조심 2016서0606 (2018.08.01)

이 건 심판청구 중 농어촌특별세 납부불성실가산세 부과처분 관련 부분은 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 2010.12.17.부터 2014.12.29.까지 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 등과 차세대 시스템 개발에 관한 정보처리 용역 계약 등을 체결하였고, 2011사업연도부터 2014사업연도까지 OOO 등에게 지급한 인건비 OOO원(이하 “쟁점위탁비용”이라 한다)이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당한다고 보아 2015.8.13. 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점위탁비용이 조특법 시행령 별표 6 제1호 나목 ① 괄호 부분의 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”(이하 “전사적 기업자원 관리설비”를 “ERP”라 한다)에 해당하여 위 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 2015.9.22. 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.18. 심판청구를 제기하였다.

라. 한편, 청구법인은 위 경정청구시 생산성향상시설투자 및 안전설비투자 세액공제액 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 같이 하였고, 처분청은 그 중 일부를 인정하여 법인세 합계 OOO원을 감액경정하였으나, 감면세액 증가에 따라 농어촌특별세를 증액경정OOO하였으며, 위 감액경정한 OOO원 중 OOO원을 위 농어촌특별세에 충당하여 2015.9.22. OOO을 환급하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.18. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2016.1.15. 직권으로 농어촌특별세 납부불성실가산세 합계 OOO원의 부과처분을 취소하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청이 청구법인의 2011～2014사업연도 연구·인력개발비 세액공제 관련 경정청구를 거부한 처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

(가) 이 건 전산시스템은 사업환경 변화에 대응하여 고객에게 새로운 서비스 등을 제공하기 위한 활동의 일환이다.

조특법 제9조 제5항은 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의하고 있다.

청구법인은 기존 편의점, 수퍼마켓 간의 경쟁심화 및 최근 대기업의 편의점 사업의 신규 진출 등 변화하는 사업환경에 대응하여 고객에게 사용자 중심의 상품운용 체계, 상품관리 시스템, 점포 영업시스템, 물류프로세스 등의 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위하여 이 건 전산시스템을 구축하게 되었다.

(나) 조세심판원 및 법원도 전산시스템 구축활동을 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 인정한 바 있다.

조세심판원은 차세대 시스템 개발 관련 비용의 성격에 대하여 지식정보기술을 바탕으로 카드, 보험, 복합 금융 등 선진 금융서비스를 구현하기 위한 것으로서 단순한 범용 소프트웨어의 구입이나 단순 시스템의 변경 등에 불과한 것이 아니라고 한 바 있고(조심 2013서1475, 2014.2.25. 등 다수),

법원은 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발에 해당한다고 판시하였으며(대법원 2014.9.4. 선고 2014두7459 판결 등), 시스템 개발 위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 것으로 판시하였을 뿐만 아니라(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결), 이후에도 금융기관의 시스템 위탁개발에 대하여 연구개발에 해당하는 취지로 판결하였다.

청구법인의 전산시스템 개발은 2010.1.1. 이후 이루어진 것이나, 기존 대법원 판결 등에 비추어 여전히 기술적 진전을 위한 것이므로 연구개발에 해당한다. 또한, 이 건 전산시스템은 금융기관의 전산시스템 개발과 같이 그 개발 용역의 내용에 있어서 종합시스템 구축활동에 해당하고, 개발 용역의 수행은 개발 전담부서를 보유한 OOO 등에 의하여 진행되었다. 따라서 이 건 전산시스템 구축활동은 연구개발활동에 해당한다.

(다) 2010.2.18. 조특법 시행령의 개정으로 모든 시스템 개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것이 아니다.

1) 개정의 배경 등을 감안하였을 때 조특법 시행령 별표 6은 모든 시스템이 아니라 ERP 개발비용을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다.

위 별표 6 개정 당시 기획재정부는 ERP 관련 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외하고자 하는 의사였다. 기획재정부는 ERP 도입 위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 명확하지 않고 다만 실무상으로 이를 위탁 연구·인력개발비의 일종으로 해석하여 운용하고 있어 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외하려 하였으며 이를 명문화하기 위하여 위 별표 6을 개정하였다.

또한, ERP 위탁 도입비용이 단순 자산취득행위로 연구·인력개발비 대상으로 보기 힘든 점과 ERP 시스템이 생산성향상투자 세액공제 적용대상이므로 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는 경우, 중복지원이 되는 점이 위 별표 6 개정의 배경이 되었다(2010 개정세법 설명자료).

