조심 2012광1626 (2012.12.05)

OOO세무서장이 2012.3.2. 청구법인에게 한 부가가치세 2010년 제2기 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 전라북도 OOO에 본점 및 공장을 두고 국내에서 매입 또는 수입한 동스크랩 및 폐동을 용해.정련하여 순도 99.9%의 동을 생산, 이를 주조 압연한 후 전력선, 통신선, 변압기 등 기초산업제품 제조에 필수적으로 사용되고 있는 동선을 생산해 국내 전선회사(약 40개사)에 납품하고 있는 법인으로서, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO(2010.7.1. 개업하여 2010.12.31. 사실상 폐업한 개인사업자 610-19-4****, 대표 김OOO)으로부터 매입세금계산서 107매 OOO원(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)을 교부받아 당해 부가가치세 신고시 매입세액 OOO원을 공제받았다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에게 쟁점매입세금계산서를 발행한 OOO을 자료상혐의자로 조사하는 동시에 OOO이 발행한 쟁점매입세금계산서를 수취한 청구법인에 대하여도 2011.1.14.부터 2011.5.16. 기간동안 부가가치세 부분조사를 실시한 결과, OOO 김OOO이 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 매입세금계산서 OOO원을 수취하고 매출세금계산서 OOO원을 실물거래없이 교부한 사실과 다른 것으로 보아 김OOO을 자료상으로 고발(매출세금계산서 OOO원을 전부 가공거래분으로 확정, 부가가치세 OOO원 체납후 폐업)한 후, 청구법인이 OOO으로부터 위 과세기간동안 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세하도록 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 위 과세자료를 근거로 쟁점매입세금계산서를 교부받은 청구법인의 경우 폐동 등 실물거래는 있었으나 매입처가 사실과 다른 것으로 보아 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2012.3.2. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO은 1,140평의 사업장을 보증금 OOO원에 월임대료 OOO원을 지급하는 조건으로 임차하여 수억원을 투자하여 동 사업장에 계근기, 집게차 등 시설물을 설치한 사실과 처분청의 조사서에 나타난 바와 같이 운전기사들이 폐동을 OOO에서 상차하여 청구법인에게 운송하였다고 진술한 사실로 볼 때 OOO이 실제 폐동을 모아서 하치장에서 적재한 후 이를 매출하였음을 알 수 있고, OOO의 부가가치세 신고자료를 보면, 27명의 기사에게 운반비 OOO원을 지급하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 되어 있는 바, 1차당 1회 운반비가 거리에 따라 OOO원에서 OOO원인 점을 고려하면 344회(평균OOO원으로 볼 경우) 운반비를 지급한 것으로 추산되고 OOO의 총 공급가액 OOO원을 위 운반회수로 나눌 경우 1회당 OOO원의 폐동을 공급한 것으로 산정되므로 이는 실제 1차당 공급가액과 유사한 것으로 나타나며, 이러한 운반비 지급내역을 보더라도 OOO이 직접 폐동을 수집하여 운반비를 지급하고 청구인 등에게 직접 공급하였음을 알 수 있으며,

과세전적부심사 결정문에 인용된 통화기록에 대한 조사내용을 보면, “김OOO의 휴대폰 전화번화에 대한 통화기록으로 통화 상대방의 인적사항을 확인하였으나, 실매출처와 운전기사와의 통화기록만이 있을 뿐 실매입처와의 통화기록은 전혀 없으므로 이는 김OOO이 실사업자가 아니면 처음부터 계획적으로 근거자료를 은폐한 것이 확인됨”이라고 기재되어 있는바, 위 내용에 의하더라도, 김OOO은 실매출처 및 이를 운송할 운송회사와 통화하였음을 알 수 있어 실제 폐동을 공급한 사업자임이 확인되며, 폐동을 수집하는 것은 타인에게 위임할 수도 있고, 고물상들이 직접 가져오는 경우도 있으며, 휴대전화를 이용하지 않고 일반전화 등 다른 전화를 이용하여 거래를 할 수 있는 것인데 매입처와의 통화가 없다는 사유(조사반의 주장일 뿐 확인되지 않은 사항임)만으로 자료상으로 볼 수는 없고,

또한, 조사청은 OOO 대표자 김OOO을 영리를 목적으로 허위세금계산서를 작성·교부하였다는 이유로「특정범죄가중처벌등에관한법률」위반(조세) 혐의로 검찰에 고발하였는바, 검찰청은 거래 업체들로부터 제출받은 증빙자료 등의 검토를 통하여 OOO이 청구법인 등과 실거래 없이 세금계산서를 발행한 것으로 보기 어렵다는 이유로 쟁점매입세금계산서의 거래에 대하여 무혐의 처분한 사실로 볼 때 검찰조사를 통하여 청구법인과 OOO간의 거래는 가공의 거래가 아님이 확인되었는바, 이러한 객관적인 자료를 근거로 판단해 볼 때 OOO은 사업설비를 가지고 실제 폐동 도매사업을 영위하였음이 확인됨에도 불구하고 김OOO이 무자료판매 범죄조직 하수인이라는 주장은 근거없는 지나친 논리적 비약으로 밖에 볼 수 없으며,

대법원은 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는「부가가치세법」제17조 제2항이 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이라고 판시하고 있는바(대법원 2008두 16476, 2008.12.11.), 처분청이 OOO이 명의위장사업자라고 주장하면서도 실제 사업자가 누구인지 전혀 밝히지 못하고 있고, 현금거래이어서 자금추적도 전혀 할 수 없다고 하는 등 객관적인 증거도 없이 심증만으로 자료상이라고 하고 있으며, 검찰청에서 무혐의 결정까지 받고서도 추가적인 증빙없이 항고하는 등 계속 동일한 주장을 반복하는 것은 부당하다.

