조심2012중3780 (2013.12.18)

심판청구를 기각한다.

1.

처분개요

가. 청구법인은 2010.3.22.부터 OOO 에서 비철금속(폐동) 도매 및 중개업을 영위하는 사업자로, 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 과세기간 동안 일원OOO㈜(이하 “쟁점거래처①”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(총 169매, 이하 “쟁점세금계산서①”이라 한다)를, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 동일자원(총 6매, 이하 “쟁점거래처②”라 하고, 쟁점거래처①·②를 합하여 이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서②”라 하고, 쟁점세금계산서①·②를 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 수취한 후 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하는 등 이를 반영하여 해당 과세기간의 부가가치세와 해당 사업연도의 법인세를 각각 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 2010년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 대한 거래질서관련 조사결과, 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 거래내용이 사실과 다른 위장매입세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 증빙불비가산세 등을 가산하여 2012.4.2. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO원, 2010년 제2기 부가가치세 OOO원, 2011년 제1기 부가가치세 OOO원, 2011년 제2기 부가가치세 OOO원, 2010사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.2. 이의신청을 하였고, 이에 대해 중부지방국세청장은 2012.6.26. ‘다만, 쟁점거래처①은 100% 자료상으로 고발된 것이 아닌 점, 이 건 심리일 현재에도 계속하여 사업을 영위하고 있는 점, 2011년 제2기 과세기간 거래분에 대한 서인천세무서장의 거래질서관련 조사가 진행중인 점, 처분청은 2011년 제2기 과세기간의 청구법인과 쟁점거래처①의 거래에 있어 추가적인 조사없이 이전 과세기간의 거래행태와 동일한 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제하였는바, 이는 근거과세원칙에 위배되는 측면이 있는 점 등을 고려할 때 2011년 제2기 과세기간의 청구법인과 쟁점거래처①의 거래분에 대하여는 실지거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다’는 결정(2012 중이 247호)을 하였다(나머지 이의신청은 기각하였음).

한편, 처분청은 중부지방국세청장의 재조사결정에 따라2011년 제2기 과세기간 동안 청구법인과 쟁점거래처①의 거래에 대해 2012년 7월 부가가치세 부분조사를 실시하여 2012년 10월 종결하면서 당초 조사내용과 동일하게 청구법인과 쟁점거래처①의 거래를 위장거래로 확정하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2010.3.22. 비철금속(폐동) 도매 및 중개업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 그 대표인 권OOO은 국내 최대 동파이프 생산업체인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에서 15년간 근무하다가 2010년 2월 퇴사한 후 청구법인을 설립하였으며, OOO에서 구매팀장으로 재직할 당시의 인맥과 ‘OOO’(이하 “OOO”라 한다) 인맥을 통하여 청구법인 설립초기 매출처 및 매입처를 확보하였고, 이후 꾸준한 영업노력을 통해 지속적으로 매출처 및 매입처를 확장해나갔다.

한편, 청구법인은 설립 초기 협소한 창고시설로 인해 매입처에서

구입한 폐동을 청구법인의 창고에 쌓아두고 매출처로 판매하는 거래가

현실적으로 불가능함에 따라 청구법인은 매출처로부터 발주요청이 들어오면 매입처를 수배하여 매출처에 kg당 OOO원 내외의 마진을 붙여 판매하고, 실제 폐동의 운반은 매입처에서 매출처로 바로 운반시키는 거래형태를 취하였지만(그 결과 매입한 폐동물량과 매출하는 폐동물량은 거의 일치하는 형태를 보였음), 청구법인이 단순히 폐동의 매매

중개만 하고 중개수수료만 수취하는 거래형태는 아니었고, 청구법인이

실제 폐동을 매입하여 별도의 매출을 일으키는 독립된 수익인식의 주체였는바, 즉 청구법인은 매입처에 대하여는 별도의 매입세금계산서를 수취하고, 매출처에 대하여는 별도의 매출세금계산서를 발행하였는데, 개업 이후 청구법인의 매입 및 매출금액은 아래 <표1>과 같다.

청구법인은 <표1>에 나타난 바와 같이 쟁점과세기간 동안 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제한 후 해당 과세기간의 부가가치세를 신고·납부하였고, 이에 처분청은 2011.11.1.부터 2012.2.29.까지 청구법인에 대한 거래질서관련 조사를 실시한 결과, ①청구법인이 교부한 매출세금계산서는 정상거래에 해당하나, ②매입관련 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 이와 관련된 재화는 미등록 수집업체 등으로부터 매입한 것이라고 보아 이 건 부과처분을 하였으며, 청구법인은 이에 대하여 2012.5.2. 이의신청을 하였고, 중부지방국세청장은 2012.6.26. 이 건 부과처분 중 2011년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 OOO원의 부과처분은 처분청이 실지거래여부를 조사도 하지 않은 채 부과한 것으로서 근거과세원칙에 위배된다고 보아 재조사결정을 하고 나머지 이의신청부분은 기각결정을 하였다.

OOOOOOOOOO OOOO OO O OOOO

한편, 처분청은 청구법인의 대표인 권OOO을 조세포탈혐의로 형사고발하였으나, 의정부지방검찰청장은 2012.7.19. 이에 대하여 “증거불충분으로 혐의없음” 처분을 하였는데, 불기소이유를 아래 <표2>와 같이 밝히고 있다.

OOOOOOOOOO OOO(OOOO OO) OOOOOO

(2) 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(가)

대법원은 ‘사실과 다른 세금계산서’에 대한 증명책임에 관하여

“특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는

「부가가치세법」 제17조

제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이 원칙”이라고 판시(대법원 2009.3.12. 선고 2009두119 판결)하고 있고, 최근 폭탄업체가 개입된 금지금 거래가 명

목상의 거래에 불과한 것인지 문제가 된 사안에서 “금지금이 수입되어

수출되기까지의 일련의 전체 거래가 대부분 하루에 이루어지고 중간 단계에 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등의 사정만으로는 전체거래 중 하나의 거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기 어렵다”고 보아 과세관청의 부가가치세 부과처분을 파기한바 있다(대법원 2009.6.23. 선고 2008두13446 판결).

또한, 단순히 자료상 혐의자와의 거래자료라는 이유로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 사안에서 조세심판원은 “쟁점세금계산서의 매입금액에 상당하는 물품을 거래한 거래명세표

및 거래상대방의 확인서 등을 통하여 그 인수사실이 확인된 점, 자료상

혐의자로 고발하였으나 검찰로부터 무혐의 처분을 받은 점 등에 비추어 처분청이 실지거래여부에 대한 구체적인 확인조사 없이 단순히 자료상혐의자와의 거래자료라는 이유만으로 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 부당하다”고 결정하였다.(국심 2003부2993, 2004.2.16.)