그렇다면 2010년의 조특법 시행령 별표 6의 개정으로 세액공제 대상에서 제외되는 비용은, 단순 자산 취득행위에 해당하는 순수한 ERP 도입비용을 의미하는 것이라고 해석되어야 하고, 그 범위는 생산성향상시설투자 세액공제의 대상이던 ERP의 범위와 동일하다고 해석되어야 하며, 해당 개정이 모든 시스템 개발비용을 세액공제 대상에서 배제하기 위한 것이었다고 보기 어렵다.

조세심판원도 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 대해서 명확한 규정이 없고, 위탁연구개발비의 일종으로 해석하여 세액공제를 적용하여 오다가, ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로 단순자산의 취득행위에 해당하는 것으로 보아 2010.2.18. 조특법 시행령 별표 6을 개정하여 ERP 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 공제대상에서 제외하였다고 설시하였다(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심 2013서134, 2013.7.23.).

그리고 ERP가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되지 않는다는 유권해석(국세청 법인세과-1006, 1007)이 나온 시점(2009.9.14.), 조특법 시행령 별표 6에서 ERP를 세액공제 대상에서 제외한 시점(2010.2.18.), 조세심판원에서 ERP가 세액공제 대상이라고 인정한 시점(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심 2012서1708, 2012.7.18. 등), ERP를 생산성향상시설투자 세액공제의 범위에서 제외한 시점(2010.12.27.)을 비교하여도 2010년 조특법 시행령 별표 6의 개정취지는 ERP를 특정하여 해당 활동이 더 이상 연구·인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 않는다는 문제의식에서 제외하고자 하였던 것이다.

이와 더불어 청구법인의 전산시스템 위탁개발은 ERP 위탁 도입비용과 유사한 소프트웨어 구입비용의 일종인 단순 자산취득행위가 아니고 청구법인을 위한 개발 요구사항, 개발범위, 개발내용, 개발방법론, 개발환경을 반영하여 분석, 설계, 개발, 테스트, 적용 등의 단계를 구축된 것이다.

나아가, 현행 조특법 역시 아래에서 보는 바와 같이 각각의 설비 또는 시스템에 대하여 그 설비 및 시스템의 내용 및 세액공제의 내용 및 취지에 따라 여러 가지 세액공제의 혜택을 부여하고 있고, 시스템 투자 전부를 일괄적으로 각 세액공제 대상에서 제외하고 있지 않다. 이들 설비 및 시스템은 ERP와 대등하거나 병렬적으로 존재하는 것으로 ERP에 포함되거나 그에 종속되는 개념이 아니다.

<표2> 조특법 상의 설비 또는 시스템

2) 조특법 시행령 별표 6의 개정시 ‘ERP 등’으로 규정한 것은 ERP와 유사한 재무보고 시스템 등을 포함하기 위한 것이다.

IFRS가 국제회계기준의 세계적 기준으로 결정되었고, 국내에서 IFRS가 도입됨에 따라 기업들의 IFRS 시스템 개발비용이 큰 폭으로 증가하였는데, IFRS 시스템 개발비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부에 대하여 과세당국과 납세자간 이견이 제기되었고, 조세심판원은 IFRS 시스템이 ERP와 유사한 시스템 또는 ERP 시스템 패키지의 일부에 해당한다는 이유로 다수의 사례에서 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 해석하였다(조심 2011서1754, 2012.6.12., 조심 2012서3991, 2013.7.23. 등).

이러한 정황을 감안하였을 때 2010.2.18. 조특법 시행령 별표 6의 개정시 ‘ERP 등’을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 것은 재무보고 시스템과 같이 ERP와 유사한 시스템을 아우르기 위한 것으로 이해된다.

3) 처분청의 의견대로 전산시스템 개별비용을 세액공제 대상에서 제외하면 OOO 등을 따라 잡기 위하여 국내기업들이 지출한 연구·인력개발비(전산시스템 개발비)도 세액공제 대상에서 제외되는 비상식적인 결론에 도달하게 된다.

4) 처분청의 의견은 연구개발활동을 “과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”으로 정의한 조특법 제9조 제5항에 반하는 해석이다.

처분청의 의견과 같이 시스템에 해당하는 것을 위탁개발하는 비용이 모두 세액공제 대상이 아니라고 해석할 경우, 제조업체들의 생산관리시스템이나, 공장자동화 시스템 개발 비용 등도 역세 세액공제의 대상에 해당되지 않는 부당한 결론에 이르게 된다(청구법인의 전산시스템 역시 제조업에서의 생산공정설비와 유사한 역할을 하는 것으로, 새로운 상품 프로세스 등을 구축할 수 있고, 생산성이 향상되며 기업 경쟁력이 강화될 수 있다는 점에서 본질적으로 이들 시스템과 성격이 동일하다).

