조심 2009부2026 (2010.02.04)

OOO세무서장이 2009.1.2. 청구인에게 한 양도소득세 OOO의 부과처분은 OOO(주)를 중소기업으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1980.12.31.부터 신발 제조.판매 및 수출을 주업으로 하는 OOO주식회사(이하 “OOO”이하 한다)의 대표이사로서 OOO이 1994년에 지분의 100%를 출자하여 베트남에 설립한 OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)에게 컨설팅을 제공하기 위해 OOO이라는 상호로 개인사업체를 운영하고 있다.

나.OOO은 2008.7.30.부터 2008.12.5.까지 청구인의 2003년부터 2007년 귀속 종합소득세 신고내역에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 OOO에게 컨설팅용역을 제공하고 받은 수입금액에 대하여 기준경비율로 필요경비를 계산하고 종합소득세를 신고.납부한 것은 실제로 지출된 필요경비가 없으므로 부당하다는 이유로 필요경비 OOO을 부인하고, 박OOO.정OOO 명의의 OOO(주) 및 OOO(주)의 주식을 청구인이 차명으로 보유하고 있어 청구인과 배우자(OOO)의 보유주식을 합한 주식의 수가 총 발행주식의 3%를 초과하여 「소득세법」상 대주주 요건에 해당하므로 동 주식의 양도에 대하여 양도소득세를 부과하라는 등의 세무조사결과를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2009.1.2. 청구인에게 종합소득세 OOO을 경정.고지하였다.

다.청구인은 위 고지내역 중 필요경비 OOO을 인정하여 종합소득세 과세표준 및 세액을 경정.결정하고, 청구인에게 부과된 양도소득세를 취소해 달라는 취지로 2009.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점① 관련 : 기준경비율에 의해 필요경비를 산정하여 종합소득세를 신고한 것에 대하여 실제 지출한 필요경비가 없다는 이유로 필요경비를 부인한 처분은 부당하다.

(가)종합소득세는 「국세기본법」에서 규정하는 바와 같이 납세자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하면 이에 대한 별도의 행정처분이 없이 신고한 대로 납세의무가 확정되는 신고납부방식을 채택하고 있으므로, 신고세액은 물론 신고방법까지도 그대로 확정된다 할 것이다. 납세자가 비치.기장하지 아니하여 장부에 의한 신고를 할 수 없어 부득이 추계에 의하여 신고한 것을 비치.기장된 장부의 확인 없이 대표자의 확인서에 의해서만 필요경비가 전혀 없는 것으로 보아 수입금액 전부를 소득금액으로 보는 것은 「소득세법」 제80조 제3항 및 같은법 시행령 제142조 제1항에서 규정하고 있는 실지조사에 의하여 경정한 것으로 볼 수 없다.

(나)청구인은 OOO과 관련하여 장부를 비치.기장하지 아니하였기 때문에 처분청이 세무조사시 장부를 확인한 사실이 없으므로 이 건 조사 내용과 같이 총수입금액에 대응하는 필요경비가 전혀 존재하지 아니한 것으로 보는 것은 부당할 뿐만 아니라, 확인서에서도 「… 동 컨설팅 제공에 따른 직접적으로 대응되어 지출된 필요경비는 없음을 확인합니다.…」라고 되어 있어 매출원가나 제조원가 등과 같이 직접비용이 없다는 것일 뿐 판매비 및 일반관리비 성격의 비용 자체가 전혀 없는 것은 아니라 할 것이므로, 처분청이 조사시 확인서를 작성하여 준 청구인의 의사표시 내지 이해 정도를 일탈하여 확대 해석하고 있는 것이다.

(다)납세자가 사업소득금액을 추계로 계산하여 신고하거나, 과세관청이 추계로 소득금액을 결정 내지 경정할 때 적용하는 업종별 기준경비율 또는 단순경비율을 보면, 어느 업종을 막론하고 기준경비율 또는 단순 경비율이 “0”인 것은 없고, 게다가 OOO과 같은 경영컨설팅의 경우 30% 내지 40% 정도의 필요경비를 인정하고 있는바, 이는 일반적인 컨설팅 회사가 정상적인 영업활동을 하는 경우 정하여 놓은 정도의 필요경비는 수입금액에 대응하여 반드시 소요될 것이라는 사실을 인정하고 있다 할 것인데, 유달리 OOO에만 필요경비가 전혀 존재하지 아니하는 것으로 특정하는 것은 실질과세 측면이나 과세형평성 측면에서 불합리한 처분이다.

