조심 2019서2956 (2019.12.09)

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 2013년 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 등과 사이에 ＜표1＞ 기재와 같이 OOO 차세대시스템(이하 “쟁점차세대시스템”이라 한다) 구축 프로젝트에 관한 개발.공급계약을 체결하고,

2013사업연도부터 2016사업연도까지 OOO 등에게 지급한 용역대금 총 OOO원(이하 “쟁점위탁비용”이라 한다)이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 세액공제 대상인 연구.인력개발비에 해당한다고 보아 2019.2.28. ＜표2＞ 기재와 같이 2013～2016사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점위탁비용이 조특법 시행령 별표6 제1호 나목 ① 괄호부분의 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용(이하 “전사적 기업자원 관리설비”를 “ERP”라 한다)”에 해당하여 위 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2019.5.2. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점차세대시스템 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이다.

조특법 제9조 제5항은 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있다.

청구법인은 신용카드업을 영위하는 사업자인바, 신용카드회사들은 신용카드를 사용하는 고객들의 생활 패턴을 면밀히 관찰하고 빠르게 변화하는 고객들의 생활패턴과 니즈에 발맞추어 방대한 빅데이터를 분석 및 활용하여 새로운 카드상품과 서비스를 개발할 수 있는 시스템을 개발하기 위해 노력하고 있다.

청구법인도 급변하는 금융환경의 변화에 선제적으로 대응하고 신규 비즈니스 전략을 적극적으로 지원하며 차별화된 soft 경쟁력 우위를 확보하고 고객 중심의 서비스 패러다임으로의 전환을 위하여 차세대시스템을 연구개발하기로 계획하고, 각 IT업체들의 제안서를 받은 다음 전담부서를 보유하고 있으며 수준 높은 기술을 가지고 있는 OOO 등을 수탁업체로 선정하여 쟁점차세대시스템의 연구개발을 위탁하였다. 사전준비기간을 포함하여 약 4년에 걸쳐 개발된 쟁점차세대시스템은 각종 데이터의 속성을 구조화하고, 방대한 양의 자료의 처리를 가능하게 함으로써 기존에 없던 획기적인 서비스를 창출하고 있는 빅데이터 경영의 초석이 되고 있다.

이처럼 쟁점위탁비용은 조특법 제9조 제5항이 설명하고 있는 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’에 해당하는 것이어서 연구개발비의 정의를 충족한다고 할 것이다.

(2) 조세심판원 및 법원도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다.

조세심판원은 차세대 시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것이 아니라고 한 바 있고(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 다수),

법원은 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발에 해당한다고 판시하였으며(대법원 2014.9.4. 선고 2014두7459 판결 등), 시스템 개발 위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 것으로 판시하였을 뿐만 아니라(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결), 이후에도 금융기관의 시스템 위탁개발에 대하여 연구개발에 해당하는 취지로 판결하였다.

청구법인의 쟁점차세대시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이나, 기존 대법원 판결 등에 비추어 기술적 진전을 위한 것이므로 여전히 연구개발에 해당한다. 또한, 쟁점차세대시스템은 그 개발 용역의 내용에 있어서 종합시스템 구축활동에 해당하고, 개발 용역의 수행은 개발 전담부서를 보유한 OOO 등에 의하여 진행되었다. 따라서 쟁점차세대시스템 구축활동은 연구개발활동에 해당한다.

(3) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 모든 시스템 개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니다.

(가) 조특법 시행령 별표6은 모든 시스템이 아니라 ERP 개발비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다.

위 별표6 개정 당시 기획재정부는 ERP 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 하는 의사였다. 기획재정부는 ERP 도입 위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고, 다만 실무상으로 이를 위탁 연구·인력개발비의 일종으로 해석하여 운용하고 있어 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외하려 하였으며, 이를 명문화하기 위하여 위 별표6을 개정하였다.