이러한 시스템의 개발은 과학적 또는 기술적 진전을 가져오는 활동임이 분명하고, 그로 인하여 새로운 제품이나 서비스 생산이 가능해짐에도, 관련 비용이 전산시스템과 관련이 있다는 이유로 이를 모두 세액공제에서 배제된다고 해석하는 연구·인력개발비 세액공제 규정을 사실상 사문화시키는 해석이고, 결국 시행령 규정으로 법에서 정한 세액공제 규정을 형해화시키는 것이다.

5) 엄격해석을 하더라도 청구법인의 전산시스템 구축비용은 연구·인력개발비 세액공제의 대상이다.

조특법 시행령 별표 6은 ‘ERP 등’을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하고 있는데, “등”은 ‘그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음을 나타내는 말’로 쓰이는데 법에서 세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 ‘시스템’이라 규정하지 아니하고, ‘ERP 등 시스템’이라 규정한 것은 ERP 및 ERP와 유사한 시스템만을 연구개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 보아야 한다.

대법원(2007.10.25. 선고 2006두11125 판결)도 「법인세법」 제18조의3에서 규정한 ‘가지급금 등’에 대하여 가지급금 및 이와 유사한 성격의 자금으로 범위를 구체적으로 한정하고 있어 조세법률주의 등에 위반되지 않는다고 판시하였고, 하급심에서도 「상속세 및 증여세법」 제42조 제1항 제3호 후단의 ‘사업양수도·사업교환 및 법인의 조직 변경 등’에 대하여 주주의 소유지분이나 그 가액이 변동되는 모든 거래행위라고 볼 수 없고 적어도 ‘사업영수도, 사업교환 및 법인의 조직변경 및 그에 준하는 정도의 거래 및 행위 유형’을 의미하는 것으로 보아야 한다고 판시하였으며, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제19조 제1항이 금융재산 상속공제대상으로 ‘어음 등’을 규정하고 있음에도 조세심판원은 수표가 금융재산 상속공제 대상으로 열거되어 있지 아니하다면서 ‘어음 등’에 포함시키지 아니하였다(조심 2013서3899, 2013.12.27.).

(라) 이 건 전산시스템 구축활동은 정형화된 ERP 등의 구축과 명확히 구분되는 연구개발활동이다.

조세심판원은 은행의 경영 및 영업화 등에 필요한 제반 은행업무를 전산화하는 신기술 기반의 코어뱅킹 시스템개발 전산시스템 Upgrade 구축을 위하여 전담부서를 보유한 기업에게 위탁한 개발비용을 연구개발비에 해당하는 것으로 결정하였는바, ERP 등과 명확히 구분되는 이 건 시스템의 구축비용도 연구개발비로 인정되어야 한다.

청구법인은 선진화된 시스템을 활용한 다양한 통합서비스 제공, 상품관리 및 상품분석 프로세스를 분석함으로써 상품경쟁력 확보, 물류지원 및 행사지원으로 영업 경쟁력 확보, 그리고 POS(판매시점정보관리) 시스템 간소화 및 속도 개선, 현장 발주 등 업무자동화에 따른 효율성 증대라는 목표하에 전산시스템 개발을 진행한 것으로 이는 경쟁력을 강화하여 수익성을 높이기 위함이다.

(마) 처분청은 2003년 생산성향상시설투자 세액공제 관련 규정의 개정취지를 근거로 공급망관리(SCM), 고객관계관리(CRM), 시스템 통합(SI) 등을 포함한 모든 정보화 관련 시스템을 ‘ERP 등 시스템’으로 해석하여 쟁점위탁비용도 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 포함된다는 의견이나,

개정세법 해설에서는 SCM을 납품업체와의 외부관계에 중점을 두는 시스템으로, CRM을 고객과의 외부관계에 중점을 두는 시스템으로 규정하는 반면, ERP를 인사·회계·자재·생산 등 주로 기업 내부의 인적·물적 자원을 효율적으로 관리하기 위한 시스템(기업의 내부생산성 투명성 제고에 중점)으로 규정하고 있어 ERP와 타 시스템을 명백히 달리 규정하고 있다.

