조심 2011중1165 (2011.12.27)

OOO세무서장이 2010.12.17. 청구인에게 한 양도소득세 2006년 귀속 OOO의 부과처분은 청구인이 2006～2008년에 양도한 OOO의 주식 1,904,853주의 취득가액을

「소득세법 시행령」제165조

제5항에서 규정하고 있는 선입선출법을 적용하여 산정하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 2006년 ～ 2008년도에 상장주식인 OOO의 주식 1,904,853주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도한 후 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이

「소득세법 시행령」제157조

에 의하여 직전사업연도말 기준 상장법인의 주식을 100억원 이상 소유하거나 상장법인 주식을 3% 이상 소유한 자인 대주주에 해당되어 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세 납세의무가 있다고 보고, 쟁점주식의 취득가액을 후입선출법에 의하여 산정하여 각 귀속사업연도별 양도차익을 계산한 다음, 2010.12.17. 청구인에게 양도소득세 2006년 귀속OOO을 각각 결정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 증권회사를 통하여 주식을 매입하고 양도하면서, 2003년경부터 수백차례의 입.출고 과정을 반복하면서 쟁점주식을 취득하였는 바, 이 과정에서 2006～2008년에 양도된 쟁점주식은 그 취득시기가 불분명하므로 그 취득가액을

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조에 의하여 선입선출법에 따라 산정하여야 하고, 취득가액을 선입선출법에 의하여 산정하여 이 건 양도소득세를 재계산하면 OOO이 되므로 이 건 양도소득세 중OOO을 감액하여야 한다.

나. 처분청 의견

증권회사가 주식의 취득일자별로 분류하고 그 중 일부가 양도되는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 증권계좌부에 입.출고를 기재.관리하므로 사실상 양도한 주식을 취득일자별로 특정할 수 있어 쟁점주식은 청구인이 주장하는

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조 제5항의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니하고, 후입선출법은 실질적으로 양도주식에 대응하는 취득주식별 양도차익을 산정하는 개별법에 해당하는 바, 동법으로 쟁점주식의 취득가액을 계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

상장주식인 쟁점주식의 취득가액을 후입선출법에 의하여 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주" 라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 “코스닥상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정된 것) 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3.～6. (생략)

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

제157조【대주주의 범위】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등" 이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와

「국세기본법 시행령」 제20조

의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 “기타 주주”라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥상장법인의 주식 등 및

「증권거래법 시행령」제84조의27

제5항의 규정에 따라 거래되는

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조

제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타 주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원(코스닥상장법인의 주식 등 및

「증권거래법 시행령」제84조의27

제5항의 규정에 따라 거래되는

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조

제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 50억원) 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 양도한 쟁점주식의 내역은 아래 ＜표1＞과 같고, 처분청이 쟁점주식의 취득가액을 후입선출법을 적용하여 산정한 양도차익은 아래 ＜표2＞와 같다.

OOO

(2) 청구인은 증권회사가 고객의 주식을 후입선출법으로 관리하고 있는 경우에도 동일인의 주식이 증권사 간 이동할 경우에는 주식의 취득시점이 아닌 증권사의 입고일 기준으로 관리되고, 주식이 실물로 이동하는 경우에도 그 취득시기 및 취득단가가 관리되지 아니하는데, 이 건의 경우 청구인이 담보력을 확보하기 위한 방법 등으로 청구인이 소유하고 있는 주식이 증권사 간에 이동되고, 실물로 입고되는 등으로 후입선출방식으로 관리될 수 없어 양도한 쟁점주식에 대하여 취득가액이 개별적으로 대응되지 않는데도 처분청이

「소득세법 시행령」제162조

에 의하여 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우로 보지 아니한 것은 부당하고, 또한 같은 시기에 같은 조사관서가 조사하면서 청구인이 양도한OOO주식회사의 주식에 대하여는 그 취득가액을 선입선출법을 적용한 반면, 쟁점주식에 대하여는 그 취득가액을 후입선출법을 적용하여 과세하여 세법 적용의 일관성과 예측가능성이 결여되었으며, 처분청이 제시한 대법원 판결(대법원 2007두2432, 2007.4.13.)은 여러 증권사 계좌를 이용하거나 담보를 위하여 타인명의 계좌에서 입고와 출고가 되고 주식이 실물로 이동하는 이 건과 비교하여 주식수량도 적고 거래형태가 단순하여 직접 비교하기에는 무리가 있다는 취지로 주장하고 있다.

