조심 2008관0048 (2008.10.13)

OOO세관장이 2008.2.11. 청구법인에게 한 관세 OOO원의 경정처분은 청구법인이 수입한 OOO조제품이 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제16조 제1항 각호에서 규정하고 있는 협정관세의 적용제한 대상에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 관련세액을 경정한다.

1. 처분개요

청구법인은 수입신고번호 OOO외 1건으로 OOO으로부터 수입한 OOO조제품(HSK 2008.19-2000, 이하 “쟁점물품”이라 한다)을「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 하의 상품무역에 관한 협정(이하 “한-아세안 FTA(Free Trade Agreement)”라 한다)」에 의한 협정세율(13%) 적용을 신청하여 처분청으로부터 수입신고수리를 받았다.

처분청은 쟁점물품에 대한 사후세액심사를 실시하여 한-아세안 FTA협정관세적용을 위해서는 OOO 통상부가 발급한 원산지증명서를 구비하여야 함에도 청구법인이 OOO 상공회의소가 발급한 원산지증명서를 구비하여 협정관세적용을 신청하였다 하여 2007.9. 18. 기본관세율(45%)로 산출한 세액으로 보정신고할 것을 요청하였고, 청구법인은 2007.11.12. OOO 통상부가 발급한 원산지증명서(발급일 : 2007.9.14. 및 9.20)를 보완제출하면서 한-아세안 FTA협정관세적용을 요청하였으며, 처분청은 청구법인이 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(이하 “FTA특례법”이라 한다) 등에서 수입신고수리전에 유효한 원산지증명서를 제출하도록 한 규정을 위반하였다 하여 동 협정관세적용신청을 거부하고, 2007.12.31.과세전통지를 거쳐 2008.2.11. 청구법인에게 관세 OOO원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 한-아세안 FTA는 2007.6.1.부터 발효된 협정으로서 원산지증명서 발급기관은 체약국에 따라 외교통상부, 통상부, 통상산업부, 국제통상산업부, 상무부, 세관 등으로 서로 상이함으로 인하여 원활한 원산지증명서 발급이 정착되지 아니한 2007.7～8월경에 쟁점물품이 거래되어 OOO의 수출자는 동 협정에서 규정한 자국의 통상부로부터 원산지증명서를 발급받지 아니하고 통상적인 원산지발급기관인 자국의 상공회의소로부터 원산지증명서를 발급받아 송부함에 따라 청구법인은 이를 근거로 2007.7.10. 및 2007.8.9. 쟁점물품에 대한 한-아세안 FTA협정관세율 13%로 수입신고하여 수리를 받았으며, 처분청이 사후세액심사를 실시하여 원산지증명서가 유효하지 않다고 지적함에 따라 수출자를 통하여 OOO 통상부가 발급한 원산지증명서를 보완제출하였음에도 처분청은 쟁점물품에 대한 협정관세율 적용을 부당하게 배제하였다.

(2) 전자서류에 의한 방법으로 쟁점물품에 대한 수입신고 및 협정관세적용신청시 원산지증명서 발급기관의 오류가 인식되도록 프로그램화되었거나 처분청이 수입신고수리전에 원산지증명서 발급기관의 상이함을 지적하였다면 청구법인은 유효한 원산지증명서를 제출할 수 있었음에도 처분청은 수입신고수리후 2개월이 경과한 2007. 9.18.에 이를 지적하였고, 또한 청구법인은 수출자가 OOO 통상부로부터 발급받은 원산지증명서를 보완제출하였을 뿐만 아니라 쟁점물품은 OOO에서 생산되어 우리나라로 직접운송된 물품으로서 한-아세안 FTA의 원산지인정기준인 직접운송원칙과도 부합하는 바, 수입신고수리 후에 유효한 원산지증명서를 제출하였다는 이유만으로 처분청이 동 협정관세 적용을 배제하고 기본관세율을 적용한 이 건의 과세처분은 체약국간의 상품무역의 확대를 목적으로 체결된 FTA의 기본정신에 위배되고 FTA특례법령 등에서 규정하고 있는 협정관세적용배제대상에도 해당되지 아니하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

