조심 2022서2016 (2022.10.20)

OOO서장이 2021.5.18. 및 2021.6.9. OOO 기재와 같이 청구법인에게 한 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 부동산신탁사인 청구법인은 산업단지조성 사업시행자인 ㈜AAA(이하 “위탁자”라 한다)과 체결한 부동산담보신탁계약에 따라 위탁자로부터 제공받아 소유하고 있는 산업단지조성용 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여, 쟁점토지의 산업단지 지정권자이자 재산세 부과권자인 OOO시장(이하 “지정권자”라 한다)이 분리과세대상으로 구분ㆍ고지한 재산세를 납부해왔고, 종합부동산세 등(이하 “종부세”라 한다)은 고지되지 않아 이를 납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점토지에 대한 2016∼2019년분 재산세를 종합합산과세대상으로 경정ㆍ고지하였다는 지정권자의 과세자료를 통보받고, 2021.5.18. 및 2021.6.9. OOO과 같이 청구법인에게 쟁점토지에 대한 종부세를 결정ㆍ고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.18. 이의신청을 거쳐, 2022.1.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세법 시행령」 제102조 제7항(이하 “쟁점과세규정”이라 한다) 제4호는 도시개발 사업시행자가 산업단지조성용 토지를 제공하는 경우 그 제공토지는 재산세 분리과세대상으로 구분하는데, 쟁점토지는 청구법인이 도시개발 사업시행자로 의제된 위탁자로부터 제공받은 것임에도, 처분청은 쟁점토지의 재산세가 종합합산과세대상으로 부과되었다는 이유로, 부당한 이 건 처분을 하였다.

(2) 종부세는 재산세의 후행세목이기는 하나 부가세(sur-tax)는 아니어서 재산세에 반드시 종속될 것은 아니므로, 재산세 또는 종부세를 막론하고 오류가 발견되면 그 순서와 관계없이 즉시 경정되어야 함은 너무나 당연하고, 억울한 납세자입장에서 재산세ㆍ종부세 순서와 무관하게 모두 다툴 수 있어야 하는바, 잘못된 종부세 부과책임을 재산세 부과의 문제로 미루려는 처분청의 태도는 무책임하다.

(3) 처분청은 위탁자가 산업단지조성 사업시행자에 해당할 뿐, 도시개발 사업시행자는 아니라는 의견이나, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제21조 제1항 제1호(이하 “쟁점의제규정”이라 한다)에 따르면 산업단지 사업시행자를 「도시개발법」에 따른 사업시행자로 의제할 수 있는데도 이를 인정하지 않겠다는 것으로, 국회가 정한 법률이 명문으로 직접 규정한 내용에 위배될 뿐만 아니라, 그동안 조세심판원의 다수 선결정례(세법이 타법령에 규정된 인허가의제의 효력을 받아들이는 취지의 결정)까지도 무시하겠다는 것이어서 부당하다.

(4) 이 사건 산업단지조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 지정권자인 OOO시장은 쟁점사업의 실시계획을 승인하기에 앞서, 관련 인.허가 등 필요한 분야에 대하여 도시개발사업 지정권자인 OOO지사와 사전협의를 하기 위해 관련 협의공문을 발송하였고, 이후 산업단지 지정효력에 대한 청구법인의 문의에 대하여도 국민신문고를 통해 쟁점사업은 별도의 개발행위 허가대상이 아니라고 명확히 회신하였는바, 이는 쟁점사업에는 이미 쟁점의제규정이 적용된 것이고, 그 전제가 되는 사전협의 또한 당연히 이루어진 것이다.

(5) 민간사업자인 위탁자와 청구법인의 입장에서는, 쟁점사업에 필요한 관련 인허가 등의 행정절차는 관계 행정기관의 장에 의해 정상적으로 이행될 것이라고 신뢰하고 쟁점사업을 진행할 수밖에 없고, 사전협의는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차로서, 민간사업자가 제대로 알 길이 없는데도, 그 절차가 불분명하다는 이유로 쟁점의제규정의 효력 자체를 부인하는 것은 부당할 뿐만 아니라, 더 나아가 쟁점사업을 불법개발사업으로 보아, 불합리한 과세문제를 넘어 더욱 심각한 문제(형사처벌 등)에 이르게 된다.

