조심 2019서1687 (2019.09.10)

삼성세무서장이 2018.12.31. 청구인에게 한 2016년 귀속 양도소득세 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2016.1.1.～2016.3.31. 기간 동안 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 장내매도하고 2016.5.31. 양도가액을 OOO으로, 취득가액(평균 취득원가 적용)을 OOO으로 하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 2018.9.10. 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 않으므로 쟁점주식의 취득가액을 선입선출법에 따라 OOO으로 경정하여 당초 신고·납부한 양도소득세를 전액 환급하여 달라는 취지로 아래 ＜표1＞과 같이 경정청구를 하였으나, OOO은 2018.12.12. 처분청에게 쟁점주식의 취득시기가 분명하여 취득가액 산정시 선입선출법을 적용할 수 없다는 검토결과를 통보하였고, 처분청은 2018.12.31. 위 경정청구를 거부하였다.

＜표1＞ 청구인의 경정청구 내역

다. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.12. 이의신청을 거쳐 2019.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 당초 잔고평가서상 1주당 평균매입단가로 취득가액을 신고하였다.

청구인이 쟁점주식과 관련하여 OOO(이하 “쟁점증권사”라 한다)으로부터 받은 2015.12.31.자 잔고평가서에는 청구인이 2015.12.31. 현재 보유하고 있는 쟁점주식의 보유수량, 평균매입단가 및 매입금액, 평가손익, 대출금액 등에 관한 내용이 기재되어 있는바, 청구인은 당초 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세를 신고하면서 먼저 1주당 평균매입단가OOO를 계산한 다음 이를 수량에 곱하여 취득가액OOO을 산정하였고 이는 위 잔고평가서에 기재된 내용과 정확히 일치한다.

(2) 쟁점주식은 취득시기가 분명하지 않은 경우에 해당하므로 선입선출법에 따라 취득가액을 산정함이 타당하다.

(가)「소득세법 시행령」제162조 제5항에서는 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있고, 상장법인 대주주에 대한 양도소득세 과세제도가 처음 시행된 1999년 개정세법에 따르면 동일주식을 수회에 걸쳐 양수도한 경우 취득가액은 선입선출법에 따라 양도차익을 계산한다’고 기재되어 있다.

(나) 현행 증권예탁결제제도 아래에서는 특정의 유가증권이라도 일단 OOO에 예탁되면 그 순간 다른 동종의 유가증권과 혼합되어 특정할 수 없으므로 예탁된 유가증권을 매매하는 경우 매도인이나 매수인은 매매의 목적이 되는 유가증권을 특정하지 않고, 유가증권의 종류, 종목, 수량만을 지정하여 거래를 하게 된다OOO.

또한, 쟁점주식과 같이 OOO에 예탁된 주식은 주식 매매시 주권실물의 입ㆍ출고를 수반하지 않고, 증권예탁원과 증권회사간 주식수량에 대한 정산만 이루어지기 때문에 주권발행번호를 확인할 수가 없다.

이처럼 상장주식은 예탁되는 과정에서 모든 주식이 공유지분권으로 전환되는 것이고, 공유지분을 추가 취득하면 기존의 공유지분은 소멸.혼합되어 새로운 공유주식이 형성되는 것이며, 주식을 매각하는 시점에는 그 공유지분권에 상응하는 동종.동량의 주식을 매도하는 것에 불과하다. 따라서 쟁점주식과 같은 상장주식의 양도는 그 취득시기를 특정할 수 없어 객관적인 취득시기가 분명하지 않은 경우에 해당하므로「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제5항에 의하여 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 보아 취득시기를 적용하여야 하는 것이다OOO.

(다) 청구인은 2015.9.3. 쟁점법인의 상장 당시에 OOO를 보유하다가 2015년 말까지 OOO를 양도하면서 OOO를 새로이 취득하여 2015.12.31. 기준으로 OOO를 보유하게 되었다.

앞서 살펴본 바와 같이 쟁점주식의 양도는 취득시기가 분명하지 않은 경우에 해당하므로 선입선출법에 따라 청구인의 2015.9.3.자 보유주식 OOO는 2015년 중 모두 양도되었으며, 반면에 2015년말 보유주식 OOO는 모두 2015년에 새로이 취득한 주식이 되는 것이다. 이에 따라 청구인의 2015년말 보유주식의 취득시기 및 취득가액 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 결국 쟁점주식의 2016년 1분기 귀속 양도차익은 아래 ＜표3＞과 같이 계산되어야 할 것이다.