또한, ERP 위탁 도입비용이 단순 자산취득행위로 연구·인력개발비 대상으로 보기 힘든 점과 ERP 시스템이 생산성향상투자 세액공제 적용대상이므로 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 경우, 중복지원이 되는 점이 위 별표6 개정의 배경이 되었다(2010 개정세법 설명자료).

그렇다면 2010년의 조특법 시행령 별표6의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하고, 그 범위는 생산성향상시설투자 세액공제의 대상이던 ERP의 범위와 동일하다고 해석되어야 하며, 해당 개정이 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제하기 위한 것이었다고 보기 어렵다.

조세심판원도 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서 명확한 규정이 없고, 위탁연구개발비의 일종으로 해석하여 세액공제를 적용하여 오다가, ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 2010.2.18. 조특법 시행령 별표6을 개정하여 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외하였다고 설시하였다(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심 2013서134, 2013.7.23.).

그리고 ERP가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되지 않는다는 유권해석(국세청 법인세과-1006, 1007)이 나온 시점(2009.9.14.), 조특법 시행령 별표6에서 ERP를 세액공제 대상에서 제외한 시점(2010.2.18.), 조세심판원에서 ERP가 세액공제 대상이라고 인정한 시점(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심 2012서1708, 2012.7.18. 등), ERP를 생산성향상시설투자 세액공제의 범위에서 제외한 시점(2010.12.27.)을 비교하여도 2010년 조특법 시행령 별표6의 개정취지는 ERP를 특정하여 해당 활동이 더 이상 연구·인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는 문제의식에서 제외하고자 하였던 것이다.

이와 더불어 청구법인의 쟁점차세대시스템 위탁개발은 ERP 위탁 도입비용과 유사한 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득행위가 아니고 청구법인을 위한 개발 요구사항, 개발범위, 개발내용, 개발방법론, 개발환경을 반영하여 분석, 설계, 개발, 테스트, 적용 등의 단계를 구축된 것이다.

나아가, 현행 조특법 역시 아래 ＜표3＞에서 보는 바와 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용 및 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러 가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있고, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 이들 설비 및 시스템은 ERP와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것으로 ERP에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아니다.

＜표3＞ 조특법 상의 설비 또는 시스템

(나) 처분청의 의견대로 쟁점차세대시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 제외하면 OOO 등을 따라 잡기 위하여 국내기업들이 지출한 연구·인력개발비(전산시스템 개발비)도 세액공제 대상에서 제외되는 비상식적인 결론에 도달하게 된다.

(다) 처분청의 의견은 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의한 조특법 제9조 제5항에 반하는 해석이다.

처분청의 의견과 같이 시스템에 해당하는 것을 위탁개발하는 비용이 모두 세액공제 대상이 아니라고 해석할 경우, 제조업체들의 생산관리시스템이나, 공장자동화 시스템 개발 비용 등도 역시 세액공제의 대상에 해당되지 않는 부당한 결론에 이르게 된다(청구법인의 쟁점차세대시스템 역시 제조업에서의 생산공정설비와 유사한 역할을 하는 것으로, 새로운 상품 프로세스 등을 구축할 수 있고, 생산성이 향상되며 기업 경쟁력이 강화될 수 있다는 점에서 본질적으로 이들 시스템과 성격이 동일하다).

이러한 시스템의 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임이 분명하고, 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도, 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이를 모두 세액공제에서 배제된다고 해석한다면 연구·인력개발비 세액공제 규정을 사실상 사문화시키는 해석이고, 결국 시행령 규정으로 법에서 정한 세액공제 규정을 형해화시키는 것이다.

(라) 엄격해석을 하더라도 청구법인의 쟁점차세대시스템 구축비용은 연구·인력개발비 세액공제의 대상이다.

조특법 시행령 별표6은 ‘ERP 등’을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있는데, “등”은 ‘그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말’로 쓰이는데 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 ‘시스템’이라 규정하지 아니하고, ‘ERP 등 시스템’이라 규정한 것은 ERP 및 ERP와 유사한 시스템만을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 보아야 한다.

