조심2012서5062 (2013.03.08)

OOO세무서장이 2012.5.1. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 과다납부한 농어촌특별세액을 기납부세액으로하여 납부불성실가산세를 감액·경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인의 배우자 이OOO(2008.4.11. 사망하여 청구인에게 납세의무승계)은 1996.10.16 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 주택재개발사업으로 2002.9.18. 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)한 후 2006.9.26. 신축주택을 양도하고,「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례, 이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 종전주택취득일부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상소득에 해당하는 것으로 보아 2006.11.30. 양도소득세 OOO 전액을 감면세액으로 하는 양도소득세 예정신고를 하고, 감면세액의 20%인 OOO을 농어촌특별세로 납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 쟁점규정에 따른 감면대상소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1996.10.16.)부터 신축주택 취득일 전일(2002.9.17.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 감면적용을 배제하고 2012.5.1. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 그 신축주택에는 재건축 또는 재개발조합을 통하여 신축주택 취득기간 내에 사용승인된 주택도 포함되는 것이므로 처분청이 신축주택 취득 이후 5년 이내 소득에 대해서만 면제하는 것으로 세법을 적용하는 것은 조세법률주의에 위배되며, 신축주택 양도소득 전체에 대하여 감면을 받은 후 부과제척기간이 경과한 납세자와 비교하여 형평의 원칙에도 반하는 것이므로 부당하고,

처분청이 감면대상 소득금액을 산정함에 있어서도 청구인이 신축주택을 취득 후 5년 이내에 양도하여「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분자의 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가가 존재하지 아니함에도 5년이 되는 날의 기준시가를 적용하였고, 청구인이 신축주택 취득시 추가 분담금 등을 납부한 사실을 고려하지 아니한 잘못이 있으며,「소득세법 시행령」제40조 제1항 산식 중 분모의 종전주택 취득시 기준시가를 산정함에 있어서도 신축주택은 종전주택의 환지로 보아야 하므로 최초 고시 공동주택의 토지·건물 기준시가로 안분계산하여야 함에도 이를 적용하지 아니하였고,

또한, 청구인이 신축주택을 양도할 2006.9.26. 당시에는 신축주택 양도소득금액 전체에 대한 비과세 관행이 확립되어 있다가 2009.1.20. 국세청의 새로운 해석에 따라 과세로 변경된 것으로서「국세기본법」에 따른 신의성실의 원칙과 소급과세 금지원칙을 위반하였으므로 처분청의 처분은 취소되어야 한다.

(2) 예비적 청구

신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우에도 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 산정(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결)하여야 하고,

쟁점주택 양도 이후 청구인은 법에 정한 절차에 따라 양도소득세를 신고하면서 고의로 납부를 해태할 의사가 없었고, 신고 후 5년이 넘도록 과세관청 또한 감면신청 내용이 적합다고 판정해 왔으며, 이 건 과세처분은 과세예고통지 등 절차없이 납세고지서만 부과제척기간 이내에 발부함에 따라 청구인은 수정신고 기회 등을 전혀 갖지도 못하게 되었음에도 납부불성실가산세를 납세자에게만 전가함은 가혹하므로 이를 취소하여야 하며,특히 양도소득세 신고시 납부하였던 농어촌특별세의 납부분에 대한 가산세는 감액되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있으므로신축주택 취득 이후5년 이내 발생한 양도소득금액에 대해서만 양도소득세를 감면하는 것은 타당하고, 부과제척기간이 경과하기 전 납세자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 처분청은 경정할 수 있으므로 신고내용에 탈루가 있는 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분 또한 적법하며,

「조세특례제한법」제99조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제2항에서 규정하는 산식에 따라 감면대상소득을 산정한 후 추가적으로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하고,

국세청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 소득이 감면대상소득에 해당한다는 유권해석을 한 사실이 없으므로 신축주택 양도소득금액 전체에 대한 비과세 관행이 확립되어 있었다고 할 수 없으므로 처분청의 처분은 정당하다.