(2) 대법원은 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없는 것이므로 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할만한 충분한 사정이 있어야 만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있는 것으로 보아야 한다고 판시하고 있는 바(대법원 1997.9.30. 선고 97누7660 판결), 청구법인은 폐동 도매상의 경우 위장사업자가 있을 경우를 대비하여 실제 사업자인지 여부를 확인하기 위하여 내부적으로 지나칠 정도로 꼼꼼한 확인절차를 규정한 구매관리규정을 마련하여 시행하고 있으며, 구매업체등록심사 탈락업체가 15개사, 불시현장실사 결과 거래중단 조치업체가 12개사에 이른다는 사실은 청구법인이 자발적, 적극적으로 건전한 사업자로써 지켜야 할 상거래상의 주의와 노력을 다하고 있다는 것을 입증하는 단적인 사례로, 본건의 경우도 OOO이 실제사업자인지 여부를 확인하기 위하여 청구법인의 구매관리규정에 따라 모든 절차를 수행하였는바, 법원의 판례 및 조세심판원의 결정례에 따르면, 사업자가 선량한 관리자로서 주의의무를 다하여 거래상대방을 확인한 것으로 인정되는 경우에는 그 세금계산서상의 공급자가 사실과 다른 경우에 해당된다 하더라도 선의의 거래상대자로 보아 관련 매입세액이 공제되는 것으로 판결 및 결정을 내리고 있고, 청구법인이 구매담당직원에 대한 진정서를 인천지방검찰청에 제기한 바 청구법인은 선의거래당사자로 구매담당직원들은 김OOO이 자료상이라는 사실을 알았다고 볼 만한 객관적인 증빙이 없다하여 무혐의 통지받은 사실 등으로 볼 때, 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하고,

또한, 부가가치세 사무처리규정에 따르면, 부가가치세 담당과장은 사업자등록 신청자에 대한 사전확인(제9조 및 제10조)시 인 ·허가사항 검토, 임대차계약내용 확인 및 전산조회 절차를 거치도록 하고 있으며, 필요시 현장확인을 통하여 사업자 면담, 사업자금 출처, 구체적인 사업내용 및 사업계획, 전 사업자의 관계 및 전 사업자와의 양도, 양수내용 등을 면밀히 검토하는 방법으로 실사업자 여부를 확인하도록 하고 있고, 사전확인결과처리시(제11조) 명의위장사실이 확인되는 경우 실제 사업여부에 따라 실사업자명의로 사업자등록증을 발급하거나 사업자등록거부 하도록 하고 있으며, 또한 사업자 등록 후에도 사후관리(제12조)를 통하여 필요한 경우 현장확인 등을 실시하도록 규정하고 있으므로, 이와 같이 부가가치세 사무처리규정에 따라 사업자등록증 교부 및 사후관리시 본건과 같은 폐동 도매상의 경우는 위장사업자인지 여부를 철저히 관리하여야 하는데도 법적 의무가 있는 처분청이 자신의 의무를 소홀히 한 채, 위 사무처리규정보다 훨씬 철저히 실제 사업여부를 확인하도록 구매관리규정을 마련하고 이를 모두 준수한 청구법인에게 거래개시 당시 선의거래당사자로 볼 만한 사실확인을 잘못하였다고 주장하는 것은 부당하며,