나. 처분청 의견

(1) 종부세는 재산세(지방세)의 후행세목으로 재산세 부과권자인 지정권자가 쟁점토지의 재산세를 종합합산과세대상으로 부과한 이상, 그에 근거하여 종부세도 과세되어야 함은 당연하고, 선행세목인 재산세가 경정되지 않는 한, 종부세가 경정될 이유는 없다.

(2) 쟁점과세규정 제4호는 재산세 분리과세대상으로, “「도시개발법」에 따른 사업시행자가 제공하는 토지”라고 규정하고 있는데, 청구법인의 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 사업시행자(위탁자)로부터 쟁점토지를 제공받은 것이어서, 위탁자를 도시개발사업 시행자로 볼 수 없는 이상, 쟁점과세규정 제4호는 적용될 수 없다.

(3) 청구법인은 쟁점의제규정으로 위탁자(산업단지조성 시행사업자)가 도시개발 사업시행자로 의제되므로, 결국 쟁점과세규정 제4호가 적용될 수 있다는 취지로 주장하나, 재산세감면 등 지방세특례에 관한 사항은 「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에서만 규정될 수 있는 것으로, 타법이 규정한 의제규정 등에 따라 지방세 과세대상의 구분이 변경될 수 없다.

(4) 대법원도 인허가의제의 효력에 관하여 “주된 인허가가 있으면 다른 법률에 의한 인허가가 있는 것으로 보는 데 그치는 것이고, 거기에서 더 나아가 다른 법률에 의하여 인허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니다”라고 판시하여 인허가의제의 효력을 제한하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

산업단지조성 목적으로 제공된 토지에 대하여 산업단지 사업시행자를 도시개발 사업시행자로 보아 재산세 분리과세대상(종부세 과세제외)으로 구분할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점사업은 2011.3.9. 지정권자로부터 사업승인(OOO시고시 제2011-128호)을 받았는데, 그 주요내용은 아래 OOO와 같다.

(2) 청구법인은 종전에는 신탁계약으로 쟁점토지의 형식적 소유권이 이전(위탁자→청구법인)되더라도, 쟁점과세규정 제5호에 근거하여 종부세는 부과되지 않다가, 2019.10.31. 선고된 아래 대법원 판결(이하 “과세판결”이라 한다)에 근거하여, 지정권자가 쟁점토지를 종합합산대상으로 재구분하여 경정ㆍ고지함에 따라 이 건 종부세가 부과되었다고 설명하고 있는데, 과세판결에는 쟁점과세규정 제4호에 관한 내용은 나타나지 아니한다.

(3) 행정안전부는 위 과세판결에 따라, 신탁토지에 대한 쟁점과세규정 제5호의 적용이 어렵게 되자, 2020.12.31. 쟁점과세규정 제5호를 아래와 같이 개정하면서 개정취지를 “재산세 분리과세 취지에 따라 사업시행자가 산업단지조성에 제공한 토지에 대해서도 분리과세 적용”이라고 밝히고 있으며, 그에 따라 2021년부터 쟁점토지에 대한 종부세는 더 이상 부과되지 않고 있다.

(4) 한편, 산업단지조성 제공토지에 대한 재산세 및 종부세 과세논란과 관련하여 아래와 같이 국회(행정안전위원회)에서도 논의가 있었던 것으로 나타나는데, 쟁점과세규정 제5호가 개정되었지만, 2014～2020년 귀속분은 여전히 불합리하다며 추가입법 필요성이 제기되었고, 행정안전위원회 회의록에 의하면 당시 행정안전부 차관은 이에 소급입법의 우려가 있어, 조세심판이나 사법기관 등을 통한 구체절차로 해결하는 것이 바람직하다고 답변한 것으로 되어 있다.

(5) 청구법인은 당초의 정책취지와 달리 쟁점과세규정 제5호(개정 전)의 문언상 미흡으로, 쟁점과세규정 제5호에 근거한 2016～2020년 귀속분 쟁점토지에 대한 분리과세가 어렵다하더라도, 쟁점과세규정 제4호를 합리적으로 해석하면 분리과세대상으로 구분할 수 있어, 불합리한 과세처분을 하지 않을 수 있었음에도, 처분청이 억울한 상황에 처한 납세자를 구제할 생각은 하지 않은 채, 부당한 이 건 처분을 하였다고 주장하고 있는 바, 이에 대한 구체적인 주장 및 증빙자료 등을 정리하면 다음과 같다.

(가) 사전협의 존부 판단에 대한 청구법인의 입장

(나) 사전협의 유무와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙자료

1) 산업단지 지정권자인 OOO시장이 도시개발사업 지정권자인 OOO지사에게 송부한 사전협의 요청 공문(OOO시 경제활성화팀-25528, 2010.8.25.)