＜표2＞ 2015년말 보유주식의 취득시기 및 취득가액

＜표3＞ 2016년 제1분기 귀속 양도차익 계산

(3) 쟁점주식의 취득시기가 분명하다는 처분청 주장은 잘못된 것이다.

(가) 앞서 살펴본 바와 같이 청구인이 당초 신고시 증권회사의 잔고평가서상 1주당 평균매입단가로 계산한 취득가액을 신고하였다는 점은 명백하고, 조세심판원은 다수의 결정례에서 “증권시장의 주식거래시스템이나 매도주식의 입출고 관리방법과 주식양도에 대한 과세방법은 별개의 문제이며,「조세특례제한법」제91조 제4항은 장기보유주식의 배당소득에 대한 것으로 주식의 양도소득에 대한 이 건 처분과는 관련이 없다”고 함으로써 쟁점주식(상장주식)의 취득시기는 분명하지 않은 경우로 보아 선입선출법을 적용함이 타당하다는 입장을 취하고 있다OOO.

아울러 조세심판원은 “주권상장법인의 대주주에 대하여 양도소득세 과세시 주식위탁계좌를 통하여 거래된 주식의 취득가액은 양도주식의 주권발행번호를 확인할 수 없어 양도주식의 취득시기를 특정할 수 없는 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법에 따라야 한다”고 일관되게 결정하고 있다OOO.

(나) 또한 쟁점증권사의 공문에 의하면 쟁점증권사 스스로 양도주식의 취득일자 및 취득단가 등을 특정하여 관리하는 것은 아니라는 점을 분명히 하고 있다. 뿐만 아니라, 위 공문에 따르면 쟁점증권사의 주식 매매거래 관리방식은 그 결제가 “① 전일매수, ② 금일매수, ③ 기존보유량” 순으로 결제된다고 하는데, “전일매수＞금일매수”의 순서는 선입선출법을 뜻하는 것이고, “기존보유량”이란 이틀 이전에 취득한 주식은 순서에 차이가 없다는 것을 의미한다. 그렇다면 이는 후입선출법이라고 볼 수도 없는 것이며, 이는 단지 쟁점증권사에서 실제 매각물량의 흐름과 관계없이 위와 같은 순서를 가정 또는 의제하여 관리한다는 것을 의미할 뿐이다.

(다) 백보를 양보하여 쟁점증권사가 주식매매 관리방식으로 후입선출법을 사용하고 있다면 모든 투자자에게 연중 어느 시기에나 보유주식의 매수일자, 수량 및 매입금액 등에 관한 정보가 제공될 수 있어야 하며, 또한 매도주식이 언제 매수한 주식인지에 관한 정보도 당연히 제공될 수 있어야 할 것이다.

그러나 청구인이 쟁점증권사로부터 발급받은 잔고평가서는 물론이고 증권회사의 주식거래시스템(HTS) 어디서도 보유주식이 언제 얼마에 매수한 것인지 알 수가 없고, 나아가 매도한 주식의 매수일자.매입금액 또한 확인할 수 없다.

(4) 처분청이 제시한 판례는 이 건과 사실관계가 다르다.

(가) 처분청에서는 쟁점주식의 취득시기를 특정할 수 있다는 근거로 OOO을 제시하고 있으나, 위 판례는 원고가 OOO을 양도한 사건에 관한 것으로 양도당시「조세특례제한법」상 장기보유주식의 배당소득 과세특례 제도가 시행되고 있었고, 이와 관련하여 증권회사는 고객이 소유한 잔고주식이 장기보유주식인지 여부를 구분하여 증권예탁원에 통지하여야 하였기 때문에 이를 위해 잔고주식의 매수일자를 고객계좌부에 기재하여야만 했다고 적시되어 있다. 또한 원고의 증권계좌를 위탁관리하던 대신증권은 업무매뉴얼에 따라 주식출고시 매수일자를 입력하지 않으면 후입선출법에 의해 자동출고 처리하였고, 원고의 2000.12.31. 현재 주식잔고증명서상에는 취득일자에 의해 후입선출법이 적용되었다고 적시되어 있다. 요컨대, 위 판례는 고객계좌에 남아있는 잔고주식이 취득일자별로 관리되고 있다는 사실에 근거하고 있다.