대법원(2007.10.25. 선고 2006두11125 판결)도 「법인세법」 제18조의3에서 규정한 ‘가지급금 등’에 대하여 가지급금 및 이와 유사한 성격의 자금으로 범위를 구체적으로 한정하고 있어 조세법률주의 등에 위반되지 않는다고 판시하였고, 하급심에서도 「상속세 및 증여세법」 제42조 제1항 제3호 후단의 ‘사업양수도·사업교환 및 법인의 조직 변경 등’에 대하여 주주의 소유지분이나 그 가액이 변동되는 모든 거래행위라고 볼 수 없고 적어도 ‘사업영수도, 사업교환 및 법인의 조직변경 및 그에 준하는 정도의 거래 및 행위 유형’을 의미하는 것으로 보아야 한다고 판시하였으며, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제19조 제1항이 금융재산 상속공제대상으로 ‘어음 등’을 규정하고 있음에도 조세심판원은 수표가 금융재산 상속공제 대상으로 열거되어 있지 아니하다면서 ‘어음 등’에 포함시키지 아니하였다(조심 2013서3899, 2013.12.27.).

(4) 쟁점차세대시스템 구축활동은 아래 ＜표4＞에서 기재한 바와 같이 정형화된 ERP 등의 구축과 명확히 구분되는 연구개발활동이다.

조세심판원은 은행의 경영 및 영업화 등에 필요한 제반 은행업무를 전산화하는 신기술 기반의 코어뱅킹 시스템개발 전산시스템 Upgrade 구축을 위하여 전담부서를 보유한 기업에게 위탁한 개발비용을 연구개발비에 해당하는 것으로 결정하였는바, ERP 등과 명확히 구분되는 쟁점차세대시스템의 구축비용도 연구개발비로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점위탁비용은 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하여 연구.인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

2010년 2월 개정된 조특법 시행령 별표6에서는 연구.인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 제외할 것을 명문화하였는바, 이는 ERP 등 시스템 개발이 조특법에서 정의하고 있는 연구개발의 활동에 부합하지 않기 때문이다.

이와 관련하여 조세심판원 역시 차세대시스템 구축비용은 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하여 연구인력개발비 세액공제가 불가능하다고 보고 있다(조심 2015서5554, 2018.7.27.).

청구법인의 쟁점차세대시스템 구축은 청구법인의 생산성 향상을 위한 시설투자로 해당 투자비용 지출에 관한 세액공제 근거규정은 조특법 제24조이나, 2010.12.27. 해당 규정(조특법 제24조 제1항 제4호)이 법률 제10406호로 삭제되어 2011.1.1. 최초로 개시되는 사업연도부터는 해당규정을 적용할 수 없는 것이다.

(2) 조특법 시행령 제8조 제1항 [별표6] 제1호 나목①의 “전사적 기업자원 관리 설비 등 시스템”의 의미

조특법은 ERP 등을 ‘구매.설계.건설.생산.재고.인력 및 경영정보 등 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터.주변기기.소프트웨어.통신설비 기타 유형.유형의 설비 및 이와 유사한 시스템’으로 규정하고 있고, 조세심판원 역시 “전사적 자원관리 시스템이란 기업활동을 위해 쓰이고 있는 기업 내의 모든 인적, 물적 자원을 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하게 되는 통합정보시스템(조심 2012서3991, 2013.7.23.)”이라고 정의하고 있으며, 기획재정부 역시 조특법 별표6의 “전사적 기업관리 관리설비 등”이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 설비를 의미한다고 해석(기획재정부 조세특례제도과-671, 2016.5.31.)하여 “전사적 기업자원 관리설비 등”에 전사적 기업자원관리설비와 유사한 설비까지 포함되는 것으로 해석하고 있다.