관세법 제38조 제2항 및 동법 시행규칙 제8조 및 수입통관사무처리고시 제2-2-4조에는 한-아세안 FTA협정관세적용대상물품을 사전세액심사대상으로 지정하지 않았고, FTA특례법 사무처리에 관한 관세청고시 제3-2-3조에도 원산지발급기관의 확인에 관한 규정은 없으며, FTA특례법 제10조 제1항에는 수입신고수리 전에 협정관세적용을 신청하는 경우 유효한 원산지증빙서류를 갖추도록 규정하고 있음에도 청구법인은 쟁점물품 수입신고수리 전까지 한-아세안 FTA협정에서 원산지발급기관으로 지정되지 아니한 OOO 상공회의소가 발행한 원산지증명서를 구비하고 있다가 처분청의 지적후에 OOO 통상부가 발행한 원산지증명서를 제출하였으므로 수입신고수리 전에 유효한 원산지증명서를 갖추도록 한 규정을 위배하였다.

따라서, 한-아세안 FTA협정관세를 적용받기 위해서는 동 협정당사국에서 생산된 물품이라 하더라도 관계법령의 제반규정을 준수하여야 협정관세를 적용받을 수 있는 바, 청구법인이 사후에 제출한 원산증명서가 한-아세안 FTA협정관세적용을 위한 유효한 원산지증명서에 해당되지 아니하므로 처분청이 기본관세율을 적용하여 관련세액을 경정고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

수입신고수리전에 유효하지 아니한 원산지증명서를 구비하여 협정관세적용을 신청하여 수입신고수리를 받은 후 OOO 통상부로부터 발급받은 원산지증명서를 제출한 경우 한-아세안 FTA협정관세(관세율 13%)를 적용할 수 있는지 여부

나. 관계법령

(1) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한법률

제10조【협정관세의 적용신청 등】① 협정관세를 적용받고자 하는 자(이하 "수입자"라 한다)는 수입신고의 수리 전까지 대통령령이 정하는 바에 따라 세관장에게 협정관세의 적용을 신청하여야 한다. 이 경우 수입자는 신청 당시에 원산지증빙서류를 갖추고 있어야 하며, 세관장의 요구가 있는 경우에는 이를 제출하여야 한다.

② 세관장은 수입자가 제1항 후단의 규정에 따라 요구받은 원산지증빙서류를 제출하지 아니하거나 수입자가 제출한 원산지증빙서류만으로 당해 물품의 원산지를 인정하기가 곤란한 때에는 제16조의 규정에 따라 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다.

③ 제1항의 규정에 불구하고 수입신고의 수리 전까지 원산지증빙서류를 갖추지 못하여 협정관세의 적용을 신청하지 못한 수입자는 당해 물품의 수입신고수리일부터 1년 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다. 이 경우 수입자는 수입신고를 하는 때에 대통령령이 정하는 바에 따라 수입신고의 수리 후에 협정관세의 적용을 신청할 것이라는 의사표시를 하여야 한다.

제12조【원산지증빙서류 등의 보관 및 제출】② 관세청장 또는 세관장은 협정의 범위 안에서 원산지의 확인, 협정관세의 적용 등에 관한 심사를 하는데 있어서 필요하다고 인정하는 경우에는 수입자, 수출자·생산자(체약상대국에 거주하는 수출자 및 생산자를 포함한다) 그 밖에 원산지 또는 협정관세의 적정여부 등의 확인을 위하여 필요한 자로서 재정경제부령이 정하는 자에 대하여 제1항의 규정에 따른 서류의 제출을 요구할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 따라 관세청장 또는 세관장으로부터 서류의 제출을 요구받은 자는 20일 이상의 기간으로서 재정경제부령이 정하는 기간 이내에 이를 제출하여야 한다.

제13조【원산지에 관한 조사】①관세청장 또는 세관장은 체약상대국에서 수입된 물품과 관련하여 협정이 정하는 범위 안에서 원산지 또는 협정관세 적용의 적정여부 등에 대한 확인에 필요하다고 인정하는 때에는 제12조 제2항 및 제3항의 규정에 따라 제출된 원산지증빙서류의 진위여부와 그 정확성 등에 관한 확인을 체약상대국의 관세당국에 요청할 수 있다.

② 관세청장 또는 세관장은 필요하다고 인정하는 때 또는 체약상대국의 관세당국으로부터 원산지증빙서류의 진위여부와 그 정확성 등에 관한 확인을 요청받은 때에는 협정이 정하는 범위 안에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 대상으로 수출입물품에 대한 원산지 또는 협정관세 적용의 적정여부 등에 대한 확인에 필요한 서면조사 또는 현지조사를 할 수 있다.