(나) 한편, 처분청의 청구법인에 대한 거래질서관련조사 종결보고서를 보면, “청구법인이 교부·수취한 세금계산서와 계근표를 토대로 파악한 ‘서류상 물류흐름’과 물류업체와 개별화물기사를 대상으로 파악한 ‘실제 물류흐름’과의 일치여부를 확인한 바, 거의 모든 거래에서 ‘서류상 물류흐름’과 ‘실제 물류흐름’이 일치한다는 사실을 확인함”이라고 명시되어 있고, “금융자료 수보하여 확인한 바, 세금계산서상 거래금액과 입출금 금액이 일치함을 확인하였으며, 업체마다 통상적으로 1일에서 7일 정도의 기간을 두고 관련 거래금액이 입·출금되었고, 폭탄조 또는 간판조 자료상이 일반적으로 행하는 고액의 현금이 입금되는 즉시 출금하는 금융거래형태는 나타나지 않아 청구법인은 자료상에 해당하지 아니한다”고 기재되어 있는바, 즉 처분청은 쟁점세금계산서가 실제 물류흐름과 일치하므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 사실을 스스로 확인하였음에도 단순히 청구법인의 매입처인 쟁점거래처가 ‘자료상’이라는 이유만으로 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하여 이 건 부과처분을 하였지만, 이는 앞서 기술한 ‘자료파생에 의한 과세’에 대한 대법원 판결과 조세심판원의 결정에 정면으로 반하는 처분으로서, ①처분청이 작성한 거래질서관련 조사보고서 기재내용과 같이 계근표, 물류업체 및 개별화물기사의 운송확인서, 쟁점거래처① 사업장에서 계근하는 사진, 대금결제내역 등 제반 증거들에 의하면, 쟁점세금계산서에 대응하는 실물거래가 있었다는 사실이 객관적으로 명백히 인정되고, ②쟁점거래처②의 경우 중부지방국세청장이 그 대표인 김OOO을 정황으로 보아 자료상이라고 고발하였으나 서울남부지방검찰청장은 2011.11.29. “증거불충분으로 혐의없음” 처분을 한 사실이 인정되므로 쟁점거래처②를 자료상으로 확정할 수 있는지 의문이고, ③처분청은 청구법인의 대표인 권OOO에

대하여도 조세포탈혐의로 고발하였으나 이 역시 의정부지방검찰청장이

2012.7.19. “증거불충분으로 혐의없음” 처분을 한 사실이 인정되므로 처분청이 충분한 근거(증거)없이 이 건 부과처분을 한 것이 보다 확

실해졌다고 볼 수 있고, ④더하여 이 건 부과처분에 대한 청구법인의 이의신청

결과 2011년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 OOO원(이 건 처분금액 중 무려 60%에 상당하는 금액임)의 부과처분에 대하여는 처분청이 실지거래여부를 조사도 하지 않은 채 부과한 것으로 밝혀져 재조사결정이 내려진바, 처분청이 청구법인에 대한 이 건 처분을 하면서 과연 충분하고 합리적인 조사를 수행한 것인지 의문을 가지지 않을 수 없다.

한편, 처분청은 이 건 부과처분에 대한 이의신청과정에서 다시 한 번 ‘서류상 물류흐름’과 ‘실제 물류흐름’이 일치한다는 점을 인정하면서도, ①실제 물류흐름이 운송업자 진술에 의존한 것이어서 진위여부가 객관적으로 확인된다고 할 수 없고, ②쟁점거래처①의 대표가 경기자원과의 거래에 대하여 진술을 번복하고 있어 믿을 수 없으며, ③청구법인의 쟁점거래처①로부터 매입한 물량과 엠비성산에게 매출한 물량의 차이가 없어 정상거래가 아니라는 주장을 하고 있지만, 첫 번째 주장의 경우 실제물류흐름이 계근표, 물류업체 및 개별화물기사의 운송확인서, 쟁점거래처① 사업장에서 계근하는 사진, 대금결제내역 등 제반 증거자료들을 통해 객관적으로 입증되고, 이에 대하여는 실제 물류흐름과 서류상 물류흐름이 일치한다고 처분청도 역시 자체조사결과 보고서에서 인정하고 있으며, 설령 그렇지 않다고 하더라도 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담하는 것이므로 처분청의 위 주장은 인정될 수 없다 하겠고, 두 번째 주장의 경우 이는 청구법인과 쟁점거래처①과의 거래에 관한 것이 아니므로 이 건 부과처분과는 관련이 없으며, 그럼에도 불구하고 처분청이 위와 같은 주장을 하는 이유는 단순히 쟁점거래처①이 자료상이라는 이유만으로 쟁점세금계산서도 사실과 다른 세금계산서라는 주장을 하는 것으로 해석되지만, 이는 위 대법원 판결 등의 입장과 이 건의 객관적인 사실관계에도 명백히 반하는 것으로서 역시 인정될 수 없다 할 것이며, 세 번째 주장의 경우 청구법인은 사업초기 협소한 창고시설로 인해 매입처에서 구입한 폐동을 청구법인의 창고에 쌓아두고 매출처로 판매하는 거래가 현실적으로 불가능함에 따라 매출처로부터 발주요청이 들어오면 매입처를 수배하여 매출처에 일정한 마진을 붙여 판매하고, 실제 폐동의 운반은 매입처에서 매출처로 바로 운반시키는 거래형태를 취하였으며, 대부분의 동 제조업체들(청구법인의 매출처들)은 해당업체의 입고 계근을 기준으로 하여 총 중량의 일정 범위 내의 수량차이에 대해서는 하자가 없는 것으로 정하고 있는바(이와 같은 거래형태는 비단 폐동업계에서만 거래되는 형태는 아니고, 일반적인 상거래에서도 많이 사용되는 방식임), 단순히 청구법인의 매입물량과 매출물량의 변화가 없다고 하여 그 구체적인 거래방식의 고려 없이 정상거래가 아니라고 단정할 수는 없다.

그렇다면 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 처분청의 주장은 이 건의 구체적인 사실관계 및 증명책임에 대한 법리 및 자료파생에 대한 법원 등의 입장과도 반하는 것으로서 인정될 수 없다 할 것이다.

(3) 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부

(가) 처분청은 OOO에서는 쟁점거래처①이 신규 사업자라는 이유만으로 거래위험이 높은 것으로 판단하여 거래를 하지 않은 반면에 청구법인은 그런 위험성을 무시하고 이와 고액의 거래를 하였다는 점과 청구법인의 대표인 권OOO이 폐동관련 업계에서 십여 년간 근무하였던 이력이 있다는 점을 들어 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없다고 주장하나, OOO은 국내 최대의 동관생산업체로서 매입처들에 대해 어느 정도 우위의 지위를 누릴 수 있고 이미 다수의 건실한 매입처들이 확보된 상황일 것이므로 신규 사업자인 쟁점거래처①과 새로이 거래를 시작할 필요성이 없었던 반면에 청구법인은 설립된 지 얼마 되지 않은 소규모 폐동 도매업체이고, 그 대표는 OOO에서의 재직 당시 인맥과 OOO 인맥을 통하여 매출처 및 매입처를 확보하긴 하였으나, 향후 사업을 더 확장해 나가기 위해서는 추가적인 영업노력을 통해 지속적으로 새로운 매출처 및 매입처를 발굴해 나갈 필요가 있어 그 영업노력의 일환으로 쟁점거래처①과 거래를 한 것이다.

또한, 청구법인은 쟁점거래처①과의 새로운 거래를 시작하면서 철저한 위험평가를 통하여 거래물량을 서서히 늘려갔는바, 즉 쟁점거래처①과 거래를 시작하기 전에 해당 업체의 실제 사업장 존재여부, 폐동재고, 집게차 등 장비, 사업자등록증, 납세완납증명 등을 확인하였고, 2010년 제1기 과세기간에는 시험적으로 소량의 물량의 거래를 시작하였다가 2010년 제2기 과세기간에는 가격과 물량 등 거래조건이

맞지 않아 거래를 중단하였으며, 2011년 제1기 과세기간에 다시 거래를

재개하는 등 거래를 반복하면서 점차 거래량을 늘려나갔는데,

이는

청구

법인의

쟁점거래처①로부터의 매입금액 추이(OOOOO OOO OOO,OOO,OOO

O, OOOOO OOO O,OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOO O,OOO,OOO,OOOO)를 보더라도 쉽게 입증된다 하겠다.

그렇다면 OOO에서 쟁점거래처①이 신규 사업자라는 이유만으로 거래의 위험이 높은 것으로 판단하여 거래를 하지 않았다는 사실은 이 건에서 청구법인이 선의의 거래당사자였는지 판단을 하는데 영향을 미치지 않는다 하겠고, 처분청의 주장대로라면 OOO은 쟁점거래처①이 자료상이라서 거래를 안 한 것이 아니라 단순히 신규 사업자라는 이유로 거래를 하지 아니한 것이 되는바, OOO에서도 쟁점거래처①이 무자료 거래업체이거나 부정업체임을 알지 못하였던 것이므로, 오히려 처분청의 이러한 주장으로 인해 쟁점거래처①이 특별히 폐동시장 업계에서 자료상으로 알려졌던 사실도 없었음을 알 수 있고, 이에 더하여 처분청의 조사결과 쟁점거래처①이 100% 자료상으로 고발된 것도 아닐 뿐만 아니라 현재 계속하여 폐동사업을 영위하고 있다는 점도 중요하게 고려되어야 한다.