(라)청구인이 OOO에게 컨설팅 용역을 제공하기 위하여 직접 베트남 현지에 방문하는 경우에 항공료, 숙박료 등 현지 체류비용이 소요되는 것은 당연할 뿐만 아니라, 간접적으로 용역보고서 작성 및 우편, 전자메일, 통신 등을 이용하여 상담하는 경우에 그에 상응하는 비용의 지출이 수반될 터인데, 단지 이러한 모든 비용의 지출처가 해외에서 이루어지는 까닭에 부득이 지출 증빙을 갖추지 못하였을 뿐 실지 지출된 필요경비가 없는 것이 아닌데도, 이러한 사정을 고려하지 아니하고 OOO이 제공하는 용역은 필요경비가 존재하지 아니하는 것으로 보는 것은 잘못된 것이다.

(마)또한, 청구인은 총수입금액 역시 장부에 의하여 기장한 것이 아니었으며, 단지 매월 계좌에 입금된 금액을 종합소득세 신고 목적으로 계산하여 그 금액을 기준으로 기준경비율을 적용하여 추계로 신고하였다. 그렇다면, 청구인은 총수입금액이나 필요경비 등에 대한 장부를 비치.기장하지 아니한 경우에 해당하는 바, OOO 장부에 청구인의 베트남 출장경비 등 유사항목의 비용이 계상되었다는 이유로 OOO의 추계신고를 부인하여 실지조사 결정하는 것은 부당하다.

(2)쟁점②관련

(가) 주위적 청구에 대하여

청구인이 상장주식인 OOO(주) 및 OOO(주) 주식을 취득하여 양도한 것과 관련하여 처분청은 청구인이 OOO(주) 및 OOO(주) 주식의 양도시기에 청구인 및 배우자 명의의 주식을 합하면 3% 이상의 지분을 보유한 대주주 요건에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 과세대상으로 판단하였으나, 청구인의 지분 계산시 정OOO 및 박OOO의 주식을 포함할 수 없으므로 청구인 및 배우자의 지분이 3%에 미달하여 양도소득세 과세대상에 해당하지 아니하므로 이 건 양도소득 부과처분은 취소되어야 한다.

(나) 예비적 청구-①에 대하여

주식양도에 대하여 10% 세율을 적용하는 중소기업을 판단함에 있어 중소기업은 「중소기업기본법」의 규정에 의하여 판단하여야 하는바, OOO(주)는 주식 양도일의 직전사업연도 기준으로 상시 근로자수 300명 미만의 제조업체로서 「중소기업기본법 시행령」 【별표1】의 기준을 충족하고 있고, 또한 자산총액이 5천억원 미만으로 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1호의 규정 역시 충족하고 있으며, 모회사 및 자회사가 존재하지 아니하여 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호에서 규정하고 있는 【별표2】의 기준에 부합하므로, 동 주식을 중소기업의 주식으로 보아 10%의 세율을 적용하여 양도소득세 산출세액을 산정하여야 한다.

(다) 예비적 청구-②에 대하여

2007년 OOO(주) 주식 양도분 중 박OOO 명의의 264,870주에 대하여 처분청이 그 취득시기가 불분명하다고 하여 “선입선출법”에 의하여 취득가액을 계산하였으나, 동 주식계좌를 위탁관리한 OOO은 다른 증권회사들과 마찬가지로 구 「조세감면규제법」 제81조의3의 규정(현 「조세특례제한법」 제91조)이 시행된 1998.1.1. 이후부터 고객의 세제혜택을 위하여 증권업계의 관행상 붙임의 OOO 공문내용과 같이 주식 입.출고를 “후입선출법”으로 관리하고 있기 때문에 양도주식의 취득시기를 확인할 수 있고, 법원(서울행정법원 2005구단3434, 2005.9.13)에서도 “후입선출법 적용이 타당” 하다는 취지의 판결이 있는 점 등에 비추어 동 주식에 대하여는 “후입선출법”에 의하여 그 취득가액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점① 관련

(가)청구인 주장처럼 장부를 비치.기장하지 않는다는 이유만으로 추계신고를 인정하는 것이 아니라, 추계에 의한 신고는 「소득세법」 제80조 제3항 단서 및 같은법 시행령 제143조 제1항 제1호 규정에 따라 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없는 경우’에만 해당하는 것으로, 과세표준을 계산 할 수 있는 증빙서류 등이 있고, 「소득세법」 제80조 제2항 제1호에 의거하여 ‘신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때’에 해당하면 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 것이다.