그러나 장기보유주식의 배당소득 과세특례 제도는 2010.12.31.자 일몰 종료되었고, 이후로는 증권회사에서 한국예탁결제원에 장기보유주식 여부를 구분하여 통지할 필요가 없어져 더 이상 잔고증명서에 잔고주식의 매수일자나 ‘후입선출법’ 문구가 기재되지도 않으며, 또한 고객이 주식매도 주문을 할 때 매수일자를 입력할 수 있는 칸도 없다. 따라서 투자자로서는 보유주식이 언제 얼마에 매수한 것이 남아 있는지 알 수 없고 실제로도 청구인의 잔고평가서에는 매수일자가 나오지 않으며, 앞서 살펴본 것처럼 증권회사 스스로 양도주식의 취득일자 및 취득단가 등을 특정하여 관리하지 않는다고 확인하였는바, 처분청이 제시한 판례는 이 건과 사실관계가 달라 쟁점주식 양도에 적용하는 것은 적정하지 않다.

(나) 이와 반대로 OOO에서 상장주식을 2000.1.1.부터 6.30.까지 수십 차례에 나주어 양도한 사건에 대해 양도주식의 취득시기가 분명하지 아니하다는 이유로「소득세법 시행령」제162조 제5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 양도차익을 계산한 것은 적법하다고 판시하였다.

또한, OOO 소송허가사건에서 주권상장법인의 경우 선입선출법에 의해 총원(주주)의 범위를 확정하는 것은 적법하다고 판시하였다. 이 사건은 증권관련 집단소송법 사건으로 비록 조세소송은 아니지만, 상장주식 매매에 있어서 주식의 취득시기 특정문제를 가장 최근에 다룬 판례여서 그 의미가 있다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식의 취득시기는 확인할 수 있으므로 선입선출법을 적용할 수 없다.

(가)「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제309조 제3항은 “예탁결제원은 예탁자계좌부를 작성·비치하되, 예탁자의 자기소유분과 투자자예탁분이 구분될 수 있도록 하여야 한다”고 규정하고, 같은 법 제310조 제1항은 “투자자로부터 예탁받은 증권등을 예탁결제원에 다시 예탁하는 예탁자는 투자자계좌부를 작성·비치하여야 한다”고 규정하고 있다.

(나) 예탁결제원은 OOO으로부터 주식 매매 정보를 제공받아 예탁자계좌부를 작성하고 있고, OOO은 거래소 시장의 매매체결등 전산업무를 담당하며 구「조세감면규제법」(이하 “조감법”이라 한다) 제81조의3의 장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수특례규정이 시행된 1998.1.1. 이후부터 주식 매매거래를 후입선출법으로 관리하고 있다.

(다) 쟁점증권사에서는 주식거래내역 조회에 대하여 “당사의 주식 매매거래 관리방식은 업무시스템 이용사인 OOO의 확인 결과 후입선출법으로 결제되고 있으며 이는 1998.1.1. 배당소득세 관련하여 구현된 방식으로 2010.12.27. 관련조항이 삭제된 이후에도 유지하고 있고, 이러한 매매거래 관리방식은 삭제된 장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수 특례 적용을 위한 방식이며 양도주식의 취득일자 및 취득단가 등을 특정하여 관리하는 것은 아님”이라고 서면회신하였다.

(라) 청구인은 주식거래내역 조회 회신문에 쟁점증권사가 취득일자 및 취득단가를 특정하여 관리하지 않아 쟁점주식의 취득가액 산정방식은 후입선출법을 적용할 수 없다고 하나, 모든 증권사에서 취득일자와 1주당 취득가액 등을 관리하며 후입선출법에 따라 주식 입·출고 관리를 하고 있어 특정 납세자의 주식 입출고 관리방식을 후입선출법이 아닌 다른 방식을 적용할 이유가 없다.

(마) 또한 청구인이 쟁점주식의 양도소득세 신고서에 첨부한 취득가액 정리 내역은 증권사의 「종합 잔고 평가서」상의 주식수와 주식가액을 기재한바, 청구인은 증권사의 주식 관리방식에 따라 취득가액을 산정한 것으로 확인된다.

(바) 따라서 청구인은 증권계좌를 통하여 쟁점주식을 장내매수 및 장내매도 거래하여 취득일자, 취득가액과 수수료가 확인가능하며 증권사의 주식관리방식인 후입선출법에 따라 쟁점주식의 취득일자를 확인할 수 있어 청구인의 주장과 같이 취득일자가 불분명한 것으로 보아 선입선출법으로 취득가액을 경정할 수 없다.

(2) 대법원 및 국세심사결정례는 후입선출법을 존중하고 있고 배당소득 원천징수특례조항이 삭제된 현재까지도 주식 매매거래 관리방식으로 인정하고 있다.