(3) 이에 대하여 처분청은 「증권거래법」이 유가증권시장 및 코스닥시장에서는 주식의 실물보유에 따른 분실.도난 등 사고의 위험, 실물교부로 인한 거래시 수납업무의 복잡, 주권발행비용의 증가 등 실물을 수반한 주식의 양도가 비효율적이라는 이유로 증권회사 또는 고객이 소유한 계좌부에 그들이 예탁한 주식의 발행인, 종류, 종목 및 수량을 기재하여 입.출고를 관리하도록 하고 있고, 대법원(대법원 2007두2432, 2007.4.13. 판결)에서도 유가증권시장 등에 상장된 주식을 주식의 주권자체가 아니라 증권예탁원에 혼합.보관되어 있는 주권에 대한 공유지분권의 소유로 보아 실제 양도되는 주식을 특정하여 거래가 이루어지지 아니하였다 하여도 주식양도의 성질상 양도되는 공유지분권을 취득일자에 따라 특정하는 것은 기술적으로 가능한 것으로 보고 있으며,

증권회사는 구

「조세감면규제법」제81조의3

이 시행된 1998.1.1.이후부터는 고객이 소유한 잔고 주식의 매수일자를 특정하기 위하여 고객이 같은 종목의 주식 중 일부만을 양도하는 경우, 고객이 주식의 양도당시 특별히 양도되는 주식을 특정하지 아니하는 이상 나중에 취득한 주식이 먼저 출고되는 방식으로 처리하여 고객의 계좌를 관리하고 있으며, 이는 증권회사의 일반적인 회계원칙과 관행이 되고 있는바, 모든 증권회사는 주식의 취득일자별로 분류하고 그 중 일부가 양도되는 경우 나중에 취득한 주식을 먼저 양도하는 것으로 증권계좌부에 입.출고를 기재.관리하므로 사실상 양도한 주식을 취득일자별로 특정할 수 있어 청구인이 주장하는

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조 제5항의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니한다는 의견이다.

(4) 청구인이 제시한 OOO의 사실확인서(2010.9.8.)에는 증권사가 고객의 주식거래에 대하여 기본적으로는 후입선출법에 의하여 주식을 관리하고, 다른 증권사나 당사로부터 본인의 명의로 이체된 주식은 최초 취득의 매수일자를 인정하나, 다른 증권사나 당사로부터 타인 명의로 주식을 이체할 경우에는 최초 취득일이 아닌 입고일을 매수일로 인정하고 있으며, 다른 증권사 및 당사로부터 본인 또는 타인 명의로 주식을 이체할 때 매수단가는 별도로 관리하지 아니하고 입고일의 종가로 자동으로 등록되며, 주권의 실물이 입고될 경우에는 주권의 실제 취득일과 취득단가는 별도로 등록되지 아니한다는 사실, 하나의 주민등록번호로 다수의 증권사의 계좌를 이용할 경우에는 후입선출의 의미가 모호하여 질 수 있고, 타인명의 계좌에서 주식이 출고되어 해당계좌로 입고된 주식(청구인의 경우 OOO 등의 명의로 입고)은 최초 취득시 여러 날로 분할 매수하였어도 당사에서는 주식입고일 현재를 취득일자로 반영하고, 당사 본인계좌로 증권실물이 입고된 경우 입고일이 취득일로 관리되며, 고객으로부터 실지 취득시점을 요구하여 취득시점과 취득단가를 찾아 관리하지 않는다는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(5) 청구인(대리인)은 2011.11.16. 조세심판관회의에 출석하여 ‘청구인도 위와 같이 증권사(OOO 등)에 담보이용을 위하여OOO은행 등 명의로 주식이 입고된 경우와 청구인이 보유하던 주식을 증권사에 실물로 입고한 경우가 많아 그 주식들로 인하여 그 취득시기를 단순히 나열하기가 어렵고, 처분청이 제시하는 대법원의 판례(대법원 2007두2432)의 주식거래는 1계좌에서 약 8만주를 거래한 것으로서 그 거래가 단순한 반면, 이 건의 경우에는 거래한 양도주식수가 190여만주로써 증권사간.실물.타회사 명의 등으로 주식의 입.출고가 반복되고, 그 거래내역서가 500페이지가 넘는 분량으로서 양자 간에 차이가 많다’는 취지로 진술하였다.

