조심 2018중0106 (2019.07.31)

OOO지방국세청장이 2017.9.5. 청구인들에 대한 기타.배당으로 소득처분하여 청구법인들에게 한 2014년 귀속 OOO의 소득금액변동통지 처분, 청구인들이 2018.2.5. 2014년 귀속 종합소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구에 대한 OOO세무서장의 부작위처분은,

1.＜별지1＞ 기재의 청구법인들 보유자산의 시가를 확인하는 등의 방법으로 청구인들이 청구법인들에게 청구법인들 발행주식 합계 409,796주를 양도한 날 현재의 청구법인들의 순자산가액을 재조사하여 그 결과에 따라 소득금액변동통지금액을 경정하고, 해당 소득금액변동통지금액에 따른 2014년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인 OOO주식회사(1980.1.24. 설립되어 2017.12.18. 청산하였고, 청산당시 대표이사는 OOO청산인은 OOO이며, 설립일부터 골재.아스콘 제조판매업 등을 영위하다가 2014.12.27.부터 청산일까지 기간 동안 육상.해상화물운송업, 부동산임대업 등 영위하였으며, 이하 OOO이라 한다) 및 청구법인 OOO 주식회사(2002.7.12.～2011.3.11., 2011.12.1.～2017.4.14. 각 기간 동안 OOO2017.2.2.부터 OOO이 대표이사로 재직하였고, 1979.1.9. 설립되어 골재.아스콘 제조판매업 등을 영위하다가 2014.12.1.부터 육상.해상화물운송업, 부동산임대업 등을 영위하고 있으며, 이하 OOO이라 하고, OOO과 합하여 “청구법인들”이라 한다)는 2012년～2014년 기간 동안 아래와 같은 주식 및 용역의 매입거래를 하였다.

(1)아래 ＜표1＞ 기재와 같이 OOO은 2014.1.24. 특수관계인인 청구인 OOO로부터 OOO발행주식 134,715주(이하 “쟁점1주식”이라 한다)를 OOO억원(1주당 OOO), 같은 날 특수관계인인 청구인 OOO(OOO의 배우자이고, OOO과 합하여 “청구인들”이라 한다)로부터 OOO발행주식 16,456주(이하 “쟁점2주식”이라 한다)를 OOO(1주당 OOO), 자기주식 420주(이하 “쟁점3주식”이라 한다)를 OOO(1주당 OOO)에 각각 매입하였고,

OOO은 2014.1.24. 특수관계인인 청구인 OOO로부터 자기주식 258,205주(이하 “쟁점4주식”, 쟁점1～3주식과 모두 합하여 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO(1주당 OOO)에 매입하였고, 청구법인들은 쟁점주식의 취득가액을 자산에 계상하였다.

＜표1＞ OOO의 쟁점주식 양수 내역

(단위 : 주, 원)

(2)청구법인들은 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 2012년 제1기 ～2014년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 특수관계인인 OOO(대표이사 : OOO의 임원 OOO의 배우자인 OOO)로부터 중기(건설기계) 임대용역을 공급받는 것으로 하여 공급가액 OOO및 합계 OOO 상당의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 발급받은 후 각 과세기간 및 사업연도에 대한 부가가치세.법인세 신고시 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금에 산입하였다.

＜표2＞ 쟁점매입세금계산서 내역

(단위 : 원)

나.OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.2.17.～2017.5.29. 기간 동안 청구법인들에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, ①아래 ＜표3＞.＜표4＞ 기재와 같이 쟁점주식의 시가를 합계 OOO[「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)제54조에 따른 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 발행법인의 순손익가치와 순자산가치를 2와 3의 비율로 가중평균한 것]으로 보아 해당 시가와 매입가액 합계 OOO과의 차액을 청구법인들이 계상한 쟁점주식의 취득가액에서 차감하고, 2017.9.5. 위 차액 상당액 중 OOO을 청구인 OOO의 2014년 귀속 배당소득, OOO을 각각 청구인 OOO의 기타소득 및 배당소득으로 소득처분하여 청구법인들에게 합계 OOO 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 2014년 귀속 소득금액변동통지를 하였으며, ②쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 거짓으로 발급된 것으로 보고, 2017.9.5. 그 공급대가 합계 OOO상당액을 청구법인들의 대표이사로 재직하였던 OOO의 상여로 소득처분하여 청구법인에게 2012년 귀속분 OOO2014년 귀속분 OOO의 소득금액변동통지를 하면서 처분청에게 관련된 과세자료를 통보하였다.

다.처분청(OOO세무서장)은 이에 따라 쟁점매입세금계산서와 관련된 매입세액을 불공제하고 매입액을 부인하여 2017.9.8. OOO에게 법인세 합계 OOO(2014사업연도분 OOO2015사업연도분 OOO) 및 2014년 제1기 부가가치세 OOO2017.9.11. OOO에게 법인세 합계 OOO(2012사업연도분 OOO2014사업연도분 OOO) 및 부가가치세 합계 OOO(2012년 제1기분 OOO.제2기분 OOO2014년 제1기분 OOO.제2기분 OOO)을 각각 경정.고지하였다.

＜표3＞ 쟁점주식 매매가액 및 조사청이 평가한 동 주식의 시가 비교

(단위 : 원)

※ 괄호 : 1주당 가액

＜표4＞ 조사청이 평가한 쟁점주식의 1주당 평가액

(단위 : 원, 주)

1) 산출방법 : [(①×3)+(②×2)]÷5(부동산과다보유법인)

라.한편 청구인들은 2017.11.30. 처분청(OOO세무서장)에게 쟁점금액 상당액을 과세표준에 포함하여 산출된 합계 OOO을 세액으로 하여 2014년 귀속 종합소득세 수정신고.납부를 하였다가, 2018.2.5. 처분청에게 쟁점주식 거래가액이 정당하다는 이유로 같은 세액 상당액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구일부터 2개월이 되는 날인 2018.4.5.까지 청구인들에게 아무런 통지를 하지 아니하였다.

마.청구법인들과 청구인들은 이에 불복하여 각각 2017.11.30. 및 2018.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인.청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인.청구인들 주장

(1)쟁점주식의 거래가액은 시가에 해당하므로 부당행위계산 부인규정의 적용대상이 아니다.

(가)쟁점주식의 거래가액은 객관적인 교환가치가 반영된 시가에 해당한다.

어떠한 거래가 거래대상의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 일반적.정상적인 거래인지 여부는 거래당사자들이 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있었고, 거래사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며, 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래와 관련한 제반사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 하므로 특수관계인과의 거래라 하더라도 이러한 제반사정을 고려하여 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 인정하여야 할 것(대법원 2007.1.11. 선고 2006두17055 판결, 조심 2017부463, 2017.9.12.)이다.

청구인 OOO의 이사였으나 2008.1.12. 현재 청구법인들의 대표이사였던 OOO(OOO은 청구법인들의 설립자인 고 OOO의 아들, OOO의 매형이자 고 OOO의 사위, OOO는 고 OOO의 딸이자 OOO의 배우자, OOO의 누나)으로부터 강제로 퇴임을 당한 후 이들은 2011.1.7.～2013.6.4. 기간 동안 회계장부의 열람, OOO의 부실경영, 부당한 주주총회의 무효, 주주총회의 소집 요구 등에 관하여 21차례에 걸친 내용증명의 수수, 5건의 관련된 민사소송을 거쳐 2012년 7월 OOO을 형사고발하기에 이르는 등 관계가 악화되었음을 감안하면, OOO로서는 쟁점1.4주식을 청산하였을 뿐이지 청구법인들에게 해당 주식을 고가로 매수하도록 강요할만한 위치에 있지도 않으므로 OOO이 청구법인들에게 양도한 쟁점1.4주식의 거래가액은 거래당사자 간의 객관적인 교환가치가 반영된 시가로 보아야 한다.

(나)이 건 과세처분은 신의성실원칙에 위배된다.

청구인 OOO에게 양도한 쟁점2.3주식(각 OOO이 발행한 것)은 2012.3.2. 모친인 고 OOO로부터 상속받은 것의 일부로, 상속인들(청구인 OOO)이 2012.9.2. 처분청에게 각각 1주당 OOO으로 상속세 신고를 하였고, 2013년 6월 조사청이 상속세조사를 거쳐 그 금액대로 결정(상속신고를 시인함)하였다. 한편 처분청(OOO세무서장)은 청구인 OOO외의 상속인들OOO이 2013.12.30. 청구법인들에게 쟁점2주식과 동일한 주식을 양도하면서 위 상속세 결정당시의 1주당 가액OOO을 신뢰하여 같은 금액으로 거래한 것에 대하여, 2016년 법인제세 통합조사를 하면서 해당 주식의 시가를 1주당 OOO으로 보아 저가양도라고 하여 양도소득세를 추징하였다.

해당 양도거래일 후 불과 25일이 지난 2014.1.24. 쟁점2주식의 거래 당시에는 청구인 OOO등이 쟁점주식 등을 상속받은 2012.3.2. 이후부터 청구법인들의 경영상태 등에 특별한 변화가 없었고, OOO(쟁점2주식 발행)은 2013사업연도 전까지 수익이 발생하지 않아서 2012사업연도까지 누적결손금이 OOO상당이었던 등 그 주식가격이 변동될 특별한 요인이 없었음을 감안하면, 청구법인들이 위 상속당시 1주당 가액으로 쟁점2주식을 양수한 것이 정당한 점(쟁점3주식도 같음), 쟁점1.4주식(OOO이 발행한 것으로서 OOO이 각각 OOO에게 양도한 것)도 위 상속세 신고당시 1주당 가액, 자산가치, 주식의 수량 등을 감안하여 청구법인들에게 1주당 OOO에 양도한 점 등에서 상속세 결정가액과 법인통합조사 결정가액의 범위 내에 있는 쟁점주식 거래가액을 정상적인 거래가액으로 인정하여야 한다.

＜표5＞ 쟁점주식 거래시점별 1주당 가액 적용 현황

(단위 : 원, 1주당 가액)

(다)2017.2.7. 상증법 시행령 개정취지를 보더라도 조사청의 쟁점주식 평가액은 과다하다.