(나)청구인은 처분청이 단순히 대표자의 확인서만을 근거로 기준경비율에 의한 추계신고를 부인하였다고 주장하나, 청구인이 OOO에 출장시 사용된 경비는 법인관리를 위한 경비로 계상하였다는 소명내용에 따라 청구인에게 확인서를 요청하여 제출받은 것이고, 일반적으로는 청구인 주장처럼 OOO에 컨설팅을 제공하기 위해서는 항공료, 숙박료 등 현지 체류비용과 용역보고서 작성에 따른 비용이 지출되는 것은 당연하나, 청구인은 OOO㈜의 대표이사로서 수행하는 업무(‘중계무역 실행에 따른 약정서’상 기술지도, 감독활동, 검수활동, 영업활동, 행정활동 등)와 개인사업자인 OOO 대표로서의 업무를 동시에 수행하고 있는 바, 베트남 출장에 따른 관련 비용은 법인 장부에 정상적으로 계상하고 있음에도 개인사업자 관련비용은 베트남이라는 다소 시스템이 미비한 국가에서 지출되는 까닭에 지출 증빙을 갖추지 못한다는 주장은 모순되는 주장이다.

(다)청구인은 법인의 대표이사로서 지출하는 비용과 개인사업자로서 지출하는 비용은 구분되어야 한다고 주장하고 있는 바, 베트남 출장 관련 경비는 법인의 대표자로서 경영의 일환으로 지출된 경비로 계상하였음이 회사 측 소명자료에서 확인되므로 결국 개인사업자로서의 컨설팅 용역제공에 따른 항공료 등은 실지 지출된 비용이 없음이 명백하다.

(라)OOO의 경영컨설팅료 지급품의서를 살펴보면, 거액(연 약 OOO)의 컨설팅료에 비해 청구인이 실제 제공한 컨설팅 용역내용은 단순 청소지시 및 작업환경개선 등이고, 청구인의 지시사항에 대하여 OOO가 작성한 보고서를 청구인의 감수 절차만 거친 후 컨설팅료로 품의하고 있는 바, 이는 결국 청구인이 주장하는 용역보고서 작성에 따른 실지 지출된 경비가 없음이 명백하므로 기준경비율에 의한 필요경비를 부인한 당초 처분은 정당하다.

(2)쟁점② 관련

(가) 주위적 청구에 대하여

1)청구인은 본인 명의로 OOO 및 OOO에 증권계좌를 개설하여 상장 및 협회등록법인의 주식을 매입하거나 매도하고 있고, 2005.6.22. 청구인 명의의 OOO에서 OOO억원을 인출하여 정OOO 명의의 OOO에 입금하였으며, 동 자금을 이용하여 OOO(주) 주식을 매입하였고, 동 일자에 OOO을 인출하여 정OOO의 MMF 계좌OOO로 이체한 후 다시 2005.8.2. OOO백만원을 인출하여 박OOO 명의 OOO로 이체하여 2008.8.4. OOO(주) 주식 185천주를 매입한 것으로 확인된다. 박OOO 명의 OOO 계좌에 보유하고 있던 OOO(주) 주식 185천주는 2005.10.25. 주식현물을 출고하여 다시 박OOO 명의 OOO OOO지점 계좌(830-122820-**)에 입고되었다.

위와 같이 정OOO의 OOO 계좌OOO 및 박OOO의 OOO 계좌OOO는 청구인이 2005.6.22. 경남은행 OOO지점 계좌OOO에서 인출한 OOO억원을 이용하여 개설된 계좌로 확인되었고, 명의인인 정OOO(530811-190****)과 박OOOOOO에게 문답하여 확인한 바, 명의 대여에 의한 차명계좌임을 시인하였다.