(나) 또한, 처분청은 청구법인의 대표가 폐동업계에서 십여 년간 근무한 이력이 있으므로, 청구법인은 선의의 거래당사자가 아니라고 판단하였지만, 세무당국조차 해당 업체가 자료상인지 여부를 판단하기 위하여는 전문적인 지식을 갖춘 세무공무원이 길게는 몇 달에 거쳐 거래질서관련 조사를 수행하여야만 자료상 여부가 밝혀진다는 것에 비추어 보면, 처분청이 다른 정황근거를 제시하지 아니한 채 단순히 청구법인의 대표가 폐동업계에서 십여 년간 근무한 이력이 있다고 하여 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하지 않는다고 판단한 것은 처분청이 충분한 조사과정이나 근거도 없이 행정편의적으로 안일하게 판단한 것이라고 보지 않을 수 없다.

(다) 한편, 선의의 거래당사자인지 여부를 판단함에 있어 해당 회사가 자료상 거래를 위한 목적만으로 설립된 것으로서 설립 전후로 거액의 일시적인 매입거래가 발생하였는지가 중요한 요소로써 고려되며, 해당 회사를 설립한 대표의 이력 또한 중요하게 고려되는 것은 사실이나, 문제가 된 업체의 설립 대표가 종전에는 해당업종에 종사한 경험이 전혀 없었던 자로서 해당업체를 설립한 후 설립 초기 거액의 매입·매출 거래를 일으키는 경우들에 대하여 해당업체가 자료상 거래를 위한 목적만으로 설립된 것으로 선의의 거래당사자가 아니라는 것이 대부분의 논리였고, 오히려 이 건과 같이 설립 대표가 종전부터 해당업종에 종사한 경험이 있으며, 해당업체가 문제가 된 거래 전후로 꾸준히 해당업계에서 영업을 해오고 있다는 점은 해당업체가 정상적인 영업을 위하여 설립된 것으로 단순히 자료상 거래를 위한 목적만으로 설립된 것이 아니라는 판단의 근거로 사용된 경우가 많았다(서울행정법원 2011.8.26. 선고 2011구합11372판결 등).

한편, 이 건과 같이 쟁점법인이 선의의 거래당사자인지 여부가 문제가 된 사안에게 법원 등은 선의의 거래당사자인지 여부를 판단하는 주요 기준으로서 ①자료상 거래를 위해 회사가 설립된 것으로 설립 전후로 거액의 일시적인 매입거래가 발생하였는지 여부, ②실물이동이 있었는지 여부, ③대금결제 방법이 이례적이었는지 여부, ④매입단가가 현저히 시세에 못 미치는지 여부, ⑤거래 상대방을 확인하기 위해 사업자등록·법인계좌 확인, 사업장 방문 등의 주의의무를 다하였는지 여부 등의 기준을 제시하고 있는바, 이 건의 경우 ①청구법인은 대표인 권OOO이 15년 동안 국내 최대 동관생산업체인 OOO에서 근무하면서 습득한 경험 및 인맥으로 2010년 3월 설립한 폐동 도매·중개업체로서 개업 이래 이 건 처분이 있기 전까지 계속하여 운영을 하여 온 정상사업자이므로 단순히 무자료 거래에 사용할 목적으로 일시적으로 세운 회사라고 볼 수 없는 점, ②처분청의 거래질서관련 조사보고서에 매입·매출 세금계산서 및 계근표를 토대로 파악한 서류상 물류흐름과 실제 물류흐름이 일치한다고 되어 있는 점, ③청구법인은 쟁점거래처와 거래하기 전 해당 업체의 실제 사업장 존재여부, 폐동재고, 집게차 등 장비, 사업자등록증, 납세완납증명 등을 확인하고 거래를 시작하고, 매 거래 시마다 상대방이 정상적인 거래처인지 확인하기 위하여 사업자등록증을 확인하였다는 점, ④매입대금은 쟁점거래처의 계좌로 정상적으로 지급되었고, 이러한 자금이 다시 청구법인의 통장이나 그 대표의 계좌로 다시 입금된 사실도 없는 점, ⑤처분청의 거래질서관련 조사보고서에 세금계산서상 거래금액과 입출금 금액이 일치함을 확인되었고, 업체마다 통상적으로 1일에서 7일 정도의 기간을 두고 관련 거래금액이 입출금되었으며, 폭탄조 또는 간판조 자료상이 일반적으로 행하는 고액의 현금이 입금되는 즉시 출금하는 금융거래형태는 나타나지 않았다고 되어 있는 점, ⑥청구법인은 매입가 결정시 동스크랩의 공장 고시가격(시세)을 조사한 후 매입처와 협의하여 매출처의 가격에 일정 마진을 붙여서 매입가격을 정하였으므로, 청구법인의 매입·매출단가가 시세에 크게 못 미치는 등의 특별한 사정도 없었던 점, ⑦처분청은 청구법인의 대표인 권OOO을 조세포탈혐의로 형사고발하였지만 의정부지방검찰청장은 수사결과 청구법인과 운전기사들이 통정하였다고 볼 근거가 없고, 청구법인의 대표 권OOO이 거짓진술을 하였다고 반증할 증거도 없으며, 청구법인이 제출한 거래관계서류만으로도 실제 물류거래가 있었음을 증빙하는 자료가 충분히 있는 등 청구법인은 선의의 거래당사자로 볼 수 있으므로 조세포탈혐의가 없다는 결론을 내린 점 등에 비추어 보면, 청구법인은 무자료 거래에 대해 악의나 중과실이 있다고 볼 만한 사정이 없다 하겠다.

그렇다면, OOO이 거래하지 않았던 쟁점거래처①로부터 청구법인은 구매하였다거나 청구법인의 대표가 폐동업계에 십여 년간 근무한 이력이 있다는 사정만으로 청구법인이 선의의 거래당사자가 아니라는 처분청의 주장은 인정될 수 없다.

(4) 청구법인에게도 신의성실의 원칙이 적용되는지 여부

(가) 처분청은 최근 금지금관련 대법원 판결(2011.1.29. 선고 2009두13474 판결)을 들어 쟁점세금계산서가 실물거래가 있는 것이라고 본다고 하더라도 “이유가 어찌되었건 거래질서가 문란한 폐동거래에 있어 자료상과의 거래에 편승했다는 사실만으로도 (신의성실의 원칙에 따라) 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다한 것으로 보기는 어렵다”고 주장하나, 위 대법원 판결에서 부가가치세에 관한 법률관계에서도 신의성실의 원칙이 적용된다고 본 것은 맞지만, “신의성실의 원칙은 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로, 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 그대로 적용하면 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래하는 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의하여 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것”이라고 판시함으로써, 조세법 영역에서 신의성실원칙의 적용범위를 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 제한적으로 인정하고 있음을 알 수 있다.

그런 이유로, 대법원은 동일한 금지금 사건에 관한 판결이지만 구체적인 사실관계에서 차이가 존재하였던 다른 사안에서, 위 대법원 판결과는 전혀 반대로 신의성실의 원칙의 적용을 명시적으로 부정하기도 하였는데, 즉 앞서 기술한 대법원 판결(2009두13474 판결) 이후인 2011.2.24. 대법원은 “연속되는 일련의 거래과정 중에 매출세액의 포탈을 목적으로 하는 악의적 사업자가 존재하는 변칙적 금지금 거래에서, 그 최종단계에 있는 수출업자의 매입세액 공제·환급을 제한하는 신의성실의 원칙이 중간 과세사업자의 국내 과세거래와 관련된 매입세액의 공제· 환급에 대해서도 그대로 적용될 수 없다”고 판시하면서 국내의 과세거래와 관련된 매입세액의 공제·환급 주장에 대하여도 신의성실의 원칙이 적용됨을 전제로 하는 해당 과세관청의 상고이유를 배척하였다.