따라서 2003년 생산성향상시설투자 세액공제 관련 규정의 개정취지는 SCM, CRM을 ERP와 유사한 정보화투자의 일종으로 생산성향상시설투자 세액공제 대상에 추가한다는 취지에 불과하다.

(바) 청구법인의 이 건 시스템 개발 목표는 핵심 영업 및 경쟁력 제고를 위한 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화에 있기 때문에 처분청 의견처럼 이 건 시스템 개발을 개발 전(As-Is) 시스템을 개발 후(To-Be) 시스템으로 개선하기 위한 것으로 볼 수 없다. 또한, As-Is 시스템에서 To-Be 시스템으로의 개선은 모든 시스템 구축시 사용하고 있는 시스템 개발 방법에 해당하는 것이고 이를 시스템 개발 목표라고 해석하는 것은 시스템 개발 과정을 잘못 이해한 것이다.

(사) 판례(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결 등)는 금융기관이 아닌 법인이 위탁한 용역이 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축하는 것이라면 이를 연구개발이라고 보는데 어려움이 없으며, 연구개발이 특허를 획득하기 위한 것이 아니므로 연구개발에 해당하기 위하여 특허의 요건인 ‘진보성’ 등까지 갖추어야 한다고 해석할 수 없다고 판시하였다.

청구법인의 이 건 전산시스템 위탁개발용역은 아래와 같이 핵심 영업 및 경쟁력 제고를 위한 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 위한 시스템 구축이고 기술적 진전 효과가 존재하므로 연구·인력개발비 세액공제 적용 대상에 해당된다.

(2) 농어촌특별세 납부불성실가산세는 과세 대상이 아니므로, 국세환급금 충당 대상이 아니다.

조세심판원은 ‘법인세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 법인세의 부가세로서 청구법인이 법인세를 과다하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과소하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하여 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로 처분청에서 청구법인이 과다납부한 법인세를 환급하면서 가산한 국세환급가산금 중 농어촌특별세의 납부세액으로 인정받은 금액에 상당하는 국세환급가산금을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 과다납부한 법인세를 농어촌특별세 납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 과세하지 않는 것이 타당하다’고 설시하였다(조심 2012서3715, 2013.1.16., 조심 2014전764, 2014.4.24.).

그러므로 처분청이 조특법상 안전설비 투자 등에 대한 세액공제 및 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 환급액에서 농어촌특별세 납부불성실가산세액을 충당한 것은 타당하지 아니하므로 청구법인에게 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점위탁비용은 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하여 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

(가) 2010년 2월 개정된 조특법 시행령 별표 6에서는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’을 제외할 것을 명문화하였는바, 이는 ERP 등 시스템 개발이 조특법에서 정의하고 있는 연구개발의 활동에 부합하지 않기 때문이다.

조특법 제24조 제1항의 생산성향상시설 투자 세액공제 대상을 보면 2003년 법 개정으로 서비스 업종까지 그 대상을 확대하면서 ERP와 함께 공급망관리(SCM), 고객관계관리(CRM), 시스템 통합(SI) 등을 정의하고 개정취지를 ERP와 유사한 정보투자인 SCM, CRM 투자에 대하여도 ERP와 동일하게 세제지원을 하기 위함이라고 밝히고 있어 쟁점위탁비용도 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 포함된다고 보는 것이 타당하다.

또한, 기획재정부(조세특례제도과-671, 2016.5.31.)는 업종은 다르지만 지출 성격이 같은 차세대 시스템을 구축하기 위하여 지출한 비용에 대하여 SCM, CRM을 ERP와 유사한 설비로 보았다.

한편, SI 개발은 새로운 소프트웨어를 개발한다기보다 기존에 개발된 소프트웨어 개발방법과 접근법을 적용하여 해당 기업의 업무프로세스에 맞게 적용하는 것으로, SI 위탁개발비용은 소프트웨어 구입비용 즉, 단순 자산취득행위에 해당하는 것으로 볼 수 있는데, ERP 등 시스템 개발 위탁비용을 세액공제 대상에서 제외한 취지가 단순 자산취득행위를 연구개발비용으로 보기 곤란하기 때문인 점을 감안할 때, ERP 등 시스템 개발 위탁비용에 SI 개발 위탁비용 등을 포함하는 것이 타당하다[SI는 기업, 은행 등의 조직이 수행하는 구매, 생산, 판매, 고객관리 및 인사, 재무, 경영 등의 업무처리를 전자적으로 처리하는 정보시스템으로 정의되고(2003년 개정세법 해설), 차세대 시스템 개발은 SI 개발에 해당한다].