즉, 기업의 모든 분야에 있어서의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 전산시스템은 모두 ‘전사적 기업자원 관리설비’에 해당하는 것이고, 연구인력개발비 세액공제 제외대상에는 전사적 기업자원 관리설비 위탁 개발비용은 물론 이와 유사한 설비 위탁개발비용도 모두 포함되는 것이다.

(3) 기획재정부(조세특례제도과-671, 2016.5.31.)는 업종은 다르지만 지출 성격이 같은 차세대 시스템을 구축하기 위하여 지출한 비용에 대하여 ERP와 유사한 설비로 보았다.

한편, SI 개발은 새로운 소프트웨어를 개발한다기보다 기존에 개발된 소프트웨어 개발방법과 접근법을 적용하여 해당 기업의 업무프로세스에 맞게 적용하는 것으로, SI 위탁개발비용은 소프트웨어 구입비용 즉, 단순 자산취득행위에 해당하는 것으로 볼 수 있는데, ERP 등 시스템 개발 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외한 취지가 단순 자산취득행위를 연구개발비용으로 보기 곤란하기 때문인 점을 감안할 때, ERP 등 시스템 개발 위탁비용에 SI 개발 위탁비용 등을 포함하는 것이 타당하다[SI는 기업, 은행 등의 조직이 수행하는 구매, 생산, 판매, 고객관리 및 인사, 재무, 경영 등의 업무처리를 전자적으로 처리하는 정보시스템으로 정의되고(2003년 개정세법 해설), 차세대 시스템 개발은 SI 개발에 해당한다].

(4) 조특법 제9조 제5항은 2008.12.28. 신설시 연구개발을 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 정의하면서 개정이유를 ‘연구개발의 정의 및 세액공제가 적용되는 연구개발활동의 범위를 국제적인 기준(OECD의 R＆D개념)에 맞게 정비’하는 것이라고 설명하고 있는바, 미국 판례(North West Corporation and Subsidiaries, 1998.6.29.) 등에 의하면 과학적 기술적 진전을 회사 자체수준이 아니라 산업기술 수준에서 정의하고 있다.

청구법인의 시스템 개발은 이미 업계에서 충분히 검증된 수많은 하드웨어, 시스템 소프트웨어, 응용프로그램 등 다양한 분야의 원천기술을 이용하여 고객관리 등 경영 활동을 위한 시스템을 구축한 것으로 관련 분야 원천기술 자체를 개발한 것이 아니다.

청구법인의 쟁점차세대시스템은 청구법인의 IFRS, 수신.여신.외환.카드, 대외/대행, e뱅킹 연계, 재무회계, 자금/세무, 정보 등 인적.물적 자원을 전자적으로 관리하기 위한 시스템인바, 그 본질적인 속성상 전사적 기업자원 설비 등에 해당하는 것이고, 청구법인은 ERP와 차세대시스템이 서로 다른 것이라는 취지로 주장하나, 금융업계 조차 차세대시스템과 ERP를 명확하게 구분하고 있지 않는 것(조심 2014서614, 2014.4.16.)을 확인할 수 있다.

또한, 2002 간추린 개정세법에서는 ‘ERP 등 정보화 투자’의 개념에 대하여 설명하면서 SCM, CRM, SI를 포함한 정보화 관련 시스템을 ‘ERP 등 시스템’으로 해석하고 있는바, 청구법인의 POS시스템 개발.티머니 결제시스템.부대위탁 전용 시스템 재구축, 어플리케이션 개발, CVS 신 정보시스템 구축 등은 ERP와 유사한 SCM, CRM, SI 등에 해당하므로 ‘ERP 등 시스템’에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 지출한 차세대 전산시스템 개발 등을 위한 쟁점위탁비용이 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 일부개정되기 전의 것)

제1조[목적] 이 법은 조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8.“조세특례”란 일정한 요건에 해당하는 경우의 특례세율 적용, 세액감면, 세액공제, 소득공제, 준비금의 손금산입 등의 조세감면과 특정 목적을 위한 익금산입, 손금불산입 등의 중과세를 말한다.