조세심판원은 위장혐의자와의 거래단가가 정상업체와의 거래단가가 유사한지 여부를 선의의 거래당사지인지 여부를 판단하는 중요한 징표로 삼고 있는데(조심 2011전1946, 2012.4.24. 참조), 청구법인은 매일 9시경 구매할 원재료의 품목 및 단가를 결정하면 모든 거래업체에 대하여 동일한 가격을 적용하기 때문에 위장사업자와 거래한다고 하여 어떠한 추가적인 이익이 발생하는 것도 아니므로 OOO과 위장사업자와 거래할 동기가 전혀 없으며, 마지막으로, 처분청은 금지금에 대한 대법원 판결(2011.7.14. 선고 2010두8201 판결)을 들면서 청구법인이 선의의 사업자가 아니라고 하고 있으나, 금지금 거래의 경우에는 일련의 거래가 워낙 짧은 기간 내(불과 몇시간이내에 전체거래가 이루어지는 경우도 있음)에 이루어지므로 국가가 사전에 이를 차단하기도 어렵고, 금지금의 매입거래와 수출거래는 모두 금지금의 시세에 못 미치는 거래가격으로 이루어지는 등 그 거래형태가 본건과 현저히 달라 본건에 적용할 수 없으며, 동 판결에 의하더라도 납세자의 신의성실의 원칙은 고의나 중대한 과실로 이를 알지 못하는 경우에만 적용되는 것으로, 이에 대하여 대법원은 “수출업자가 중대한 과실로 그와 같은 부정행위가 있었음을 알지 못한 경우, 즉 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도 불구하고 거의 고의에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못하는 경우에도 적용된다고 봄이 상당하다.”라고 하고 있는 바(대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 판결 참조), 본건의 경우 청구법인의 지나칠 정도로 주의를 다하여 실제사업자인지 여부를 확인하였으므로 위 대법원판례에 의하더라도 선의의 사업자에 해당하며, 더욱이 대법원은 납세자의 신의성실의 원칙은 금지금의 경우 수출업자에게만 적용되고 청구법인과 같은 국내사업자간의 과세거래에는 적용되지 않는다고 하여 그 적용범위를 제한하고 있고(대법원 2011.2.24. 선고 2009두22317 판결), 또한, 납세자의 신의성실의 원칙을 가장 확대해석한 금지금에 대한 대법원 판결에 의하더라도 청구법인은 선의거래당사자에 해당하므로 처분청이 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO의 대표 김OOO은 2010.7.1. 개업일 이전에 같은 유형의 사업에 종사한 이력이 없으며, 위 사업장의 임차보증금등 사업초기 소요자금이 약 OOO원이 소요되는 것으로 추정되나 자금력이 없는 무능력자이고, 세무조사일 현재 동거가족도 없이 OOO 사업장의 컨테이너에서 생활하고 있는 명의대여자로, OOO 김OOO의 주거래 품목인 폐동은 전선회사 및 구리선을 제조하는 제련공장의 부산물과 재건축·재개발 등 철거건물에서 나오는 폐전선 또는 공사투입후 미소모 물량이 대량으로 거래되는 ㎏당 8,000원 내외의 고액원자재라는 점에서 일반적인 고물상에서 소량 다수 구입방법으로는 대량의 물량을 수집할 수 없음에도 OOO 김OOO은 2010년 제2기 부가가치세 과세기간내에 OOO원의 폐동을 매출한 것처럼 매출세금계산서 274매를 발행하고, 주거래 품목인 폐동관련 매입세금계산서는 수취없이 단지 운반비 등 OOO원의 매입세금계산서를 수취하여 이를 기준으로 계산된 부가가치세 OOO원을 신고하였으나 납부하지 아니하고 폐업한 자로서, 매출세금계산서 OOO원을 전부 가공거래로 확정하여 자료상으로 2011.6.29. 인천지방검찰청에 고발조치하였으며, 해당 고발건에 대하여 관할 검찰청에서 “폐동을 고물상으로부터 실제 매입하였다는 김OOO의 주장과 매출처인 청구법인 등이 제출한 매입원장, 계좌사본 등의 근거서류로 협의없음(증거불충분)”통보하였으나 항고하여 사건 계류중에 있는 점, 청구법인은 OOO으로부터 수취한 매입세금계산서 107매 OOO원에 해당하는 대금을 OOO 김OOO 명의의 OOO 계좌(110-306-01****)와 OOO발산동지점 계좌OOO, OOO김포지점 계좌OOO), OOO 검단사거리지점 계좌OOO, OOO지점 계좌OOO에 입금하였는바, OOO 김OOO은 이를 다른 매출금액과 함께 OOO원의 단위로 즉시 현금인출하였으나, 동 현금의 사용처는 밝히지 못하고 있으며, 또한 OOO 대표 김OOO은 경기도 OOO일대의 소규모 고철수집상으로부터 폐동을 매입하였다고 하나 본인의 휴대폰OOO통화기록에는 실 매입처와의 통화기록은 없으며, 대부분의 운전기사들도 김OOO과 직접 연락하지 않고 중개 운전기사의 연락을 받고 폐동을 운반하였을 뿐 그 출처에 대하여는 알지 못한다고 진술한 사실 등으로 볼 때 김OOO은 폐동 무자료판매 범죄조직의 하수인으로서 사업자번호를 발급받아 은행계좌를 개설하여 현금으로 자금세탁을 하여 주며, 세금계산서를 대신 발행하는 바지업체역할을 한 것이므로 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제부인하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 폐동관련 바지업체들이 6개월에서 1년 단위로 고액거래후 없어지고, 자료상으로 고발되는 등 정상거래를 위장하기 위한 목적의 세금계산서를 쟁점 매입처로부터 수취하는 등 바지업체들이 단기간 존속후 고액의 부가가치세를 무납부한 상태로 폐업하는 상황을 알면서도, 용광로의 계속가동에 의한 원가절감 등 자신의 이익을 위하여 출처가 불분명한 신생 사업자의 폐동을 소비하여 주고 쟁점매입세금계산서를 수취하였으며, 청구법인은 폐동 고물상의 담세력 및 사업능력 등을 고려하여 거래처와 상품을 선별하고 거래하였어야 함에도 부가가치세가 포탈된 물량임을 알고도 단기간 내 매출품목과 관련된 매입자료가 전무한 상태에서 거액의 매출세금계산서만을 발행한 100% 자료상인 OOO으로부터 자신의 이익(원가절감)을 위하여 정상거래 위장목적으로 부가가치세가 포탈된 물량에 대한 세금계산서의 수취를 지속한 것은 조세포탈행위를 묵인한 것이므로 선량한 관리자로서 주의의무를 다 한 선의의 거래당사자에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취함에 있어서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 2006.11.9. 설립한 법인으로, 2007년 10월에 전라북도 OOO에 본점 및 공장을 신축.준공하여 국내에서 매입(70%) 또는 수입(30%)한 동스크랩 및 폐동을 용해.정련하여 친환경 리싸이클링 기술과 세계 최고의 정련시술을 이용하여 순도 99.9%의 동을 생산, 이를 주조 압연한 후 전력선, 통신선, 변압기 등 기초산업제품 제조에 필수적으로 사용되고 있는 8mm동선재(Cu Rod)를 생산하여 국내의 주식회사 OOO 등(약 40개사)에 납품하고 있는 제조업을 주업으로 하며 매출액의 100%가 노출되는 법인으로, 2010년 매출액은 OOO원이고 매출원가는 OOO원으로 매출총이익이 OOO원(매출총이익율 5%)이고, 총 직원은 47명(대표이사 및 임원은 8명, 일반직원은 39명)이며, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO 김OOO으로부터 쟁점매입세금계산서(107매,OOO원)를 수취한 것으로 확인된다.