(나) OOO 등은 고객들에게 전에 없던 새로운 서비스를 제공하는 스마트폰 운영 시스템 및 결제시스템 등 새로운 결과물을 창출하기 위한 것이므로 업무생산성·효율성 및 영업경쟁력 극대화·IT 효율 및 생산성 개선을 목표로 한 청구법인의 차세대시스템과는 다른 것이다.

청구법인의 차세대시스템은 기업내부의 업무능력향상 및 개선과 관련된 시스템 개발을 목표로 상품관리, 유통체계, 결제처리 등을 통합하는 전사 차원의 개발 전(As-Is) 시스템을 (To-Be 시스템으로) 개선하는 것이다. 차세대시스템 개발의 주된 목적은 업무생산성·효율성 및 영업경쟁력 강화, 수익성 개선 등을 통한 업계 최고 수준의 업무환경 제공이고, 세부목표가 선진화된 시스템을 활용한 다양한 서비스 제공, 상품관리 및 분석 프로세스를 분석함으로써 상품경쟁력 확보, 물류 및 행사지원, POS 간소화 및 속도 개선, 현장 발주 등 업무 자동화에 따른 효율성 증대로, 이는 기존의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 전산 시스템을 개선하기 위한 것이고, 조특법 제5조의2 제1항의 ERP 및 이와 유사한 시스템의 개선활동에 해당한다.

(2) 청구주장과 같이 차세대시스템 개발이 새로운 서비스의 개발이라고 할지라도, 위탁개발비용은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

2011.12.31. 개정된 조특법 제9조는 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발을 위한 활동을 연구개발 활동에 추가하면서 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발을 위한 활동의 경우 자체연구개발비용만 세액공제 대상으로 한정하였다(2012 개정세법 해설).

이 건 계약서를 보면 청구법인은 자체적으로 시스템을 개발한 것이 아니고 쟁점위탁비용은 OOO가 위탁개발한 시스템에 대한 대가이므로 청구주장은 이유 없다.

(3) 청구법인은 ERP의 의미를 임의로 축소해석하고 있다.

조특법 시행령 별표 6은 법률의 위임을 받아 규정된 것으로 상위 규정을 형해화한다고 볼 수 없고, 도·소매업을 영위하는 청구법인이 금융기관의 전산시스템 위탁개발용역이 연구개발에 해당되는 점을 청구주장의 논거로 제시하는 것은 이 건의 내용과는 관련이 없는 것이다.

청구법인은 ERP 등을 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터·주변기기·소프트웨어·통신설비 기타 유형·유형의 설비 및 이와 유사한 시스템’으로 규정한 조특법(제5조의2, 같은 법 시행령 별표 6)과는 다르게 ERP 등의 의미를 재고 및 생산관리, 재무보고 시스템에만 한정된 것으로 임의로 축소해석하고 있다.

청구법인은 ERP를 규정하고 있는 요소 중 하나인 경영정보를 넓게 해석하면 다른 설비 시스템의 경영정보와의 구별이 곤란하므로 제품의 구매·설계·건설·생산·재고·인력과 관련된 경영정보를 전자적 형태로 관리하는 설비로 ERP의 의미를 축소해석하고 있으나, 조특법 제5조의2 제1항은 ERP를 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터·주변기기·소프트웨어·통신설비 기타 유형·유형의 설비’로 규정하고 있고 경영정보를 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력과 관련된 경영정보’로 한정하고 있지 않다.

(4) 청구법인은 이 건 전산시스템 위탁개발이 단순 자산취득행위가 아니고, 분석, 설계, 개발 등의 단계를 걸쳐 구축된 것이므로 ERP 등 개발에 해당되지 않는다고 주장하나, 청구법인의 이 건 전산시스템 위탁개발은 기존 관련 내용이 구축된 소프트웨어를 청구법인의 업종 특성에 맞게 적용하기 위한 것으로 기계장치를 주문해서 구입한 경우와 유사한바, 연구개발이라고 볼 수 없다. 또한, 소프트웨어 자체를 개발한 것이 아닌 이미 구축된 소프트웨어에 대하여 OOO 등에게 위탁하여 청구법인의 내·외부시스템을 구축한 것에 불과하므로 기술적 진전이 있었다고 볼 수 없다.