2)따라서, OOO.정OOO.박OOO 명의로 매입한 2005년도 OOO(주) 주식과 박OOO의 처 신OOO 명의의 OOO 계좌OOO로 매입한 OOO(주) 주식을 합하면 2005.6.30. 현재 전체 주식의 3%를 초과하여 대주주 요건에 해당되므로 2005.6.30. 이후 양도분에 대한 매매차익은 「소득세법」에 의한 양도소득세 과세대상에 해당한다. 또한, 박OOO가 2006.6.30. OOO㈜의 경영권을 인수한 대주주에 해당하므로 정OOO.박OOO 명의로 ’06년 이후 매수한 OOO(주)의 주식매매차익은 「소득세법」에 의한 양도소득세 과세대상에 해당한다.

(나) 예비적 청구-①에 대하여

OOO(주)의 중소기업 해당여부는 OOO㈜가 2006사업연도 법인세 신고서상 일반법인으로 신고하였기에 이를 근거로 하여 결정한 것이다.

(다) 예비적 청구-②에 대하여

청구인과 같이 청구인, 박OOO 및 정OOO 명의로 수개의 증권계좌를 이용하여 취득한 동일종목 주식 중 일부 주식을 양도하는 경우 양도한 주식이 보관된 계좌는 확인되나, 청구인이 각각의 차명계좌에서 서로 다른 날에 주식을 취득하여 취득시기를 정하기가 어려워 ‘취득한 때가 불분명한 경우에 해당’하므로 양도주식이 보관된 계좌별로 「소득세법 시행령」 제162조 제5항의 규정에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 2006두8969, 2008.2.15.; 서면4팀-1927, 2004.11.29. 외 같은 뜻).

처분청은 청구인이 근거로 제시한 「조세특례제한법」 제91조(장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수 특례)에 의해 부과처분한 사실이 없고, 동 규정은 양도소득세를 부과한 이 건 처분과는 무관한 별도의 특례규정이다.

가사 동 규정을 원용한다고 하더라도 동 규정의 입법취지가 단기투자의 관행을 배당위주의 장기투자로 유도하여 주식시장의 발전을 도모하기 위한 것이나, 청구인이 보유하고 있는 주식이 1억원을 초과하고, 청구인이 지배주주에 해당하는 등 동 규정의 적용대상에 해당되지도 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점① 관련

(1) 쟁점①

기준경비율에 의해 필요경비를 산정하여 종합소득세를 신고한 것에 대하여 실제 지출한 필요경비가 없다는 이유로 필요경비를 부인한 처분의 당부

(2) 관련법령

(가) 국세기본법 제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(나) 소득세법

제70조 (종합소득 과세표준확정신고) ④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다.

6. 부동산임대소득금액 또는 사업소득금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 계산하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 추계소득금액계산서

제80조 (결정과 경정) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(다) 소득세법 시행령

제142조 (과세표준과 세액의 결정 및 경정) ① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

제143조 (추계결정 및 경정) ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

(3) 사실관계 및 판단

(가)청구인은 신발제조.판매 및 수출을 주업으로 하는 OOO의 대표이사이고, OOO이 1994년 베트남에 지분의 100%를 투자하여 설립한 OOO에게 신발제조에 관한 경영 전반에 대한 컨설팅을 제공할 목적으로 개인사업자인 OOO을 운영하고 있다.

(나)청구인은 OOO과 OOO간에 3차례(2001.11.1., 2002.1.11., 2004.4.20.)에 걸쳐 체결된 컨설팅서비스 계약에 의거 컨설팅료를 지급받았고, 처분청은 청구인이 동 컨설팅료와 관련한 총수입금액 및 필요경비를 기장하지 못하였다는 이유로 종합소득세를 기준경비율에 의하여 추계로 신고한 것에 대하여 필요경비를 부인하고 수입금액을 소득금액으로 보아 ＜표1＞과 같이 소득금액을 결정한 것으로 심리자료에 나타난다.

OOO

(다) 청구인은 OOO의 세무조사시 아래와 같이 확인서를 작성한 것으로 나타난다.

“상기 업체는 기술용역을 제공하고 베트남 소재 OOO으로부터 수취한 컨설팅료는 아래와 같으며, 동 컨설팅 제공에 따른 직접적으로 대응되어 지출된 필요경비는 없음을 확인합니다.”

(라)청구인이 2003년부터 2007년까지 베트남 및 청도에 출장하면서 항공료 및 출장비를 지출하고 ＜표2＞와 같이 OOO의 비용으로 처리한 것으로 심리자료에 나타난다.

