조심 2021서3157 (2023.06.28)

OOO서장이 2020.11.23. 청구법인에게 한 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 2020년도 종합부동산세 과세기준일 현재 OOO 244㎡ 외 399필지 토지(＜별지＞ 기재) 중 주택건설용지, 산업시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 및 공공기반시설용지로 조성중인 면적을 분리과세대상으로 구분하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요 가. 청구법인은 2003.10.1. 설립되어 신탁 및 부수업무를 주업으로 영위하고 있는 법인이고, AAA 주식회사(이하 “이 사건 시행사”라 한다)는 2012.1.4. 설립된 법인으로 2012.3.15. OOO 개발사업(이하 “OOO 개발사업”이라 한다)의 시행자로 지정되었다. 이후, 청구법인은 2014.4.8. 이 사건 시행사와 OOO 개발사업 대상 토지에 관한 부동산담보신탁계약을 체결하였고, 이에 따라 위 토지가 청구법인 명의로 소유권이전등기 되었다. 나. 처분청은 OOO으로부터 2020.6.1. 현재 OOO 개발사업 대상 토지 중 1,229,706.2㎡가 청구법인 명의로 되어 있고 그 중 OOO 244㎡ 외 399필지 합계 토지(이하 “쟁점토지”라 하며, ＜별지＞ 기재)가 종합합산과세대상에 해당한다는 자료를 통보받고, 2020.11.23. 청구법인에게 쟁점토지에 관한 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정ㆍ고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다)하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.19. 이의신청을 거쳐 2021.5.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 이 사건 시행사가 OOO 개발사업에 제공하는 토지로서 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 분리과세대상 토지에 해당하므로 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다. (가) 쟁점조항에 따르면 개발사업시행자가 경제자유구역 개발사업에 제공하는 토지는 경제자유구역 개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료되거나 준공검사를 받을 때까지 분리과세대상 토지이다. (나) 그런데, 쟁점토지를 포함한 OOO 및 OOO 토지 일원은 지식경제부 고시 OOO 등에 따라 OOO으로 지정되었고, 이 사건 시행사는 OOO 개발사업의 시행사로 지정되었다. (다) 이 사건 시행사는 2014.7.1. OOO 개발사업 조성공사를 착공하여 현재까지 쟁점토지에 대한 조성공사를 진행하고 있으므로, 쟁점토지는 2008년부터 준공인가를 받기 전까지는 분리과세대상 토지에 해당한다. (라) 쟁점조항은 ‘개발사업 시행자가 개발사업에 제공하는 토지’를 그 요건으로 하고 있을 뿐, ‘소유할 것’까지를 요구하고 있지 않으므로 신탁계약에 따라 소유권이 이 사건 시행사에서 청구법인으로 이전되었다 하더라도 분리과세대상 토지로 보아야 한다. 대법원은 ‘개발사업 관계법령에 따른 시행자가 그 개발사업에 제공하는 토지’를 해석함에 있어 제공하는 토지를 법률상 및 사실상 소유하고 있을 것까지 요건으로 정하고 있지 않다(OOO 판결)고 판시한바 있다. (2) 참고로, OOO 개발사업의 토지이용계획에 따르면, 쟁점토지는 산업·연구 및 물류 시설용지와 공공기반 시설용지, 주택건설 및 근린생활용지 및 상업 및 업무시설용지로 구성되어 있는바, 전체 면적이 주택건설용 토지 및 산업단지용 토지에 해당한다. 나. 처분청 의견 「종합부동산세법」은 지방세의 후행세목으로 종합부동산세 과세대상 토지의 분류에 대한 규정은 「지방세법」에 따르는 것으로, OOO이 쟁점토지를 종합합산과세대상토지로 분류하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 이 사건 처분을 한 것이므로 쟁점토지가 분리과세대상인지 여부는 OOO을 상대로 다투어야 할 사항이지 처분청을 상대로 다툴 것은 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 수탁 받아 소유하고 있는 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에 따른 경제자유구역의 개발사업에 제공되는 토지로 재산세 분리과세대상이므로 종합부동산세 비과세대상이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정된 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다. 1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지 2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지 3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지 다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지 (2) 지방세법 시행령(2019.12.31. 대통령령 제30318호로 개정된 것) 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만 제9호 및 제11호에 따른 토지 중 취득일로부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외한다. 4. 「도시개발법」 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)와 종전의 「토지구획정리사업법」(법률 제6252호 토지구획정리사업법폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 것을 말한다. 이하 이 호에서 같다)에 따른 토지구획정리사업의 시행자가 그 토지구획정리사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다) 및 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다). 