1. 수입자

2. 수출자 또는 생산자(체약상대국에 거주하는 수출자 또는 생산자를 포함한다)

3. 원산지증빙서류 발급기관

4. 제12조 제2항에서 규정하는 재정경제부령이 정하는 자

제16조【협정관세의 적용제한】① 협정에서 다르게 규정한 경우를 제외하고 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 수입물품에 대하여 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다. 이 경우 세관장은「관세법」제38조의3 제3항 및 제39조 제2항의 규정에 따라 납부하여야 할 세액 또는 납부하여야 할 세액과 납부한 세액과의 차액을 부과·징수하여야 한다.

1. 정당한 사유 없이 수입자, 체약상대국의 수출자 또는 생산자(이하 이 조에서 "체약상대국수출자등"이라 한다)가 관세청장 또는 세관장이 요구한 자료를 제12조 제3항의 규정에 따른 기간 이내에 제출하지 아니하거나 허위 또는 사실과 다르게 제출한 경우. 다만, 원산지증빙서류의 기재사항을 단순한 착오로 잘못 기재한 것으로서 원산지결정에 실질적인 영향을 미치지 아니하는 경우를 제외한다.

2. 제13조 제1항의 규정에 따라 관세청장 또는 세관장이 체약상대국의 관세당국에 원산지의 확인을 요청한 사항에 대하여 체약상대국 관세당국이 재정경제부령이 정한 기간 이내에 그 결과를 회신하지 아니한 경우 또는 세관장에게 신고한 원산지가 실제 원산지와 다른 것으로 확인되거나 회신내용에 제9조의 규정에 따른 원산지의 정확성을 확인하는 데 필요한 정보가 포함되지 아니한 경우

3. 제13조 제2항의 규정에 따른 서면조사 또는 현지조사 결과 세관장에게 신고한 원산지가 실제 원산지와 다른 것으로 확인되거나 수입자 또는 체약상대국수출자등이 제출한 자료에 제9조의 규정에 따른 원산지의 정확성을 확인하는 데 필요한 정보가 포함되지 아니한 경우

4. 체약상대국수출자등이 제13조 제2항의 규정에 따른 관세청장 또는 세관장의 서면조사에 대하여 재정경제부령이 정하는 기간 이내에 회신하지 아니한 경우 또는 제13조 제3항의 규정에 따른 관세청장 또는 세관장의 현지조사에 대한 동의요청에 대하여 제13조제5항의 규정에 따른 기간 이내에 동의여부에 대한 통보를 하지 아니하거나 특별한 사유 없이 동의하지 아니하는 경우

5. 제13조 제2항의 규정에 따라 현지조사를 함에 있어서 체약상대국수출자등이 정당한 사유 없이 원산지증빙서류의 확인에 필요한 장부 또는 관련 자료에 대한 세관공무원의 접근을 거부하거나 협정에서 정한 원산지증빙서류를 보관하지 아니한 경우

6. 제14조 제1항의 규정에 따른 사전심사를 신청한 수입자가 사전심사의 결과에 영향을 미칠 수 있는 자료를 고의로 제출하지 아니하였거나 허위로 제출한 경우 또는 사전심사서에 기재된 조건을 이행하지 아니한 경우

7. 그 밖에 관세청장 또는 세관장이 원산지의 정확성 여부를 확인할 수 없는 경우로서 대통령령이 정하는 사유에 해당되는 경우

(2) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률시행령

제22조의 2【아세안회원국과의 협정에 따른 수입물품에 대한 협정관세의 적용 제한】① 세관장은 수입자가 허위 또는 사실과 다르게 작성 또는 발급된 원산지증명서를 제출함을 이유로 법 제16조제1항 제1호에 따라 협정관세의 적용배제 처분을 한 때에는 그 처분을 한 날부터 2월 이내에 대상물품·적용배제이유 및 법적근거를 기재한 서류와 수입자가 제출한 원산지증명서를 관세청장이 정하는 방법에 따라 해당 원산지증명서를 발급한 아세안회원국의 권한 있는 당국에 통보하여야 한다.

(3) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행규칙

제3조의2【아세안회원국과의 협정에 따른 원산지증명서 발급방식 등】①「대한민국과 동남아시아국가연합 회원국 정부 간의 포괄적 경제협력에 관한 기본협정 하의 상품무역에 관한 협정」(이하 "아세안회원국과의 협정"이라 한다)에 따라 원산지증명서는 영 제2조 제2항 제1호에 따라 발급된 것으로 한다.