해당 개정당시 제54조에서 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 비상장주식을 평가하되, 그 가중평균한 가액이 순자산가치의 80%를 곱한 금액보다 낮은 경우에는 그 곱한 금액으로 평가하도록 개정되었고, 이는 현행 가중평균의 평가방법이 순이익이 낮은 법인의 발행주식이 과소평가될 수 있는 문제점을 개선하기 위한 것인바, 그 개정 전인 2014.1.24. 기준 쟁점주식에 대한 조사청의 평가액 OOO(OOO이 발행한 쟁점1.2.4주식) 및 OOO(OOO이 발행한 쟁점3주식)은 2013.12.31. 기준 평가액 OOO에 50% 수준으로 지나치게 과소평가되었으며, 이처럼 쟁점주식이 과소평가된 사실이 명백하다고 볼 수 있음에도 전자의 평가액을 기준으로 부당행위계산 부인규정을 적용한 것은 부당하다.

(2)쟁점주식은 상증법상 보충적 평가방법으로 평가하더라도 순자산가치로만 평가하여야 하고 처분청이 산출한 순자산가치에서 OOO억원 상당을 가산하여 쟁점주식을 다시 평가하여야 한다.

(가)청구법인들의 당기순이익에서 유형자산처분이익을 차감하면 직전 3개 사업연도 동안 결손금이 발생하는 등 경상이익이 발생하지 않았으므로 순손익가치를 제외한 순자산가치로만으로 쟁점주식을 평가하여야 한다.

1)상증법상 비상장주식의 평가시 사업의 계속이 곤란한 경우 등에는 순자산가치로만 평가할 수 있고, 순손익가치와 더불어 가중평균하더라도 유형자산 등의 합계액이 과다한 경우에는 이 건 과세처분처럼 실제 순손익액을 반영할 수 없다.

상증법 제63조 제1항 제1호 다목, 같은 법 시행령 제54조에서 비상장주식의 1주당 가액은 평가기준일인 증여일 현재의 시가에 의하고, 시가를 산정하기 어려운 경우에는 원칙적으로 가중평균의 방법(1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하는 것)에 의하되, 증여세 과세표준 신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 경우 등에는 1주당 순자산가치만에 의하여 평가할 수 있도록 규정하고 있다.

또한 상증법 시행령 제56조 제2항에서 일시우발적 사건으로 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 법인의 실제 순손익액을 가중평균하여 순손익가치를 평가하는 방법을 적용하는 것이 불합리한 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우에는 일정한 요건(증여세 과세표준 신고기한 내에 2 이상의 회계법인 등이 추정한 1주당 추정이익의 평균가액을 신고하고, 그 산정기준일과 평가서 작성일이 해당 신고기한 내에 속하면서 동일한 연도에 속하는 경우)을 충족하면 실제 순손익액의 가중평균액이 아니라 위 추정이익의 평균액을 적용하여 순손익가치를 평가하도록 규정하고 있고, 해당 시행령 조항의 위임을 받은 상증법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호에서 ‘기업회계기준상 유가증권ㆍ유형자산의 처분손익과 특별손익의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우’를 위 ‘불합리한 경우’로 열거하고 있다.

2)판례 등에 의하면 최근 3년간의 순손익이 비정상적이어서 이를 기초로 순손익가치를 산정하는 것이 불합리한 경우에는 실제 순손익액으로 순손익가치를 산출하여 순자산가치와 가중평균한 가액을 비상장주식의 평가액으로 적용할 수 없음

상증법 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호에서 최근 3년간의 순손익액을 산정할 수 없거나 최근 3년간의 순손익액이 비정상적이어서 이를 기초로 1주당 순손익가치를 산정하는 것이 불합리하다고 보이는 사유들을 규정하고 있으나, 해당 조항에 규정된 사유가 있다면 특별한 사정이 없는 한 ‘1주당 최근 3년간의 실제 순손익액의 가중평균액’을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없고(대법원 2008.12.11. 선고 2006두16434 판결 등), 이러한 법리는 ‘1주당 추정이익의 평균가액’이 산정되지 아니하였거나 해당 추정이익의 평균가액을 적용하기 위한 요건을 갖추지 못함으로써 그 추정이익의 평균가액을 기초로 1주당 순손익가치를 산정할 수 없더라도 위 실제 순손익액의 가중평균액에 의하는 것이 불합리한 이상 적용된다 할 것(조심 2013서893, 2013.7.10., 대법원 2012.4.26. 선고 2011두32300 판결)이다.

또한 법인의 순손익액을 계산하여 비상장주식을 평가하는 것은 법인이 정상적인 사업을 통하여 장래 얻을 수 있는 수익을 기초로 그 법인의 내재적 가치를 평가하고 그에 따라 그 발행주식의 가치를 산정하는 것이므로 해당 주식가치를 평가하는 기초가 되는 법인의 수익은 정상적이고 지속적인 사업활동을 통해 얻어지는 것만을 포함하여야 하고, 일시우발적인 사건에 의해 발생한 수익은 법인의 내재적 가치를 나타내는 것이라 할 수 없으므로 포함해서는 안 되는 것인바, 상증법 시행령 제56조 제1항은 이러한 법리를 입법화하였다고 할 것이므로 설령 같은 항 제2호에서 실제 순손익액의 가중평균액 대신에 1주당 추정이익의 평균가액을 적용할 수 있는 요건을 규정하고 있더라도, 같은 항 제1호에 따른 실제 순손익액의 가중평균액으로 비상장주식을 평가하는 것이 불합리하다고 인정되면 특별한 사정이 없는 한 제1호의 가액에 의해서는 아니되는 것이며, 납세의무자가 제2호의 요건을 갖춘 1주당 추정이익을 신고하지 아니하였다 하여 불합리한 것으로 인정되는 제1호의 가액에 의할 수는 없다 할 것(조심 2012중4819, 2013.4.8., 조심 2013서893, 2013.7.10., 조심 2014중181, 2014.4.7., 조심2018서579, 2018.5.4., 대법원 2011두32300, 2012.4.26. 대법원 2012.6.14. 선고 2012두5154 판결 등 다수)이다.

3)청구법인들은 유형자산처분이익으로 인하여 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하여 상증법 시행규칙 제17조의3 제6호에 부합하므로 실제 순손익액을 기초로 쟁점주식을 평가할 수 없고 그렇다면 가장 합리적인 ‘순자산가치로’만 평가‘하여야 한다.

청구법인들은 아래 ＜표6＞ 기재와 같이 유형자산처분이익으로 인한 특별손익의 합계액의 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감 전 손익의 최근 3년간 가중평균액의 50%를 초과하여 1주당 추정이익 평균액의 적용요건을 충족하므로 조사청이 쟁점주식을 평가할 때 적용한 ‘1주당 순자산가치와 실제 순손익액으로 산정한 1주당 순손익가치를 가중평균’한 방법을 적용할 수 없다 할 것(조심 2018서579, 2018.5.4., 감심 2016-117, 2018.5.4., 대법원 2012.6.14. 선고 2011두23306 판결 등 다수)이다.

＜표6＞ 쟁점주식의 평가시 1주당 추정이익 평균액의 적용요건 검토

(단위 : 백만원)

※가중평균액:[(2013사업연도분×3)+(2012사업연도분×2)+(2011사업연도분×1)]÷6

한편 비상장주식의 순손익가치는 평가대상주식의 미래 기대수익을 추정하여 산정하는 것이 바람직하지만 상증법에서 과거의 실제 순손익으로 미래의 기대수익을 대신하는 것은 과거의 실적이 미래에도 계속되리라는 전제로 하는 것이고(대법원 2012.5.24. 선고 2011두9140 판결), 시가라 함은 원칙적으로 정상적인 거래로 형성된 객관적인 교환가치라 할 것이지만 시가를 확인하기 어려운 때에는 객관적.합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있는 것이며(대법원 1992.11.24. 선고 91누6856 판결 등), 비상장주식을 보충적으로 평가하는데 있어서 순자산가치로만 평가하도록 한 예외적인 경우를 제외하고는 순손익가치와 순자산가치를 모두 반영하려는 것이 입법자의 의도임을 감안하면 특별이익을 차감한 정상적인 경상이익만을 기초로 순손익액의 가중평가액을 반영하는 것이 합리적이라 할 것인바(대법원 2013.5.24. 선고 2013두2853 판결), 청구법인들은 아래 ＜표7＞ 기재와 같이 유형자산처분이익이 발생한 쟁점주식의 양도일이 속한 2013사업연도 전에는 수년 동안 계속하여 결손이 발생하는 등 경상적인 순이익이 발생하지 않았고 주요 자산인 공장용 토지를 양도함으로써 위 유형자산처분이익이 발생하였으므로 장래에 경상이익이 발생할 여지도 전혀 없는 점을 감안할 때 순자산가치로만 쟁점주식을 평가하는 것이 합리적이라 할 것이다.

＜표7＞ 최근 5년 동안 청구법인의 당기순이익 내역

(단위 : 백만원)

※ 굵은 선 : 직전 3개 사업연도

(나)조사청이 쟁점주식의 순자산가치를 평가할 때 ＜별지1＞ 기재와 같이 누락.과소평가하거나 과다평가한 금액의 합계 OOO 상당을 가산하거나 차감하여 쟁점주식을 다시 평가하여야 한다.

조사청은 쟁점주식 중 OOO발행분의 순자산가치 평가시 모번지에서 같은 일자에 분필되고 유사성이 높은 비교대상토지가 아니라 유사성이 낮은 토지를 비교대상으로 하여 시가평가를 하거나 기준시가를 적용하거나 일부 자산의 평가액을 누락하였다.

양도토지와 비교대상토지가 같은 지번에서 분필되었고 용도, 위치 등이 일치하며 개별공시지가가 동일하고 위치적 유사성이 있으며 토지특성조사표상 용도지역, 지형지세, 도로조건 등이 일치하면서 면적 .형상 등에서만 미미한 차이가 있는 등의 경우에는 비교대상토지가 유사성이 높은 것으로 인정하여 그 매매가액을 시가로 적용하는 것이 타당하다 할 것(조심 2016서3600, 2017.3.2.)이다.

①OOO이 보유하던 인천광역시 서구 원창동(이하 “원창동”이라 한다) OOO토지는 2013.3.15. 전에는 그 면적이 8,804㎡였으나 그 후 3필지가 분필되어 2,825㎡가 되었고, 이후 위 3필지가 분.합필을 거쳐 2013.10.29., 2013.11.1. 가지번지인 OOO토지의 각 면적이 1,723㎡ 및 1,611㎡가 된 후, 15건의 가지번지의 양도 중 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일(2013.12.31.)에 근접한 2013.11.13. 제3자에게 양도(소유권 이전)된 점, OOO토지와 평가대상토지인 OOO토지는 기준시가(개별공시지가, 1㎡당 OOO), 지목(대지) 및 용도지역(일반공업지역)이 같고 위치(도로에 접하고 과밀억제권역에 속함), 지형지세(고저, 형상, 방위 등) 등이 같거나 유사한 점 등을 감안할 때 후자 중 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일에 보다 근접한 OOO토지를 비교대상토지로 보는 것이 타당하고, 그 거래가액인 1㎡당 OOO을 매매사례가액으로 보아야 함에도 조사청이 기준시가인 1㎡당 OOO을 시가로 본 것은 부당하다.