＜표2＞ 연도별 출장내용

OOO

(마) 처분청은 OOO에 대한 컨설팅사례로 “2004년 5월 박OOO 감수” 라고 기재된 ‘합포실 개선 및 향후 방향’ 및 “2007년 7월 박OOO 감수”라고 기재된 “전원참여 5S”를 제출하고 있다.

(바)OOO은 종사직원이 없어 처분청에 근로소득원천징수 이행상황 신고내역은 없는 것으로 나타난다.

(사)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한지 보면, 청구인은 OOO 사업과 관련하여 베트남의 현지사정상 현금지출내용이 많았으나 입증자료가 없는 등 장부를 기장할 수 없었으므로 당초 청구인이 추계로 신고한 내용을 인정하여야 한다고 주장하나,

종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치· 기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야지, 추계조사 방법에 의해서는 아니되는 것(대법원 95누2708, 1995.7.25. 같은 뜻)인 바, OOO의 수입금액이 정기적으로 통장에 입금되어 그 현황을 정확하게 파악할 수 있고, OOO에 근무하는 직원이 없어 컨설팅보고서가 OOO 또는 OOO에서 근무하는 직원에 의해 작성된 후 청구인의 감수를 받는 것으로 나타나며, 청구인이 2003년부터 2007년까지 베트남, 청도 등에 출장하면서 지출한 항공료 및 출장비를 OOO의 비용으로 계상하고 있고, 청구인이 OOO의 세무조사 과정에서 OOO이 베트남 소재 OOO에게 기술용역을 제공하고 컨설팅료를 수취하였고 동 컨설팅 제공에 따라 직접적으로 대응되어 지출된 필요경비는 없다고 확인하고 있으므로 처분청이 조사결과에 따라 청구인이 실제로 사업과 관련하여 지출한 필요경비가 없는 것으로 보아 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

나. 쟁점② 관련

(1) 쟁점②

(가) 주위적 청구 : 박OOO 및 정OOO 명의의 증권계좌가 청구인의 차명계좌인지 여부

(나)예비적 청구 : ① OOO(주)의 중소기업 해당 여부, ② 2007년 박OOO의 주식양도와 관련하여 선입선출법으로 양도소득세를 부과한 처분의 당부

(2) 관련법령

(가) 국세기본법 제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(나)소득세법

제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

가. 「증권거래법」에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 「증권거래법」에 의한 코스닥상장법인(이하 "코스닥상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 코스닥시장(이하 "코스닥시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식 등

제104조 (양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산

가. 대통령령이 정하는 중소기업(이하 이 장 및 제160조제6항에서 "중소기업"이라 한다)외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등

양도소득과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식 등

양도소득과세표준의 100분의 10

다. 가목 및 나목외의 주식 등

양도소득과세표준의 100분의 20

(다)소득세법 시행령

제157조 (대주주의 범위) ④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령이 정하는 대주주"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 「국세기본법 시행령」 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(코스닥상장법인의 주식등 및 「증권거래법 시행령」 제84조의27 제5항의 규정에 따라 거래되는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의 5. 이하 이 조에서 같다)이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

제167조의8 (중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(라) 중소기업기본법 제2조 (중소기업의 범위) ① 중소기업의 육성을 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 업종의 특성과 상시근로자수, 자산규모, 매출액 등을 참작하여 그 규모가 대통령령이 정하는 기준이하이고, 그 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

② 중소기업은 대통령령이 정하는 바에 따라 소기업과 중기업으로 구분한다.

(마) 중소기업기본법 시행령 제3조 (중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항의 규정에 의한 중소기업은 다음 각호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 당해 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 당해 기업의 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 적합한 기업. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 기업을 제외한다.

가. 상시근로자수가 1천명 이상인 기업

나. 증권거래법 제2조의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인

2. 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 적합한 기업

[별표1] 중소기업의 업종별 상시근로자수·자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1호 관련)

[별표 2] 중소기업의 소유 및 경영의 실질적인 독립성 기준(제3조 제2호 관련)

1. 제3조 제1호 나목의 규정에 의한 법인이 발행주식(「상법」 제370조의 규정에 의한 의결권 없는 주식을 제외한다) 총수의 100분의 30이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것

2. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항의 규정에 의한 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

(바)독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 (상호출자제한기업집단등의 지정 등) ① 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 상호출자제한기업집단 및 채무보증제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단 등"이라 한다)을 지정하고 동기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다.