(나) OOO 김OOO은 40세의 미혼으로 OOO 개업 이전에 1톤 트럭 1대를 가지고 사업자등록없이 김포 및 주변도시에서 고철사업을 한 적이 있는 자로서 사업장의 임대보증금 등 사업초기 소요자금이 약 OOO원으로 추정되나 자금력이 없는 무능력자이며 동거가족도 없이 컨테이너박스에서 생활하고 있는 자로, 2010.7.1. 경기도OOO과 보증금OOO에 임대차계약을 하고 임대보증금 등을 OOO(증권계좌 OOO)과 OOO(계좌번호 OOO)을 통하여 지출하였으며, OOO의 사업장에는 계근대, 집게차, 고철, 야적장, 컨테이너 등이 설치되어 있고, OOO의 2010년 제2기 부가가치세 과세기간중 매입자료를 보면, 폐동 매입 관련 세금계산서 수취는 없고 단지 27명의 기사에게 운반비OOO원을 지급하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 되어 있는 바, 동 운반비를 1차당 1회 운반비가 거리에 따라 OOO원에서 OOO원인 점을 고려하면 344회(평균 OOO원으로 볼 경우) 운반비를 지급한 것으로 처분청의 조사복명서상 확인된다.

(다) 조사청은 김OOO의 휴대전화OOO에 대한 통화기록으로 거래상대방의 인적사항을 확인하고자 하였으나 매출처 및 운전기사와의 통화기록만이 있을 뿐 실 매입처와의 통화기록은 전혀 없으며, 대부분의 운전기사는 김OOO과 직접 연락하지 않고 중개자와의 연락을 통하여 폐동을 운반하였고 그 실매입처에 대하여는 알지 못한다고 진술한 사실이 있고, 거래대금의 입.출금현황조사결과에 의하면 김OOO은 은행 CCTV자료 분석결과와 같이 세금계산서에 상당하는 입금액을 본인이 직접 현금출금하여 사용하였음에도 이에 대한 사용처의 소명이 없는 점 등을 근거로 김OOO이 OOO의 실사업자가 아니고 처음부터 계획적으로 근거자료를 은폐하기 위한 것으로 판단한 것으로 나타나며,〈표1-2〉와 같이 조사청이 파생한 OOO으로부터 청구법인과 동일한 과세기간에 매입한 매입처들의 과세자료에 대한 현재까지의 처리상황을 보면 주식회사 OOO을 제외한 대부분 거래처들은 자료상으로 확정된 OOO으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 나타나고 있다.

OOO

(라) 청구법인은 OOO이 폐동을 공급하고 매출세금계산서를 발행하면 구매자금대출을 받을 은행을 지정하여 통보하고, OOO이 은행의 구매대출 온라인입력 화면에 세금계산서등 사항을 입력한 후 청구법인이 승인하면 구매자금 대출금이 집행되어 OOO의 예금계좌[OOO 김OOO 명의의 OOO 계좌OOO)와 OOO 계좌(OOO), OOO 계좌OOO, OOO지점 계좌OOO]에 입금하는 방식으로 거래하면서 2010년 제2기에 공급가액 OOO원)의 쟁점매입세금계산서를 수취한 후 수취일로부터 1～2일 후 OOO원을 금융기관으로부터 구매자금을 대출받아 OOO 예금계좌로 온라인 입금한 것으로 나타나고 있고, OOO 김OOO은 청구법인이 입금한 거래대금을 금융기관으로부터 인출시 OOO에서 차량을 렌트하여 이동하면서 차량을 2번나 바꾸는 방법으로 해당 금융기관에 접근하여 다른 매출과 관련된 입금액과 함께 OOO원의 단위로 현금인출.사용한 사실이 있으나 사용처에 대한 소명자료를 제시하지 못하고 있음이 2011.2.14. 조사청에서 작성한 김OOO의 문답서에 기재되어 있다.

