조심 2012서1708 (2012.07.18)

OOO세무서장이 2012.1.13. 청구법인에게 한 2008사업연도 OOO 및 2009사업연도 법인세OOO원의 경정청구에 대한 거부처분은 주식회사 OOO 한다)의 연구개발용역비와OOO가 다른 업체에게 재위탁하여 지급한 연구개발용역비 OOO원 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액을

「조세특례제한법」제10조

의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 기성복 의류제품의 생산.판매 등을 영위할 목적으로 2006.11.1. 주식회사 OOO로부터 분할신설된 법인으로서, 2008.5.1.OOO(이하 “쟁점시스템”이라 한다)구축 개발용역계약을 체결하고, 동 용역으로 발생한 비용OOO원으로, 이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하지 아니하였다가, 2011.10.31. 쟁점비용을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 2008사업연도 법인세OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2012.1.13. 국세청 과세기준자문신청결과 쟁점비용이 연구인력개발비에 해당되지 않는다는 회신을 받아 신청내용이 기각결정되었다는 취지로 거부처분하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점비용은 아래와 같은 이유로

조특법 제10조

의 연구.인력개발비세액공제대상에 해당한다.

(1) 청구법인은 소비성 서비스업이 아닌 기성복 제조업을 영위하고 있는 법인으로서 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상사업자에 해당하고, 청구법인이 쟁점시스템개발을 위탁한 전산업체 및 일부 재하청업체는

「기술개발촉진법 시행령」제15조

및 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 인가받은 기업부설연구소를 보유하고 있으며, 쟁점시스템은 회사의 전사적 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 IT를 이상적으로 통합시킨 새로운 프로그램으로서 위 관련 법령의 기술개발에도 부합한다.

(2) 조특법 시행령 별표6 제1호 연구개발항목에서는 가목의 자체기술개발에 소요되는 전담부서 인건비 등 지출뿐만 아니라 쟁점비용과 같이 나목 마의 개발위탁비용 또한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상비용으로 규정하여 전담부서를 보유한 기업에 기술개발 위탁을 통하여 당해 세액공제의 목적으로 충족시키는 경우 동일한 혜택을 부여하는 것이므로 위탁비용도 기술개발촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로서 연구 및 인력개발비 세액공제가 적용되어야 한다(조심 2010서1645, 2011.11.30., 조심 2009서3678, 2010.9.1.).

(3) 청구법인의 경정청구대상인 쟁점비용은 응용프로그램개발비 및 시스템개발을 위한 Customizing되는 청구법인의 전용소프트웨어 구입비용으로 하드웨어 및 범용 소프트웨어 구입비와는 별도의 계약에 의하여 용이하게 구분되고, 개발비용 중 전담부서가 없는 전산업체에 재하청된 금액은 제외하였으므로 연도별 세액공제 적용시 비용구분의 적정성 문제는 발생될 여지가 없다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점비용이

조특법 제10조

의 연구.인력개발비세액공제대상이라고 주장하나, 아래와 같은 사유로 청구주장은 이유가 없다.

(1) 국세청의 예규(법인-1007, 2009.9.14., 법인-1008, 2009.9.14., 법규과-37, 2012.1.11.)를 보면, 제조 및 도.소매업을 영위하는 법인의 전사적 자원관리시스템의 위탁개발비는 연구 및 인력개발비에 해당되지 않는 것으로 해석하고 있고(청구법인의 사실관계에 대하여 국세청 과세자문위원회의결과도 동일함), 2010.2.18. 관련 시행령을 개정하여 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외한 입법취지는 ERP통합시스템 구축이 이미 개발되어 있는 소프트웨어를 기업의 요구상황에 맞게 Customizing하는 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로서 개정 전의 제조업을 영위하는 법인의 ERP통합시스템의 구축비용을 개정 후와 달리 해석하여 연구 및 인력개발비 공제대상으로 인정해야 할 근거는 없다고 판단된다.

(2) 위탁업체인 OOO가 재위탁업체에 지급한 2008년 OOO은 청구법인이 직접 위탁한 것이 아닌 위탁업체인OOO에서 위탁한 것으로 비록 업체가 기업부설연구소 인정받은 업체라 할지라도 다시 위탁한 부분에 상당한 금액에 대하여는 연구 및 인력개발비에 해당되지 아니하고(법인세과-483, 2010.5.26.), 청구법인이 관련 법령의 해석사례로 제출한 심판례에서도 제조업을 영위하는 내국법인의 전사적 자원관리시스템 위탁개발비가 연구 및 인력개발비에 해당한다고 확인된 것은 없다.

(3) 쟁점비용의 세부내역상 구축인건비 OOO은 쟁점시스템 도입 전에 청구법인의 전산실에서 구 시스템 관리를 위해 파견근무중인OOO의 직원 7명을 쟁점시스템구축에 동원하고 이에 대한 인건비(연구개발업무를 전담하지 않고 해당 용역계약에 따른 용역업무 수행과 기존시스템의 유지관리업무를 동시에 수행한 것)로서 연구 및 인력개발비에 해당하지 아니한다(법규과-1531-1, 2005.12.13.).

(4) 쟁점비용은 2010사업년도부터 조특법상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에서 제외되었는바, 이는 단순 소프트웨어 구입에 불과한 전사적 자원관리시스템관련 비용의 무분별한 세액공제를 제한하고자 개정한 것으로 개정 전의 쟁점비용이 입법취지에 부합한다고 볼 수 없다.