2) 쟁점사업이 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 인ㆍ허가 외에, 개발사업 인허가를 별도로 받아야 하는지에 대한 질의에 대하여 지정권자가 국민신문고에 회신한 답변

(7) 한편, 이 건에 대한 심리 중 OOO지사와 OOO시장이 도시개발사업자 지정 및 의제 등과 관련하여 우리 원에 제시한 추가 의견의 주요내용을 정리하면 다음과 같다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 처분청은 종부세가 지방세인 재산세의 후행세목임을 이유로, 설령 과세대상의 구분에 오류가 인정되어 그에 대한 경정이 필요하다 하더라도, 선행세목인 재산세가 먼저 경정되지 않은 이상 후행세목인 종부세만의 독립적인 경정은 할 수 없다는 의견이나,

종부세는 과세기술의 측면에서 재산세에 그 기반을 두고 있을 뿐, 지방세인 재산세의 부가세(sur-tax)가 아니라 별개의 독립한 국세의 하나에 해당하고, 부과주체ㆍ요건ㆍ절차 등도 서로 다르므로, 만약 과세처분에 어떠한 잘못이 있다면 재산세와 별도로 당연히 경정이 가능하며, 이 때 그 경정에 순서가 정해져 있는 것도 아닌 점 등에 비추어, 처분청의 위 의견은 받아들이기 어렵고, 따라서 관련 재산세의 경정 여부와 무관하게 이 건 종부세 부과처분의 적법 여부에 대한 판단은 당연히 가능하다 할 것이다.

(나) 다음으로, 처분청은 지방세 법령에서만 재산세 과세대상의 구분을 포함하여 지방세 특례에 관한 사항을 규정할 수 있고, 타법령에 규정된 인허가의제의 효력은 제한적으로 보아야 한다는 등의 이유에서 세법상의 규정이 아닌 쟁점의제규정(「산업입지 및 개발에 관한 법률」제21조 제1항 제1호)에 따라 쟁점과세규정(「지방세법 시행령」제102조 제7항) 제4호를 적용하여 쟁점토지를 분리과세대상 토지로 구분할 수는 없다는 의견이다.

(다) 그러나 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 이를 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 않는 것이기는 하나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 등에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 그 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피한 데(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 같은 뜻임),

앞서 본 바와 같은 이 건 처분과 관련된 여러 특수한 사정들, 즉 ① 이 건과 같은 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 동안 쟁점과세규정 제5호에 근거하여 분리과세대상으로 분류되어 왔고[최소한 「지방세법」 분법에 따라 2010.9.20. 전부 개정된 「지방세법 시행령」에도 해당 규정(당시 제102조 제5항 제18호)은 존재한다], 이는 산업단지사업 시행자가 산업단지 조성용 토지를 직접 소유하면서 그 사업을 진행하든, 자금 충당을 위한 이유 등에서 부동산담보신탁 등에 따라 그 토지의 소유자를 제3자(수탁자인 신탁회사)로 변경하여 그 사업을 진행하든 마찬가지였으며, 2013.12.26. 법률 제12118호로 「지방세법」이 개정되어 재산세의 납세의무자가 신탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 여전히 동일하였던 것으로 보이는 점,

② 그런데 2019.10.31. 과세판결이 이 건과 같은 신탁의 방식으로 산업단지 조성이 이루어지는 경우에는 쟁점과세규정 제5호를 직접 적용하기 어렵다고 하자, 지정권자를 비롯한 지방자치단체장들은 이를 이유로 쟁점토지와 유사한 경우의 토지들을 종합합산대상으로 재분류하여 재산세를 추가로 부과하였고, 그 사실을 통보받은 처분청을 비롯한 세무서장들은 그동안 종부세를 과세하지 않던 토지들에 대하여 종부세를 부과하면서도, 애당초 부과제척기간의 경과로 인하여 일부 기간에 대하여만 부과한 점,

③ 이러한 과정을 거친 여러 과세사례에 대하여, 국회에서는 정부를 상대로 적절한 보완 및 대책 마련을 요구하는 질의가 수차례 있었고, 특히 2020.12.31. 쟁점과세규정 제5호가 개정되어 2021년부터는 과세문제가 해결되었음에도 불구하고, 기존에 한시적으로 처분된 불합리한 과세문제까지 해결하려면 추가로 소급입법이 필요하다는 다수 국회의원들의 발언이 있었으며, 이에 대하여 당시 행정안전부(차관)는 소급입법 자체는 반대하면서도 조세심판 등의 제도를 통한 개별적인 구제필요성은 언급하였던 점 등과 함께,