(2) 예비적 청구

「조세특례제한법」제99조의3은 ‘신축주택을 취득하여 그 취득한날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 해당 신축주택을취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다’고 규정하고있으므로, 이 건의 경우 청구인의 신축주택보유기간이5년을 경과하지 아니하여 소득금액 차감방식의 감면적용이 어려우며,

납부불성실 가산세는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세이므로 청구인이 과소납부한 이상 이를 부과함은 정당하고,감면받을 세액을 추징함에 따라 발생하는 농어촌특별세 환급금은추징하는 소득세의 기납부세액으로 보는 것이 아니라「농어촌특별세법」제12조에 의거 소득세의 환급의 예에 따라 환급하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여 과세특례 적용을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

② 양도소득금액에 대한 과세특례 적용시 소득금액 차감방식을 적용하여야 하며, 새로운 세법해석에 따라 과세대상이 되었으므로 납부불성실가산세를감액·경정하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적청구)

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은「조세특례제한법」제99조의3에 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대하여 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 명확히 규정되어 있고, 예규 등에서 재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 견해를 표명하고 있으며, 침체된 주택시장 활성화라는 법 제정취지 및 합목적성에 비추어 종전주택 양도소득은 당연히 감면소득금액에서 배제하고 감면세액을 산정함이 타당하므로 당초 처분은 정당하다는 의견을 제시하면서 양도소득세 결정결의서, 부동산 양도계약서, 등기부등본 및 건축물관리대장, 신축주택 감면세액계산 적정여부검토서 등을 제출하였다.

(2) 청구인은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어서 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득 전체금액이 감면대상소득에 해당하고 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우에도 소득금액 차감방식으로 감면세액을 계산하여야 함에도 이를 잘못 계산하는 오류를 범하였고, 처분청이 기존해석을 부당하게 변경·적용함으로써「국세기본법」에서 규정하는 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙을 위반하였으며, 청구인이 양도소득세를 신고한 이후 5년이 넘도록 과세관청 또한 감면신청 내용이 적합다고 판정하였음에도납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하면서, 납세고지서 및 송달부, 등기부등본, 양도소득세 과세표준신고서 및 세액감면신청서, 대법원 판결문, 조세심판원 결정서, 질의회신문 등을 제출하였다.

(3)「조세특례제한법」(2010.1.11. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항에서 거주자가 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2009.7.22. 대통령령 제21634호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 되어 있다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은“신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3 규정에 따른 감면대상소득에 해당하지 아니하고,

이 때, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하며(서울행정법원 2011구단27363,2012. 3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임),「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있는 바, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도한 청구인의 경우, 처분청이「소득세법」 제90조에서 규정하고 있는 세액감면방식으로 양도소득금액을 산정한 것은 적법하다 할 것이다(조심 2012서5116, 2013.1.31. 외 다수 같은 뜻).

(나)「조세특례제한법 시행령」제40조에서 규정하고 있는 산식은 명문상 기준시가로 규정하고 있어 조세법률주의의 원칙상 실지거래가액을 적용할 수는 없는 것이며,신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는「조세특례제한법 시행령」제99조의3 제1항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나는 바, 청산금 납부분을 반영한 금액을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다(조심 2010서4640, 2013.1.17. 같은 뜻).

(다)소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

(라) 청구인은 국세청이 기존 예규를 변경함으로써 청구인에게 재산상 불이익을 받아 신의성실의 원칙과 평등의 원칙에 위반된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반한 것으로도 볼 수 없다.

(마) 따라서, 위에서 살펴본 바와 같이 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 부과제척기간이 경과하기 전 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조)이고,「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 것으로 규정하고 있는 바, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도한 청구인의 경우, 처분청이「소득세법」제90조에서 규정하고 있는 세액감면방식으로 양도소득금액을 산정한 것은 적법해 보인다.

(나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조), 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 2007중5316, 2008.5.29. 및 조심 2011중4909, 2012.4.25. 같은 뜻임).

다만,「농어촌특별세법」제5조 제1항 및 제7조 제1항에서「조세특례제한법」에 의하여 감면받는 소득세의 100분의 20을 농어촌특별세로 하여 당해 본세를 신고·납부하는 때에 함께 신고·납부하도록 규정하고 있고, 이에 따라 청구인이 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 신고시 농어촌특별세도 함께 신고하고 세액을 납부하였는바, 이처럼 양도소득세와 그 감면세액에 대하여 납세의무가 성립하는 농어촌특별세는 연계된 세목으로서 과세표준 산정, 신고·납부기한 등에 있어서 서로 밀접한 관련이 있는 점, 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재인 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 양도소득세를 신고하면서 일정 금액을 농어촌특별세로 납부한 이상, 당해 납부세액은 양도소득세 기납부세액으로 보아 관련 납부불성실가산세를 감액·경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2011서1077, 201.5.11. 외 다수 같은 뜻).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.