다만, 다음 각 목의 기간 동안만 해당한다. 가. 도시개발사업 실시계획을 고시한 날부터 「도시개발법」에 따른 도시개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제51조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지 나. 토지구획정리사업의 시행인가를 받은 날 또는 사업계획의 공고일(토지구획정리사업의 시행자가 국가인 경우로 한정한다)부터 종전의 「토지구획정리사업법」에 따른 토지구획정리사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제61조에 따른 공사 완료 공고가 날 때까지 다. 경제자유구역개발사업 실시계획 승인을 고시한 날부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역개발사업으로 조성된 토지가 공급 완료(매수자의 취득일을 말한다)되거나 같은 법 제14조에 따른 준공검사를 받을 때까지 (3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2019.8.20. 법률 제16474호로 개정된 것) 제4조(경제자유구역의 지정 등) ① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다. 제8조의3(개발사업시행자의 지정) ① 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조 제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다. 1. 국가, 지방자치단체 2. 제27조의2 제1항에 따른 행정기구( 「지방자치법」 제159조 에 따른 지방자치단체조합으로 설치된 경우만 해당한다) 3. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관으로서 대통령령으로 정하는 기관 4. 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 5. 공공부문에 해당하지 아니하는 자로서 자본금 등 대통령령으로 정하는 자격요건을 갖춘 자 6. 개발사업을 시행할 목적으로 설립한 법인으로서 제1호부터 제5호까지의 어느 하나에 해당하는 자 둘 이상의 출자비율이 100분의 70을 넘는 법인 ② 시ㆍ도지사는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제38조에 따른 개발제한구역에서 해제된 지역에 대하여는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 개발사업시행자를 지정하여야 한다. 1. 제1항 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자 2. 제1항 제6호에 해당하는 자(제1항 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자의 출자비율이 100분의 50을 넘는 경우만 해당한다) ③ 시ㆍ도지사는 제1항 및 제2항에 따라 국가 또는 공공기관을 개발사업시행자로 지정하려는 경우에는 미리 산업통상자원부장관 또는 관계 부처의 장과 협의하여야 한다. ④ 시ㆍ도지사는 개발사업시행자를 지정할 경우에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다. 1. 외국인투자의 유치능력 2. 재무건전성과 소유자금 조달능력 3. 유사 개발사업의 시행경험 4. 개발사업의 원활한 수행을 위하여 산업통상자원부장관이 필요하다고 인정하여 고시하는 사항 ⑤ 시ㆍ도지사는 제1항 및 제2항에 따라 개발사업시행자를 지정한 경우에는 그 내용을 공보에 고시하여야 한다. (4) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정된 것) 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) OOO 개발사업에 관한 고시, 청구법인과 이 사건 시행사 간 부동산담보신탁계약서, 이 사건 처분의 결의서 등의 이 건 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 이 사건 시행사가 OOO 개발사업을 실시하면서 쟁점토지 등을 청구법인에게 신탁하게 된 경위 등은 다음과 같다. 1) 지식경제부장관은 2008.5.6. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제4조 에 따라 OOO 및 OOO 일원 11개 지구 합계 39.546㎢를 ‘OOO’으로 지정하는 OOO 지정 고시(지식경제부 고시 OOO)를 하였는데, 쟁점토지는 ‘OOO’의 11개 지구 중 OOO(이후 그 명칭이 OOO로 변경됨)에 포함되어 있는 토지이다. ＜표1＞ OOO 지정고시의 주요내용 ㅇㅇㅇ 2) 지식경제부장관은 2010.7.12. OOO의 명칭을 OOO로, 대상면적을 ‘6,486,530㎡’에서 ‘6,272,500㎡’로 변경하는 내용 등을 골자로 하는 개발계획변경ㆍ승인을 고시(지식경제부 고시 OOO)하였다. 3) OOO청장은 2012.3.15. OOO 개발사업 시행자를 ‘OOO 및 OOO’에서 이 사건 시행사로 변경하는 내용의 지정취소 및 대체지정 고시(OOO)를 하였다. 4) 지식경제부장관은 2012.8.13. OOO 개발사업 대상 면적 등을 변경ㆍ고시(지식경제부 고시 OOO 아래＜표2＞ 참조)하였다. ＜표2＞ OOO 개발사업 변경ㆍ고시 내용 ㅇㅇㅇ 5) 이 사건 시행사와 청구법인은 2014.4.8. OOO 개발사업 대상 토지를 신탁부동산으로 하는 내용으로 아래 ＜표3＞과 같이 부동산담보신탁계약을 체결하였다. ＜표3＞ 부동산담보신탁계약 주요내용 ㅇㅇㅇ 6) OOO 개발사업 관련한 변경ㆍ고시 내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 2020.8.3.자 변경ㆍ고시를 통하여 위 개발사업 대상 토지면적이 3,834,226㎡로 최종확정되었다. ＜표4＞ OOO 개발사업의 변경ㆍ고시 내역 ㅇㅇㅇ 7) 2021.1.14. 