제5조의2[중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례] 대통령령으로 정하는 중소사업자가 「중소기업기술혁신 촉진법」 제18조, 「산업기술혁신 촉진법」 제19조 및 「정보통신산업 진흥법」 제44조 제1항에 따라 2015년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을 「소득세법」 제32조 및 「법인세법」 제36조를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1.구매.설계.건설.생산.재고.인력 및 경영정보 등 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형.무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)

2.전자적 형태로 수요예측.수주(受注).용역제공.상품판매.배송.대금결제.고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형.무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비

제9조[연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입] ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구ㆍ인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조[연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1.연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비:라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2.연구.인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구.인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구.인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1) 중소기업인 경우 : 100분의 25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15

나)가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 10

3)대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의 8

4)1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

제24조[생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제] ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

4. 삭제 ＜2010.12.27＞

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정되기 전의 것)

제24조[생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제] ① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2012년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설

2. 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비

3. 삭제 ＜2000.12.29＞

4. 전자적 기업자원관리설비

(3)조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)

제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등] ① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표6의 비용을 말한다.

[별표6] 연구.인력개발비세액공제를 적용받는 비용

(4)조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

[별표6] 연구.인력개발비세액공제를 적용받는 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 기획재정부가 발간한 ‘간추린 개정세법’의 내용은 아래와 같다.

(가) 2002 간추린 개정세법

(나) 2010 간추린 개정세법

(다) 2011 간추린 개정세법

(2) ‘2010 개정세법 설명자료’의 내용은 아래와 같다.

(3) 기획재정부장관은 2016.5.31. 국세청장에 대한 질의회신에서 ‘조특법 시행령 별표6의 ERP 등이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 ERP 및 이와 유사한 설비를 의미하는 것’이라고 답변하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점차세대시스템이 기술적인 진전을 이루기 위한 전산시스템을 구축하기 위하여 외부업체에 위탁하여 개발을 진행하였고, 금융기관의 핵심 금융업무 수행, 대규모.장기간의 개발과정 소요, 개발 결과물의 청구법인 소유 등을 이유로 들어 ERP 등 시스템의 개발과는 근본적으로 다른 연구.개발활동에 해당하고, ERP와 같은 단순 자산의 취득 행위와는 분명히 구분되는 것이라고 주장한다.

그러나 쟁점차세대시스템이 비록 기존 소프트웨어의 이식이 아니라 청구법인의 특성에 부합하는 고도의 맞춤제작을 위하여 상당한 기간에 걸쳐 고액의 비용을 소요하여 개발된 것이라 하더라도 동 시스템 개발의 주된 목적이 청구법인 내부의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 것으로 보이는 점, 2010년 개정세법에서 위탁 및 공동연구개발비용 중 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다고 규정하였는데, 이는 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 ERP 등 시스템 개발 위탁비용으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하기는 어려웠던 것으로 보이는 점, 조특법 제9조 제2항 제1호에서 서비스 분야의 자체 연구개발에 필요한 비용만을 세액공제의 대상으로 한정하고 있는바, 쟁점차세대시스템의 개발과정에 새로운 서비스 또는 서비스 전달체계에 관한 연구개발비가 포함되었다면 관련된 위탁비용은 원천적으로 세액공제의 대상에서 배제되는 것이 타당한 점, ERP가 조특법상 정보화투자에 대한 세제지원 대상의 하나이고 정보화투자의 개념에 ERP를 비롯하여 쟁점차세대시스템에 해당하는 SI(System Integration, 시스템통합) 정보시스템도 포함되는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점차세대시스템은 ERP 또는 이와 유사한 시스템에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 쟁점차세대시스템 위탁개발비를 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다