(가) 대법원은 “1998.1.1.이후 모든 증권회사가 조감법 시행령 제80조 제7항의 규정취지와 고객의 이익을 고려하여 고객계좌부에 종목, 매수일자, 주식수를 기재하여 주식 양도 당시 특별히 양도되는 주식을 특정하지 아니하는 이상 후입선출법에 따라 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 계좌를 관리하고, (중략) 조감법 시행령이 장기보유한 주식수를 계산함에 있어 후입선출법에 의하도록 규정하고 있다 하여 반드시 「소득세법」및「상속세 및 증여세법」등을 적용함에 있어서도 이 방식이 적용된다고 볼 수 없으나, 모든 증권회사에서 일반적인 회계원칙과 관행으로 자리 잡게 되었고 수회에 걸쳐 취득한 동일 종목의 주식 중 일부를 양도하는 경우 취득일자별로 특정할 수 있으므로 후입선출법에 의한 양도 주식의 특정방식을 존중하여야 할 것”이라고 판시하고 있다OOO.

(나) 이는 투자자계좌부의 양도주식의 매수일자란에 기재여부와 상관없이 자동적으로 후입선출법으로 관리된다는 의미로, 장기보유주식 관련 세제혜택이 없어진 현재까지도 증권사에서는 기업회계의 기준 또는 관행으로 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 방식인 후입선출법으로 주식을 관리하고 있으므로 과거 대법원 판례는 현재에도 적용하여야 한다.

(다) 조세심판원 결정례OOO는 “대주주가 상장주식 거래내역을 선입선출법으로 기록·관리하여 왔고 다른 증권계좌로 동일 종목의 주식을 취득, 보유 및 양도하였을 가능성이 있어 증권사의 주식관리방식인 후입선출법보다 우선 적용하여야 한다”고 하는바, 이는 당해 사건 대주주의 관리방식을 증권사의 관리방식보다 우선한다는 취지로서 청구주장대로 무조건 선입선출법을 적용하여야 한다는 뜻이 아니다.

(라) 다른 조세심판원 결정례OOO는 주식대차거래로 타사에서 주식 실물이 출고되었다가 입고되는 등 증권사 간에 주식이동이 빈번하여 증권사에서 취득일자를 관리할 수 없고 주식이 혼재되어 있다는 사실을 들어 취득시기가 불분명하다고 보아 선입선출법을 적용한 사건으로, 청구인과 같이 상장주식을 장내매수 및 장내매도하여 취득시기가 분명한 경우에는 청구인이 주장하는 선입선출법을 적용할 수 없음이 명백하다.

(마) 청구인이 제시한 조세심판원 결정례OOO는 법원에서 증권사의 주식 관리방식인 후입선출법을 적용하여야 한다고 판시하고 그대로 확정OOO된 사안으로 선입선출법을 적용하지 않는다는 사건이다.

(바) OOO 과세전적부심사례에서는 상장주식의 취득가액을 선입선출법으로 산정하여 양도소득세를 과세예고한 사안에서, 증권사의 확인서와 업무편람에 “주식매도시 주식 장기보유과세 혜택을 위해 후입선출법으로 잔고관리하며 현재 관련 세제혜택은 없고 매입금액은 이동평균법으로 관리하고 있음”이라고 기재되어 있고 모든 증권사가 관행상 1998.1.1.부터 주식 거래를 후입선출법에 의해 관리하고 있으므로 후입선출법으로 취득가액을 산정하여야 한다고 결정하여 청구주장을 인용한 바 있다OOO.

(사) 그 밖에 국세행정상으로 상장주식 대주주의 주식 양도차익 계산시 증권사의 주식 입출고 관리방식을 적용하며 납세자가 거래내역을 기록·관리하여 온 경우에는 납세자의 관리방식을 우선 적용하고 있어, 대주주가 상장주식의 거래내역을 기록·관리한 사실이 없는 경우에는 증권사의 주식 입출고관리방식인 후입선출법을 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식의 취득시기가 분명하지 않으므로「소득세법 시행령」제162조 제5항에 따라 선입선출법을 적용하여 쟁점주식의 양도에 대한 양도소득세를 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제115조(주식등에 대한 장부의 비치·기록의무 및 기장 불성실가산세) ① 법인(중소기업을 포함한다)의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종목별로 구분하여 거래일자별 거래명세 등을 장부에 기록·관리하여야 하며 그 증명서류 등을 갖추어 두어야 한다. 다만 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업자가 발행한 거래명세서를 갖추어 둔 경우에는 장부를 비치·기록한 것으로 본다.