(6) 청구인이 제시한 증권사별 실물 입.출고 및 타 증권사 입.출고내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

OOO

(7) 청구인은 양도한 주식에 대하여 서울지방국세청장으로부터 수차 세무조사를 받았는데, 2008년 6월에 조사한OOO주식회사의 주식의 양도에 대하여는 취득가액을 선입선출법을 적용하여 과세하였고, 2010년 8월에 조사한 OOO증권사를 통하여 양도한 OOO주식회사의 주식(67,100주, 20,000주)에 대하여는 취득가액을 선입선출법을 적용하여 과세하였으며, 2010년 8월에 조사한 쟁점주식에 대하여는 취득가액을 후입선출법을 적용하여 과세받았다고 주장함에 따라, 우리심판원에서 서울지방국세청장에게 위 청구인의 OOO주식회사의 주식양도에 대한 심리자료를 요청하여 협조받은 공문(조사3과-2672, 2011.10.4.)에 의하면, 청구인의 주식변동조사시 취득시기를 확인하기가 어렵고 후입선출법에 의한 취득시기의 관리가 불가능하며, 회계관행을 인정하기가 곤란하여 선입선출법에 의하여 취득가액을 산정하였다는 취지로 답변하였다.

(8) 위와 같은 사실내용과 관련 법령을 종합적으로 살피건대, 일반적으로 주식을 양도한 경우 그 양도차익을 산정함에 있어서는 해당 주식의 양도가액에서 대응하는 취득가액 및 필요경비를 차감하여야 할 것이고, 그 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는

「소득세법」제98조

및 같은 법 시행령 제162조(자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 봄)에 따라야 할 것으로 보이는바, 이 건의 경우 거래지점장이 타 증권사 등으로부터 타인 명의로 입고되거나 주식이 실물로 입고된 후 거래되는 경우에는 종전 취득일자가 아닌 현재 입고된 일자로 관리하는 등으로 취득시기나 취득단가가 후입선출방식으로 관리 되지 아니한다는 취지로 확인하고 있는 점, 청구인이 제시한 쟁점주식의 실물 입.출고내역에 의하면 총 거래주식(190여만주) 중 약 63만여주가 실물 등으로 입고된 것으로 나타나고 그 중에는 타인 명의OOO의 주식도 포함되어 있는 것으로 나타나는 점, 동일한 증권계좌를 통하여 거래한 OOO주식회사의 주식의 거래에 대하여 그 취득시기를 확인하기가 어렵고, 후입선출법에 의한 취득시기의 관리가 불가능하며, 회계관행을 인정하기가 곤란하여 그 취득가액을 선입선출법을 적용하여 과세한 점, 처분청이 제시하는 대법원 판례(대법원 2007두2432, 2007.4.13.)의 거래(양도주식수는 약 8만여주)의 사례는 양도주식수가 190여만주인 이 건에 비하여 거래가 단순하게 나타나는 점 등을 고려하면, 쟁점주식의 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보이므로, 청구인이 양도한 쟁점주식의 취득가액을

「소득세법 시행령」제165조

제5항에서 규정하고 있는 선입선출법을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2009부2026, 2010.2.4. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.