② 제1항 및 아세안회원국과의 협정에 따라 동남아시아국가연합 회원국(브루나이 다루살람, 캄보디아왕국, 인도네시아공화국, 라오인민민주주의공화국, 말레이시아, 미얀마연방, 필리핀공화국, 싱가포르공화국 및 베트남사회주의공화국에 한정하며, 이하 "아세안회원국"이라 한다)을 원산지로 하는 원산지증명서를 발급하는 기관은 다음 각 호와 같다.

9. 베트남사회주의공화국을 원산지로 하는 물품: 베트남 통상부

(4) 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 사무처리에 관한 고시(관세청고시 제2007-14호,2007.6.1.)

제3-1-1조【원산지증명서의 확인】② 수입자는 체약상대국의 수출자가 제출한 원산지증명서가 협정의 규정에 의한 원산지증명서 양식인지 여부와 기재요령에 맞게 작성되었는지 여부를 확인하여야 한다. ③ 수입자는 제2항의 규정에 따라 원산지증명서를 확인한 후 법 제10조에 따라 협정관세 적용을 신청하여야 한다. 다만, 수입자가 원산지증명서를 구비하지 못하였거나 구비한 원산지증명서가 협정의 규정에 의한 원산지증명서가 아니거나 기재요령에 맞지 않는 경우에는 협정 및 법령에서 달리 규정하지 아니하는 한 협정관세 적용을 신청할 수 없다.

제 2 절 수입신고 수리 전 협정관세적용신청 절차

제3-2-2조【수입신고 수리전 협정관세적용신청】① 수입자는 제3-1-1조에 따라 원산지증명서를 확인한 후 협정관세적용신청서를 작성하여야 한다.

② 법 제10조 제1항에 따라 수입자는 수입신고수리 전(이하 “수리 전”이라 한다)까지 협정관세적용신청서를 세관장에게 제출하여야 한다. 이 경우 수입자는 수입신고를 하는 때에 다음 각호의 사항을 수입신고서에 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 수입신고서 18번 항목을 “A”로 기재

2. 적용받고자 하는 협정관세율 및 관세율 구분부호

제3-2-3조【신청서류 심사】세관장은 제3-2-2조의 규정에 의한 협정관세적용신청에 대하여 다음 각호의 사항을 심사하여야 한다.

1. 협정관세 적용대상 품목인지 여부

2. 수입신고서 18번 항목이 “A”로 기재되었는지 여부

3. 원산지와 협정관세율 및 관세율 구분부호 일치 여부

4. 협정관세적용신청서가 기재요령에 맞게 작성되었는지 여부

5. 법 제9조 제2항에 따른 직접운송원칙 충족 여부

6. 기타 협정관세 적용신청의 형식적 요건 확인을 위해 필요한 사항

제3-2-4조【원산지증빙서류 제출요구】① 법 제10조 제1항에 따라 세관장은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여는 수입자에게 원산지증빙서류 제출을 요구할 수 있다.

1. 수입신고서와 협정관세적용신청서의 원산지가 다른 물품

2. 품명과 원산지기준이 적정하지 않은 물품(예 : 품명-관상어, 원산지기준-B)

3. 제3국 선적물품 등 직접운송 미충족 우려물품

4. 물품의 특성, 수출국의 산업구조 등을 고려하여 원산지증빙서류 제출대상 품목으로 관세청장이 지정한 물품

5. 기타 원산지확인을 위하여 필요하다고 인정하는 물품

② 세관장은 제1항의 규정에 따라 원산지증빙서류의 제출을 요구하는 때에는「수입통관 사무처리에 관한 고시」(이하 “수입통관고시”라 한다) 제2-2-8조 규정에 따라 다음 각호의 사항을 기재한 보완요구서를 수입자에게 통지하여야 한다.

1. 서류제출 변경 요구

2. 원산지증빙서류 제출 요구

③ 수입자는 제2항에 따른 보완요구서를 통지받은 때에는 규칙 제16조 제2항에 따른 기간 이내에 수입신고서에 원산지증빙서류를 첨부하여 서류제출 방식으로 세관장에게 제출하여야 한다.