쟁점토지는 당초 계획대로 산업단지용 토지로 그대로 사용되고 있는 사정 및 토지에 대한 재산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도 기준에 의하여 분리과세하여 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하기 위한 것(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임)이고, 종부세는 ‘고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위함’이라는 취지 등을 종합하면,

이 건 종부세 부과처분은 애당초 그 과세가 정당한 경우였다거나 그에 따른 반성적 고려 또는 정책의 변경에 따라 새로이 과세로 전환된 경우에 해당하기보다는, 과세 여부에 실질적으로 영향을 미치는 다른 규정의 개정(납세의무자를 신탁자에서 수탁자로 변경)이 있었음에도 불구하고 그에 대응하여 쟁점과세규정 제5호 등에 대한 적절한 추가 입법조치가 이루어지지 않았던 까닭에 일부 기간에 한하여 예외적으로 종부세의 부과가 이루어진 것으로 보이므로, 가능한 한 법령의 문언이 허락하는 범위 내에서 관련 규정을 체계적ㆍ합목적적으로 해석하여, 기존의 불합리한 과세를 바로잡아 납세의무자가 겪을 부당함을 방지할 필요가 있다.

(라) 그에 따라 보건대, 쟁점의제규정은 그 문언상 ‘지정권자가 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항(이 사건 쟁점과세규정 제4호 적용을 위한 도시개발 사업시행자 지정의제 포함)에 대하여 인ㆍ허가 등을 받은 것으로 본다.’라고 규정하고 있는바,

이는 산업단지 사업시행자가 별도로 다수의 개별적 인ㆍ허가 절차를 거치면서 발생하는 여러 불편함을 방지하여 개발사업의 신속한 진행을 돕기 위하여 관련 인ㆍ허가의 창구를 일원화한 것이므로, 그렇다면 쟁점의제규정을 통하여 별개의 다른 의제규정을 재차로 적용하거나 또는 그 결과가 국민에게 침익적 처분의 효과가 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 쟁점의제규정에 따라 의제된 인허가의 효력도 그 의제가 당초 의도한 효력의 합목적한 범위 내에서는 원칙적으로 보통의 인허가와 동일한 효력을 가지는 것으로 봄이 타당하고(대법원 2018.11.29. 신고 2016두38792 판결, 같은 뜻임),

이는 세법의 해석에 있어서도 마찬가지라 할 것이어서, 설령 그 결과 재산세 과세대상의 구분이 변경되었다 하더라도 세법 내에 달리 이를 배제하거나 또는 추가적인 요건을 요구하는 등의 별도의 규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점의제규정은 일응 그대로 적용된다고 할 것이다.

(마) 이러한 태도는 종전에 우리 원이 취하고 있던 입장과도 동일한 바, 우리 원은 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인ㆍ허가에 대하여, 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 「지방세법」이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단[조심 2014지608, 2014.11.11., 조심 2016지550, 2016.6.30.(조세심판관합동회의), 조심 2016지107, 2017.5.31. 등 다수]하여 왔는데, 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점의제규정의 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보이고, 특히 앞서 본 여러 특수한 사정을 감안하면 더욱 그러하다.

(바) 한편, 쟁점의제규정의 적용과 관련하여 개별적인 인허가 신청이나 명백한 협의가 별도로 있어야 하는지에 대한 다툼이 있을 수 있고, 이에 대하여 지정권자(경상북도 영주시장)와 경상북도지사가 서로 다른 의견을 제시하기도 하였으나,

대법원은 “어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별 법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 요건과 효과를 달리하는 인허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별 법령에 따른 여러 인허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙이나, 다만 어떤 인허가의 근거 법령에서 절차간소화를 위하여 관련 인허가를 의제 처리할 수 있는 근거 규정을 둔 경우에는, 사업시행자가 인허가를 신청하면서 하나의 절차 내에서 관련 인허가를 의제 처리해줄 것을 신청할 수 있다. 관련 인허가 의제 제도는 사업시행자의 이익을 위하여 만들어진 것이므로, 사업시행자가 반드시 관련 인허가 의제 처리를 신청할 의무가 있는 것은 아니다(대법원 2020.7.23 선고 2019두31839 판결, 같은 뜻임)”고 하였고,