②OOO이 보유하던 OOO토지는 2013.3.15. 전에는 그 면적이 12,486㎡였으나 그 후 2필지가 분필되어 9,594㎡가 되었고, 이후 위 2필지가 분.합필을 거쳐 2013.5.29. 가지번지인 OOO토지의 면적이 463㎡가 된 후, 6건의 가지번지의 양도 중 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일(2013.12.31.)에 인접한 2013.7.30. 제3자에게 양도된 점, OOO토지와 평가대상토지인 같은 동 OOO토지는 면적, 기준시가(1㎡당 각 OOO) 등의 차이는 있으나 지목(대지)과 용도지역(일반공업지역)이 같고 위치(도로에 접함), 지형지세(고저, 형상, 방위 등) 등이 같거나 유사한 점, 후자의 2013.7.30.자 거래가액인 1㎡당 OOO은 2013년 6월 매매계약이 체결된 것으로서 OOO토지에서 분필된 3필지(같은 동 OOO소재)의 매매가액OOO과 유사한 점 등을 감안할 때 OOO토지를 비교대상토지로 보는 것이 타당하고, 그 거래가액인 1㎡당 OOO을 매매사례가액으로 보아야 함에도 조사청이 기준시가인 1㎡당 OOO을 시가로 본 것은 부당함. 설령 백번 양보하더라도 OOO대지 7,983㎡가 2014.10.23. 1㎡ OOO에 매매계약된 점에서 해당 금액을 시가로 보아야 한다.

③OOO이 보유하던 OOO토지는 OOO과 공동소유하는 것으로, 2013.10.29. 전에는 그 면적이 16,456㎡였으나 그 후 4필지가 분필되어 10,261㎡(OOO소유지분은 ‘18,099분의 8,099’인 4,591.63㎡)가 되었고, 이후 위 4필지가 분.합필을 거쳐 2014.1.17. 가지번지인 OOO토지의 면적이 657㎡가 된 후, 13건의 가지번지의 양도 중 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일(2013.12.31.)에 근접한 2014.1.27. 제3자에게 양도된 점, OOO토지와 평가대상토지인 OOO토지는 기준시가(1㎡당 OOO), 지목(공장용지)과 용도지역(일반공업지역)이 같고 위치(도로에 접함), 지형지세(고저, 형상, 방위 등) 등이 같거나 유사한 점 등을 감안할 할 때, OOO토지를 비교대상토지로 보는 것이 타당하고, 그 거래가액인 1㎡당 OOO을 매매사례가액으로 보아야 함에도 조사청이 기준시가인 1㎡당 OOO을 시가로 본 것은 부당하다.

한편 처분청은 조사청이 OOO과 동일한 유형인 OOO토지를 전자의 비교대상으로 하여 일부 면적을 후자의 매매사례가액을 환산.적용하였다는 의견이나, 상증법 시행령 제49조 제2항에서 시가로 보는 가액이 2 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액을 적용하도록 규정하고 있고, OOO토지는 2014.6.16. OOO에서 분필된 후 2014.6.13. 관련된 매매계약이 체결되었는바, 해당 분일일 및 계약일은 청구법인들 및 청구인들이 제시한 비교대상토지OOO에 비하여 나중인 점을 볼 때 처분청이 제시한 OOO이 아니라 청구법인들 및 청구인들이 제시한 OOO을 평가대상인 OOO의 비교대상토지로 보아야 한다(아래 ⑦ 기재의 OOO보유분의 경우에도 같음).

④OOO이 보유하던 OOO토지는 2013.9.26. 전에는 그 면적이 16,456㎡였으나 그 후 3필지가 분필되어 3,255㎡, 동 3필지 중 가지번지인 OOO토지의 면적이 110㎡가 된 후, 4건의 가지번지의 양도 중 후자의 토지는 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일(2013.12.31.)에 근접한 2013.11.13. 제3자에게 양도된 점, OOO토지와 평가대상토지인 OOO토지는 분필일(2013.9.26.), 기준시가(1㎡당 OOO), 지목(공장용지)과 용도지역(일반공업지역)이 같고 위치(도로에 접함), 지형지세(고저, 형상, 방위 등) 등이 같거나 유사한 점, 후자의 2013.11.13.자 거래가액인 1㎡당 OOO은 2014년 12월～2017년 7월 기간의 나머지 다른 토지의 매매가액OOO과 유사한 수준이고 기준시가의 1.5배 정도로서 합리적인 거래가액이라 할 것인 점 등을 감안할 할 때, OOO토지를 비교대상토지로 보는 것이 타당하고, 그 거래가액인 1㎡당 OOO을 매매사례가액으로 보아야 함에도 조사청이 기준시가인 1㎡당 OOO을 시가로 본 것은 부당하다.

⑤OOO토지는 쟁점주식의 양도당시(2014.1.24.) OOO이 보유하던 자산이었음에도 ＜별지1＞ 기재와 같이 조사청의 쟁점주식 평가당시 순자산가치에서 누락되었는바, 그 기준시가(1㎡당 각 OOO)로 평가한 금액을 위 순자산가치에 포함하여야 한다.

⑥OOO이 보유하던 OOO토지는 조사청이 쟁점주식 평가당시 각 토지의 기준시가에 적용되는 면적(각 290㎡, 100㎡, 302㎡)을 실제(각 209.4㎡, 72.3㎡, 218.2㎡)보다 과다하게 산정하여 각 토지의 평가액이 과다하게 산출되었으므로 그 면적 차이 상당액만큼을 위 법인의 순자산가치에서 차감하여야 한다.

⑦OOO이 보유하던 OOO토지는 OOO과 공동소유하는 것으로, 2008.12.23. 전에는 그 면적이 17,734㎡였으나 그 후 1,278㎡가 분필되어 가지번지인 OOO2013.10.29. 다시 4필지가 분필되어 10,261㎡(OOO소유지분은 ‘18,099분의 10,000’인 5,669.37㎡)이 되었고, 동 4필지 중 가지번지인 OOO토지의 면적이 1,322㎡가 되었다.

평가대상토지인 OOO의 경우 같은 동 OOO토지가 2014.1.17. 일부 분필되어 그 면적이 657㎡가 된 후 OOO에서 분필된 13건의 가지번지의 양도 중 쟁점주식에 대한 순자산가치의 평가기준일(2013.12.31.)에 근접한 2014.1.27. 제3자에게 양도된 점, OOO토지와 평가대상토지인 같은 동 OOO는 기준시가(1㎡당 OOO), 지목(공장용지)과 용도지역(일반공업지역)이 같고 위치(도로에 접함), 지형지세(고저, 형상, 방위 등) 등이 같거나 유사한 점 등을 감안할 할 때, OOO토지를 비교대상토지로 보는 것이 타당하고, 그 거래가액인 1㎡당 OOO을 매매사례가액으로 보아야 한다.

평가대상토지인 OOO(쟁점주식의 양도당시 1,278㎡)의 경우 2014.6.16. 그 일부가 같은 동 OOO(431㎡).OOO(428㎡)로 분필되었고, 쟁점주식 평가기준일(2013.12.31.)의 6개월 이내인 2014.6.13. OOO토지 중 706.11㎡(OOO지분)이 제3자에게 1㎡당 OOO에 양도된 점을 볼 때 해당 가액을 OOO토지의 매매사례가액으로 보아야 함에도 조사청이 기준시가인 1㎡당 OOO을 시가로 본 것은 부당하다.

(3) 쟁점매입세금계산서를 정당한 것으로 인정하여야 한다.

첫째, 쟁점매입세금계산서는 실제로 중기 임대용역과 관련하여 수수된 것이다.

쟁점매입세금계산서의 발행자인 OOO는 지입차주인 OOO이 자신의 자금으로 매입한 중기 2대로 한국표준산업분류표상 건설장비운영업(세세분류코드 42600, 기준경비율 코드 45300)의 사업자등록을 하고, 청구법인들에게 중기OOO임대용역을 제공하고 쟁점매입세금계산서를 발급하였고, 현재 중기를 처분하여 차량등록원부 등이 없으나 처분청이 당초에 사업자등록 신청서류 등을 보면 쉽게 확인할 수 있을 것이고, 관련 서류를 제출하지 못한다고 하여 가공발급으로 볼 수 없는 점, OOO가 청구법인에게만 해당 중기를 사용하도록 했기 때문에 OOO가 하여야 할 동 중기의 운영 전반을 청구법인에게 위탁하여 운영하였고 청구법인과 OOO가 특수관계에 있었던 것에 기인하여 청구법인이 위 중기를 사용하면서 부담한 인건비, 유류대 등을 OOO에게 청구하지 못하였으나 OOO가 청구법인들에게 중기를 청구법인들의 공장에 상주.사용하도록 한 사실에 대해서는 조사청도 인정하고 있는 점 등을 감안할 때 쟁점매입세금계산서는 청구법인이 OOO로부터 중기 임대용역을 제공받으면서 수수된 정당한 것으로 인정하여야 한다.

둘째,통상적인 임대용역대가만큼은 매입액 등으로 인정되어야 한다.

설령 OOO를 독립된 사업자로 볼 수 없어서 쟁점매입세금계산서를 중기 임대용역과 관련된 것으로 볼 수 없다는 이유로 관련된 매입세액 및 매입액을 부가가치세 매출세액의 공제대상 및 법인세 소득금액 계산시 매입액으로 인정할 수 없더라도 청구법인들이 OOO의 대표자인 OOO이 실질적으로 소유하는 장비를 사용한 사실에 대해서는 조사청도 인정하고 있으므로 제3자 간의 통상적인 장비임대거래의 대가 및 부가가치세 상당액을 위 매입액 및 매입세액 공제대상으로 인정하고 그 금액만큼 OOO에 대한 소득처분금액을 감액하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식의 거래가액을 시가로 인정할 수 없다.