(나) 따라서 앞서 기술한 최근 위 두 가지 대법원 판결은 서로 상충되는 판결이라고 볼 것은 아니고, 각 사건의 구체적인 사실관계에 따라 그 법리의 적용 및 해석을 달리해야 하기 때문이라고 봄이 타당하다 할 것인바, ①청구법인은 일련의 변칙적 무자료 폐동거래에 있어 직접적으로 국부유출을 일으키는 필수적 존재가 아니었다는 점(특히, 쟁점거래처①로부터의 매입부분은 폭탄조인 경기자원에서 간판조인 쟁점거래처①을 거쳐 청구법인이 매입한 것으로서, 해당 무자료 거래에서 청구법인의 필연적인 상호의존관계가 인정되지도 아니함), ②청구법인이 그 거래 전 단계에 자료상이 있음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 이 건 매입거래에 나섰던 점도 인정될 수 없다는 점(실제로 청구법인이 이 건 매입거래에서 조금의 이익도 얻은 바 없음), ③자료상들은 청구법인이 아니더라도 다른 업체를 통해 무자료 거래가 가능하였을 것이므로, 청구법인이 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었던 것도 아니라는 점, ④청구법인은 매 과세기간 마다 매출세액에 대하여 성실하게 신고·납부하고 있었던 바, 청구법인의 매입세액 공제를 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로, 금지금 거래에서 수출업자와의 경우와는 달리 국고에 직접적 손실이 발생하는 것이 아니고, 금지금 거래에서의 수출업자와 같이 청구법인이 이익을 얻는 것도 아니라는 점, ⑤처분청으로서는 실제로 스스로의 조사에 의하여 자료상이라고 확인한 경기자원이나 쟁점거래처로부터 무자료 거래로 인해 입었다는 국고손실을 추징하여야 할 것이지 타당한 사유도 없이 위 무자료 거래로 인한

국고손실을 성실하게 제반 세금을 신고·납부하여 온 청구법인으로부터

추징할 성격은 아니라는 점, ⑥그럼에도 불구하고 처분청이 단순히 자료상으로부터 매입하였다는 사정만으로 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 행정편의적으로 국고손실을 메우고자 하는 과세관청의 직무유기라고 밖에 평가되지 않으며, 그 결과 소규모 영세업체인 청

구법인으로서는 무고하게 OOO원이라는 감당하기 힘든 거액의

추가 세금을 부담하여야 한다는 가혹한 결과를 가져오는 반면에 실제로 이 건 무자료 거래에 책임을 져야 할 자료상들이나 직무유기한 처분청이 동액 상당의 부당한 이득을 취하는 결과를 가져온다는 점(처분청은 자료상이라고 확정한 쟁점거래처①에 대하여는 OOO원의 가벼운 부가가치세 부과처분을 하였음), ⑦이 건과 같은 행정편의적 자료파생에 대한 과세관행은 궁극적으로는 조세법률주의·근거과세의 원칙 등 조세부과의 기본원칙에 반하는 것이고, 보다 구체적으로는 「부가가치세법」의 전단계세액공제제도의 취지에도 맞지 않는 것으로 평가된다는 점에 비추어 볼 때, 이 건에서는 청구법인의 매입세액을 공제해 주는 것이 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없다고 볼만한 ‘특별한 사정’이 인정되지 않으므로, 처분청이 주장근거로 제시하는 대법원 판결(2009두13474 판결)은 적용될 수 없고, 그 이후의 대법원 판결(2009두22317 판결)이 적용되어야 하므로 신의성실의 원칙이 적용되지 않는다 할 것이다.

(5) 따라서 이 건 부과처분은 법리오해 및 사실오인 등으로 인한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(가) 이 건과 관련된 쟁점세금계산서의 흐름은 아래 <표3>과 같은데, 쟁점거래처①은 서인천세무서장의 2011년 제1기 과세기간의 거래질서 관련 조사결과 경기자원으로부터 폐동의 실물거래 없이 매입세금계산서를 수취한 후 청구법인 등에 실물거래 없이 매출세금계산서를 교부한 혐의로 93% 자료상으로 확정되어 고발되었고, 쟁점거래처①의 매입처인 경기자원은 중부지방국세청장의 2011년 제1기 과세기간의 거래질서 관련 조사결과 매입액은 OOO원에 불과하지만 매출액이 OOO원으로, 폐동의 실물거래 없이 쟁점거래처①(OOO원) 등에 매출세금계산서를 교부한 혐의로 100% 자료상으로 확정되어 고발되었으며, 쟁점거래처②는 중부지방국세청장의 2010년 제2기 과세기간 거래질서 관련 조사결과 교부한 매출세금계산서(OOO원) 전부를 가공거래로 보아 100% 자료상으로 확정되어 고발되었다.

OOOOOOOOOO OOOOO

(나) 한편, 처분청은 청구법인에 대한 쟁점과세기간에 대한 거래질서관련 조사결과, 쟁점거래처로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 거래내용이 사실과 다른 위장매입세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 증빙불비가산세 등을 부과하기에 이르렀는바, 청구법인의 폐동 매입·매출거래 물동량의 90.4.%를 운반한 김OOO, 김OOO, 허OOO, 박OOO 등은 운송거래 확인서의 운송경로란에 ‘OOO으로 하차’ 등으로 기록하여쟁점거래처에서 상차하여 청구법인의 매출처로 운반하였다고 확인하고 있지만, 상차지를 쟁점거래처① 등의 정확한 소재지(번지)로 기록하지 아니하였으며, 위 운반기사들이 휴대전화 위치 추적결과 계근표상에 기재된 상하차 시간대와 장소를 허위로 작성하여 이를 바탕으로 허위거래 세금계산서를 작성하도록 거래위장에 적극적으로 참여하였다는 이유로 고발된 자들이라는 사실에 비추어 이들의 운송확인서는 객관성과 진실성이 있다고 보기 어렵고, 청구법인의 대표인 권OOO은 당초 조사시 폐동 거래와 관련하여 운송차량 수배와 배차 모두를 청구법인이 수행하였다고 진술하였으나 이의신청 심리과정에서는 쟁점거래처① 거래분에 대하여 쟁점거래처①에서 차량을 배차하여 기사들에 대한 통제 및 동선 파악에 어려운 점이 있었다고 상반된 진술을 하였으며, 더구나 당초 조사시에는 운반비용 전액을 청구법인이 부담하였다고 진술하였으나 이의신청 심리과정에서는 쟁점거래처①에서 운반비를 지급하였다는 상반된 진술을 하였다.

(다) 이와 같이 쟁점과세기간 동안 거래질서 관련 조사내용에 따르면, 쟁점거래처①은 93% 자료상으로 조사되어 고발된 사업자이고, 쟁점거래처①의 주요 매입처인 경기자원 역시 자료상으로 확정되어 고발된 점, 경기자원으로부터의 매입과 관련하여 계근사항에 중대한 오류가 있는 것으로 기재되어 있으며, OOO → 쟁점거래처① → 청구법인의 순서에 따른 물류흐름에서 각 단계별 물량변화가 없는 점, 쟁점거래처①과의 거래 시 상차지를 기록하면서 쟁점거래처① 등의 정확한 소재지(번지)로 기록하지 아니한 점, 청구법인의 대표인 권OOO은 쟁점거래처① 거래분에 대해 운송차량수배와 배차책임, 운송비지급 등에서 일관되지 않은 진술을 하고 있는 점, 더구나 중부지방국세청장의 재조사결정에 따라 2011년 제2기 과세기간에 쟁점거래처①과의 매입거래는 거래상대방이 쟁점거래처①은 아니더라도 상호(성명)을 알 수 없는 매입 거래상대방으로부터 실물거래는 하였을 것으로 추정되어 위장거래로 확정하여 재조사 종결된 점 등으로 볼 때, 쟁점거래처①과의 실물거래에 따른 세금계산서를 수취하였다는 청구법인의 주장은 인정될 수 없다 할 것이다.