(사)소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(아) 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(자)조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제91조 (장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례) : 구 조세감면규제법 제81조의3

① 거주자가 「증권거래법」에 따른 주권상장법인 또는 코스닥상장법인(이하 이 조에서 "주권상장법인 또는 코스닥상장법인"이라 한다)의 주식(「법인세법」 제51조의2 제1항 각호의 1에 해당하는 법인의 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 "주권상장·코스닥상장주식"이라 한다)을 주권상장 또는 코스닥상장 이후 1년 이상 보유하고 당해 법인으로부터 2008년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여 제1호의 경우 소득세를 부과하지 아니하고, 제2호의 경우 배당소득 전부에 대하여 「소득세법」 제129조의 규정에 불구하고 원천징수세율을 100분의 5로 하며, 당해 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항의 규정에 의한 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 다만, 법인의 주식을 보유한 거주자가 해당법인의 대통령령이 정하는 지배주주 및 그 특수관계자에 해당되는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주권상장·코스닥상장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 이하 보유한 경우

2. 주권상장·코스닥상장주식을 액면가액의 합계액 기준으로 법인별로 3천만원 초과 1억원 이하 보유한 경우

④ 주식의 보유기간중에 동종 주식의 보유주식수에 변동이 있는 경우에는 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보아 제1항 및 제3항의 규정을 적용한다.

(차)조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제92조 (장기보유주식의 배당소득 비과세에서 제외되는 지배주주 등) : 구 조세감면규제법 시행령 제80조

① 법 제91조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 지배주주 및 특수관계자"라 함은 「소득세법 시행령」 제40조 제3항에 따른 지배주주 및 그 지배주주와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항에 따른 특수관계에 있는 주주를 말한다.

(3) 사실관계 및 판단

(가)주위적 청구에 대하여 보면 다음과 같다.

1)정OOO 명의의 OOO OOO, OOO 및 박OOO 명의의 OOO OOO, OOO 계좌OOO (이하 “쟁점계좌”라 한다)가 청구인의 차명계좌인지 여부에 대하여 보면, 다음과 같이 나타난다.

가)청구인은 본인 명의로 OOO 및 OOO에 증권계좌를 개설하여 상장 및 협회등록법인의 주식을 매입하거나 매도하고 있고, 2005.6.22. 청구인 명의의 경남은행 OOO지점 계좌OOO에서 40억원을 인출하여 정OOO 명의의 OOO에 입금하였으며, 동 자금을 이용하여 OOO(주) 주식을 매입하였고, 동 일자에 OOO을 인출하여 정OOO의 MMF 계좌OOO로 이체한 후 다시 2005.8.2. OOO백만원을 인출하여 박OOO 명의 OOO 계좌OOO로 이체하여 2008.8.4. OOO(주) 주식 185천주를 매입한 것으로 심리자료에 나타난다.

나) 박OOO 명의로 OOO 계좌에 보유하고 있던 OOO(주) 주식 185천주는 2005.10.25. 주식현물을 출고하여 다시 박OOO 명의 OOO OOO지점 계좌OOO에 입고된 것으로 나타난다.

다)처분청이 정OOO(530811-*******) 및 박OOO(421030- *******)과 각 작성한 2008.9.26. 및 2008.10.9.자 문답서에 의하면, 동 인들은 쟁점계좌가 청구인이 대주주로 있는 OOO(주)의 대표자 OOO의 부탁으로 청구인에게 명의를 빌려준 차명계좌라고 진술하고 있다.

2)2005.6.30. 현재 청구인, 정OOO, 박OOO 및 신OOO(배우자)가 보유한 OOO(주)의 주식은 총발행주식의 3%를 초과하고, 2006.6.30. 현재 청구인이 보유하고 있는 OOO(주) 주식은 총발행주식의 10.93%(2,327,137주)인 것으로 심리자료에 나타난다.

3)청구인, 정OOO, 박OOO, OOO(배우자)의 OOO(주) 및 OOO(주) 주식 양도내역 및 처분청 적용세율은 다음과 같다.