「법인세법」제52조 제2항에서 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 보도로 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 해당 거래와 유사한 상황에서 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보도록 규정하고 있는바, OOO은 1979.1.27. 고 OOO이 설립하였고, OOO에 종속(쟁점주식의 양도일이 속한 2014년 현재 OOO및 고 OOO의 자녀인 OOO발행주식의 49.9% 및 48.4% 보유)된 관계회사로서 2014년 현재 청구법인들은 OOO의 설립자인 고 OOO의 가족회사 형태로 운영되고 있었으며, 청구인 OOO의 전 대표이사이자 OOO의 실질적 최대주주인 OOO의 매형이고, 청구인 OOO의 누나인 점을 감안할 때 청구법인과 청구인들은 가족관계에 의한 특수관계인에 해당하므로 쟁점주식의 거래가액은 시가가 아니고 조사청이 산정한 시가와의 차액은 청구인들의 청구법인들에 대한 영향력에 기인하여 청구법인으로부터 수취한 배당에 가깝다 할 것이다.

또한 부당행위계산이라 함은 납세자가 통상적.합리적인 경제인의 정상적인 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 등의 비정상적인 거래형식을 취할 때 발생하는 조세부담을 경감.배제시키는 행위.계산을 의미하고, 쟁점거래와 같이 통상적인 거래행태를 빙자.남용함으로써 경제적인 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것으로 인정되는 경우에는 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인 점에서 청구법인들이 청구인들로부터 쟁점주식을 양수한 거래는 ‘시가가 불분명한 비상장주식의 거래’에 해당할 뿐만 아니라 ‘특수관계인 간의 경제적인 합리성을 결여한 비정상적인 거래’로서 그 거래가액을 시가로 보기는 어렵다.

(2) 쟁점주식을 상증법상 보충적 평가방법으로 평가할 때 청구법인들이 직전 3개 사업연도 동안 결손금이 발생한 것으로 볼 수 없으므로 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하여야 하고, 이 건 과세처분시 처분청이 한 순자산가치의 평가액은 적법.정당하다.

(가)직전 3개 사업연도 동안 청구법인들의 법인세 소득금액에서 계속하여 결손금이 발생하지 않았으므로 쟁점주식을 순자산가치로만 평가할 수 없다.

「법인세법 시행령」제89조 제2항에서 시가가 불분명한 비상장주식은 상증법 제63조에 따른 보충적 평가방법으로 평가한 금액을 시가로 보도록 규정하고 있고, 상증법 제63조 제1항 1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에서 비상장주식의 1주당 가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하되, 부동산과다보유법인의 경우에는 그 비율을 각각 2와 3으로 하도록 규정하고 있으며, 청구법인들은 부동산과다보유법인으로서 쟁점주식의 시가가 불명확하므로 1주당 순손익가치와 1주당 순손익가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균한 가액을 쟁점주식의 1주당 시가로 보아야 한다.

한편 순자산가치로만 발행주식을 평가하는 법인에 해당하기 위해서는 상증법 시행령 제54조 제4항에 따라 ‘평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인(제4호)’에 해당하는 등 각 호의 요건에 해당되어야 할 것인데, 청구법인들은 아래 ＜표8＞ 기재와 같이 대상기간(직전 3개 사업연도)인 2011～2013사업연도 중 2013사업연도의 소득금액이 결손이 아니므로OOO순자산가치로만 발행주식을 평가하는 결손법인에 해당하지 아니한다.

＜표8＞ 청구법인들의 직전 3개 사업연도 소득금액 내역

① OOO

(단위 : 백만원)

② OOO

(단위 : 백만원)

또한 청구법인들 및 청구인들은 청구법인들이 제출한 법인세 신고서를 기준으로 직전 3개 사업연도의 결손 현황을 제시하였으나, 비상장주식의 평가에 반영된 금액은 조사청의 조사결과가 반영된 세무조정(가공세금계산서와 관련된 매입액 부인, 신용카드의 사적사용금액 부인 등)이 포함되어 있지 않으므로 위 세무조정이 반영된 위 ＜표8＞에 기재된 금액에 의하여 위 직전 3개 사업연도의 결손 여부를 판단하여야 한다.

나아가 청구법인들과 청구인들은 2013사업연도의 당기순이익에 포함된 유형자산(토지)양도차익을 제외하면 직전 3개 사업연도 중 계속하여 결손금이 있는 법인에 해당된다고 주장하나, 비상장주식은 공개시장에서 경쟁을 통하여 자유로이 가격이 형성되는 것이 아니고 그 가치가 수시로 변화하는 특성으로 인하여 시가의 판정이 어려워서 ‘자산가치, 수익가치, 상대가치 등을 결합하여 객관적이고 합리성을 담보할 수 있는 가액을 도출하는 상증법상 보충적 평가방법’으로 평가하여야 하는 것이므로 관련 조항에 따라 순자산가치와 최근 3년 동안 순손익액의 가중평균액으로 산정된 순손익가치를 가중평균하여 산출된 비상장주식의 보충적 평가액에서 임의로 순손익가치를 제외할 수는 없는바, 쟁점거래의 거래가액은 고액OOO으로, 청구주장과 같이 쟁점주식의 거래당사자들이 일시적.우발적인 사유로 순손익액의 가중평균액을 적용하여 비상장주식을 평가하는 것이 불합리하였다면 상증법 시행령 제56조 제2항에 따라 같은 조 제1항 제1호에 따른 ‘순손익액’이 아니라 같은 항 제2호에 따른 ‘추정이익’을 적용할 수 있었음에도 2 이상의 신용평가전문기관이 산출한 1주당 추정이익의 평균가액을 신고하지 않았으면서 어떠한 근거도 없이 쟁점주식의 거래가액이 거래당사자들 간에 대등한 관계에서 형성된 객관적인 교환가치라고 주장하는 것은 사전에 거래가액을 정하여 거래한 후 형식적으로 비슷한 금액인 순자산가치로만 평가한 보충적 평가방법이 시가라고 주장하는 것에 불과하므로 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(나)처분청의 순자산가치 평가는 정당하다.

상증법 제60조 제1항에서 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 ‘평가기준일 현재의 시가’에 따르도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 시가를 산정하기 어려운 경우 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 비상장주식의 보충적 평가방법 등 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 규정하고 있으며, 보충적 평가방법에 따라 쟁점주식의 순자산가치를 산정함에 있어 법인이 보유한 부동산을 평가하는 경우에도 위 조항에 의하는 것이며, 만약 평가기준일 전후 3개월 이내의 부동산 등 평가대상재산의 매매사례가액이 없는 경우에는 개별공시지가 등 기준시가를 해당 재산의 시가로 보아 비상장주식의 평가를 위한 법인의 순자산가치를 계산하여야 한다 할 것인바, 청구법인들 및 청구인들이 제시한 청구법인들의 비교대상토지들은 평가대상토지들의 각 면적, 용도, 위치 및 종목이 서로 동일 또는 유사하다고 보기 어렵고, 모번지의 분필시점과 무관하게 모번지에서 분필된 모든 필지의 매매사례가액을 근거로 청구법인에게 유리한 가액을 주장하는 것에 불과하므로 이 건 과세처분시 처분청이 평가한 순자산가치에 가감할 수 없다.

①청구법인들 및 청구인들은 OOO토지(2,825㎡, 공장용지)의 (유사)매매사례가액으로 2013.11.1.을 등기원인일로 2013.11.13. 소유권 이전된 OOO토지(1,723㎡)의 매매가격인 1㎡당 OOO이라고 주장하나, OOO토지는 당초 지목 및 면적이 답 8,804㎡였다가 2013.1.16. 지목이 대지로 변경되었고, 2013.3.15. 면적이 5,979㎡(2013.6.18. 분필로 2,645㎡를 OOO에 이기, 2,432㎡를 OOO에 이기, 902㎡를 OOO에 이기)로 축소되었으며, 2013.10.29. OOO에서 1,236㎡가 분필되어 OOO이 되었는바, 평가대상토지인 OOO토지의 경우 공장단지 내에 소재하고 진입로가 좁아서 진출입이 용이하지 않은 반면에, 청구법인들 및 청구인들이 비교대상토지로 제시한 OOO토지는 전면에 대중교통이 다닐 수 있는 주도로가 연접하면서, 측면에 공장단지로 진출입할 수 있는 도로가 연접한 점을 감안할 때 두 토지는 서로 지리적 조건(위치)이 다르므로 OOO토지는 평가대상토지인 OOO토지의 비교대상이 될 수 없다.

②청구법인들 및 청구인들은 OOO토지(4,591.63㎡)의 (유사)매매사례가액으로 평가기준일에 가장 인접한 2014.1.7.을 등기원인일로 2014.1.27. 소유권 이전된 OOO토지(공장용지 657㎡, OOO에게 양도한 가액 OOO백만원)의 1㎡당 OOO이라고 주장하나, 청구법인들 및 청구인들이 비교대상토지로 제시한 OOO토지는 모번지인 OOO와는 위치, 면적, 모양 등이 전혀 다르므로 평가대상토지인 OOO의 비교대상이 될 수 없다. 한편 조사청은 조사당시 OOO토지의 전체 면적에 대하여 기준시가를 적용하지 않고, 동일 유형의 토지로 인정되는 OOO토지(각 461㎡.900㎡)의 매매가액에 근접하도록 OOO토지를 평가하였다.

③청구법인들 및 청구인들은 OOO토지(3,255㎡)의 (유사)매매사례가액으로 2013.11.1.을 등기원인일로 2013.11.13. 소유권 이전된 OOO토지(110㎡)의 매매가격인 1㎡당 OOO이라고 주장하나, 지적도 등에 의하면 OOO토지와 같은 동 OOO토지는 획일적으로 나누어진 공장용지가 아니면서, 서로 면적, 용도, 위치 및 종목이 동일하거나 유사하지도 않은 점, OOO토지는 모번지인 OOO토지의 분필시점과 무관하게 해당 모번지에서 분필된 하나의 필지에 불과한 점 등을 감안할 때 평가대상토지인 OOO토지의 비교대상이 될 수 없음

④ 청구법인들 및 청구인들이 제시한 OOO토지의 평가액(＜별지＞ ① 기재의 구분7～9) 및 OOO토지의 일부 평가액(면적착오에 기인하는 것으로, 구분10～12)은 조사청의 순자산가치 산정당시 누락한 것이 맞으나, 그 금액이 미미하여 쟁점주식의 평가에 큰 영향을 미치지 아니한다.

(3) 쟁점매입세금계산서는 실물거래없이 거짓으로 발급된 것이다.