또한, 2010년 제2기 과세기간의 쟁점거래처②에 대한 조사결과, 쟁점거래처②가 교부한 매출세금계산서 전부를 가공거래로 확정하고 그 대표 김OOO을 검찰에 고발한 점, 쟁점거래처②의 대표인 김OOO은 조사일 현재 사업장에 있는 컨테이너박스에서 생활하고 있는 등 실사업행위자가 아닌 것으로 조사된 점, 김OOO은 조사당시 사업자금 및 매입처를 답변하지 못한 점, 김OOO에 대한 자료상 고발 결과 무혐의 결정은 증거불충분에 기인한 것이지 자료상이 아니기 때문에 무혐의통지를 한 것이 아니라는 점 등을 종합하면, 쟁점거래처②로부터 실물거래에 따른 세금계산서를 수취하였다는 청구법인의 주장 또한 인정될 수 없다.

(2) 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부

(가) 청구법인은 일반 폐동 수집상과 달리 폐동거래 전문 중개사업자로 거래상대방이 정상사업자인지 여부를 더욱더 면밀히 검토할 필요가 있는바, 청구법인의 대표인 권OOO은 폐동관련 업체에서 십여 년간(OOO에서 약 15년 근무, 15년 중 5년을 구매팀장으로 근무) 근무하여 폐동의 문란한 유통구조에 대해 속속들이 잘 알고 있었을 것임에도 자료상인 쟁점거래처를 정상사업자로 보아 거래를 하였다는 것은 선량한 주의의무를 다한 것으로 보기 어렵다.

또한, 쟁점거래처①과의 거래는 단발성 거래가 아닌 다발성 거래로 선의의 거래당사자는 단발성 거래에 있어 미처 거래상대방의 악의여부를 따지지 못하였을 때 논할 수 있는 것이고, 다발성 거래인 이 건의 경우 청구법인은 수십 회의 거래과정에서 거래상대방인 쟁점거래처①의 악의여부를 충분히 파악할 수 있었을 것으로 추측되므로, 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구법인의 주장은 인정하기는 어렵다 하겠다.

(나) 한편, 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다면 상반된 진술을 할 하등의 이유가 없다 할 것이나, 청구법인의 대표인 권OOO은 전말서 작성과정에서 ‘2010년 제1기부터 2011년 제1기까지 쟁점거래처와의 모든 거래에 있어 운송배차 및 운반비 부담을 청구법인이 하였다’고 진술하였음에도 이의신청 심리과정에서는 ‘쟁점거래처① 거래분에 대하여 쟁점거래처①에서 차량배차를 하고 운반비를 지급하여 청구법인에서 기사에 대한 통제 및 동선파악에 어려운 점이 있었다’라는 상반된 진술을 하였는바, 이는 역설적으로 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하지 못하였다는 것을 반증하는 것이다.

(3) 청구법인에게도 신의성실의 원칙이 적용되는지 여부

앞서 언급한 쟁점(1), (2)에 대해 결론이 나면 이를 다투는 것은 의미가 없으므로 청구법인의 주장에 대해서 답변을 생략한다.

(4) 이와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 위장세금계산서로 재조사 종결되었고, 더구나 선의의 거래당사자라는 청구주장도 받아들이기 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부

(2) 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부

(3) 청구법인에게 신의성실의 원칙을 적용할 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 처분청의 거래질서관련 조사종결보고서(2012년 3월) 내용과 처분청의 (재)조사종결보고서(2012년 10월) 내용은 각각 아래 <표4>, <표5>와 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOO OOOOOOO(OOOOO OO)

(2) 청구법인 대표인 권OOO에 대한 2012.3.15.자 처분청 전말서를 보면, 권OOO은 “OOO에서 구매팀장(총 15년 근무, 구매팀장으로 5년 재직)으로 근무하다 2010년 2월 퇴사한 후 청구법인을 설립하였는데, 창고시설이 협소하여 대부분의 폐동거래는 매출처에서 주문이 들어오면 매입처를 수배한 후 수배된 매입처에서 폐동을 상차한 후 청구법인을 거치지 않고 곧바로 매출처로 폐동을 이동시켜 하차하는 역할을 하고 있다”고 하면서 청구법인이 신고한 2010년 제1기 매출액과 매입액은 각각 OOO원과 OOO원으로 확인되는데, 3개월 남짓한 기간 동안 OOO원 가량의 매출과 매입이 발생한 것은 상식적인 범주의 매출과 매입액을 벗어난다는 의견에 대하여 “폐동의 단가가 고가인 관계로 매출과 매입금액이 클 뿐 실제 거래물량은 얼마 되지 않으며 동 거래와 관련하여 얻은 마진도 얼마 되지 않는다”라고 진술하였고, 개업과 동시에 거래를 할 수 있었던 경위에 대하여 “OOO의 구매팀장 재직당시의 인맥과 OOO의 인맥을 통하여 설립초기의 매출처 및 매입처를 확보하였으며 이후 영업과정을 통하여 지속적으로 매출처 및 매입처를 확정하여 현재에 이르게 되었다”라고 진술하였으며, 폐동의 운반과 관련된 비용, 차량의 수배 등을 누가 수행하였는지에 대하여는 “2010년 제1기부터 2011년 제1기까지의 거래관련 운반은 모두 청구법인이 수행하였으며 운반비용 또한 부담하였다. 2011년 제2기부터는 상기 운반관련 내역을 청구법인이 수행하기도 하고 거래처가 수행하기도 하였다. 폐동의 상차와 운반, 하차 등은 청구법인이 수배한 ㈜OOO, ㈜OOO 등의 물류업체나 개별차주가 수행하였다”고 하면서 폐동의 상차와 운반, 하차 등을 물류업체나 개별차주에게 전적으로 일임한 것인지에 대하여는 “제가 모든 거래를 수행하는 것이 현실적으로 불가능하여 물류업체나 개별차주에게 그 역할을 맡기긴 하였지만 많은 거래에 있어 상차에 직접 참여하였고 여유가 있을 때는 운반기사와 동행하여 운반, 하차 작업에도 직접 참여하기도 하였으며, 저나 직원인 이OOO가 직접 차량을 운반하여 폐동을 운반한 적도 있다”라고 진술하였고, 쟁점거래처①과의 거래동기에 대하여는 “OOO의 구매팀장으로 있던 2010년 1월 초순경 쟁점거래처①의 대표 나OOO이 직접 OOO을 방문하여 폐동관련 거래를 제안하였지만 개업(법인전환)한지 얼마 안 되는 신생사업자였던 관계로 거래가 성사되지 못했다. 2010년 2월 OOO을 퇴사하고 청구법인을 설립한 후 2010년 1월 알게 되었던 쟁점거래처①과 거래를 하게 된 것이다”라고 하면서 쟁점거래처①의 방문사실에 대하여 “처음 거래를 시작할 때 방문한 것은 물론 폐동을 상차할 때도 여러 번 방문하여 상차작업을 도와준 적이 있다. 하이패스나 통행료 영수증 이용내역 등을 보시면 확인할 수 있다. 정확하게 몇 번 방문하였는지는 모르지만 최소 백번 이상 방문한 것 같다”라고 진술하였으며, 쟁점거래처①과의 거래와 관련하여 정상적인 사업자인지 확인하기 위하여 어떤 조치를 취하였는지에 대하여는 “거래 전 사업자등록증 사본을 받았고, 쟁점거래처①이 분기별 또는 월별로 지속적으로 세금을 정상적으로 내는지 확인하기 위하여 납세완납증명원을 수취하였다. 쟁점거래처①에 직접 가서 상차 작업을 도왔기 때문에 정상적인 사업자가 아닐 수도 있다는 생각은 할 수가 없었다”라고 진술하였고, OOO에 대하여는 “쟁점거래처①의 주매입처가 OOO인 것으로 알고 있지만 OOO의 대표와는 전혀 친분관계가 없다. OOO이라는 상호도 쟁점거래처①이 자료상으로 고발되면서 알게 된 것으로 그 이전에는 들어본 적이 없다”라고 하면서 OOO과 쟁점거래처① 모두 폐동의 실물거래 없이 단지 세금계산서의 발행만을 위하여 만들어진 ‘종이 자료상’이라는 서인천세무서장의 조사의견에 대하여는 “쟁점거래처①에서 폐동을 상차할 때에 직접 참여하여 상차작업을 도와준 것이 백번이 넘는다. 쟁점거래처①에서 최종 소비업체인 OOO 등으로 폐동이 전혀 이동되지 않았다는 것 자체가 잘못된 전제이고 모순이다”라고 진술하였으며, 쟁점거래처②와의 거래동기에 대하여 “사업장을 방문한 쟁점거래처②의 대표인 김OOO이 거래를 하자고 하여 쟁점거래처②의 사업장에 5번 정도 방문하고 사업자등록증 사본을 수취한 후 본격적인 거래를 시작하였다”라고 하면서 “쟁점거래처②와 처음 거래를 시작할 때 사업장을 방문한 것은 물론 폐동을 상차할 때도 쟁점거래처②를 방문하여 상차작업을 도와준 적이 있다. 쟁점거래처②를 방문하여 찍은 사진도 핸드폰에 저장하고 있다. 정학하게 몇 번 방문하였는지는 모르지만 처음 방문한 것으로 빼고도 대략 10번 이상 방문한 것 같다”라고 진술하였고, 청구법인이 ‘선의의 거래상대방’으로서 주의의무를 다하지 않았다는 데에 대하여는 “쟁점거래처가 정상적인 사업자인 것을 확인하고 거래를 하였으며, 실제 동 사업장에 폐동이 적재되어 있는 것도 확인하였기에 거래를 시작하였다. 사업자에 불과한 저로서는 쟁점거래처①의 거래처인 OOO이 ‘폭탄조 자료상’인 것과 쟁점거래처①과 OOO이 미등록수집상을 드러내지 않게 하기 위해 만들어진 ‘자료상’인 것을 알 수 없었다. 처분청 의견대로라면 모든 폐동 거래 시마다 쟁점거래처①과 같은 매입처 뿐만 아니라 OOO과 같은 매입처의 매입처까지 따라다니면서 그 사업자가 모두 정상적인 사업자인 것을 확인하라는 것인데 그것은 저 뿐만 아니라 대한민국의 누구라도 할 수 없다. 저는 위장세금계산서를 수취한 사실 자체가 없으며 개업초기부터 현재까지 정상적인 폐동중개거래를 하면서 세금 또한 기일 내에 꼬박꼬박 내면서 납세의무를 성실히 이행하고 있는 억울한 사업자이다”라고 진술한 것으로 되어 있다.