우리 원은 유사한 사례에서 ‘관계행정기관의 장과의 사전협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차에 불과한 것으로서 「도로법」에 따른 도로구역조성 사업이 이미 결정ㆍ고시되었다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정ㆍ고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관장이 공식적인 의견을 제출하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다’(조심 2016지550, 2016.6.30., 조세심판관합동회의)고 하였는바,

여기에다 앞서 본 이 건의 여러 특수한 사정 등을 함께 고려하면, 「도시개발법」상 모든 규정 자체의 직접적인 적용 여부는 별론으로 하더라도, 적어도 국토개발행위의 인허가 문제를 해소함과 동시에, 불합리한 과세문제를 해소하기 위한 세법의 적용, 즉 쟁점과세규정 제4호의 적용을 위한 부분에 있어서는 쟁점의제규정과 관련하여 납세의무자 등에게 추가적인 절차나 불명확한 요건 등을 요구하여 그 효력 자체를 배제하여서는 아니된다 할 것이다.

(사) 그런데 쟁점의제규정 그 자체는 신청이나 협의절차 및 효력에 대한 사항을 구체적으로 직접 규정하고 있지는 아니하고, 다만 산업단지 개발과정에서의 인허가절차 등의 간소화를 위해 별도로 제정된 「산업단지 인ㆍ허가 절차 간소화를 위한 특례법」제10조(이하 “쟁점절차규정”이라 한다)에서 ‘지정권자는 산업단지계획 승인에 필요한 여러 관련 분야의 협의절차도 동시에 착수하고(제1항), 이 때 협의를 요청받은 관계 행정기관의 장은 10일 이내에 의견을 회신하여야 하며(제2항), 그 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다(제3항)’고만 규정하고 있을 뿐이며, 이와 같은 관계 행정기관의 장과의 협의는 행정 내부의 절차에 불과하여 청구법인으로서는 이에 관여하거나 또는 구체적인 내용에 대하여 알기 어려운 측면이 있는 점 등을 감안하면,

설령 지정권자가 별도로 개별인허가와 관련된 사항을 특정하여 명시적인 협의요청을 하지 않았다하더라도, 관계 행정기관의 장에게 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 거기에는 주된 인허가(산업단지계획의 승인 등)에 필요하거나 그 전제가 되는 여러 인허가 사항이 함께 포함되어 있다고 보아야 하고, 같은 취지에서 관계 행정기관의 장이 10일 이내에 주된 인허가 등의 승인과 관련하여 명시적인 의견(거부 또는 추가보완사항 등)을 별도로 회신하지 않는 이상, 쟁점의제규정에 따라 그와 관련하여 필요한 인허가의제의 효력도 그대로 발생한 것으로 봄이 타당하다 할 것인바,

그렇다면 이 건에서 쟁점사업의 지정권자(OOO시장)가 도시개발사업 지정권자인 OOO지사에게 사전협의를 요청한 사실이 확인되고, 달리 OOO지사가 10일 이내에 그 협의를 거부하였다는 등의 사실이 나타나지 않는 이상, 청구법인에게 대하여 쟁점의제규정 적용의 효과를 배제할 수는 없다고 할 것이다[덧붙여, 국토개발사업의 일종인 산업단지조성사업에 대하여 쟁점의제규정(제1호)이 적용되어 국토개발사업의 인허가가 의제되는 것에 대하여는 다투지 아니하면서, 유독 같은 규정 내에서 ‘「도시개발법」 제11조 및 제17조에 따른 사업시행자의 지정 및 실시계획의 인가’만의 의제를 부인하여 결과적으로 쟁점과세규정 제4호가 적용되지 않는다는 것도 어색하다].

(아) 결국, 이상의 내용들과 함께, 인허가와 관련하여 어떠한 문제도 없이 이 건 쟁점사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 쟁점사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라, 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 쟁점과세규정 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하고, 따라서 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 종부세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 종합부동산세법

제1조(목적) 이 법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제17조(결정과 경정) ① 관할세무서장 또는 납세지 관할지방국세청장(이하“관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과·징수할 수 있다.

③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 결정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다.

④ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제2항 및 제3항에 따른 경정 및 재경정 사유가 「지방세법」제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유에 해당되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세의 과세표준과 세액을 경정 또는 재경정하여야 한다.