② 제1항에 따라 법인의 대주주가 양도하는 주식등에 대하여 거래명세 등을 기장하지 아니하였거나 누락하였을 때에는 기장을 하지 아니한 소득금액 또는 누락한 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 해당하는 금액(이하 이 조에서 “기장 불성실가산세”라 한다)을 산출세액에 더한다. 다만 산출세액이 없을 때에는 그 거래금액의 1만분의 7에 해당하는 금액을 기장 불성실가산세로 한다.

(2) 소득세법 시행령

제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에게 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.(각 호 생략)

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

제178조(주식등에 대한 장부의 기장 방법) 법 제115조 제1항에 따라 주식등의 거래명세를 장부에 기록·관리할 때에는 종목별로 구분하여 각각 별지에 기장하여야 하며, 각 종목별 기장에 있어서는 거래일자·거래수량·단가·취득가액 또는 양도가액·거래수수료·증권거래세·농어촌특별세 등의 거래명세를 항목별로 빠짐없이 기장하여야 한다.

(3) 국세기본법

제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사·결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(4) 조세감면규제법(1997.12.13. 법률 제5417호로 일부개정된 것)

제81조의3(장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수특례) ① 대통령령이 정하는 주식을 3년 이상 보유한 거주자로서「소득세법」제20조 제3항의 규정에 의한 소액주주에 해당하는 자중 대통령령이 정하는 자가 받는 배당소득에 대한 원천징수세율은「소득세법」제129조 제1항 제2호의 규정에도 불구하고 100분의 10으로 한다.

(5) 조세감면규제법 시행령(1997.12.31. 대통령령 제15562호로 일부개정된 것)

제80조(주식의 보유기간 계산 등) ⑦ 주식의 보유기간 중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 먼저 취득한 주식을 나중에 양도한 것으로 보아 장기보유한 주식수를 계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래 사실이 나타난다.

(가) 청구인은 비상장법인 OOO를 보유하던 중 2015.9.2. 동 OOO인 쟁점법인의 합병으로 합병신주 OOO를 취득하였는데, 2015.9.16.부터 2015.12.18.까지 OOO를 장내매수하고 OOO를 장내매도하여 2015.12.31.보유주식은 OOO이며 2016년도 중 취득한 주식은 없다.

(나) 2016년 1월∼3월 기간 동안 쟁점주식OOO을 장내매도하고 2016.5.31. 양도가액 OOO, 취득가액 OOO, 과세표준 OOO으로 신고하였으나, 주식거래 내역서 및 취득가액 내역의 정확한 산정 근거가 없어 소명을 요청하였고, 2018.10.29. 세무대리인이 추정 취득가액 산정 내역을 제출하였다.

(다) 처분청은 2019.2.14. 세무대리인이 제출한 증권사의「종합 잔고 평가서(2015.12.31. 기준)」에 쟁점주식을 대출과 대출외 주식으로 구분하여 주식수 및 가액을 관리하고 있고, 당초 양도소득세 신고시 제출한「주식거래내역서」및「주식 취득가액 정리」내역은 증권사의「종합 잔고 평가서」를 기준으로 작성하였다고 확인한 것으로 나타나며, 청구인의 2015년～2016년 주식 매도 및 매수내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구인의 2015년～2016년 주식 매도 및 매수내역

(라) 이 건과 관련하여 쟁점주식의 매매거래를 개별법으로 관리하는지 여부를 확인하기 위해 2018.10.26. 처분청 담당자가 쟁점증권사에 주식거래내역을 요청하였는데, 쟁점증권사 감사실 담당직원OOO은 담보대출건에 대한 주식거래내역은 확인불가하며 전체거래내역에 대해서만 확인 가능하다고 회신하였고, 이에 2018.11.16. 전체 거래내역에 대한 관리방식에 대하여 재회신 요청하였는데 2018.11.23. 쟁점증권사 감사실 담당직원은 후입선출법으로 확인되어 회신할 예정이라고 하였다가 2018.11.26. 오후 2시 20분경 같은 감사실의 다른 직원OOO이 “매도결제시 후입선출법이나 OOO에서 주식매매 자료제공을 요청한 적이 없으며 특정납세자는 회신할 수 없다”고 구두로 답변한 것으로 나타난다.