④ 세관장은 수입자가 제출한 원산지증빙서류를 확인한 결과 협정관세 적용요건을 충족하는 경우에는 즉시 협정관세를 적용하여 수리하여야 한다.

⑤ 세관장은 수입자가 원산지증빙서류를 제출하지 아니하거나 제출된 원산지증빙서류를 확인한 결과 협정관세 적용요건을 충족하지 못하는 경우에는 법 제10조 제2항에 따라 협정관세를 적용하지 아니할 수 있다. 다만, 원산지증빙서류를 확인한 결과 원산지에 의심이 있는 경우에는「관세법」제233조의 규정을 준용하여 관세청장을 경유하여 체약상대국에 원산지증명서 진위여부의 확인요청을 할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점물품에 대하여 한-아세안 FTA협정관세적용을 배제하고 기본관세율을 적용하여 관세 등을 경정고지하였고, 청구법인은 세관당국이 전자통관시스템에 의한 원산지증명서 발급기관의 확인기능을 구축하였거나 수입신고수리 전에 협정관세적용요건 등을 심사하여 원산지증명서 발급기관의 오류를 지적하였다면 유효한 원산지증명서를 제출할 수 있었을 것이나, 처분청이 이에 대한 대책을 마련하지 아니하고 사후심사를 실시하여 OOO 상공회의소에서 발급한 원산지증명서가 한-아세안 FTA 및 FTA특례법에서 규정하고 있는 정부기관이 발급한 것이 아니라고 지적하였기 때문에 OOO 통상부가 발급한 원산지증명서OOO를 보완제출하였음에도 쟁점물품에 대한 협정관세적용을 배제하고 기본관세율을 적용한 이 건의 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으며 청구법인의 수입신고, 협정관세적용신청 및 원산지증명서 구비사항은 아래 ＜표＞와 같다.

OOO

(2) FTA특례법 제10조에 의하면, 수입자는 원산지증빙서류를 갖추어 수입신고수리 전까지 협정관세적용을 신청하여야 하고 원산지증빙서류를 갖추지 못한 경우에는 협정관세적용신청의사를 표시한 후 수입신고수리 후 1년 이내까지 협정관세적용을 신청할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 제13조 제1항에는 세관장은 수입물품과 관련하여 원산지 또는 협정관세적용의 적정여부 등에 대한 확인이 필요한 경우 원산지증빙서류의 진위여부 등에 대한 확인을 체약상대국에 요청할 수 있고, 제16조 제1항 각호에는 당해 수입물품에 대하여 협정관세를 적용하지 아니하는 경우는 “정당한 사유없이 체약상대국수출자 등이 세관장의 요구자료를 일정기간내에 제출하지 아니하거나 사실과 다른 자료를 제출한 경우 또는 실제 원산지와 다른 것으로 확인되는 등의 경우에는 협정관세적용대상에서 제외”할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제3조의2 제2항의 규정에는 한-아세안 FTA에 의한 원산지증명서발급기관은 각 체약국별로 상이한 바, OOO이 원산지인 물품은 OOO 통상부가 발급기관으로 지정되어 있다.

한편, 재정경제부는 납세자의 편의를 도모하기 위하여 수입신고수리전에 협정관세적용을 신청하지 못한 경우 사후신청의 의사표시 없이도 수입신고수리일로부터 1년 이내에 원산지증명서 등을 구비하여 협정관세적용신청을 할 수 있도록 하는 내용 등을 포함한 FTA특례법개정법률안OOO을 2007.9.14. 국회에 제출하였고, 동 개정법률안은 OOO위원회 및 OOO위원회의의 의결을 거쳤으나 제17대 국회임기만료로 폐기된 사실이 확인되고 있고, 2008.7.15. 원산지증명서가 FTA특례법시행령 제2조에 의한 요건을 갖추지 아니한 경우 등에는 5일 이상 30일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구하도록 같은 법시행규칙 제16조를 개정(기획재정부령 제30호)한 바 있다.