변경고시된 개발계획상 ‘토지이용계획과 주요기반시설계획’에 따르면 OOO 개발사업 대상 용지의 용도는 아래 ＜표5＞와 같은 것으로 나타난다. ＜표5＞ OOO 개발사업 대상 용지의 용도 ㅇㅇㅇ (나) OOO은 2020년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 OOO 개발사업 공사와 관련하여 소유하고 있던 토지 등 합계 1,229,706.2㎡를 종합합산과세대상(1,144,216.8㎡, 쟁점토지), 별도합산과세대상(27,676㎡) 및 분리과세대상(57,813.4㎡)으로 각 구분한 후, 2020.9.16. 재산세(토지분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 청구법인에게 부과·고지(이하 “이 사건 지방세부과처분”이라 한다)하는 한편 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 종합합산과세대상토지로 통보받은 쟁점토지를 종합부동산세 과세대상이라고 보아 청구법인에게 이 사건 처분을 하였다. (다) 한편, 청구법인은 이 건 심판청구와 동일한 내용의 주장을 하면서 이 사건 지방세부과처분에 불복하여 조심 OOO호로 심판청구를 하였는데, 우리 원은 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 신탁회사에 신탁하여 경제자유구역개발사업에 제공되는 토지는 재산세 분리과세대상으로 보아야 한다고 하면서 다만, 쟁점토지 등 OOO 개발사업에 제공되는 토지 중 주택건설용지, 산업시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 및 공공기반시설용지에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 구분하여 이 사건 지방세부과처분의 과세표준 및 세액을 경정할 것을 결정하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 종합부동산세가 지방세의 후행세목이므로 쟁점토지가 분리과세대상인지 여부에 대해서는 이 사건 지방세부과처분에 대한 불복과정에서 다투어야 한다고 주장하나, 종합부동산세는 과세기술의 측면에서 재산세에 그 기반을 두고 있을 뿐, 지방세인 재산세의 부가세(sur-tax)가 아니라 별개의 독립한 국세의 하나에 해당하고, 만약 과세처분에 어떠한 잘못이 있다면 재산세와 별도로 당연히 경정이 가능하다고 할 것인바(조심 2022서2016, 2022.10.20. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임), 쟁점조항에서는 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제8조의3 에 따른 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는 점, 토지에 대한 재산세의 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 것으로서, 쟁점조항에서 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정한 입법취지는 경제자유구역개발사업을 보다 효율적으로 수행할 수 있도록 해당 토지를 종합합산과세대상에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는 데 있다 할 것(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임)인 점, 쟁점조항에서 ‘소유’가 아닌 ‘제공’으로 규정하고 있어 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 그 경제자유구역개발사업에 제공하는 토지인지 여부는 사업의 방식(수용, 환지 및 혼용방식)이나 토지의 소유형태 등이 아닌 그 경제자유구역개발사업에 제공되고 있는지의 여부에 따라 판단하는 것이 합리적인 점(조심 2015지1279, 2015.12.30., 같은 뜻임), 이에 따라 동 규정에 따른 재산세 분리과세대상은 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구에 대한 개발사업시행자가 소유하고 있는 토지에 한정된다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 OOO 개발사업의 시행자인 이 사건 시행사가 청구법인에게 신탁하여 경제자유구역 개발사업에 제공되는 토지는 재산세 분리과세대상으로 보는 것이 타당하다(조심 2021지893, 2022.10.21. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임)고 판단된다. (나) 다만, 쟁점조항이 동 규정에 따른 재산세분리과세대상 토지를 주택건설용 토지 및 산업단지용 토지로 한정한다고 규정하고 있어 쟁점토지 중 재산세 분리과세대상 면적을 어디까지로 볼 것인지가 문제되는바, 쟁점조항에 따른 분리과세대상인 ‘경제자유구역개발사업에 제공하는 토지’라 함은 주택부지 및 산업부지에 직접 제공되는 토지만을 의미하는 것이 아니라 OOO 개발사업을 위해 필수불가결하게 수반되는 주택건설 및 산업단지의 시설용토지를 포함하는 것으로 보는 것이 타당한 점(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결, 같은 뜻임), 이 사건 시행사가 승인받은 OOO 개발사업의 개발계획 변경 및 지형도면고시 토지이용계획 현황 등에 의하면, 위 ＜표5＞에서 보듯, 주택건설용지, 산업시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지, 공공기반시설용지, 근린생활시설용지, 상업시설용지 및 업무시설용지 등으로 구분하여 조성.개발될 예정으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지 중 주택건설용지, 산업시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 및 공공기반시설용지는 OOO 개발사업에 따른 주택건설 및 산업단지의 조성.개발에 필수불가결하게 수반되는 시설로 보아 이를 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 따라서, 이 사건 처분은 쟁점토지 중 주택건설용지, 산업시설용지, 연구시설용지, 물류시설용지 및 공공기반시설용지로 조성중인 면적을 분리과세대상으로 구분하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 쟁점토지의 상세내역 ㅇㅇㅇ