처분청 담당자는 이후 쟁점증권사로부터 위 납세자의 주식거래내역 조회에 대하여 “주식 매매거래 관리방식은 1998.1.1.이후 후입선출법임”을 서면회신받았고, 처분청 담당직원이 2018.12.5. 오전 11시 27분경 감사실의 다른 직원OOO에게 결제방식에 대하여 재차 문의하여 후입선출법임을 확인받았다고 하고 있다.

(2) 위와 같이 쟁점증권사의 서면회신 내용을 보면 명확하게 후입선출법을 적용한다는 문구는 없으나, “양도주식의 결제 순서가 ① 전일매수, ② 금일매수, ③ 기존 보유량 순으로 조감법 제81조의3에 따라 구현된 방식”이라고 되어 있는바, 청구인의 경우 전일매수분 및 금일매수분이 없고 조감법 시행령 제80조 제7항에서 후입선출법을 규정하고 있으므로 처분청이 후입선출법으로 서면회신받았다고 한 것으로 보인다.

(3) 쟁점주식 증권사의 OOO과 통화한바, 금일매수분이 전일매수분보다 결제 순서가 늦은 것은 금일매수분의 결제가 아직 이루어지지 않은 상태이기 때문이고, 동 증권사가 청구인에게 주식의 매매거래 관리방식(후입선출법)에 대하여 통지한 사실은 없다고 하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,「소득세법」제98조에서는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산할 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제5항에서는 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 처분청은 증권사에서 배당소득 원천징수특례규정이 시행된 1998.1.1. 이후 현재까지도 주식매매거래에 있어서는 기업회계의 기준 또는 관행으로 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 방식인 후입선출법으로 주식을 관리하고 있고, 대법원 판례도 현재까지 후입선출법을 존중하고 있는 등 쟁점주식의 취득시기가 분명하므로 그 취득가액을 선입선출법에 따라 산정할 수 없다는 의견이다.

그러나 유가증권시장 등에 상장된 주식의 소유자는 그 주식의 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권을 소유하고 있다고 보아야 하고 주식의 소유자가 유가증권시장 등에서 종목과 수량을 특정하여 주식을 양도하더라도 실제로는 그 양도의 대상이 실물인 주권 그 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권에 불과하며, 주식에 대한 공유지분권은 특정한 주권 자체가 아니라 증권예탁원에 혼합ㆍ보관되어 있는 주권 전부에 대하여 그 효력이 미치게 되므로 수회에 걸쳐 취득한 주식의 일부를 양도한 경우 그 주식을 주권 자체로 특정하는 것은 공유지분권의 양도라는 성질에 비추어 본질적으로 불가능하다고 할 것OOO인 점, 그럼에도 불구하고 위 판례 등에서는 양도되는 공유지분권을 취득일자에 따라 특정하는 것이 기술적으로 반드시 불가능하다고 볼 수는 없고 증권사에서 후입선출법에 의하여 양도주식을 특정한 방식이 1998.1.1.부터 장기보유 주식에 대한 배당소득 과세특례를 적용하기 위한 조감법 시행령 제80조 제7항의 입법취지 및 고객의 이익 등에 비추어 공정ㆍ타당한 것으로 보인다고 하였으나, 당시의 배당소득 원천징수특례규정은 이미 2010.12.27. 법률 제10406호로 일부개정된「조세특례제한법」에서 삭제된 규정인바, 더 이상 적용될 여지가 없는 배당소득 원천징수특례규정에 따른 주식 특정방식을 명시적 규정 없이 계속하여 양도소득 계산을 위한 주식 특정방식에 적용하기 어려워 보이는 점, 쟁점주식은 한국예탁결제원에 예탁된 주식으로 주식 매매시 주권실물의 입ㆍ출고를 수반하지 않고, 증권예탁원과 증권회사간 주식수량에 대한 정산만 이루어지므로 그 주권발행번호를 확인할 수 없다고 보이고 이와 같이 주식위탁계좌를 통하여 거래되어 주권발행번호가 확인되지 않는 양도주식의 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보고 있는 점(조심 2012서530, 2012.5.31. 외 다수, 같은 뜻임), IFRS(국제회계기준) 도입에 따라 2011년부터 상장기업에 적용된 K-IFRS에서 후입선출법은 재고자산의 물적흐름과 역행하게 되어 실제 원가흐름을 신뢰성 있게 반영하지 못하고 선입선출법 등 다른 방법에 비해서 재무제표에 나타나는 재무상태와 영업성과를 왜곡시킬 가능성이 크다고 하여 재고자산의 가격결정방법으로 허용하지 않고 있으므로 더 이상 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정.타당하다고 인정되는 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식의 취득시기가 분명하다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.