조사청은 2017.4.5., 2017.4.12. 각각 청구법인들 및 OOO(대표자 OOO)에게 쟁점매입세금계산서와 관련한 거래사실을 입증할 증빙자료(금융거래내역 등)의 제출을 요구하는 공문을 발송하였으나 조사종결일까지 어떠한 증빙자료도 제출하지 않은 점, OOO의 대표자인 OOO 명의의 사업용계좌OOO의 금융기관(개설점.취급점)은 OOO의 전 사업장(서울특별시 영등포구)과 무관한 OOO의 종전 사업장(인천광역시) 인근이고, OOO와 쟁점매입세금계산서와 관련한 거래의 목적으로 사용한 동 예금계좌의 금융기관도 인천광역시에 소재한 것OOO으로 확인된 점, OOO으로부터 매월 10일 전후로 고액을 입금받고 일정한 시간이 지난 후에 위 OOO에서 수표로 출금하는 방법을 반복하였고, 이는 자금추적을 어렵게 하여 입금액의 최종 귀속자를 알 수 없게 하는 전형적인 자료상 행위와 일치하는 점, OOO외에도 특수관계인이 대표자인 택배업체(OOO의 대표이사였던 OOO의 배우자 OOO가 대표자인 OOO동 법인의 대표이사였던 OOO의 배우자인 OOO가 대표자인 OOO)로부터 실물거래 없이 가공의 매입세금계산서를 수취한 것으로 조사되었는데, 2011년 제1기～2014년 제2기 부가가치세 신고내역에 의하면 위 3개 사업자들은 매입(차량수리, 주유 등) 없이 매출세금계산서만 발행하였고(OOO의 경우에도 동일), OOO은 이들 명의의 사업용계좌를 OOO의 직원을 통하여 OOO사업장 인근의 금융기관OOO에서 사용(입.출금)하였으며, 사업(운송업)과 관련한 금융거래없이 수표.현금을 출금하였고, 과세관청의 요청에도 관련된 거래사실을 입증할 증빙자료를 제출하지 않았던 점 등을 감안할 때 쟁점매입세금계산서는 OOO가 형식상 사업자등록만 하고 실제 거래없이 수수된 가공세금계산서에 해당하므로 처분청에서 관련된 매입세액 및 매입액을 부가가치세 매출세액에서 불공제하고 소득금액계산시 차감하여 관련된 소득처분을 한 처분은 적법.정당하다.

한편 청구법인들은 쟁점매입세금계산서가 정당한 것이라고 주장하나, 관련된 증빙자료를 전혀 제출하지 않은 점, 청구법인이 OOO의 장비를 사용하면서 발생한 경비를 청구법인의 경비로 손금산입한 것은 OOO가 실제 사업활동을 하지 않았음을 뒷받침하는 점에서 이에 대한 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①쟁점주식의 거래가액이 객관적 교환가치가 반영된 시가에 해당되므로 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

②-1.부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점주식을 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법으로 평가하더라도 순자산가치로만 평가하여야 한다는 청구주장의 당부

②-2.처분청이 산정한 순자산가치(OOO억원 상당)에 OOO억원 상당을 가산하여야 한다는 청구주장의 당부

③쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 발급된 것인지 여부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 위 ＜표1＞ 기재와 같이 청구법인들이 청구인들로부터 쟁점주식을 매입하고 그 취득가액을 자산에 계상하였고, OOO로부터 중기 임대용역을 공급받는 것으로 하여 쟁점매입세금계산서를 발급받고 부가가치세.법인세 신고시 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하고 매입액을 손금에 산입하였으나, 조사청은 청구법인들이 쟁점주식을 그 시가인 OOO보다 OOO만큼 고가로 매입하였다고 보아 해당 금액을 청구법인들이 계상한 쟁점주식의 취득가액에서 차감하고 청구인들에게 이 건 소득금액변동통지를 하였고, 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없이 거짓으로 발급된 것으로 보아 처분청(OOO세무서장)에게 부가가치세와 법인세를 부과하도록 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다. 한편 청구인들은 2017.11.30. 처분청(OOO세무서장)에게 쟁점금액 상당액을 과세표준에 포함하여 산출된 합계 OOO을 세액으로 하여 2014년 귀속 종합소득세 수정신고.납부를 하였다가, 2018.2.5. 처분청에게 쟁점주식 거래가액이 정당하다는 이유로 같은 세액 상당액의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 경정청구일부터 2개월이 되는 날인 2018.4.5.까지 청구인들에게 아무런 통지를 하지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 확인한 사실관계 등은 아래와 같다.

(가)청구법인들은 고 OOO이 설립[1979.1.9. OOO(OOO이라는 상호로 설립하였다가 2015년 현재의 상호로 변경), 1980.1.24. OOO)하였고, 쟁점주식의 거래당시(2014.1.24.)의 대표이사는 고 OOO의 자녀인 OOO(아들)이었으며, 청구인 OOO은 전 대표이사(1998.12.16.～2004.10.4. 기간 중 OOO1998.12.16.～2008.1.11. 기간 중 OOO)로, 고 OOO의 자녀(딸)인 청구인 OOO가 배우자이다.

(나)쟁점주식의 양도당시인 2014년 현재 OOO의 주주는 OOO(52.5%), OOO(35.7%), OOO(1.5%), OOO(4.49%) 및 주식회사 OOO이고, OOO의 주주는 OOO(48.4%), OOO(49.,9%), OOO(0.42%) 등이었으며(1.26.% 상당은 자기주식), 조사청은 OOO을 본인으로 하여 청구법인들과 청구인들이 OOO의 특수관계인인 것으로 보았고, 이에 대해서는 청구법인들.청구인들과의 다툼이 없다.

＜표9＞ 청구법인의 주주 현황

① OOO

② OOO

(다)청구법인들은 설립 이후 아스콘 제조판매업 등을 영위하다가, 2015년을 전후하여 부동산임대업을 주업종으로 변경하였고, OOO은 2017.9.2. 현재의 소재지(경기도 김포시)로 이전하기 전에 OOO과 동일한 사업장 소재지(인천광역시)에 사업장을 두었으며, OOO은 2017.12.18. 청산(청산인 : OOO)되었고, OOO은 2017.2.2. 이후 OOO이 대표이사로 재직 중이다.

(라)조사청은 위 ＜표8＞ 기재와 같이 청구법인들이 쟁점주식의 거래일(2014.1.24.)이 속한 사업연도의 직전 3개 사업연도(2011～2013) 중 2013사업연도에는 세무상 결손이 아닌 것(소득금액이 OOO보다 큼)으로 보았다.

(마)OOO이 2009.3.2.2 서울특별시 영등포구에서 설립하여 건설기계도급.대여업을 영위하다가, 2014.11.13. 폐업하였고, 조사청은 과세관청의 세무조사 결과, OOO이 2011년～2014년 기간 동안 아래 ＜표10＞ 기재와 같이 합계 OOO억원 상당의 가공세금계산서를 수수하였음을 확인하였으며, 2017.4.5., 2017.4.12., 2017.4.17. 각각 청구법인들, OOO에게 쟁점매입세금계산서와 관련한 증빙자료(회계프로그램 등)의 제출을 요구하였으나, 이에 관한 회신내역은 제출되지 아니하였다.

＜표10＞ OOO의 가공세금계산서 수수내역

(단위 : 천원)

(3) 청구법인들.청구인들이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가)청구법인들.청구인들은 청구인들이 2004년부터 계속하여 청구법인들에게 쟁점주식을 일괄매입하여 줄 것을 요청하였으나 청구법인들이 자금사정 등을 이유로 미루어 오다가 2012년에 취임한 전문경영인이 2013년 9월 회계법인에게 주식평가를 의뢰하여 2013년말 기준으로 받은 평가액(OOO억원)을 근거로 하여 청구인들에게 OOO억원을 차감하여 줄 것을 요구하는 것을 시작으로 양측이 협상을 하여 OOO억원만을 차감하기로 합의하였다고 주장하면서 주식매각 협의과정 요약서를 제출하였으나, 그 작성시기, 주체, 협의대상인 쟁점주식의 산출근거 등을 입증할 객관적인 증빙자료는 제시되지 아니하였다.

(나)청구법인들.청구인들은 ＜별지＞ 기재의 평가대상토지들[①OOO2,825㎡, ②같은 동 OOO9,594㎡(이상 OOO 보유분), ③같은 동 OOO10,261㎡.OOO1,278㎡.OOO1,813㎡(이상 청구법인들의 공유분), ④같은 동 OOO3,255㎡(OOO보유분)으로, 합계 6필지이고, 평가누락 또는 과소평가분(＜별지＞ ① 기재의 구분 7～8, ② 기재의 구분4～6)의 합계 9필지를 제외] 및 비교대상토지들[각각 ① OOO1,723㎡, ②같은 동 OOO463㎡(주위적).OOO 7,983㎡(예비적), ③같은 동 OOO1,322㎡.OOO992㎡, ④같은 동 OOO110㎡으로, 5필지]의 위치가 인접하므로 상호 간에 유사성이 있다고 주장하면서 ＜별지3＞ 1.기재의 각 필지별 지적도를 제출하였으나, 전체 지적도가 미제출되어서 일부 지적도(예컨대 평가대상인 OOO3,255㎡과 비교대상인 같은 동 OOO110㎡ 중 후자의 위치를 식별하기 곤란함)상의 비교.평가대상토지들 상호 간의 인접성을 확인하기 어렵다.

(다)청구법인들.청구인들은 각 비교.평가대상토지들이 같은 모번지에서 분필된 것이므로 설령 면적.형태 등의 차이가 있더라도 상호 간의 유사성을 인정하여야 한다고 주장하면서 등기부등본 및 ＜별지4＞ 기재의 분필 내역(등기부등본의 표제부상 분필내역을 정리한 것으로 보이는 것)을 제출하였다.

(라)청구법인들.청구인들은 각 평가대상토지들의 시가를 각 비교대상토지들의 매매사례가액으로 보아야 한다고 주장하면서, ＜별지5＞의 1. 기재와 같이 해당 비교대상토지들의 매매가액에 대한 것이라는 매매계약서, 등기부등본 및 이들 매매가액 내역(동 매매계약서 및 등기부등본 상의 거래내역을 정리한 것으로 보이는 것)을 제출하였다.

(4)청구법인들.청구인들과 처분청이 추가로 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다.