(3) 쟁점거래처①에 대한 OOO세무서장의 자료상조사 종결복명서(2011년 10월) 내용과 쟁점거래처②에 대한 중부지방국세청 조사종결보고서(2011년 5월) 내용은 위 <표4>, <5>와 같고, 쟁점거래처①의 주요 매입처인 OOO에 대한 중부지방국세청장의 자료상조사 종결보고서(2011.11.29.) 내용은 아래 <표6>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOOO OOOOO OOOOO(OOOOOOOOOOO)

(4) 쟁점거래처①의 대표인 나OOO에 대한 2011.10.25.자 처분청 전말서를 보면, 나OOO은 “OOO에서 물건이 들어오면 정확히 계근하여 ‘계량확인서’를 출력한 후 보관하고 그 자료는 ‘계근자료집계현황’에 수동으로 기록된다. 먼저 총량을 계근을 하고 그 다음 공차를 계근한다”라고 하면서 물건을 어떻게 출고하는지에 대하여는 “OOO에서 물건이 입고되면 싣고 온 차량을 이용하여 출고를 빨리 하려고 하였다. OOO에서 운송자금을 부담하였고 청구법인은 계근대 등이 없으므로 저희가 편의를 봐주는 조건으로 운송비를 청구법인에서 부담하는 것으로 하였다”라고 진술하였고, 계근표상 진술내용과 다르게 물건이 입고될 때 공차가 먼저 들어오고 그 다음 총중량을 계량한 것으로 발급되고 있다는 데에 대하여 “그럴 리가 없다. 제가 직접 계근한 것이 아니니 확인해보겠다”라고 진술하였으며, 계근자료입고현황 자료에서도 자금사정 등으로 동을 1～2일 묵혀서 출고되고 있고, 현지 확인에서도 거의 재고가 없었다는 것이 확인되었다는 데에 대하여 “자금사정이야 제 사정이므로 묵혀서 출고되는 부분까지 제 사정이 있으므로 별 이상 없다고 생각한다”라고 진술하였으며, OOO은 소위 폭탄조 업체인 것으로 파악되고 있다는 데에 대하여 “OOO의 대표 조OOO이 2010년 11월경 쟁점거래처①을 방문한 이후 2010년 12월 OOO을 방문하여 계근대 위치 등을 확인하였고, 2011년 1월경 거래 직전에 OOO에 있는 OOO의 임대인 이OOO를 만나 임대차계약 사실을 확인하였으며, 조OOO이 출근하고 있는 것과 직원이 3명이라는 것을 확인하는 등 OOO이 실거래처임을 확인한 후 2011년 1월부터 거래하였다. 2010년 6월까지 OOO의 대표 조명철이 사업장에 출근을 하였다는 사실을 임대인인 이OOO에게 2011년 8월경 재확인하였다”라고 하면서 OOO으로부터의 매입시 계근사항에 대하여 “당시 담당자 백OOO(40대 중반으로 기억)의 착오로 총중량과 공차중량 시간을 반대로 수기 입력한 것으로 판단하나 실중량은 정확하며 사실이다”라고 진술한 것으로 되어 있다.

(5) 청구법인의 대표인 권OOO에 대한 2012.7.24.자 OOO지방검찰청장의 불기소이유통지서(사건번호 OOO)에 의하면, 권OOO은 조세범처벌법 위반 및 특정범죄가중처벌등에관한 법률 위반(허위세금계산서교부 등)에 대하여 2012.7.19. 증거불충분을 이유로 무혐의처분을 받은 것으로 확인되는데, 그 불기소이유서 내용은 위 <표2>와 같다.

한편, 2013.3.4.자 인천지방검찰청 부천지청장의 피의사건 처분결과 통지서(사건번호 2013 형제3727호)와 2013.11.21.자 인천지방검찰청 부천지청장의 피의사건 처분결과 통지서(사건번호 2013 형제3727호) 및 2011.12.1.자 서울남부지방검찰청장의 불기소이유통지서(사건번호 인천지방검찰청 2011 형제41300호)에 의하면, 쟁점거래처①과 그 대표인 나의열은 조세범처벌법 위반사건에 대하여 2013.2.25.에, 쟁점거래처②의 대표인 김OOO은 특정범죄가중처벌등에관한 법률 위반(조세)에 대하여 2011.11.29.에 각각 증거불충분을 이유로 무혐의처분을 받은 것으로 확인되고 있다.