제21조(과세자료의 제공) ① 시장·군수는 「지방세법」에 따른 해당 연도 재산세의 부과자료 중 주택분 재산세의 부과자료는 7월 31일까지, 토지분 재산세의 부과자료는 9월 30일까지 행정안전부장관에게 제출하여야 한다. 다만, 시장·군수는 「지방세법」 제115조 제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 그 부과자료를 매 반기별로 해당 반기의 종료일부터 10일 이내에 행정안전부장관에게 제출하여야 한다.

② 행정안전부장관은 제7조에 규정된 주택에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 8월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

③ 행정안전부장관은 제12조에 규정된 토지에 대한 종합부동산세의 납세의무자를 조사하여 납세의무자별로 과세표준과 세액을 계산한 후, 매년 10월 15일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

④ 행정안전부장관은 「지방세법」제115조제2항에 따른 재산세의 세액변경 또는 수시부과사유가 발생한 때에는 재산세 납세의무자별로 재산세 과세 대상이 되는 주택 또는 토지에 대한 재산세 및 종합부동산세 과세표준과 세액을 재계산하여 매 반기별로 해당 반기의 종료일이 속하는 달의 다음 다음 달 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장에게 통보하여야 한다.

⑤ 행정안전부장관은 제1항에 따라 시장·군수로부터 제출받은 재산세 부과자료를 제1항에서 정한 날부터 10일 이내에 국세청장에게 통보하여야 한다.

⑥ 행정안전부장관 또는 국세청장은 종합부동산세 납세의무자의 세대원 확인 등을 위하여 필요한 경우 관련 기관의 장에게 가족관계등록전산자료의 제출을 요구할 수 있고, 자료 제출의 요구를 받은 관련 기관의 장은 정당한 사유가 없으면 그 요구를 따라야 한다.

(2) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

(3) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. (단서 생략)

4. 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) (중략). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다.

가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지

5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제21조(다른 법령에 따른 인허가등의 의제 등) ① 산업단지지정권자 또는 해양수산부장관(이하 “실시계획승인권자”라 한다)이 제17조, 제17조의2, 제18조, 제18조의2 및 제19조에 따른 실시계획의 승인 또는 변경승인을 할 때 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분 등(이하 “인허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인허가등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다.

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시·군관리계획의 결정, 같은 법 제56조에 따른 개발행위의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시·군계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 및 「도시개발법」 제11조에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가

(5) 산업단지 인ㆍ허가 절차 간소화를 위한 특례법

제1조(목적) 이 법은 기업의 생산활동에 필요한 산업단지를 적기에 공급하기 위하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」로 정하고 있는 산업단지 개발절차 간소화를 위한 필요 사항을 규정함으로써 국가경제 발전과 국가경쟁력 강화에 이바지하는 것을 목적으로 한다.

제10조(관계 기관 협의) ① 지정권자는 산업단지계획을 수립 또는 승인하기 위하여 관계 행정기관의 장과 협의하는 경우 산업단지계획 승인에 필요한 관련 분야의 협의절차를 동시에 착수하여야 한다. 다만, 제8조 제3항 각 호 외의 부분 단서에 따라 지정권자가 제출기한을 정하여 따로 제출받은 서류에 관하여는 민간기업등으로부터 제출받은 경우 지체 없이 이를 협의하여야 한다.

② 관계 행정기관의 장은 협의를 요청받은 날부터 10일(근무일 기준) 이내에 의견을 회신하여야 한다. 다만, 「군사기지 및 군사시설 보호법」에 따른 협의기간은 15일(근무일 기준) 이내로 한다.

③ 관계 행정기관의 장이 제2항의 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다.

④ 관계 행정기관의 장은 지정권자에게 관련 서류의 보완을 한 차례만 요청할 수 있으며, 지정권자가 관련 서류를 보완하는 기간은 협의기간에 포함하지 아니한다.

(6) 지방세특례제한법

제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세기본법」, 「지방세징수법」, 「지방세법」, 「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.

② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 행정안전부장관과 협의하여야 한다.

(7) 행정기본 절차법(2021. 3. 23. 법률 제17979호로 제정된 것)

제25조(인허가의제의 효과) ② 인허가의제의 효과는 주된 인허가의 해당 법률에 규정된 관련 인허가에 한정된다. [시행일: 2023.3.24.]

제26조(인허가의제의 사후관리 등) ① 인허가의제의 경우 관련 인허가 행정청은 관련 인허가를 직접 한 것으로 보아 관계 법령에 따른 관리ㆍ감독 등 필요한 조치를 하여야 한다.