(5) 청구법인은 대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결을 근거로 금융업이 아닌 법인의 시스템 구축도 소정의 요건을 갖추었다면 연구개발이라고 보는데 어려움이 없으므로 쟁점위탁비용이 세액공제 대상임을 주장하고 있으나, 위 판례의 해당 업체가 연구·인력개발비를 투자한 연도는 2008년부터 2009년까지로 2010.2.18. 조특법 시행령 별표 6의 개정 전에 투자가 발생한 사건이다.

(6) 조특법 제9조 제5항은 2008.12.28. 신설시 연구개발을 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 정의하면서 개정이유를 ‘연구개발의 정의 및 세액공제가 적용되는 연구개발활동의 범위를 국제적인 기준(OECD의 R&D개념)에 맞게 정비’하는 것이라고 설명하고 있는바, 미국 판례(North West Corporation and Subsidiaries, 1998.6.29.) 등에 의하면 과학적 기술적 진전을 회사 자체수준이 아니라 산업기술 수준에서 정의하고 있다.

청구법인의 시스템 개발은 이미 업계에서 충분히 검증된 수많은 하드웨어, 시스템 소프트웨어, 응용프로그램 등 다양한 분야의 원천기술을 이용하여 고객관리 등 경영 활동을 위한 시스템을 구축한 것으로 관련 분야 원천기술 자체를 개발한 것이 아니다.

또한, 2002 간추린 개정세법에서는 ‘ERP 등 정보화 투자’의 개념에 대하여 설명하면서 SCM, CRM, SI를 포함한 정보화 관련 시스템을 ‘ERP 등 시스템’으로 해석하고 있는바, 청구법인의 POS시스템 개발·티머니 결제시스템·부대위탁 전용 시스템 재구축, 어플리케이션 개발, CVS 신 정보시스템 구축 등은 ERP와 유사한 SCM, CRM, SI 등에 해당하므로 ‘ERP 등 시스템’에 해당한다.

(7) 청구법인의 농어촌특별세 고지에 따른 납부불성실가산세는 다수의 심판결정(조심 2014전764, 2014.4.24.)에 따라 직권으로 시정할 예정이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 농어촌특별세 납부불성실가산세 부과처분 관련 심판청구의 적법 여부

② 2010.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 지출한 차세대 전산시스템 개발 등을 위한 쟁점위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항 본문은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 결의서상 청구법인에 대한 농어촌특별세 납부불성실가산세 합계 OOO원이 직권취소된 것으로 나타나며, 처분청 전산자료상 2016.1.15. 위 환급금OOO이 환급결정된 것으로 나타나는바, 이 건 심판청구 중 농어촌특별세 납부불성실가산세 부과처분 관련 부분은 불복의 대상이 되는 처분이 없어 부적법한 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점위탁비용과 관련하여 OOO 등과의 계약서, 품의서 등을 제출하였는바, 쟁점위탁비용의 내역은 아래 <표5>와 같고, 청구법인은 쟁점위탁비용이 2011.2.25.부터 2014.12.30.까지 발급된 세금계산서의 공급가액으로 전액 인건비에 해당한다고 주장하였다.

(나) 기획재정부(구, 재정경제부)가 발간한 ‘간추린 개정세법’의 내용은 아래와 같다.

1) 2002 간추린 개정세법

2) 2010 간추린 개정세법

3) 2011 간추린 개정세법

(다) 청구법인이 제출한 ‘2010 개정세법 설명자료’의 내용은 아래와 같다.

(라) 청구법인의 차세대 시스템 관련 언론 기사의 내용은 아래와 같다.

(마) 기획재정부장관은 2016.5.31. 국세청장에 대한 질의회신에서 ‘조특법 시행령 별표 6의 ERP 등이란 같은 법 제5조의2 제1호에 따른 ERP 및 이와 유사한 설비를 의미하는 것’이라고 답변하였다.

(바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점위탁비용이 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 ‘ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용’에 해당하지 아니한다고 주장하나,

조특법 제5조의2 제1호는 ERP를 ‘구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비’로 규정하고 있는바, 청구법인의 이 건 전산시스템 개발은 ERP와 유사한 POS(판매시점정보관리시스템), SCM(공급망관리) 등 정보화 시스템의 개발을 포함하고 있고, 이 건 전산시스템 중 차세대 시스템은 기술적인 측면에서 보다 향상된 것으로 보일 뿐 ERP 등 시스템과 본질적으로 차이가 있다고 보기 어려운 점,

2011.12.31. 개정된 조특법 제9조 제2항 제1호가 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 세액공제 대상으로 인정하고 있는 것과 달리, 쟁점위탁비용은 OOO 등에 대한 위탁비용인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.