(가) 처분청은 쟁점주식의 거래가액이 시가인지 여부(쟁점①)와 관련하여 당초 제시한 의견 외에 상증법상 비상장주식의 보충적 평가방법 계산에 있어서 ‘순손익가치’를 계산하는 경우 평가기준일이 속한 연도의 직전 3개년의 가중평균으로 계산하는 것으로, 부동산 평가액이 전체 비상장주식 평가액의 대부분을 차지하는 쟁점주식 거래의 경우 매매사례가액 등이 중요한 평가요소로 그 평가기준일에 따라 평가금액은 크게 달라질 수 있고, 주식양도의 시점에 양도자와 양수자의 관계, 거래조건 등 다양한 변수가 있을 수 있는 점에서 쟁점주식의 평가기준일에 부합하도록 관련 법령 등에 따라 산출된 평가액을 쟁점주식의 시가(보충적 평가액)로 보아야 한다는 의견을 제시하였다.

(나)평가.비교대상토지들의 순자산가치 평가(쟁점②-2.)에 대하여 양측이 제시한 증빙자료 등은 아래와 같다.

1)청구법인들.청구인들과 처분청이 제시한 이들 토지에 대한 평가방법을 정리하면 아래 ＜표11＞과 같고, 당초에 제출한 자료(등기부등본, 토지대장, 지적도 등)만으로는 각 토지의 면적, 용도, 종목, 기준시가의 비교는 가능하나, 이들 토지의 전체 지번이 포함된 지적도 등의 도면이 미제출되어 위치(특히 도로에 인접하여 진출입이 자유로운지 여부) 등의 확인이 곤란하였는바, 이에 따라 양측은 ＜별지3＞ 2. 기재와 같이 평가.비교대상토지의 전체 지적도 또는 도면을 제출하였다. 다만 도로인접성, 형태유사성 등을 명확히 구분할 수 있는 자료는 제시되지 아니하였다.

＜표11＞ 청구법인들.청구인들 및 처분청(조사청)의 각 평가방법 비교

2)청구법인들과 청구인들은 당초 제시한 주장 외에 평가.비교대상토지들이 모번지인 ‘인천광역시 서구 원창동 소재의 5필지OOO’로, 같은 공장 내의 부수토지(가로 190m, 세로 우측변 204m.좌측변 103m인 사다리꼴 모양으로, 합계 45,240㎡, 13,685평)로 이용하다가 분필.양도되었는바, 원칙적으로 토지를 분필하여 일부를 매매하는 경우 그 매매가액은 해당 토지의 시가로 볼 수 있는 것이고, 분필 후 매매하지 아니한 토지와 매매한 토지의 특성, 이용상황 등이 동일한 경우 그 매매가액을 매매계약이 체결되지 아니한 나머지 토지의 시가로 볼 수 있으며(국세청 재삼46014-2679, 1997.11.14.), 매매사례가액이 평가기간 내의 것이 아니더라도 면적.위치 및 용도 등이 유사하거나 동일하여 비교대상으로 적합한 경우에는 보충적 평가방법에 의한 가액보다 매매사례가액을 적용하는 것이 보다 합리적(조심2017중4303, 2017.11.30.)이므로 청구법인들.청구인들이 제시한 비교대상토지들의 매매사례가액 중 평가기간 내의 것이 아닌 매매가액은 가격변동의 특별한 사정이 없는 이상, 시가로 인정하여야 한다는 주장을 추가로 제시하였다.

3)청구법인들과 청구인들은 아래와 같이 ＜별지1＞ 기재의 평가대상토지들 중 일부의 매매사례가액(당초 청구이유서에서 제시하였다가 항변서에서 제외한 것)을 제시하였다.

가)청구법인들이 공유하는 OOO공장용지 1,813㎡(OOO분은 811.29㎡으로 ＜별지1＞ ①기재의 ‘구분5’, OOO분은 1,001.71㎡으로 ＜별지1＞ ②기재의 ‘구분3’)에 대하여, 2013.10.29. OOO에서 분필된 같은 동 OOO1,813㎡ 및 OOO296㎡.OOO706㎡ 등 3필지는 청구법인들이 2014.2.25. OOO에게 합계 OOO에 매매 계약 후, 2014.3.7. 등기접수를 하였다가, 2014.8.7. OOO에 대한 계약을 합의해제하였는데, 위 계약금액을 각 필지별 공시지가 기준으로 필지별로 안분한 1㎡당 가액(OOO같은 동 OOO같은 동 OOO)은 각 공시지가(1㎡당 각 OOO)에도 미치지 못하는 점, OOO가 위 등기접수일 후 29일만에 OOO의 전체 면적 중 992㎡를 분필(OOO에 이기)하여 2014.3.26. OOO에게 1㎡당 OOO에 양도하는 계약(분필 후 잔여 822㎡는 2014.5.9. ㎡당 OOO에 OOO에게 양도)하였던 점 등에서 OOO의 시가는 2014.2.25.자 계약금액이 아니라 정상적인 거래로 보이는 금액 중 평가기준일에 가까운 위 2014.3.26. 거래분인 1㎡당 OOO이다.

나)청구법인들이 공유하는 OOO공장용지 1,278㎡(OOO분은 571.88㎡으로 ＜별지1＞ ①기재의 ‘구분4’, OOO분은 706.12㎡으로 ＜별지1＞ ②기재의 ‘구분2’)에 대하여, 2008.12.23. OOO에서 분필된 같은 동 OOO1,278㎡는 2014.6.13. 431㎡를 같은 동 OOO으로, 428㎡를 같은 동 OOO로, 같은 동 419㎡를 OOO로 분필(2014.6.16. 등기)하여 각각 OOO(1㎡당 OOO), OOO(1㎡당 OOO), OOO(1㎡당 OOO) 합계 OOO으로 양도되었고, 동 합계액을 전체 면적(1,278㎡)으로 나누면 1㎡ 양도가액이 OOO이 되고, 이는 전체 면적인 OOO의 평가기간 내의 실지거래가액인 시가에 해당한다.

다)청구법인들이 공유하는 OOO공장용지 합계 480㎡(OOO분은 각 132.45㎡.67.12㎡.15.21㎡, OOO분은 각 163.55㎡.82.88㎡.18.79㎡으로, 후자는 ＜별지1＞ ②기재의 ‘구분4～6’)에 대하여, 이들 토지는 조사청이 OOO발행주식(쟁점1.2.4주식)의 평가시에는 포함하였으나 OOO발행주식(쟁점3주식)의 평가시에는 각각 기준시가로 평가한 금액만큼이 누락되었다.

4)처분청은 당초 제시한 의견 외에 토지의 면적이 매매사례 토지와 차이가 있고, 도로접근성 및 주위상황도 동일하지 아니하며, 토지의 형태 및 지형등도 차이가 있는 경우의 매매사례토지의 거래가액은 시가로 보지 아니하는 것(국심 2006중2014, 2007.3.22.)인바, 청구법인들.청구인들이 제시한 비교대상토지들은 평가대상토지들의 각 면적과 비교하기 불가능할 만큼의 차이가 있고, 각 토지의 도로도 같은 방향으로 인접하지 아니하는 등 도로인접성을 인정할 수 없다는 의견을 제시하였다.

5)처분청은 당초 제시한 증빙자료 외에 OOO4,591.63㎡(900㎡는 같은 동 OOO206.29㎡는 각 1㎡당 매매사례가액인 OOO을, 나머지 3,485.34㎡는 1㎡당 기준시가인 OOO을 적용하여 합계 OOO으로 평가) 및 같은 동 OOO9,594㎡.OOO706.11㎡.OOO3,255㎡.OOO2,825㎡(아래 ＜표12＞ 기재와 같이 기준시가로 평가)의 각 평가방법을 제시하였으나, 청구법인들.청구인들이 매매사례가액으로 평가하여야 한다고 주장하는 OOO의 평가방법은 제시하지 아니하였다.

＜표12＞ 조사청의 OOO평가방법

(단위 : 원)

(다)이외의 순자산가치 평가에 대한 것은 아래와 같다.

1)청구법인들과 청구인들은 아래와 같이 ＜별지1＞의 평가대상 중 토지 외의 자산에 대한 평가방법(당초 청구이유서에서 제시하였다가 항변서에서 제외한 것)을 제시하였다.

가)OOO이 보유한 지분법 평가대상인 OOO발행주식 49,900주에 대하여, 해당 주식은 2012.3.2. 상속세 신고 및 조사청의 결정당시의 1주당 가액이 OOO이고, 2013.12.30. 상속인들(OOO등)이 같은 가액으로 양도한 사실이 있어서 청구법인들도 2014.1.24. 같은 종류인 쟁점3주식을 같은 가액으로 거래하였는바, 해당 가액은 매매사례가액과 자산가치 등을 반영하여 당사자 간에 합의한 것이므로 시가에 해당하며, 예비적으로 설령 해당 가액을 시가로 볼 수 없다 하더라도, 2014.1.24.을 기준일로 평가한 1주당 가액인 OOO(유형자산처분익을 제외하면 3년 이상 계속 결손법인으로 순자산가치 평가)을 시가로 보아야 하며, 앞서 제시하였듯이 OOO토지는 청구법인들이 이를 공유하고 있는바, 이들 토지의 평가시 시가로 볼 수 있는 매매사례가액이 있음에도 조사청은 이를 기준시가로 과소평가하고, OOO토지도 청구법인들이 이를 공유하고 있음에도 조사청은 OOO의 순자산가치 평가시 이들 토지의 평가액을 누락함으로써 그 과소평가액 및 누락액만큼 위 지분법 평가대상 주식의 평가액이 과소평가되었다.

나)OOO이 보유한 지분법 평가대상인 OOO주식회사의 발행주식 10만주는 아래 ＜표13＞ 기재와 같이 OOO주식회사가 보유한 건물을 기준시가로 평가한 가액 OOO(장부가액 OOO)을 가산하여 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 가액은 OOO(3년 계속결손법인으로 순자산가치로 평가)이고, 전체 보유주식(10만주)의 평가액은 OOO임에도 조사청은 장부가액OOO으로 평가하여 OOO만큼 과소평가하였다.

＜표13＞ OOO주식회사 발행주식의 1주당 평가액

(단위 : 원, 주)

1)보유건물의 평가차액

다)OOO이 보유한 OOO콘도회원권은 그 시가가 OOO(산출근거는 미제시)임에도 조사청은 이를 장부가액인 OOO으로 평가하여 OOO만큼 과소평가되었다.