(3) FTA협정관세적용과 관련한 유권해석 등을 살펴보면, 기획재정부는 2008.4.25. 한-EFTA FTA협정관세적용과 관련한 관세청의 질의에 대하여 “유효하지 아니한 원산지증명서를 근거로 협정관세를 적용신청하였다는 이유만으로 다른 절차를 고려하지 아니하고 협정관세의 적용을 배제할 수는 없으며 수입자가 새로운 원산지증명서를 보완제출한 경우 FTA특례법 제13조 제1항의 규정에 따라 체약상대국에 원산지의 조사를 요청하여 그 회신내용을 바탕으로 동법 제16조 제1항 각호의 규정에서 정하는 바에 따라 협정관세적용배제여부를 결정하는 것이 타당하다”고 회신OOO한 바 있고, 같은 쟁점에 대하여 관세청은 FTA특례법 제10조 제1항에서 수입신고수리 전에 유효한 원산지증명서를 제출하도록 한 규정에 부합하지 아니하므로 협정관세적용은 곤란하다고 회신OOO한 반면, OOO세관은 수입자가 제기한 이의신청에 대하여 “사후에 적법한 원산지증명서를 첨부하였음에도 단순한 절차상의 의무위반을 이유로 수입자에게 재산상의 손해를 감수하게 하는 것은 비례의 원칙에 반하는 처분이므로 FTA협정관세를 적용하여야 한다.”고 결정OOO한 사실이 있다.

(4) 한-아세안 FTA는 각 체약국이 교역상품에 대한 관세를 인하하여 이에 따른 무역증대를 통한 경제발전을 도모하기 위하여 체결한 국제협정으로서 이 건 쟁점물품에 대한 수입신고시 청구법인은 OOO 통상부가 아닌 상공회의소가 발급한 원산지증명서를 구비하여 협정관세적용을 신청하였으나 쟁점물품의 거래시기는 한-아세안FTA 발효초기인 2007.7～8월경으로서 각 체약국별로 발급기관의 다양화 등으로 인한 원산지증명서의 발급이 원활하게 정착되지 아니하여 수출자가 착오로 자국의 상공회의소로부터 발급받은 원산지증명서를 제출하였으나 청구법인이 부정한 방법으로 협정관세적용을 신청한 것으로는 보이지 아니하고, 처분청은 FTA특례법 제10조의 규정에 따라 수입신고수리 전에 유효한 원산지증명서를 구비하지 아니하였으므로 협정관세적용을 배제하여야 한다는 의견이나 같은 법 제10조는 협정관세적용 신청에 관한 규정으로서 수입자는 수입신고수리 전 또는 수리 후에 원산지증빙서류를 갖추고 신청할 수 있도록 규정하고 있고, 협정관세의 적용을 제한하는 규정은 같은 법 제16조 제1항 각호에서 열거하고 있는 바, 기획재정부도 2008. 4.25. “유효하지 아니한 원산지증명서를 근거로 협정관세를 적용신청하였다는 이유만으로 협정관세의 적용을 배제할 수는 없으며 수입자가 새로운 원산지증명서를 보완제출한 경우 FTA특례법 제13조 제1항의 규정에 따라 체약상대국에 원산지의 조사를 요청하여 그 회신내용을 바탕으로 동법 제16조 제1항 각호의 규정에서 정하는 바에 따라 협정관세적용배제여부를 결정하는 것이 타당하다”고 유권해석OOO한 점, 재정경제부가 제출한 FTA특례법개정법률안이 제17대 국회임기만료로 자동폐기되었으나 수입자의 사후신청의사표시가 없더라도 수입신고수리일 이후 1년 이내까지는 원산지증명서 등을 구비하여 협정관세적용신청을 허용할 수 있도록 관련규정개정을 추진한 점, 또한 원산지증명서가 FTA특례법시행령 제2조의 요건을 갖추지 아니한 경우에는 일정기간동안 보정할 수 있도록 2008.7.15. FTA특례법시행규칙을 개정하는 등 정부가 협정관세적용신청과 관련하여 수입업체의 불이익을 해소하고 납세자의 편의를 도모하기 위하여 관련법령의 개선을 추진하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, OOO 통상부가 아닌 OOO 상공회의소가 발급한 원산지증명서에 근거하여 수입신고 및 협정관세적용을 신청한 절차상의 의무를 위반하였다는 이유만으로 기본관세율로 과세하는 것은 부당하므로 처분청은 필요한 경우 FTA특례법 제13조의 규정에 따라 청구법인이 새로이 제출한 원산지증명서의 진위여부를 확인하는 등 이 건 쟁점물품이 같은 법 제16조 제1항 각호에서 규정하고 있는 협정관세적용의 제한대상에 해당되지 않는 경우에는 청구법인의 협정관세적용신청을 받아들이는 것이 타당하다고 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.