(6) 청구법인이 제출한 청구법인의 납세증명서에 의하면, 청구법인은 2010.3.22. 개업 이래 매 과세기간마다 부가가치세, 법인세 등 제반 세금을 신고하고, 해당 세금을 모두 납부하였으며, 쟁점거래처로부터의 폐동 매입내역 및 각 매출처로의 매출내역이 기재되어 있는 쟁점거래처① 기준 거래현황(엑셀자료)과 쟁점거래처② 기준 거래현황(엑셀자료)을 보면, 세금계산서와 계근표(계량확인서), 계근표(㈜OOO)상의 수량(중량)이 일치하거나 거의 비슷한 것으로 나타나고 있고, 물품을 운반한 운반기사 중 김OOO의 2012.4.11.자 운송확인서와 허윤의 2011.11.19.자 운송확인서를 보면, 쟁점거래처① 또는 쟁점거래처①의 소재지인 OOO에서 상차하여 청구법인의 매출처인 OOO, OOO 등에서 하차한 것으로 되어 있으며, 위 운반기사들은 기재내용과 같이 본인이 직접 실제로 운송하였다는 진술을 하고 있는 것으로 나타나고 있다.

(7) 청구법인은 그 대표인 권OOO의 일산퇴계원고속도로 통행내역을 알 수 있는 현대카드 거래내역을 제출하고 있는데, 인터넷 포탈 사이트인 ‘다음’ 지도상 일산퇴계원고속도로는 청구법인의 사업장 소재지인 OOO에서 쟁점거래처의 사업장 소재지인 OOO로 왕래할 경우 거치는 고속도로임이 확인되고 있고, 청구법인이 제출한 쟁점거래처②의 매출처인 ㈜OOO 관련 심판결정서(조심 2012광1626, 2012.12.5.)와 쟁점거래처①의 전전 매출처인 OOO㈜ 관련 심판결정서(조심 2012중52, 2013.1.25.)를 보면, 우리 원은 이들 법인을 선의의 거래당사자로 판단한 것으로 나타나고 있다.

(8) 청구법인은 사전열람결과 다음과 같은 주장을 하고 있으며, 청구주장에 대한 근거자료로 앞서 언급한 내용 외에 ㈜OOO의 청구법인 차량운행일보 및 거래명세표와 ㈜OOO의 차량운행 일보, 쟁점거래처①의 현장사진과 사업자등록증, 차량번호 및 적재수량 내역서, 하나월드 차량배차현황 등을 제출하였다.

(가)

쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1) 청구법인이 이미 불복이유서에서 상세히 반박한 바와 같이, 단순히 자료상혐의자와의 거래자료라는 이유만으로 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 ‘자료파생에 의한 과세’에 대한 대법원 판결과 조세심판원의 결정에 정면으로 반하는 것이다.

2) 운송거래확인서에 상차지 기재와 관련하여 반드시 소재지번까지 기재하여야 한다는 규정이 없고, 더구나 운송거래확인서에 ‘시’나 ‘면’ 이름이 상이하게 기재된 것이 아니라 ‘OOO’까지 정확히 기재된 상황에서, 처분청이 단순히 소재지번이 기재되어 있지 않는다는 이유만으로 사실과 다른 세금계산서라고 판단하였다는 것은 전혀 납득할 수 없다.

3) 처분청은 운반기사들이 거래위장에 적극적으로 참여하였다는 이유로 고발된 자들이라는 사실에 비추어 이들 운송확인서는 객관성과 진실성이 있다고 보기 어렵다고 주장하나, 이와 같은 처분청의 추측만으로 운송확인서가 허위라고 볼 수는 없는 것이고(고발되었을 뿐 범죄혐의가 확정된 것이 아님), 오히려 청구법인이 제출한 계근표, 쟁점거래처①에서 계근하는 사진, 대금결제내역 등 제반 증거자료들은 위 운송확인서의 내용을 뒷받침하는 것인바, 이 건에서 실제 물류흐름과 서류상 물류흐름은 일치하였다고 보아야 한다.

4) 처분청은 청구법인의 대표인 권OOO이 쟁점거래처①과의 거래분에 대하여 운송차량 수배와 배차책임, 운송비지급 등에서 일관되지 않은 진술을 하고 있다고 주장하나, 이는 전혀 사실과 다른 주장으로, 즉, 당초 조사시 전말서 작성과정에서 권OOO은 ‘전체 매입·매출거래’에서 운송배차와 운반비 부담을 누가 했는지 질문(당초 조사 시 전말서 기재내용 중 해당 질의내용 아래 <표7> 참조)에 관하여 전체적으로 모두 청구법인이 수행하였다고 답변한 것이고, 이후 이의신청 심리과정에서 쟁점거래처①과의 거래분에 대하여 특정하여 질문을 하자 일부 쟁점거래처①이 직접 운송차량 수배와 차량배차를 하였으며, 특정한 일정기간 동안은 거래조건이 변경됨에 따라 쟁점거래처①이 운반비를 부담한 적이 있다고 쟁점거래처①에 특정하여 구체적으로 답변한 것으로, 이와 같이 당초 조사 시와 이의신청 심리과정의 질문내용이 상이함에도 불구하고 처분청은 내용이 다른 두 질문에 대한 답변을 교묘히 합쳐서 표시함으로써 청구법인의 대표인 권OOO인 마치 일관되지 않은 진술을 하고 있는 것처럼 사실을 왜곡하여 주장하고 있는 것이다.

OOOOOOOOOO OO OO O OOO OOOO(OO)

나아가, 이 건의 쟁점은 단순히 운송차량 수배와 차량배차, 운송비 부담을 누가하였는지가 아니라, 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지 여부라 할 것인데, 청구법인은 대부분 매출처공장 도착도 조건으로 원재료 매출을 하였기 때문에 물류 및 계근이 매출처공장 기준으로 이루어져 폐동의 상차와 운반, 하차 등에 대하여 물류업체나 개별차주에게 전적으로 일임한 것이 아니라 청구법인은 많은 거래에 있어 상차에 직접 참여하기도 하였고 여유가 있을 때에는 운반기사와 동행하여 운반, 하차 작업에도 직접 참여하기도 하였는바, 이는 매입처에서 배차된 운송차량이라고 하더라도 청구법인이 매출처에 대하여 최종 운송책임을 지기 때문인 것으로, 그러한 이유에서 청구법인은 배차된 차량의 차량번호·차량운전자·차량운전자의 핸드폰 번호를 확인하여 매출처에 상차 및 하차 일정을 통보하고, 운반차량의 출발시간 및 도착시간, 최종 계근 등에 관한 모든 사항을 확인하였고, 청구법인은 쟁점거래처①과의 거래에 있어서도 처음 거래를 시작할 때는 물론 폐동을 상차할 때에도 수시로 직접 쟁점거래처①을 방문하여 상차작업을 확인하고 도와주었으므로, 청구법인 입장에서는 쟁점거래처①이 정상적인 사업자가 아닐 수도 있다는 생각을 전혀 할 수 없었던 것이다.

청구법인은 모두 OOO에 소재하고 있는 쟁점거래처를 방문할 때 주로 ‘일산퇴계원고속도로’와 ‘일산대교’를 이용하였는데, 이와 관련하여 청구법인이 추가 소명자료로서 제출한 고속도로 통행료 영수증(현대카드 거래내역서)을 보면, 청구법인의 대표 권OOO이 수시로 위 업체를 방문하였음을 쉽게 알 수 있다.

5) 그 외 처분청은 재조사결과 쟁점거래처①과의 거래는 위장거래로 확정되었다고 주장하나, 처분청의 재조사결정은 기존의 조사내용을 그대로 인용하였을 뿐 실질적인 조사를 전혀 수행하지 않은 결과이고, 그 종결보고서 내용 또한 부당하므로, 위 재조사결과를 그대로 인정할 수는 없다.