라)OOO이 보유한 지분법 평가대상인 OOO주식회사의 발행주식 20만주는 아래 ＜표14＞ 기재와 같이 해당 법인이 3년간 결손법인이므로 순자산가치로만 평가하여야 하고, 보유 중인 OOO발행주식 63,800주(장부가액 OOO)의 평가액 OOO과 기준시가로 평가한 건물가액 OOO을 반영하여 평가하면 1주당 OOO(OOO이나 순환출자 재계산)인바, 그 평가액은 OOO임에도 조사청은 이를 장부가액인 OOO으로 평가하여 OOO만큼 과소평가되었다.

＜표14＞ OOO주식회사 발행주식의 1주당 평가액

(단위 : 원, 주)

1)OOO발행주식 63,800주 및 건물의 평가차액

마)OOO이 보유한 자기주식 1,260주는 상증법 시행령 제55조 제1항에 따른 비상장주식의 1주당 순자산가액을 계산할 때, 법인이 일시적으로 보유한 후 처분목적의 자기주식은 ‘자산’으로 보아 평가하는 것인바(구 재정경제부 재산-1494, 2004.11.10. 등), 같은 방법으로 위 자기주식을 평가하면 OOO(1주당 OOO)임에도 조사청이 장부가액인 OOO원(OOO은 ‘자본조정’으로 계상하여 자산가액이 없음)으로 평가하여 OOO만큼 과소평가되었다.

바)OOO의 발행주식 49,368주.자기주식 1,260주 .OOO주식회사의 발행주식 200,000주를, OOO이 OOO의 발행주식 49,900주.OOO주식회사의 발행주식 100,000주를, OOO주식회사가 OOO의 발행주식 63,800주를 각각 보유하고 있어 이들은 상호출자관계에 있는바, 앞서 제시한 OOO주식회사의 각 발행주식의 1주당 가액OOO을 ＜별지6＞ 기재와 같이「상속재산평가준칙」 제60조에 따른 다원일차연립방정식을 적용하여 각각 OOO으로 보아야 한다.

2)처분청은 청구법인들.청구인들이 제시한 지분법 평가대상인 투자주식(OOO의 각 발행주식)의 평가방법에 대하여, 청구법인들이 제출한 OOO주식회사 및 OOO주식회사의 각 발행주식 1주당 평가방법은 조사청이 평가한 보충적 평가방법과 일치하고, 청구법인들의 2013년도 기말 감사보고서(전자공시시스템에 공시)에는 OOO주식회사 및 OOO주식회사의 각 발행주식에 대하여 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가하였다는 의견을 제시하였으나, 양측의 평가방법 및 평가액 상의 차이점이 무엇인지는 구체적으로 제시되지 아니하였고, 해당 투자주식 외의 자산(OOO이 보유한 OOO발행주식, OOO콘도회원권, OOO보유의 자기주식)에 대한 처분청 의견은 제시되지 아니하였다.

(라)청구법인들은 쟁점세금계산서와 관련하여 당초 제시한 주장 외에 건설장비운영업의 경우 차량기사나 운영경비 등을 차주가 부담하고 이를 포함한 전체 용역대가를 청구하는 것이 일반적이나, 이 건은 차량기사 급여, 유류대 등을 청구법인들이 부담하고, OOO에 청구하지 않아서 OOO는 중기만을 청구법인에 대여[한국표준산업분류표상 건설 및 토목공사용 기계.장비 임대업(76310), 기준경비율 코드(나용건설기계 임대) 711100]한 것과 같이 된 점에서 OOO를 중기운영사업자로 볼 수 없다면 청구법인들이 OOO의 대표자인 OOO소유 장비OOO를 사용한 사실에 대해서는 조사청도 인정하고 있으므로 최소한 통상적인 장비임대거래의 대가 및 부가가치세 상당액을 위 매입액 및 매입세액 공제대상으로 인정하고 그 금액만큼 OOO에 대한 소득처분금액을 감액하여야 하며, OOO는 고가여서 신차일 경우 OOO정도에 거래되며, 수명이 길어 중고가 많은 편인데, 이 건의 경우 2005년식으로 2012년도 기준으로는 OOO억원 미만에 거래되고, 4.6루베 규모의 OOO의 월 임대료는 약 OOO정도인 것으로 탐문된다는 주장을 추가로 제시하였다.

(6)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

(가)먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

쟁점주식의 거래가액이 객관적인 교환가치가 반영된 시가에 해당된다는 청구주장이 인정되려면 그 거래가액이「법인세법」제89조 제2항 제2호, 상증법 제60조 제3항, 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 비상장주식의 평가방법을 적용한 가액에 해당하거나 이러한 법령에 따른 평가액이 쟁점주식의 객관적인 가치보다 지나치게 과다하다는 등의 특별한 사정이 입증되어야 하나, 청구법인들.청구인들이 제시한 청구인들과 쟁점주식의 거래당시(2014.1.24.)의 대표이사인 OOO간의 ‘주식매각 협약과정 요약서’만으로는 쟁점주식의 거래가액이 그 거래당시의 객관적인 교환가치임이 입증된다고 보기 어렵고 달리 위 법령 조항에 따른 비상장주식의 평가방법을 적용한 평가액에 해당하거나 그 평가액이 지나치게 과다하다는 등의 특별한 사정이 제시되지 아니하였으므로 쟁점주식의 거래가액을 객관적인 교환가치가 반영된 시가로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

(나)다음으로, 쟁점②-1에 대하여 살펴본다.

「법인세법 시행령」제89조 제2항에서 시가가 불분명한 비상장주식은 상증법 제63조에 따른 보충적 평가방법으로 평가한 금액을 시가로 보도록 규정하고 있고, 상증법 제63조 제1항 1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에서 비상장주식은 원칙적으로 순손익가치와 순자산가치를 가중평균(각각 3과 2의 비율로 하되, 부동산과다보유법인의 경우에는 2와 3의 비율 적용)하여 1주당 가액을 산정하되(제1항), 예외적으로 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 ‘「법인세법」’상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금(세무상 결손금)이 있는 법인 등의 경우에는 순자산가치로만 평가하도록 규정하고 있고(제4항 각호), 조세법규는 엄격해석의 원칙상 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장.유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 비상장주식을 순자산가치로만 평가하려면 ‘세무상 결손금’이 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 있는 등의 요건을 충족하여야만 할 것이다.

한편 상증법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호에서 기업회계기준상 유형자산의 처분손익 등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우에는 ‘최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’이 아니라 ‘추정이익의 평균가액’으로 할 수 있도록 규정하고 있으나, 이는 비상장주식을 순자산가치로만 평가하는 것과는 무관해 보인다.

청구법인들.청구인들은 2013사업연도에 발생한 유형자산처분이익에 따른 특별손익의 합계액이 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감 전 손익의 최근 3년간 가중평균액의 50%를 초과하는 등 상증법 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호의 요건에 부합하므로 해당 사업연도를 포함한 쟁점주식의 양도일(평가기준일)이 속한 사업연도 전 3개 사업연도의 실제 순손익가치를 가중평균하여 쟁점주식을 평가할 수 없다는 이유로 순자산가치로만 평가하여야 한다고 주장하나, 해당 시행규칙 조항을 충족하였는지 여부는 비상장주식을 순자산가치로만 평가하는 요건을 규정한 상증법 시행령 제54조 제4항 각 호와 관련이 없고, 달리 청구법인이 해당 시행령 조항을 충족한 것으로 볼 만한 사정이 없으므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(다)다음으로, 쟁점②-2에 대하여 살펴본다.

상증법 제54조 제2항에서 1주당 순자산가치는 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나누어 평가하도록 규정하고 있고, 제55조 제1항에서 순자산가액은 평가기준일 현재 법인의 자산을 같은 법 제60조부터 제66조까지의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하도록 규정하고 있는바, 쟁점주식의 1주당 순자산가치를 평가하기 위한 순자산가액은 쟁점주식의 양도일 현재 청구법인들이 보유한 자산을 상증법 제60조부터 제66조까지의 규정을 적용하여 평가한 가액에서 부채를 차감하여 산정하여야 할 것이다.

청구법인들.청구인들은 조사청이 쟁점주식의 순자산가치를 평가할 때 ＜별지1＞ 기재와 같이 합계 15필지의 토지를 과소평가 또는 그 평가액을 누락하거나 과다평가OOO하였고, OOO이 보유한 지분법 평가대상의 투자주식(OOO발행한 4만 9,900주, OOO주식회사가 발행한 10만주)과 OOO이 보유한 콘도회원권, 지분법 평가대상의 투자주식(OOO주식회사가 발행한 20만주) 및 자기주식 1,260주의 각 평가액이 누락되어 합계 OOO을 순자산가액에 합하여 쟁점주식의 순자산가치를 다시 평가하여야 한다고 주장한다.

그러나, 이러한 자산평가액의 차이에 대한 청구주장은 조사청의 조사당시 제시되지 아니하였는바, 처분청으로서는 순자산가액의 계산시 누락OOO하거나 과다평가OOO한 합계 6필지의 토지를 제외하면 나머지 자산들의 평가액에 대한 청구주장이 타당한지를 확인할 수 없었던 점, 청구법인들.청구인들이 제시한 지적도(＜별첨3＞)만으로는 처분청이 잘못 평가된 것으로 인정한 6필지 외에 나머지 9필지가 비교대상토지로 제시된 합계 5필지OOO와 도로인접성 등의 유사성을 인정하기 어려운 반면에, 해당 지적도 및 분필내역(＜별지4＞)과 같이 이들 평가.비교대상토지들이 하나의 모번지에서 분필되었고 같은 용도(공장용지)로 사용되었다면 상호 간의 유사성을 인정할 수 있는 점, 그 유사성이 인정될 경우 청구법인들.청구인들이 제시한 비교대상토지들의 매매가액이 상증법상 시가로 인정되는 매매사례가액에 해당하는지를 확인할 필요가 있는 점, 기타 나머지 자산들(투자주식, 회원권, 자기주식)의 평가액도 위 평가대상토지들의 수정된 평가액을 반영하거나 평가기준일 현재의 시가를 반영하는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인들.청구인들로부터 제출받은 증빙자료(상증법상 시가로 보는 매매사례가액 등임을 입증할 매매계약서 등 포함)를 토대로, 평가.비교대상토지들의 유사성에 관한 전문가(감정기관) 등의 의견을 참고하여 ＜별지1＞ 기재의 토지 15필지, 투자주식, 회원권 및 자기주식의 시가를 확인하는 등의 방법으로 쟁점주식의 평가기준일 현재 청구법인들의 순자산가액을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 소득금액변동통지금액 및 이에 따른 청구인들의 2014년 귀속 종합소득세의 과세표준 과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(라)마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

세금계산서가 사실과 다른 허위임에 대한 입증책임이 있는 과세관청에 의하여 직접 증거 또는 제반정황을 토대로 해당 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성이 상당한 정도로 입증된 경우에는 그 세금계산서가 허위가 아님에 대한 입증책임은 이를 다투는 납세의무자에게 있고, 이는 납세의무자가 비용 또는 매입세액에 관한 증빙을 제시하기 용이한 지위에 있다는 측면에서 타당하다 할 것이다.

