 수취한 것은 사실과 다른 세금계산서라고 판단한 것으로 되어 있다.

(4) 처분청이 제출한 쟁점세금계산서 27건의 매입세액 불공제 내역은 아래 표와 같이 되어 있다.

OOO

(5) OOO는 1992.6.4. 전체토지를 취득하고 할인점 OOO를 건축하여 사업을 영위하던 중 2006.6.29. 쟁점사업에 대한 건축허가를 받았다.

(6) 청구법인은 2007.8.17. OOO와 쟁점토지 등에 대한 ‘부동산매매계약’을 체결하여 전체토지의 100분의 60 및 건축인허가 등 권리 일체의 100분의 60에 해당하는 지분을 300억5천만원(토지 : 295억원, 건축 인허가 권리 : 5억 5천만원)에 취득하기로 하였고, 당해 매매계약서 제5조에서는 도급공사비 등 건축관련 투자비, 분양경비 등 각종사업비, 사업상 위험을 토지의 지분율에 따라 합리적으로 부담하기로 하였으며, 2007.9.27. 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 받았다.

(7) 청구법인과 OOO는 2007년 9월 ‘공동사업약정서’를 체결하였으며, 그 주요 내용을 보면 다음과 같이 되어 있다.

(가) 전체토지상에 주상복합건축물을 신축하여 분양하는 사업을 공동시행함에 있어서 사업상 위험 및 비용분담 등 의무사항과 사업시행에 따른 수익의 배분기준을 정하여 공동사업목적토지를 이용한 목적사업을 원활하게 실행할 수 있도록 한다.

(나) PF자금대출 및 분양보증 등 사업추진 및 운영을 위하여 필요한 경우 공동사업목적에 적합한 형태로 신탁(또는 담보제공)하기로 한다.

(다) 공동사업약정 후 쟁점토지를 이용한 쟁점사업을 성공시키기 위하여 신의성실로 협력하여 신속히 사업계획을 준비하기로 하며, 이후 공동사업과 관련하여 지급하는 도급공사비, 용역비, 부담금, 임차료, 분양경비를 비롯한 각종 사업비와 사업자금조달 및 상환, 사업상 위험을 토지의 지분율(60:40)에 따라 공동으로 부담하기로 한다.

(라) PF대출원리금 및 대출관련수수료는 청구법인과 OOO가 토지지분율에 비례하여 부담한다.

(마) 분양 및 운영으로 인한 수입금을 토지지분율에 따라 배분하기로 하며, 분양수입금으로 제6조에 열거하는 각종 투자비와 비용을 우선 지급함에 동의한다.

(8) OOO는 2007.8.31. OOO주식회사, OOO주식회사를 수급인으로 하는 ‘공사도급계약’을 체결하였다.

(9) 2007.10.8. 쟁점건물의 건축주를 OOO에서 청구법인과 OOO로 변경하고 2007.10.12. 건축물 착공신고를 하였다.

(10) 청구법인과 OOO는 2007.10.30. 자산운용회사를 OOO주식회사, 시행사를 OOO주식회사, 시공사를 OOO주식회사로 하여 ‘PF대출약정’을 체결하면서 주식회사 OOO으로부터 930억원을 대출받기로 하였다.

(11) 청구법인과 OOO는 2007.10.31. 수탁자를 OOO주식회사로, 시공사를 OOO주식회사로, 1순위 우선수익자를 주식회사 OOO으로, 자산운용회사를 OOO주식회사로 하여 ‘관리형 토지신탁 계약’을 체결하였으며, 주요내용은 다음과 같이 되어 있다.

(가) 전체토지 위에 쟁점건물을 건설하고 신탁재산으로 하여 분양하는 것을 사업목적으로 한다.

(나) 수탁자가 선정하는 건설회사가 건물을 건축하고 사업자금 차입을 결정하며, 수탁자가 신탁부동산에 대하여 분양처분, 수선.보존 및 개량 등을 할 수 있다.

(다) 특약사항으로 쟁점 사업의 건축주를 위탁자인 청구법인과 OOO에서 수탁자(OOO주식회사)로 변경하고 신탁기간을 5년으로 하며 쟁점사업에 필요한 모든 자금은 위탁자의 부담으로 차입하며, 쟁점사업 관련 일체의 세무업무 및 납부책임은 위탁자가 부담한다고 되어 있다.

(12) 먼저, 쟁점사업이 공동사업에 해당하는지 여부에 대한 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 공동사업이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말하는 것인바, 청구법인이 OOO와 체결한 쟁점토지 등에 대한 ‘부동산매매계약서’에서 도급공사비 등 건축관련 투자비, 분양경비 등 각종사업비, 사업상 위험을 토지의 지분율에 따라 합리적으로 부담하기로 약정하였고, 청구법인과 OOO가 2007년 9월 체결한 ‘공동사업약정서’에서 사업상 위험 및 비용분담 등 의무사항과 사업시행에 따른 수익의 배분기준을 정하여 쟁점사업을 원활하게 실행할 수 있도록 하고, 공동사업과 관련하여 지급하는 도급공사비, 용역비, 부담금, 임차료, 분양경비를 비롯한 각종 사업비와 사업자금조달 및 상환, 사업상 위험을 토지의 지분율(60:40)에 따라 공동으로 부담하기로 하였으며, 분양 및 운영으로 인한 수입금을 토지지분율에 따라 배분하기로 한 것과 쟁점토지신탁계약, PF대출 약정을 공동으로 추진한 점, 건축허가 명의를 청구법인과 공동명의로 변경한 점, 청구법인과 OOO가 2007년 제2기분～2008년 제2기 매입분에 대하여 실제 전체토지의 지분율에 비례하여 각 수취한 것을 종합하여 볼 때, 쟁점사업은 공동사업에 해당한다고 볼 수 있다 하겠다.

(13) 다음으로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부인 쟁점(2)에 대하여 살펴보면, 부가가치세는

「부가가치세법」제4조

규정에 따라 사업장 단위별로 부가가치세를 신고.납부하는 것이 원칙이라고 하겠으나, 위 규정의 예외로서 같은 법 시행령 제4조 제1항 제3호에서 건설업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에 그 법인의 등기부상의 소재지를 사업장으로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인과 OOO는 각 건설업법인에 해당하므로 각 건설사업장마다 사업자등록을 하여야 할 필요가 없고, 비록 쟁점사업을 공동으로 운영한다고 하더라도 쟁점사업의 신탁계약, 회계처리 등 사업에 관한 대부분의 업무를 각 건설업법인의 본사에서 직접 수행하였으며, 청구법인이 본점 사업자등록번호로 쟁점세금계산서를 교부받았다고 하더라도 실제 공급받은 재화.용역에 대한 부가가치세 신고는 처분청을 통해 정상적으로 이루어져 처분청의 쟁점사업에 대한 부가가치세 세원관리에는 별다른 문제가 있다고 보기 어려운 한편, 쟁점사업은 청구법인이 영위하는 기존 건설업의 확장으로서 그 신규 건설사업 관련 매입세액을 기존사업장에서도 공제받을 수 있다OOO고 할 것인바, 건설업법인인 청구법인이 다른 건설업법인과 공동의 쟁점사업을 추진하는 과정에서 부가가치세 신고 등에 대한 납세지를 처분청 관할인 쟁점사업 장소로 하면서 쟁점세금계산서의 사업자등록번호를

「부가가치세법 시행령」제4조

제1항 제3호의 규정에 따라 청구법인의 본점 사업자등록번호로 교부받은 것은 사실과 다른 세금계산서로 보기 어렵다고 하겠으므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호.제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.