(마) 조사청은 김OOO이 2010년 2기 부가가치세 예정분은 무신고하였으며, 2010년 2기 부가가치세 확정신고시 무신고하였던 2010년 2기 부가가치세 예정분을 포함하여 매출세금계산서 274매 OOO원, 운반비 등과 관련된 매입세금계산서OOO원으로 하여 납부세액을 OOO원으로 신고하였으나 무납부한 사실을 확인하고 자료상혐의자의 조세포탈혐의로 인천지방검찰청에 고발하였으나, 인천지방검찰청이 고발자의 주장대로 피의자가 실질적으로 사업을 한 사람이 아니고 명의만 대여해주고 세금을 뒤집어 쓰는 일명 폭탄이라는 이유로 실 사업행위자가 발행한 세금계산서로 보기 어렵다며 증거불충분을 원인으로 무혐의결정한 사실이 있고, 이에 대하여 조사청은 다시 OOO 김OOO을 “폐동은 kg당OOO원 내외의 고액 원자재로써 폐동 발생장소는 전선회사 및 전선회사에 납품하는 가는 구리선을 제조하는 제련공장의 부산물과 재건축.재개발 철거건물에서 나오는 폐전선과 공사하고 남은 자재에서 대량으로 나오는 것이나 동네 고물상에서 소량 다수 구입방법으로는 6개월의 단기간내에 6천톤이라는 폐동을 수집하여 납품하기는 불가능한 것이고, 성명불상의 자료상범죄조직의 하수인의 사업자명의로 세금계산서를 발행하는 구조로 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하는 방법으로 조세포탈을 용이하게 한 자”라고 하여 2011년 12월경 서울고등검찰청에 항고(2011지불항937호)를 하였는바, 김OOO의 행방불명으로 현재 기소중지상태에 있는 것으로 확인된다.

(바)「부가가치세법」제17조 제2항 제2호에 의하면, 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(사) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인에게 폐동을 납품하였다는 OOO은 운반비용에 따른 매입세금계산서만 있을 뿐 실제 폐동에 관한 매입자료가 전무한 사업자로 구체적인 폐동의 매입처를 소명하고 있지 못하고 있는 점, OOO의 사업자 김OOO의 자금능력 및 사업경력과 폐동관련 운반비용에 해당하는 세금계산서는 있으나 실제 폐동을 매입한 것으로 볼 만한 실매입처에 대한 증빙자료가 없는 점, OOO 김OOO은 청구법인이 입금한 거래대금을 금융기관으로부터 인출시 OOO에서 차량을 렌트하여 이동하고, 차량을 2번 바꾸는 방법으로 금융기관에 접근하여 다른 매출금액과 함께OOO원의 단위로 즉시 현금인출한 것으로 2011.2.14. 조사청에서 작성한 김OOO의 문답서에 기재되어 있는 점, OOO은 2010년 제2기 예정분 부가가치세 신고를 하지 않고 동 예정분을 확정신고에 포함하여 신고한 후 관련 세금을 납부하지 않고 2010년 2기 종료후 사실상 폐업한 법인으로 비교적 단기간인 6개월의 사업기간 및 신고한 부가가치세를 전액 무납부한 후 무단폐업한 후 행방불명된 점 등으로 볼 때 OOO 김OOO은 매출세금계산서만 교부한 사업자로 6개월에서 1년 단위로 고액거래후 없어지는 전형적인 자료상으로 보이는 점에서 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 동종 업계의 선두업체로서 100대 기업 중 전북지역의 속한 기업은 하나도 없는 열악한 상황에서 2011년 코스닥시장에 등록을 목표로 하여 거래 및 회계의 투명성에 최선을 다하여 전북지역에서 매출액 기준 9위에 오를 정도이나 매출액 대비 당기순이익이 약 2.2%에 불과할 정도로 이익률이 낮음에 따라 자료상과 부정하게 거래하다가 적발되는 경우 매입세액불공제는 물론 가산세 부담으로 회사의 존폐문제가 발생되는 영업 및 재무구조이기 때문에 매일 아침 거래개시시점에 청구법인이 필요로 하는 원재료 품목 및 단가를 전체 고물상에게 동일하게 제시하여 동 단가로 거래를 하였고, 매입단계에서 검증메뉴얼을 준비하여 거래단계마다 철처하게 (1) 거래처와 거래개시전 검증[① 거래처 대표자의 청구법인 방문 요구, ② 대표자 방문시 신분확인을 위한 사진촬영, ③ 거래계좌 신고서 및 거래처, 대표자 신분확인서류 징구, ④ 국세청 홈페이지를 통한 사업자 현황조회, ⑤ 거래처 현장실사를 통한 실재성 확인, ⑥ 검토 결과 대표이사에 보고 및 승인]과 (2) 거래진행과정에서의 검증[① 계근표(입고당시 운송차량 및 저재 폐동 CCTV 촬영, 차량번호, 중량, 인수량, 운송한 운전기사의 자필서명 등 기재) 작성 및 관리, ② 원자재 입고시 계량하여 중량 정산 후 거래가액 확정, ③ 매입대금을 신고한 금융기관 계좌로 이체지급, ④ 거래처 사업장 불시 방문하여 실제 사업여부 확인]의 절차를 거치는 등 거래처들로부터 대표자의 인권 침해, 계근대 설치 강요 등의 사유로 비난을 받을 정도로 철저하고도 강도 높게 청구법인이 할 수 있는 모든 수단으로 동원하여 아래 (나)와 같이 거래단계마다 구체적인 구매관리절차를 준수한 사실이 있다고 주장한다.

(나) 청구법인이 거래단계마다 위장사업자를 색출하기 위한 장치를 보면 1)～2)와 같이 실시한 것으로 나타나고 있다.

1) 우선 청구법인은 검증메뉴얼에 따라 비정상거래의 차단을 위하여 원재료 매입하는 거래처에 대한 엄정한 관리(등록.심사 및 등록 후 중간 점검)를 통하여 실제 사업자인지 여부를 확인하여〈표2-1〉및〈표2-2〉와 같이 구매업체등록심사단계에서 15개사를 탈락업체로 확정하였고, 불시현장실사 결과 12개사와 거래중단한 실적이 있으며, 동 증빙은 내부결재과정을 거쳐 의사결정을 한 사실이 청구법인이 제시한 내부결재증빙에 의하여 확인된다.