(나) 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부

1) 처분청은 청구법인은 거래상대방인 쟁점거래처①의 악의여부를 충분히 파악할 수 있었을 것으로 ‘추측’된다는 근거만으로 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 업체선정 과정에서 쟁점거래처①의 사업자등록증을 받았고, 거래 계속 중에는 직접 쟁점거래처①을 방문하여 직접 상차작업을 돕고 운송에 대한 전반적인 과정을 확인하는 등의 노력을 계속하였던바, 청구법인은 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보아야 한다.

2) 그 외 처분청은 이 부분 주장과 관련하여서도 청구법인의 대표인 권OOO이 쟁점거래처①의 거래분에 대하여 운송차량수배와 배차책임, 운송비지급 등에서 일관되지 않은 진술을 하고 있다고 하나, 이는 앞서 언급한 바와 같이 전혀 사실과 다른 주장인 것이고, 오히려 처분청은 내용이 다른 두 질문에 대한 답변을 교묘히 합쳐서 표시함으로써 사실을 왜곡하고 있다 하겠다.

(9)

「부가가치세법」 제17조

제1항 제1호·제2호와 제2항 제1호부터 제7호까지는 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액 등은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(10) 그 외 관련법령은 별지 기재와 같다.

(11) 먼저 쟁점①에 대하여 본다.

살피건대, 청구법인은 쟁점거래처의 현장사진, 거래명세표 등을 제시하면서 쟁점세금계산서 관련 거래가 정상거래이고, 처분청 또한 실제 물류흐름과 서류상 물류흐름이 일치한다고 인정하고 있으므로 부가가치세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하나, 매입거래처로부터 수취한 세금계산서상의 거래를 실물이 수반된 정상적인 거래로 보려면 해당 거래처가 정상사업자로서 실지거래에 따른 것임을 납세의무자가 객관적으로 입증한 경우에만 인정할 수 있다고 봄이 타당하다 할 것인바, 이 건의 경우 처분청과 OOO세무서장 및 중부지방국세청장의 세무조사 결과 쟁점거래처①은 93% 자료상으로서 고발되었을 뿐더러 주요 매입처인 OOO도 자료상으로 확정되어 고발되었고, 더구나 쟁점거래처①이 청구법인 등 매출처에 대하여 실물거래

없이 매출세금계산서를 발행한 것으로 보아 부과한 처분에 대하여

우리 원은 기각결정을 한 점(조심 2012중1198, 2012.5.3.), 처분청의 재조사종결보고서를 보면, 쟁점거래처①은 청구법인 등

매출처에서 입금한 금액을 즉시 현금으로 출금하는 등 자료상 행위자의

전형적인 금융조작 수법을 동원하였고, 쟁점거래처①이 보관하고 있는 계량확인서는 거의 모든 계량이 공차중량이 먼저 표기되고 나중에 총중량이 표기되어 실거래를

증명할 수 있는 계근사항에 중대한 오류가 있는 것으로 나타나고

있는 점, 쟁점거래처①의 대표인 나OOO은 계량사항의 오류사항에 대하여 당시 담당자의 착오로 인한 것이라고만 할 뿐 제대로 된 답변을 하지 못하였고, 폐동의 물류흐름에 대한 진술이 집게차기사인 현OOO의 진술과 상이한 것으로 나타나고 있는 점, 쟁점거래처②는

100% 자료상으로 고발되었고, 그 대표인 김OOO은

조사 당시 사업장 내 컨테이너박스에서 생활하고 있는 것으로 나타나고 있을 뿐만 아니라 실제 매입처와 자금에 대한 지급처 및 사용내역을 제대로 소명하지 못하여 실사업자가 아닌 것으로 보이는 점, 쟁점거래처②의 운반기사들은 운반한 폐동의 출처에 대하여 알지 못하는 것으로 확인된 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점거래처에 대금을 지급하였다는 사정만으로는 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서 관련 물품을 실제 구입하였다고 인정하기는 어렵다 하겠으므로 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 봄이 타당하고, 나아가 검찰의 조세범 혐의 사건에 대한 기소여부는 범죄의 구성요건충족 여부 등에 관한 판단에 따라 결정되는 것으로서 세법에 근거한 조세의 부과처분과는 그 기준 및 관점이 다르므로 청구법인의 대표와 쟁점거래처의 대표 및 쟁점거래처①이 검찰로부터 불기소 처분을 하였다 하여 그것이 바로 이 건 부과처분의 부당함을 의미한다고 할 수는 없다고 판단된다(조심 2008부3219, 2008.11.28. 참조).

(12) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.

살피건대, 세금계산서의 공급자와 실제 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액은 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 할 것인데, 이 건의 경우 쟁점매입처가 모두 93% 또는 100% 가공으로 조사되어 청구법인에게 공급한 폐동을 어디서 구입하여 공급하였는지 전혀 확인이 되지 아니하고, 더구나 쟁점거래처②는 조사 당시 출입문이 잠겨 있었을 뿐더러 적재된 폐동은 없었던 것으로 확인된 점, 처분청은 운송과정 등에 대한 청구법인의 대표인 권OOO의 진술이 조사 당시와 이의신청 당시의 진술내용이 다르다고 진술하고 있는 점, 청구법인의 대표 권OOO은 폐동관련 업체에서 십여 년간을 근무한 경험이 있어 폐동의 유통구조에 대하여 잘 알고 있었을 것

이어서 조금만 주의를 기울인다면 폐동수집처, 폐동수집방법, 구입 및 납품단가 비교, 결제대금 인출방법 확인 등을 통하여 쟁점매입처가 자료상이라는 사실을 확인할 수 있었음에도 실질적 주의조치는 소홀히 한 채 외양

적 거래증빙만 갖춘 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 보기 어려워

청구법인을 선의의 거래당사자로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

(13) 다음으로 쟁점③에 대하여 본다.

「국세기본법」 제15조

는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하고, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정함으로써 신의성실의 원칙이 조세법 분야에서도 기본적 지도이념이 되어야 함을 천명하고 있는데, 기존의 법을 구체화하거나 이를 보충하고, 또 성문법의 경직성을 보완하는 등의 기능을 통해 법의 운용에 구체적 타당성을 확보할 수 있게 하는 이 신의성실의 원칙은 조세법 영역에서도 조세법률주의의 허점을 보정하는 역할을 하므로 비록 민사법 영역에 비하여 그 적용범위가 다소 제한적일 것이기는 하나, 조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래됨으로써 오히려 건전한 법질서에 역행하는 것으로 볼 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있을 것이고, 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 적용될 수 있음은 당연하다 할 것이다(대법원 2011.1.20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조).

이 건의 경우, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점거래처의①은 청구법인으로부터 대금이 입금되면 즉시 OOO으로 송금되고, 송금된 금액은 전액 현금으로 출금되는 등 자료상 행위자의 전형적인 금융조작 수법을 동원한 것으로 확인되고 있어 쟁점거래처①과의 거래흐름은 폭탄조 자료상의 전형적인 특성을 보이고 있다고 할 수 있는 점, 쟁점거래처②는 자금에 대한 지급처 및 사용내역을 제대로 소명하지 못하고 있는 것으로 보이는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인은 쟁점세금계산서 관련 거래과정에서 그 전 단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 자신의 이익을 위해 거래를 한 것으로, 청구법인이 악의적 사업자와 필연적인 상호의존 관계 및 공모가 있었다고 보이고, 이 건 폐동의 거래 형태, 유통 경로, 청구법인의 거래방식, 거래기간과 거래량 등에 비추어 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 부정거래를 한 악의적 사업자가 있음을 충분히 알 수 있었던 것으로 보이므로, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받는 행위는 변칙적인 유통구조나 가격형성과정을 통해 거래 징수되지 않은 부가가치세를 있는 것처럼 허위 기재하여 환급받는 것으로서

「국세기본법」 제15조

에서 규정하는 신의성실의 원칙에 반하는 것이라고 판단된다.

따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.