(5) 청구법인은 쟁점비용이 인건비인 개발비용이라고 주장하나, 구입한 소프트웨어는 SAPERP프로그램이고, 쟁점비용은 구매 후 프로그램을 기업의 특성에 맞게 Customizing하기 위한 업무분석과 프로그램 수정작업 후 시스템구축과 관련한 인건비로 이 모든 과정이 하나의 자산취득과정에 불과한 것이므로 이와 관련된 인건비는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 연구전담부서를 보유한 전산업체인OOO에게 쟁점시스템개발용역을 위탁(제3자에게 재위탁한 비용 포함)하고 지출한 비용이

조특법 제10조

의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 [별표6]의 비용을 말한다.

〔별표6〕

(3)

조세특례제한법 시행규칙 제7조

【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은

「기술개발촉진법 시행규칙」제7조

에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점비용이

조특법 제10조

의 연구.인력개발비세액공제대상에 해당한다고 주장하면서 아래와 같은 증빙을 제시하고 있다.

(가) 청구법인과OOO 사이에 2008.5.1. 약정한 시스템구축계약서에는 청구법인이 쟁점시스템구축 대가로 OOO, 개발용역 및 S/W공급대가 OOO에게 지불하기로 약정하였다가, 2009.6.20. 계약금액을OOO으로 변경한 것으로 나타난다.

(나) 청구법인과OOO사이에 2008.3.24. 계약한 서비스설명서에는 OOO가 기본계약에 첨부된 서비스설명서상의 시스템운영, 부가서비스, 용역대가 등을 제공하고, 청구법인은 이에 대하여 2008년 연간 기본료 OOO천원을 지급하기로 계약하였으며, 별첨에 있는 쟁점시스템구축 프로젝트 인력현황에서OOO가 수행하는 쟁점시스템구축 프로젝트에 대한 대가는OOO원으로 나타난다.

(다) 청구법인과 OOO사이에 2008.3.24. 합의한 서비스설명서에는2008.4.30. 쟁점시스템구축 프로젝트인력현황을 추가하기로 합의한 내용이 나타나고, 청구법인과OOO 사이에 2009.8.25. 수정계약한 서비스설명서에는 청구법인이 2009년 연간 기본료OOO을 지급하기로 계약하였다.

(라) 청구법인과OOO사이에 2009.1.5. 계약한 정보처리용역추가계약서(쟁점시스템 성능테스트 계약서)에는OOO가 쟁점시스템 성능테스트를 수행하고, 청구법인은 그 대가로 OOO원(부가가치세 별도)을 지급하기로 약정한 내용이 나타난다.

(마) 청구법인이 경정청구한 청구법인의 연도별 위탁개발비내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

(바) 청구법인은 OOO확인서를 제시하고 있는데, 동 확인서에는 청구법인의 쟁점시스템 구축시 투입된 OOO 용역금액을 아래 OOO와 같이 정리한 내용이 나타나며, 2008년 및 2009년 서비스설명서와 별도발행된 인건비에 대한 세금계산서, 투입된 인원 7명의 프로젝트 진행보고 등의 연구결과물을 제시하였다.

OOO

(2) 처분청은 아래와 같이 쟁점비용이 제조 및 도.소매업을 영위하는 법인의 전사적 자원관리시스템의 위탁개발비이고, 위탁업체인 OOO가 재위탁한 비용도 포함되어 있으며, 쟁점비용의 세부내역상 인건비OOO원은 연구개발업무를 전담하지 않고 해당 용역계약에 따른 용역업무 수행과 기존시스템의 유지관리업무를 동시에 수행한 것이어서

조특법 제10조

의 연구.인력개발비 세액공제대상이 아니라는 의견이다.

(가) 처분청 심리자료에 나타난 청구법인의 쟁점시스템 구축 세부내역은 아래

OOO

(나) 쟁점비용 중 인건비 OOO원에 대한 처분청 조사복명서에는 동 인건비는 청구법인 전산실에 근무중인 OOO 파견직원 중 7명을 쟁점시스템 구축 전담인원으로 재배정하고 지급한 인건비로서 새로운 전산시스템개발과 관련된 연구인력이 아니라 쟁점시스템 구축 용역계약에 따른 용역업무수행인력이고, 기존 전산유지보수업무와 시스템 용역업무를 동시에 수행하였으며, 추가인원 7명이 쟁점시스템구축으로 완전 전용되었다면 기존 전산시스템의 서비스를 원활하게 수행하기 위하여 추가 인력이 보강되어야 할 것이나, 인원증원이 이루어지지 아니한 것은 기존업무를 수행함과 동시에 쟁점시스템구축지원업무를 수행했다는 것을 반증하는 것이고, 사업수행계획서 등을 보면, 쟁점시스템 개발관련OOO전문연구소 인건비가 아닌 청구법인에 상주하면서 구축을 지원하는 인력에 불과한 것으로 판단되며, 2009년 3월, 4월 청구법인에 파견된OOO교육을 실시하였고, 그 과정의 개요를 보면 구매관리, 판매관리, 인사관리, 생산관리, 유지보수이며, 교육과정을 세부적으로 확인한 결과 구축된 전산시스템을 효율적으로 유지.보수관리하기 위한 분야별 교육인 것으로 확인된다는 내용이 나타난다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면,

조특법 시행령 제9조

제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있는바, 이 건의 경우 청구법인이OOO 일부의 용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 관여하기 어렵다고 보이는 점,

조특법 제10조

등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때OOO가 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이며(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임), 또한 제조업체라 하여 달리 보야할 것은 아니라 하겠다(조심 2012서1613, 2012.6.28., 조심 2010서1645, 2011.11.30. 참조). 다만, 처분청은 쟁점비용 중 인건비 OOO 경우 위 2의 (나)와 같은 사유 등으로 조특법상 연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아니라는 의견인 반면, 청구법인이 제시한 증빙자료만으로는 청구주장이 객관적으로 확인된다고 보기 어려우므로, 동 금액을

조특법 제10조

의 연구 및 인력개발비 세액공제대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.