OOO

2) 원재료 구매단계에서 청구법인은 매입원가 고시로 매입원가 투명성 제고에 따른 위장가공업체의 납품 차단노력으로 매일 오전 8시경에 청구법인의 거래처로 등록된 폐동수집업체에 한하여 당일 동시세와 생산재고를 감안하여 필요한 원재료의 품목 및 단가를 문의와 동시에 통보하고, 동 거래단가에 거래의사가 있는 업체와 거래결정하며, 청구법인은 매일 9시경 구매할 원재료의 품목 및 단가를 결정하면 모든 거래업체에 대하여 동일한 가격을 적용함으로써 OOO과의 거래단가도 동일자 다른 업체의 거래단가와 동일하거나 유사한 것으로 나타난다.

3) 구매대상 원재료가 청구법인의 사업장으로 운송되어 오면 청구법인의 검수기준에 따라 검수하면서 불순물의 감량을 실시하여 계근(CCTV 녹화)한 후 계근표에 운전기사의 성명 및 휴대폰번호 등의 자필서명을 받고 거래처에 계근량을 팩스로 통보하여 이의가 없을 경우 하역하고, 동 계근수량을 기준으로 매입세금계산서를 수취 및 거래대금을 송금하였으며, 청구법인이 매입처로부터 폐동 등을 구매할 당시 계량하였다고 주장하면서 제출한 계근표(입고) 사본들에는 청구법인에 폐동을 입고한 일자와 운송차량사진, 운송한 운전기사의 서명, 운송차량번호 및 구매한 폐동의 품목과 수량이 기재되어 있다.

(다) OOO과의 거래단계별 사업장 확인 등 위장사업자 검증여부에 대한 노력을 보면 아래 1)～4)와 같이 나타난다.

1) OOO의 거래처등록단계에서의 실사업자 확인내용을 보면,OOO으로부터 2010년 7월 초순경 청구법인에게 폐동을 납품하고 싶다는 문의가 와 청구법인의 구매팀에서 구매관리규정에 따라 OOO의 대표자가 직접 청구법인을 방문하여 줄 것을 요청하였고, 2010.7.12. OOO 김OOO이 청구법인을 직접 방문하여 청구법인의 구매담당 임원과 신분확인을 위한 사진촬영 등을 하고, 정상사업자 증빙으로 청구법인은 OOO의 2010.7.16.자 거래계좌신고서(OOO)사본, 2010.7.6.자 대표자 김OOO의 인감증명서, 2010.7.6.자 주민등록등본(2010.7.2. 경기도 OOO로 전입, 세대원 없는 단독세대, 종전주소지 부산광역시OOO, 주민등록증 (김OOO)및 명함사본, 2010.7.7. 개설된 거래통장(OOO은행 발산동지점 OOO, 예금주 OOO 김OOO)사본, 2010.7.6. 서인천세무서장이 교부한 사업자등록증(2010.7.1. 사업개시일, 사업장 경기도 김포시 OOO 외 5개 필지, 도소매/고철, 비철금속 외) 사본을 제출받았으며, 이후 구매팀에서는 국세청 홈페이지상 사업자현황조회를 통하여 OOO이 2010.7.10. 현재 부가가치세 일반과세자임을 확인하고(청구법인이 증빙으로 제시한 국세청 사업자등록 조회결과 사본에 의하면 “조회하신 사업자등록번호 OOO은 2010.7.10. 현재 부가가치세 일반과세자로 되어 있습니다.”라고 기재되어 있다), 2010.7.16. OOO에 현장출장하여 사무실과 고철 집하장, 계근대, 폐동을 상하차할 수 있는 집게차, 주차장 및 폐동 재고 등을 확인하고 대표자 김OOO과 면담한 후 자체심사를 거쳐 청구법인의 대표이사의 승인을 받은 후 OOO과 거래를 시작하였다고 주장하며 현장방문 증빙으로 2010.7.16. 촬영하였다는 사진4장(컨테이너 1동, OOO 간판, 면담사진, 폐동 쌓아둔 장면, 계근대)을 제출하고 있다.