OOO 주) 박OOO이 1년 이상 보유한 주식이고, 그 외의 주식은 모두 1년 미만 보유한 주식이다.

4)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한지 보면, 청구인은 박OOO 및 정OOO 명의의 쟁점계좌가 청구인의 차명계좌가 아니라고 주장하나, 청구인의 경남은행 계좌에서 OOO억원이 인출되어 정OOO 및 박OOO 명의의 쟁점계좌로 입금되어 OOO(주) 주식을 매입하였고, 동 인들이 쟁점계좌가 청구인이 대주주로 있는 OOO(주)의 대표자 OOO의 부탁으로 청구인에게 명의를 빌려준 차명계좌라고 진술하고 있는 점 등으로 보아 쟁점계좌는 청구인의 차명계좌로 보인다. 따라서, 처분청이 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정에 따라 청구인이 대주주에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나)예비적 청구-①과 관련하여 OOO(주)가 중소기업에 해당하는지 여부를 판단하기 위해 정OOO 및 박OOO이 OOO(주) 주식 481,540주를 양도한 2007사업연도의 직전 사업연도(2006사업연도) 종료일 현재 금융감독원이 공시한 OOO(주)의 기업공시자료를 보면, 다음과 같이 나타난다.

1)OOO(주)는 2002.9.15. OOO에서 분할된 상장법인으로 종업원수 총 241명, 매출액 OOO백만원이다.

2) 상시 근로자수는 259명(3,115/12)으로 나타난다.

3)대주주 현황은 다음과 같다.

OOO

4)2007.1.11.자 공정거래위원회 보도참고자료상 2007.1.2.기준 상호출자제한기업집단등의 소속회사현황을 보면, OOO(주)는 포함되어 있지 않은 것으로 나타난다.

5)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한지 보면, OOO(주)의 상시근로자수가 259인이므로 「중소기업기본법 시행령」 별표1(제3조 제1호 관련)의 규모기준요건을 충족하고, 별표2 제1호 및 제2호에서 규정한 기업에 해당하지 아니하므로 중소기업으로 판단된다. 따라서, 처분청이 OOO(주)가 중소기업에 해당되지 않는 것으로 보아 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(다)예비적 청구-②에 대하여 본다.

1) 청구인은 2006년 및 2007년에 박OOO 명의로 양수도한 주식에 대하여 취득원가 계산시 후입선출법을 적용해 달라고 주장하면서 OOO에서 청구인에게 보낸 ‘동종주식의 매매시 수량 관리방법 확인’이라는 제목의 2009.7.2.자 공문을 제출하고 있는 바, 다음과 같이 나타난다.

가) OOO은 동종의 주식을 매도, 매수 반복하여 변동이 있는 경우 나중에 취득하였던 수량을 결제처리(후입선출법)하고 있다.

나) 동 근거는 은행 업무규정의 입출고 업무(2006.3.27.)에 의해 주식은 자동으로 후입선출로 처리한다, 후입선출에 의해 결제하는 이유는 「조세특례제한법」 제91조 제4항에 의거하여 “장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례”에 의하여 소득세를 부과하지 않기 위함이다.

2) 청구인 및 정OOO이 양도한 주식은 당해 연도에 취득하여 당해 연도에 양도하여 선입선출법 또는 후입선출법의 구분실익이 없는 것으로 나타난다.

3) 위 1)-나)의 OOO이 후입선출법으로 처리한 근거로 제시하고 있는 업무규정 10쪽을 보면, 주식은 자동으로 후입선출로 처리하는 것으로 나타난다.

4)위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 청구인의 주장이 타당한지 보면, 청구인의 경우와 같이 청구인, 박OOO 및 정OOO 명의로 수개의 증권계좌를 이용하여 취득한 동일종목 주식 중 일부 주식을 양도하는 경우 양도한 주식이 보관된 계좌는 확인되나, 청구인이 각각의 차명계좌에서 서로 다른 날에 주식을 취득하여 취득시기를 정하기가 어려워 ‘취득한 때가 불분명한 경우에 해당’하는 것으로 보이므로 양도주식이 보관된 계좌별로 「소득세법 시행령」 제162조 제5항의 규정에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 보는 것이 타당(국심 2004서3440, 2005.1.25.; 대법원 2006두8969, 2008.2.15. 같은 뜻)한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호.제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.