청구법인들은 고가의 중기를 보유한 OOO가 청구법인으로 하여금 해당 중기를 사실상 독점적으로 사용하도록 하였고 OOO에게 그 대가를 지급하면서 쟁점매입세금계산서를 수취하였으므로 처분청이 OOO의 사업자등록 신청서류 등을 확인하여 OOO의 해당 중기 보유여부를 확인하는 방법으로 실물거래 사실을 인정하고 관련된 매입세액의 전부를 공제하거나, 최소한 해당 중기의 임대용역대가만큼을 공제하여야 한다고 주장한다.

그러나 처분청은 OOO의 대표자인 OOO의 사업장 소재지(서울특별시)가 아니라 OOO의 사업장 소재지(인천광역시)에서 사업용계좌를 개설하고, 청구법인들이 OOO 외의 특수관계인 2곳과 가공의 세금계산서를 수수하는 등 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 본 반면에, 청구법인들은 관련된 매입세액의 공제를 다투는 주체로서 쟁점매입세금계산서가 허위가 아님을 입증하여야 함에도 관련된 중기의 독점적 사용 또는 단순 임차사실을 입증할 증빙자료를 전혀 제출하지 아니한 점에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 실물거래없이 수수된 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련된 매입세액을 불공제하고 매입액을 손금불산입하여 청구법인들에게 부가가치세와 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제26981호로 일부개정되기 전의 것)

제87조[특수관계인의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도「국세기본법」제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1.임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3.법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액 (후단 생략)

제106조[소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1.익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가.귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

라.귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(3)상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 일부개정되기 전의 것)

제60조[평가의 원칙 등] ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제63조[유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다.나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

(4)상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25195호로 일부개정된 것)

제54조[비상장주식의 평가] ①법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 한국거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율(이하 "순손익가치환원율"이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수

(5)상속세 및 증여세법 시행령(2011.7.25. 대통령령 제23040호로 일부개정되기 전의 것)

제56조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 해당 법인의 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 제1호의 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 =

{(평가기준일 이전 1년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×3)+(평가기준일 이전 2년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×2)+(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)}×1/6

2.기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, 「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준신고 및 증여세 과세표준신고의 기한 내에 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 과세표준신고기한 내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 동일연도에 속하는 경우로 한정한다)

(6)상속세 및 증여세법 시행령(2011.7.25. 대통령령 제23040호로 일부개정된 것)

제56조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 해당 법인이 일시우발적 사건으로 해당 법인의 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등 제1호의 가액으로 하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령으로 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

1. 다음의 산식에 의하여 계산한 가액

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 =

{(평가기준일 이전 1년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×3)+(평가기준일 이전 2년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×2)+(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)}×1/6

2.기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관, 「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관, 회계법인 또는 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액

② 제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 같은 항 제2호의 가액으로 하는 경우는 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준신고 및 증여세 과세표준신고의 기한까지 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 해당 과세표준신고의 기한 이내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속하는 경우로 한정한다.

부칙(2011.7.25. 대통령령 제23040호)

제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

(7)상속세 및 증여세법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25195호로 일부개정된 것)

제49조[평가의 원칙등] ① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다) 이내의 기간 중 매매·감정·수용 ·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. (단서 생략)

1.해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가.제12조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

나.거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우(제56조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 자문을 거쳐 그 거래가액이 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우는 제외한다)

1)액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

2) 3억원

2.당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. (단서 생략)

② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우 3개월로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제5항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일

④ 제1항 각 호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. (단서 생략)

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적·위치·용도·종목 및 기준시가가 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액[법 제67조 또는 제68조에 따라 상속세 또는 증여세 과세표준을 신고한 경우에는 평가기준일 전 6개월(증여의 경우에는 3개월로 한다)부터 제1항에 따른 평가기간 이내의 신고일까지의 가액을 말한다]이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조 제2항의 규정에 의한 시가로 본다.

제54조[비상장주식의 평가] ④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1.법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2.사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3.평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

제55조[순자산가액의 계산방법] ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제59조 제2항의 규정에 의한 영업권평가액은 당해 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 제54조 제4항의 규정에 의하여 평가하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제56조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ① 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 다음 계산식에 따라 계산한 가액으로 한다. 이 경우 그 가액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.

1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 =

{(평가기준일 이전 1년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×3)+(평가기준일 이전 2년이 되는 사업년도의 1주당 순손익액×2)+(평가기준일 이전 3년이 되는 사업연도의 1주당 순손익액×1)}×1/6

②제1항에도 불구하고 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 제54조 제1항에 따른 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 기획재정부령으로 정하는 신용평가전문기관,「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는「세무사법」에 따른 세무법인 중 둘 이상의 신용평가전문기관,「공인회계사법」에 따른 회계법인 또는 「세무사법」에 따른 세무법인이 기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액으로 할 수 있다.

1. 일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우에 해당할 것

2. 법 제67조 및 제68조에 따른 상속세 과세표준 신고기한 및 증여세 과세표준 신고기한까지 1주당 추정이익의 평균가액을 신고할 것

3. 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서작성일이 해당 과세표준 신고기한 이내일 것

4.1주당 추정이익의 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 같은 연도에 속할 것

부칙(2014.2.21. 대통령령 제25195호)

제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조[일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다.

제13조[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법에 관한 적용례] 제56조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제4항 제2호 라목의 개정규정은 이 영 시행 후 비상장주식을 평가하는 분부터 적용한다.

(7)상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 일부개정된 것)

제54조[비상장주식등의 평가] ①법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. (계산식 생략)

부칙(대통령령 제27835호, 2017.2.7.)

제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만 제54조 제1항 단서의 개정규정은 2017년 4월 1일부터 시행하고(후략)

제2조[일반적 적용례] 이 영은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다.

제7조[비상장주식등의 평가에 관한 특례] 2017년 4월 1일부터 2018년 3월 31일까지의 기간 동안에 상속이 개시되거나 증여받는 비상장주식등에 대해서는 제54조 제1항 단서의 개정규정을 적용할 때 100분의 80을 100분의 70으로 한다.

(8)상속세 및 증여세법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제412호로 일부개정된 것)

제17조의3[1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법] ① 영 제56조 제2항 제1호에서 "일시적이고 우발적인 사건으로 해당 법인의 최근 3년간 순손익액이 증가하는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 평가하는 것이 불합리한 경우를 말한다.

2.기업회계기준의 자산수증이익, 채무면제이익, 보험차익 및 재해손실(이하 이 조에서 "자산수증이익등"이라 한다)의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에서 자산수증이익등을 뺀 금액에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우

3.평가기준일전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간중 합병ㆍ분필ㆍ증자 또는 감자를 하였거나 주요업종이 바뀐 경우

4.법 제38조의 규정에 의한 증여받은 이익을 산정하기 위하여 합병당사법인의 주식가액을 산정하는 경우

5. 최근 3개 사업연도중 1년 이상 휴업한 사실이 있는 경우

6.기업회계기준상 유가증권ㆍ유형자산의 처분손익과 자산수증이익등의 합계액에 대한 최근 3년간 가중평균액이 법인세 차감전 손익에 대한 최근 3년간 가중평균액의 50퍼센트를 초과하는 경우

7.주요 업종(당해 법인이 영위하는 사업중 직접 사용하는 유형고정자산의 가액이 가장 큰 업종을 말한다)에 있어서 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우

8.제1호부터 제7호까지와 유사한 경우로서 기획재정부장관이 정하여 고시하는 사유에 해당하는 경우

④ 영 제56조 제2항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액"이란「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제176조의5 제2항에 따라 금융위원회가 정한 수익가치에 영 제54조 제1항 따른 순손익가치환원율을 곱한 금액을 말한다.

※ 상속재산평가준칙(국세청장이 1994.8.8. 개정한 것)

제60조[상호출자지분의 평가] ① 상속재산인 주식 등을 발행한 법인이 다른 비상장법인의 총발행주식의 100분의 10 이하의 주식을 소유하고 있는 경우에 그 다른 비상장법인 발행주식의 가액은 평가기준일 현재의 당해 상속재산인 주식을 발행한 법인의 장부가액에 의하여 평가한다.

②상속재산인 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하고 있으며 상호출자하고 있는 경우에 그 다른 비상장법인인 발행주식의 가액은 다음과 같은 다원일차연립방정식에 의하여 평가한다.

α + pl

1주당가액 = ---------

2

┌ β+pl'''''''' γ+pl" ┐

│(p + bㆍ ------ + cㆍ------- ) - dt │

=│ 2 2 │ ÷ 2

│-------------------------------------------＋pl │

└ n ┘

(주) 1.pㆍ p''''''''ㆍ p" : AㆍBㆍC 각 법인이 소유하고 있는 주식가액을 제외한 AㆍBㆍC 각 법인의 자산총액

2.a, b, c : A.B.C 각 법인이 발행한 주식 중 각 법인이 소유하고 있는 주식수

3. dt, dt'''''''', dt" : A.B.C 각 법인의 부채

4. n, n'''''''', n" : 평가기준일 현재 A.B.C 각 법인의 발행주식총수

5. α, β, γ : A.B.C 각 법인의 1주당 순자산가액

6. pl, pl'''''''', pl" : A.B.C.각 법인의 1주당 수익환원가치

(9)자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령

제176조의5[합병의 요건ㆍ방법 등] ② 제1항 제2호 나목에 따른 가격으로 산정하는 경우에는 금융위원회가 정하여 고시하는 방법에 따라 산정한 유사한 업종을 영위하는 법인의 가치(이하 이 항에서 "상대가치"라 한다)를 비교하여 공시하여야 하며, 같은 호 각 목에 따른 자산가치ㆍ수익가치 및 그 가중산술평균방법과 상대가치의 공시방법은 금융위원회가 정하여 고시한다.