2) 거래처등록 후 실제 매입 폐동의 입고단계에서의 확인내용을 보면, 청구법인은 OOO으로부터 폐동을 운송받아 계량한 다음 중량정산 후 거래가액을 확정시키게 되며, 이 단계에서 청구법인은 입고당시 운송차량 및 적재 폐동을 CCTV로 촬영하고, 차량번호, 중량, 인수량, 운송한 운전기사의 자필서명 등의 정보를 담은 계근표를 작성하여 관리하고, 청구법인의 OOO과 실물거래하였다는 증빙으로 구매수불부 및 청구법인이 내부통제 목적으로 작성, 관리하는 경비일지를 작성하고 있는바, 경비일지(출입 및 물품 반출입 대장)는 청구법인에 반입 또는 반출되는 재고, 물품 등에 대하여 청구법인의 근무자가 반입(출)회사, 반입(출)자 성명, 대상물품, 차량번호, 입출고 시간, 수량 등을 기재한 것으로 이에 따르면 OOO으로부터의 스크랩 등의 반입 물량, 반입자, 차량번호, 차량 입출시각 등이 명확하게 기재되어 있고 담당 근무자의 서명까지 기재.관리한 사실이 원재료수불부 등에 나타나고 있으며, 최초거래일 이후 거래가 진행되는 기간 중 2010.10.29. 청구법인 구매팀이 자체적으로 실시한 OOO에 현장방문을 한 바, 그 당시에도 김OOO이 실제로 사업을 영위하고 있음이 확인되어 거래중단 등의 조치없이 거래를 지속한 것으로 진술하고 있고(불시 현장점검시 촬영한 사진 참조), 청구법인 관계자(이사 임OOO 등)의 설명에 의하면, 매입처로부터 폐동의 거래의사 표시가 있는 경우에는 거래처로부터 정당한 사업자임을 확인하는 관련증빙을 받고 청구법인의 임원(임OOO)이 직접 2차례 거래당사법인(OOO)을 방문하여 전문적인 용어를 질문하는 등 직접적인 사업자인지 여부를 확인하였으나 OOO의 대표자인 김OOO은 전문용어를 잘 알고 있는 자로 실제 사업장 내에 폐동이 쌓여 있었고, 거래처로 몇 곳에 대한 인적사항 및 거래사항을 진술함에 따라 더 이상 질문할 수 없어 실제사업자로 인식하였고, 청구법인측에서는 폐동을 매입한 후 매입한 만큼 매입대금을 지급하기로 하는 등 실제 사실관계를 확인하고 거래를 시행한 것으로 진술하면서 거래시작 3개월 후인 2010.10.29. 청구법인 구매팀의 불시 현장방문시 촬영하였다는 사진 4장(김OOO, 폐동 쌓아둔 장면, 사무실 장면 등)을 제출하고 있다.

3) 청구법인은 OOO이 폐동을 공급하고 매출세금계산서를 발행하면 구매자금대출을 받을 은행을 지정하여 통보하고, OOO이 은행의 구매대출 온라인입력 화면에 세금계산서등 사항을 입력한 후 청구법인이 승인을 하면 구매자금 대출금이 집행되어 OOO의 예금계좌[OOO 김OOO 명의의 OOO]에 입금하는 방식으로 2010년 제2기에 공급가액 OOO원)의 세금계산서를 수취한 후 수취일로부터 1～2일 후 OOO원을 금융기관으로부터 구매자금을 대출받아 위 OOO 예금계좌로 온라인 입금한 것으로 확인되며, 쟁점매입세금계산서 총 107매의 사본과 이들에 대한 대금지급증빙으로 OOO에 대한 대금지급이체 내역 사본들을 제출하였는바 매입세금계산서상의 공급대가와 입금내역은 일치하고 있는 것으로 나타난다.

4) 처분청의 조사복명서에 의하면, OOO 사업장에는 계근대, 집게차, 고철, 야적장, 컨테이너 등이 있었던 것으로 나타나며, 직원은 김OOO을 포함한 3인이었던 것으로 기재되어 있고, 2012.2.14. 및 2012.3.4. 세무조사과정에서의 김OOO의 문답서에 의하면 군 제대하고 무역회사에서 근무한 적이 있으며, 고철관련 사업자등록을 하고 OOO이라는 상호로 사업을 하였으며, “당시 1톤트럭 1대를 가지고 사업자등록없이 김포 및 주변도시에서 고철사업을 한 적이 있어 이 업종에 대하여 좀 알고 있고, 폐동공장에 납품하기 위해 사업자등록을 하였으며, 물건을 잡아주는 사람에게 선수금 등을 주었고, 수익금은 공장업체의 감량 등의 명목으로 남은 게 없으며 선수금으로 주었던 OOO원 정도는 부도처리되었다”라고 진술하고 있으며, 2010년 제2기분 OOO과의 매입내역을 보면 폐동 매입 관련 세금계산서 수취는 없고 OOO의 매입자료를 보면 27명의 기사에게 운반비 OOO원을 지급하고 매입세금계산서를 수취한 것으로 되어 있는 바, 1차당 1회 운반비가 거리에 따라 OOO원인 점을 고려하면 344회(평균OOO원으로 볼 경우)에 상당하는 운반비를 지급한 것으로 나타나고 있는 바, 폐동운반기사 김OOO의 2011.6.29. 인감증명서를 첨부하여 작성한 확인서에는 “상기 본인은 2010년 7월 19일부터 동년 12월 15일까지 OOO 소재 OOO에서 동 스크랩을 상차하여 OOO 소재 OOO에 입고하였던 사실이 있기에 위와 같이 확인합니다.”라고 기재되어 있으며, 또 다른 폐동운전기사 허OOO이 2011.7.1. 작성한 확인서 사본(인감증명서 첨부)에는 “본인은OOO 2010년 7월부터 2010년 12월까지 OOO에서 군산에 위치한 OOO로 동(스크랩)을 납품하였음을 확인합니다.”라는 내용이 기재되어 있으며, 청구법인의 일자별 입고된 폐동에 대하여는 계근표에 입고일자, 운송차량사진, 운송한 운전기사의 서명, 운송차량번호 및 구매한 폐동의 품목과 수량이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(라) 조사청은 김OOO이 2010년 2기 부가가치세 예정분을 무신고하였으며, 2010년 2기 부가가치세 확정신고시 무신고하였던 2010년 2기 부가가치세 예정분을 포함하여 매출세금계산서 274매 OOO원, 운반비 등과 관련된 매입세금계산서 OOO원으로 하여 납부세액을 OOO원으로 신고하였으나 무납부한 사실에 대하여 자료상혐의자로 조세포탈혐의로 인천지방검찰청에 고발한데 대하여, 인천지방검찰청은 피의자 자신은 2008년도경부터 작은 고물상으로부터 폐동을 싸게 구입하여 규모가 큰 고물상에 팔던 일을 하던 중 2010년 7월에 OOO이라는 사업자를 내고 전국에 있는 고물상에서 폐동을 수집하여 청구법인을 비롯한 매입처에 납품하였고, 대금으로 지급받은 금액을 인출하여 현금으로 즉시 결제하였다며 거래없이 수수료 등을 받고 허위로 세금계산서를 발생한 사실이 없다는 주장과 의정부세무서장으로부터 OOO으로부터 폐동을 매입한 주식회사 OOO이 실거래사실을 인정받은 사실을 근거로 고발자의 주장대로 피의자가 실질적으로 사업을 한 사람이 아니고 명의만 대여해주고 세금을 뒤집어 쓰는 일명 폭탄이라는 이유로 실 사업행위자가 발행한 세금계산서로 보기 어렵다며 증거불충분을 원인으로 무혐의 결정한 사실이 있다.

(마)「부가가치세법」제16조 제1항 제1호에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 같은 법 제9조의 시기에 ① 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, ② 공급받는 자의 등록번호, ③ 공급가액과 부가가치세액을 기재한 세금계산서를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하도록 하면서, 같은 법 제17조 제2항에서 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 하고 있으며, 다만 부가가치세 기본통칙 21-0-1(명의위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정)에 의하면, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는「조세범처벌법」에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 거래선이 위장사업자라는 사실을 알지 못하였으며 또 그 알지 못한 데에 잘못이 없는 선의의 거래당사자가 그 세금계산서에 의하여 부가가치세 예정 및 확정신고를 한 경우에는 그로 인하여 실지사업자가 아닌 자가 공급자로 되었더라도 소정의 기간 내에 그 매입세액은 공제되어야 하고 나아가 신고납부불성실가산세도 부과할 수 없다(대법원 1989.10.24. 선고 89누2134 판결 참조).

(바) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 세금계산서에 재화 또는 용역을 공급하는 자로 기재된 자가 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못한 때라도 그 알지 못한데 대하여 과실이 없는 경우에 한하여 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이지만(대법원 1995.3.10, 선고 94누13206 판결, 대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결, 대법원 1997.6.27. 선고 97누4920 판결 등 참조), 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못한데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 하는 것으로(대법원 2002두2277, 2002.6.28. 참조), 이 경우 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이나, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것인바(대법원 1997. 9. 30.선고 97누7660 판결), 청구법인은 폐동 도매상의 경우 위장사업자가 있을 경우를 대비하여 실제 사업자인지 여부를 확인하기 위하여 구매관리규정인 내부메뉴얼을 마련하여 자발적, 적극적으로 건전한 사업자로써 지켜야 할 상거래상의 주의와 노력을 하여 구매업체등록심사 탈락업체가 15개사, 불시현장실사 결과 거래중단 조치업체가 12개사에 이르고 있는 점, 청구법인은 OOO과의 거래에 대하여 거래업체등록단계에서 OOO 사업장 방문과 불시점검 및 매일 9시에 고시된 폐동가격으로 모든 거래처로부터 매입방식을 채택하여 매입단가의 투명성 제고를 통하여 자료상으로부터 매입을 방지하는 노력을 하였고, OOO으로부터 매입단가가 동일자 다른 업체의 거래단가와 동일하거나 유사한 점, 폐동 매입시 청구법인의 정문부터 최종 입고시까지의 과정에 대한 CCTV촬영 및 운전기사로부터 실제 출고지의 확인 및 자필서명 등을 통하여 실제사업자인지 여부를 확인하기 위하여 청구법인의 구매관리규정에 따라 OOO이 실사업자인지 여부에 대한 확인절차를 모두 수행한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점매입세금계산서에 상당하는 폐동을 실제 매입한 사실과 동 폐동의 운반자로부터 출고지가 OOO의 사업장이라는 사실을 확인한 점, 청구법인은 OOO이 폐동을 공급하고 매출세금계산서를 발행하면 구매자금을 대출받을 은행을 지정하여 통보하고, OOO이 은행의 구매대출 온라인입력 화면에 세금계산서 등 사항을 입력한 후 청구법인의 승인으로 구매자금이 집행되는 시스템을 통해 쟁점매입세금계산서상 거래금액을 거래일 즉시 OOO 명의의 OOO지점 계좌로 입금한 사실에 다툼이 없는 점, 처분청이 김OOO을 조세포탈혐의로 인천지방검찰청에 고발한 바 김OOO이 실사업자가 아니라고 볼 만한 증빙의 제시가 없다 하여 무혐의처분된 점과 청구법인이 고발한 동 법인의 구매담당직원(이사 임OOO 등)에 대한 진정서에 대하여 인천지방검찰청은 청구법인의 구매담당직원들은 김OOO이 자료상이라는 사실을 알았다고 볼 만한 객관적인 증빙이 없다하여 무혐의불기소로 통지받은 점 등으로 볼 때 청구법인은 선량한 관리자로서 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보이므로 처분청이 쟁점매입세금계산서에 상당하는 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.